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lowQualScore                  :            .   .   ..  .. ..     . ... .     .   . .  .. .    .. .   . .  ... .  .   . .  .  . .   .  . .    
lowQualScore                  :            7   7   00  66 88     6 888 6     6   2 7  33 3    66 7   7 5  888 8  6   5 9  8  9 9   8  0 0    
consensus                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-TGT-C-CCNA-G-GT-ATCGG-GG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
Reference ( gi|103232 )       :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-TGT-C-CCAA-G-GT-ATCAG-GG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103233                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-TGT-C-CCAA-G-GT-ATCGG-GG-AT-G-ACC-AAGG-AGAA
gi|103225                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATAA--T-TGT-C-CCAA-G-GT-ATCGG-GG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103234                     :   aagACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-TGT-C-TCAA-G-GT-ATCGG-GG-AT-G-GCC-AA-G-AGAA
gi|103235                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAG-AGT-C-CA--A-ATTA--T-TGT-C-CCAA-G-GT-ATCGA-GG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
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gi|103228                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACCAGGC-TGT-C-CCTC-G-GT-ATCGG-GA-AT-G-ACC-AA-G-AGGA
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Alignments
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lowQualScore                  :            .   .   ..  ..  .     . ... .     .   . .  .. . .  .. . .  . .  .... .  . .   .   .  . .   .  . .    
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Reference ( family-693 )      :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-T-GT-C-CCNA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
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Alignments
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lowQualScore                  :            .   .   ..  ..  .     . ... .     .   . .  .. . .  .. . .  . .  .... .  . .   .   .  . .   .  . .    
lowQualScore                  :            6   6   88  44  5     5 777 5     5   1 6  22 2 4  00 7 7  7 7  7777 7  7 7   8   8  8 8   6  9 9    
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Reference ( family-693 )      :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-T-GT-C-CCNA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
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gi|103235                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAG-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-AGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103236                     :      ATAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-GGT-AT-G-ACC-AA-G-AAAA
gi|103237                     :      ACAGTT-ATT-CCAT-TG--GG-TATTT-----G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT---CCAA--G-GTAA-TCG-GGGCAT-GTACC-AA-G-AGAA
gi|103238                     :      ACAGTTTATC-CCA--TG--G--TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CAATA-ATTA--T-T-GT-C-TCCAACG-GT-A-TCG-GTG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103239                     :      ACAGTT-GTC-CCA--TG--G----TTC-G---G-GTAAC-AGT-C-C---A-ACTG--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TAGTGGC-AT-G-ACCAAA-G-AGAA
gi|103240                     :      ACAGTT-ATT-CCGATTG--GG-TATTT-GCAGG-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTAT-T-T-GT---CCAC--G-GC-A-TCG-GGA-TT-G-GCC-AA-G-AGAA
gi|103241                     :      ACAGTT-ATT-TCA--TG--CC-TAATT-G---G-GAAAC-AGT-C-AA--A-ACTA--T-T-GT-C-CTGA--G-GT-A-ATG-AAG-AA-G-ACC-CG-G-GGAA
gi|103242                     :      ACAATT-ATT-CCA--TG--GA-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-AATA--
gi|103243                     :        AGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-----G-GTAACAAGT-C-AT--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA----GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACCAAA-G-AGAAgttacacca
gi|103244                     :          TT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAA--AGT-C-CA--G-A-TAC-T-T-GT---CCAA--GCGT-A-TGG-GGG-ATGG-ACC-AA-G-
gi|103245                     :                           G-TAATC-G---G-GTAAC-AGT-T-CA--A-A-TA--T-TTGT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-GGG--T-G-ACC--A-G-AGAA


blockSeqs                     :            T   T   AT  CC  G     T CAG T     A   T G  AT C C  GG C T  G G  CAAC C  A A   T   C  G T   A  G .
blockSeqs                     :            .   .   T   C   .     . .   .     .   A .  .  C C  C  . .  . .  TC   .  . .   .   .  . .   A  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   C   .     . .   .     .   . .  .  . C  T  . .  . .  TC   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  C  . .  . .  TC   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  TC   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  .  . .  . .  CA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  .  . .  . .  TC   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  .  . .  . .  TC   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  .  . .  . .  TC   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  .  . .  . .  AC   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  GA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . C  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .  . .
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . A  .  . .  . .  AA   .  . .   .   .  . .   .     
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . T  .  . .  . .  AA   .  . .                      
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . .  .  . .  . .                                   
blockSeqs                     :            .   .   .   .   .     . .   .     .   . .  .  . .  .                                             
blockSeqs                     :                            .     . .   .     .   .                                                          


blockSeqCons                  :      
originalCons                  :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-T-GT-C-CCNA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
finalCons                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-T-GT-C-CCNA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA





Alignments
lowQualScore                  :            1   1   33  55  1     1 222 1     1   3 1  22 3 1  77 1 1  1 1  2222 1  1 1   1   1  1 1   3  1 1    
lowQualScore                  :            .   .   ..  ..  .     . ... .     .   . .  .. . .  .. . .  . .  .... .  . .   .   .  . .   .  . .    
lowQualScore                  :            6   6   88  44  5     5 777 5     5   1 6  22 2 4  00 7 7  7 7  7777 7  7 7   8   8  8 8   6  9 9    
consensus                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-T-GT-C-CCNA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
Reference ( family-693 )      :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-T-GT-C-CCNA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103220                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GA-TAGTT-C---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACTA--T-T-GT-C-CCTA--G-GC-A-ACA-GGC-A----ACC-A
gi|103221                     : aaaaaACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-T--TT-G---G--TAAC-AGTTC-CA--ACACCA--T-T-GT-C-CCTC--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-GAAGAA
gi|103222                     : aataaACAGT--GTT-CCA--TG--G--TATTT-G---GTGTAAC-AGT-C-----A-AC-G--T-T-GT-C-CCTC--G-GT-AATCG-TGG-AT-G-ACC-AG-G-AAA
gi|103223                     : aaataACAGTT--TT-TCA--TGC-GA-TGTTT-G---A--TAA---GT-C-CA--A-ACCA--TCT-GT-A-CCTC--G-GT-A-TC--GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103224                     : aaagaACAGTA-TTT-CCA--TGC-GG-TTATT-G---G-TCAAC-AGTACGCA--A-ACCAC-T-T-GT-C-CCTC--G-GT-A-C---GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103225                     :  aaaaACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATAA--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103226                     :   aagACAGTT-ATT-CCG--TG--GA-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--T-ACTA--T-T-GTGC-CTCA--G-GC-A-
gi|103227                     :   aaaACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-A---G-GTAAC-AGT-
gi|103228                     :   aaaACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ACCAGGC-T-GT-C-CCTC--G-GT-A-TCG-GGA-AT-G-ACC-AA-G-AGGA
gi|103229                     :   aaaACAGTT-ATT-CC---TG--GG-TATTTTG---G-GTAAC-AGT-C-CA--ACACCA--T-T-GT-C-CCTC--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103230                     :   aaaACAGTT-ATTTCCA--TG--GGGTATTT-A---G-GTAAC-AGT-T-CA--A-ACCA--T-T-GT-CGCCTC--G-TT-A-TCA-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103231                     :   aaaATAGTT-ATT-TCA--TGCCGA-ATTTT-G---G-GAAAC-AGT-C-AA--A-ACCA--C-T-GT-C-CC
gi|103232                     :   aaaACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TCA-GGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103233                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACC-AAGG-AGAA
gi|103234                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT-C-TCAA--G-GT-A-TCG-GGG-AT-G-GCC-AA-G-AGAA
gi|103235                     :      ACAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAG-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-AGG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103236                     :      ATAGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-GGT-AT-G-ACC-AA-G-AAAA
gi|103237                     :      ACAGTT-ATT-CCAT-TG--GG-TATTT-----G-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTA--T-T-GT---CCAA--G-GTAA-TCG-GGGCAT-GTACC-AA-G-AGAA
gi|103238                     :      ACAGTTTATC-CCA--TG--G--TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CAATA-ATTA--T-T-GT-C-TCCAACG-GT-A-TCG-GTG-AT-G-ACC-AA-G-AGAA
gi|103239                     :      ACAGTT-GTC-CCA--TG--G----TTC-G---G-GTAAC-AGT-C-C---A-ACTG--T-T-GT-C-CCAA--G-GT-A-TAGTGGC-AT-G-ACCAAA-G-AGAA
gi|103240                     :      ACAGTT-ATT-CCGATTG--GG-TATTT-GCAGG-GTAAC-AGT-C-CA--A-ATTAT-T-T-GT---CCAC--G-GC-A-TCG-GGA-TT-G-GCC-AA-G-AGAA
gi|103241                     :      ACAGTT-ATT-TCA--TG--CC-TAATT-G---G-GAAAC-AGT-C-AA--A-ACTA--T-T-GT-C-CTGA--G-GT-A-ATG-AAG-AA-G-ACC-CG-G-GGAA
gi|103242                     :      ACAATT-ATT-CCA--TG--GA-TATTT-G---G-GTAAC-AGT-C-CA--A-AATA--
gi|103243                     :        AGTT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-----G-GTAACAAGT-C-AT--A-ATTA--T-T-GT-C-CCAA----GT-A-TCG-GGG-AT-G-ACCAAA-G-AGAAgttacacca
gi|103244                     :          TT-ATT-CCA--TG--GG-TATTT-G---G-GTAA--AGT-C-CA--G-A-TAC-T-T-GT---CCAA--GCGT-A-TGG-GGG-ATGG-ACC-AA-G-
gi|103245                     :                           G-TAATC-G---G-GTAAC-AGT-T-CA--A-A-TA--T-TTGT-C-CCAA--G-GT-A-TCG-GGG--T-G-ACC--A-G-AGAA