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Alignments
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Reference ( family-688 )      :        TATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-N-GG-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
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blockSeqs                     :               G AT  C  T ATCA     TCG G   A GTAC GG CT T T  G  AACTT  A  C  GTTT    T A  A   T CC  G C  T TC G   G G A AA  ATAAT   C  A  GTTAA    T C  T TGTACAAA GTTA  G  TACAAAT ACC C  C ACA  G GG T T   A T
blockSeqs                     :               . .   G  . CTCA     TT  .   . AC   .  T  . A  .  G      A  .  TTA     . .  .   A A   G .  . .  A   T . . C   C       .  T  .        . .  . .        C     .  TACAAAT T   .  C .    . .  G .   . A
blockSeqs                     :               . .   .  . ACTT     TT  .   . T    .  T  . .  .  .      .  .  TCA     . .  .   A A   G .  . .  .   . . . .   T       .  T  .        . .  . .        .     .  AG      .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . CG       TT  .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . A   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  AC      .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . AC       TT  .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  A       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . A        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  TA      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . C        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . T        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . .        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . .        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :               . .   .  . .        .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .   . .
blockSeqs                     :                                   .   .   . .    .  .  . .  .  .      .  .  AT      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .  . .      
blockSeqs                     :                                           . .    .  .  . .  .  .      .  .  AC      . .  .   . .   . .  . .  .   . . . .   .       .  .  .        . .  . .        .     .  .       .   .  . .    . .           
blockSeqs                     :                                                                                                .   . .  . .  .   . . . .   .                                                                                   


blockSeqCons                  :        
originalCons                  :        TATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-N-GG-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
finalCons                     :        TATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-N-GG-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA





Alignments
lowQualScore                  :                          1111111  111                                                                                                                                      1111111                                 
lowQualScore                  :               1 22  3  1 2222222  222 1   1 7777 22 55 1 3  1  55555  3  1  777777  1 1  1   4 66  4 1  1 22 3   3 1 1 33  66666   1  4  44444    1 1  1 55555555 5555  1  6666666 444 1  3 222  1 22 3 1   1 3    
lowQualScore                  :               . ..  .  . .......  ... .   . .... .. .. . .  .  .....  .  .  ......  . .  .   . ..  . .  . .. .   . . . ..  .....   .  .  .....    . .  . ........ ....  .  ....... ... .  . ...  . .. . .   . .    
lowQualScore                  :               7 44  5  7 4444444  111 7   6 2222 22 44 6 2  6  66666  2  6  888888  6 6  6   8 77  6 5  5 11 1   1 5 5 77  99999   6  8  00000    6 6  6 88888888 0000  6  4444444 444 6  2 888  6 22 3 7   7 5    
consensus                     :        TATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-N-GG-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
Reference ( family-688 )      :        TATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-N-GG-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
gi|81177                      :        TATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-GCA-T----C--T--T-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-A-GG-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATA
gi|81178                      :        tgTTTTG-T--TC-AA-A---C----T---G-ACA-T----C--T--A-ATTC-AT-----GA-TG-AA--T-A-GC-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AGCC---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
gi|81179                      :   tgtatTATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACAAT----C--TT-A-A-TC-AT-----GG-GA-AA--T-A-GG-T-AT-TTTTA--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T----AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-ATT-C-ATAA
gi|81180                      :      tgTATTTTT-T--TC-AA-A---C---TTTT-G-AAA-T----C--T--A-A-TC-AT-----TA-TG-AA--A-T-GG-T-CT-TTT-A--TC-C-TT-A--G-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
gi|81181                      :         taTTTG-T--TCCAA-A---CG--TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-A-GG-T-AT-TTT-A--CCGC-TT-A----TTG-T-T-TAAAA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CCTT--------T----GTGATA------A---A-AG-C---AC-C--A-A--TT-C-ATAA
gi|81182                      :       tgtaTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--TCTA-A-TC-AT-----GAATG-AA--T-A-GG-T-AT-TTA-A--CC-CCTT-A--T-TTG-C-CAT--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-----------A-AG-CACAAC-C--A-ATTTT-C-ATAA
gi|81183                      :    tgtaTATTTTG-T--TC-AA-A---A---TT---G-GCA-T----C--TT-A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-A-GG-T-AT-TTT-ACCCC-C-TT----T-TTG-T-T-T--AA-----TG---T-AA-----GTTT-G--C-T--------T----GT--T-------AT--A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-CTATAA
gi|81184                      :      tgTATTTTG-T--TC-AA-AAT-CA--TT---G-ACA-TT---C--T--A-AATCGAT-----GA-TGCAA--T-T-GG-T-ATATTT-A--CC-C-TTTA--T-TTGGT-T-T--AAC----TGA-TT-AG-----TTTTTG-CC-T--------T----GT-AT-------AACCA-AG-C---AC-C--ATA-TTT-C-ATAA
gi|81185                      :        tgTTTTG-T--TC-GATA---C---TTTCGG-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-A-GG-TAAT-TTTAA--CCGC-TT-A--C-TCG-T-T-T--AA-----TGA-TTAAG-----TTTT-T-GC-T--------T----GT-ATAG-----A---A-AGCC---AC-C--A-A-TTT-C-
gi|81186                      : tgtatttTATTTTG-T--TCGAA-A---C---TT---GGACA-T----C--C--T-A-TC-AT-----GA-TG-CA--T-A-GG-T-AT-TTTAA--CCGC-TT-A--TGTTG-T-T-T--AA-----
gi|81187                      :      tgTATTTTGGT--TC-GA-G---C---TT-----ACA-TGTACCGGT--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-A--G-T-AT-GTT-A--CC-G-CT-G--A-TAG-TGT-T--AA-----TGA--T-AG-----TTTT-G--C-T--------G----GT-AT-------A---A-AG-C---ACGC--AGA-TCT-C-ATA
gi|81188                      :        tgTTTTG-T--TC-AA-A---CTCATT---G-ATA-T----C---------TT-AT-----GA-TG-AA--A-T-GG-T-CT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-A-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC----------T----GT-AC-------A---A-AG-T---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
gi|81189                      :     gttTATTTTG-T--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-A-GG-T-AT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GC-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
gi|81190                      :         ATTTTG-T--GC-AA-A-------TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC--T-----GAATG-AA--T-A-AG-T-AT-TTT-A--CG-C-TT-A--TATTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-GCCC-T--------T----GT-AT-----------A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-AT
gi|81191                      :         ATTTTG-G--TC-AA-A---C---TT---G-ACA-T----C--T--ATT-TC-ATG----GA-TG-AAGTT-T-GGTT-AT-TTT-A---C-C-TT-A--T-TTGTT-T-T--AAT----TGA-AT-AG-----TTTT-G-CC-T--------TGTTAGT-AG-------A---A-GG-C---AG-CGGA-A-TTTAC-ATAA
gi|81192                      :          TTTTG-T--TC-AA-AACTT---TT---G-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--A-T-GA-T-AT-TTT----CC-C-TT-A--T-GTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AC-------A---G-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATAA
gi|81193                      :          TTTTG-T--TC-AA-A---C---TTTT-G-ACA-T----C--T--A-A-TC-GT-----GA-TG-AG--A-T-GC-T-CT-TTT-A--CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AAATAATTGA-CT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AC-------A---A-AG-C---AC-C--
gi|81194                      :          TTTTG-C--TC-AA-A---C---TTTT-G-ACA-T----C--T--A---TC-AT-----GA-TG-AA--A-T-GG-T-CT-TTT-AA-TC-T-TT-A--T-TTG-T-T-G--AA-----TGA-TTTAG-----TCTT-G-GC-T--------T----TT-ATTACAAATA---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATGA
gi|81195                      :          TTTTG-C--TC-AA-A---C---TTTT-G-ACA-T----C--T--A---TC-AT-----GA-TG-AA--A-T-GG-T-CT-TTT-AA-TC-T-TT-A--T-TTG-T-T-G--AA-----TGA-TTTAG-----TCTT-G-GC-T--------T----TT-ATTACAAATA---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-C-ATGA
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gi|81199                      :            TTG-T--TC-AA-AA--C---TT---T-ACA-T----C--T--A-A-TC-AT-----GA-TG-AA--T-TAGG-T-AT-TTT-AA-CC-C-TT-A--T-TTG-T-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CC-T--------T----GT-AT-------A---A-AG-C---AC-C--A-A-TTT-CAATAA
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gi|81201                      :                                         CA-C----C--T--A-A-TC-AT-----GA-AG-AA--TCA-GG-T-A--TTA-A--CG-C-TT-ATCT-TTG-T-T-TC-AA-----TGACTC-AC-----TCTT-G-CC-T--------TC---CT-AT-------A---ACAG-C---AC-C--A-A-TT
gi|81202                      :                                                                                                --CC-T-TT-A--T-TTG-A-T-T--AA-----TGA-TT-AG-----TTTT-G-CT-T--------T----GT-AC-------A---A-AG-T---AC-C--A-G-TTC-C-ATGA