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lowQualScore                  :      ...... .   .       ...    .   ..  . .   .  . .   .  .....  .  .   .  ... .. .......  ... ... .  .   .  . . .  ..   .  .     ..       .    .. .  .... . . .   . .    .   .............   ..     ..............     .. .     .  ..  .....    ....     ..     . .  ....  ..   .   .....   .  .......... . .      ............. .     .     ...   .  ...........   . .        . .      ......   .  .  ..  ...........     ..   .........   .  .     ..    .          ....   .    . .   .          .......  . . .   ..  .  . .   .  .       .....       ..  ..    .       . .       .        .   
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Reference ( gi|22603 )        : CGGCC--GA--G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTC-AA---C--CGA-TT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTATT-CCAA--A-AT----TTC-A-TTA-A-TAAT-GCA---TT-------TAAT--ACAAA--------AG-GA-GCGTT--C-AGTAG-AA--AA-T---ATCA----ACAAA--TTTTA-T-TT-A--CC--AAA-CCA-G---ATTTGC----------G-AATGATAT-G-----------G-TGCCT-GCGTC---AGA-AT-----------CTG-TTAGTCCATG-T-CTCAGA-----AATA-TC-AA--AG------A-A--TTTTT--TTT-------A-ACAGCT-CTCCG-TTATT-AATTTGTCTT----GGC-CTCG-G-AAT-AAATTCGTTCG-CACGGTT-A-GTTCC--TG-AA-A-GGC-TT-CATTCCA--GG-GTTTTTCT-TTTCAAAG-AAGTTCTGAGCGTTCTA-ATGGCGGT-TTC
gi|22604                      : CGGCC--GA--G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTC-AA---C--CGA-TT--TC---A-----AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTATTTCCAA--A-AT----TTC-A-TTA-A-TAAT-GCA---TT-------TAAT--ACAAA-----------GA-GCGTT--C-AGTAG-AA--AA-T---ATCA----ACAAA--TTTTA-T-TT-AA-CC--AAA-CCA-G---ATTTGC----------G-AATGATAT-GC----------G-TGCCT-GCGTC---AGA-AT-----------CTG-TTAGTCCATG-T-CTCAGA-----AATA-TC-AA--AG------A-A--TTTTT--TTT-------A-ACAGCT-CTCCG-TTATT-AATTTGTCTT----GGC-CTCGCG-AAT-AAATTCGTTCGCCACGGTT-A-GTTCC--TG-AA-A-GGC-TT-CATTCCA--GG-GTTTTTC--TTTCAAAG-AAGTTCTGAGCGTTCTA-ATGGCGGT-TTC
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gi|22612                      :  GGCC--GA--GCGTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-T-CTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTC-AAAGCC--CGACTT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTATT-CCAA--AGATCATACCC-ATTTA-A-TAACAGCA------------TAAT--ACAAA--------AG-T--GCTTTACC-AGGAG-AA--AATT---ATCAGAGCACACT--TTCTA-TCTT-AACCC--AAA-CCATGAACATTCGCCGTCTAACATG-ACTTATAC-C-----------G-TGCCT-GCGTCT--AGA-AC-----------CTG-TTAGTCAATGTT-CTCAGAT----GATA-TC-AATCAGCCTC--ATG--TTTTTCCTTT-------T-ACA-CT-CTCCG-GTATT-AATTTTTCTT----GGCTCCCG-GAAAT-AAATTCGTTT--C---GTT-AGGCTCC--TGAAA-A-GGCATT-CATTCCATCGATGTTTTTCTCTTCCAAAGCAAGTTAT-AACGTTCTACATGGCG
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gi|22609                      :  GGCC--TC--G-GTG-AATATCA---CATTTCCCC-GG-G-TCG-AT-A-AATTCA-----AG-AG-GTC-AA---CCTCAA-----TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-
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gi|22616                      :  GGCC--TC--G-G-G-AATATCAATTTATT-CCCC-GG-G-TTG-AT---AGT-GC-----AG-AG-GTC-AA---C--C---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
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gi|22618                      :   GCC--GA--G-TTGTAATACTA---CATT-CCCT-GG-T-CTG-AT-A-A-T-CA-----AG-AG-GTC-AA---C--CGA-TT--TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-A---TGT-TT-TATT---AATTA
gi|22621                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AT-AG-GTC-AA---C--C---TCA-TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TG--TA-TATTATCAATCGTC-TCAA--A-A
gi|22623                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-AG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTA-AA---C--C---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
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gi|22622                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GGAG-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTTGAA---C--C---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-TAA-AT--TGT-
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Reference ( family-674 )      : CGGCC--GA--G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTATT-CCAA--A-AT----TC-CA-TTA-AT-AAT-GCATT-------T---AATACAAA--------AG-GA-GCGTT--C-AGTAG-AAA--A-T---ATCA----ACAAA--TTTTA-T-TTAA-CC--AAA-CCA-G---ATTCGC-----GA-A-TGA--TA--------T-N--CGTGCCT-GCGTC---AGA-AT-----------CTG-TTAGTCCATG-T-CTCAGA-----GATA-TC-AA--AG------A-A--TTTTT--TTT-------A-ACAGCT-CTCCG-TTATT-AATTTGTCTT----GGC-CTCG-G-AAT-AAA-TTCGTTCGC----GT-TA-GCTCC--TG-AA-A-GGC-TT-CATTCCA---GNGTTTTTCT-TTTCAAAG-AAGTTCTGAACGTTCTA-ATGGCGGT-TTC
gi|22601                      : CGGCC--GA--G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TAT-A--AATTATT-CCAA--A-AT----TT-CA-TTA-AT-AAT-GCAT------------AATACAAA--------A--GA-GCGTT--C-TGTAGAAAA--A-T---ATCA----ACAAA--ATTTA-T-TTAA-CC--AAA-CCA-G---ATTTGC-----GA-A-TGA--TA--------T-C--CGTGCCT-GCGTC---AGA-AT-----------CTG-TTAGTCCATG-T-CTCAGA-----AATATTC-AA--AG------T-ATTTTTTT--TTT-------A-ACATCT-CT-CG--TATT-AATTTGTCTT----GGC-CTCG-G-AAT-AAA-TTCGTT--C----GT-TG-GCTCC--TG-AA-A-GGC-TT-CATTCCA---GAGTTTTTC--TTTCAAAG-AAGTTCTGAACGTTCTA-ATGGCGGT-TTC
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gi|22607                      : CGGCC--GA--G-CTG-CATATCA---CATT-CCC-----G-TTG-CT-A-AAT-CA-----AG-ATG-TC-G----CCG---T--TC---A---T-AAGTTC-AA-C-T-AT--TCT-TA-TAT----AGTTATG-CCAA--A-AT----TCACT-TCA-AT-AAT--CATTATTGAA-T---AA-ACAAA--------AG-C--GCGTT--C-ATTAG-AAATAA-TCCGATCA----ACAAC--TTTTA-G-CTAA-CC--AAA-CCA-A---ATTCCC-----GA-A-T-A--TGCCTCTCCCC-T--CGCGC----CGTC---AG--AT-----------CTG-TTA-TCCATT-TACTCAGA-----GATA-TC-AA--AG------------TGTT--TTT-------ATACAGCT-CTCCGCTTATTAAATTTGCCTT-----CC-CGAG-G-ACTAAAA-TTCGTTTGT----TT-AA-GCTCCATTG-AACA-GGC-TA-AGTTCCA---GTGTTTT--C-TTTCAAAG-AAATAC-AAACTGTCTA-ACG
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gi|22615                      :  GGCC--TC--G-TTG-ACTATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGA-TC-AG---CC-A-CG--TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
gi|22616                      :  GGCC--TC--G-G-G-AATATCAATTTATT-CCCC-GG-G-TTG-AT---AGT-GC-----AG-AGG-TC-AA---CC---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
gi|22617                      :  GGCC--TT--G-GTA-AATATCG---CATA-CCCT-GG-G-TTG-AA-A-AAC-CA-----AG-AGC-TC-AA---CCT--CC--TC---A---T-AA-TGC-AA-T-A-CT--TG-----TA-TA--A--TGTC-CCAATGA-AT----TA-CA-CTACAT-AAT-
gi|22618                      :   GCC--GA--G-TTGTAATACTA---CATT-CCCT-GG-T-CTG-AT-A-A-T-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-A---TGT-TT-TATT---AATTA
gi|22619                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT--CCC-GG-G-TCG-ATAA-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCA------TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--T
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Reference ( family-674 )      : CGGCC--GA--G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTATT-CCAA--A-AT----TC-CA-TTA-A-TAAT-GCA---TT-------TA----------ATACAAAAGNAGCGT---T--CAGTAG-AAA--A-T---ATCA----ACAAA--TTTTA-T-TTAA-CC--AAA-CCA-G---ATTCGC-----GA-A-TGA--TA--------T-N--CGTGCCT-GCGTC---AGA-AT-----------CTG-TTAGTCCATG-T-CTCAGA-----GATA-TC-AA--AG------A-A--TTTTT--TTT-------A-ACAGCT-CTCCG-TTATT-AATTTGTCTT----GGC-CTCG-G-AAT-AAA-TTCGTTCGC----GT-TA-GCTCC--TG-AA-A-GGC-TT-CATTCCA---GNGTTTTTCT-TTTCAAAG-AAGTTCTGAACGTTCTA-ATGGCGGT-TTC
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gi|22621                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AT-AG-GTC-AA---CC---TCA-TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TG--TA-TATTATCAATCGTC-TCAA--A-A
gi|22622                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GGAG-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTTGAA---CC---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-TAA-AT--TGT-
gi|22623                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-AG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AG-GTA-AA---CC---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
gi|22624                      :          --G-GT--AATATCA---CATT-CCCT-TG-G-TTG-A--A-AAT-CATGATCAGCAG-GTC-AA---CC----C--TC---ATCTG-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGTATT-TA
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Reference ( family-674 )      : CGGCC--GA--G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTA-TTCCAA--A-AT----TC-CA-TTA-AT-AAT-GCATT-------T----------A---ATACAAAA-GCGCGT---T--CAGTAGAAA--A-T---ATCA----ACAAA--TTTTA-T-TTAA-CC--AAA-CCA-G---ATTCGC-----GA-A-TGA--TA--------T-N--CGTGCCT-GCGTC---AGA-AT-----------CTG-TTAGTCCATG-T-CTCAGA-----GATA-TC-AA--AG------A-A--TTTTT--TTT-------A-ACAGCT-CTCCG-TTATT-AATTTGTCTT----GGC-CTCG-G-AAT-AAA-TTCGTTCGC----GT-TA-GCTCC--TG-AA-A-GGC-TT-CATTCCA---GNGTTTTTCT-TTTCAAAG-AAGTTCTGAACGTTCTA-ATGGCGGT-TTC
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gi|22610                      :  GGCC--TC--G-GTG-AATATCA---CATT-CCC--GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-TCC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTA-TTCCAA--A-AT----TC-CA-TTA-AT-AAA-GCAT-------------------A---ATACAAAA-GTGCGT---T--CAGTAGAAA--A-T-----CA----ACAAA--TTTTA-T-TTAA-CC--AAA-CCA-G---ATTCGC-----GA-AATGA--TA--------T-A--CGTGCCT-GCGTC---AGA-AT-----------CTG-TTAGTCCATG-T-CTCAGA------ATA-TC-AA--AGT-----A-T--TTTTT--TTT-------T-ACAGCT-CTCCG-TTATT-AAATTGTCTT----GGC-CTCG-G-AAT-AAA-TTCGTT--C----GT-TA-G-TCC--TG-AA-A-GGC-TT-CATTCCA---G-GTTTTTCT-TTC--AAG-AAGTTCTGAACGTTCTA-AT-GCGGT-TTC
gi|22611                      :  GGCC--GA--GCGTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-T-CTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AAAGCCCGACTT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTA-TTCCAA--AGATCATACC-CATTTA-AT-AACAGCA---------T----------A---ATACAAAA-GTGCTT---TACCAGGAGAAA--ATT---ATCAGAGCACACT--TTCTA-TCTTAACCC--AAA-CCATGAACATTCGCCGTCTAACA-TGACTTA--------TAC--CGTGCCT-GCGTCT--AGA-AC-----------CTG-TTAGTCAATGTT-CTCAGAT----GATA-TC-AATCAGCCTC--ATG--TTTTTCCTTT-------T-ACA-CT-CTCCG-GTATT-AATTTTTCTT----GGCTCCCG-GAAAT-AAA-TTCGTTT-C----GT-TAGGCTCC--TGAAA-A-GGCATT-CATTCCATCGATGTTTTTCTCTTCCAAAGCAAGTTAT-AACGTTCTACATGGCG
gi|22612                      :  GGCC--GA--GCGTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-T-CTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AAAGCCCGACTT--TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATTA-TTCCAA--AGATCATACC-CATTTA-AT-AACAGCA---------T----------A---ATACAAAA-GTGCTT---TACCAGGAGAAA--ATT---ATCAGAGCACACT--TTCTA-TCTTAACCC--AAA-CCATGAACATTCGCCGTCTAACA-TGACTTA--------TAC--CGTGCCT-GCGTCT--AGA-AC-----------CTG-TTAGTCAATGTT-CTCAGAT----GATA-TC-AATCAGCCTC--ATG--TTTTTCCTTT-------T-ACA-CT-CTCCG-GTATT-AATTTTTCTT----GGCTCCCG-GAAAT-AAA-TTCGTTT-C----GT-TAGGCTCC--TGAAA-A-GGCATT-CATTCCATCGATGTTTTTCTCTTCCAAAGCAAGTTAT-AACGTTCTACATGGCG
gi|22613                      :  GGCC--CATCG-GTG-AATATTA---CATT-CCC--GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCTC-AT--GC---A---G-AA-TTC-AAGT-A-AT--TGT-
gi|22614                      :  GGCC--CATCG-GTG-AATATTA---CATT-CCC--GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCTC-AT--GC---A---G-AA-TTC-AAGT-A-AT--TGT-
gi|22615                      :  GGCC--TC--G-TTG-ACTATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGA-TC-AG---CC-A-CG--TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
gi|22616                      :  GGCC--TC--G-G-G-AATATCAATTTATT-CCCC-GG-G-TTG-AT---AGT-GC-----AG-AGG-TC-AA---CC---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
gi|22617                      :  GGCC--TT--G-GTA-AATATCG---CATA-CCCT-GG-G-TTG-AA-A-AAC-CA-----AG-AGC-TC-AA---CCT--CC--TC---A---T-AA-TGC-AA-T-A-CT--TG-----TA-TA--A--TG-TCCCAATGA-AT----TA-CA-CTACAT-AAT-
gi|22618                      :   GCC--GA--G-TTGTAATACTA---CATT-CCCT-GG-T-CTG-AT-A-A-T-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-A---TGT-TT-TATT---AATTA-
gi|22619                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT--CCC-GG-G-TCG-ATAA-AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCA------TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--T
gi|22620                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-AG-GTTTG-AT---AAT-CA-----AGAAGG-TC-AA---CC---TCAATC---A---GAAA-TTCAAA-T-A-AT--TGT-AT-TATT
gi|22621                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AT-AGG-TC-AA---CC---TCA-TC---A---G-AA-TTC-AA-T-A-AT--TG--TA-TATTATCAATCG-TCTCAA--A-A
gi|22622                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-GGAG-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TTGAA---CC---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-TAA-AT--TGT-
gi|22623                      :          --G-GTG-AATATCA---CATT-CCCC-AG-G-TTG-AT-A-AAT-CA-----AG-AGG-TA-AA---CC---TCA-TC---A---G-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGT-
gi|22624                      :          --G-GT--AATATCA---CATT-CCCT-TG-G-TTG-A--A-AAT-CATGATCAGCAGG-TC-AA---CC----C--TC---ATCTG-AA-GTC-AA-T-A-AT--TGTATT-TA
gi|22625                      :                                                   -AAT-CA-----AG-AGG-TC-AA---CCGA-TT--TC---A---G-AA-T-C-AG-T-A-AT--TGT-TT-TATTA--AATGA-TTCCAA--A-AT----TC-CA-TTT-AT-AAT-GCATTAATTGAAT----------A---AGACAAAA-ACGCAT---T--CATTTGAAA--A-T---ATCA----GCAAA--TTTTA-T-CTCA-CTCGAAA-TCA-G---ATCCGC-----GA-A-TAA--TA--------T-T--CCTGCCT-GCGTC---AAA-ATTGCTTAGATATCTGCTTAGTCCATG-T-CACAGA-----GAC--------------------------T--TGT-------A--CAGCT-CTCAG-TTATT-AATTTGTCTT----GGC-CTTG-G-GAT-GAA-TTCTTTCG------T-TA-GCTCT--TC-AA-A-GAT-TT-CATTCCA---GTGT----------------AAATTCTGAACATTCTA-ACGGCGGT-TTC
gi|22626                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --CGT-CCT-GTTTC---AAATAG-----------TTG-T-AGTCAA-G-T-CTCA-A-----GATA-TC-AA---G------T-A--TTTTT--TTTTTTTTTAA-AC-----CTC-G-TTATT-AATTTGTCT-----GGC-CTCG-G-AAT-AAAATTCGTTCGTT---ATATA-GCTCC--TG-CA-G-GCT-TT-CATTCCA---AAGGTTTTC--TTTCAAAG-AAGTTT--AACGTTCT--ATGGAGGT-TTC
gi|22627                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A-GGC-TT-CATTCAA---GTGTTTTTCT-TTT-AAAT-AAGTTCCGAATGTTCTA-ACGGCAGT-TTC