lowQualScore                  :                     11                                               22222                                                                                                         11111                                 1111                                                    
lowQualScore                  :        4     2      00       44       1   99999  22  666 1  99999 22 11111       1   7777  3       22   1   1  1     22 1    1    222 1 66666666 1     5 1 44444      1 3333  0    22222  55555   333      66666666      8888        1 888          1  777777     1  22     2    
lowQualScore                  :        .     .      ..       ..       .   .....  ..  ... .  ..... .. .....       .   ....  .       ..   .   .  .     .. .    .    ... . ........ .     . . .....      . ....  .    .....  .....   ...      ........      ....        . ...          .  ......     .  ..     .    
lowQualScore                  :        4     0      22       88       8   11111  66  777 9  77777 66 88888       8   7777  6       33   7   7  7     33 7    7    999 7 00000000 7     0 7 33333      7 5555  8    44444  22222   000      66666666      7777        8 222          8  000000     8  88     1    
consensus                     : ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTG-C-T---T-CGATCG-A----GTAAAAA--T--TT--C--TTG---AAGTAT-C------TGTTTC---AAGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
Reference ( gi|130798 )       : ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----CT--CA----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTG-C-T---T-CGATCG-A----GTAAAAA--A--TT--C--TTG---AAGTAT-T------TGTTTC---TAGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130799                     : ATTTGTC-CAACG-TATTG---AAAAC----ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CA----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTG-C-T---T-CGATCG-A----GT-AAAA--A--TT--T--TTG---AAGTAT-T------TGTTTC---TAGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TA-GG-ATGT
gi|130801                     : ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATGT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTG-C-T---T-CGATCA-A----GT-AAAA--T--TT--C--TTG---AATTAC-C------TGTTTC---AAGAAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130800                     : ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----TTAACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-G-TTG-C-T---T-CGATCG-A----GT-AAAA--T--TT--C--TCG---AAGTAT-T------TCTTTC---AAGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAT-ATGT
gi|130802                     : ATTTGTC-CAATG-TATTGG--AAAACTA--ATACTTT-TAT-----GT--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----T--ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTAT-ACCT---G-A--------G-GGTTG-C-T-----CGATCG-A----GTAAACA--T--TT--C--TTG---AAGTAT-T------TGTTTC---TAGAAATGC-A---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130803                     : ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAA----GT-ACAGGAA--TAT-TTC-TA-TATTT--T-GTTT-ATCT---G-A--------A-GTTTT-C-T---T-CGGTCG-A----GTAAAAA--T--TT--C--TTG---AAGTAT-C------TGTTTG---AAGAAATGC-TTCATATTCAGTGT-TT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130804                     : ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-TA-TATAT--T-GTT--ACCT---C-A--------G-GTTTG-C-T---T-CGATC--------------------------TTG---AAGTAT-T------TGTTTT---AAGAAATTT-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130805                     : ATTTGTC-CAACG-TATTGA--AAAATTAT-ATACATA-TTT-----GG--AA---T-TA----AT--CT----TAAATGT-CAG----TG-ACAGGAA--TAT-CTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTGTC-TGGGT-CGATCA-A----GTAAAAA--T--TT--C--TTG---AAGTAT-C------TGTTTA----AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-
gi|130806                     : ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTT--ATACATT-CAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGAAA--TGT-TTC-CA-TTTTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTT-G-T---T-AGATCG-A----GTAAACT--A--TT--T--TTG---AAGTTT-C------TG-TTC---AAGAAATGC-T---TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130807                     : ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTA---TACATT-CAT-----GG--AA---T--A----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGAAA--TGT-TTC-CA-T-TTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTG---T---T-AGATCG-A----GTAAACT--A--TT-----TTG---AAGTTT-C------TG-TTC---AAGAAATGC-----TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130808                     :  TTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCTATCG-ATTTCACCTA-TTTTGAT-T---T-CGATCG-A----GTAAAGA--T--TT--C--TTG---AAGTAT-T------TGTTTC---AAGAAATGC-T---TATTTAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130809                     :  TTTGTT-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TATTTGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GACTG-C-T---T-CGATGG-A----GCACAAAGGA--T------TTG---AAGTAT-T------TGTTTC---AAGAAATGC-TA--TATTCAGTGT-GT------TAATG-AA--TATGGCATG
gi|130810                     :  TTTGTC-CAACG-TATTGGA-AAAACTA--ATACAAT-TAT-----GG--AA---TATA----TT--TT----AAAATGTCCAG----TT-ACA-GAA--TAT-TCC-AA-T-CTT--T-GTTTCCCCT---GCA--------G-GTTTG-CGT---T-CGATCGCA----GTAAGAA--AATTT--CGTCTG---AAGTATCT------TGTTCA---AAGAAATGCGT---TATTTAGTG------------ATT-GGCTTATGG-
gi|130811                     :  TTTGCG-CAACGGTATTGGGTAAAGCTGTGATACATC-TAT-----TG--AA---T-TA----TTGTCG-----AAATG--CAG----TTTACAGGAAGATAT-TTCGCAGTAGTTGGT-GTTG-ACCT---G-A--------GCGTTTG-C-T---TGCGATCG-A----GTAAACA--G--GTGGC--TTGAGTAGGTAT-T------TGTTTCAGAGAGGAATGG-T---GAAGCAGTGTGGTG-----TAATTGGA--TATGG-ATGT
gi|130812                     :  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAAACCA--ATACATT-TATATCATGG--AACCAT-TC----TT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-AA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-TCCT---G-A--------A-ATTTA-C-T------AA--G-A----GCAAACA--T--TT--C--TTG---AAGGAT-
gi|130813                     :  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAA-CCA--ATACATT-TATATCATGG--AACCAT-TC----TT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-AA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-TCCT---G-A--------A-ATTTA-C-A---T--AA--G-A----GCAAACA--T--TT--C--T
gi|130814                     :   TTGTC--AACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-GAT-----GG--AA---T-TA----TT--C-----T---TGT-CAG----TT-ACAGGAG--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTT--ACCT---G-A--------G-GTTTG-C-A---T-CGATCG-A----GTAAAAC--T--TT--C--TTG---AGGTAC-C------TGTTTC---AAGAAATGC-T---AATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130815                     :   TTGTC-CAATG-TATTGG--AAA-CTA--ATACAAT-TA------GG--AA---T-T-----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TGTATTC-CA-TTTTT--TTATTT-AC-T---G-A--------G-GTTTGGC-T---T-CGAT-G-AAAAGGTAAAAA--A--TTT-C--TTG---AAGTAT-C------TGTTT-----AGCAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-G
gi|130816                     :        -CAACG-TATTGA--AAAAATA--ATACATT-TAT-----
gi|130817                     :           ACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AA---T-TA----TT--CT----TAAATGT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GTTTG-C-T---T-CTATTG-A----GTAAAAA--A--TT--C--TTG---AAGTAT-C------TGTTTC---AAGAAATAC-T---TATTCAGTGT-GTTACATGTAATT-AA--TATGG-ATGTatttccatattttgtttactttagatttgcttcgatcgggtaaattttttttgaagtttcaagaaatgcttattcagtgttaattgatatggatgt
gi|130818                     :              -TATTGG--AA--CTA--ATACATTACAT-----GG--AT---T-TAATTTCT--TC----TAAATGT-CAG----TA-ACAGGAA--TAT-CTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACCT---G-A--------G-GACTG-C-T---T-CGTTGG-A----GCACAAA--T--GT--T--TTG---AAGTAT-T------TGTTTC---AAGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TTATT-TA--TATGG-ATGT
gi|130819                     :                                   CATT-TAT-----GGTAAA---T-CA----TT--CC----TCAGTAT-CAG----TT-ACAGGAA--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ATCT---G-A--------G-GTTTG-C-T---A-CGAACG-A----GTAAAAA--T--GT--C--TTG---AAGTAT-C------TGTTCC---AAGAAATGC-T---TGTTCTCTGT-GT------TAATT-AA--TAT
gi|130820                     :                                    ATT-T-T-----GG--AA---T-CA----TT--TT----TCAGTAT-CTG----TT-ACAGGAG--TAT-TTC-CT-TATTT--T-GTTT-TCCT---G-A--------G-ATTTG-C-T-------A-CG-A----ATGAAAA--T--TT--C--TTG---AAGTAT-C------TGTTCC---ACGAAATGC-TTAATATTCGCAGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATAT
gi|130821                     :                                                                             AGTGT-CAG----TT-GCAGAAA--TAT-TTC-CA-TATTT--C-GTTT-ACCT---G-A--------G-ATTTG-C-T---
gi|130822                     :                                                                                            cttcGAAA--TAT-T-C-TA-TATTT--T-GAAT-ACCT---G-A--------G-GTTAG-C-T---A-CGATGG-A----GT--AAA--A--TT----------------T-C------TGTTCC---AAGAAATGC-T---TATTC--TCT-GT------TATTT-AA--TATGG-AT
gi|130816                     :                                                                                                   A--TAT-TTC-CA-TATTT--T-GTTT-ACTT---T-A--------G-ATTTG-C-T---T-CGATCG-G----GTAAATT--T--TT--T--TTG---AA-------------GTTTC---AAGAAATGC-T---TATTCA--GT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130823                     :                                                                                                                                        caacgtattgaaaaaataatacatttGATTA-G----GTAAAAA--T--GT--C--TTG---AAGTAC-TAGCATCTGTTTC---AAGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATA-AA--TATGG-ATAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                        4     1      99       44       1   88888  22   1  22     44  1111111    1   9999  1      22    1   1  3     22     1    222 1 55555555 1    1 3 1 33333      1 3333  2222   3 22    22   222     444444  1       333        1 777          1  666666     1  22     2    
lowQualScore                  :                        .     .      ..       ..       .   .....  ..   .  ..     ..  .......    .   ....  .      ..    .   .  .     ..     .    ... . ........ .    . . . .....      . ....  ....   . ..    ..   ...     ......  .       ...        . ...          .  ......     .  ..     .    
lowQualScore                  :                        2     9      88       55       7   77777  55   8  55     11  3333333    7   1111  7      22    6   6  2     22     6    888 6 88888888 6    6 2 6 88888      6 4444  2222   2 22    22   999     888888  7       000        7 888          7  777777     7  66     0    
consensus                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
Reference ( family-694 )      :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130798                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--CTCAT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--ATTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130799                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTG---AAAAC----ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCAT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTT---TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TA-GG-ATGT
gi|130800                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TTAACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-G-TT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT----AAA-A--TTTC--TCG---AAGTA------TT-TCTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAT-ATGT
gi|130801                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATGT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCA-A----GT----AAA-A--TTTC--TTG---AATTA------CC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130802                     :                 ATTTGTC-CAATG-TATTGG--AAAACTA--ATACTTT-TAT-----GT--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----T--ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTAT-ACCT---G-A--------G-GGTT-G-C-T-----CGATCG-A----GT-A--AAC-A--TTTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-A---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130803                     :                 ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAA----GT-ACAGGA--ATAT-TTC-TA-TATTT--TGTTT-ATCT---G-A--------A-GTTT-T-C-T---T-CGGTCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTGA---AGAAATGC-TTCATATTCAGTGT-TT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130804                     :                 ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-TA-TATAT--TGTT--ACCT---C-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATC--------------------------TTG---AAGTA------TT-TGTTTTA---AGAAATTT-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130805                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGA--AAAATTAT-ATACATA-TTT-----GG--AAT-TA--ATCTT--AA-------ATGT-CAG----TG-ACAGGA--ATAT-CTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-GTC-TGGGT-CGATCA-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTT-A---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-
gi|130806                     :                 ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTT--ATACATT-CAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGAA--ATGT-TTC-CA-TTTTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-T-G-T---T-AGATCG-A----GT-A--AACTA--TTT---TTG---AAGTT------TC-TG-TTCA---AGAAATGC-T---TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130807                     :                 ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTA---TACATT-CAT-----GG--AAT--A--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGAA--ATGT-TTC-CA-T-TTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G---T---T-AGATCG-A----GT-A--AACTA--TT----TTG---AAGTT------TC-TG-TTCA---AGAAATGC-----TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130808                     :                  TTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCTATCG-ATTTCACCTA-TTTT-GAT-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAG-A--TTTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTTAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130809                     :                  TTTGTT-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AT-------TTGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GACT-G-C-T---T-CGATGG-A----GC-A--CAA-A--GGAT--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-TA--TATTCAGTGT-GT------TAATG-AA--TATGGCATG
gi|130810                     :                  TTTGTC-CAACG-TATTGGA-AAAACTA--ATACAAT-TAT-----GG--AATATA--TTTTA--AA-------ATGTCCAG----TT-ACA-GA--ATAT-TCC-AA-T-CTT--TGTTTCCCCT---GCA--------G-GTTT-G-CGT---T-CGATCGCA----GT-AAGAAA-A--TTTCGTCTG---AAGTA------TCTTGTTCAA---AGAAATGCGT---TATTTAGTG------------ATT-GGCTTATGG-
gi|130811                     :                  TTTGCG-CAACGGTATTGGGTAAAGCTGTGATACATC-TAT-----TG--AAT-TA--TTGTCG-AA-------ATG--CAGT---TT-ACAGGAAGATAT-TTCGCAGTAGTTGGTGTTG-ACCT---G-A--------GCGTTT-G-C-T---TGCGATCG-A----GT-A--AAC-AGGTGGC--TTGAGTAGGTA------TT-TGTTTCAGAGAGGAATGG-T---GAAGCAGTGTGGTG-----TAATTGGA--TATGG-ATGT
gi|130812                     :                  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAAACCA--ATACATT-TATATCATGG--AAC-CA--TTCTT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-A--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------A-ATTT-A-C-T------AA--G-A----GC-A--AAC-A--TTTC--TTG---AAGGA------T
gi|130813                     :                  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAA-CCA--ATACATT-TATATCATGG--AAC-CA--TTCTT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-A--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------A-ATTT-A-C-A---T--AA--G-A----GC-A--AAC-A--TTTC--T
gi|130814                     :                   TTGTC--AACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-GAT-----GG--AAT-TA--TTCTT-------------GT-CAG----TT-ACAGGA--GTAT-TTC-CA-TATTT--TGTT--ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-A---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-C--TTTC--TTG---AGGTA------CC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---AATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130815                     :                   TTGTC-CAATG-TATTGG--AAA-CTA--ATACAAT-TA------GG--AAT-T---TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATGTATTC-CATTTTTT--TATTT-A-CT---G-A--------G-GTTTGG-C-T---T-CGAT-G-AAAAGGTAA--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTT-----AGCAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-G
gi|130816                     :                        -CAACG-TATTGA--AAAAATA--ATACATT-TAT-----
gi|130816                     :                                                                                                                 --ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACTT---T-A--------G-ATTT-G-C-T---T-CGATCG-G----GT-A--AAT-T--TTTT--TTG---AA-------------GTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCA--GT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGTatttccatattttgtttactttagatttgcttcgatcgggtaaattttttttgaagtttcaagaaatgcttattcagtgttaattgatatggatgt
gi|130817                     : caacgtattgaaaaaataatacatttACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CTATTG-A----GT-A--AAA-A--ATTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATAC-T---TATTCAGTGT-GTTACATGTAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130818                     :                              -TATTGG--AA--CTA--ATACATTACAT-----GG--ATT-TAATTTCTTCTAA-------ATGT-CAG----TA-ACAGGA--ATAT-CTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GACT-G-C-T---T-CGTTGG-A----GC-A--CAA-A--TGTT--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TTATT-TA--TATGG-ATGT
gi|130819                     :                                                   CATT-TAT-----GGTAAAT-CA--TTCCT--CA-------GTAT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ATCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---A-CGAACG-A----GT-A--AAA-A--TGTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTCCA---AGAAATGC-T---TGTTCTCTGT-GT------TAATT-AA--TAT
gi|130820                     :                                                    ATT-T-T-----GG--AAT-CA--TTTTT--CA-------GTAT-CTG----TT-ACAGGA--GTAT-TTC-CT-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------G-ATTT-G-C-T-------A-CG-A----AT-G--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTCCA---CGAAATGC-TTAATATTCGCAGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATAT
gi|130821                     :                                                                              CTT--CA-------GTGT-CAG----TT-GCAGAA--ATAT-TTC-CA-TATTT--CGTTT-ACCT---G-A--------G-ATTT-G-C-T---
gi|130822                     :                                                                                                              GAA--ATAT-T-C-TA-TATTT--TGAAT-ACCT---G-A--------G-GTTA-G-C-T---A-CGATGG-A----GT----AAA-A--TT---------------------TC-TGTTCCA---AGAAATGC-T---TATTC--TCT-GT------TATTT-AA--TATGG-AT
gi|130823                     :                                                                                                                                                                                GATTA-G----GT-A--AAA-A--TGTC--TTG---AAGTACTAGCATC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATA-AA--TATGG-ATAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                        4     1      99       44       1   88888  22   1  22     44  1111111    1   9999  1      22    1   1  3     22     1    222 1 55555555 1    1 3 1 33333      1 3333  2222   3 22    22   222     444444  1       333        1 777          1  666666     1  22     2    
lowQualScore                  :                        .     .      ..       ..       .   .....  ..   .  ..     ..  .......    .   ....  .      ..    .   .  .     ..     .    ... . ........ .    . . . .....      . ....  ....   . ..    ..   ...     ......  .       ...        . ...          .  ......     .  ..     .    
lowQualScore                  :                        2     9      88       55       7   77777  55   8  55     11  3333333    7   1111  7      22    6   6  2     22     6    888 6 88888888 6    6 2 6 88888      6 4444  2222   2 22    22   999     888888  7       000        7 888          7  777777     7  66     0    
consensus                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
Reference ( family-694 )      :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130798                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--CTCAT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--ATTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130799                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTG---AAAAC----ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCAT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTT---TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TA-GG-ATGT
gi|130800                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TTAACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-G-TT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT----AAA-A--TTTC--TCG---AAGTA------TT-TCTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAT-ATGT
gi|130801                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATGT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCA-A----GT----AAA-A--TTTC--TTG---AATTA------CC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130802                     :                 ATTTGTC-CAATG-TATTGG--AAAACTA--ATACTTT-TAT-----GT--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----T--ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTAT-ACCT---G-A--------G-GGTT-G-C-T-----CGATCG-A----GT-A--AAC-A--TTTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-A---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130803                     :                 ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAA----GT-ACAGGA--ATAT-TTC-TA-TATTT--TGTTT-ATCT---G-A--------A-GTTT-T-C-T---T-CGGTCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTGA---AGAAATGC-TTCATATTCAGTGT-TT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130804                     :                 ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-TA-TATAT--TGTT--ACCT---C-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATC--------------------------TTG---AAGTA------TT-TGTTTTA---AGAAATTT-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130805                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGA--AAAATTAT-ATACATA-TTT-----GG--AAT-TA--ATCTT--AA-------ATGT-CAG----TG-ACAGGA--ATAT-CTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-GTC-TGGGT-CGATCA-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTT-A---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-
gi|130806                     :                 ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTT--ATACATT-CAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGAA--ATGT-TTC-CA-TTTTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-T-G-T---T-AGATCG-A----GT-A--AACTA--TTT---TTG---AAGTT------TC-TG-TTCA---AGAAATGC-T---TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130807                     :                 ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTA---TACATT-CAT-----GG--AAT--A--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGAA--ATGT-TTC-CA-T-TTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G---T---T-AGATCG-A----GT-A--AACTA--TT----TTG---AAGTT------TC-TG-TTCA---AGAAATGC-----TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130808                     :                  TTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCTATCG-ATTTCACCTA-TTTT-GAT-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAG-A--TTTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTTAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130809                     :                  TTTGTT-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AT-------TTGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GACT-G-C-T---T-CGATGG-A----GC-A--CAA-A--GGAT--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-TA--TATTCAGTGT-GT------TAATG-AA--TATGGCATG
gi|130810                     :                  TTTGTC-CAACG-TATTGGA-AAAACTA--ATACAAT-TAT-----GG--AATATA--TTTTA--AA-------ATGTCCAG----TT-ACA-GA--ATAT-TCC-AA-T-CTT--TGTTTCCCCT---GCA--------G-GTTT-G-CGT---T-CGATCGCA----GT-AAGAAA-A--TTTCGTCTG---AAGTA------TCTTGTTCAA---AGAAATGCGT---TATTTAGTG------------ATT-GGCTTATGG-
gi|130811                     :                  TTTGCG-CAACGGTATTGGGTAAAGCTGTGATACATC-TAT-----TG--AAT-TA--TTGTCG-AA-------ATG--CAGT---TT-ACAGGAAGATAT-TTCGCAGTAGTTGGTGTTG-ACCT---G-A--------GCGTTT-G-C-T---TGCGATCG-A----GT-A--AAC-AGGTGGC--TTGAGTAGGTA------TT-TGTTTCAGAGAGGAATGG-T---GAAGCAGTGTGGTG-----TAATTGGA--TATGG-ATGT
gi|130812                     :                  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAAACCA--ATACATT-TATATCATGG--AAC-CA--TTCTT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-A--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------A-ATTT-A-C-T------AA--G-A----GC-A--AAC-A--TTTC--TTG---AAGGA------T
gi|130813                     :                  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAA-CCA--ATACATT-TATATCATGG--AAC-CA--TTCTT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-A--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------A-ATTT-A-C-A---T--AA--G-A----GC-A--AAC-A--TTTC--T
gi|130814                     :                   TTGTC--AACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-GAT-----GG--AAT-TA--TTCTT-------------GT-CAG----TT-ACAGGA--GTAT-TTC-CA-TATTT--TGTT--ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-A---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-C--TTTC--TTG---AGGTA------CC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---AATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130815                     :                   TTGTC-CAATG-TATTGG--AAA-CTA--ATACAAT-TA------GG--AAT-T---TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATGTATTC-CATTTTTT--TATTT-A-CT---G-A--------G-GTTTGG-C-T---T-CGAT-G-AAAAGGTAA--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTT-----AGCAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-G
gi|130816                     :                        -CAACG-TATTGA--AAAAATA--ATACATT-TAT-----
gi|130816                     :                                                                                                                 --ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACTT---T-A--------G-ATTT-G-C-T---T-CGATCG-G----GT-A--AAT-T--TTTT--TTG---AA-------------GTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCA--GT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGTatttccatattttgtttactttagatttgcttcgatcgggtaaattttttttgaagtttcaagaaatgcttattcagtgttaattgatatggatgt
gi|130817                     : caacgtattgaaaaaataatacatttACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CTATTG-A----GT-A--AAA-A--ATTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATAC-T---TATTCAGTGT-GTTACATGTAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130818                     :                              -TATTGG--AA--CTA--ATACATTACAT-----GG--ATT-TAATTTCTTCTAA-------ATGT-CAG----TA-ACAGGA--ATAT-CTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GACT-G-C-T---T-CGTTGG-A----GC-A--CAA-A--TGTT--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TTATT-TA--TATGG-ATGT
gi|130819                     :                                                   CATT-TAT-----GGTAAAT-CA--TTCCT--CA-------GTAT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ATCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---A-CGAACG-A----GT-A--AAA-A--TGTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTCCA---AGAAATGC-T---TGTTCTCTGT-GT------TAATT-AA--TAT
gi|130820                     :                                                    ATT-T-T-----GG--AAT-CA--TTTTT--CA-------GTAT-CTG----TT-ACAGGA--GTAT-TTC-CT-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------G-ATTT-G-C-T-------A-CG-A----AT-G--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTCCA---CGAAATGC-TTAATATTCGCAGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATAT
gi|130821                     :                                                                              CTT--CA-------GTGT-CAG----TT-GCAGAA--ATAT-TTC-CA-TATTT--CGTTT-ACCT---G-A--------G-ATTT-G-C-T---
gi|130822                     :                                                                                                              GAA--ATAT-T-C-TA-TATTT--TGAAT-ACCT---G-A--------G-GTTA-G-C-T---A-CGATGG-A----GT----AAA-A--TT---------------------TC-TGTTCCA---AGAAATGC-T---TATTC--TCT-GT------TATTT-AA--TATGG-AT
gi|130823                     :                                                                                                                                                                                GATTA-G----GT-A--AAA-A--TGTC--TTG---AAGTACTAGCATC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATA-AA--TATGG-ATAT


blockSeqs                     :                        T     G      CC       TG       A   ATCAT  TA   A  AT     CT  GTATTAC    C   AACT  A      AG    A   G  G     GG     C    ATC C TTTCACCT C    G T G GGGT       C AAAG  AAG    T GG    GT   AGT     CTAGCA  T       GAG        G TCA          G  TACATG     G  CT     C
blockSeqs                     :                        T     .      CC       T        .   ATCAT  .    .  .      G   GTATTAC    .   AACT  .      .     .   .  T     .      .    .   . .        .    . A . TG         . .     AA     T .     .    .       .       .       .          . TAA          .  G          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      GT       .        .   .      .    .  .      .   .          .   T     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . A            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      A        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                        .     .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . T          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                              .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . A          . .     G      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .      .
blockSeqs                     :                              .      .        .        .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . A          . .     A      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .  .       
blockSeqs                     :                                                       .   .      .    .  .      .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . .          . .     .      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .          
blockSeqs                     :                                                       .   .                     .   .          .   .     .      .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . .          . .     .      . .     .    .       .       .       .          . .            .  .          .          
blockSeqs                     :                                                                                                                 .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . . .          . .     .      . .     .    .       .                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                 .     .   .  .     .      .    .   . .        .    . . .            . .     .      . .     .                                                                               


blockSeqCons                  :                 
originalCons                  :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
finalCons                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                        4     1      99       44       1   88888  22   1  22     44  1111111    1   9999  1      22    1   1  3     22     1    222 1 55555555 1    1 3 1 33333      1 3333  2222   3 22    22   222     444444  1       333        1 777          1  666666     1  22     2    
lowQualScore                  :                        .     .      ..       ..       .   .....  ..   .  ..     ..  .......    .   ....  .      ..    .   .  .     ..     .    ... . ........ .    . . . .....      . ....  ....   . ..    ..   ...     ......  .       ...        . ...          .  ......     .  ..     .    
lowQualScore                  :                        2     9      88       55       7   77777  55   8  55     11  3333333    7   1111  7      22    6   6  2     22     6    888 6 88888888 6    6 2 6 88888      6 4444  2222   2 22    22   999     888888  7       000        7 888          7  777777     7  66     0    
consensus                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
Reference ( family-694 )      :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130798                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--CTCAT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--ATTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130799                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTG---AAAAC----ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCAT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-A--TTT---TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TA-GG-ATGT
gi|130800                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TTAACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-G-TT-G-C-T---T-CGATCG-A----GT----AAA-A--TTTC--TCG---AAGTA------TT-TCTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAT-ATGT
gi|130801                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATGT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATCA-A----GT----AAA-A--TTTC--TTG---AATTA------CC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130802                     :                 ATTTGTC-CAATG-TATTGG--AAAACTA--ATACTTT-TAT-----GT--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----T--ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTAT-ACCT---G-A--------G-GGTT-G-C-T-----CGATCG-A----GT-A--AAC-A--TTTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCT---AGAAATGC-A---TATTCAGTGT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGT
gi|130803                     :                 ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAA----GT-ACAGGA--ATAT-TTC-TA-TATTT--TGTTT-ATCT---G-A--------A-GTTT-T-C-T---T-CGGTCG-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTGA---AGAAATGC-TTCATATTCAGTGT-TT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130804                     :                 ATTTGTC-CAACA-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-TA-TATAT--TGTT--ACCT---C-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CGATC--------------------------TTG---AAGTA------TT-TGTTTTA---AGAAATTT-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130805                     :                 ATTTGTC-CAACG-TATTGA--AAAATTAT-ATACATA-TTT-----GG--AAT-TA--ATCTT--AA-------ATGT-CAG----TG-ACAGGA--ATAT-CTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-GTC-TGGGT-CGATCA-A----GT-A--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTT-A---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATT-
gi|130806                     :                 ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTT--ATACATT-CAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGAA--ATGT-TTC-CA-TTTTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-T-G-T---T-AGATCG-A----GT-A--AACTA--TTT---TTG---AAGTT------TC-TG-TTCA---AGAAATGC-T---TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130807                     :                 ATTTTTC-GAA-G-T-TTGACCAAAACTA---TACATT-CAT-----GG--AAT--A--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGAA--ATGT-TTC-CA-T-TTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G---T---T-AGATCG-A----GT-A--AACTA--TT----TTG---AAGTT------TC-TG-TTCA---AGAAATGC-----TATTAAGTGT-GT------TAACT-AA--TATGG-AT
gi|130808                     :                  TTTGTC-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCTATCG-ATTTCACCTA-TTTT-GAT-T---T-CGATCG-A----GT-A--AAG-A--TTTC--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTTAGTGT-GT------TAATT-GA--TATAG-ATGT
gi|130809                     :                  TTTGTT-CAACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AT-------TTGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GACT-G-C-T---T-CGATGG-A----GC-A--CAA-A--GGAT--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-TA--TATTCAGTGT-GT------TAATG-AA--TATGGCATG
gi|130810                     :                  TTTGTC-CAACG-TATTGGA-AAAACTA--ATACAAT-TAT-----GG--AATATA--TTTTA--AA-------ATGTCCAG----TT-ACA-GA--ATAT-TCC-AA-T-CTT--TGTTTCCCCT---GCA--------G-GTTT-G-CGT---T-CGATCGCA----GT-AAGAAA-A--TTTCGTCTG---AAGTA------TCTTGTTCAA---AGAAATGCGT---TATTTAGTG------------ATT-GGCTTATGG-
gi|130811                     :                  TTTGCG-CAACGGTATTGGGTAAAGCTGTGATACATC-TAT-----TG--AAT-TA--TTGTCG-AA-------ATG--CAGT---TT-ACAGGAAGATAT-TTCGCAGTAGTTGGTGTTG-ACCT---G-A--------GCGTTT-G-C-T---TGCGATCG-A----GT-A--AAC-AGGTGGC--TTGAGTAGGTA------TT-TGTTTCAGAGAGGAATGG-T---GAAGCAGTGTGGTG-----TAATTGGA--TATGG-ATGT
gi|130812                     :                  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAAACCA--ATACATT-TATATCATGG--AAC-CA--TTCTT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-A--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------A-ATTT-A-C-T------AA--G-A----GC-A--AAC-A--TTTC--TTG---AAGGA------T
gi|130813                     :                  TTTTTCTCAATG-AACTGG--AAA-CCA--ATACATT-TATATCATGG--AAC-CA--TTCTT--CAGTATTACATGT--AGAACTTT-ACAG-A--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------A-ATTT-A-C-A---T--AA--G-A----GC-A--AAC-A--TTTC--T
gi|130814                     :                   TTGTC--AACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-GAT-----GG--AAT-TA--TTCTT-------------GT-CAG----TT-ACAGGA--GTAT-TTC-CA-TATTT--TGTT--ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-A---T-CGATCG-A----GT-A--AAA-C--TTTC--TTG---AGGTA------CC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---AATTCATTGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130815                     :                   TTGTC-CAATG-TATTGG--AAA-CTA--ATACAAT-TA------GG--AAT-T---TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATGTATTC-CATTTTTT--TATTT-A-CT---G-A--------G-GTTTGG-C-T---T-CGAT-G-AAAAGGTAA--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTT-----AGCAATGC-T---TATTCATTGT-GT------TAATT-G
gi|130816                     :                        -CAACG-TATTGA--AAAAATA--ATACATT-TAT-----
gi|130816                     :                                                                                                                 --ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACTT---T-A--------G-ATTT-G-C-T---T-CGATCG-G----GT-A--AAT-T--TTTT--TTG---AA-------------GTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCA--GT-GT------TAATT-GA--TATGG-ATGTatttccatattttgtttactttagatttgcttcgatcgggtaaattttttttgaagtttcaagaaatgcttattcagtgttaattgatatggatgt
gi|130817                     : caacgtattgaaaaaataatacatttACG-TATTGG--AAAACTA--ATACATT-TAT-----GG--AAT-TA--TTCTT--AA-------ATGT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---T-CTATTG-A----GT-A--AAA-A--ATTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTTCA---AGAAATAC-T---TATTCAGTGT-GTTACATGTAATT-AA--TATGG-ATGT
gi|130818                     :                              -TATTGG--AA--CTA--ATACATTACAT-----GG--ATT-TAATTTCTTCTAA-------ATGT-CAG----TA-ACAGGA--ATAT-CTC-CA-TATTT--TGTTT-ACCT---G-A--------G-GACT-G-C-T---T-CGTTGG-A----GC-A--CAA-A--TGTT--TTG---AAGTA------TT-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TTATT-TA--TATGG-ATGT
gi|130819                     :                                                   CATT-TAT-----GGTAAAT-CA--TTCCT--CA-------GTAT-CAG----TT-ACAGGA--ATAT-TTC-CA-TATTT--TGTTT-ATCT---G-A--------G-GTTT-G-C-T---A-CGAACG-A----GT-A--AAA-A--TGTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTCCA---AGAAATGC-T---TGTTCTCTGT-GT------TAATT-AA--TAT
gi|130820                     :                                                    ATT-T-T-----GG--AAT-CA--TTTTT--CA-------GTAT-CTG----TT-ACAGGA--GTAT-TTC-CT-TATTT--TGTTT-TCCT---G-A--------G-ATTT-G-C-T-------A-CG-A----AT-G--AAA-A--TTTC--TTG---AAGTA------TC-TGTTCCA---CGAAATGC-TTAATATTCGCAGT-GT------TAATT-AA--TATGG-ATAT
gi|130821                     :                                                                              CTT--CA-------GTGT-CAG----TT-GCAGAA--ATAT-TTC-CA-TATTT--CGTTT-ACCT---G-A--------G-ATTT-G-C-T---
gi|130822                     :                                                                                                              GAA--ATAT-T-C-TA-TATTT--TGAAT-ACCT---G-A--------G-GTTA-G-C-T---A-CGATGG-A----GT----AAA-A--TT---------------------TC-TGTTCCA---AGAAATGC-T---TATTC--TCT-GT------TATTT-AA--TATGG-AT
gi|130823                     :                                                                                                                                                                                GATTA-G----GT-A--AAA-A--TGTC--TTG---AAGTACTAGCATC-TGTTTCA---AGAAATGC-T---TATTCAGTGT-GT------TAATA-AA--TATGG-ATAT