lowQualScore : 11111111111 222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 0 88 4 2 77777 22 2 2 2 2 66 2 666666 222 2 22 55 66 2 7777 2 2 22 2 44 2 888888888 2 2 00000000000 4 2 33 33 2 33 33 33 2 444 4 2 2 2 555 2 2 2 2 5 2 2 22 2 2 55 2 2 2 2 333333333333333333333333333333333 5 2 444 0 2 5555 1 888888 6 3
lowQualScore : . .. . . ..... .. . . . . .. . ...... ... . .. .. .. . .... . . .. . .. . ......... . . ........... . . .. .. . .. .. .. . ... . . . . ... . . . . . . . .. . . .. . . . . ................................. . . ... . . .... . ...... . .
lowQualScore : 5 33 2 1 44444 99 1 0 0 0 44 1 111111 555 1 99 00 11 0 0000 0 0 66 0 88 1 444444444 1 2 66666666666 4 4 44 44 5 44 44 44 5 444 5 4 4 4 111 4 4 4 2 3 1 0 99 2 2 33 2 2 2 2 444444444444444444444444444444444 0 5 444 7 5 3333 7 222222 2 1
consensus : TTGCAATCGCTT-GTG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGAG-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-A-ACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTCCT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GT-C-TCTAA-AGT-A---A--C-GCACTCTTN-AATAA-AA---TAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
Reference ( gi|5836 ) : TTGCAATTGCTT-ATG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGAA-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-A-ACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTCCT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G--C-CCTAA-AGT-A---A--C-CTACTCTTT-AAT-A-AA---TAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5837 : TTGCAATTGCTT-ATG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGAA-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AGAAAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-A-ACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTCCT-GAATCT--AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G--C-CCTAA-AGT-A---A--C-CTACTCTTT-AAT-A-AA---TAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5838 : TTGCAATTGTTT-GTT-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGAG-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-TAAA-C----AA-AGG-CATGC-AACTCGCTAAT--TGA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TCTTCAAGAG-A-ACAC-TGA-T-ATTTTATTA-TCATTCCT-G-ACCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GT-C-TCTAA-CGT-A---A--C-GCACTC-TA-AATAA-AA---TAACGAGTCA-GA----CAGTGAGT------TACCTTTT-CTTTGTA
gi|5839 : TTGCAATGGTTT-GTG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-GAAG-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTTAT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCG-A-ACAC-TAA-T-AT---------------T-GAGTCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GT-C-TCTAA-AGT-A---A--C-GCACTC-TA-AAT-A-AA---TAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TGCC-TCT-CTTTGTA
gi|5840 : TTGCATACGTTT-GTG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGAG-C-CCTTT------TTTC-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAAATCACA-TAAG-C----AA-AGGGCATGC-ACATCGCTAAT--TAA-ATTCGGA-G-AT---------AAACCA-TC-----------AG-GTC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGAG-A-ACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TC-TTCCT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AAACACGGCTAAAGCG-GTCT-CCTAA-AGT-A---A--C-GCACTC-TA-AAT-A-AA---TAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5841 : TTGCAATCGTTT-GTG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGAG-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-TAAA-C----AA-AAGGCATGT-AACTCGCTACT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--TGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCA-A-ACAC-TAT-T-ATTTTATTA-TCATTCCT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G--TATCTAA-AGT-A---A--C-
gi|5843 : TTGCAATCGTTT-GTG-T-GAA----CCT--TC-ACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGAG-C-CCTTT------T--C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-TAAA-C----AA-AG--CATGC-AACTCCCTAAT--TAA-ATTCGA----AT---------AA-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AA--C---AGA-TTTTCAAGCG-A-ACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTCCT-GAATCTA-AC--AAaca
gi|5842 : TTGCAATGGTTTTGTG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-AGAA---CCTTT------TT-C-AT-GT-ACT--CT-CCAACGGAATTCACA-TAAA-C----AA-GGGCTATGCTAACTCGCT-AT--TAA-A-TCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AGAAAC-AGAGGTTA--ACG-GC---GT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCGAA-ACAC-TAA-T-AT---------------T-GAGTCTA-AA--AATTGGAGCCCAAAGAA-AACAAC-GCT-AAGCG-GT-C-TCTAAGAGT-A---ACGC-CAACTC-TA-AAT-A-AA---TAACGAAGCA-AA----CAGTGGTT------TGCCTTCT-CTTTGTA
gi|5844 : TTGCA-TCGTTT--TG-TTGA-----CCT--TCTACG-TCAC-AGAGGTGCA-GGAAGC-CCTTT------TC-C-ATGGT-A-T--C--CAA-CGGAAGTCACA-TAA--C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GTAT----------A-CCATTC-----------AG-AACGAGTG--GAGCACGTGCGGAGT--TAA--AAC-A---AGACTTTTCAAGCG-A-ATAC-TAAGTGATTTTATTATTCATTCCTGGAATCTA-AA--AAAT-GAGC-CACAG-A-ATCAACGGCT-AA-CG-T--T-CTCTA-AGT-ACGCA--C-CTA-------AAT-A-AA---T-ACGAAGCA-AA----CAGTGA
gi|5845 : TTGTAATTGCTT-ATG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-GGAGTT-CA-GGGG-T-CATTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-TAAA-C----AA-GAGGCATGC-GACTCGCTAAT--CAA-ATGCGC--G-AT---------AA-ATA-TC-----------AA-AAT-A
gi|5846 : TTGTAATTGCTT-TTG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-GGTGGT-CA-GGAG-C-CCTTT------TT-C-GTGTT-CAT--T--CAAACGGAATTTACA-TAAA-C----AA-ATGGCACGC-AACTCGCTAAT--CAA-ATTCGC--A-AT---------AA-GCA-TC-----------AA-AA
gi|5847 : TTGCAATTGCTT-ATG-T-GA-----CCC--TCTACG-TCAC-GGATGT-CA-GGAG-C-CCTTT------TT---ATGGT-ACT--C--C-AACGGAATTCGAT-TAAA-C----AA-AGGGCATGG-AACTCACTAATCACAA-ATTCGC--G-AT---------AA-
gi|5848 : TTGCAA-TGTTT--TGAT-GA-----CCT--TCTACG-TTAC-ATAGAT-CACTCAG-C-TCTTT------TC-T-GTACT-ATT--C--CAAACTAAATTCACT-GAAA-C----AA-AACGCGTGC-AAACTGCAAAT--AAT-ATTTGG--
gi|5849 : TGCAATAGCTT-TGG-T-GA-----CCC--TCTACA-GCAT-AGAGGT-CA-GGGG-T-CCTTT------TT-TTGTGGTTACT--CGCCAAACGAAATTCAGGGTAAA-CGA--AA-AGGGCATAA-AACTTGCTAAT--TAA-ATTCGA--G-AT---------AA-ACA-TC-----------A---AT-AGGG--TC--ACG-AC--AGT--AAAGAAAA-C---AGA-TTTCCAAAC--A-ACGT---A-T-ATTTTCTTA-TCATTTAC-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAA-T-AACAACGGCC-AAGCG-AT-C-TCAAA-AGT-A---A--T-GCACTC-TT-AATAA-AA---TAACGAAACA-GA----CAGTGAAT------TACC-TCC-CTTTG
gi|5850 : GCAATTGCTT-ATG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGAA-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCACA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--T-A--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-A-ACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTCCT-GAATCTA-AA--AA-T-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G--C-CCTA------A---A--C-CTACTCTTT-AAT-A-AA---TAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5851 : GCAATTGCTT-ATG-T-GA-----CCT--TCTACG-TTAC-GGAGGT-CA-GGAG-C-CCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAATTCATA-TAAA-CAATTAA-AGGACATGC-AACTCACTAAT--TA
gi|5852 : CAGTTGCTT--TACT-GA-----GCT--TCTATG-TCAC-AGAGGC---------------------------------ACT--C--CAAACGGAATTTAAA-TAAA-C----AG-GGGGGATGC-AGATCGCT-------A-ATTCGGTAA-AT---------A---TA-TC-----------AG-GAT-ATGT--TT--TTT-AC--AGT----A--AAA-T---GTG----------G-ATAAAC-T-G-T-ATTT--CCA-TCATTCGC-GTATCTA-AA--AACT-GAA--TAAAG-G-AACAGCAGAC-AAGCA-G--T-TACGA-ACG-G---A--CACTA-------GAT-ACAA---TAGCAAAACT-GA----CAGTGAAT------TAAA-TCC-CCTT
gi|5853 : ATTG-TT-ATG-C-GGGAGCGCCTATTCTACG-TCAC-AGGGGT-CA-GGAA-C-CCTTT------TT---GCGAT-ACT--C--CAAACGGAATTCAT--CAAA---------ATGACATGC-A-----TTAAT--TAATAT--GG--A-ATGACGACAGTAA-CCA-CCCCCCCCCCAAAAA-AAA-AAAA--AA--ACA-AC--AAC--CAA--AAAAC---AGG-TTTTCATACG-A-ACGC-ATA-T-ATTTTCTCA-TTATTCGG-GGATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAT-G-AACAACGGAT-AAGCG-GT-C-TCTAA-CAC-A--------CTA----TG-AATAA-AA---TAATGAAACA-AG----CAGTGAAT------TACA-TCC-CTTTG
gi|5854 : TT-AT--T-GC-----CAT--TCTACGCTCACAGGAGGT-CA-GGAAAC-TCTCTGTGTTATT-C-ATGGT-ACTTAC--CAAACGGAAGTAGCA-TAAAAC----GATAGG--ATGC-AAGCCGCAGAT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CCA-TC-----------AC-AAC-A-GG--TA--A-A-GA--AGT--TAA--TAC-C---ATA--TTTCAAACG----------------TTTATCC-TCA-------GATCAAGAA--AATT-GAG--AAAAA-AGAATAA-GGCG-AAGCGTG--T-CTCTA-CGTAA---A--C-GCAC-CTCT-AA--A-AAGATTAACGAATCAGGA----CAGTGA-T------TACT-TCTCCTTTGTA
gi|5855 : -ATG-T-GA-----CCT--TCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GG
gi|5856 : CAC-AGAGAT-CA-GG---CGCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACAGAATTCACA-TAAT-C----AA-AGAGCATGC-AACTCGCTAA----AA--------------------------CA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--ACA-AC--AG---CA-----------ATA-TTTTCA
gi|5857 : TTTACA-TTAA-C----AC-TATGTATAC-AAATTGCAAAT--CAA-ATTCGC--A-AT---------GA-ACA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--ATG-AC--AGTAATGA--AGA-CTCCATG-TTCTCA--TA-A-ATACATTA-T-ATGTACTTA-TCATTCTT-GAATATA-TA--AACT-GAG--CAACG-G-AACAACGGAC-AAGCA-G--T-CTCAA-A-------------TGCACTCT-AATAA-AA---TAACGAAACA-AA----Ctcattcgcactgagcaaagaaataaaagataagcagtttttaacac
gi|5858 : CGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-AT---------AA-CC--TC-----------AG-AAC-AAGG--TA--ATG-AC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTT-----------------A-T-ATTTTATTA-TCATTCAT-GAATCTA-A
gi|5859 : A-TTTTCAAACT-A-ACAT-TTA-T-ATTTAATTA-TCAATCAT-GAATCTA-AT--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-AT-C-TCTAA-CGT-A---A--C-GCACTC-TA-AATAA-AA---TAACGAATCA-GA----CAGTGAATTACATGTACC-TCT-CTTTG
gi|5856 : -A-ACAG-CAA-T-ATTTT--CA-TCATTC---G---C--------ACT-GAG--CAAAG-A-AATAAAAGAT-AAGCA-G--
gi|5860 : cacagagatcaggcgcctttttcatggtactccaaacagaattcacataatcaaagagcatgcaactcgctaaaacatcaaaatgggatcacTCA-TCATTCAT-GAATCTT-AA--AACT-GAG--AAAAG-G-AACAACGGGT-AAGTG-G----TCTA----T-A---T--C-ACACTCTTT-ATA-A-AA---TAACGAAATA-AAGCCCCAGTGTGT------Ttttttaacac
gi|5861 : ATTCCG-GGGCATA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G--T-CTCTA-AGT-A---A--C-GCACTC--T-AAA-A-AA---TAAC-AAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-C-TTGTA
gi|5862 : ATCAA-AATGAACT-GAG--CAAAG-G-AACAACGGAT-AAGCG-GT-C-TCTA---------------CTGCACTCTAAATAA-AA---TAACGAAACA-AA----C--------------GCC-TCC-CTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11111 111 1
lowQualScore : 5 77 2 2 2 1 1 1 2 2 555555 2 2 2 22 44 1 1 1 6666 1 1 22 1 44 888888888 2 2 2 00000000000 4 2 33 33 2 33 33 33 2 444 2 1 22 555 2 2 22 2 4444 1 22 1 2 55 2 2 2 2 2 00000 2 2 33 777 1 0 2 5555 0 777777 5 2
lowQualScore : . .. . . . . . . . . ...... . . . .. .. . . . .... . . .. . .. ......... . . . ........... . . .. .. . .. .. .. . ... . . .. ... . . .. . .... . .. . . .. . . . . . ..... . . .. ... . . . .... . ...... . .
lowQualScore : 8 77 2 2 0 9 9 9 0 0 888888 0 0 0 88 88 9 9 9 7777 9 9 55 9 55 000000000 0 0 1 00000000000 2 2 22 22 4 22 22 22 4 111 2 9 33 666 2 2 33 1 6666 9 88 6 1 00 1 1 1 1 1 22222 2 2 11 555 2 1 4 0000 9 777777 7 9
consensus : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTAAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
Reference ( family-672 ) : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTNAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5836 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTAA-AGT-AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5837 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AGAAAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCT--AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTAA-AGT-AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5838 : TTGCAATTGTTT-GTT-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGG-CATGC-AACTCGCTAAT--TGA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TCTTCAAGAG-AACAC-TGA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-G-ACCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-CGT-AAC-GC--ACTC-TAAATAAAATAACGAGTCA-GA----CAGTGAGT------TACCTTTT-CTTTGTA
gi|5839 : TTGCAATGGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-GAA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTTAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-AT----------------T-GAGTCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TGCC-TCT-CTTTGTA
gi|5840 : TTGCATACGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TTTC-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAAATCA-CA-TAAG-C----AA-AGGGCATGC-ACATCGCTAAT--TAA-ATTCGGA-GAT---------A-AACCA-TC-----------AG-GTC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGAG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TC-TTC-CT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AAACACGGCTAAAGCG-GTCTCCTAA-AGT-AAC-GC--ACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5841 : TTGCAATCGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AAGGCATGT-AACTCGCTACT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--TGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCA-AACAC-TAT-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTAT-CTAA-AGT-AAC-AC--A
gi|5842 : TTGCAATGGTTTTGTG-TGA-CCTTCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-AGA-A--CCTTT------TT-C-AT-GT-ACT--CT-CCAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-GGGCTATGCTAACTCGCT-AT--TAA-A-TCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AGAAAC-AGAGGTTA--ACG-GC---GT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCGAAACAC-TAA-T-AT----------------T-GAGTCTA-AA--AATTGGAGCCCAAAGAA-AACAAC-GCT-AAGCG-GTCT-CTAAGAGT-AAC-GCCAACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGGTT------TGCCTTCT-CTTTGTA
gi|5843 : TTGCAATCGTTT-GTG-TGAACCTTC-ACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------T--C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AG--CATGC-AACTCCCTAAT--TAA-ATTCGA---AT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AA--C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AC--AA
gi|5844 : TTGCA-TCGTTTTGT--TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGTGCA-GGAAG-CCCTTT------TC-C-ATGGT-A-T--C--CAA-CGGAAGTCA-CA-TAA--C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-T---------ATA-CCATTC-----------AG-AACGAGTG--GAGCACGTGCGGAGT--TAA--AAC-A---AGACTTTTCAAGCG-AATAC-TAAGTGATTTTATTATTCATTC-CTGGAATCTA-AA--AAAT-GAGC-CACAG-A-ATCAACGGCT-AA-CG-TTCT-CT-A-AGT--AC-GC--A--CCTAAAT-AAAT-ACGAAGCA-AA----CAGTGA
gi|5845 : TTGTAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGTT-CA-GGG-G-TCATTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-GAGGCATGC-GACTCGCTAAT--CAA-ATGCGC--GAT---------A-A-ATA-TC-----------AA-AAT-A
gi|5846 : TTGTAATTGCTT-TTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGTGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-GTGTT-CAT--T--CAAACGGAATTTA-CA-TAAA-C----AA-ATGGCACGC-AACTCGCTAAT--CAA-ATTCGC--AAT---------A-A-GCA-TC-----------AA-AA
gi|5847 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCCTCTACG-TCAC-GGATGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT---ATGGT-ACT--C--C-AACGGAATTCG-AT-TAAA-C----AA-AGGGCATGG-AACTCACTAATCACAA-ATTCGC--GAT---------A-A-
gi|5848 : TTGCAAT-GTTT--TGATGA-CCTTCTACG-TTAC-ATAGAT-CACTCA-G-CTCTTT------TC-T-GTACT-ATT--C--CAAACTAAATTCA-CT-GAAA-C----AA-AACGCGTGC-AAACTGCAAAT--AAT-ATTTGG--
gi|5849 : TGCAATAGCTT-TGG-TGA-CCCTCTACA-GCAT-AGAGGT-CA-GGG-G-TCCTTT------TT-TTGTGGTTACT--CGCCAAACGAAATTCA-GGGTAAA-CGA--AA-AGGGCATAA-AACTTGCTAAT--TAA-ATTCGA--GAT---------A-A-ACA-TC-----------A---AT-AGGG--TC--ACG-AC--AGT--AAAGAAAA-C---AGA-TTTCCAAAC--AACGT---A-T-ATTTTCTTA-TCATTT-AC-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAA-T-AACAACGGCC-AAGCG-ATCT-CAAA-AGT-AAT-GC--ACTCTT-AATAAAATAACGAAACA-GA----CAGTGAAT------TACC-TCC-CTTTG
gi|5850 : GCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--T-A--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AA-T-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTA------AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5851 : GCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TTAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAATTCA-TA-TAAA-CAATTAA-AGGACATGC-AACTCACTAAT--TA
gi|5852 : CAGTTGCTT-TAC-TGA-GCTTCTATG-TCAC-AGAGGC---------------------------------ACT--C--CAAACGGAATTTA-AA-TAAA-C----AG-GGGGGATGC-AGATCGCT-------A-ATTCGGTAAAT---------A----TA-TC-----------AG-GAT-ATGT--TT--TTT-AC--AGT--AAA--ATG-T---GGA-T----AA-------AC-T-G-T-ATTT--CCA-TCATTC-GC-GTATCTA-AA--AACT-GAA--TAAAG-G-AACAGCAGAC-AAGCA-GTT-----A-CG--AAC-GG--ACAC-TAGATACAATAGCAAAACT-GA----CAGTGAAT------TAAA-TCC-CCTT
gi|5853 : TTCTACG-TCAC-AGGGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT---GCGAT-ACT--C--CAAACGGAATTCATCA-----------AA-ATGACATGC-A-----TTAAT--TAATAT--GG--AATGACGACAGTA-A-CCA-CCCCCCCCCCAAAAA-AAA-AAAA--AA--ACA-AC--AAC--CAA--AAAAC---AGG-TTTTCATACG-AACGC-ATA-T-ATTTTCTCA-TTATTC-GG-GGATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAT-G-AACAACGGAT-AAGCG-GTCT-C------T-AAC-AC--ACTA-TGAATAAAATAATGAAACA-AG----CAGTGAAT------TACA-TCC-CTTTG
gi|5854 : attgttatgcgggagcgcctaTTCTACGCTCACAGGAGGT-CA-GGA-AACTCTCTGTGTTATT-C-ATGGT-ACTTAC--CAAACGGAAGTAG-CA-TAAAAC----GATAGG--ATGC-AAGCCGCAGAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AC-AAC-A-GG--TA--A-A-GA--AGT--TAA--TAC-C---ATA--TTTCAAACG---------------TTTATCC-TCA--------GATCAAGAA--AATT-GAG--AAAAA-AGAATAA-GGCG-AAGCGTGTCT-CT-A-CGTAAAC-GC--ACCTCTAAAAAGATTAACGAATCAGGA----CAGTGA-T------TACT-TCTCCTTTGTA
gi|5855 : ttattgccaTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GG
gi|5856 : aCAC-AGAGAT-CA-GGC-G-CC-TTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACAGAATTCA-CA-TAAT-C----AA-AGAGCATGC-AACTCGCTAA----AA--------------------------CA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--AC-----------------AA-C---AG------CAA--------------T-ATTT--TCA-TCATTCGC---------------ACT-GAG--CAAAG-A-AATAAAAGAT-AAGCA-GTTT-TTAA-
gi|5857 : TTTA-CA-TTAA-C----AC-TATGTATAC-AAATTGCAAAT--CAA-ATTCGC--AAT---------G-A-ACA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--ATG-AC--AGTAATGA--AGA-CTCCATG-TTCTCA--TA-AATACATTA-T-ATGTACTTA-TCATTC-TT-GAATATA-TA--AACT-GAG--CAACG-G-AACAACGGAC-AAGCA-GTCT-C-A------AAT-GC--ACTCT--AATAAAATAACGAAACA-AA----Ccac
gi|5858 : CGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CC--TC-----------AG-AAC-AAGG--TA--ATG-AC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTT----------------A-T-ATTTTATTA-TCATTC-AT-GAATCTA-A
gi|5859 : A-TTTTCAAACT-AACAT-TTA-T-ATTTAATTA-TCAATC-AT-GAATCTA-AT--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-ATCT-CTAA-CGT-AAC-GC--ACTC-TAAATAAAATAACGAATCA-GA----CAGTGAATTACATGTACC-TCT-CTTTG
gi|5860 : TCA-TCATTC-AT-GAATCTT-AA--AACT-GAG--AAAAG-G-AACAACGGGT-AAGTG-GTCT-------AT-ATC-AC--ACTCTTT-ATAAAATAACGAAATA-AAGCCCCAGTGTGT------T
gi|5861 : ATTC-CG-GGGCATA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CT-A-AGT-AAC-GC--ACTCT--AA-AAAATAAC-AAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-C-TTGTA
gi|5862 : ATCAA-AATGAACT-GAG--CAAAG-G-AACAACGGAT-AAGCG-GTCT-CT--------ACTGC--ACTC-TAAATAAAATAACGAAACA-AA----C--------------GCC-TCC-CTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11111 1 1
lowQualScore : 5 77 2 2 2 1 1 1 2 2 555555 2 2 2 22 44 1 1 1 6666 1 1 22 1 44 888888888 2 2 2 00000000000 4 2 33 33 2 33 33 33 2 444 2 1 22 555 2 2 22 2 4444 1 22 1 2 55 2 2 2 2 2 00000 2 2 33 8 3 1 0 2 5555 0 777777 5 2
lowQualScore : . .. . . . . . . . . ...... . . . .. .. . . . .... . . .. . .. ......... . . . ........... . . .. .. . .. .. .. . ... . . .. ... . . .. . .... . .. . . .. . . . . . ..... . . .. . . . . . .... . ...... . .
lowQualScore : 8 77 2 2 0 9 9 9 0 0 888888 0 0 0 88 88 9 9 9 7777 9 9 55 9 55 000000000 0 0 1 00000000000 2 2 22 22 4 22 22 22 4 111 2 9 33 666 2 2 33 1 6666 9 88 6 1 00 1 1 1 1 1 22222 2 2 11 7 6 2 1 4 0000 9 777777 7 9
consensus : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTAAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
Reference ( family-672 ) : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTAAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5836 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTAA-AGT-AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5837 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AGAAAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCT--AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTAA-AGT-AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5838 : TTGCAATTGTTT-GTT-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGG-CATGC-AACTCGCTAAT--TGA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TCTTCAAGAG-AACAC-TGA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-G-ACCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-CGT-AAC-GC--ACTC-TAAATAAAATAACGAGTCA-GA----CAGTGAGT------TACCTTTT-CTTTGTA
gi|5839 : TTGCAATGGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-GAA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTTAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-AT----------------T-GAGTCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TGCC-TCT-CTTTGTA
gi|5840 : TTGCATACGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TTTC-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAAATCA-CA-TAAG-C----AA-AGGGCATGC-ACATCGCTAAT--TAA-ATTCGGA-GAT---------A-AACCA-TC-----------AG-GTC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGAG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TC-TTC-CT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AAACACGGCTAAAGCG-GTCTCCTAA-AGT-AAC-GC--ACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5841 : TTGCAATCGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AAGGCATGT-AACTCGCTACT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--TGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCA-AACAC-TAT-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTAT-CTAA-AGT-AAC-AC--A
gi|5842 : TTGCAATGGTTTTGTG-TGA-CCTTCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-AGA-A--CCTTT------TT-C-AT-GT-ACT--CT-CCAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-GGGCTATGCTAACTCGCT-AT--TAA-A-TCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AGAAAC-AGAGGTTA--ACG-GC---GT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCGAAACAC-TAA-T-AT----------------T-GAGTCTA-AA--AATTGGAGCCCAAAGAA-AACAAC-GCT-AAGCG-GTCT-CTAAGAGT-AAC-GCCAACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGGTT------TGCCTTCT-CTTTGTA
gi|5843 : TTGCAATCGTTT-GTG-TGAACCTTC-ACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------T--C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AG--CATGC-AACTCCCTAAT--TAA-ATTCGA---AT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AA--C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AC--AA
gi|5844 : TTGCA-TCGTTTTGT--TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGTGCA-GGAAG-CCCTTT------TC-C-ATGGT-A-T--C--CAA-CGGAAGTCA-CA-TAA--C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-T---------ATA-CCATTC-----------AG-AACGAGTG--GAGCACGTGCGGAGT--TAA--AAC-A---AGACTTTTCAAGCG-AATAC-TAAGTGATTTTATTATTCATTC-CTGGAATCTA-AA--AAAT-GAGC-CACAG-A-ATCAACGGCT-AA-CG-TTCT-CT-A-AGT--AC-GC--A--CCTAAAT-AAAT-ACGAAGCA-AA----CAGTGA
gi|5845 : TTGTAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGTT-CA-GGG-G-TCATTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-GAGGCATGC-GACTCGCTAAT--CAA-ATGCGC--GAT---------A-A-ATA-TC-----------AA-AAT-A
gi|5846 : TTGTAATTGCTT-TTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGTGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-GTGTT-CAT--T--CAAACGGAATTTA-CA-TAAA-C----AA-ATGGCACGC-AACTCGCTAAT--CAA-ATTCGC--AAT---------A-A-GCA-TC-----------AA-AA
gi|5847 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCCTCTACG-TCAC-GGATGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT---ATGGT-ACT--C--C-AACGGAATTCG-AT-TAAA-C----AA-AGGGCATGG-AACTCACTAATCACAA-ATTCGC--GAT---------A-A-
gi|5848 : TTGCAAT-GTTT--TGATGA-CCTTCTACG-TTAC-ATAGAT-CACTCA-G-CTCTTT------TC-T-GTACT-ATT--C--CAAACTAAATTCA-CT-GAAA-C----AA-AACGCGTGC-AAACTGCAAAT--AAT-ATTTGG--
gi|5849 : TGCAATAGCTT-TGG-TGA-CCCTCTACA-GCAT-AGAGGT-CA-GGG-G-TCCTTT------TT-TTGTGGTTACT--CGCCAAACGAAATTCA-GGGTAAA-CGA--AA-AGGGCATAA-AACTTGCTAAT--TAA-ATTCGA--GAT---------A-A-ACA-TC-----------A---AT-AGGG--TC--ACG-AC--AGT--AAAGAAAA-C---AGA-TTTCCAAAC--AACGT---A-T-ATTTTCTTA-TCATTT-AC-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAA-T-AACAACGGCC-AAGCG-ATCT-CAAA-AGT-AAT-GC--ACTCTT-AATAAAATAACGAAACA-GA----CAGTGAAT------TACC-TCC-CTTTG
gi|5850 : GCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--T-A--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AA-T-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTA------AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5851 : GCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TTAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAATTCA-TA-TAAA-CAATTAA-AGGACATGC-AACTCACTAAT--TA
gi|5852 : CAGTTGCTT-TAC-TGA-GCTTCTATG-TCAC-AGAGGC---------------------------------ACT--C--CAAACGGAATTTA-AA-TAAA-C----AG-GGGGGATGC-AGATCGCT-------A-ATTCGGTAAAT---------A----TA-TC-----------AG-GAT-ATGT--TT--TTT-AC--AGT--AAA--ATG-T---GGA-T----AA-------AC-T-G-T-ATTT--CCA-TCATTC-GC-GTATCTA-AA--AACT-GAA--TAAAG-G-AACAGCAGAC-AAGCA-GTT-----A-CG--AAC-GG--ACAC-TAGATACAATAGCAAAACT-GA----CAGTGAAT------TAAA-TCC-CCTT
gi|5853 : TTCTACG-TCAC-AGGGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT---GCGAT-ACT--C--CAAACGGAATTCATCA-----------AA-ATGACATGC-A-----TTAAT--TAATAT--GG--AATGACGACAGTA-A-CCA-CCCCCCCCCCAAAAA-AAA-AAAA--AA--ACA-AC--AAC--CAA--AAAAC---AGG-TTTTCATACG-AACGC-ATA-T-ATTTTCTCA-TTATTC-GG-GGATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAT-G-AACAACGGAT-AAGCG-GTCT-C------T-AAC-AC--ACTA-TGAATAAAATAATGAAACA-AG----CAGTGAAT------TACA-TCC-CTTTG
gi|5854 : attgttatgcgggagcgcctaTTCTACGCTCACAGGAGGT-CA-GGA-AACTCTCTGTGTTATT-C-ATGGT-ACTTAC--CAAACGGAAGTAG-CA-TAAAAC----GATAGG--ATGC-AAGCCGCAGAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AC-AAC-A-GG--TA--A-A-GA--AGT--TAA--TAC-C---ATA--TTTCAAACG---------------TTTATCC-TCA--------GATCAAGAA--AATT-GAG--AAAAA-AGAATAA-GGCG-AAGCGTGTCT-CT-A-CGTAAAC-GC--ACCTCTAAAAAGATTAACGAATCAGGA----CAGTGA-T------TACT-TCTCCTTTGTA
gi|5855 : ttattgccaTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GG
gi|5856 : aCAC-AGAGAT-CA-GGC-G-CC-TTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACAGAATTCA-CA-TAAT-C----AA-AGAGCATGC-AACTCGCTAA----AA--------------------------CA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--AC-----------------AA-C---AG------CAA--------------T-ATTT--TCA-TCATTCGC---------------ACT-GAG--CAAAG-A-AATAAAAGAT-AAGCA-GTTT-TTAA-
gi|5857 : TTTA-CA-TTAA-C----AC-TATGTATAC-AAATTGCAAAT--CAA-ATTCGC--AAT---------G-A-ACA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--ATG-AC--AGTAATGA--AGA-CTCCATG-TTCTCA--TA-AATACATTA-T-ATGTACTTA-TCATTC-TT-GAATATA-TA--AACT-GAG--CAACG-G-AACAACGGAC-AAGCA-GTCT-C-A------AAT-GC--ACTCT--AATAAAATAACGAAACA-AA----Ccac
gi|5858 : CGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CC--TC-----------AG-AAC-AAGG--TA--ATG-AC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTT----------------A-T-ATTTTATTA-TCATTC-AT-GAATCTA-A
gi|5859 : A-TTTTCAAACT-AACAT-TTA-T-ATTTAATTA-TCAATC-AT-GAATCTA-AT--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-ATCT-CTAA-CGT-AAC-GC--ACTC-TAAATAAAATAACGAATCA-GA----CAGTGAATTACATGTACC-TCT-CTTTG
gi|5860 : TCA-TCATTC-AT-GAATCTT-AA--AACT-GAG--AAAAG-G-AACAACGGGT-AAGTG-GTCT-------AT-ATC-AC--ACTCTT-TATAAAATAACGAAATA-AAGCCCCAGTGTGT------T
gi|5861 : ATTC-CG-GGGCATA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CT-A-AGT-AAC-GC--ACTC-TAA--AAAATAAC-AAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-C-TTGTA
gi|5862 : ATCAA-AATGAACT-GAG--CAAAG-G-AACAACGGAT-AAGCG-GTCT-CT--------ACTGC--ACTC-TAAATAAAATAACGAAACA-AA----C--------------GCC-TCC-CTTTG
blockSeqs : T TG A A C A G C A A GTGTTA T T T TA GC T G A AATT T T CA T TA GACGACAGT T A T CCCCCCCCAAA A G GT GC T GG AA GA A TCC C G GA ATT G G TA T CTG G TG T G CC A G A T C TAAGA A T CA T T A G GCCC TACATG T C
blockSeqs : T TG . . . . . . . . . . . . . T . . . GA . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . G G TA . . TA . CT . . T . C . . . . . TAAA . . . C A A . . . T .
blockSeqs : G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G TG . . TA . CT . . T . . . . . . . TAAC . . . T A A . . . . .
blockSeqs : C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G TA . . TA . CT . . A . . . . . . . TAAA . . . T A A . . . . .
blockSeqs : C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G TA . . TA . CT . . A . . . . . . . TAAA . . . C A A . . . . .
blockSeqs : G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A TA . . TA . CT . . T . . . . . . . TAAA . . . T A A . . . . .
blockSeqs : C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G TA . . TC . AC . . A . . . . . . . AAAA . . . T T A . . . . .
blockSeqs : C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G TA . . TA . CT . . T . . . . . . . TAAC . . . . A A . . . . .
blockSeqs : T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A G TA . . TC . GC . . C . . . . . . . TAA . . . . G A . . . . .
blockSeqs : T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G TA . . TA . GG . . T . . . . . . . TAC . . . . A A . . . . .
blockSeqs : T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A G AT . . AC . GC . . T . . . . . . . TAA . . . . A . . . . . .
blockSeqs : A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A TT . . TA . TT . . C . . . . . . . TA . . . . A . . . . . .
blockSeqs : T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T T . . AA . AT . . C . . . . . . . AC . . . . A . . . . . .
blockSeqs : T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . C . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTAAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
finalCons : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTAAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11111 1 1
lowQualScore : 5 77 2 2 2 1 1 1 2 2 555555 2 2 2 22 44 1 1 1 6666 1 1 22 1 44 888888888 2 2 2 00000000000 4 2 33 33 2 33 33 33 2 444 2 1 22 555 2 2 22 2 4444 1 22 1 2 55 2 2 2 2 2 00000 2 2 33 8 3 1 0 2 5555 0 777777 5 2
lowQualScore : . .. . . . . . . . . ...... . . . .. .. . . . .... . . .. . .. ......... . . . ........... . . .. .. . .. .. .. . ... . . .. ... . . .. . .... . .. . . .. . . . . . ..... . . .. . . . . . .... . ...... . .
lowQualScore : 8 77 2 2 0 9 9 9 0 0 888888 0 0 0 88 88 9 9 9 7777 9 9 55 9 55 000000000 0 0 1 00000000000 2 2 22 22 4 22 22 22 4 111 2 9 33 666 2 2 33 1 6666 9 88 6 1 00 1 1 1 1 1 22222 2 2 11 7 6 2 1 4 0000 9 777777 7 9
consensus : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTAAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
Reference ( family-672 ) : TTGCAATCGCTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTCTTAAATAAAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5836 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTAA-AGT-AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5837 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AGAAAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCT--AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTAA-AGT-AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5838 : TTGCAATTGTTT-GTT-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGG-CATGC-AACTCGCTAAT--TGA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---ATA-TCTTCAAGAG-AACAC-TGA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-G-ACCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-CGT-AAC-GC--ACTC-TAAATAAAATAACGAGTCA-GA----CAGTGAGT------TACCTTTT-CTTTGTA
gi|5839 : TTGCAATGGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-GAA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTTAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-AT----------------T-GAGTCTA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CTAA-AGT-AAC-GC--ACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TGCC-TCT-CTTTGTA
gi|5840 : TTGCATACGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TTTC-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAAATCA-CA-TAAG-C----AA-AGGGCATGC-ACATCGCTAAT--TAA-ATTCGGA-GAT---------A-AACCA-TC-----------AG-GTC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGAG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TC-TTC-CT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AAACACGGCTAAAGCG-GTCTCCTAA-AGT-AAC-GC--ACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5841 : TTGCAATCGTTT-GTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AAGGCATGT-AACTCGCTACT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--TGT--TAA--AAA-C---AGA-TTTTCAAGCA-AACAC-TAT-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AAAT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTAT-CTAA-AGT-AAC-AC--A
gi|5842 : TTGCAATGGTTTTGTG-TGA-CCTTCTACG-TCAT-GGAGGT-CA-AGA-A--CCTTT------TT-C-AT-GT-ACT--CT-CCAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-GGGCTATGCTAACTCGCT-AT--TAA-A-TCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AGAAAC-AGAGGTTA--ACG-GC---GT--TTA--AAA-C---GGA-TTTTCAAGCGAAACAC-TAA-T-AT----------------T-GAGTCTA-AA--AATTGGAGCCCAAAGAA-AACAAC-GCT-AAGCG-GTCT-CTAAGAGT-AAC-GCCAACTC-TAAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGGTT------TGCCTTCT-CTTTGTA
gi|5843 : TTGCAATCGTTT-GTG-TGAACCTTC-ACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------T--C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-AG--CATGC-AACTCCCTAAT--TAA-ATTCGA---AT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--TAA--AA--C---AGA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AC--AA
gi|5844 : TTGCA-TCGTTTTGT--TGA-CCTTCTACG-TCAC-AGAGGTGCA-GGAAG-CCCTTT------TC-C-ATGGT-A-T--C--CAA-CGGAAGTCA-CA-TAA--C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--G-T---------ATA-CCATTC-----------AG-AACGAGTG--GAGCACGTGCGGAGT--TAA--AAC-A---AGACTTTTCAAGCG-AATAC-TAAGTGATTTTATTATTCATTC-CTGGAATCTA-AA--AAAT-GAGC-CACAG-A-ATCAACGGCT-AA-CG-TTCT-CT-A-AGT--AC-GC--A--CCTAAAT-AAAT-ACGAAGCA-AA----CAGTGA
gi|5845 : TTGTAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGTT-CA-GGG-G-TCATTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-TAAA-C----AA-GAGGCATGC-GACTCGCTAAT--CAA-ATGCGC--GAT---------A-A-ATA-TC-----------AA-AAT-A
gi|5846 : TTGTAATTGCTT-TTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGTGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-GTGTT-CAT--T--CAAACGGAATTTA-CA-TAAA-C----AA-ATGGCACGC-AACTCGCTAAT--CAA-ATTCGC--AAT---------A-A-GCA-TC-----------AA-AA
gi|5847 : TTGCAATTGCTT-ATG-TGA-CCCTCTACG-TCAC-GGATGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT---ATGGT-ACT--C--C-AACGGAATTCG-AT-TAAA-C----AA-AGGGCATGG-AACTCACTAATCACAA-ATTCGC--GAT---------A-A-
gi|5848 : TTGCAAT-GTTT--TGATGA-CCTTCTACG-TTAC-ATAGAT-CACTCA-G-CTCTTT------TC-T-GTACT-ATT--C--CAAACTAAATTCA-CT-GAAA-C----AA-AACGCGTGC-AAACTGCAAAT--AAT-ATTTGG--
gi|5849 : TGCAATAGCTT-TGG-TGA-CCCTCTACA-GCAT-AGAGGT-CA-GGG-G-TCCTTT------TT-TTGTGGTTACT--CGCCAAACGAAATTCA-GGGTAAA-CGA--AA-AGGGCATAA-AACTTGCTAAT--TAA-ATTCGA--GAT---------A-A-ACA-TC-----------A---AT-AGGG--TC--ACG-AC--AGT--AAAGAAAA-C---AGA-TTTCCAAAC--AACGT---A-T-ATTTTCTTA-TCATTT-AC-GAATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAA-T-AACAACGGCC-AAGCG-ATCT-CAAA-AGT-AAT-GC--ACTCTT-AATAAAATAACGAAACA-GA----CAGTGAAT------TACC-TCC-CTTTG
gi|5850 : GCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACGGAATTCA-CA-CAAA-C----AA-AGGGCATGC-AACTCGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AG-AAC-AGGG--TA--ACG-GC--AGT--T-A--AAA-C---ATA-TTTTCAAGCG-AACAC-TAA-T-ATTTTATTA-TCATTC-CT-GAATCTA-AA--AA-T-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-G-CC-CTA------AAC-CT--ACTCTTTAAT-AAATAACGAAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-CTTTGTA
gi|5851 : GCAATTGCTT-ATG-TGA-CCTTCTACG-TTAC-GGAGGT-CA-GGA-G-CCCTTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACTGAATTCA-TA-TAAA-CAATTAA-AGGACATGC-AACTCACTAAT--TA
gi|5852 : CAGTTGCTT-TAC-TGA-GCTTCTATG-TCAC-AGAGGC---------------------------------ACT--C--CAAACGGAATTTA-AA-TAAA-C----AG-GGGGGATGC-AGATCGCT-------A-ATTCGGTAAAT---------A----TA-TC-----------AG-GAT-ATGT--TT--TTT-AC--AGT--AAA--ATG-T---GGA-T----AA-------AC-T-G-T-ATTT--CCA-TCATTC-GC-GTATCTA-AA--AACT-GAA--TAAAG-G-AACAGCAGAC-AAGCA-GTT-----A-CG--AAC-GG--ACAC-TAGATACAATAGCAAAACT-GA----CAGTGAAT------TAAA-TCC-CCTT
gi|5853 : TTCTACG-TCAC-AGGGGT-CA-GGA-A-CCCTTT------TT---GCGAT-ACT--C--CAAACGGAATTCATCA-----------AA-ATGACATGC-A-----TTAAT--TAATAT--GG--AATGACGACAGTA-A-CCA-CCCCCCCCCCAAAAA-AAA-AAAA--AA--ACA-AC--AAC--CAA--AAAAC---AGG-TTTTCATACG-AACGC-ATA-T-ATTTTCTCA-TTATTC-GG-GGATCTA-AA--AATT-GAG--CAAAT-G-AACAACGGAT-AAGCG-GTCT-C------T-AAC-AC--ACTA-TGAATAAAATAATGAAACA-AG----CAGTGAAT------TACA-TCC-CTTTG
gi|5854 : attgttatgcgggagcgcctaTTCTACGCTCACAGGAGGT-CA-GGA-AACTCTCTGTGTTATT-C-ATGGT-ACTTAC--CAAACGGAAGTAG-CA-TAAAAC----GATAGG--ATGC-AAGCCGCAGAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CCA-TC-----------AC-AAC-A-GG--TA--A-A-GA--AGT--TAA--TAC-C---ATA--TTTCAAACG---------------TTTATCC-TCA--------GATCAAGAA--AATT-GAG--AAAAA-AGAATAA-GGCG-AAGCGTGTCT-CT-A-CGTAAAC-GC--ACCTCTAAAAAGATTAACGAATCAGGA----CAGTGA-T------TACT-TCTCCTTTGTA
gi|5855 : ttattgccaTG-TGA-CCTTCTACG-TCAC-GGAGGT-CA-GG
gi|5856 : aCAC-AGAGAT-CA-GGC-G-CC-TTT------TT-C-ATGGT-ACT--C--CAAACAGAATTCA-CA-TAAT-C----AA-AGAGCATGC-AACTCGCTAA----AA--------------------------CA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--AC-----------------AA-C---AG------CAA--------------T-ATTT--TCA-TCATTCGC---------------ACT-GAG--CAAAG-A-AATAAAAGAT-AAGCA-GTTT-TTAA-
gi|5857 : TTTA-CA-TTAA-C----AC-TATGTATAC-AAATTGCAAAT--CAA-ATTCGC--AAT---------G-A-ACA-TC-----------AA-AAT-GGGA--TC--ATG-AC--AGTAATGA--AGA-CTCCATG-TTCTCA--TA-AATACATTA-T-ATGTACTTA-TCATTC-TT-GAATATA-TA--AACT-GAG--CAACG-G-AACAACGGAC-AAGCA-GTCT-C-A------AAT-GC--ACTCT--AATAAAATAACGAAACA-AA----Ccac
gi|5858 : CGCTAAT--TAA-ATTCGG--GAT---------A-A-CC--TC-----------AG-AAC-AAGG--TA--ATG-AC--AGT--TAA--AAA-C---AGA-TTT----------------A-T-ATTTTATTA-TCATTC-AT-GAATCTA-A
gi|5859 : A-TTTTCAAACT-AACAT-TTA-T-ATTTAATTA-TCAATC-AT-GAATCTA-AT--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-ATCT-CTAA-CGT-AAC-GC--ACTC-TAAATAAAATAACGAATCA-GA----CAGTGAATTACATGTACC-TCT-CTTTG
gi|5860 : TCA-TCATTC-AT-GAATCTT-AA--AACT-GAG--AAAAG-G-AACAACGGGT-AAGTG-GTCT-------AT-ATC-AC--ACTCTT-TATAAAATAACGAAATA-AAGCCCCAGTGTGT------T
gi|5861 : ATTC-CG-GGGCATA-AA--AATT-GAG--CAAAG-A-AACAACGGCT-AAGCG-GTCT-CT-A-AGT-AAC-GC--ACTC-TAA--AAAATAAC-AAGCA-AA----CAGTGAGT------TACC-TCT-C-TTGTA
gi|5862 : ATCAA-AATGAACT-GAG--CAAAG-G-AACAACGGAT-AAGCG-GTCT-CT--------ACTGC--ACTC-TAAATAAAATAACGAAACA-AA----C--------------GCC-TCC-CTTTG