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Reference ( gi|130844 )       :                                                                          TGGAAAAGTATTGTACAG--A---TTTA---AC--ATATTTT------TG-AA--GCA-----AT-CGCAAC---------T-TC--T-CGG-G---CC-TTT-CCG--G-C---AG-AG-CT-CGG---AAAAACACTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130840                     :                                                                            GAAAAGGATTGTATAGGCA---TTTT---ACCCACATTTTCGCCCATG-A----CA-----CT-TTCAACCCAAATACAT-TC--G-AGGTG---TT-TTT-CCG-----------AG-CT-C-------------TGCCGGAAA-GGCCCA-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130839                     :                   tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagaagaggttttacaagcactgtataatGAAAAGTATTGTATAGGCA---TTTT---ACCCACGTTTTCCGCCATG-A----CACTTTCAT-CCCAAA---------T-ACATT-CGA-GGTGTT-TTT-CCG-----------AG-CT-C-------------TGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGAGTG
gi|130841                     :               tatgtatttctcttgagttgaaggaaaaacagagagagaggttttacaagcaatgtataatGAAAATTATTGTATAG--GCATTTTACCCAC--A-ATTTC------CGCAATGACA-----CT-TTCAACCCAAATACAT-TC--G-AGGTG---TT-TTT-CCG-----------AG-CT-CTG------------GCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130857                     :                                                                      tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagagagagatgttttacaagcaatgtataatCA-----AT-CGCAAC---------T-TC--T-CGG-G---CC-TTT-CCG--G-C---AG-AG-CT-CGG---AAAAACAC
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gi|130847                     :                                                                                                                                                                                                    gtgtttttccgagctCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130854                     :                                                                                                                                                                                       aaatacattcgaggtgtttttccgagctCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130838                     :                                                                                                                                                                                                 gaagtgttttttcgagctCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGACTG
gi|130848                     :                                                                     tatgtatttcttttgagttgaaggaaaaacagagagaggttttacaagcactgtataatgaaaatgattgtataggcattttacccacattttccgccatgacactttcaaccctaatacattcgaggtgtttttccgagctCTGCCGGAAC-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130843                     :                                                                                                                                                                                       aaagacattcgaggtgtttttccgagttCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-ATTTGTGATTG
gi|130862                     :                                                                        tgtatttcttttgggttgaaggaaaaacagaaagaggtttaacaagcactgtataatggaaaaggatgtataggcattttacccacattttccgccatgtcacttcaacccaaatacattcgaggtgtttttccgagctCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130860                     :                                                                                                                                                                                                         tttccgagctCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTACGATTG
gi|130852                     :                                                                                                                                                                                                        ttttccgagctCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130859                     :                                                                                                                                                                                       aatacattcgagggttttttccgagctgCTGCCGGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130855                     :                                                                                                                                                                                                        ttttcggagctCTGC-GGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130842                     :                                                                                                                                                                                                 gaggtttttttccgagctCTGCCGGAAA-GCTCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130849                     :                                                                        tatgtatttcttttgagttgagggaaaacacagagaggttttattcaagacatgtattgtgaaaaggttgttaggcattttacccacatttccgccatgcgactttcaacacaatacttcgaggtgtttttccgaggctCTGTCGGAAA-GG-CCG-AGA-AGTT-CGATTG
gi|130845                     :                                                                                                                                                                                        aaatacatcgaggtgtttttccgagctCTGCCGGAAAAGGTCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130864                     :                                                                                                                               attgtataggcatttttacccacattttccgcccatggacacgatatcacccaatacatttcgagcgtgttttttttccgagttCTGC-GGAAA-GGCCCG-AGA-AGTTGCGATTG
gi|130858                     :                                                                                                                                                                                                            ttccagctTGCCGGAAA-GGCCCGCAGA-AGTTGCGATT
gi|130863                     :                                                                                                                                                                                                  gtgttttccgagccttaaTGCTGGAAA-AGCCCG-AGA-AGTTGCAATTG
gi|130853                     :                                                                                                                                                                                                          ttcccaagctTGCCGGAAT-AACCCG-AGA-AGTTGCGAGTG
gi|130861                     :                                                                                                                                                                                            tacattcgaggcacctttcccgagctCCGGAAA-GACGCG-AGA-AGTTGCGATTG





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lowQualScore                  :                                                                    3           1    0           99 000000000000000000  4444  77777  5    00 00 777777777 5  00 5   000  8888888    5  666  666  5    22  2    5           0                    
consensus                     :                                                            NNGAAAAGNATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTT--CCGC---------C-A--CGA----CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGGAAA-GGCCCGAGAAGTTGCGATTG
Reference ( family-673 )      :                                                            NNGAAAAGTATTGTATAGGCGTTTT-ACCCACATTTT--C--C---------C-A--CGA----CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGGAAA-GGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130838                     :                                                              GAAAATGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTT--CCGC---------C-A--TGA----CA-----CT-TTCA--A--CCCTAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGGAAA-GGCCCGAGAAGTTGCGACTG
gi|130839                     :   tatgtatttcttttgagttgaaggaaaaacagagagaggttttacaagcactgtataatGAAAAGTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACGTTTT--CCGC---------C-A--TGA----CACTTTCAT-CCCA--A--A---------T-ACATT-CGAGGTGT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGGAAA-GGCCCGAGAAGTTGCGAGTG
gi|130840                     : tatgtatttctcttgagttgaaggaaaaacagagagagaggttttacaagcaatgtataatGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCGC--C---------C-A--TGA----CA-----CT-TTCA--A--CCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGGAAA-GGCCCAAGAAGTTGCGATTG
gi|130841                     :     tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagaagaggttttacaagcactgtataatGAAAATTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACAATTT--C--CG--------CAA--TGA----CA-----CT-TTCA--A--CCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-CTG---------GCCGGAAA-GGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130842                     :  tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagagagagatgttttacaagcaatgtataatGAAAAG-GTTGT-TAGGCATTTT-ACCCACATTTC--CG-C---------C-ATGCGACTTTCA-----A--CACAATA--C---------T-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CCG-------AG--GCT-----------CTGCCGGAAA-GCTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130843                     :  tatgtatttcttttgagttgagggaaaacacagagaggttttattcaagacatgtattgtGAAAAGGAT-GTATAGGCATTTT-ACCCACATTTT--CCGC---------C-A--TGT----CA-----CT-T-CA--A--CCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGGAAA-GGCCCGAGAATTTGTGATTG
gi|130844                     :    tgtatttcttttgggttgaaggaaaaacagaaagaggtttaacaagcactgtataatgGAAAAGTATTGTACAGA---TTT-AAC-ATATTTT--T------------------GAAG--CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGGAAA-GGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130845                     :                                                                   tgATTGTATAGGCATTTTTACCCACATTTT--C--CGCCCATGGAC-A--CGA----TATC---AC-C-CA--ATAC---------A-TT--T-CGA---GCGTGTTTTTTTT-CCG----------AGTT-C----------TGCCGGAAAAGGTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130846                     :                                                                                                                        ----CA-----AT-TGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---AC-------CTCG-CCT--GC---A--AGGT-CTGGGAAACAC
gi|130847                     :                                                                       ttgtacaaattttactacatgcaatgaacaaaatactagtacactcgag----CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130848                     :                                                                                                           aaatacattcgag----CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CGTT-CCG--GC---AG-AACT-CGGAAAAACAC
gi|130849                     :                                                                                                           aaagacattcgag----CA-----AT-CG-A--A--C---------T-TC--T-CGG----C-------CTTT-CCG--AC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130850                     :                                                                                                            aaatacatcgag----CA-----AT-CGCA--A--C---------TGTC--T-CGG---GC-------CTTT-CCGGAGC----G-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130851                     :                                                                                                           aaatacattcgag----CA-----ATTCG-A--A--C---------T-TC--T-CGG----C-------TTTTGCCGCTGC---AG-AGCTCCGGAAAAACAC
gi|130852                     :                                                                                                          aaatcacattcgag----CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AGCAGCT-CGGAAAAA
gi|130853                     :                                                                                                         aatacattcgagggt----CA-----CT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GT-------TATT-CCG--GC---A--AGCT-CGGGAAA
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gi|130856                     :                                                                                                                     gag----CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
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gi|130864                     :                                                                                                                        ----CA-----AT-CGCA--A--C---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CC---GC---AG-AGCT--GGAA





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consensus                     :                                                            NNGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
Reference ( family-673 )      :                                                            NNGAAAAGNATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130838                     :                                                              GAAAATGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCTAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGACTG
gi|130839                     :   tatgtatttcttttgagttgaaggaaaaacagagagaggttttacaagcactgtataatGAAAAGTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACGTTTTCCGC-------CA--TGA----CACTTTCAT-CC--CA--AA---------T-ACATT-CGAGGTGT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGAGTG
gi|130840                     : tatgtatttctcttgagttgaaggaaaaacagagagagaggttttacaagcaatgtataatGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCGCC-------CA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCAAGAAGTTGCGATTG
gi|130841                     :     tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagaagaggttttacaagcactgtataatGAAAATTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACAATTTCCGC-------AA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-CTG---------GCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130842                     :  tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagagagagatgttttacaagcaatgtataatGAAAAGG-TTGT-TAGGCATTTT-ACCCACA-TTTCCGC-------CATGCGACTTTCA-----A--CA--CAATAC---------T-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CCG-------AG--GCT-----------CTGCCGG-AAAGCTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130843                     :  tatgtatttcttttgagttgagggaaaacacagagaggttttattcaagacatgtattgtGAAAAGGAT-GTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--TGT----CA-----CT-T---CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAATTTGTGATTG
gi|130844                     :    tgtatttcttttgggttgaaggaaaaacagaaagaggtttaacaagcactgtataatgGAAAAGTATTGTACAG--ATTTA-AC--ATATTTTT---------------GAAG--CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130845                     :                                                                   tgATTGTATAGGCATTTTTACCCACATTTTCCGCCCATGGACA--CGA----T------AT-CACCCAATAC---------A-TT--T-CGA---GCGTGTTTTTTTT-CC---------G-AGTT-----------CTGCCGGAAAAGGTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130846                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-TG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---AC-------CTCG-CCT--GC---A--AGGT-CTGGGAAACAC
gi|130847                     :                                                                  ttgtacaaattttactacatgcaatgaacaaaatactagtacactcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130848                     :                                                                                                      aaatacattcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CGTT-CCG--GC---AG-AACT-CGGAAAAACAC
gi|130849                     :                                                                                                      aaagacattcgag----CA-----AT-CG---A--AC---------T-TC--T-CGG----C-------CTTT-CCG--AC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130850                     :                                                                                                       aaatacatcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------TGTC--T-CGG---GC-------CTTT-CCGGAGC----G-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130851                     :                                                                                                      aaatacattcgag----CA-----ATTCG---A--AC---------T-TC--T-CGG----C-------TTTTGCCGCTGC---AG-AGCTCCGGAAAAACAC
gi|130852                     :                                                                                                     aaatcacattcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AGCAGCT-CGGAAAAA
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gi|130854                     :                                                                                                    tacattcgaggcacc----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGAAAAAACACT
gi|130855                     :                                                                                                                 ga----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CC---GC---AG-AGCT-CGGAAAAAAAC
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gi|130863                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-TG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------TTTT-CCA--GC---A--AGCT-TGGGAA
gi|130864                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CC---GC---AG-AGCT--GGAA





Alignments
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lowQualScore                  :                                                                    0                5       0       666666666666  5555  33333  1  22  44  333333333 1  22 1   000  4444444    1  000  222  1    55  2    0        5                       
lowQualScore                  :                                                                    .                .       .       ............  ....  .....  .  ..  ..  ......... .  .. .   ...  .......    .  ...  ...  .    ..  .    .        .                       
lowQualScore                  :                                                                    7                0       4       555555555555  4444  77777  5  00  11  777777777 5  00 5   000  8888888    5  444  666  5    00  2    5        0                       
consensus                     :                                                            NNGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
Reference ( family-673 )      :                                                            NNGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130838                     :                                                              GAAAATGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCTAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGACTG
gi|130839                     :   tatgtatttcttttgagttgaaggaaaaacagagagaggttttacaagcactgtataatGAAAAGTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACGTTTTCCGC-------CA--TGA----CACTTTCAT-CC--CA--AA---------T-ACATT-CGAGGTGT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGAGTG
gi|130840                     : tatgtatttctcttgagttgaaggaaaaacagagagagaggttttacaagcaatgtataatGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCGCC-------CA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCAAGAAGTTGCGATTG
gi|130841                     :     tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagaagaggttttacaagcactgtataatGAAAATTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACAATTTCCGC-------AA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-CTG---------GCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130842                     :  tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagagagagatgttttacaagcaatgtataatGAAAAGG-TTGT-TAGGCATTTT-ACCCACA-TTTCCGC-------CATGCGACTTTCA-----A--CA--CAATAC---------T-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CCG-------AG--GCT-----------CTGCCGG-AAAGCTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130843                     :  tatgtatttcttttgagttgagggaaaacacagagaggttttattcaagacatgtattgtGAAAAGGAT-GTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--TGT----CA-----CT-T---CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAATTTGTGATTG
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gi|130845                     :                                                                   tgATTGTATAGGCATTTTTACCCACATTTTCCGCCCATGGACA--CGA----T------AT-CACCCAATAC---------A-TT--T-CGA---GCGTGTTTTTTTT-CC---------G-AGTT-----------CTGCCGGAAAAGGTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130846                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-TG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---AC-------CTCG-CCT--GC---A--AGGT-CTGGGAAACAC
gi|130847                     :                                                                  ttgtacaaattttactacatgcaatgaacaaaatactagtacactcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130848                     :                                                                                                      aaatacattcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CGTT-CCG--GC---AG-AACT-CGGAAAAACAC
gi|130849                     :                                                                                                      aaagacattcgag----CA-----AT-CG---A--AC---------T-TC--T-CGG----C-------CTTT-CCG--AC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
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gi|130851                     :                                                                                                      aaatacattcgag----CA-----ATTCG---A--AC---------T-TC--T-CGG----C-------TTTTGCCGCTGC---AG-AGCTCCGGAAAAACAC
gi|130852                     :                                                                                                     aaatcacattcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AGCAGCT-CGGAAAAA
gi|130853                     :                                                                                                    aatacattcgagggt----CA-----CT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GT-------TATT-CCG--GC---A--AGCT-CGGGAAA
gi|130854                     :                                                                                                    tacattcgaggcacc----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGAAAAAACACT
gi|130855                     :                                                                                                                 ga----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CC---GC---AG-AGCT-CGGAAAAAAAC
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gi|130861                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGC---GT-------CTTT-CCG--G----AA-AGCT-CAGGAAA
gi|130862                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAA
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blockSeqs                     :                                                                                                                   .     .      .  .   .   .         .  .  .   .    .          .  .    .    .    .   .              
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blockSeqs                     :                                                                                                                   .     .      .  .   .   .         .  .  .   .    .          .  .    .    .    .   .              
blockSeqs                     :                                                                                                                         .      .  .   .   .         .  .  .   .    .          .  .    .    .    .   .              


blockSeqCons                  :                                                                                                                                           *********           ***                G**            C*
originalCons                  :                                                            NNGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
finalCons                     :                                                            NNGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCTC-GGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG





Alignments
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lowQualScore                  :                                                                    0                5       0       666666666666  5555  33333  1  22  44  333333333 1  22 1   000  4444444    1  000  222  1    55  2    0        5                       
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lowQualScore                  :                                                                    7                0       4       555555555555  4444  77777  5  00  11  777777777 5  00 5   000  8888888    5  444  666  5    00  2    5        0                       
consensus                     :                                                            NNGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
Reference ( family-673 )      :                                                            NNGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--CGA----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130838                     :                                                              GAAAATGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCTAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGACTG
gi|130839                     :   tatgtatttcttttgagttgaaggaaaaacagagagaggttttacaagcactgtataatGAAAAGTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACGTTTTCCGC-------CA--TGA----CACTTTCAT-CC--CA--AA---------T-ACATT-CGAGGTGT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGAGTG
gi|130840                     : tatgtatttctcttgagttgaaggaaaaacagagagagaggttttacaagcaatgtataatGAAAAGGATTGTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCGCC-------CA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCAAGAAGTTGCGATTG
gi|130841                     :     tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagaagaggttttacaagcactgtataatGAAAATTATTGTATAGGCATTTT-ACCCACAATTTCCGC-------AA--TGA----CA-----CT-TT--CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-CTG---------GCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130842                     :  tatgtatttcttttgagttgaaggaaaacagagagagatgttttacaagcaatgtataatGAAAAGG-TTGT-TAGGCATTTT-ACCCACA-TTTCCGC-------CATGCGACTTTCA-----A--CA--CAATAC---------T-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CCG-------AG--GCT-----------CTGCCGG-AAAGCTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130843                     :  tatgtatttcttttgagttgagggaaaacacagagaggttttattcaagacatgtattgtGAAAAGGAT-GTATAGGCATTTT-ACCCACATTTTCCGC-------CA--TGT----CA-----CT-T---CA--ACCCAAATACAT-TC--G-AGGT--GT-------TTTT-CC---------G-AGCT-----------CTGCCGG-AAAGGCCCGAGAATTTGTGATTG
gi|130844                     :    tgtatttcttttgggttgaaggaaaaacagaaagaggtttaacaagcactgtataatgGAAAAGTATTGTACAG--ATTTA-AC--ATATTTTT---------------GAAG--CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACACTGCCGG-AAAGGCCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130845                     :                                                                   tgATTGTATAGGCATTTTTACCCACATTTTCCGCCCATGGACA--CGA----T------AT-CACCCAATAC---------A-TT--T-CGA---GCGTGTTTTTTTT-CC---------G-AGTT-----------CTGCCGGAAAAGGTCCGAGAAGTTGCGATTG
gi|130846                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-TG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---AC-------CTCG-CCT--GC---A--AGGT-CTGGGAAACAC
gi|130847                     :                                                                  ttgtacaaattttactacatgcaatgaacaaaatactagtacactcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130848                     :                                                                                                      aaatacattcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CGTT-CCG--GC---AG-AACT-CGGAAAAACAC
gi|130849                     :                                                                                                      aaagacattcgag----CA-----AT-CG---A--AC---------T-TC--T-CGG----C-------CTTT-CCG--AC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130850                     :                                                                                                       aaatacatcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------TGTC--T-CGG---GC-------CTTT-CCGGAGC----G-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130851                     :                                                                                                      aaatacattcgag----CA-----ATTCG---A--AC---------T-TC--T-CGG----C-------TTTTGCCGCTGC---AG-AGCTCCGGAAAAACAC
gi|130852                     :                                                                                                     aaatcacattcgag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AGCAGCT-CGGAAAAA
gi|130853                     :                                                                                                    aatacattcgagggt----CA-----CT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GT-------TATT-CCG--GC---A--AGCT-CGGGAAA
gi|130854                     :                                                                                                    tacattcgaggcacc----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGAAAAAACACT
gi|130855                     :                                                                                                                 ga----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CC---GC---AG-AGCT-CGGAAAAAAAC
gi|130856                     :                                                                                                                gag----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130857                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAAACAC
gi|130858                     :                                                                                                                        A-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--TGCGG---GC-------CTTT-CCG--GCATTAA-GGCT-CGG-AAAACAC
gi|130859                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CCGAAAA
gi|130860                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--TA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAAA
gi|130861                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGC---GT-------CTTT-CCG--G----AA-AGCT-CAGGAAA
gi|130862                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CCG--GC---AG-AGCT-CGGAAA
gi|130863                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-TG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------TTTT-CCA--GC---A--AGCT-TGGGAA
gi|130864                     :                                                                                                                   ----CA-----AT-CG--CA--AC---------T-TC--T-CGG---GC-------CTTT-CC---GC---AG-AGCT--GGAA