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blockSeqs : . G G . . . . . . AT . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . C T . . . . . . TC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . C T . . . . . . AT . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G T . . . . . . TG . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C T . . . . . . TC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TAA-GACCACGGAACATN-AAG-T-GAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------ANTCGTG-ATCT--CCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAAC-GACCTT--GAATGCCAGCGCCGATT
finalCons : TAA-GACCACGGAACATN-AAG-T-GAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------ANTCGTG-ATCT--CCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAAC-GACCTT--GAATGCCAGCGCCGATT
Alignments
lowQualScore : 2 1 22 1 1 1 55 22 22 88 1 3 1 44444 44444 5555555 1 1 22 3333 444 4444 4444 1 1 1 1 1 1 1 2 1 33
lowQualScore : . . .. . . . .. .. .. .. . . . ..... ..... ....... . . .. .... ... .... .... . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 5 2 88 8 8 7 99 44 44 88 7 5 7 00000 00000 2222222 6 5 00 1111 555 6666 6666 5 5 5 5 5 6 6 0 8 22
consensus : TAA-GACCACGGAACATN-AAG-T-GAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------ANTCGTG-ATCT--CCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAAC-GACCTT--GAATGCCAGCGCCGATT
Reference ( family-666 ) : TAA-GACCACGGAACATN-AAG-T-GAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------ANTCGTG-ATCT--CCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAAC-GACCTT--GAATGCCAGCGCCGATT
gi|100863 : TAA-GACCATGGAACATA-AGG-T-AAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------AGTCGTG-ATCT--CCAT----A---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAAC-GACCTT--CAATGCCAGCGCCGATT
gi|100864 : TAA-TACCACGGAACATA-GAGGT-AAC-A--A--A--ATTCGAA-ATTATAC-A-----G-----C-------GGTCGTA-ATCT--CCAT----C---TG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAA-AATG-CACC-GACATT--GAATGCCAGCGCCGATT
gi|100865 : TAA-GACCATGGAACATA-GAA-T-AAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------GGTCGTA-ATCT--CCAT----T---TG----T----T-ACAGT-CAAAA-CA-TTGAC-GT-CAC-AATG-CACC-GACATT--GAATGCCAGAGCCGATT
gi|100866 : TAA-TACCACGGAACATT-AAG-T-GAC-A--A--A--AGTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------AGTCGTA-ATCT--CCAT----C---CG----TTATGT-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATC-CAAA-GACCTT--GAATGCCAGCACCGATT
gi|100867 : TAA-GACCACGGAACATT-AAG-T-GAC-A--A--C--AGTTGAA-AT-AGAT-A-----G-----C-------AGTCTTA-ATCT--CCAT----C---CC----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAAC-CACCTT--GAATGCCAGCGTCGATT
gi|100868 : TAA-GACCACGGAACATA-GAG-T-AAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------AGTCGTG-ATCT--CCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATT------------AATG-CAAC-GACCTT--GAAT
gi|100869 : TAA-GAGCACAGAACATA-GAG-T-AAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------AATCGTG-ATCT--CCAT--------CG------------------------ATTTGAC-GT-CAC-AATA-CAAA-GACCTT--GAATGCCAGCGCCGATT
gi|100870 : TAA-GACCACTGAACATG-CAG-T-GAC-A--G--A--AAACGAT-AT-ATAC-A-----GTACTGC-------AGTCGTA-ATCT--CCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAAC-GA
gi|100871 : TAA-GACCACGGAACATA-GAG-T-AAC-A--A--A--ATTCGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------GGTCGTA-ATCT--CCAT----C---TG----T----T-ACAGT-
gi|100872 : TAA-GACCACCGAACATT-AAG-T-GGC-AGGA--A--AT--GAA-AT-ATAC-A-----G-----CTTTTGTGAATCGTG-ATAT--TCAT----C---CG----T----T-TCAGT-CAAAA-TAGTTGAC-GT-CAC-ATTGTTAAC-AA---T--GGATG
gi|100873 : TAATGACCACGGAACATG-GAG-T-AAC-A--A--A--ATTCGAA-ATAATAC-A-----G-----C-------AGTTGTG-ATCA--CCAT----C---C
gi|100874 : TAA-GACCAAGGAACATT-CAG-T-GGC-A--A--A--ATATGAA-AT-ATAC-A-----G-----C-------GAACGTG-ATCT--TCAG----T---CG----T----C-ACAGT-CAAAA-CGTTTCAC-AT-CA
gi|100875 : TAA-GACCACCGAACATT-AAG-T-GCC-A--A--A--AAATGAA-AT-ATAC-AGACTGG-----T-------ATTCATG-AATT--TCAT----C---CT----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAT-G------GATG-CAA
gi|100876 : TAA-GACCGC----CATT-AAG-T-GCC-A--AGAA--AT--AAA-AT-ATAC-A-----G-----A-------ATCCGTG-ATTT--CCAT----CAGACA----TG---T-ACAGT-CAAAA-AAATGAAT-GG-CAC-GATG-CAA
gi|100877 : AA-GACCATCGAACATATAAG-T-GGC-AT-G--A--AT--------------------------C-------ATTCGTG-AT-T--CCATGAATC---CG----T----TTACAGA-AAAAA-CATTTGAC-GT-CAC-AATG-CAA
gi|100878 : -GACTGTGGA-CATT-CAG-T-GAC-AG-A--A--AT--GATTAT-ATAC-A-----G-----C-------ATTTGCG-ATTT--CCAT----C---TGC---T----T-ACAGT-CAAAA-TATATGAC-GT-CAT-ATTG-CAAT-GGC
gi|100879 : CCACCAAAAATA-GAG-T-AAC-A--A--A--ATTCGAA----------------------------------TG-ATCT--CCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-GC-CAC-AATG-CAGC-GACCTT--GAATGCCAGCGCAGATT
gi|100880 : GAA-ATG-AAA-T-AAT-A--A--T--ATT--------ATAC-A-----A-----C-------ATTTGTG-GTTT--TCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CACAA-CATTTGAC-AT-CAC-GATG-C--C-G----T--GAATG
gi|100881 : GAATATT-AAG-T-TGC-A--A--A--AAATGAA-TT-ATAG-A-----G-----C-------ATTCCTA-ATCT---------------G----T----T-ACAGT-CAAAA-CATATGAC-AT-CAC-GATG-CAAC-G
gi|100882 : AACATC-AAC-T-GGC-A--A--G--ATTGGAA-AT-ATAT-A-----A-----T-------ATTTGTG-ATCG--GCAT----C---TG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-AT-CAC-AATG-
gi|100883 : CATA-AAG-T-AACCA--A--A--ATTC-AA-AT-ATAC-A-----G-----C-------AATCGTGAATCTTACCAT----TTA-CG----T----T-ACAGT-CAAAATCATTTGAC-GT-CACAAATG-CAAC-GACCTT--GAAC-TCAGCGCCGATT
gi|100884 : TA-AGG-TAGGC-A--A--A--AAT-GAA-AT-ATAC-A-----A-----C-------AGTCGTG-ATAT--CC-T----C---CT----C----T-TTAGA-C-AAT-CATTTGAC-GT-CAC-TATA-CAATGGACGTT---AATG
gi|100885 : AC-A--A--ATTATT-GAA-AT-ATACTA-----G-----C-------ATTCGTA-ATTT--TCGT----C---TG----T----T-ACATT-CAAAA-CTTTCTACTAT-CA--ATTG-CAAT-GGC--T--GGATAC
gi|100886 : a-A-----G-----C-------ATTCGTG-ATTT--TTAT----C---TG----T----T-ACCAT-CAAAA-CATGTGAT-GT-CAC-ATTG-CAA
gi|100887 : -----G-----C-------ATTCGTA-ATTT--TCAT----T---TG----T------ACAGT-TAAAA-CATTTAAC-CT-CAC-GATG-CAAT-GGGC----AGATGCTAGCAC
gi|100888 : TCG-G-ATGT--TCAT----C---CG----T----T-ACAGT-CAAAA-CATTTGAC-AT-CAC-AATG-CACC-GACCTT--GAATGCCAGCGCTGATT
gi|100889 : GTG-AATT--TCAT----C---TGAACAT----T-ATAGT-CAAAA-CAATTGAC-GT-CAC-AATG-CAAT-TA--GT--GGATGCC
gi|100890 : ---CG----T----T-ACAGTTCAAAA-CATTTGAC-GTTCAC-AATG-CAAC-GCCCTTTTGAATGCCAGCGCCGATT