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Reference ( gi|70587 )        : ATTACTA---A-TAA-CAAATTGAAT-AA--TAATCT-AATTTA-G-CA-AGATGGCCAA-CA-AAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70588                      : ATTACTA---A-TGA-CAAA----AT-AA--TAATCT-AATGTA-G-CA-AGATGGCCAA-CA-AAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70589                      : ATTACTA---A-TAG-CAAATT-----AA--TAATCTTAATTTA-G-CA-AGATGACCAA-CA-AAATCTCCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
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blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . G     A            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . A     A            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . A     C            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . G     C            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . G     C            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . G     A            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . C     C            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . G     C            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . G     A            .    .   .
blockSeqs                     :          .   .   .      .     .    .   .    .     . .  .        . A     C            .    .   .
blockSeqs                     :                         .     .    .   .    .     . .  .        . G     C            .    .   .
blockSeqs                     :                         .     .    .   .    .     . .  .        . G     .            .    .   .
blockSeqs                     :                         .     .    .   .    .     . .  .        . .     .            .    .   .
blockSeqs                     :                               .    .   .    .     . .  .        . .     .            .         


blockSeqCons                  :                         ****
originalCons                  :   ATTGCTA---A-TAA-CAAATT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
finalCons                     :   ATTGCTA---A-TAA-CAAATT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC





Alignments
lowQualScore                  :          333 1   1      9999  22   1   1    3333  1 1  1        1 3333  4            22   1   1                
lowQualScore                  :          ... .   .      ....  ..   .   .    ....  . .  .        . ....  .            ..   .   .                
lowQualScore                  :          000 7   7      8888  00   5   5    1111  5 5  5        5 7777  5            00   5   5                
consensus                     :   ATTGCTA---A-TAA-CAAATT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
Reference ( family-682 )      :   ATTGCTA---A-TAA-CAAATT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70587                      :   ATTACTA---A-TAA-CAAATTGAATAA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--A-CAAAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70588                      :   ATTACTA---A-TGA-CAAAAT----AA--TAA-TCT-AATG----TA-G-CA-AGATGGCC-A--A-CAAAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70589                      :   ATTACTA---A-TAG-CAAATT----AA--TAA-TCTTAATT----TA-G-CA-AGATGACC-A--A-CAAAATCTCCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70590                      :   ATTACTA---A-TAA-CAAATT----AA--TAA-TCT-GATTGATTTA-G-CA-AGATAACC-A--A-CAAAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70591                      :   ATTGCCA---A-TAT-TAAATT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--A-CATAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAATATCTGGTTAC
gi|70592                      :   ATTGCTATAAA-TAA-AAAAAT----TA--TAA-TTT-AATT----CA-A-CA-AGATGGCC-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70593                      :   ATTGTTA---A-TAAACAAATT----AAAATAA-TC---ATT-----A-G-CA-AGATGGCT-A--A-CAAAATCACTGGATT--TAATATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70594                      :   ATTACTG---A-TAC-CAAAGT----AA--TAA-TCT-AATT----CA-A-CA-AGATGGTC-A--G-CACAATCAATGGATT--AAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70595                      :   ATTACTA---A-TAA-CAAAT----------AA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGACCGA--A-TACA-TCACCG-ATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70596                      :   ATTGCTA---A-CAA-CAAATTGATAAA--TAA-TTT-AATT----CA-A-CA-AGATGGCC-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-TTA-TAAAATATCTGGTTAC
gi|70597                      :   ATTGCTA---A-CA--CAAATTGATAAA--TAA-TTT-AATT----CA-A-CAGAGATG--C-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-ATA-T-AAATATCTGGTTAC
gi|70598                      :   ATTACTA---A-TTA-CAAATT----GA--TAA-TTT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--G-CACAATCACCGGATT--CAA-ATA-TAAAATATCT
gi|70599                      :   ATTGCTA---A-TAA-CAA-TT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--A-CAAAATCACCGGATT--TAC-ATG-TA
gi|70600                      :   ATTGCTA---A-TAA-CAAATT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGAT-GCC-A--A-CAAAATCACCGGATT--TAC-ATG-TA
gi|70601                      :   ATCACTA---A-TAA-CAAAT-----AA--TAA-TCT-AATT----TA-GCCA-AGA-GGCC-A--ACCAAAATCAGTCGATTAGTAA-ATACTAAAACATCTGGTTAC
gi|70602                      :   ATTGCTA---A-AAA-CAAATT----AA--TAA-TTT-AAT--------A-CA-AGATAGTC-A--G-CACAATCACTGGATT--TAA-ATA-TATAACATCTGGTTAC
gi|70603                      :   ATTGCTA---A-TAA-CAAATT----AA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--G-CA----------------AA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70604                      :   ACTACTA---A--AA-AAAATT----AA--TGA-TTT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--G-CACAACCAC--------TAA---A-TAAAACTTCTGGTTAC
gi|70605                      : attTTACTA---A-TGA-TAAATT----GA--TAA-TCT-AATT----TA-G-CA-AGATGGCC-A--C-CACAATCGCCGGATT--T---ATT-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70606                      :    TTGCTA---AATAA--AAATT----AA--TAA-TC--AATT----TA-A-CA-AGATGGCC-A----CAAAATCACCGGATT--TA
gi|70607                      :       CTA---A-TAA-CAAATT----TA--TAA-TGT-AAT--------G-CA-AGATAGCA-A--G-CACAATCACCGAATC------------AAACATCTGGTTAC
gi|70608                      :        TA---A-TAA-CAAATT----GA--TAA-TCT-GATA----CA-G-CA-AGATGGTT-A--G-CACAATCACTGGATT--TGA-ATA-TAGAA
gi|70609                      :                    AAATT----GC--TAACTCT-AATT----TA-G-TA-AGATGGTC-A--A-CAAAATCACTGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70610                      :                  aaAAATT----AA--TAA-TTT-GATT----TA-G-CA-AG------------------CACCGGATT--TAG-ATA-TAAAACATCGGGTTAC
gi|70611                      :         A---A-TAA-TAAATT----AA--TA-----------------------GATTGCC-A--G-CACAATCACCGCATT--TTA-ATA-TAAAACATCTGGTTAC
gi|70612                      :                         ----AA--TCA-TCT-AATT----GAAG-CA-AGATGGCC-AATG-CA-AATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAATATCTGGTTAC
gi|70613                      :                               --TAA-TCT-AATA----CA-A-CA-GGATGGTC-A--G-CACAATCACCGGATT--TAA-ATA-TAAAACATCTGGT