lowQualScore                  :                                           3                  55555555          1111111111         1111    11         11                    
lowQualScore                  :       4    1 7  4 1   1 4 4 66   88   66  1 22   1 4 6 4   5 66666666   8888   7777777777 44   4  1111    00 55 66   44  88  66            
lowQualScore                  :       .    . .  . .   . . . ..   ..   ..  . ..   . . . .   . ........   ....   .......... ..   .  ....    .. .. ..   ..  ..  ..            
lowQualScore                  :       8    6 6  8 6   6 8 8 88   22   66  3 22   6 8 4 8   4 22222222   3333   4444444444 88   6  0000    88 55 66   11  44  66            
consensus                     : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAGG-T-ATTGC-T--AGC-G-T------G-CCTA-TA-T--TTTT--AC-T--GTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
Reference ( gi|29603 )        : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TAGC--CTT-T-G-A-GTGCAAGGATAACTGC-T--AGC-A-T------G-TCTA-TA-T--TTTT--AT-T--GTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29602                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TAGC--CTT-T-G-A-GTGCAAGGATAACTGC-T--AGC-A-T------G-TCTA-TA-T--TTTT--AT-T--GTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29601                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TAGC--CTT-T-G-A-GTGCAAGGATAACTGC-T--AGC-A-T------G-TCTA-TA-T--TTTT--AT-T--GTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29604                      : CCTATA-TTTT-T-AC-TTGTA-C-T-A--GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGCAAG----ATTGC-T--AGC-C-T------G-TCTA-TA-T--TTTT--AT-T--GTA-CTAT-GG--TGGTCACCTTTG
gi|29607                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-T-AG-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG----ATTGC-T--AGC-G-TGCGGAAG-CCTAGTA----TTTT--AT-TACGTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29606                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-T-AG-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG----ATTGC-T--AGC-G-TGCGGAAG-CCTAGTA----TTTT--AT-TACGTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29605                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-T-AG-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG----ATTGC-T--AGC-G-TGCGGAAG-CCTAGTA----TTTT--AT-TACGTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29608                      : CCTATA-TTTT-T-AC-T-G-A-C-T-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GGA-GTGTAAG----ATTGC-T--AGC-G-T------G-CCTA-TA-T--TTTTT-AT-T---CAC-TATAGG--TGTCTACCTT
gi|29611                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-TGG-A-GTGTAAG----ATTGCTT--AGC-G-T------G-TCTA-TA-----TTT--AC-T--GTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29610                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-TGG-A-GTGTAAG----ATTGCTT--AGC-G-T------G-TCTA-TA-----TTT--AC-T--GTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29609                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-TGG-A-GTGTAAG----ATTGCTT--AGC-G-T------G-TCTA-TA-----TTT--AC-T--GTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29612                      : CCTATA-TTTT-T-AT-T-GTAGC-T-AT-AGT--G-C--TGACTTCTTGT-G-A--TGTAACGAT---TGC-T---GC-AGT------G-GCTA-TA-T--TTTTTTAC-T--GTACTGA--GG--TGTCTACCTTTG
gi|29613                      :  CTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT---T--GTC--TACC--TTT-T-G-A-GTGTAAG----ATTGC-T--AGC-G-T------G-CCTA-TA-T--TTTT--AT-T--GTAGCTAT-AG--TG-CTGACTT
gi|29616                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCT-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAGAT---TGC----AGC-T-T------G-TCTA-TA-TATTTTT--ACAT--GT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29615                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCT-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAGAT---TGC----AGC-T-T------G-TCTA-TA-TATTTTT--ACAT--GT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29614                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCT-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAGAT---TGC----AGC-T-T------G-TCTA-TA-TATTTTT--ACAT--GT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29619                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-T-ATCGGTTTGTC--TA----CTT-T-G-A-GTGTA--GAT---TGC-T--AGCCG-T------G-CCTA-TA-T--TTTTT-AT-T--GTAC-TAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29618                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-T-ATCGGTTTGTC--TA----CTT-T-G-A-GTGTA--GAT---TGC-T--AGCCG-T------G-CCTA-TA-T--TTTTT-AT-T--GTAC-TAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29617                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-T-ATCGGTTTGTC--TA----CTT-T-G-A-GTGTA--GAT---TGC-T--AGCCG-T------G-CCTA-TA-T--TTTTT-AT-T--GTAC-TAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29620                      :  CTATA-TTTTTTTAC-T-GTA-C-T-GA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG----ATTGC-T--AGC-G-T------G-TCGA-T
gi|29621                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-C-T-AT-GGTG-GTC----AC--CTT-T-G-A-GTG------TGATTGC-T--AG----T------GATCTA-T--T--TTTT--AC-T--GTAC--AA-GG--TGTCT-CCTT
gi|29622                      :   TATT-TTTT-TTAC-T--TA-C-T--T-GGT--GTC--TA----CTT-T-G-A-GTGTAAG----ATTGC-T--AGC-G-T------G-TCTA-TATT--TTTT--AC-T--GTA-CTAT-----TGTCTACCTTT
gi|29625                      :   TATA-TT-T-TTACAT-GTC-T-T-AA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-AGGTGTA-----AATTGC-TAAAGC-G-T------G--CTA-TA-T--TTTT--TA-C--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29624                      :   TATA-TT-T-TTACAT-GTC-T-T-AA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-AGGTGTA-----AATTGC-TAAAGC-G-T------G--CTA-TA-T--TTTT--TA-C--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29623                      :   TATA-TT-T-TTACAT-GTC-T-T-AA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-AGGTGTA-----AATTGC-TAAAGC-G-T------G--CTA-TA-T--TTTT--TA-C--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29626                      :     TA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-A-A--GGT--GTC--T-----CCT-T-G-A-GTGTAAGA-----TGC-T--AGC-G-T------G-CCTA-TA-T--TTTT--AC-T--G-A-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29620                      :                                                                                             CTA-TA-T--TTTTTTAC-T--GTACTGA--GG--TGTCTACCTTTG





Alignments
lowQualScore                  :              1                                                4444                111111          1                11                     
lowQualScore                  :       4    1 2  4 1   1 4 4 66   66   66  4 22   1 6 6 4      3333 4    7777   6  333333 4 66  4  1   66  22  77   66    6  66            
lowQualScore                  :       .    . .  . .   . . . ..   ..   ..  . ..   . . . .      .... .    ....   .  ...... . ..  .  .   ..  ..  ..   ..    .  ..            
lowQualScore                  :       6    5 6  6 5   5 6 6 22   33   33  6 11   5 2 2 6      6666 6    6666   2  333333 7 33  6  2   66  22  66   66    4  66            
consensus                     : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GT------GTC--TA-TA-TTT--TT--AC-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
Reference ( family-685 )      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAGG-TA-TTGC-T--AGC-GT------GCC--TA-TA-TTT--TT--AC-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29601                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TAGC--CTT-T-G-A-GTGCAAGGATAACTGC-T--AGC-AT------GTC--TA-TA-TTT--TT--AT-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29602                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TAGC--CTT-T-G-A-GTGCAAGGATAACTGC-T--AGC-AT------GTC--TA-TA-TTT--TT--AT-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29603                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT-GGT--GTC--TAGC--CTT-T-G-A-GTGCAAGGATAACTGC-T--AGC-AT------GTC--TA-TA-TTT--TT--AT-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29604                      : CCTATA-TTTT-T-AC-TTGTA-C-T-A--GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGCAAG---A-TTGC-T--AGC-CT------GTC--TA-TA-TTT--TT--AT-TGTA--CTAT-GG--TGGTCACCTTTG
gi|29605                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-T-AG-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GTGCGGAAGCC--TAGTA-TTTTATT--AC--GTAC-TGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29606                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-T-AG-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GTGCGGAAGCC--TAGTA-TTTTATT--AC--GTAC-TGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29607                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-T-AG-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GTGCGGAAGCC--TAGTA-TTTTATT--AC--GTAC-TGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29608                      : CCTATA-TTTT-T-AC-T-G-A-C-T-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GGA-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GT------GCC--TA-TA-TTT--TT-----TATTCACTATAGG--TGTCTACCTT
gi|29609                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-TGG-A-GTGTAAG---A-TTGCTT--AGC-GT------GTC--TA-TA---T--TT--AC-TGTA--CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29610                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-TGG-A-GTGTAAG---A-TTGCTT--AGC-GT------GTC--TA-TA---T--TT--AC-TGTA--CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29611                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-TGG-A-GTGTAAG---A-TTGCTT--AGC-GT------GTC--TA-TA---T--TT--AC-TGTA--CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29612                      : CCTATA-TTTT-T-AT-T-GTAGC-T-AT-AGT--GCT--GA-CTTCTTGT-G-A--TGTAACG--A-TTGC-T---GCAGT------GGC--TA-TA-TTT--TTTTAC-TGTAC-TGA--GG--TGTCTACCTTTG
gi|29613                      :  CTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-T-AT---T--GTC--TA-C--CTT-TTG-A-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GT------GCC--TA-TA-TTT--TT--AT-TGTAG-CTAT-AG--TG-CTGACTT
gi|29614                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCT-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAG--A-TTGC----AGC-TT------GTCTATA-TA-TTT--TT--ACATGT-C-TTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29615                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCT-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAG--A-TTGC----AGC-TT------GTCTATA-TA-TTT--TT--ACATGT-C-TTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29616                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCT-AT-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAG--A-TTGC----AGC-TT------GTCTATA-TA-TTT--TT--ACATGT-C-TTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29617                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-T-ATCGGTTTGTC--TA-C---TT-T-G-A-GTGTAG----A-TTGC-T--AGCCGT------GCC--TA-TATTTT--TT--AT-TGTA--CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29618                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-T-ATCGGTTTGTC--TA-C---TT-T-G-A-GTGTAG----A-TTGC-T--AGCCGT------GCC--TA-TATTTT--TT--AT-TGTA--CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29619                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-T-ATCGGTTTGTC--TA-C---TT-T-G-A-GTGTAG----A-TTGC-T--AGCCGT------GCC--TA-TATTTT--TT--AT-TGTA--CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29620                      :  CTATA-TTTTTTTAC-T-GTA-C-T-GA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-A-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GT------GTC--GA-T
gi|29621                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-C-T-AT-GGT--GGT--CA-C--CTT-T-G-A-GTGTG-----A-TTGC-T--AGT-G-------ATC--TA-T--TTT--TT--AC-TGTAC---AA-GG--TGTCT-CCTT
gi|29622                      :   TATT-TTTT-TTAC-T--TA-C-T--T-GGT--GTC--TA-C---TT-T-G-A-GTGTAAG---A-TTGC-T--AGC-GT------GTC--TA-TATTTT--TT--AC-TGTA--CTAT-----TGTCTACCTTT
gi|29623                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-T-AA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-AGGTGTAA----A-TTGC-TAAAGC-GT------G-C--TA-TATTTT--TT--AC--GTA--CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29624                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-T-AA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-AGGTGTAA----A-TTGC-TAAAGC-GT------G-C--TA-TATTTT--TT--AC--GTA--CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29625                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-T-AA-GGT--GTC--TA-C--CTT-T-G-AGGTGTAA----A-TTGC-TAAAGC-GT------G-C--TA-TATTTT--TT--AC--GTA--CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29626                      :     TA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-A-A--GGT--GTC--T-----CCT-T-G-A-GTGTAAGA-T----GC-T--AGC-GT------GCC--TA-TA-TTT--TT--AC-TG-A--CTAT-GG--TGTCTACCTTTG





Alignments
lowQualScore                  :              1             111                       1        111111      11       111111        11                11                     
lowQualScore                  :       4    1 2  4 1   1 4  000   66    66 4 22   1 1 0 4      111111      11  4 1  333333 2   4  77 22  66    77   66    6  66            
lowQualScore                  :       .    . .  . .   . .  ...   ..    .. . ..   . . . .      ......      ..  . .  ...... .   .  .. ..  ..    ..   ..    .  ..            
lowQualScore                  :       6    5 6  6 5   5 6  888   33    33 6 11   5 5 8 6      777777      00  6 5  333333 8   6  88 22  66    66   66    4  66            
consensus                     : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-T--TT--TTAC-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
Reference ( family-685 )      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TA--T--TT--TTAC-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29601                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGCAA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--T--TT--TTAT-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29602                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGCAA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--T--TT--TTAT-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29603                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGCAA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--T--TT--TTAT-TGTAC-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29604                      : CCTATA-TTTT-T-AC-TTGTA-C-TA---GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGCAA-G----ATTGCT--AG-C-CT------GTCTA-TA--T--TT--TTAT-TGTA--CTAT-GG--TGGTCACCTTTG
gi|29605                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTA--T--TTTATTAC--GTAC-TGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29606                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTA--T--TTTATTAC--GTAC-TGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29607                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTA--T--TTTATTAC--GTAC-TGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29608                      : CCTATA-TTTT-T-AC-T-G-A-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GGA-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--T--TT--TT---TATTCACTATAGG--TGTCTACCTT
gi|29609                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGTAA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA------T--TTAC-TGTA--CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29610                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGTAA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA------T--TTAC-TGTA--CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29611                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGTAA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA------T--TTAC-TGTA--CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29612                      : CCTATA-TTTT-T-AT-T-GTAGC-TA-T-AGT--GCTG--A-CTTCTTGT-G-A--TGTAACG----ATTGCT---G-CAGT------GGCTA-TA--TTTTT--TTAC-TGTAC-TGA--GG--TGTCTACCTTTG
gi|29613                      :  CTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T---T--GTCT--A-C--CTT-TTG-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--T--TT--TTAT-TGTAG-CTAT-AG--TG-CTGACTT
gi|29614                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAG----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATAT--TT--TTACATGT-C-TTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29615                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAG----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATAT--TT--TTACATGT-C-TTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29616                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAAG----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATAT--TT--TTACATGT-C-TTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29617                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT-A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-T--TT--TTAT-TGTA--CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29618                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT-A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-T--TT--TTAT-TGTA--CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29619                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT-A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-T--TT--TTAT-TGTA--CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29620                      :  CTATA-TTTTTTTAC-T-GTA-C-TG-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCGA-T
gi|29621                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-C-TA-T-GGT--GGTC--A-C--CTT-T-G-A-GTGT---G----ATTGCT--AG-T-G-------ATCTA-T---T--TT--TTAC-TGTAC---AA-GG--TGTCT-CCTT
gi|29622                      :   TATT-TTTT-TTAC-T--TA-C-T--T-GGT--GTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGTAA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-T--TT--TTAC-TGTA--CTAT-----TGTCTACCTTT
gi|29623                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGTAA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-T--TT--TTAC--GTA--CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29624                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGTAA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-T--TT--TTAC--GTA--CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29625                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGTAA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-T--TT--TTAC--GTA--CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29626                      :     TA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-AA---GGT--GTCT-------CCT-T-G-A-GTGTAA-G----AT-GCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--T--TT--TTAC-TG-A--CTAT-GG--TGTCTACCTTTG





Alignments
lowQualScore                  :              1             111                       1                     11       111111        11              1                     
lowQualScore                  :       4    1 2  4 1   1 4  000   66    66 4 22   1 1 0 4    4  1 9999      11  4 1  333333 2   4  33   4  1  77   7    6  66            
lowQualScore                  :       .    . .  . .   . .  ...   ..    .. . ..   . . . .    .  . ....      ..  . .  ...... .   .  ..   .  .  ..   .    .  ..            
lowQualScore                  :       6    5 6  6 5   5 6  888   33    33 6 11   5 5 8 6    6  5 8888      00  6 5  333333 8   6  44   8  6  66   0    4  66            
consensus                     : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
Reference ( family-685 )      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29601                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29602                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29603                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29604                      : CCTATA-TTTT-T-AC-TTGTA-C-TA---GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGC-AA-G----ATTGCT--AG-C-CT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTA-CTAT-GG--TGGTCACCTTTG
gi|29605                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29606                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29607                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29608                      : CCTATA-TTTT-T-AC-T-G-A-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-T-CA-CTATAGG--TGTCTACCTT
gi|29609                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29610                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29611                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29612                      : CCTATA-TTTT-T-AT-T-GTAGC-TA-T-AGT--GCTG--A-CTTCTTGT-G-A--TGT-AACG----ATTGCT---G-CAGT------GGCTA-TAT-TTT-TTTAC-TGTACTGA--GG--TGTCTACCTTTG
gi|29613                      :  CTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T---T--GTCT--A-C--CTT-TTG-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTAGCTAT-AG--TG-CTGACTT
gi|29614                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29615                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29616                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29617                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29618                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29619                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29620                      :  CTATA-TTTTTTTAC-T-GTA-C-TG-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCGA-T
gi|29621                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-C-TA-T-GGT--GGTC--A-C--CTT-T-G-A-GTGT----G----ATTGCT--AG-T-G-------ATC---TAT-TTT-TT-AC-TGTAC--AA-GG--TGTCT-CCTT
gi|29622                      :   TATT-TTTT-TTAC-T--TA-C-T--T-GGT--GTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTA-CTAT-----TGTCTACCTTT
gi|29623                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29624                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29625                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29626                      :     TA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-AA---GGT--GTCT-------CCT-T-G-A-GTGT-AA-G----AT-GCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--TTT-TT-AC-TG-A-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG





Alignments
lowQualScore                  :              1             111                       1                     11       111111        11              1                     
lowQualScore                  :       4    1 2  4 1   1 4  000   66    66 4 22   1 1 0 4    4  1 9999      11  4 1  333333 2   4  33   4  1  77   7    6  66            
lowQualScore                  :       .    . .  . .   . .  ...   ..    .. . ..   . . . .    .  . ....      ..  . .  ...... .   .  ..   .  .  ..   .    .  ..            
lowQualScore                  :       6    5 6  6 5   5 6  888   33    33 6 11   5 5 8 6    6  5 8888      00  6 5  333333 8   6  44   8  6  66   0    4  66            
consensus                     : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
Reference ( family-685 )      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29601                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29602                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29603                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29604                      : CCTATA-TTTT-T-AC-TTGTA-C-TA---GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGC-AA-G----ATTGCT--AG-C-CT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTA-CTAT-GG--TGGTCACCTTTG
gi|29605                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29606                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29607                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29608                      : CCTATA-TTTT-T-AC-T-G-A-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-T-CA-CTATAGG--TGTCTACCTT
gi|29609                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29610                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29611                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29612                      : CCTATA-TTTT-T-AT-T-GTAGC-TA-T-AGT--GCTG--A-CTTCTTGT-G-A--TGT-AACG----ATTGCT---G-CAGT------GGCTA-TAT-TTT-TTTAC-TGTACTGA--GG--TGTCTACCTTTG
gi|29613                      :  CTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T---T--GTCT--A-C--CTT-TTG-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTAGCTAT-AG--TG-CTGACTT
gi|29614                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29615                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29616                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29617                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29618                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29619                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29620                      :  CTATA-TTTTTTTAC-T-GTA-C-TG-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCGA-T
gi|29621                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-C-TA-T-GGT--GGTC--A-C--CTT-T-G-A-GTGT----G----ATTGCT--AG-T-G-------ATC---TAT-TTT-TT-AC-TGTAC--AA-GG--TGTCT-CCTT
gi|29622                      :   TATT-TTTT-TTAC-T--TA-C-T--T-GGT--GTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTA-CTAT-----TGTCTACCTTT
gi|29623                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29624                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29625                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29626                      :     TA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-AA---GGT--GTCT-------CCT-T-G-A-GTGT-AA-G----AT-GCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--TTT-TT-AC-TG-A-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG


blockSeqs                     :       G    T T  A T   G C  AT    TT    TT G TT   G T G G    A  C GATA      AA  C A  GCGGAA T   G  TA   A  T  AT   C    A  TT
blockSeqs                     :       G    . T  A .   . C  AT    TT    TT G .    . . G G    A  . GATA      AA  C .  GCGGAA T   G  TA   A  .  AT   C    C  TT
blockSeqs                     :       G    . T  A .   . C  AT    TT    TT . .    . . G G    A  . .         AA  C .  GCGGAA T   G  TA   A  .  AT   C    C  TT
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  TC    .     .  . .    . . G .    .  . .         T   . .  .      C   .  T    .  .  T    C    C  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  TC    .     .  . .    . . C .    .  . .         T   . .  .      C   .  T    .  .  T    C    .  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  TC    .     .  . .    . . C .    .  . .         T   . .  .      C   .  T    .  .  T    C    .  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  T     .     .  . .    . . C .    .  . .         .   . .  .      C   .  T    .  .  T    G    .  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  T    .  .  T    C    .  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  G     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  T    .  .  T    C    .  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  G     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  T    .  .  T    C    .  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  G     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      G   .  T    .  .  T    C    .  . 
blockSeqs                     :       .    . T  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      C   .  T    .  .  T    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  T    .  .  T    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  T    .  .  T    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  T    .  .  T    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      C   .  T    .  .  T    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      C   .  .    .  .  T    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  A     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      C   .  .    .  .  T    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  .    .  .  .    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  T     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  .    .  .  .    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  A     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      T   .  .    .  .  .    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  A     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      C   .  .    .  .  .    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  A     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      .   .  .    .  .  .    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  .     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      .   .  .    .  .  .    .    .  . 
blockSeqs                     :       .    . .  . .   . .  .     .     .  . .    . . . .    .  . .         .   . .  .      .   .                            


blockSeqCons                  :                                                                  ****                             T*
originalCons                  : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
finalCons                     : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG





Alignments
lowQualScore                  :              1             111                       1                     11       111111        11              1                     
lowQualScore                  :       4    1 2  4 1   1 4  000   66    66 4 22   1 1 0 4    4  1 9999      11  4 1  333333 2   4  33   4  1  77   7    6  66            
lowQualScore                  :       .    . .  . .   . .  ...   ..    .. . ..   . . . .    .  . ....      ..  . .  ...... .   .  ..   .  .  ..   .    .  ..            
lowQualScore                  :       6    5 6  6 5   5 6  888   33    33 6 11   5 5 8 6    6  5 8888      00  6 5  333333 8   6  44   8  6  66   0    4  66            
consensus                     : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
Reference ( family-685 )      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29601                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29602                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29603                      : CCTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T-GGT--GTCT--AGC--CTT-T-G-A-GTGC-AA-GGATAACTGCT--AG-C-AT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTACCTAT-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29604                      : CCTATA-TTTT-T-AC-TTGTA-C-TA---GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGC-AA-G----ATTGCT--AG-C-CT------GTCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTA-CTAT-GG--TGGTCACCTTTG
gi|29605                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29606                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29607                      : CCTATA-TTTT-TTAT-T-GTA-C-TA-G-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GTGCGGAAGCCTAGTAT-TTTATT-AC--GTACTGAT-GT--TGTCTACCTTTG
gi|29608                      : CCTATA-TTTT-T-AC-T-G-A-C-TA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-T-CA-CTATAGG--TGTCTACCTT
gi|29609                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29610                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29611                      : CCTATAGTTTT-TTAC-T-GTA-C-TAAT-GTT--GTCTTTA-C--CTT-T-GGA-GTGT-AA-G----ATTGCTT-AG-C-GT------GTCTA-TA----T-TT-AC-TGTA-CTATCGGTTTGTCTACTTT
gi|29612                      : CCTATA-TTTT-T-AT-T-GTAGC-TA-T-AGT--GCTG--A-CTTCTTGT-G-A--TGT-AACG----ATTGCT---G-CAGT------GGCTA-TAT-TTT-TTTAC-TGTACTGA--GG--TGTCTACCTTTG
gi|29613                      :  CTATA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-TA-T---T--GTCT--A-C--CTT-TTG-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--TTT-TT-AT-TGTAGCTAT-AG--TG-CTGACTT
gi|29614                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29615                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29616                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-CCTA-T-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-GCA-GTGTAAA-G----ATTGC---AG-C-TT------GTCTA-TATATTT-TT-ACATGT-CTTAA-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29617                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29618                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29619                      :  CTATA-TTT----AC-T-GTA-C-TA-TCGGTTTGTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT--A-G----ATTGCT--AGCC-GT------GCCTA-TAT-TTT-TT-AT-TGTA-CTAG-GG--TGTCTACCTTTG
gi|29620                      :  CTATA-TTTTTTTAC-T-GTA-C-TG-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCGA-T
gi|29621                      :  CTATA-TTTT-T-AT-T-GTA-C-TA-T-GGT--GGTC--A-C--CTT-T-G-A-GTGT----G----ATTGCT--AG-T-G-------ATC---TAT-TTT-TT-AC-TGTAC--AA-GG--TGTCT-CCTT
gi|29622                      :   TATT-TTTT-TTAC-T--TA-C-T--T-GGT--GTCT--A-C---TT-T-G-A-GTGT-AA-G----ATTGCT--AG-C-GT------GTCTA-TAT-TTT-TT-AC-TGTA-CTAT-----TGTCTACCTTT
gi|29623                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29624                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29625                      :   TATA-TTTT-T-ACAT-GTC-T-TA-A-GGT--GTCT--A-C--CTT-T-G-AGGTGT-AA------ATTGCTAAAG-C-GT------G-CTA-TAT-TTT-TT-AC--GTA-CTAT--G--TGTCTACCTT
gi|29626                      :     TA-TTTT-TTAC-T-GTA-C-AA---GGT--GTCT-------CCT-T-G-A-GTGT-AA-G----AT-GCT--AG-C-GT------GCCTA-TA--TTT-TT-AC-TG-A-CTAT-GG--TGTCTACCTTTG