lowQualScore                  :                                                      111111                                    2222222222222222222                                                  222222222222222                                                               11111111                                     11111111111111111111                   1111111                               
lowQualScore                  :                2 33    4 33    2 4444  4 2 22 6   1  111111   1 3 1 22   44444 3  1  3 22 1 1  0000000000000000000   222   1  444444 1 1  3 1  555 1 33 3 222  1 1  222222222222222 44  1 1  44 222 77777 22  44 22 1 55 3 1  1   1  1 22 55 333  44444444 1    555555   3  22 5 333  2  2  22 44444444444444444444 4 2 2  2 2 2 999  1111111 2 2 2 2 777 5 2  2     33     
lowQualScore                  :                . ..    . ..    . ....  . . .. .   .  ......   . . . ..   ..... .  .  . .. . .  ...................   ...   .  ...... . .  . .  ... . .. . ...  . .  ............... ..  . .  .. ... ..... ..  .. .. . .. . .  .   .  . .. .. ...  ........ .    ......   .  .. . ...  .  .  .. .................... . . .  . . . ...  ....... . . . . ... . .  .     ..     
lowQualScore                  :                5 22    7 11    0 2222  0 0 88 0   9  666666   8 5 7 44   33333 5  7  5 55 8 7  1111111111111111111   777   5  333333 5 5  1 5  888 5 77 1 666  5 5  666666666666666 00  7 7  00 999 77777 33  00 33 7 66 3 7  7   7  7 44 99 000  22222222 8    222222   8  66 7 000  0  1  99 88888888888888888888 7 4 4  5 5 5 222  6666666 5 5 5 7 333 3 7  9     99     
consensus                     :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A-GA----N-C-A--G---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--G----------T-TA--A---C-T-T-TC-T-T-GT--TT-------A-T-A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
Reference ( gi|88370 )        :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GA---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A-GA----T-C-A--G---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--G----------T-CA--A---C-T-T-TC-T-T-GT--TT-------A-T-A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88371                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-T-TA----T-C-A--G---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CGCC------TTC-AA--TAAT--TC-CC-TA--G----------T-CA--A---A---T-TC-T-T-GT--TT-------A-T-A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88375                      :           TTTAT-C--TCATGT--CCAG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCT-A---T--TTG-----ACTA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CGT--T-T--T-G---AT-A-GA----T-C-AT-G---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TA-C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--T--CC-TA--G----------T-CA--A---C-T-T-TC-T-T-GTA-TT-------A-T-A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88373                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCT-A-G-T--CTG-----A-AA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---A-T--T-G---AT-A-------T-T-G--GCGCT--TC-C-GG--T---C-----C--GT--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--G----------T-CA--A---C-T-T-TC-T-T-GT--TT-------A-T-A-A-A---T-A-AG-TTTTT--GTT
gi|88377                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TCC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GAC--TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A-GA----T-CCA--G---TC-TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--CAT--A-C-TT-TGG-AG-A--T--C---AT--T-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CCATA--G----------T-CA--AG--C-T-T-TG-C-T-GTTATT-------A---A-A-A---TAA-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88378                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-GCATATA-GCT-AAG-T--TTG-----AGTA-AAAC--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CGTTTT-T--T-G---AT-A-GA----T-C-A--G---T--TT-C--G--T---C-----C--GA--A--C-T--ACC-TT-TTG-AG-AACT--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TCGCC-TA--G----------T-CA--A---C-T-T-TC-T-T-GT--TT-------ATT-A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88372                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TCT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A-TA----G-C-A--C---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--G----------T-TA--A---CTT-T-TT-T-T-GT--TT-------A-T-A-
gi|88374                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CTGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A-GA----T-C-A--G---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--C------------------------------C-T-T-TC------T--AT-------A-T-ACA-A---T-A-A--TTTTT--GTTGA
gi|88376                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TT------GCT-A-G-T--TTG-----A-T--AC-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC--A------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---GT-A-GA----A-G-A--C---T--TC-C-GGT-T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--G----------T-T---A---C-T-T-T--T-T-G---TT-------A-T-A-A-A---T---AT-TTTTT--GTTGA
gi|88379                      :           TTTAT-C--TCAT-TTTCCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC------GCA-AAG-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------AGGTCTTT---ATC-AA------ATC-GC-C-CG---T-T--TTG---AT-A-GA----TTC-A--G---TATCC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----CTCCGC------TTC--A--T-A---TC-CC-TA--G----------T-TAT-A---T-TCT-TC-T-T-AT--AT-------A---A-A-A---T-A-AT-TTATT--GTTGA
gi|88380                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-AAA-TC------CCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-CA--------------GC---GTT---TTC-AA------A-C-GC-C-CA---T-T--T-G---AT-A-GA----G-C-ACTC---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---A
gi|88381                      :           TTTAT-C--TCAT-T--GCGG-T----GGGT-G--C-ATA-TT------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-CA------A-C-GC-C-CG---T-T--TGG---GT-A-GA--------A--GACCT--TCGC-GGCTC---C-----C--GA--AACT-T--A-CATT-GTG-AG-A--T--TCCAAT--CCA---C-CCAG------TTC-CA--T-ATTATT-CC-CA--G----------T-TACCACCTC-T-C-TC-T-TCGT--TC-------A-T-A-ATAAATT-A-AT-TTCTT--GTTGctatagcctaaataagttgtttaagcttatcacaaattctttcttt
gi|88382                      :           TTTAT-CGTTCTA-T--CCGG-T----GG---G--C-ATA-TT------GC--A-G-T--TTG-----A-TA-A--C--C-A-TA--------------GC---TTT---AT--AA------A-C-GCGCACG---T-T--T-----AT-A-GA----A-G-A--C---T--TC-CGGG--T---CACGGTC--GA--A--C-TA-A-C-TT-AGG-AG-A--T------AT--A-----C-CCGC-------TC-AA--T-AT--CG-CC-T---G----------T--A--A---C-T-TAAC-T-T-GT--TTTC-----A-T-A-A-AG--T-ATAT-TTTTT--
gi|88384                      :           TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-TTCCGGG-TAG--C-ATA-TC-------CT-A-ACT--TTA-----G-CATAA-C--C-ATTA--------------GATAGTCT---ATC-AAATGATCA-C-GC-C-GA---T-TAGT-G---AT-C-G-------C-AC-G---T--TC-C-GG--A---C-----CAAGA--A--C----A-C-AA-TTGTAG-A--TGCC---AT--CCCACTC-CCGCCAAAGTTTCAAA--TAAT--TC-CT-TAAGG----------TACA--AGT-C-T-T-TCAA-T-GT--TTTAAATAAA-T-A-A-A---T-A-AT-TTTTTGAGTTGA
gi|88383                      :           TTCAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATATTT------GCT-A-G-T--TTG-----A-T
gi|88385                      :            TTATTC--TCAT-T--CCGGAT----GG-T-GAGCGATA-TT-------CT-A-G-T--TTC-------TA-AG-CATC-A-TA--------------GT---TCT---ATC-AA------A-C-GT-C-CG---TCT--T-G---AT-ATGA------A-A--A---T--TC-C-GT--A---C-----T--GAG-A--C-T--AGC-TTCTTG-A--------C---AT--C-----C-CCG--------TC-AA--T-A---TC-CC-TA--G----------T-TA--A---CTT-T-TC-TGT-GT--TT-------A-TGA-A-G---T-A-A
gi|88386                      :                -C--TCATAT--CCGG-T----GGAT-G--CCATA-TC------GCTCA-G-TCCTTGCACTCA-CA-CA-C--CCA-TAC-------------GA---TTCTTAATCCAA------A-CCGC-C-CGC--T-T--T-G---ATCA-GACCG-T-C-A--G---T--TC-C-G---T---C-----C--GACCA--C-TCCA-C-TT-TTG-AG-A--C--C---ATCCC-----C-CCGC------TTC-AACTC-AT--TC-CC-TA--
gi|88387                      :                  --TCAT-T--CCGG-T----GT-T-G--C-ATA-TC------GCT-A-G-C--TTG-----A-TA-AA-
gi|88372                      :                          --CCGG-A----AG-T-G--CTATA-TCAAACGGGC----G-T--TTG-----A-TA-GAGC--T-A-TG--------------G----TTT---ATC-AA------A-C-
gi|88388                      : tttatctcattccggtggtgcatatcgctaG-T----TG-T-G--C-ATA-TT------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A-GA----A-G-A--C---T--TC-C-GG--T---CGCGT-C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-TG-A--T--C---AT--A-----C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GTTAACTTTCTT-TA--A---C-T-T-TC-T-T-G---TT-------A-T-G-A-A---T-A-ATATTTTT--CTTGAtccgaactacttttgagatcatcccgcttcaatattcccaagttaactttttttgtttata
gi|88389                      :                                -T----GG-T-G--T-ATA-TC------GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-G-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A-AA----
gi|88390                      :                                                  A-TC------GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---TTT---ATC-AA------A-A-GC-C-CG---T-T--T-GTTTAT-T-GG------C-G--C---T--TC-C-GG--T---------C--GA--A--C-TA-A-C-TT-TTG-AGCA--T--C---A---C-----C-CCGC------Tg
gi|88391                      :                                                     C------GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-A-TA--------------GC---GTT---AAT-AA------A-C--C-C-CG---T-TG-T-T---AT-T-GT----G-C-G--C---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TG-C---AT--A-----C-CCGC------TTCTAA--T-AT--T--CC-TA--G----------A-TAC-A---C---T-TC-T-T-G---TT-------A-T-A-A-A---TAA-AT-TTTTG--GTTGA
gi|88392                      :                                                                 -G-T--TTG-----A-TA-TA-C--C-A-TACAAATGTACATGTAGC---TCC---ATC-AA------A-C-ACAC-CG---T-T--G-G---TT-A-CAGCACT-T-A--A---T--TC-C-AT--G---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TCG-AA-A--T--C---AT--T-----C-ACAC------TTC-AA--T-GT--CC-CC-TA--
gi|88393                      :                                                                                   -AG-C--C-A-TA--------------GC---TCT---ATC-AA------A-T-GC-C-AG---T-T--G-G---AT-A-TA----A-C-A--C---T--TC-C-GG--T---C-----T--GA--A----G--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTT-AA--TGAT--T
gi|88377                      :                                                                                             -TG--------------GA---TCT---ATC-AA------A-C-GG-G-CG---T-T--T-G---AT-A-AA----tattttttttactttt
gi|88374                      :                                               tttatctcattccggtggtgcatatccgctagtttgataaaccatagac--------------GA---TCT---ATC-AA------A-C-GG-G-CG---T-T--T-G---AT-A-AA----gtctccggtccgaacatactttggagatcattcccgcttcaatattcccatagtcaagctttgctgttattaaaataaattttttgttga
gi|88389                      :                                                                 tttatctcattctggtggtgcatatcgctagtttgataaaccatagc---TTT---ATC-AA------A-C-GG-G-CG---T-T--T-G---AT-A-A---------A--G---C--TA-C-GG--TTTAT-----C--AA--A--C-T--A-agttccggtccgaactacttttgagatcatccccgcttcaatatcctttctatatacaataatttttgttga
gi|88372                      :                                                                                                        tggtgtatatcgcT---ATC-AA------A-C-GG-G-CG---T-T--T-G---AT-A-GA----g
gi|88394                      :                                                                           tttatctcattccggtggtgcatatcgctagtttgataaaccatagcTC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T--------A-G-------C-A--C---T--TT-C-GG--T---C-----C--GA--G--C-T--A-C-T----G-AG-A--T--C---AT--C-----C-CTGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--G----------T-TA--A---A-T-T-Ttagcacttccggtccgaactacttttgagatcatcccgcttcaatattcccaagttaactttttttgtttata
gi|88395                      :                                                                                                                                                           ---AT-A-GA----G-C-A--C---T--TC-C-GG--T---C-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--CCCCGGC-CCGT------TTC-AA--T-AT--CC-CC-TA--G----------T-TA--A---C-T-T-TC-T-T-G---TT-------A-T-A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88396                      :                                                                                                                                                                          -C-A--A---T--TC-C-AG--T---C-----C--GC--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--A---AT--T-----C-TTGC------TAG-AA--T-AT--TC-C





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                        11111111111111                                                     111111111111111                                                            11111111                                         11111111111111                  1111111                                
lowQualScore                  :      2 33    4 33    2 4444  4 2 22 4   1  66666   1 3 1 22   44444 3  1  1 22 66666   22222222222222 888       1  555555 1 1  3 1  666 1 44 3 222  1 33  333333333333333 44  1 1  44  77777 22  44 22 1 55 3 1  1   1  1 22 55 222  33333333 1    555555   3  22 5  22  1  2  22  2  88888888888888 4 2 2  2 2 2 77  0000000 2 55 2 2 666 5 2  2     33     
lowQualScore                  :      . ..    . ..    . ....  . . .. .   .  .....   . . . ..   ..... .  .  . .. .....   .............. ...       .  ...... . .  . .  ... . .. . ...  . ..  ............... ..  . .  ..  ..... ..  .. .. . .. . .  .   .  . .. .. ...  ........ .    ......   .  .. .  ..  .  .  ..  .  .............. . . .  . . . ..  ....... . .. . . ... . .  .     ..     
lowQualScore                  :      4 11    4 11    0 2222  0 0 88 0   9  44444   8 5 7 44   33333 5  7  7 55 44444   55555555555555 222       7  000000 7 7  5 7  555 7 11 5 888  6 88  999999999999999 00  7 7  00  77777 33  00 33 7 66 3 7  7   7  7 33 66 999  22222222 7    000000   6  55 5  55  9  0  88  2  77777777777777 4 2 2  4 4 4 88  9999999 4 66 4 5 999 0 5  7     77     
consensus                     : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A----N---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
Reference ( family-679 )      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A----G---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88370                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---ATTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A----G---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88371                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-T--TAT-C---A----G---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CGCC------TTC-AA--TAAT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---A---T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88372                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--TAG-C---A----C---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---CTT-T-TT-T-T-GT-TT-------A-T--A-
gi|88373                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-AA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---A-T--T-G---AT-ATTG-G-C---G----C---T--TC-C-GG--TC-----C--GT--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AG-TTTTT--GTT
gi|88374                      : TTTAT-C--TCAT-T--CTGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A----G---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--C----------------------------C-T-T-TC------T-AT-------A-T--ACA-A---T-A-A--TTTTT--GTTGA
gi|88375                      : TTTAT-C--TCATGT--CCAG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A---T--TTG-----ACTA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGT--T-T--T-G---AT-A--GAT-C---AT---G---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TA-C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--T--CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GTATT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88376                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T--AC-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC--A------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---GT-A--GAA-G---A----C---T--TC-C-GGT-TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-T-----------A---C-T-T-T--T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T---AT-TTTTT--GTTGA
gi|88377                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TCC----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------GA--CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-CC--A----G---TC-TC-C-GG--TC-----C--GA--A--CAT--A-C-TT-TGG-AG-A--T--C---AT--T-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CCATA--GT-CA----------AG--C-T-T-TG-C-T-G--TT-------A-TTAA-A-A---TAA-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88378                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-GCATATAGCT-AAG-T--TTG-----AGTA-AAAC--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGTTTT-T--T-G---AT-A--GAT-C---A----G---T--TT-C--G--TC-----C--GA--A--C-T--ACC-TT-TTG-AG-AACT--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TCGCC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------ATT--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88379                      : TTTAT-C--TCAT-TTTCCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCA-AAG-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------AGGTCTTTATC-AA------ATC-GC-C-CG---T-T--TTG---AT-A--GATTC---A----G---TATCC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----CTCCGC------TTC--A--T-A---TC-CC-TA--GT-TAT---------A---T-TCT-TC-T-T-AT-AT-------A----A-A-A---T-A-AT-TTATT--GTTGA
gi|88380                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-AAA-TC-----CCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ACA--------------G---CGTTTTC-AA------A-C-GC-C-CA---T-T--T-G---AT-A--GAG-C---ACT--C---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---A
gi|88381                      : TTTAT-C--TCAT-T--GCGG-T----GGGT-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-CA------A-C-GC-C-CG---T-T--TGG---GT-A--GA------A----GACCT--TCGC-GGCTCC-----C--GA--AACT-T--A-CATT-GTG-AG-A--T--TCCAAT--CCA---C-CCAG------TTC-CA--T-ATTATT-CC-CA--GT-TACC--------ACCTC-T-C-TC-T-TCGT-TC-------A-T--A-ATAAATT-A-AT-TTCTT--GTTGctatagcctaaataagttgtttaagcttatcacaaattctttcttt
gi|88382                      : TTTAT-CGTTCTA-T--CCGG-T----GG---G--C-ATA-TT-----GC--A-G-T--TTG-----A-TA-A--C--C-----ATA--------------G---CTTTAT--AA------A-C-GCGCACG---T-T--T-----AT-A--GAA-G---A----C---T--TC-CGGG--TCACGGTC--GA--A--C-TA-A-C-TT-AGG-AG-A--T------AT--A-----C-CCGC-------TC-AA--T-AT--CG-CC-TG-----TA----------A---C-T-TAAC-T-T-GT-TTTC-----A-T--A-A-AG--T-ATAT-TTTTT--
gi|88383                      : TTCAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATATTT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T
gi|88384                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-TTCCGGG-TAG--C-ATA-TC------CT-A-ACT--TTA-----G-CATAA-C--CATTAGATA--------------G----TCTATC-AAATGATCA-C-GC-C-GA---T-TAGT-G---AT-C--GCA-C--------G---T--TC-C-GG--AC-----CAAGA--A--C----A-C-AA-TTGTAG-A--TGCC---AT--CCCACTC-CCGCCAAAGTTTCAAA--TAAT--TC-CT-TAAGGTACA----------AGT-C-T-T-TCAA-T-GT-TTTAAATAAA-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTTGAGTTGA
gi|88385                      :  TTATTC--TCAT-T--CCGGAT----GG-T-GAGCGATA-TT------CT-A-G-T--TTC-------TA-AG-CATC-----ATA--------------G---TTCTATC-AA------A-C-GT-C-CG---TCT--T-G---AT-AT-GAA-----A----A---T--TC-C-GT--AC-----T--GAG-A--C-T--AGC-TTCTTG-A--------C---AT--C-----C-CCG--------TC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TA----------A---CTT-T-TC-TGT-GT-TT-------A-TG-A-A-G---T-A-A
gi|88386                      :      -C--TCATAT--CCGG-T----GGAT-G--CCATA-TC-----GCTCA-G-TCCTTGCACTCA-CA-CA-C--CC----ATAC-------------GATTCTTAATCCAA------A-CCGC-C-CGC--T-T--T-G---ATCA--GAC-CGTCA----G---T--TC-C-G---TC-----C--GACCA--C-TCCA-C-TT-TTG-AG-A--C--C---ATCCC-----C-CCGC------TTC-AACTC-AT--TC-CC-TA--
gi|88387                      :        --TCAT-T--CCGG-T----GT-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-C--TTG-----A-TA-AA-
gi|88388                      :                     G-T----TG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAA-G---A----C---T--TC-C-GG--TCGCGT-C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-TG-A--T--C---AT--A-----C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TAACTTTCTTTAA---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--G-A-A---T-A-ATATTTTT--CTTGA
gi|88389                      :                      -T----GG-T-G--T-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----GTA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--AA
gi|88390                      :                                        A-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-A-GC-C-CG---T-T--T-GTTTAT-T--G-G-C---G----C---T--TC-C-GG--T------C--GA--A--C-TA-A-C-TT-TTG-AGCA--T--C---A---C-----C-CCGC------Tg
gi|88391                      :                                           C-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CGTTAAT-AA------A-C--C-C-CG---T-TG-T-T---AT-T--GTG-C---G----C---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TG-C---AT--A-----C-CCGC------TTCTAA--T-AT--T--CC-TA--GA-TAC---------A---C---T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---TAA-AT-TTTTG--GTTGA
gi|88392                      :                                                      -G-T--TTG-----A-TA-TA-C--C-----ATACAAATGTACATGTAG---CTCCATC-AA------A-C-ACAC-CG---T-T--G-G---TT-A--CAG-C---ACTTAA---T--TC-C-AT--GC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TCG-AA-A--T--C---AT--T-----C-ACAC------TTC-AA--T-GT--CC-CC-TA--
gi|88393                      :                                                                        -AG-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-T-GC-C-AG---T-T--G-G---AT-A--TAA-C---A----C---T--TC-C-GG--TC-----T--GA--A----G--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTT-AA--TGAT--T
gi|88394                      :                                                                                                               TC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T------------AG-C---A----C---T--TT-C-GG--TC-----C--GA--G--C-T--A-C-T----G-AG-A--T--C---AT--C-----C-CTGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---A-T-T-Ttattttttttactttt
gi|88395                      :                                                                                                                                                ---AT-A--GAG-C---A----C---T--TC-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--CCCCGGC-CCGT------TTC-AA--T-AT--CC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88396                      :                                                                                                                                                ---AT-A--TGG-C---A----A---T--TC-C-AG--TC-----C--GC--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--A---AT--T-----C-TTGC------TAG-AA--T-AT--TC-C





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                        11111111111111                                                                                                                               11111111                                         11111111111111                  1111111                                
lowQualScore                  :      2 33    4 33    2 4444  4 2 22 4   1  66666   1 3 1 22   44444 3  1  1 22 66666   22222222222222 888       1  555555 1 1  3 1  666 1 44 3 222  1 33  22 444 666 44 3333 1 1  44  77777 22  44 22 1 55 3 1  1   1  1 22 55 222  33333333 1    555555   3  22 5  22  1  2  22  2  88888888888888 4 2 2  2 2 2 77  0000000 2 55 2 2 666 5 2  2     33     
lowQualScore                  :      . ..    . ..    . ....  . . .. .   .  .....   . . . ..   ..... .  .  . .. .....   .............. ...       .  ...... . .  . .  ... . .. . ...  . ..  .. ... ... .. .... . .  ..  ..... ..  .. .. . .. . .  .   .  . .. .. ...  ........ .    ......   .  .. .  ..  .  .  ..  .  .............. . . .  . . . ..  ....... . .. . . ... . .  .     ..     
lowQualScore                  :      4 11    4 11    0 2222  0 0 88 0   9  44444   8 5 7 44   33333 5  7  7 55 44444   55555555555555 222       7  000000 7 7  5 7  555 7 11 5 888  6 88  77 666 666 00 5555 7 7  00  77777 33  00 33 7 66 3 7  7   7  7 33 66 999  22222222 7    000000   6  55 5  55  9  0  88  2  77777777777777 4 2 2  4 4 4 88  9999999 4 66 4 5 999 0 5  7     77     
consensus                     : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--CT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
Reference ( family-679 )      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--NT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88370                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---ATTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--GT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88371                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-T--TAT-C---A--GT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CGCC------TTC-AA--TAAT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---A---T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88372                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--TAG-C---A--CT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---CTT-T-TT-T-T-GT-TT-------A-T--A-
gi|88373                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-AA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---A-T--T-G---AT-ATTG-G-C---G--CT--T----C-C-GG--TC-----C--GT--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AG-TTTTT--GTT
gi|88374                      : TTTAT-C--TCAT-T--CTGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--GT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--C----------------------------C-T-T-TC------T-AT-------A-T--ACA-A---T-A-A--TTTTT--GTTGA
gi|88375                      : TTTAT-C--TCATGT--CCAG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A---T--TTG-----ACTA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGT--T-T--T-G---AT-A--GAT-C---AT-GT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TA-C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--T--CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GTATT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88376                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T--AC-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC--A------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---GT-A--GAA-G---A--CT--T----C-C-GGT-TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-T-----------A---C-T-T-T--T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T---AT-TTTTT--GTTGA
gi|88377                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TCC----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------GA--CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-CC--A--GTC-T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--CAT--A-C-TT-TGG-AG-A--T--C---AT--T-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CCATA--GT-CA----------AG--C-T-T-TG-C-T-G--TT-------A-TTAA-A-A---TAA-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88378                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-GCATATAGCT-AAG-T--TTG-----AGTA-AAAC--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGTTTT-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--GT--T----T-C--G--TC-----C--GA--A--C-T--ACC-TT-TTG-AG-AACT--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TCGCC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------ATT--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88379                      : TTTAT-C--TCAT-TTTCCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCA-AAG-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------AGGTCTTTATC-AA------ATC-GC-C-CG---T-T--TTG---AT-A--GATTC---A--GTATC----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----CTCCGC------TTC--A--T-A---TC-CC-TA--GT-TAT---------A---T-TCT-TC-T-T-AT-AT-------A----A-A-A---T-A-AT-TTATT--GTTGA
gi|88380                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-AAA-TC-----CCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ACA--------------G---CGTTTTC-AA------A-C-GC-C-CA---T-T--T-G---AT-A--GAG-C---ACTCT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---A
gi|88381                      : TTTAT-C--TCAT-T--GCGG-T----GGGT-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-CA------A-C-GC-C-CG---T-T--TGG---GT-A--GAA-G---AC-CT--T----CGC-GGCTCC-----C--GA--AACT-T--A-CATT-GTG-AG-A--T--TCCAAT--CCA---C-CCAG------TTC-CA--T-ATTATT-CC-CA--GT-TACC--------ACCTC-T-C-TC-T-TCGT-TC-------A-T--A-ATAAATT-A-AT-TTCTT--GTTGctatagcctaaataagttgtttaagcttatcacaaattctttcttt
gi|88382                      : TTTAT-CGTTCTA-T--CCGG-T----GG---G--C-ATA-TT-----GC--A-G-T--TTG-----A-TA-A--C--C-----ATA--------------G---CTTTAT--AA------A-C-GCGCACG---T-T--T-----AT-A--GAA-G---A--CT--T----C-CGGG--TCACGGTC--GA--A--C-TA-A-C-TT-AGG-AG-A--T------AT--A-----C-CCGC-------TC-AA--T-AT--CG-CC-TG-----TA----------A---C-T-TAAC-T-T-GT-TTTC-----A-T--A-A-AG--T-ATAT-TTTTT--
gi|88383                      : TTCAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATATTT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T
gi|88384                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-TTCCGGG-TAG--C-ATA-TC------CT-A-ACT--TTA-----G-CATAA-C--CATTAGATA--------------G----TCTATC-AAATGATCA-C-GC-C-GA---T-TAGT-G---AT-C--GCA-C------GT--T----C-C-GG--AC-----CAAGA--A--C----A-C-AA-TTGTAG-A--TGCC---AT--CCCACTC-CCGCCAAAGTTTCAAA--TAAT--TC-CT-TAAGGTACA----------AGT-C-T-T-TCAA-T-GT-TTTAAATAAA-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTTGAGTTGA
gi|88385                      :  TTATTC--TCAT-T--CCGGAT----GG-T-GAGCGATA-TT------CT-A-G-T--TTC-------TA-AG-CATC-----ATA--------------G---TTCTATC-AA------A-C-GT-C-CG---TCT--T-G---AT-AT-GAA-----A--AT--T----C-C-GT--AC-----T--GAG-A--C-T--AGC-TTCTTG-A--------C---AT--C-----C-CCG--------TC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TA----------A---CTT-T-TC-TGT-GT-TT-------A-TG-A-A-G---T-A-A
gi|88386                      :      -C--TCATAT--CCGG-T----GGAT-G--CCATA-TC-----GCTCA-G-TCCTTGCACTCA-CA-CA-C--CC----ATAC-------------GATTCTTAATCCAA------A-CCGC-C-CGC--T-T--T-G---ATCA--GAC-CGTCA--GT--T----C-C-G---TC-----C--GACCA--C-TCCA-C-TT-TTG-AG-A--C--C---ATCCC-----C-CCGC------TTC-AACTC-AT--TC-CC-TA--
gi|88387                      :        --TCAT-T--CCGG-T----GT-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-C--TTG-----A-TA-AA-
gi|88388                      :                     G-T----TG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAA-G---A--CT--T----C-C-GG--TCGCGT-C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-TG-A--T--C---AT--A-----C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TAACTTTCTTTAA---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--G-A-A---T-A-ATATTTTT--CTTGA
gi|88389                      :                      -T----GG-T-G--T-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----GTA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--AA
gi|88390                      :                                        A-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-A-GC-C-CG---T-T--T-GTTTAT-T--G-G-C---G--CT--T----C-C-GG--T------C--GA--A--C-TA-A-C-TT-TTG-AGCA--T--C---A---C-----C-CCGC------Tg
gi|88391                      :                                           C-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CGTTAAT-AA------A-C--C-C-CG---T-TG-T-T---AT-T--GTG-C---G--CT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TG-C---AT--A-----C-CCGC------TTCTAA--T-AT--T--CC-TA--GA-TAC---------A---C---T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---TAA-AT-TTTTG--GTTGA
gi|88392                      :                                                      -G-T--TTG-----A-TA-TA-C--C-----ATACAAATGTACATGTAG---CTCCATC-AA------A-C-ACAC-CG---T-T--G-G---TT-A--CAG-C---A--CT--TAATTC-C-AT--GC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TCG-AA-A--T--C---AT--T-----C-ACAC------TTC-AA--T-GT--CC-CC-TA--
gi|88393                      :                                                                        -AG-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-T-GC-C-AG---T-T--G-G---AT-A--TAA-C---A--CT--T----C-C-GG--TC-----T--GA--A----G--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTT-AA--TGAT--T
gi|88394                      :                                                                                                               TC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T------------AG-C---A--CT--T----T-C-GG--TC-----C--GA--G--C-T--A-C-T----G-AG-A--T--C---AT--C-----C-CTGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---A-T-T-Ttattttttttactttt
gi|88395                      :                                                                                                                                                ---AT-A--GAG-C---A--CT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--CCCCGGC-CCGT------TTC-AA--T-AT--CC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88396                      :                                                                                                                                                ---AT-A--TGG-C---A--AT--T----C-C-AG--TC-----C--GC--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--A---AT--T-----C-TTGC------TAG-AA--T-AT--TC-C





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                        11111111111111                                                                                                                                11111111                                         11111111111111                  1111111                                
lowQualScore                  :      2 33    4 33    2 4444  4 2 22 4   1  66666   1 3 1 22   44444 3  1  1 22 66666   22222222222222 888       1  555555 1 1  3 1  666 1 44 3 222  1 33  33 444 7777 44 3333 1 1  44  77777 22  44 22 1 55 3 1  1   1  1 22 55 222  33333333 1    555555   3  22 5  22  1  2  22  2  88888888888888 4 2 2  2 2 2 77  0000000 2 55 2 2 666 5 2  2     33     
lowQualScore                  :      . ..    . ..    . ....  . . .. .   .  .....   . . . ..   ..... .  .  . .. .....   .............. ...       .  ...... . .  . .  ... . .. . ...  . ..  .. ... .... .. .... . .  ..  ..... ..  .. .. . .. . .  .   .  . .. .. ...  ........ .    ......   .  .. .  ..  .  .  ..  .  .............. . . .  . . . ..  ....... . .. . . ... . .  .     ..     
lowQualScore                  :      4 11    4 11    0 2222  0 0 88 0   9  44444   8 5 7 44   33333 5  7  7 55 44444   55555555555555 222       7  000000 7 7  5 7  555 7 11 5 888  6 88  22 666 3333 00 5555 7 7  00  77777 33  00 33 7 66 3 7  7   7  7 33 66 999  22222222 7    000000   6  55 5  55  9  0  88  2  77777777777777 4 2 2  4 4 4 88  9999999 4 66 4 5 999 0 5  7     77     
consensus                     : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
Reference ( family-679 )      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88370                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---ATTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88371                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-T--TAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CGCC------TTC-AA--TAAT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---A---T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88372                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--TAG-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---CTT-T-TT-T-T-GT-TT-------A-T--A-
gi|88373                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-AA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---A-T--T-G---AT-ATTG-G-C---G--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GT--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AG-TTTTT--GTT
gi|88374                      : TTTAT-C--TCAT-T--CTGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--C----------------------------C-T-T-TC------T-AT-------A-T--ACA-A---T-A-A--TTTTT--GTTGA
gi|88375                      : TTTAT-C--TCATGT--CCAG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A---T--TTG-----ACTA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGT--T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--TGT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TA-C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--T--CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GTATT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88376                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T--AC-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC--A------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---GT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-C-GGT-TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-T-----------A---C-T-T-T--T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T---AT-TTTTT--GTTGA
gi|88377                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TCC----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------GA--CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-CC--A--G-TC-T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--CAT--A-C-TT-TGG-AG-A--T--C---AT--T-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CCATA--GT-CA----------AG--C-T-T-TG-C-T-G--TT-------A-TTAA-A-A---TAA-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88378                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-GCATATAGCT-AAG-T--TTG-----AGTA-AAAC--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGTTTT-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----T-C--G--TC-----C--GA--A--C-T--ACC-TT-TTG-AG-AACT--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TCGCC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------ATT--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88379                      : TTTAT-C--TCAT-TTTCCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCA-AAG-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------AGGTCTTTATC-AA------ATC-GC-C-CG---T-T--TTG---AT-A--GATTC---A--G-TATC----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----CTCCGC------TTC--A--T-A---TC-CC-TA--GT-TAT---------A---T-TCT-TC-T-T-AT-AT-------A----A-A-A---T-A-AT-TTATT--GTTGA
gi|88380                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-AAA-TC-----CCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ACA--------------G---CGTTTTC-AA------A-C-GC-C-CA---T-T--T-G---AT-A--GAG-C---ACTC-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---A
gi|88381                      : TTTAT-C--TCAT-T--GCGG-T----GGGT-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-CA------A-C-GC-C-CG---T-T--TGG---GT-A--GAA-G---AC-C-T--T----CGC-GGCTCC-----C--GA--AACT-T--A-CATT-GTG-AG-A--T--TCCAAT--CCA---C-CCAG------TTC-CA--T-ATTATT-CC-CA--GT-TACC--------ACCTC-T-C-TC-T-TCGT-TC-------A-T--A-ATAAATT-A-AT-TTCTT--GTTGctatagcctaaataagttgtttaagcttatcacaaattctttcttt
gi|88382                      : TTTAT-CGTTCTA-T--CCGG-T----GG---G--C-ATA-TT-----GC--A-G-T--TTG-----A-TA-A--C--C-----ATA--------------G---CTTTAT--AA------A-C-GCGCACG---T-T--T-----AT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-CGGG--TCACGGTC--GA--A--C-TA-A-C-TT-AGG-AG-A--T------AT--A-----C-CCGC-------TC-AA--T-AT--CG-CC-TG-----TA----------A---C-T-TAAC-T-T-GT-TTTC-----A-T--A-A-AG--T-ATAT-TTTTT--
gi|88383                      : TTCAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATATTT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T
gi|88384                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-TTCCGGG-TAG--C-ATA-TC------CT-A-ACT--TTA-----G-CATAA-C--CATTAGATA--------------G----TCTATC-AAATGATCA-C-GC-C-GA---T-TAGT-G---AT-C--G---C---A--CGT--T----C-C-GG--AC-----CAAGA--A--C----A-C-AA-TTGTAG-A--TGCC---AT--CCCACTC-CCGCCAAAGTTTCAAA--TAAT--TC-CT-TAAGGTACA----------AGT-C-T-T-TCAA-T-GT-TTTAAATAAA-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTTGAGTTGA
gi|88385                      :  TTATTC--TCAT-T--CCGGAT----GG-T-GAGCGATA-TT------CT-A-G-T--TTC-------TA-AG-CATC-----ATA--------------G---TTCTATC-AA------A-C-GT-C-CG---TCT--T-G---AT-AT-GAA-----A--A-T--T----C-C-GT--AC-----T--GAG-A--C-T--AGC-TTCTTG-A--------C---AT--C-----C-CCG--------TC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TA----------A---CTT-T-TC-TGT-GT-TT-------A-TG-A-A-G---T-A-A
gi|88386                      :      -C--TCATAT--CCGG-T----GGAT-G--CCATA-TC-----GCTCA-G-TCCTTGCACTCA-CA-CA-C--CC----ATAC-------------GATTCTTAATCCAA------A-CCGC-C-CGC--T-T--T-G---ATCA--GAC-CGTCA--G-T--T----C-C-G---TC-----C--GACCA--C-TCCA-C-TT-TTG-AG-A--C--C---ATCCC-----C-CCGC------TTC-AACTC-AT--TC-CC-TA--
gi|88387                      :        --TCAT-T--CCGG-T----GT-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-C--TTG-----A-TA-AA-
gi|88388                      :                     G-T----TG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-C-GG--TCGCGT-C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-TG-A--T--C---AT--A-----C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TAACTTTCTTTAA---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--G-A-A---T-A-ATATTTTT--CTTGA
gi|88389                      :                      -T----GG-T-G--T-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----GTA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--AA
gi|88390                      :                                        A-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-A-GC-C-CG---T-T--T-GTTTAT-T--G-G-C---G--C-T--T----C-C-GG--T------C--GA--A--C-TA-A-C-TT-TTG-AGCA--T--C---A---C-----C-CCGC------Tg
gi|88391                      :                                           C-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CGTTAAT-AA------A-C--C-C-CG---T-TG-T-T---AT-T--GTG-C---G--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TG-C---AT--A-----C-CCGC------TTCTAA--T-AT--T--CC-TA--GA-TAC---------A---C---T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---TAA-AT-TTTTG--GTTGA
gi|88392                      :                                                      -G-T--TTG-----A-TA-TA-C--C-----ATACAAATGTACATGTAG---CTCCATC-AA------A-C-ACAC-CG---T-T--G-G---TT-A--CAG-C---A--C-T--TAATTC-C-AT--GC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TCG-AA-A--T--C---AT--T-----C-ACAC------TTC-AA--T-GT--CC-CC-TA--
gi|88393                      :                                                                        -AG-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-T-GC-C-AG---T-T--G-G---AT-A--TAA-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----T--GA--A----G--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTT-AA--TGAT--T
gi|88394                      :                                                                                                               TC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T------------AG-C---A--C-T--T----T-C-GG--TC-----C--GA--G--C-T--A-C-T----G-AG-A--T--C---AT--C-----C-CTGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---A-T-T-Ttattttttttactttt
gi|88395                      :                                                                                                                                                ---AT-A--GAG-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--CCCCGGC-CCGT------TTC-AA--T-AT--CC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88396                      :                                                                                                                                                ---AT-A--TGG-C---A--A-T--T----C-C-AG--TC-----C--GC--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--A---AT--T-----C-TTGC------TAG-AA--T-AT--TC-C





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                        11111111111111                                                                                                                                11111111                                         11111111111111                  1111111                                
lowQualScore                  :      2 33    4 33    2 4444  4 2 22 4   1  66666   1 3 1 22   44444 3  1  1 22 66666   22222222222222 888       1  555555 1 1  3 1  666 1 44 3 222  1 33  33 444 7777 44 3333 1 1  44  77777 22  44 22 1 55 3 1  1   1  1 22 55 222  33333333 1    555555   3  22 5  22  1  2  22  2  88888888888888 4 2 2  2 2 2 77  0000000 2 55 2 2 666 5 2  2     33     
lowQualScore                  :      . ..    . ..    . ....  . . .. .   .  .....   . . . ..   ..... .  .  . .. .....   .............. ...       .  ...... . .  . .  ... . .. . ...  . ..  .. ... .... .. .... . .  ..  ..... ..  .. .. . .. . .  .   .  . .. .. ...  ........ .    ......   .  .. .  ..  .  .  ..  .  .............. . . .  . . . ..  ....... . .. . . ... . .  .     ..     
lowQualScore                  :      4 11    4 11    0 2222  0 0 88 0   9  44444   8 5 7 44   33333 5  7  7 55 44444   55555555555555 222       7  000000 7 7  5 7  555 7 11 5 888  6 88  22 666 3333 00 5555 7 7  00  77777 33  00 33 7 66 3 7  7   7  7 33 66 999  22222222 7    000000   6  55 5  55  9  0  88  2  77777777777777 4 2 2  4 4 4 88  9999999 4 66 4 5 999 0 5  7     77     
consensus                     : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
Reference ( family-679 )      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88370                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---ATTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88371                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-T--TAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CGCC------TTC-AA--TAAT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---A---T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88372                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--TAG-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---CTT-T-TT-T-T-GT-TT-------A-T--A-
gi|88373                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-AA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---A-T--T-G---AT-ATTG-G-C---G--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GT--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AG-TTTTT--GTT
gi|88374                      : TTTAT-C--TCAT-T--CTGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--C----------------------------C-T-T-TC------T-AT-------A-T--ACA-A---T-A-A--TTTTT--GTTGA
gi|88375                      : TTTAT-C--TCATGT--CCAG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A---T--TTG-----ACTA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGT--T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--TGT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TA-C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--T--CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GTATT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88376                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T--AC-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC--A------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---GT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-C-GGT-TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-T-----------A---C-T-T-T--T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T---AT-TTTTT--GTTGA
gi|88377                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TCC----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------GA--CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-CC--A--G-TC-T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--CAT--A-C-TT-TGG-AG-A--T--C---AT--T-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CCATA--GT-CA----------AG--C-T-T-TG-C-T-G--TT-------A-TTAA-A-A---TAA-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88378                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-GCATATAGCT-AAG-T--TTG-----AGTA-AAAC--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGTTTT-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----T-C--G--TC-----C--GA--A--C-T--ACC-TT-TTG-AG-AACT--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TCGCC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------ATT--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88379                      : TTTAT-C--TCAT-TTTCCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCA-AAG-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------AGGTCTTTATC-AA------ATC-GC-C-CG---T-T--TTG---AT-A--GATTC---A--G-TATC----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----CTCCGC------TTC--A--T-A---TC-CC-TA--GT-TAT---------A---T-TCT-TC-T-T-AT-AT-------A----A-A-A---T-A-AT-TTATT--GTTGA
gi|88380                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-AAA-TC-----CCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ACA--------------G---CGTTTTC-AA------A-C-GC-C-CA---T-T--T-G---AT-A--GAG-C---ACTC-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---A
gi|88381                      : TTTAT-C--TCAT-T--GCGG-T----GGGT-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-CA------A-C-GC-C-CG---T-T--TGG---GT-A--GAA-G---AC-C-T--T----CGC-GGCTCC-----C--GA--AACT-T--A-CATT-GTG-AG-A--T--TCCAAT--CCA---C-CCAG------TTC-CA--T-ATTATT-CC-CA--GT-TACC--------ACCTC-T-C-TC-T-TCGT-TC-------A-T--A-ATAAATT-A-AT-TTCTT--GTTGctatagcctaaataagttgtttaagcttatcacaaattctttcttt
gi|88382                      : TTTAT-CGTTCTA-T--CCGG-T----GG---G--C-ATA-TT-----GC--A-G-T--TTG-----A-TA-A--C--C-----ATA--------------G---CTTTAT--AA------A-C-GCGCACG---T-T--T-----AT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-CGGG--TCACGGTC--GA--A--C-TA-A-C-TT-AGG-AG-A--T------AT--A-----C-CCGC-------TC-AA--T-AT--CG-CC-TG-----TA----------A---C-T-TAAC-T-T-GT-TTTC-----A-T--A-A-AG--T-ATAT-TTTTT--
gi|88383                      : TTCAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATATTT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T
gi|88384                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-TTCCGGG-TAG--C-ATA-TC------CT-A-ACT--TTA-----G-CATAA-C--CATTAGATA--------------G----TCTATC-AAATGATCA-C-GC-C-GA---T-TAGT-G---AT-C--G---C---A--CGT--T----C-C-GG--AC-----CAAGA--A--C----A-C-AA-TTGTAG-A--TGCC---AT--CCCACTC-CCGCCAAAGTTTCAAA--TAAT--TC-CT-TAAGGTACA----------AGT-C-T-T-TCAA-T-GT-TTTAAATAAA-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTTGAGTTGA
gi|88385                      :  TTATTC--TCAT-T--CCGGAT----GG-T-GAGCGATA-TT------CT-A-G-T--TTC-------TA-AG-CATC-----ATA--------------G---TTCTATC-AA------A-C-GT-C-CG---TCT--T-G---AT-AT-GAA-----A--A-T--T----C-C-GT--AC-----T--GAG-A--C-T--AGC-TTCTTG-A--------C---AT--C-----C-CCG--------TC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TA----------A---CTT-T-TC-TGT-GT-TT-------A-TG-A-A-G---T-A-A
gi|88386                      :      -C--TCATAT--CCGG-T----GGAT-G--CCATA-TC-----GCTCA-G-TCCTTGCACTCA-CA-CA-C--CC----ATAC-------------GATTCTTAATCCAA------A-CCGC-C-CGC--T-T--T-G---ATCA--GAC-CGTCA--G-T--T----C-C-G---TC-----C--GACCA--C-TCCA-C-TT-TTG-AG-A--C--C---ATCCC-----C-CCGC------TTC-AACTC-AT--TC-CC-TA--
gi|88387                      :        --TCAT-T--CCGG-T----GT-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-C--TTG-----A-TA-AA-
gi|88388                      :                     G-T----TG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-C-GG--TCGCGT-C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-TG-A--T--C---AT--A-----C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TAACTTTCTTTAA---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--G-A-A---T-A-ATATTTTT--CTTGA
gi|88389                      :                      -T----GG-T-G--T-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----GTA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--AA
gi|88390                      :                                        A-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-A-GC-C-CG---T-T--T-GTTTAT-T--G-G-C---G--C-T--T----C-C-GG--T------C--GA--A--C-TA-A-C-TT-TTG-AGCA--T--C---A---C-----C-CCGC------Tg
gi|88391                      :                                           C-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CGTTAAT-AA------A-C--C-C-CG---T-TG-T-T---AT-T--GTG-C---G--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TG-C---AT--A-----C-CCGC------TTCTAA--T-AT--T--CC-TA--GA-TAC---------A---C---T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---TAA-AT-TTTTG--GTTGA
gi|88392                      :                                                      -G-T--TTG-----A-TA-TA-C--C-----ATACAAATGTACATGTAG---CTCCATC-AA------A-C-ACAC-CG---T-T--G-G---TT-A--CAG-C---A--C-T--TAATTC-C-AT--GC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TCG-AA-A--T--C---AT--T-----C-ACAC------TTC-AA--T-GT--CC-CC-TA--
gi|88393                      :                                                                        -AG-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-T-GC-C-AG---T-T--G-G---AT-A--TAA-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----T--GA--A----G--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTT-AA--TGAT--T
gi|88394                      :                                                                                                               TC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T------------AG-C---A--C-T--T----T-C-GG--TC-----C--GA--G--C-T--A-C-T----G-AG-A--T--C---AT--C-----C-CTGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---A-T-T-Ttattttttttactttt
gi|88395                      :                                                                                                                                                ---AT-A--GAG-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--CCCCGGC-CCGT------TTC-AA--T-AT--CC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88396                      :                                                                                                                                                ---AT-A--TGG-C---A--A-T--T----C-C-AG--TC-----C--GC--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--A---AT--T-----C-TTGC------TAG-AA--T-AT--TC-C


blockSeqs                     :      T GT    G TT    A TCCG  G A AG G   T  ATATA   C A C CC   CACTC C  T  A AT ATTAG   CAAATGTACATGTA GGT       C  ATGATC T C  G A  TTT C AG T TTT  C TT  TT GTC CTC  AT AATT G G  CT  ACGGT AA  CC AC A CC C A  C   T  C AC GC CCA  CCCACT   T    CAAAGT   A  CT A  TA  G  A  AG  A  ACTTTCTTTAA    T C A  A G C TA  TAAATAA T TA C T AAT A T  A     GA
blockSeqs                     :      . .     A .     . .     A . .  C   .  C       . A . .    .     G  .  . .  C       C              ATT       .  .      . .  A .  T   . G  G .    . T   T  C   TG   C  .    . .  T   GCGT  .   G  .  . A  G .  .   .  . .  A  .    CCCCGG   .    .        T  .  A  .   .  .  .   .  CCACCT         T . .  . . . T   TC      . G  . . G   A .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              A         .  .      . .  . .  C   . .  . .    . .   G  .   CC   .  .    . .  .   .     .   .  .  . A  . .  .   .  . .  G  .    CCA      .    .        .  .  G  .   .  .  .   .  AGT            . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   CG   .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    CCC      .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  AG             . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   T  .   G    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  TA             . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   T  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  CA             . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   A  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   T  .   G    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   T  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    T        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   G    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   A  .   G    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . T   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   A  .   G    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    A        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . .   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   A  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . .   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   C  .   A    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    A        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . .   .       . .  . . .   . .  .     . 
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   A  .   G    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . .   .       . .  . . .   . .          
blockSeqs                     :      . .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    A        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  A              . . .  . . . .   .       . .  .                    
blockSeqs                     :        .     . .     . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    T        .    .        .  .  .  .   .  .  .   .  .              . . .                                              
blockSeqs                     :                      . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .                                                                        
blockSeqs                     :                      . .     . . .  .   .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   A  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    C        .    .        .  .  .  .   .  .  .                                                                        
blockSeqs                     :                                         .  .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    T        .    .        .  .  .  .   .                                                                              
blockSeqs                     :                                            .       . . . .    .     .  .  . .  .       .              .         .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    .        .    .        .  .  .  .                                                                                  
blockSeqs                     :                                                      . . .    .     .  .  .                                     .  .      . .  . .  .   . .  . .    . .   G  .   C    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .    .        .    .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .    . .   .  .   A    .  .    . .  .   .     .   .  .  . .  . .  .   .  . .  .  .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .    . .                                                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
finalCons                     : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                        11111111111111                                                                                                                                11111111                                         11111111111111                  1111111                                
lowQualScore                  :      2 33    4 33    2 4444  4 2 22 4   1  66666   1 3 1 22   44444 3  1  1 22 66666   22222222222222 888       1  555555 1 1  3 1  666 1 44 3 222  1 33  33 444 7777 44 3333 1 1  44  77777 22  44 22 1 55 3 1  1   1  1 22 55 222  33333333 1    555555   3  22 5  22  1  2  22  2  88888888888888 4 2 2  2 2 2 77  0000000 2 55 2 2 666 5 2  2     33     
lowQualScore                  :      . ..    . ..    . ....  . . .. .   .  .....   . . . ..   ..... .  .  . .. .....   .............. ...       .  ...... . .  . .  ... . .. . ...  . ..  .. ... .... .. .... . .  ..  ..... ..  .. .. . .. . .  .   .  . .. .. ...  ........ .    ......   .  .. .  ..  .  .  ..  .  .............. . . .  . . . ..  ....... . .. . . ... . .  .     ..     
lowQualScore                  :      4 11    4 11    0 2222  0 0 88 0   9  44444   8 5 7 44   33333 5  7  7 55 44444   55555555555555 222       7  000000 7 7  5 7  555 7 11 5 888  6 88  22 666 3333 00 5555 7 7  00  77777 33  00 33 7 66 3 7  7   7  7 33 66 999  22222222 7    000000   6  55 5  55  9  0  88  2  77777777777777 4 2 2  4 4 4 88  9999999 4 66 4 5 999 0 5  7     77     
consensus                     : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
Reference ( family-679 )      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAN-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88370                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---ATTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88371                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-T--TAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CGCC------TTC-AA--TAAT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---A---T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88372                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--TAG-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---CTT-T-TT-T-T-GT-TT-------A-T--A-
gi|88373                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-AA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---A-T--T-G---AT-ATTG-G-C---G--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GT--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------A-T--A-A-A---T-A-AG-TTTTT--GTT
gi|88374                      : TTTAT-C--TCAT-T--CTGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--C----------------------------C-T-T-TC------T-AT-------A-T--ACA-A---T-A-A--TTTTT--GTTGA
gi|88375                      : TTTAT-C--TCATGT--CCAG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A---T--TTG-----ACTA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGT--T-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--TGT--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TA-C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--T--CC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GTATT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88376                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T--AC-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC--A------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---GT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-C-GGT-TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--------C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-T-----------A---C-T-T-T--T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T---AT-TTTTT--GTTGA
gi|88377                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TCC----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------GA--CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAT-CC--A--G-TC-T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--CAT--A-C-TT-TGG-AG-A--T--C---AT--T-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TC-CCATA--GT-CA----------AG--C-T-T-TG-C-T-G--TT-------A-TTAA-A-A---TAA-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88378                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATA-GCATATAGCT-AAG-T--TTG-----AGTA-AAAC--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CGTTTT-T--T-G---AT-A--GAT-C---A--G-T--T----T-C--G--TC-----C--GA--A--C-T--ACC-TT-TTG-AG-AACT--C---AT--C-----C-CCGC------TTC-AA--T-AT--TCGCC-TA--GT-CA----------A---C-T-T-TC-T-T-GT-TT-------ATT--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88379                      : TTTAT-C--TCAT-TTTCCGG-T----GG-T-G--C-ATA-TC-----GCA-AAG-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------AGGTCTTTATC-AA------ATC-GC-C-CG---T-T--TTG---AT-A--GATTC---A--G-TATC----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----CTCCGC------TTC--A--T-A---TC-CC-TA--GT-TAT---------A---T-TCT-TC-T-T-AT-AT-------A----A-A-A---T-A-AT-TTATT--GTTGA
gi|88380                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-AAA-TC-----CCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ACA--------------G---CGTTTTC-AA------A-C-GC-C-CA---T-T--T-G---AT-A--GAG-C---ACTC-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---A
gi|88381                      : TTTAT-C--TCAT-T--GCGG-T----GGGT-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-CA------A-C-GC-C-CG---T-T--TGG---GT-A--GAA-G---AC-C-T--T----CGC-GGCTCC-----C--GA--AACT-T--A-CATT-GTG-AG-A--T--TCCAAT--CCA---C-CCAG------TTC-CA--T-ATTATT-CC-CA--GT-TACC--------ACCTC-T-C-TC-T-TCGT-TC-------A-T--A-ATAAATT-A-AT-TTCTT--GTTGctatagcctaaataagttgtttaagcttatcacaaattctttcttt
gi|88382                      : TTTAT-CGTTCTA-T--CCGG-T----GG---G--C-ATA-TT-----GC--A-G-T--TTG-----A-TA-A--C--C-----ATA--------------G---CTTTAT--AA------A-C-GCGCACG---T-T--T-----AT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-CGGG--TCACGGTC--GA--A--C-TA-A-C-TT-AGG-AG-A--T------AT--A-----C-CCGC-------TC-AA--T-AT--CG-CC-TG-----TA----------A---C-T-TAAC-T-T-GT-TTTC-----A-T--A-A-AG--T-ATAT-TTTTT--
gi|88383                      : TTCAT-C--TCAT-T--CCGG-T----GG-T-G--C-ATATTT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-T
gi|88384                      : TTTAT-C--TCAT-T--CCGG-TTCCGGG-TAG--C-ATA-TC------CT-A-ACT--TTA-----G-CATAA-C--CATTAGATA--------------G----TCTATC-AAATGATCA-C-GC-C-GA---T-TAGT-G---AT-C--G---C---A--CGT--T----C-C-GG--AC-----CAAGA--A--C----A-C-AA-TTGTAG-A--TGCC---AT--CCCACTC-CCGCCAAAGTTTCAAA--TAAT--TC-CT-TAAGGTACA----------AGT-C-T-T-TCAA-T-GT-TTTAAATAAA-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTTGAGTTGA
gi|88385                      :  TTATTC--TCAT-T--CCGGAT----GG-T-GAGCGATA-TT------CT-A-G-T--TTC-------TA-AG-CATC-----ATA--------------G---TTCTATC-AA------A-C-GT-C-CG---TCT--T-G---AT-AT-GAA-----A--A-T--T----C-C-GT--AC-----T--GAG-A--C-T--AGC-TTCTTG-A--------C---AT--C-----C-CCG--------TC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TA----------A---CTT-T-TC-TGT-GT-TT-------A-TG-A-A-G---T-A-A
gi|88386                      :      -C--TCATAT--CCGG-T----GGAT-G--CCATA-TC-----GCTCA-G-TCCTTGCACTCA-CA-CA-C--CC----ATAC-------------GATTCTTAATCCAA------A-CCGC-C-CGC--T-T--T-G---ATCA--GAC-CGTCA--G-T--T----C-C-G---TC-----C--GACCA--C-TCCA-C-TT-TTG-AG-A--C--C---ATCCC-----C-CCGC------TTC-AACTC-AT--TC-CC-TA--
gi|88387                      :        --TCAT-T--CCGG-T----GT-T-G--C-ATA-TC-----GCT-A-G-C--TTG-----A-TA-AA-
gi|88388                      :                     G-T----TG-T-G--C-ATA-TT-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--GAA-G---A--C-T--T----C-C-GG--TCGCGT-C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-TG-A--T--C---AT--A-----C-CCGC------TTC-AA--T-A---TC-CC-TA--GT-TAACTTTCTTTAA---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--G-A-A---T-A-ATATTTTT--CTTGA
gi|88389                      :                      -T----GG-T-G--T-ATA-TC-----GCT-A-G-T--TTG-----A-TA-AA-C--C-----GTA--------------G---CTTTATC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T-G---AT-A--AA
gi|88390                      :                                        A-TC-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CTTTATC-AA------A-A-GC-C-CG---T-T--T-GTTTAT-T--G-G-C---G--C-T--T----C-C-GG--T------C--GA--A--C-TA-A-C-TT-TTG-AGCA--T--C---A---C-----C-CCGC------Tg
gi|88391                      :                                           C-----GCT-A-G-T--CTG-----A-TA-AA-C--C-----ATA--------------G---CGTTAAT-AA------A-C--C-C-CG---T-TG-T-T---AT-T--GTG-C---G--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--TG-C---AT--A-----C-CCGC------TTCTAA--T-AT--T--CC-TA--GA-TAC---------A---C---T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---TAA-AT-TTTTG--GTTGA
gi|88392                      :                                                      -G-T--TTG-----A-TA-TA-C--C-----ATACAAATGTACATGTAG---CTCCATC-AA------A-C-ACAC-CG---T-T--G-G---TT-A--CAG-C---A--C-T--TAATTC-C-AT--GC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TCG-AA-A--T--C---AT--T-----C-ACAC------TTC-AA--T-GT--CC-CC-TA--
gi|88393                      :                                                                        -AG-C--C-----ATA--------------G---CTCTATC-AA------A-T-GC-C-AG---T-T--G-G---AT-A--TAA-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----T--GA--A----G--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--C-----C-CCGC------TTT-AA--TGAT--T
gi|88394                      :                                                                                                               TC-AA------A-C-GC-C-CG---T-T--T------------AG-C---A--C-T--T----T-C-GG--TC-----C--GA--G--C-T--A-C-T----G-AG-A--T--C---AT--C-----C-CTGC------TTC-AA--T-AT--TC-CC-AA--GT-TA----------A---A-T-T-Ttattttttttactttt
gi|88395                      :                                                                                                                                                ---AT-A--GAG-C---A--C-T--T----C-C-GG--TC-----C--GA--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--C---AT--CCCCGGC-CCGT------TTC-AA--T-AT--CC-CC-TA--GT-TA----------A---C-T-T-TC-T-T-G--TT-------A-T--A-A-A---T-A-AT-TTTTT--GTTGA
gi|88396                      :                                                                                                                                                ---AT-A--TGG-C---A--A-T--T----C-C-AG--TC-----C--GC--A--C-T--A-C-TT-TTG-AG-A--T--A---AT--T-----C-TTGC------TAG-AA--T-AT--TC-C