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lowQualScore                  :      .....     .  .         .    ..........  .        .  .   ..   .. .......     ...   .....  .... . ................................................................... .         .   
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Reference ( gi|24146 )        : GATAG-----GATAC-ACCGCACGATACAATAG----------GA-TACACGCA-CG-ATA--CGA--T-GGG---TACAC---GCA-----CG----A-T-A---GA-------AA--AAC-G----AT---A-------A-G------A-A---G-AAT--A----T-GCGGGTACT-GTA
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gi|24150                      :                              ATAG----------GA-TACACGCA-CG-ATA--CGA--T-AGGA--TACAC---GCA-----CG----A-T-------------------AC-G----AT---A-------G-G------A-
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gi|24158                      :                             gATAG----------GA-TACACGCA-CG-ATA--CGA----------TACAC---GCA-----CA----A-T-A---
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gi|24157                      :                             gATAG----------GA-TACACGCA-CG-ATA--CGA--T-AGG---tg
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Alignments
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lowQualScore                  :      .....     . . .  .   .      ..........     .        .     ..       ............  .....   .  ... ................................................          .   
lowQualScore                  :      11111     9 9 9  9   9      8888888888     5        5     22       555555555555  99999   5  999 888888888888888888888888888888888888888888888888          1   
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Reference ( family-700 )      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGATAGG---TACAC---GCA-----CGA-TA---GA-------AA--AAC-GAT----AA-G------A-AG-AAT--A----TGCGGGTACT-GTA
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gi|24153                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TA-ACGCA-a
gi|24153                      :                                GA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGATAGGA--TA-AC---GCAAAACCTGA-AAACGGA-------AA--AACTGAT----AA-A------A-CG-Aaaacctgaaaacggaaaaactgataaaacgatg
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gi|24155                      : GATAGAACACGATAC-A-C-GC-ACG-ATATGA----------TAGGA-TGCACACA-CGATA--CAATAGG---aatac
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gi|24159                      :                                 A----------TAG-A-TACACGCA-CGA-A--CGATAGGATATACAC---GCA-----CGA-TA---GAACACATTAA--AAT-GTC----AA-G------A-AT-AAC--GT---TGCGGGTACT-GTAa
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gi|24163                      :      -----GATAC-A-C-GCCACG-ATA-AA----------TAGGA-TACAAGCA-----A--CGATAGA---AACAC-------------A-TA---GA-------A--------ATTTC-AA-G------A-AT-AAC--GT---TGCGGGTACT-GTA
gi|24164                      :      -----GATAC-A-C-GC-ACGCATACGAGT--------TAGGA-TACACGCA-TA--A--CGAT------TAGAA---ACA-----CGT-TA---G-------------AC-AATGTCCAA-GT-----A-AT-AAC--GT---TGCGGGTACT-GTA





Alignments
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gi|24156                      : GATAC-----GAGAT-A-C-CG-ACG-ATAC-A----------TAGGA-TACA-GCA-CGATA--AGA----------------CAAGA-TATAAA-------A--------AATGAT-CAAT-AATA---C---TG-AGGTACT-GTat
gi|24157                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TA
gi|24158                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATAC---------------GA-TACACGCA-CAATACGCGATAGG---
gi|24159                      :                                 A----------TAG-A-TACACGCA-CGA-A--CGATAGGATATACAC---GCACGA-TA-GAACACATTAA--------AATG-T-CAAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTAa
gi|24160                      :                                 A----------TAGGA-TACAAGCA-CGATA--CGATGGA---TACAC---GCACGA-TA-GAA-------
gi|24161                      :   TAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------T--GA-TAC-CGCA-CGA------ATAGA-----------ACACGA-TA-G---------A--------AAT--T-CAGA-AATAACA----TGCGGGTACTCGTAc
gi|24162                      :                                             AGGA-TAAA-GCA-CGATA--CGATAGGA--TACAC---GCACGAGTA-GAA-------ACGATCGCTAATG-T-CAAG-AATAACGT---TGCTGGTACT-GTA
gi|24163                      :      -----GATAC-A-C-GCCACG-ATA-AA----------TAGGA-TACAAGCA-----A--CGATAGA---AACAC--------A-TA-G---------A--------AATT-T-CAAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTA
gi|24164                      :      -----GATAC-A-C-GC-ACGCATACGAGT--------TAGGA-TACACGCA-TA--A--CGAT------TAGAA---ACACGT-TA-G-A-------C--------AATG-TCCAAGTAATAACGT---TGCGGGTACT-GTA


blockSeqs                     :      AACAC     C T C  C   C      TAGGATACGA     T        C     CGC     GATATACACG        G  T AAACGATCGCT          GA C    T        TAA          C
blockSeqs                     :      AAC       . . .  .   .      GT             .        .     C       GATACCTGG         .  . AACACATTAA           G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       GATACATA          .  . AAA                  G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       GATACACG          .  . AAA                  A  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       ATAAACG           .  . AAA                  C  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       GTACACG           .  . AA                   G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     G       ATACACG           .  . AC                   G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       AAACAC            .  . A                    G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       AAACAC            .  . A                    G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       TAGAAA            .  . A                    G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       AAA               .  . A                    T  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       AA                .  . A                    G  .    .        .            .
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       A                 .  . A                    .  .    .                      
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     A       .                 .  .                                                     
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C       .                 .  .                                                     
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C                                                                                  
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C                                                                                  
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C                                                                                  
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     C                                                                                  
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     .                                                                                  
blockSeqs                     :      .         . . .  .   .      .              .        .     .                                                                                  
blockSeqs                     :                                  .              .        .     .                                                                                  
blockSeqs                     :                                  .              .        .     .                                                                                  
blockSeqs                     :                                  .              .        .                                                                                        
blockSeqs                     :                                                 .                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                C**     ATACACG******          AA****************   G*
originalCons                  : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGATAGG---TACAC---GCACGA-TA-GAA-------A--------AATG-T-CAAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTA
finalCons                     : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATAC--GATAGATACACG------CACGA-TA-GAA----------------AATG-T-CAAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTA





Alignments
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lowQualScore                  :      77777     1 1 1  1   1      8888888888     1        1   1 333   3 5 222222222222222     55 99999999 5  2  2   2        555          3   
lowQualScore                  :      .....     . . .  .   .      ..........     .        .   . ...   . . ...............     .. ........ .  .  .   .        ...          .   
lowQualScore                  :      44444     7 7 7  7   7      8888888888     5        6   2 888   3 0 111111111111111     11 77777777 0  9  9   9        444          1   
consensus                     : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGAT-A-G---ATACAC--GCACGATAG-AA--------AATG-TC-AAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTA
Reference ( family-700 )      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGAT-A-G---ATACAC--GCACGATAG-AA--------AATG-TC-AAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTA
gi|24139                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACGCGAA-CGATA-------A-A---A--------CACGATAG-AA--------A-TA-AC-AAG-AATAACAT---TGCGGGAACT-GTA
gi|24140                      : GATAG-----GACAC-A-T-CC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TAC-CGCA-CGATA---GAA-A--------------CACGATAG--A--------AATG-CC-AAG-AATAATGT---TGCGGGTATT-GTA
gi|24141                      : GATAG-----GACACCATC-TC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TAC-CGCA-CG------GAT-A-G---AAACAC--G----ATAG-AA--------A-TG-CC-AAG-AATAATGT---TGCGGGTATT-GTA
gi|24142                      : GATAT-----GATAC-A-C-GC-ACG-GTACAA----------TAAGA-TACATGCA-CGATA---GA----------------ACACGATAG--A--------AATA-TC-AGG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTA
gi|24143                      : GATAG-----GATTC-C-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TA-ACGCA-CGATA--C-AT-A-G---ATAAAC--GCA-------AA--------AACC-T----G-AATAACG
gi|24144                      : GATAGAAC--GATAC-A-C-GC-ACG-ATAGGA----------TAGGA-TTCCCGCA-CGATA--CGAT-A-G---
gi|24145                      :                                GA----------TAGGA-TACATGCA-CGATA--CAAT-A-GG--ATAC-CTGGCACGATAG-AA--------A-TG-TC-AAG-AATAACGT---TGTGGGTACT-ATAga
gi|24146                      : GATAG-----GATAC-A-CCGC-ACG-ATACAA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGAT-G-G---GTACAC--GCACGATAGAAA--------AACG-AT-AAG-AAGAATA----TGCGGGTACT-GTA
gi|24147                      : GATAG-----GATAC-A-C-AC-ACG-ATACGATAGGATACGATAGGA-TACACGCACCGATA--CAAT-A-A---AAACAC-----TGATAG-AA--------AATG-TC-AAG--ATAACGTTAATGCGGGTATT-GT
gi|24148                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATAGGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--GGAT-A-
gi|24149                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATTCGA----------TAGGA-TACATGCA-CGATA--CCAT-AGG---ATACAT--ACAGGATAc
gi|24150                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGAT-AGG---ATAa
gi|24151                      : GATAG-----GATTC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGAT-AGG---ATACaa
gi|24152                      : GATAG-----AATTC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGATA--CGAT-A-G---
gi|24153                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TA-ACGCA-ga
gi|24154                      : GATAG-----GATGC-A-C-AC-ACG-ATACAA----------TAGGATTACACGCA-CGATA--CGAT-A-GA--ATACaaacctgaaaacggaaaaactgataaaacgatg
gi|24155                      : GATAGAACACGATAC-A-C-GC-ACG-ATATGA----------TAGGA-TGCACACA-CGATA--CAAT-A-G---
gi|24156                      : GATAC-----GAGAT-A-C-CG-ACG-ATAC-A----------TAGGA-TACA-GCA-CGATA--AGACAA-G---AT-----------ATAA-AA--------AATGATC-AAT-AATA---C---TG-AGGTACT-GTgat
gi|24157                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TA
gi|24158                      : GATAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATAC---------------GA-TACACGCA-CAATACGCGAT-A-G---
gi|24159                      :                                 A----------TAG-A-TACACGCA-CGA-A--CGAT-A-GGATATACAC--GCACGATAG-AACACATTAAAATG-TC-AAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTAga
gi|24160                      :                                 A----------TAGGA-TACAAGCA-CGATA--CGAT-G-G---ATACAC--GCACGATAG-AA--------
gi|24161                      :   TAG-----GATAC-A-C-GC-ACG-ATACGA----------T--GA-TAC-CGCA-CGA------AT-A-G---A-------ACACGATAG--A--------AAT--TC-AGA-AATAACA----TGCGGGTACTCGTAc
gi|24162                      :    AG-----GATAA-A---GC-ACG-ATACGA----------TAGGA-TACACGCA-CGA------GT-A-G---A-A-------ACGATCG-CT--------AATG-TC-AAG-AATAACGT---TGCTGGTACT-GTA
gi|24163                      :      -----GATAC-A-C-GCCACG-ATA-AA----------TAGGA-TACAAGCA-----A--CGAT-A-G---AAACAC-------ATAG-AA--------A-TT-TC-AAG-AATAACGT---TGCGGGTACT-GTA
gi|24164                      :      -----GATAC-A-C-GC-ACGCATACGAGT--------TAGGA-TACACGCA-TAA----CGATTA-G---AAACAC--GT----TAG-AC--------AATG-TCCAAGTAATAACGT---TGCGGGTACT-GTA