lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 2 77 1 1 44 1 1 22 1 8888888 1 22 66666 22 1 1 44 5 22 1 1 1 22 1 1 1 1 6 44444 3 0000000000000000 1 22 1 1 3333 22
lowQualScore : . .. . . .. . . .. . ....... . .. ..... .. . . .. . .. . . . .. . . . . . ..... . ................ . .. . . .... ..
lowQualScore : 0 44 9 8 33 8 7 44 7 7777777 7 44 11111 44 7 7 11 2 44 7 7 7 44 7 7 7 7 4 55555 2 6666666666666666 6 22 6 6 4444 44
consensus : TAGAA-TAAA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
Reference ( gi|79977 ) : TAGAA-TGAA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAGAAGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79976 : TAGAA-TAAA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GGCCTCGTA
gi|79978 : TAGAA-TAAA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAA--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTCAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79981 : TAGAA-TATA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAGGAGCA-----TTTT-C----------------T-G--C-G-C----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79980 : TAGAA-TATA-TG-TTTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTT-TT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATA--GCCCTCGTA
gi|79979 : TAGAA-TAAT-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGCT--G-T-C--TTT-GAA--TTTC-TT-A-C--C-AATAATTCGAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79982 : TAGAC-TATA-TG-TTTTA--T-T-A--T-A-------A-GAT--AA-----TATGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79984 : TAGAA-TATA-TG-TTTTG--A-C-A--TTA-------C-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGAA--TTTT-TT-A-T--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAGAGACA-----TTTT-A----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79983 : TAGAA-TATA-TG-TTA-A--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTT-AT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAGAGGAA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79985 : TAGAA-TAAA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--ATTC-TT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAGAGGAA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79988 : TAGAA-TAAA-TC-GTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AAA----TGTGTT--GCG-C--TTT-GAG--CTTC-TT-A-C--A-AATAATTGAAA-A-AA-GAG-AGCA-----TTTT-CCTACCGTTTTTTTTGAT-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79990 : TAGAG-TAAA-TG-TTTTA--A-T-A--T-ATAA----A-GAT--AA-----TGTGTT--A-A-AA-TTT-TAA--TTTC-TT-A-C--A-AAT----TGAA-A-AA-TAG--GCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--GCCCTCATA
gi|79987 : TAGAA-TAAA-TG-TTTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-A-A--TTT-TAA--TTTCTTT-A-T----AATAATGTGAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTTGTA
gi|79986 : TAGAA-TAAA-TG-TTTAT--A-C-A--T-A-------A-AAT--AA-----TGTGTT--A-A-C--TTT-GAAAATTCT-TT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAGAGGAA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79991 : TAGAA-TATA-TG-TTTTA--G-C-A--T-A-------A-------------TGCGTT--G-G-C--TTT-GGA--TATT-TT-A-C--A-AATAATTCGAA-A-AA--AGAGTTA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--TCCCTCG
gi|79995 : TAGAA-TAAAATGCTTTTAG-A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGT-CT--G-A-C--TTT-TAA--ATTC-TT-A-CCAA-AATAATTCGAA-AGAA-GAGAA-CA-----TTTT-C----------------TTA--C-G-T----ATTTTTTGAAAG--GTC
gi|79992 : TAGAA-TAAA-TG-TTTAA--AAC-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-AACAATTT-TAA--TTTC-TTCG-T--ATAATAATGTGAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCATTGT
gi|79994 : TAGAAATATA-TC-TTTTA--A-C-A--T-ACATGGTAA-GGA--AA-----TGTGTT----A-C--TTG-GAT--TTTC-TT-A-A--A-AATAACTTGAAAA-AA-GAGATGCAGGCATTTTT-C----------------T-A--C-G-TATCAATTTTTTGAATGACGCCCTC
gi|79996 : AGAA-TAAA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAC--AG-----TGTGTT--G-C-A--TTT-TAA--TTCT-TT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AC-GAGAGACG-----TTGT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--ACCTTCGT
gi|79997 : AGAA-TAAA-TG-TTTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-A--TGT-GAA--TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-
gi|79998 : AA-TATA-TG-TCTTA--A-CCA--T-A-------ACGAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTAC-TT-C-C--A-AATAACTTTAA-A-GATGAGG-GCA-----TTTTTC----------------T-A--C-GGT----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79989 : A-TG-TTTTATAA-C-AATT-A-------A-GAT--AA-----TGTGTTTGA-A-C--TTT-GA---TTTC-TT-A-C--A-AATAATTTG-A-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--CGG-T----ATTTTTTGAATG--GCCGTCG
gi|79993 : tagatat-TTTTA--A-C-A--T-A-------C-AATGTAAGGATTTGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTTC-TT-AGC--A-AATAATTTGAA-A-AA-G-GAGGCA-----TTTTTC----------------T-AAAC-G-T----ATTTTGTGAATG--ACCCTCGTA
gi|79999 : tagaaatatgtc-A--T-A-------A-GGT--AA-----TGCGCT--G-A-C--TTT-GCA--TTTC-GT-A-C--A-AATGATATGAA-A-AA-GAGAGGCA-----TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTT-AATG--GTTCTCGTA
gi|80000 : T-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|80002 : ataatatgacgttaaataaaagagttatgacaaaagT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA
gi|80001 : aaatgT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 1 2 1 1 22 44 1 1 22 1 8888888 1 22 55555 22 1 1 44 5 22 1 1 22 3 1 1 1 3333 1 3 0000000000000000 1 22 1 1 3333 22
lowQualScore : . . . . .. .. . . .. . ....... . .. ..... .. . . .. . .. . . .. . . . . .... . . ................ . .. . . .... ..
lowQualScore : 7 3 7 7 44 11 7 7 33 7 3333333 7 33 88888 33 7 7 00 0 33 7 7 33 3 7 7 7 7777 7 1 2222222222222222 5 11 5 5 3333 33
consensus : TAGAA-TANA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
Reference ( family-671 ) : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79976 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GGCCTCGTA
gi|79977 : TAGAA-TGAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AAGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79978 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAA--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTCAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79979 : TAGAA-TAAT-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGCT--G-T-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--C-AATAATTCGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79980 : TAGAA-TATA-TG-T--TTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTTTT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATA--GCCCTCGTA
gi|79981 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----GAGCA-TTTT-C----------------T-G--C-G-C----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79982 : TAGAC-TATA-TG-T--TTTA--T-T-A--T-A-------A-GAT--AA-----TATGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79983 : TAGAA-TATA-TG-T--TA-A--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTTAT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79984 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTG--A-C-A--TTA-------C-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGAA--TTTTTT-A-T--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGACA-TTTT-A----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79985 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--ATTCTT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79986 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAT--A-C-A--T-A-------A-AAT--AA-----TGTGTT--A-A-C--TTT-GAAAATTCTTT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79987 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-A-A--TTT-TAA--TTTCTT---T--ATAATAATGTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTTGTA
gi|79988 : TAGAA-TAAA-TC-G--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AAA----TGTGTT--GCG-C--TTT-GAG--CTTCTT-A-C--A-AATAATTGAAA-A-AA-GAG----A-GCA-TTTT-CCTACCGTTTTTTTTGAT-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79989 : TAGA--TATA-TG-T--TTTATAA-C-AATT-A-------A-GAT--AA-----TGTGTTTGA-A-C--TTT-GA---TTTCTT-A-C--A-AATAATTTG-A-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--CGG-T----ATTTTTTGAATG--GCCGTCG
gi|79990 : TAGAG-TAAA-TG-T--TTTA--A-T-A--T-ATAA----A-GAT--AA-----TGTGTT--A-A-AA-TTT-TAA--TTTCTT-A-C--A-AAT----TGAA-A-AA-TAG------GCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--GCCCTCATA
gi|79991 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTA--G-C-A--T-A-------A-------------TGCGTT--G-G-C--TTT-GGA--TATTTT-A-C--A-AATAATTCGAA-A-AA--AG----AGTTA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--TCCCTCG
gi|79992 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAA--AAC-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-AACAATTT-TAA--TTTCTTCG-T--ATAATAATGTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCATTGT
gi|79993 : TAGAA--ATA-TG-TCTTTTA--A-C-A--T-A-------C-AATGTAAGGATTTGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTTCTT-AGC--A-AATAATTTGAA-A-AA-G-G----AGGCA-TTTTTC----------------T-AAAC-G-T----ATTTTGTGAATG--ACCCTCGTA
gi|79994 : TAGAAATATA-TC-T--TTTA--A-C-A--T-ACATGGTAA-GGA--AA-----TGTGTT----A-C--TTG-GAT--TTTCTT-A-A--A-AATAACTTGAAAA-AA-GAGATGCAGGCATTTTT-C----------------T-A--C-G-TATCAATTTTTTGAATGACGCCCTC
gi|79995 : TAGAA-TAAAATGCT--TTTAG-A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGT-CT--G-A-C--TTT-TAA--ATTCTT-A-CCAA-AATAATTCGAA-AGAA-GAG----AA-CA-TTTT-C----------------TTA--C-G-T----ATTTTTTGAAAG--GTC
gi|79996 : AGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAC--AG-----TGTGTT--G-C-A--TTT-TAA--TTCTTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AC-GAG----AGACG-TTGT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--ACCTTCGT
gi|79997 : AGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-A--TGT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-
gi|79998 : AA-TATA-TG-T--CTTA--A-CCA--T-A-------ACGAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTACTT-C-C--A-AATAACTTTAA-A-GATGAG-----GGCA-TTTTTC----------------T-A--C-GGT----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79999 : -A--T-A-------A-GGT--AA-----TGCGCT--G-A-C--TTT-GCA--TTTCGT-A-C--A-AATGATATGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTT-AATG--GTTCTCGTA
gi|80000 : T-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|80001 : ataatatgacgttaaataaaagagttatgacaaaagT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA
gi|80002 : aaatgT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 22 44 1 1 22 1 8888888 1 22 55555 22 1 1 44 5 22 3 1 22 1 1 1 1 3333 1 3 0000000000000000 1 22 1 1 3333 22
lowQualScore : . . . . .. .. . . .. . ....... . .. ..... .. . . .. . .. . . .. . . . . .... . . ................ . .. . . .... ..
lowQualScore : 7 0 7 7 44 11 7 7 33 7 3333333 7 33 88888 33 7 7 00 0 33 3 7 33 7 7 7 7 7777 7 1 2222222222222222 5 11 5 5 3333 33
consensus : TAGAA-TANA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
Reference ( family-671 ) : TAGAA-TANA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79976 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GGCCTCGTA
gi|79977 : TAGAA-TGAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AAGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79978 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAA--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTCAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79979 : TAGAA-TAAT-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGCT--G-T-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--C-AATAATTCGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79980 : TAGAA-TATA-TG-T--TTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTTTT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATA--GCCCTCGTA
gi|79981 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----GAGCA-TTTT-C----------------T-G--C-G-C----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79982 : TAGAC-TATA-TG-T--TTTA--T-T-A--T-A-------A-GAT--AA-----TATGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79983 : TAGAA-TATA-TG-T--TA-A--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTTAT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79984 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTG--A-C-A--TTA-------C-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGAA--TTTTTT-A-T--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGACA-TTTT-A----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79985 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--ATTCTT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79986 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAT--A-C-A--T-A-------A-AAT--AA-----TGTGTT--A-A-C--TTT-GAAAATTCTTT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79987 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-A-A--TTT-TAA--TTTCTTTA-T--A-A-TAATGTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTTGTA
gi|79988 : TAGAA-TAAA-TC-G--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AAA----TGTGTT--GCG-C--TTT-GAG--CTTCTT-A-C--A-AATAATTGAAA-A-AA-GAG----A-GCA-TTTT-CCTACCGTTTTTTTTGAT-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79989 : TAGA--TATA-TG-T--TTTATAA-C-AATT-A-------A-GAT--AA-----TGTGTTTGA-A-C--TTT-GA---TTTCTT-A-C--A-AATAATTTG-A-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--CGG-T----ATTTTTTGAATG--GCCGTCG
gi|79990 : TAGAG-TAAA-TG-T--TTTA--A-T-A--T-ATAA----A-GAT--AA-----TGTGTT--A-A-AA-TTT-TAA--TTTCTT-A-C--A-AAT----TGAA-A-AA-TAG------GCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--GCCCTCATA
gi|79991 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTA--G-C-A--T-A-------A-------------TGCGTT--G-G-C--TTT-GGA--TATTTT-A-C--A-AATAATTCGAA-A-AA--AG----AGTTA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--TCCCTCG
gi|79992 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAA--AAC-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-AACAATTT-TAA--TTTCTTCG-T--ATAATAATGTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCATTGT
gi|79993 : TAGAA--ATA-TG-TCTTTTA--A-C-A--T-A-------C-AATGTAAGGATTTGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTTCTT-AGC--A-AATAATTTGAA-A-AA-G-G----AGGCA-TTTTTC----------------T-AAAC-G-T----ATTTTGTGAATG--ACCCTCGTA
gi|79994 : TAGAAATATA-TC-T--TTTA--A-C-A--T-ACATGGTAA-GGA--AA-----TGTGTT----A-C--TTG-GAT--TTTCTT-A-A--A-AATAACTTGAAAA-AA-GAGATGCAGGCATTTTT-C----------------T-A--C-G-TATCAATTTTTTGAATGACGCCCTC
gi|79995 : TAGAA-TAAAATGCT--TTTAG-A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGT-CT--G-A-C--TTT-TAA--ATTCTT-A-CCAA-AATAATTCGAA-AGAA-GAG----AA-CA-TTTT-C----------------TTA--C-G-T----ATTTTTTGAAAG--GTC
gi|79996 : AGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAC--AG-----TGTGTT--G-C-A--TTT-TAA--TTCTTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AC-GAG----AGACG-TTGT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--ACCTTCGT
gi|79997 : AGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-A--TGT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-
gi|79998 : AA-TATA-TG-T--CTTA--A-CCA--T-A-------ACGAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTACTT-C-C--A-AATAACTTTAA-A-GATGAG-----GGCA-TTTTTC----------------T-A--C-GGT----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79999 : -A--T-A-------A-GGT--AA-----TGCGCT--G-A-C--TTT-GCA--TTTCGT-A-C--A-AATGATATGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTT-AATG--GTTCTCGTA
gi|80000 : T-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|80001 : ataatatgacgttaaataaaagagttatgacaaaagT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA
gi|80002 : aaatgT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA
blockSeqs : A A A C CT TA A C AT T CATGGTA C GT GGATT TG C A AA T AA T G CA T A G T ATGC T T CTACCGTTTTTTTTGA T AA G G ATCA AC
blockSeqs : . A . . . G . . . . TAA . . A . . . A T . C . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAGAA-TANA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
finalCons : TAGAA-TANA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 22 44 1 1 22 1 8888888 1 22 55555 22 1 1 44 5 22 3 1 22 1 1 1 1 3333 1 3 0000000000000000 1 22 1 1 3333 22
lowQualScore : . . . . .. .. . . .. . ....... . .. ..... .. . . .. . .. . . .. . . . . .... . . ................ . .. . . .... ..
lowQualScore : 7 0 7 7 44 11 7 7 33 7 3333333 7 33 88888 33 7 7 00 0 33 3 7 33 7 7 7 7 7777 7 1 2222222222222222 5 11 5 5 3333 33
consensus : TAGAA-TANA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
Reference ( family-671 ) : TAGAA-TANA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79976 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GGCCTCGTA
gi|79977 : TAGAA-TGAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AAGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79978 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAA--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTCAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79979 : TAGAA-TAAT-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGCT--G-T-C--TTT-GAA--TTTCTT-A-C--C-AATAATTCGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79980 : TAGAA-TATA-TG-T--TTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTTTT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATA--GCCCTCGTA
gi|79981 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----GAGCA-TTTT-C----------------T-G--C-G-C----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79982 : TAGAC-TATA-TG-T--TTTA--T-T-A--T-A-------A-GAT--AA-----TATGTT--G-A-C--TTT-GGA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79983 : TAGAA-TATA-TG-T--TA-A--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--TTTTAT-A-C--A-AATAATTTGGA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79984 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTG--A-C-A--TTA-------C-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGAA--TTTTTT-A-T--A-AATAATTTGAA-A-AA-GAG----AGACA-TTTT-A----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79985 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTT-GAA--ATTCTT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79986 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAT--A-C-A--T-A-------A-AAT--AA-----TGTGTT--A-A-C--TTT-GAAAATTCTTT-A-C--C-AATACTTTGAA-A-AA-GAG----AGGAA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAAT
gi|79987 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-A-A--TTT-TAA--TTTCTTTA-T--A-A-TAATGTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCCTTGTA
gi|79988 : TAGAA-TAAA-TC-G--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AAA----TGTGTT--GCG-C--TTT-GAG--CTTCTT-A-C--A-AATAATTGAAA-A-AA-GAG----A-GCA-TTTT-CCTACCGTTTTTTTTGAT-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79989 : TAGA--TATA-TG-T--TTTATAA-C-AATT-A-------A-GAT--AA-----TGTGTTTGA-A-C--TTT-GA---TTTCTT-A-C--A-AATAATTTG-A-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--CGG-T----ATTTTTTGAATG--GCCGTCG
gi|79990 : TAGAG-TAAA-TG-T--TTTA--A-T-A--T-ATAA----A-GAT--AA-----TGTGTT--A-A-AA-TTT-TAA--TTTCTT-A-C--A-AAT----TGAA-A-AA-TAG------GCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--GCCCTCATA
gi|79991 : TAGAA-TATA-TG-T--TTTA--G-C-A--T-A-------A-------------TGCGTT--G-G-C--TTT-GGA--TATTTT-A-C--A-AATAATTCGAA-A-AA--AG----AGTTA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--TCCCTCG
gi|79992 : TAGAA-TAAA-TG-T--TTAA--AAC-A--T-A-------A-GAT--AG-----TATGTA--G-AACAATTT-TAA--TTTCTTCG-T--ATAATAATGTGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTGT-C----------------A-A--C-G-T----A-TTTTTGAATG--GCCATTGT
gi|79993 : TAGAA--ATA-TG-TCTTTTA--A-C-A--T-A-------C-AATGTAAGGATTTGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTTCTT-AGC--A-AATAATTTGAA-A-AA-G-G----AGGCA-TTTTTC----------------T-AAAC-G-T----ATTTTGTGAATG--ACCCTCGTA
gi|79994 : TAGAAATATA-TC-T--TTTA--A-C-A--T-ACATGGTAA-GGA--AA-----TGTGTT----A-C--TTG-GAT--TTTCTT-A-A--A-AATAACTTGAAAA-AA-GAGATGCAGGCATTTTT-C----------------T-A--C-G-TATCAATTTTTTGAATGACGCCCTC
gi|79995 : TAGAA-TAAAATGCT--TTTAG-A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGT-CT--G-A-C--TTT-TAA--ATTCTT-A-CCAA-AATAATTCGAA-AGAA-GAG----AA-CA-TTTT-C----------------TTA--C-G-T----ATTTTTTGAAAG--GTC
gi|79996 : AGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAC--AG-----TGTGTT--G-C-A--TTT-TAA--TTCTTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AC-GAG----AGACG-TTGT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTTAATG--ACCTTCGT
gi|79997 : AGAA-TAAA-TG-T--TTTA--A-C-A--T-A-------A-GAT--AA-----TGTGTT--G-A-A--TGT-GAA--TTTCTT-A-C--A-AATAATTTGAA-A-AA-
gi|79998 : AA-TATA-TG-T--CTTA--A-CCA--T-A-------ACGAT--AA-----TGTGTT--G-A-C--TTTTGGA--TTACTT-C-C--A-AATAACTTTAA-A-GATGAG-----GGCA-TTTTTC----------------T-A--C-GGT----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|79999 : -A--T-A-------A-GGT--AA-----TGCGCT--G-A-C--TTT-GCA--TTTCGT-A-C--A-AATGATATGAA-A-AA-GAG----AGGCA-TTTT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTT-AATG--GTTCTCGTA
gi|80000 : T-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAATG--GCCCTCGTA
gi|80001 : ataatatgacgttaaataaaagagttatgacaaaagT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA
gi|80002 : aaatgT-C----------------T-A--C-G-T----ATTTTTTGAACG--GCCCTCGTA