lowQualScore : 22 1 3 1 3333 666 3 7777 22 22 222 3 22 333 1 2 2
lowQualScore : .. . . . .... ... . .... .. .. ... . .. ... . . .
lowQualScore : 44 7 2 6 4444 000 2 2222 22 33 999 3 33 222 8 2 4
consensus : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTACA
Reference ( gi|84737 ) : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTACA
gi|84738 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----A--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTACA
gi|84740 : CACA--GGGA-TTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAGAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTACA
gi|84743 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-G----GAACT---TTTTGTC-T----C--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTAC
gi|84741 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--GT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTAC
gi|84744 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACTCAGTTTTGTT-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTACA
gi|84745 : CACA--GTGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TTT-GTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTACA
gi|84746 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-GT-GTA
gi|84747 : CACA--GGGA-CTCG-TCA-A----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAT---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTCTAT-AT-TTACA
gi|84749 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTC-AT-AT-TTACA
gi|84748 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTC-AT-AT-TTACA
gi|84750 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CTG---TC-TATTCTAT-A--TTACA
gi|84751 : CACAAGGGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAAAAGTTGAAC-A---CG---TC-TATTCTAT-AT-TTAC
gi|84752 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--AT--TGAAT---TTTGAC-A--CCG---TC-TATTATA
gi|84753 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-CTCACGAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84739 : CACA--GAGT-CTCG-TCAGC----GAACT---TTTTGTT-C----TGAAT--TAAAT---TTTGACCA--CCG---TC-TATTCTAT-ATGTTACA
gi|84754 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TCTTGTC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84742 : CACA--GGG--CTCGGTCA-C----GAACTA--TTTTGTC-T----T--GT---AAAA---TTTGAC-A--CCG---TCATA-TCTATAAT-TTAC
gi|84755 : CACA--GGGGGCTTG-TCA-C----GATTT---TTTTGCT-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CTA---TG-TA--CAAT-GT-TT
gi|84756 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--
gi|84757 : ACA--GGGG-CTCA-TCT-C----GAACG---TTTTGTC-T----T--TT--CAAAA---TTTGAC-A--CCT---TC-TAT
gi|84758 : ACA--GGGG-CTTG-TCA-T----GAACA---TTTTGTC-TTTAAT--AC--TAAAA---TTTGAC-G--CCA---TC-TA
gi|84759 : CA--GGGG-CTCGGTCA-C----GAACTG--TTTTGTC-TAT--T--AT--TAAAA---TTTGACTATCCCGATACG-TATTCTAT-A
gi|84760 : A--AGGG-CTCG-TCC-C----AAATG---TTTCACC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-C--CTC---TC-TATTCTGT-AT-TTACA
gi|84761 : GAG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGGT-TA---C--ATGATAAAT---TTTGAC-A--CCG---AT-CATTCTAT-AT-TTACA
gi|84762 : G-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCT---TC-TATTCT
Alignments
lowQualScore : 22 1 3 1 3333 555 3 6666 22 22 222 3 22 333 1 2 2
lowQualScore : .. . . . .... ... . .... .. .. ... . .. ... . . .
lowQualScore : 33 6 1 5 3333 888 1 9999 11 22 888 2 22 000 8 1 2
consensus : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
Reference ( family-691 ) : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84737 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84738 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----A--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84739 : CACA--GAGT-CTCG-TCAGC----GAACT---TTTTGTT-C----TGAAT--TAAAT---TTTGACCA--CCG---TCTAT-TCTAT-ATGTTACA
gi|84740 : CACA--GGGA-TTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAGAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84741 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--GT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84742 : CACA--GGG--CTCGGTCA-C----GAACTA--TTTTGTC-T----T--GT---AAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-ATATCTATAAT-TTAC
gi|84743 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-G----GAACT---TTTTGTC-T----C--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84744 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACTCAGTTTTGTT-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84745 : CACA--GTGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TTT-GTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84746 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-GT-GTA
gi|84747 : CACA--GGGA-CTCG-TCA-A----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAT---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84748 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TC-AT-AT-TTACA
gi|84749 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TC-AT-AT-TTACA
gi|84750 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CTG---TCTAT-TCTAT-A--TTACA
gi|84751 : CACAAGGGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAAAAGTTGAAC-A---CG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84752 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--AT--TGAAT---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TATA
gi|84753 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-CTCACGAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84754 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TCTTGTC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84755 : CACA--GGGGGCTTG-TCA-C----GATTT---TTTTGCT-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CTA---TGTA---CAAT-GT-TT
gi|84756 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--
gi|84757 : ACA--GGGG-CTCA-TCT-C----GAACG---TTTTGTC-T----T--TT--CAAAA---TTTGAC-A--CCT---TCTAT-
gi|84758 : ACA--GGGG-CTTG-TCA-T----GAACA---TTTTGTC-TTTAAT--AC--TAAAA---TTTGAC-G--CCA---TCTA
gi|84759 : CA--GGGG-CTCGGTCA-C----GAACTG--TTTTGTC-TAT--T--AT--TAAAA---TTTGACTATCCCGATACGTAT-TCTAT-A
gi|84760 : A--AGGG-CTCG-TCC-C----AAATG---TTTCACC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-C--CTC---TCTAT-TCTGT-AT-TTACA
gi|84761 : GAG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGGT-TA---C--ATGATAAAT---TTTGAC-A--CCG---ATCAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84762 : G-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCT---TCTAT-TCT
Alignments
lowQualScore : 22 1 3 1 3333 555 3 6666 22 22 222 3 22 333 1 2 2
lowQualScore : .. . . . .... ... . .... .. .. ... . .. ... . . .
lowQualScore : 33 6 1 5 3333 888 1 9999 11 22 888 2 22 000 8 1 2
consensus : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
Reference ( family-691 ) : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84737 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84738 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----A--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84739 : CACA--GAGT-CTCG-TCAGC----GAACT---TTTTGTT-C----TGAAT--TAAAT---TTTGACCA--CCG---TCTAT-TCTAT-ATGTTACA
gi|84740 : CACA--GGGA-TTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAGAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84741 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--GT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84742 : CACA--GGG--CTCGGTCA-C----GAACTA--TTTTGTC-T----T--GT---AAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-ATATCTATAAT-TTAC
gi|84743 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-G----GAACT---TTTTGTC-T----C--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84744 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACTCAGTTTTGTT-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84745 : CACA--GTGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TTT-GTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84746 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-GT-GTA
gi|84747 : CACA--GGGA-CTCG-TCA-A----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAT---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84748 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TC-AT-AT-TTACA
gi|84749 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TC-AT-AT-TTACA
gi|84750 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CTG---TCTAT-TCTAT-A--TTACA
gi|84751 : CACAAGGGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAAAAGTTGAAC-A---CG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84752 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--AT--TGAAT---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TATA
gi|84753 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-CTCACGAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84754 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TCTTGTC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84755 : CACA--GGGGGCTTG-TCA-C----GATTT---TTTTGCT-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CTA---TGTA---CAAT-GT-TT
gi|84756 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--
gi|84757 : ACA--GGGG-CTCA-TCT-C----GAACG---TTTTGTC-T----T--TT--CAAAA---TTTGAC-A--CCT---TCTAT-
gi|84758 : ACA--GGGG-CTTG-TCA-T----GAACA---TTTTGTC-TTTAAT--AC--TAAAA---TTTGAC-G--CCA---TCTA
gi|84759 : CA--GGGG-CTCGGTCA-C----GAACTG--TTTTGTC-TAT--T--AT--TAAAA---TTTGACTATCCCGATACGTAT-TCTAT-A
gi|84760 : A--AGGG-CTCG-TCC-C----AAATG---TTTCACC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-C--CTC---TCTAT-TCTGT-AT-TTACA
gi|84761 : GAG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGGT-TA---C--ATGATAAAT---TTTGAC-A--CCG---ATCAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84762 : G-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCT---TCTAT-TCT
blockSeqs : AG G G G TCAC CAG T TTAA GA GA AAG C TC ATA A A G
blockSeqs : . . G . . A T AT . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
finalCons : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
Alignments
lowQualScore : 22 1 3 1 3333 555 3 6666 22 22 222 3 22 333 1 2 2
lowQualScore : .. . . . .... ... . .... .. .. ... . .. ... . . .
lowQualScore : 33 6 1 5 3333 888 1 9999 11 22 888 2 22 000 8 1 2
consensus : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
Reference ( family-691 ) : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84737 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84738 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----A--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84739 : CACA--GAGT-CTCG-TCAGC----GAACT---TTTTGTT-C----TGAAT--TAAAT---TTTGACCA--CCG---TCTAT-TCTAT-ATGTTACA
gi|84740 : CACA--GGGA-TTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAGAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84741 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--GT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84742 : CACA--GGG--CTCGGTCA-C----GAACTA--TTTTGTC-T----T--GT---AAAA---TTTGAC-A--CCG---TC-ATATCTATAAT-TTAC
gi|84743 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-G----GAACT---TTTTGTC-T----C--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84744 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACTCAGTTTTGTT-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84745 : CACA--GTGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TTT-GTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84746 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-GT-GTA
gi|84747 : CACA--GGGA-CTCG-TCA-A----AAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAT---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84748 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TC-AT-AT-TTACA
gi|84749 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTCTT----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TC-AT-AT-TTACA
gi|84750 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--T-AAA---TTTGAC-A--CTG---TCTAT-TCTAT-A--TTACA
gi|84751 : CACAAGGGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAAAAGTTGAAC-A---CG---TCTAT-TCTAT-AT-TTAC
gi|84752 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTTTC-T----T--AT--TGAAT---TTTGAC-A--CCG---TCTAT-TATA
gi|84753 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-CTCACGAACT---TTTTGTC-T----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84754 : CACA--GGGG-CTCG-TCA-T----GAACT---TCTTGTC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-A--C
gi|84755 : CACA--GGGGGCTTG-TCA-C----GATTT---TTTTGCT-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CTA---TGTA---CAAT-GT-TT
gi|84756 : CACT--GGGG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-T----T--
gi|84757 : ACA--GGGG-CTCA-TCT-C----GAACG---TTTTGTC-T----T--TT--CAAAA---TTTGAC-A--CCT---TCTAT-
gi|84758 : ACA--GGGG-CTTG-TCA-T----GAACA---TTTTGTC-TTTAAT--AC--TAAAA---TTTGAC-G--CCA---TCTA
gi|84759 : CA--GGGG-CTCGGTCA-C----GAACTG--TTTTGTC-TAT--T--AT--TAAAA---TTTGACTATCCCGATACGTAT-TCTAT-A
gi|84760 : A--AGGG-CTCG-TCC-C----AAATG---TTTCACC-T----T--AT--CAAAA---TTTGAC-C--CTC---TCTAT-TCTGT-AT-TTACA
gi|84761 : GAG-CTCG-TCA-C----GAACT---TTTTGGT-TA---C--ATGATAAAT---TTTGAC-A--CCG---ATCAT-TCTAT-AT-TTACA
gi|84762 : G-TCA-C----GAACT---TTTTGTC-G----T--AT--TAAAA---TTTGAC-A--CCT---TCTAT-TCT