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lowQualScore                  :        ... ...   .    .   .    ... ..  . .... .. .      .. ... ...  . .  .   ....   .  .  . ... ......  ...................  . .. . . ..   .. .  ....... . . .  . . .  ..  . .......... .. . . . .. .    .      ..  . .    . . .  ...  . . .   ..   ..  .......  ... . .. . ... ....   . .  .   ...........    .....       
lowQualScore                  :        222 111   6    5   7    999 66  7 2222 33 3      33 999 666  7 3  0   5555   3  7  6 888 666666  2222222222222222222  7 00 3 7 00   33 3  4444444 7 7 7  7 3 7  33  5 3333333333 11 5 7 5 00 8    5      44  7 7    7 5 7  333  7 7 7   44   44  0000000  000 7 44 7 222 5555   8 6  8   55555555555    44444       
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Reference ( gi|68693 )        : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GT-G----A--T-CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACG-AA-GA-C---A----T-TG---T-----A--TA-----TA-G--A-C-T--GCG--C-TT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATAT-CCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-GC---TT-T-C-TTT--CAC--AC------TTC---T-T--A-T---G---CGTG-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
gi|68692                      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GT-G----A--T-CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAAA-GA-C---A----T-TG---T-----A--TA-----TA-G--A-C-T--GCG--CTTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-T--A-ATAT-CCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-GCT--TT-T-C-TTT--CAC--AC------ATC---T-T--A-T---G---AGTG-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
gi|68694                      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GT-G----A--T-CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT----ACG-AG-GA-C---A----T-TG---T-----A--TA-----TA-G--A-C-T--GCG--C-TG-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATAT-CCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-GCT--TT-T-C-TTT--CAC--ACA-----TGC---T-T--A-T---G---AGTG-A-AA-TAA-----------AAAACAAACAAAAAAA
gi|68695                      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GT-G----A--T-CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACG-AA-GA-C---G----T-TG---T-----A--TAT----TA-G--ACC-T--GCG--CTTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATAT-CCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-TT---TTAT-T-TTT--CAC--AC------ATC---T-T--A-T---G---AGTG-A-AA-TAA-----------AAAC-----AAAAAAA
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gi|68696                      : TTGCCCG---T---GCT-AAAAATCA-ACAA---A--GT-GG---A--T-CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT----ACG-AA-GA-C---A----T-TG---------A--TA-----TA-G--A-C-T--GCG--C-TT-------A-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATATCCCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-G----TT-T-C-TTT--CAC--AC------ATC---T-T--A-T---G---AGTG-A-AA-TAA-----------AAAA-----AA
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gi|68699                      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GT-G----A----CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT----ACG-AA-GA-C---A----T-TG---T-----A--TA-----TA-G--A-C-T--GCG--C-TT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G---T-C--A-ATAT--CCCTC--AA-G-GCAA-A-T-GCT--TT-T-C-TTT--CAC--AC-----------------A-T---A---AA-A-A-AA-CAC-----------AAAA-----ACAAAAA
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gi|68700                      : TTGCACGACGT---GCT-AAA--TCA-AACA---A--GT-G----A--T-CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACG-AA-AA-C---A----T-TG---TA----A--TA-----TA-G--A-C-T--GCG--C-TT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--GTT-T-C--A-ATTT-CCCTAA--AA-G-GCAA-A-T-GCTT-TT-T-C-TTT--CAC--AC------ATG---T-T--A-T---G---AGTG-AGAA-TAA-----------AAAA-----
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gi|68705                      : TTGCACGG--T---GCC-GAAA-ACACGCAA---A--GT-G----A--T-CAGCAC--G---TA--TTGT-TG-TTTGT--AAC-AA-GA-C---G----T-TGA--T-----A--TAA----TA-G--A-C----GC---C-TG-------G-C-C-AC-TGT-GA--TA-G-------------G-T-T-CC-A-ATAT-CCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-GC---TT-T-C-TTT--CAC--AA-------TC---T------T---G---AGTG-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAA
gi|68706                      : TTGCAGG---T----CT-AAAA-TCA-AAAA---AT-GT-G----A--T-CAGCAC--G---C---TT-T-TGTTTT-T--ACG-AA-GA-C---AAT--T-TG---------A--TA-----TA-G--A-C-TG-GCG--C-TT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-GC---------T--GTT-T-C--A-ATAT---------------CAA-A-T-GCTT-TT-T-C-TTT--CAC--AC------ATC---T-T--AGT---G---TGTG-A-AA-TCA-----------A
gi|68707                      : TTG-ACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---AC-GT-AT---A--TCCAGCAC--G---T---TT-TGTT-TTT-T--ACGAAA-GA-C---A----T-TG---TTAATCA--TAAT---CA-G--A-C-TAAGCGACT-TT-------G-CAC-AC-T-T-GA--TA-GGCTTTGTGATT--G-T-C-C--A-A-ATCCCCCTC--AAGG-GCAA-A-T-GCTCTTT-T-CTTTT--CAC--AC------TTC---T-T--A-T---G---AGTG-A-AATTAAT----------AAAA-----ACAAAAA
gi|68708                      : TTGCACG---T---GCTTAAAACTCA-ACAA---A--GT-G----ATTT-CAGCACGGG---T---TT-T-TG-TTT-TA-ACA-AA-AA-C---A----T-TG---TTGTG-A--T------TA-G--A-C-T--GCG--C-TT---------T-C-AC-T-T-GA--
gi|68709                      :  TGCACG---TAGTGCT-AAAA-T-A-ACAA---GAGGG-G----A--T-CAGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-TGTACG-AA-GA-C---A----T-TG---T-----A---A-----TA-GTAA-CAT--GCG--C-TT-------G-C-C-AC-C-T-GA--TA-G----------TT-G-T-TTC--A-ATAT-CCC-TC--AA-G--CAA-A-T-GC---TT-TTC-TTT--CAC--AC------ATC---T-T--A-T---G---AGTGAA-AA-TAA-----------AAAACC---AAAAAAA
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gi|68711                      :  TGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--AT-G----A--T-CAGCAG--G---G---TT-T-TG-TTT-T--ACG-AA-GA-C---A----
gi|68712                      :  TGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-AC-----A--GT-G----A--T-CAGCAC--G---TATATT-T-GA-GGT-T--ACG-AAGGA-CGGTG----T-TG---T-----A--TA-----TA-G--T-C-T--G-G--C-TT-------GAG-T-AC-A-T-G---TA-G----------T--G-T-T-
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Alignments
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lowQualScore                  :        555 666   3    5   1    222 55   1111 22  3     22 222 444  1 3  1   0000     4  1 222 5555 3  666666666666666666 1  33 1 3 55   22   8888888 1 1 1  1 3 1  22  3 0000000000 22 5 1 1 77 1        5  22   1 1   1 3 1  3 22   3   3   22   1 1 444444 1 44 3 1  222 1 222 1 3  1   00000000000    77777       
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Reference ( family-669 )      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-C---A----T-TG-T-----A---TA-----T-AG--A-C-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
gi|68692                      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAAAGA-C---A----T-TG-T-----A---TA-----T-AG--A-C-T--GCG--CTTT------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-T--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
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gi|68705                      : TTGCACGG--T---GCC-GAAA-ACACGCAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---TA--TTGT-TG-TTTGT--AACAA-GA-C---G----T-TGAT-----A---TAA----T-AG--A-C----GC---CTG-------G-C-C-AC-TGT-GA--TA-G-------------G-T-T-CC-A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC----TTTCTTT-CAC--A-A-T-C------T------T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAA
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Reference ( family-669 )      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-C---A----T-TG-T-----A---TA-----T-AG--A-C-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
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gi|68698                      : TTGCACG---C---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-TT-ACGGA-GA-C---A----T--G-T-----A---TA-----T-AG--ATC-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T--A--TA-G----------T------T-C--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-A-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-TA-A-T-GA---------G-G-AA-TAA-----------AAAA-----AAAA
gi|68699                      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A---C-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT----ACGAA-GA-C---A----T-TG-T-----A---TA-----T-AG--A-C-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G---T-C--A-ATAT-CCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T------------------A---A-A---A-A-AA-CAC-----------AAAA-----ACAAAAA
gi|68700                      : TTGCACGACGT---GCT-AAA--TCA-AACA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-AA-C---A----T-TG-TA----A---TA-----T-AG--A-C-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--GTT-T-C--A-ATTTCCCT-AA--AAG-G-CAA-A-T-GCTT--TTTCTTT-CAC--ACA-T-G------T-T--A-T-GA---G-T---G-AGAA-TAA-----------AAAA-----
gi|68701                      : TTGCACG---TT--GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTGG---A--TC-AGCAC--G---T---TT-T--G-TTT-T--ACGAA--A-C---A----TGTA-T-----A---TA-----T-AG--C-C-C--GCG---TT-------A-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-CA-A-ATATCCCC-TC--AA--G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GAGTCG-T---G-A-AA-TAA-----------ACAA-----AAAACAA
gi|68702                      : TTGCATG---T---GCTTAAAA-TCA-ACAA---A--GT-----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-T---G----T-TG-T-----A---TA-----T-AT--G-C-TT-GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TT-G----------T--G-C-TGC--A-ATATCCCC-TC---AG-C-CAA-ATT-GC-T--TTTTTTT-C-C--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---A-G---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----ACAA
gi|68703                      : TTACACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-CA-C---AAGTGT-TG-----------TA-----T-AGC-A-C-T--GCG--CTT-------T-C-C-AC-TAT-GA--TA-G----------T--G-GAT-C--A-ATATCCCC-TC--AAT-G-CAA-A-T-GC-T--TTT-TTT-CAC--GCA-T-C------T-T--A-T------G-C---G-A-GA-TAA-----------AAAA-----
gi|68704                      : TTGCACG---T---GCT-AAA--TGA-ACAA---A--ATGTCAGA--TC-AACAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ATGAA-GA-C---A----G-TG-TT----G---TG-----T-AG--A-C-T--GCG--CTA-------G-C-C-AC-T-C-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTT-TTT-CAC--ATA-T-C-------------T-GA---G-T---G-G-GA-TAACCCCCCCCCCCAAAA-----AAAAA
gi|68705                      : TTGCACGG--T---GCC-GAAA-ACACGCAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---TA--TTGT-TG-TTTGT--AACAA-GA-C---G----T-TGAT-----A---TAA----T-AG--A-C----GC---CTG-------G-C-C-AC-TGT-GA--TA-G-------------G-T-T-CC-A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC----TTTCTTT-CAC--A-A-T-C------T------T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAA
gi|68706                      : TTGCAGG---T----CT-AAAA-TCA-AAAA---AT-GTG----A--TC-AGCAC--G---C---TT-T-TGTTTT-T--ACGAA-GA-C---AAT--T-TG-------A---TA-----T-AG--A-C-TG-GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-GC---------T--GTT-T-C--A-ATAT---------------CAA-A-T-GCTT--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--AGT-GT---G-T---G-A-AA-TCA-----------A
gi|68707                      : TTG-ACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---AC-GTAT---A--TCCAGCAC--G---T---TT-TGTT-TTT-T--ACGAAAGA-C---A----T-TG-TTAATCA---TAAT---C-AG--A-C-TAAGCGACTTT-------G-CAC-AC-T-T-GA--TA-GGCTTTGTGATT--G-T-C-C--A-A-ATCCCCCTC--AAG-GGCAA-A-T-GC-TCTTTTCTTTTCAC--ACT-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AATTAAT----------AAAA-----ACAAAAA
gi|68708                      : TTGCACG---T---GCTTAAAACTCA-ACAA---A--GTG----ATTTC-AGCACGGG---T---TT-T-TG-TTT-TA-ACAAA-AA-C---A----T-TG-TTGTG-A---T------T-AG--A-C-T--GCG--CTT---------T-C-AC-T-T-GA--
gi|68709                      :  TGCACG---TAGTGCT-AAAA-T-A-ACAA---GAGGGG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-TGTACGAA-GA-C---A----T-TG-T-----A----A-----T-AGTAA-CAT--GCG--CTT-------G-C-C-AC-C-T-GA--TA-GT---------T--GTT-T-C--A-ATAT-CCC-TC--AA--G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---GAA-AA-TAA-----------AAAACC---AAAAAAA
gi|68710                      :  TGCACG---TT--GCT-AAAA-TCA-ACAA---A---TGC---A--TCCAGCAC--A---T---TT-T-TA-TTT-TT-ACGGA-GA-C---A----C-TG-T-----TCTTTA-----T--G--A-C-T--GTG--CTT-------G-C-C-ACGT-T-GA--TT-G----------T--G-T---C--A-ATATCCCC-TTCAAAG-G-CAA-A-TAGC-T--TTTCTTC-CAC--ACA-T-C------TGTCAA-A-GA---G-T---G-ACGA-GAA-----------AAAA-----AA
gi|68711                      :  TGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--ATG----A--TC-AGCAG--G---G---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-C---A----
gi|68712                      :  TGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-AC-----A--GTG----A--TC-AGCAC--G---TATATT-T-GA-GGT-T--ACGAAGGA-CGGTG----T-TG-T-----A---TA-----T-AG--T-C-T--G-G--CTT-------GAG-T-AC-A-T-G---TA-G----------T--G-T-T-
gi|68713                      :   GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTA----A--TC-AGCAT--G---A---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-C---A----T-TG-TTGT--A---TG-----T-AG--G-C-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATATCCCC-TT--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTTTTTCCAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAttcacacatctatatgtccgagaaatgtaaaaaaaaa
gi|68714                      :                CT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A---G-AGCAC--GCTAT---TA-T-TG-TTT-TA-ACGAA-GAGC---A------TG-T-----A----ACT---T-AG--A------GCG--TTT-------G-C-CTAC-T-T-GA--TACG----------TTGA-T-T-CA-A-ATAT---A-TC--AAATG-TGATA-T--T-T--CTTCTTT--AC--ATA-T-C------T-T--A---AA---A-T---G-A-AG-T
gi|68715                      :                           -ACAATTCA--ATA----A--TC-AACAC--G---T---TT-T-TG-TTT-G--ATGAC-GC-C---A----T-TG-------A---TGAG---T-AG--A-C-T--GCG--CTA-------G-C-C-AT-T-C-GA--TA-G----------T--C-T-T-C--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TT--TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-G-GA-TAA-----------AACA-----AAAAAA
gi|68716                      :                               A---A--ATG----A-----AACAC--G---T---TT-TTTG-TTT-T--ATGAA-GG-C---A----TGTG-T-----T---TGAGTGCT-TG--A-C-T--GCG--TTTCTTTACAG-C-C-AA-T-TCGACTCACG----------T--G-T-T-CAAA-ATATCCCT-CT--AAG-G-CAA-G-T--C-T--CTT-TTT-CACTTACA-T-C------T-C--GTT-AA---G-TTGGG-A-TA-TAA-----------AACA-----AAAA
gi|68717                      :                                                                                         -C---A----T-GG-T-----A---CA-----T-GG--G-C-----CG--TTT-------G-C---AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--ACATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-ATT-GC-T--TTT-TCT-CAC--ACATT-C------T-G--A-TCGA---GCT---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
gi|68718                      :                                                                                                                                                                                                         C-TC--AAT-G-CAA-A-T-GC-T--TTT-TTT-CAC--GCA-T-CGTATTGT-T--A-T-TA---G-T---G-A-GA-TAG-----------AAAA-----AA


blockSeqs                     :        ACG AGT   T    A   C    TTC AG   TCAG TT  C     GG CTA ATA  G G  T   TGT      A  G GGT AGTG G  TTAATCATAAT        T  TA T C AA   AC   CTTTACA A A T  G A C  CT  C GCTTTGTGAT TG T A G AA C        C  CA   T G   T T A  T CT   C   T   TT   T G GTATTG G CA G C  GTC C TGG A G  T   CCCCCCCCCCC    CAAAC
blockSeqs                     :        G   T     T    A   .    .   T    G    .   C     .  .   A    . T  .   TT       G  . .   AT   G  TTTGAGTGC          .  C  . A T    .    T       . . .  . G .  .   C C          .  T . . A  .        C  .    . .   . T .  T .    C   C   .    . . .      . A  T .  .   . .   . C  .   T              CC   
blockSeqs                     :        .   T     .    C   .    .   C    G    .   .     .  .   .    . .  .   GT       .  . .   .    .  TTGTGAT            .  .  . . G    .    .       . . .  . . .  .   . T          .  T . . C  .        C  .    . .   . . .  . .    T   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    G    .   .     .  .   .    . .  .   TA       .  . .   .    .  TTCTTTA            .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . A  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    T    .   .     .  .   .    . .  .   TT       .  . .   .    .  TTGTATG            .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    C    .   .     .  .   .    . .  .   TA       .  . .   .    .  ATATAA             .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TAATA              .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TTGTG              .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TAACT              .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  ATGAG              .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    T   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    T   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    C   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  TATA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    .   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   G        .  . .   .    .  TACA               .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    .   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   T        .  . .   .    .  ATA                .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    .   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :        .   .     .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   .        .  . .   .    .  ATA                .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    .   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .              .    
blockSeqs                     :                  .    .   .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   .        .  . .   .    .  ATA                .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . . .  .        .  .    . .   . . .  . .    .   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .   .                   
blockSeqs                     :                           .    .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   .        .  . .   .    .  TAA                .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .   . .          .  . . .             .  .    . .   . . .  . .    .   .   .    . . .      . .  . .  .   . .   . .  .                       
blockSeqs                     :                                .   .    .    .   .     .  .   .    . .  .   .        .  . .   .    .  TA                 .  .  . . .    .    .       . . .  . . .  .                                                                                                                                          
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Reference ( family-669 )      : TTGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-C---A----T-TG-T-----A---TA-----T-AG--A-C-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
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gi|68707                      : TTG-ACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---AC-GTAT---A--TCCAGCAC--G---T---TT-TGTT-TTT-T--ACGAAAGA-C---A----T-TG-TTAATCA---TAAT---C-AG--A-C-TAAGCGACTTT-------G-CAC-AC-T-T-GA--TA-GGCTTTGTGATT--G-T-C-C--A-A-ATCCCCCTC--AAG-GGCAA-A-T-GC-TCTTTTCTTTTCAC--ACT-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AATTAAT----------AAAA-----ACAAAAA
gi|68708                      : TTGCACG---T---GCTTAAAACTCA-ACAA---A--GTG----ATTTC-AGCACGGG---T---TT-T-TG-TTT-TA-ACAAA-AA-C---A----T-TG-TTGTG-A---T------T-AG--A-C-T--GCG--CTT---------T-C-AC-T-T-GA--
gi|68709                      :  TGCACG---TAGTGCT-AAAA-T-A-ACAA---GAGGGG----A--TC-AGCAC--G---T---TT-T-TG-TTT-TGTACGAA-GA-C---A----T-TG-T-----A----A-----T-AGTAA-CAT--GCG--CTT-------G-C-C-AC-C-T-GA--TA-GT---------T--GTT-T-C--A-ATAT-CCC-TC--AA--G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---GAA-AA-TAA-----------AAAACC---AAAAAAA
gi|68710                      :  TGCACG---TT--GCT-AAAA-TCA-ACAA---A---TGC---A--TCCAGCAC--A---T---TT-T-TA-TTT-TT-ACGGA-GA-C---A----C-TG-T-----TCTTTA-----T--G--A-C-T--GTG--CTT-------G-C-C-ACGT-T-GA--TT-G----------T--G-T---C--A-ATATCCCC-TTCAAAG-G-CAA-A-TAGC-T--TTTCTTC-CAC--ACA-T-C------TGTCAA-A-GA---G-T---G-ACGA-GAA-----------AAAA-----AA
gi|68711                      :  TGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--ATG----A--TC-AGCAG--G---G---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-C---A----
gi|68712                      :  TGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-AC-----A--GTG----A--TC-AGCAC--G---TATATT-T-GA-GGT-T--ACGAAGGA-CGGTG----T-TG-T-----A---TA-----T-AG--T-C-T--G-G--CTT-------GAG-T-AC-A-T-G---TA-G----------T--G-T-T-
gi|68713                      :   GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTA----A--TC-AGCAT--G---A---TT-T-TG-TTT-T--ACGAA-GA-C---A----T-TG-TTGT--A---TG-----T-AG--G-C-T--GCG--CTT-------G-C-C-AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--A-ATATCCCC-TT--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTTTTTCCAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAttcacacatctatatgtccgagaaatgtaaaaaaaaa
gi|68714                      :                CT-AAAA-TCA-ACAA---A--GTG----A---G-AGCAC--GCTAT---TA-T-TG-TTT-TA-ACGAA-GAGC---A------TG-T-----A----ACT---T-AG--A------GCG--TTT-------G-C-CTAC-T-T-GA--TACG----------TTGA-T-T-CA-A-ATAT---A-TC--AAATG-TGATA-T--T-T--CTTCTTT--AC--ATA-T-C------T-T--A---AA---A-T---G-A-AG-T
gi|68715                      :                           -ACAATTCA--ATA----A--TC-AACAC--G---T---TT-T-TG-TTT-G--ATGAC-GC-C---A----T-TG-------A---TGAG---T-AG--A-C-T--GCG--CTA-------G-C-C-AT-T-C-GA--TA-G----------T--C-T-T-C--A-ATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TT--TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-G-GA-TAA-----------AACA-----AAAAAA
gi|68716                      :                               A---A--ATG----A-----AACAC--G---T---TT-TTTG-TTT-T--ATGAA-GG-C---A----TGTG-T-----T---TGAGTGCT-TG--A-C-T--GCG--TTTCTTTACAG-C-C-AA-T-TCGACTCACG----------T--G-T-T-CAAA-ATATCCCT-CT--AAG-G-CAA-G-T--C-T--CTT-TTT-CACTTACA-T-C------T-C--GTT-AA---G-TTGGG-A-TA-TAA-----------AACA-----AAAA
gi|68717                      :                                                                                         -C---A----T-GG-T-----A---CA-----T-GG--G-C-----CG--TTT-------G-C---AC-T-T-GA--TA-G----------T--G-T-T-C--ACATATCCCC-TC--AAG-G-CAA-ATT-GC-T--TTT-TCT-CAC--ACATT-C------T-G--A-TCGA---GCT---G-A-AA-TAA-----------AAAA-----AAAAAAA
gi|68718                      :                                                                                                                                                                                                         C-TC--AAT-G-CAA-A-T-GC-T--TTT-TTT-CAC--GCA-T-CGTATTGT-T--A-T-TA---G-T---G-A-GA-TAG-----------AAAA-----AA