lowQualScore : 111 1111111111
lowQualScore : 1 3 22 000 4 1 5555555555 1 1
lowQualScore : . . .. ... . . .......... . .
lowQualScore : 7 3 22 444 6 5 3333333333 5 5
consensus : ATATA-CC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
Reference ( gi|32757 ) : ATATA-CC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32756 : ATATA-CC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32759 : ATATA-CC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCC
gi|32760 : ATATA-CC-AAGG--ATAACCCAT---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32761 : ATATA-CC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGAATCCTT
gi|32758 : ATATA-CC-AAGG--ATAATCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32762 : ATATA-CC-AAGG--ATAACTCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCATTGGGGTCC
gi|32763 : ATATC-CT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32764 : ATATA-CC-AAGG--CTAACCCAT---AAA-G-TCC-AA-----G-G--G-CTTAAT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32767 : ATATA-CC-AAGG--ACAACCCAT---TAA-GTTC--AC-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTAGGTCCTT
gi|32765 : ATA-A-CCTAAGG--ATAACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32768 : ATGTG-CC-AAGG--ATAACCCAT---TAA---TCA-AGCCTTTA-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32766 : ATA-A-CT-AAGG--ATAACCCAT---AAAAGATGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCT
gi|32769 : TATA-CC-AAGG--ATAACCCATGATAAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTGGGTCCTT
gi|32771 : TATC-CT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-------G--G-CTTATT-TCCAATGGGGCCCTT
gi|32770 : TAT--CC-AAGG--ATAACCCAT---AA--GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32773 : TATC-CT-AAGG--ATAACCCAT---AAC-GCCTA-AA-------G--G-CTTGTT-TCCAATGGGGTC
gi|32774 : TACA-CCTAAGG--ATAGCCCATG--AAA-GCACT-A------G-T--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32772 : TATATCC-AAGGTGATAACC-AC---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-C-TATTCTCCAATGGGGTCCTT
gi|32775 : ATA-CC-AAGG--ATAACCCATA--AAA-ACTGA-AA-------A--G-CTTATT-TCTAATGGGGTCCTT
gi|32776 : ATA-CC-AGGG--ATAACCCGTG--AAA-GTTCG-AA-----A-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCGTT
gi|32777 : ATA-CC-AAGG--ATAACCTAT----AA-GCTCATAA----------G-CTTATT-TCCCTTGGGGTCTTT
gi|32778 : -CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCATA-GA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32779 : -CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCAGA-AA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTTCTT
gi|32780 : -AATG--ATAACCCAT---AAA-AGTTA-AAAT---G-A--G-CTTATT-TCCAATGGAGTCCTT
gi|32781 : AGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--GTCTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32782 : ACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111
lowQualScore : 3 22 000 4 1 4444444444 1 1
lowQualScore : . .. ... . . .......... . .
lowQualScore : 2 11 000 4 5 0000000000 5 5
consensus : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
Reference ( family-683 ) : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32756 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32757 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32758 : ATATACC-AAGG--ATAATCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32759 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCC
gi|32760 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32761 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGAATCCTT
gi|32762 : ATATACC-AAGG--ATAACTCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCATTGGGGTCC
gi|32763 : ATATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32764 : ATATACC-AAGG--CTAACCCAT---AAA-G-TCC-AA-----G-G--G-CTTAAT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32765 : ATA-ACCTAAGG--ATAACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32766 : ATA-ACT-AAGG--ATAACCCAT---AAAAGATGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCT
gi|32767 : ATATACC-AAGG--ACAACCCAT---TAA-GTTC--AC-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTAGGTCCTT
gi|32768 : ATGTGCC-AAGG--ATAACCCAT---TAA---TCA-AGCCTTTA-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32769 : TATACC-AAGG--ATAACCCATGATAAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTGGGTCCTT
gi|32770 : TAT-CC-AAGG--ATAACCCAT---AA--GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32771 : TATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-------G--G-CTTATT-TCCAATGGGGCCCTT
gi|32772 : ATAT-CC-AAGGTGATAACC-AC---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-C-TATTCTCCAATGGGGTCCTT
gi|32773 : tTATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAC-GCCTA-AA-------G--G-CTTGTT-TCCAATGGGGTC
gi|32774 : TACACCTAAGG--ATAGCCCATG--AAA-GCACT-A------G-T--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32775 : ATACC-AAGG--ATAACCCATA--AAA-ACTGA-AA-------A--G-CTTATT-TCTAATGGGGTCCTT
gi|32776 : ATACC-AGGG--ATAACCCGTG--AAA-GTTCG-AA-----A-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCGTT
gi|32777 : ATACC-AAGG--ATAACCTAT----AA-GCTCATAA----------G-CTTATT-TCCCTTGGGGTCTTT
gi|32778 : CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCATA-GA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32779 : CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCAGA-AA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTTCTT
gi|32780 : -AATG--ATAACCCAT---AAA-AGTTA-AAAT---G-A--G-CTTATT-TCCAATGGAGTCCTT
gi|32781 : AGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--GTCTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32782 : ACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111
lowQualScore : 3 22 000 4 1 4444444444 1 1
lowQualScore : . .. ... . . .......... . .
lowQualScore : 2 11 000 4 5 0000000000 5 5
consensus : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
Reference ( family-683 ) : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32756 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32757 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32758 : ATATACC-AAGG--ATAATCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32759 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCC
gi|32760 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32761 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGAATCCTT
gi|32762 : ATATACC-AAGG--ATAACTCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCATTGGGGTCC
gi|32763 : ATATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32764 : ATATACC-AAGG--CTAACCCAT---AAA-G-TCC-AA-----G-G--G-CTTAAT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32765 : ATA-ACCTAAGG--ATAACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32766 : ATA-ACT-AAGG--ATAACCCAT---AAAAGATGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCT
gi|32767 : ATATACC-AAGG--ACAACCCAT---TAA-GTTC--AC-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTAGGTCCTT
gi|32768 : ATGTGCC-AAGG--ATAACCCAT---TAA---TCA-AGCCTTTA-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32769 : TATACC-AAGG--ATAACCCATGATAAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTGGGTCCTT
gi|32770 : TAT-CC-AAGG--ATAACCCAT---AA--GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32771 : TATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-------G--G-CTTATT-TCCAATGGGGCCCTT
gi|32772 : ATAT-CC-AAGGTGATAACC-AC---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-C-TATTCTCCAATGGGGTCCTT
gi|32773 : tTATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAC-GCCTA-AA-------G--G-CTTGTT-TCCAATGGGGTC
gi|32774 : TACACCTAAGG--ATAGCCCATG--AAA-GCACT-A------G-T--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32775 : ATACC-AAGG--ATAACCCATA--AAA-ACTGA-AA-------A--G-CTTATT-TCTAATGGGGTCCTT
gi|32776 : ATACC-AGGG--ATAACCCGTG--AAA-GTTCG-AA-----A-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCGTT
gi|32777 : ATACC-AAGG--ATAACCTAT----AA-GCTCATAA----------G-CTTATT-TCCCTTGGGGTCTTT
gi|32778 : CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCATA-GA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32779 : CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCAGA-AA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTTCTT
gi|32780 : -AATG--ATAACCCAT---AAA-AGTTA-AAAT---G-A--G-CTTATT-TCCAATGGAGTCCTT
gi|32781 : AGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--GTCTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32782 : ACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
blockSeqs : T TG GAT A T CCTTTAA T C
blockSeqs : T . G A . GAAT . .
blockSeqs : . . A A . GAAT . .
blockSeqs : . . G . . ATGA . .
blockSeqs : . . G . . TCA . .
blockSeqs : . . G . . TCA . .
blockSeqs : . . . . . TCA . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . AG . .
blockSeqs : . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
finalCons : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111
lowQualScore : 3 22 000 4 1 4444444444 1 1
lowQualScore : . .. ... . . .......... . .
lowQualScore : 2 11 000 4 5 0000000000 5 5
consensus : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
Reference ( family-683 ) : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32756 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32757 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32758 : ATATACC-AAGG--ATAATCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32759 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCC
gi|32760 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32761 : ATATACC-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATGGAATCCTT
gi|32762 : ATATACC-AAGG--ATAACTCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-A--G-CTTATT-TCCATTGGGGTCC
gi|32763 : ATATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32764 : ATATACC-AAGG--CTAACCCAT---AAA-G-TCC-AA-----G-G--G-CTTAAT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32765 : ATA-ACCTAAGG--ATAACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32766 : ATA-ACT-AAGG--ATAACCCAT---AAAAGATGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCT
gi|32767 : ATATACC-AAGG--ACAACCCAT---TAA-GTTC--AC-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTAGGTCCTT
gi|32768 : ATGTGCC-AAGG--ATAACCCAT---TAA---TCA-AGCCTTTA-A--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32769 : TATACC-AAGG--ATAACCCATGATAAA-GCTCA-AA-----G-G--G-CTTATT-TCCAATTGGGTCCTT
gi|32770 : TAT-CC-AAGG--ATAACCCAT---AA--GCCTA-AA-----G-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32771 : TATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAA-GCCTA-AA-------G--G-CTTATT-TCCAATGGGGCCCTT
gi|32772 : ATAT-CC-AAGGTGATAACC-AC---TAA-GCTCA-AA-----G-G--G-C-TATTCTCCAATGGGGTCCTT
gi|32773 : tTATCCT-AAGG--ATAACCCAT---AAC-GCCTA-AA-------G--G-CTTGTT-TCCAATGGGGTC
gi|32774 : TACACCTAAGG--ATAGCCCATG--AAA-GCACT-A------G-T--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32775 : ATACC-AAGG--ATAACCCATA--AAA-ACTGA-AA-------A--G-CTTATT-TCTAATGGGGTCCTT
gi|32776 : ATACC-AGGG--ATAACCCGTG--AAA-GTTCG-AA-----A-G----CTTATT-TCCAATGGGGTCGTT
gi|32777 : ATACC-AAGG--ATAACCTAT----AA-GCTCATAA----------G-CTTATT-TCCCTTGGGGTCTTT
gi|32778 : CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCATA-GA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32779 : CC-AAGG--ATGACCCATG--AAA-GCAGA-AA-----G-AATG-CTTATT-TCCAATGGGGTTCTT
gi|32780 : -AATG--ATAACCCAT---AAA-AGTTA-AAAT---G-A--G-CTTATT-TCCAATGGAGTCCTT
gi|32781 : AGG--ATAACCCAT---AAA-GCTCA-AA-----G-G--GTCTTATT-TCCAATGGGGTCCTT
gi|32782 : ACCCAT---AAAAGCTGA-AA-----TCA--G-CTTATT-TCCAATGGGGTCCTT