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lowQualScore                  :      .     .    ......... .. ..    .. .   . .    .. .  .. ...     ....... . .. . ..  .. ......... ... . . ........ . . . . .  .... .  .. ............ ...     .  .  .   ... . .  . ..  .  .............. ..... .   ..   .  . ..  .  .   ..  .    ...   .        
lowQualScore                  :      7     5    222222222 55 55    11 6   8 8    55 8  66 222     2222222 2 77 1 11  11 222222222 777 5 6 88888888 1 1 5 5 5  8888 5  77 999999999999 222     5  5  7   888 6 6  2 11  5  77777777777777 22222 5   00   5  5 55  5  5   11  6    888   9        
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Reference ( gi|98521 )        : AATTC-CTATA-GTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-TG-TC--A---ATTGT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TT------GT-A-A-T-T-GT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GC--------------A-----A-TAA--ACC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCATTTCCTTAA
gi|98522                      : AATTC-CTATT-GTGA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--ATTAATTGT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TT------TT-A-A-T-T-GT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GC--------------A-----A-TAA--ACC-AC-G--TGAAT-A-C--AC-GCAA---TCATTTCCTTAA
gi|98523                      : AATTC-CTATA-GTAA---------A--G---TAA--C-TTG-GGTAAA-CG-TCCAA---ATTAT-------G-A--C-G--TC------------T---G-A-TT------TTTA-A-T-T-GT----GCAT--G------------T---CATAA-TT-TTTCCC-G-T-A-CT-A--AAAGC--------------A-----A-TAA--ACC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98525                      : AATTC-CTATA-GTAA------------G--GTAA--C-TTG-G-TAAAACG-TC--A---ATTAT-------G-A--CTG--TC--A---------T---G-AATT------TT-A-A-T-T-GT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCCTT-T-A-CT-AGGGA-GC--------------A-----A-TAA--ATC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GC-A---TCAGTTCCTTA
gi|98526                      : AATTC-CTATT-GTAA---------A--G--GTAA----TTG-G-TAAA-CG-CC--A---ATTAT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-------T-A-A-T-TTGT----G-AT--G------------T---CACAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GC--------------A-----A-TAA--ACCGAC-G--TG-GA-AAC--AC-GCAA----CACTTCCT
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gi|98528                      : AATTC-CTATA-GTTA---------A--ATTGTAAGGC-TTG---TAAA-CGCTC--A---ATTGT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TT------TT-----T-T--T----G-AC--T------------T---CATAA-CT-TT-CCC---T-A-CT-A--AA-GC--------------A-------TAA--AC--AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98529                      : AATTC-CTAAA-GTAATGTCACAAAA--G--GTAAA-C-TTG---TAAA-CA-TC--A---ATT-T-------GTA--C-G--TC--A---------T---G-A-TA------TT-G-A-T-T-GT----G-AT--G------------T---CATAA-TG-TT-CCA-GAT-A-CTAA--AA-GC--------------A-----A-TAA--A-C-AC-G--TA-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98530                      : AATTC-CTAAA-GTAA---------A--G--GTAA--CTTTT-G-TAAA-CG-TC--AAT-ATTAT-------G-AAGC-G--TCAAA---------T---G-ATTT------TT-A-A-T-T-GT------ATG-G------------T---CATAACTT-TT-CCC-G-T-ATTT-A--AA-GCAATAAACCAACGTGA-----A-TAA--ACC-AC-A--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
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gi|98527                      : AATTC-CT-TATGTAA---------ATAGC-GTAA--TATTG-G-TAA--CG-CC--A---ATTAT-------G-AT-C-G--TC--A---------T---ATA-CT------GTTA-A-T-T-GTT---G-ATCCG------------TT--CACAT-CT-TT-CCCTG-T-A-CT-A--AC-GC--------------A-----A-TAA--ACC-CT-G--TG-AGAACC--AC-GCAA---T-ACCTTCTTGA
gi|98532                      :  ATTT-CAATT-GTAA---------A--G--ATAA--C-TTG-G-AAAA-CG-TC--A---ATTAT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TT------TT-A-A-T-T-GT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GC--------------A-----A-TAA--ACC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98533                      :   TTC-CTATA-GTAA---------A--G--GTAA--C-T-G-G-TAAA-CG-TC--A---ATGAT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TT------TT-ATA-T-T-GT----G-A---G------------T---CATAA-TT-T--CCC-G-T-A-CT-A--AA-GC--------------AG----A-TAA--ACC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTT-CTTAA
gi|98534                      :   TTC-C-ATA-GTAATA-------A--G--GTGA--C-TTGCG-TAA--TG-TA--A---ATTGT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TT------TT-A-A-TGT-GTGGGGG-AT--GGGTCCACCCCCCC---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CTAA--AA-GC--------------ATTCGGACTAA--ACC-TC-GGCTG-AT-TCC--
gi|98535                      :      -CTACA---AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATTGT-------G-A--C-G--TG--A---------T---G-A-TA------TT-A-A-T-T-GT----A-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GC--------------A-----A-TAA--AGC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TTACTTCCTTGA
gi|98536                      :      -CTACA---AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATTGT-------G-A--C-G--TC--A-------------G-A-T------------A-T-T-GT----G-AT--G------------T---CATAA-T----------------------A-GT--------------A-----G-TAA--ACC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTA
gi|98537                      :         ATA-GTAA---------AA-G--GTAA--C-TTG-G-TATA-CG-TC--A---ATTGT-------G-A--C-G--TC--A---------T---G-A-TA------TT-A-A-T-T-GT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GC--------------A-----A-TAC--AAA-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
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Alignments
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lowQualScore                  :      .  .       ......... .. ..    .. .   . .    .  .  .. ...   .  .......  .. . ..  .. ......... ... . . .. ...... . . . .   .... .  .. ............ ...     .  .  .   ... . .  . ..  .   ..... .   .. ..............  .  . ..  .  .   ..  .    ...            
lowQualScore                  :      5  4       888888888 33 33    99 5   7 7    7  7  88 444   7  1111111  88 2 22  22 444444444 888 6 2 99 666666 6 6 6 6   0000 6  88 222222222222 444     6  6  6   333 5 5  1 00  5   00000 4   00 44444444444444  4  4 44  4  4   00  5    777            
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Reference ( family-667 )      : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98521                      : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-TG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-G------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCATTTCCTTAA
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gi|98527                      : AATTC-CTTAT-GTAA---------ATAGC-GTAA--TATTG-G-TAA--CG-CC--A---ATT-AT-------GAT-C-G--TC--A---------T---ATA-CTGT------T-A-A-T-TGTT---G-ATCCG------------TT--CACAT-CT-TT-CCCTG-T-A-CT-A--AC-GCA-----A-TAA--A--------------CC-CT-G--TG-AGAACC--AC-GCAA---T-ACCTTCTTGA
gi|98528                      : AATTC-CT-ATAGTTA---------A--ATTGTAAGGC-TTG---TAAA-CGCTC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-----T-T-T----G-AC--T------------T---CATAA-CT-TT-CCC---T-A-CT-A--AA-GCA-------TAA--A--------------C--AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98529                      : AATTC-CT-AAAGTAATGTCACAAAA--G--GTAAA-C-TTG---TAAA-CA-TC--A---ATTTGT--------A--C-G--TC--A---------T---G-A-TA-T------T-G-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TG-TT-CCA-GAT-A-CTAA--AA-GCA-----A-TAA--A---------------C-AC-G--TA-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98530                      : AATTC-CT-AAAGTAA---------A--G--GTAA--CTTTT-G-TAAA-CG-TC--AAT-ATT-AT-------GAAGC-G--TCAAA---------T---G-ATTT-T------T-A-A-T-TGT------ATG-G------------T---CATAACTT-TT-CCC-G-T-ATTT-A--AA-GCA-----A-TAA--ACCAACGTGAATAAACC-AC-A--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98531                      : AATCCTCT-ATGATAG---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TT--A----TT-AT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------A-T-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-GT-AC-CC----T-A-CT----AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-A--ATC--CC-GC-A---TCACTTCCTTA
gi|98532                      :  ATTT-CA-ATTGTAA---------A--G--ATAA--C-TTG-G-AAAA-CG-TC--A---ATT-AT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98533                      :   TTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-T-G-G-TAAA-CG-TC--A---ATG-AT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-ATA-T-TGT----G-A---G------------T---CATAA--T-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCAG----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTT-CTTAA
gi|98534                      :   TTC-C--ATAGTAATA-------A--G--GTGA--C-TTGCG-TAA--TG-TA--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-TGTGTGGGGG-AT--GGGTCCACCCCCCC---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CTAA--AA-GCATTCGGACTAA--A--------------CC-TC-GGCTG-AT-TCC--
gi|98535                      :      -CT-ACA--AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TG--A---------T---G-A-TA-T------T-A-A-T-TGT----A-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------GC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TTACTTCCTTGA
gi|98536                      :      -CT-ACA--AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A-------------G-A-T-------------A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-T----------------------A-GTA-----G-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTA
gi|98537                      :         -ATAGTAA---------AA-G--GTAA--C-TTG-G-TATA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TA-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAC--A--------------AA-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98538                      :               AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-AAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TG--A---------T---G-A-TA-T------T-A-A-T-TGT----A-AT--G------------TTCACATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--G---------------C-AC----TG-AT-ACCAAAC-GCAAAATTAACTTCCTTGA
gi|98539                      :               AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TCCAA---ATC-GTTTTTGTTGA--C-CATTC--A---------T---G-A-CT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CA-AA-TT-T--CCC-G---A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCATTTCCTTAA
gi|98540                      :               AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TA-T------C-A-A---------------------------------CA-----T-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACA--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98541                      :               AA---------T--G--GTAC--T-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---A-T-GTG------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TA-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------C---CATGA----TT-CCC---T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--T--------------CC-AT-GT-TG-AT-ACC--AC-GCGA---TCACTTCCTTAA
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gi|98543                      :                                   A--C-TTG-G-TAAT-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--AAATTACCACTCCAG-A-TT-TATCTAAT-A-AAT-TGC------AT--G------------T---CATAA-TTCTT-CCT-G-TGA-CT-A--AA-CCA-----A-TAACCA--------------CC-AT-G---A-AT-AC
gi|98544                      :                                                                T-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---T-A-TA-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATCA-TT-TT-CCT-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-CAA--A--------------CC-AC-G--TG-AC-AGC--AC-GCAA---TCATTTACTTAA
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gi|98546                      :                                                                                                                                                                         -G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-ACGG--TG-AT-ACC--AC-GCA------ACTTC
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Alignments
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lowQualScore                  :      .  .       ......... .. ..    .. .   . .    .  .  .. ...   .  .......  .. . ..  .. ......... ... . . .. ...... . . . .   .... .  .. ............ ...     .  .  .   ... . .  . ..  .   ..... .   .. ..............  .  . ..  .  .   ..  .    ...            
lowQualScore                  :      5  4       888888888 33 33    99 5   7 7    7  7  88 444   7  1111111  88 2 22  22 444444444 888 6 2 99 666666 6 6 6 6   0000 6  88 222222222222 444     6  6  6   333 5 5  1 00  5   00000 4   00 44444444444444  4  4 44  4  4   00  5    777            
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Reference ( family-667 )      : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
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gi|98540                      :               AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TA-T------C-A-A---------------------------------CA-----T-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACA--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98541                      :               AA---------T--G--GTAC--T-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---A-T-GTG------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TA-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------C---CATGA----TT-CCC---T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--T--------------CC-AT-GT-TG-AT-ACC--AC-GCGA---TCACTTCCTTAA
gi|98542                      :               AA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-------------TT-GT-------GA--C-G--TT--A---------T---T-A-TA-A------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC----------------GCA-----G-TAA--A--------------CC-AT-G--TG-AT-ACT--AC-GCAA---TCACCTCCTTAA
gi|98543                      :                                   A--C-TTG-G-TAAT-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--AAATTACCACTCCAG-A-TT-TATCTAAT-A-AAT-TGC------AT--G------------T---CATAA-TTCTT-CCT-G-TGA-CT-A--AA-CCA-----A-TAACCA--------------CC-AT-G---A-AT-AC
gi|98544                      :                                                                T-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---T-A-TA-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATCA-TT-TT-CCT-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-CAA--A--------------CC-AC-G--TG-AC-AGC--AC-GCAA---TCATTTACTTAA
gi|98545                      :                                                                             --C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-TT--G------------T---CATAA-TT-TC-CCC-G-T-C-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------TC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-ACAA---TCATTTCCTTAA
gi|98546                      :                                                                                                                                                                         -G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-ACGG--TG-AT-ACC--AC-GCA------ACTTC
gi|98547                      :                                                                                                                                                                                    --AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-GCC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98548                      :                                                                                                                                                                                           A-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACGTCCTTAA


blockSeqs                     :      T  T       TGTCACAAA TA TT    GG A   C G    A  C  CA TTA   T  TTTTGTT  AG T AT  AA AATTACCAC CCA T A TG ATCTAA T T A G   GGGG C  CC GGTCCACCCCCC TCA     C  C  T   TT  G T  A GG  A   TTCGG C   CC CCAACGTGAATAAA  G  G GC  A  A   AA  G    AAT
blockSeqs                     :      .  .       TA        A  C     A  T   . .    .  .  CA AT    .  G        T  T .   .  .         .   . T T  .      . . . .   T    .  G  .            T       .  .  .   TG  . .  A .   .   G     .   .  .               .  . T   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     A  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   GA  . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :      .  .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :         .       .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                 .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                 .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                 .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                 .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   G   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                 .         .  .     .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   .   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                                    .  .   . .    .  .  .  .     .  .        .  . .   .  .         .   . . A  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   .   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                                                                 .  .        .  . .   .  .         .   . . T  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   .   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                                                                             .  . .   .  .         .   . . .  .      . . . .   .    .  .  .            .       .  .  .   .   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .   . .  . .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .   .    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                    .   .   .     .   .  .               .  . .   .  .   .           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                            .     .   .  .               .  . .   .  .               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
finalCons                     : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA





Alignments
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lowQualScore                  :      .  .       ......... .. ..    .. .   . .    .  .  .. ...   .  .......  .. . ..  .. ......... ... . . .. ...... . . . .   .... .  .. ............ ...     .  .  .   ... . .  . ..  .   ..... .   .. ..............  .  . ..  .  .   ..  .    ...            
lowQualScore                  :      5  4       888888888 33 33    99 5   7 7    7  7  88 444   7  1111111  88 2 22  22 444444444 888 6 2 99 666666 6 6 6 6   0000 6  88 222222222222 444     6  6  6   333 5 5  1 00  5   00000 4   00 44444444444444  4  4 44  4  4   00  5    777            
consensus                     : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
Reference ( family-667 )      : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98521                      : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-TG-TC--A---ATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-G------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCATTTCCTTAA
gi|98522                      : AATTC-CT-ATTGTGA---------A--G--GTAA--C-TTG-G-TAAA-CG-TC--ATTAATT-GT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TGT----G-AT--G------------T---CATAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TGAAT-A-C--AC-GCAA---TCATTTCCTTAA
gi|98523                      : AATTC-CT-ATAGTAA---------A--G---TAA--C-TTG-GGTAAA-CG-TCCAA---ATT-AT-------GA--C-G--TC------------T---G-A-TT-T------TTA-A-T-TGT----GCAT--G------------T---CATAA-TT-TTTCCC-G-T-A-CT-A--AAAGCA-----A-TAA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--AC-GCAA---TCACTTCCTTAA
gi|98524                      : AATTC--T-ATAATAG---------A--G--GTAAA-C-TTG-G-TAAA-CG-TT--A---ATT-AT-------GA--CTG--TC--A---------T---G-A-TT-T------T-A-A-T-TG-----G-AT--G------------T---CATA---T-TT-TCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TCA--A--------------CC-AC-G--TG-AT-ACC--ACGGCAA---TCACTTCCTTAA
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gi|98526                      : AATTC-CT-ATTGTAA---------A--G--GTAA----TTG-G-TAAA-CG-CC--A---ATT-AT-------GA--C-G--TC--A---------T---G-A-TT-T------A-A-T-T-TGT----G-AT--G------------T---CACAA-TT-TT-CCC-G-T-A-CT-A--AA-GCA-----A-TAA--A--------------CCGAC-G--TG-GA-AAC--AC-GCAA----CACTTCCT
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