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lowQualScore                  :    . .        .  ..     ....   . ...  ....   ... .  .......   .       .  .......... .   .. . .. ......  .  ..  ..       .. .. ..             
lowQualScore                  :    9 7        7  77     0000   4 777  9999   777 1  8888888   1       7  0000000000 6   33 7 33 888888  7  66  33       33 33 33             
consensus                     : CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
Reference ( gi|71535 )        : CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---TGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71536                      : CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--AGTTGGCCGAGTG
gi|71537                      : CAA-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGATGGCCGAGTG
gi|71538                      : CAG-C-CATATTCT-CA--ATGAC----ACT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GG--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71540                      : CAA-C-CATCTTCT-CA--GTGGC----GGT-T---TA---CGTC---A-AA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71541                      : CAG-C-CATATTCT-CA--ATAGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTTC--G--A--GGTTGACCGAATG
gi|71542                      : CAG-A-TATCTTCT-CA--TTGGC----GGT-T---TA---AGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AT--GA--ATATTCC--A--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71539                      : CAG-C-CATCTTGT-CA--ATGGC----ACT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-TCGAGGG-TA----------G-TAT--G-A--GTATGAAGT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCTGAGTG
gi|71543                      : CAG-C-CAT-TTCT-CA--ATG-C----GAT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TTT--G-ATCG------GT-ACGGGA--ATATTCT--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71544                      : CAG-CACATTTTCT-CA--ATGGC----GAT-T---TA---CATC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA------------TAT----A--G------GT-AC--GA--ATAT--C--G--A--GGTTGGCC-AGTG
gi|71545                      : CAGAC-CATCTTCGACAGAATGGCAGCAGCT-T---TA---CGTT---A-TA-------CAGACCGAGGT-TATAGGCTAAATG-TATTCG-A--G------GT-ACTGGAATATATTCC--G--ATTAGTTGGC
gi|71546                      : CAC-C-CATCTTCT-CA--TTGGC----ACT-T---TA---CGTC---A-TG-------TAG-CCAAGGC-TA----------G-
gi|71547                      :  AG-C-CATATTTT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---TGCC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AG--GA--ATATTCT--G--A--GGTTGGCCGA
gi|71549                      :  AG-C-CATCTT-T-CA--ATGGC----GCT-TAAATA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A---------GT-A---GA--A-ATTTCAAG--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71548                      :   G-C-AATCT-CT-CC--ATAGC----GCT-T---TA---CATC---A-TA-------CAA-CTGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--AGTTGGCCGAGT
gi|71550                      :    ag-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAAGT-TA----------G-TAT--G-A--A------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCAAGTG
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gi|71554                      :                                  ---TA---TATC---A-TA-------C--------GT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71555                      :                                  ---TA---CATC---A-TA-------C--------GT-TA----------G-TGT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAATG
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gi|71556                      :                                                           tacatcgtacGT-TA----------G-TAT--G-A--G------AT-AC--GG--ATATTCC--G--A--GGTTGACCGAGTG
gi|71557                      :                                                                      T-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
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gi|71559                      :                                                                       -TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGATTG
gi|71560                      :                                                                         A----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG





Alignments
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lowQualScore                  :     . .        .  ..     ....   . ...  ...    ... .  .......   .       .  .......... .   .. . .. ......  .  ..  ..       .. .. ..             
lowQualScore                  :     7 5        5  44     7777   2 333  333    333 9  2222222   9       6  7777777777 5   22 6 22 666666  6  44  22       22 22 22             
consensus                     :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
Reference ( family-692 )      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71535                      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---TGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71536                      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--AGTTGGCCGAGTG
gi|71537                      :  CAA-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGATGGCCGAGTG
gi|71538                      :  CAG-C-CATATTCT-CA--ATGAC----ACT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GG--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71539                      :  CAG-C-CATCTTGT-CA--ATGGC----ACT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-TCGAGGG-TA----------G-TAT--G-A--GTATGAAGT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCTGAGTG
gi|71540                      :  CAA-C-CATCTTCT-CA--GTGGC----GGT-T---TA---CGTC---A-AA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
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gi|71543                      :  CAG-C-CAT-TTCT-CA--ATG-C----GAT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TTT--G-ATCG------GT-ACGGGA--ATATTCT--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71544                      :  CAG-CACATTTTCT-CA--ATGGC----GAT-T---TA---CATC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA------------TAT----A--G------GT-AC--GA--ATAT--C--G--A--GGTTGGCC-AGTG
gi|71545                      :  CAGAC-CATCTTCGACAGAATGGCAGCAGCT-T---TA---CGTT---A-TA-------CAGACCGAGGT-TATAGGCTAAATG-TATTCG-A--G------GT-ACTGGAATATATTCC--G--ATTAGTTGGC
gi|71546                      :  CAC-C-CATCTTCT-CA--TTGGC----ACT-T---TA---CGTC---A-TG-------TAG-CCAAGGC-TA----------G-
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gi|71553                      :                                   ---TA---CATC---G-TA-------C--------GT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71554                      :                                   ---TA---TATC---A-TA-------C--------GT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71555                      :                                   ---TA---CATC---A-TA-------C--------GT-TA----------G-TGT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAATG
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Alignments
lowQualScore                  :     2 2        2  33     4444   2 333  333    333 1  6666666   1       1  6666666666 1   22 1 22 444444  1  44  22       22 22 22             
lowQualScore                  :     . .        .  ..     ....   . ...  ...    ... .  .......   .       .  .......... .   .. . .. ......  .  ..  ..       .. .. ..             
lowQualScore                  :     7 5        5  44     7777   2 333  333    333 9  2222222   9       6  7777777777 5   22 6 22 666666  6  44  22       22 22 22             
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Reference ( family-692 )      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71535                      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---TGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71536                      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--AGTTGGCCGAGTG
gi|71537                      :  CAA-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGATGGCCGAGTG
gi|71538                      :  CAG-C-CATATTCT-CA--ATGAC----ACT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GG--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
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gi|71542                      :  CAG-A-TATCTTCT-CA--TTGGC----GGT-T---TA---AGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AT--GA--ATATTCC--A--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71543                      :  CAG-C-CAT-TTCT-CA--ATG-C----GAT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TTT--G-ATCG------GT-ACGGGA--ATATTCT--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71544                      :  CAG-CACATTTTCT-CA--ATGGC----GAT-T---TA---CATC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA------------TAT----A--G------GT-AC--GA--ATAT--C--G--A--GGTTGGCC-AGTG
gi|71545                      :  CAGAC-CATCTTCGACAGAATGGCAGCAGCT-T---TA---CGTT---A-TA-------CAGACCGAGGT-TATAGGCTAAATG-TATTCG-A--G------GT-ACTGGAATATATTCC--G--ATTAGTTGGC
gi|71546                      :  CAC-C-CATCTTCT-CA--TTGGC----ACT-T---TA---CGTC---A-TG-------TAG-CCAAGGC-TA----------G-
gi|71547                      :   AG-C-CATATTTT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---TGCC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AG--GA--ATATTCT--G--A--GGTTGGCCGA
gi|71548                      :    G-C-AATCT-CT-CC--ATAGC----GCT-T---TA---CATC---A-TA-------CAA-CTGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--AGTTGGCCGAGT
gi|71549                      : agAG-C-CATCTT-T-CA--ATGGC----GCT-TAAATA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A---------GT-A---GA--A-ATTTCAAG--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71550                      :       -CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAAGT-TA----------G-TAT--G-A--A------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCAAGTG
gi|71551                      :                      TGAC----GCT-T---TAACCTGTCCATA-TATTCCAGTCAG-CCGAGGT-TA----------GATAT--GTA--G------GTTAA--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCG
gi|71552                      :          ttttacacaatcTGGC----ACTAT---TA---CGTC---AATG-------CAG-TCGAGGCCTA----------G-ATT--G-A--G------GT-AG--GC--ATATTCC--GTAA--GGTTGACAGACTG
gi|71553                      :                                   ---TA---CATC---G-TA-------C--------GT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71554                      :                                   ---TA---TATC---A-TA-------C--------GT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71555                      :                                   ---TA---CATC---A-TA-------C--------GT-TA----------G-TGT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAATG
gi|71556                      :                                                                      GT-TA----------G-TAT--G-A--G------AT-AC--GG--ATATTCC--G--A--GGTTGACCGAGTG
gi|71557                      :                                                                       T-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71558                      :                                                                       T-CA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTAGCCGAGTG
gi|71559                      :                                                                        -TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGATTG
gi|71560                      :                                                                          A----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG


blockSeqs                     :     A A        A  GA     AGCA   A AAA  ACC    CAT A  TTCCAGT   A       C  TAGGCTAAAT A   TC T TC TATGAA  T  GG  AT       AA TA TT
blockSeqs                     :     . .        .  .      .      . .    .      .   .  .         .       .  .          .   .  . .  .       .  TG  .        .  .  . 
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blockSeqs                     :                          .      . .    .      .   .  .         .       .  .          .   .  . .  .       .  .   .        .  .  . 
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blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
finalCons                     :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG





Alignments
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lowQualScore                  :     7 5        5  44     7777   2 333  333    333 9  2222222   9       6  7777777777 5   22 6 22 666666  6  44  22       22 22 22             
consensus                     :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
Reference ( family-692 )      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71535                      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---TGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71536                      :  CAG-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--AGTTGGCCGAGTG
gi|71537                      :  CAA-C-CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGATGGCCGAGTG
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gi|71539                      :  CAG-C-CATCTTGT-CA--ATGGC----ACT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-TCGAGGG-TA----------G-TAT--G-A--GTATGAAGT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCTGAGTG
gi|71540                      :  CAA-C-CATCTTCT-CA--GTGGC----GGT-T---TA---CGTC---A-AA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
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gi|71543                      :  CAG-C-CAT-TTCT-CA--ATG-C----GAT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------A-TTT--G-ATCG------GT-ACGGGA--ATATTCT--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71544                      :  CAG-CACATTTTCT-CA--ATGGC----GAT-T---TA---CATC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA------------TAT----A--G------GT-AC--GA--ATAT--C--G--A--GGTTGGCC-AGTG
gi|71545                      :  CAGAC-CATCTTCGACAGAATGGCAGCAGCT-T---TA---CGTT---A-TA-------CAGACCGAGGT-TATAGGCTAAATG-TATTCG-A--G------GT-ACTGGAATATATTCC--G--ATTAGTTGGC
gi|71546                      :  CAC-C-CATCTTCT-CA--TTGGC----ACT-T---TA---CGTC---A-TG-------TAG-CCAAGGC-TA----------G-
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gi|71548                      :    G-C-AATCT-CT-CC--ATAGC----GCT-T---TA---CATC---A-TA-------CAA-CTGAGGT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--AGTTGGCCGAGT
gi|71549                      : agAG-C-CATCTT-T-CA--ATGGC----GCT-TAAATA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAGGT-TA----------G-TAT--G-A---------GT-A---GA--A-ATTTCAAG--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71550                      :       -CATCTTCT-CA--ATGGC----GCT-T---TA---CGTC---A-TA-------CAG-CCGAAGT-TA----------G-TAT--G-A--A------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCAAGTG
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gi|71552                      :          ttttacacaatcTGGC----ACTAT---TA---CGTC---AATG-------CAG-TCGAGGCCTA----------G-ATT--G-A--G------GT-AG--GC--ATATTCC--GTAA--GGTTGACAGACTG
gi|71553                      :                                   ---TA---CATC---G-TA-------C--------GT-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71554                      :                                   ---TA---TATC---A-TA-------C--------GT-TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71555                      :                                   ---TA---CATC---A-TA-------C--------GT-TA----------G-TGT--G-A--G------GT-AC--AA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAATG
gi|71556                      :                                                                      GT-TA----------G-TAT--G-A--G------AT-AC--GG--ATATTCC--G--A--GGTTGACCGAGTG
gi|71557                      :                                                                       T-TA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG
gi|71558                      :                                                                       T-CA----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTAGCCGAGTG
gi|71559                      :                                                                        -TA----------A-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGATTG
gi|71560                      :                                                                          A----------G-TAT--G-A--G------GT-AC--GA--ATATTCC--G--A--GGTTGGCCGAGTG