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Reference ( gi|108470 )       :   TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-A------AT-GT-CGA--TTT------C-T-C-GC--TT-T-GTC---GATAT-GTGTT-T----CTAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAATTT-T--ATAA
gi|108459                     :   TTGTT-TT-T-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--TTT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-A------AT-GG-CGA--TTT------C-T-C-GC--TT-T-GTC---GATAT-GTTTC-T----ATAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-GAATTTCT--ATAA
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Reference ( family-664 )      :       TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TT------C-T-C-GC--TT-T-GTC---GATAT-GTGTT-T----CTAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
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gi|108473                     : ttttcaTTGTT-TT-T-A----GA----CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--GAA-A---TA-A--CCGA-AAT-TTCG---T-------TT------C-T-C-GCCTTT-C-GTC---GATA---TGTT-T----CTAT-G-CG-G--A-A--T---C-CC-T-G---CGTT--AG-CAA-TTT---CTATAA
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Alignments
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lowQualScore                  :            7  000 5555  33 3     11 5 77 5 777  11   5 6 22  11 5 5 777  5 77    5   5 0   0000000000  333333 9 4 9  88  4 4   555    22222  4 0000    9 5 00 00 5 00 222 5  5 5 888  1 22  5   2   888      
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Reference ( family-664 )      :       TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TT------C-T-C-GC--TT-T-GTC---GATAT-GTGTT-T----CTAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
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gi|108486                     :                                                                                                               -T-C-GC--TT-TAGTC---GATAT-GT--T-T----CTAT-G-C--G--A-A--TTAAT-CC-T-AC--CG-T--AG---A-TTT---CTA


blockSeqs                     :            C  TT  CCAA  AT A     TA G TC A CAT  TA   T G TG  CT A T AGT  G AA    G   T     TATGTACG    TTTTGC C T G  CT  C A   ACC    TAATG  C AGAA    A T CG CA T AA TAA A  G A GTT  T TA  C   T   TCG
blockSeqs                     :            .  TC  .     .  A     .  . C  . .    .    . G G   .  . . .    . A     .   .     TTT         .      G . G  A   . .   .      TATG   . .       G . G  .  . .  A   .  . . T    T A   .   T   .  
blockSeqs                     :            .  TC  .     .  .     .  . .  . .    .    . A T   .  . . .    . .     .   .     GT          .      . . .  G   . .   .      TGTG   . .       . . G  .  . .  .   .  . . C    . C   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  T   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     G           .      . . .  .   . .   .      TGTG   . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  T   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      AATG   . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     G           .      . . .  .   . .   .      TATG   . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TAT    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  T   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TGT    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  T   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TGT    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      CTG    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     G           .      . . .  .   . .   .      TGT    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     G           .      . . .  .   . .   .      TAG    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TGT    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  T   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      CGT    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TGT    . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  T   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  C   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  .   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :            .  .   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     T           .      . . .  .   . .   .      TG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :                   .     .  .     .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     G           .      . . .  .   . .   .      CG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :                                  .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     .           .      . . .  .   . .   .      CG     . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .   .   .  
blockSeqs                     :                                  .  . .  . .    .    . . .   .  . . .    . .     .   .     .           .      . . .  .   . .   .      G      . .       . . .  .  . .  .   .  . . .    . .   .          
blockSeqs                     :                                                                                                        .      . . .  .   . .   .      T      . .       . . .  .  . .                                   
blockSeqs                     :                                                                                                               . . .  .   . .   .      .      . .       .                                               


blockSeqCons                  :                                                                                                                                       TG***
originalCons                  :       TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TT------C-T-C-GC--TT-T-GTC---GATAT-GTGTT-T----CTAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
finalCons                     :       TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TT------C-T-C-GC--TT-T-GTC---GATATG---TT-T----CTAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA





Alignments
lowQualScore                  :            1  444 3333  22 3     22 1 33 1 222  22   1 4 55  22 1 1 222  1 33    1   1 1   6666666666   2 1 777777  33 1 1 1   222 22 22 222 55 1  22 2 4444 22   2 1 55 22 1 22 444 1  1 1 555  3 55  1   3   222      
lowQualScore                  :            .  ... ....  .. .     .. . .. . ...  ..   . . ..  .. . . ...  . ..    .   . .   ..........   . . ......  .. . . .   ... .. .. ... .. .  .. . .... ..   . . .. .. . .. ... .  . . ...  . ..  .   .   ...      
lowQualScore                  :            7  000 5555  33 3     11 5 77 5 777  11   5 6 22  11 5 5 777  5 77    5   5 0   2222222222   9 4 000000  44 4 4 4   555 00 00 555 44 4  00 9 5555 00   9 5 00 00 5 00 222 5  5 5 888  1 22  5   2   888      
consensus                     :       TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TTC-T-C------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
Reference ( family-664 )      :       TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TTC-T-C------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108459                     :       TTGTT-TT-T-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--TTT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TTC-T-C------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----CTATAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-GAA-TTT---CTATAA
gi|108460                     :      tTTGTT-TT-T-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GAAGA--G-------TTC-T-C-------C--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108461                     :      tTTGTT-TT-T-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--AT--A-C--AT--G-A-A---TA----CCGA-AAT-GGCGA--T-------TTCCT-C------GT--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-AT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108462                     :      tTTGTT-TT-TTA----GA--T-CTGAT--C-A--AAT---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-AA-CCAA-AAT-GACGA--G-------TTC-T-C------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-TT---C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108463                     :       TTGTT-TTTC-A----GA--T-ATGAC---------T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-A-T-TGCGA--T-------TTC-T-C------GT--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AGCCAATTTT---CTAT
gi|108464                     :       TTGTT-TT-C-A----GA--TATTGAT--C-A--A-T---AA--A-T-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT--GCGA--T-------TTC-T-CG-----GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-TAGAAC--T-T-G-C--G--A-A--T-----CC-T-GT--CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108465                     :      tTTGTT-TTTC-A----G-----CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C---T--G-A-----TA----CCGA-CAT-AGCGA--T-------TTC-T-C------AC--T-T-T-GTC---G--A--T---AC-T-GT--T-T----C--TAT---C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108466                     :       TTGTT-TT-C-A----AG--T-ATAAT--C-A--A-----AA--ATT-A-CTGAT--G-A-G---TA-A--CCAA-AATTGACCA--T-------TTC-T--------GC--T-T-T-GTC---G--AGTT---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--T-A--T---C-CC-T-G---CGTT--AG-CGA-TTT---CTATAA
gi|108467                     :      tTTGTT-TT-T-A----GA--T-CT-AT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--ATCTG-ATA---TA-A--CCGA-A-T-GACGA--G-------TTC-T-C------GG--C-T-T-GTC---A--A--T---------T--T-T----C--TAT-G-C--GCAG-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-C-A-TTT---CTATAA
gi|108468                     :      tTTGTT-TT-T-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--ACGA-AAT-GATGA--G-------TTC-A-C------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-
gi|108469                     :      tTTGTTCTT-C-A----GA--T-ATGATTAC-A--A-T---AT--AC--A-C--GT--G-A-A---TA-A--ACCA-AAT-GCCGA--T-------TTCGT-C------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--TGT----C--TAT-G-CG-G--A-A--T---C-CC-T-GGTTCC-T--AC-CAA-TTT---CTCTAA
gi|108470                     :       TTGTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GTCGA--T-------TTC-T-C------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---ATGT-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT----TATAA
gi|108471                     :       TTGTT-TT-C-A----GAATC-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATA-A-C--AT----A-A---TA-A--CCGAGAAT-GTCGA--T-------T-C-T-C------GC--AAT-T-GTC---G--A--T---A--T-GTGTT-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-TAG---CG-T--AG-CAA-TTTTCGCTATAA
gi|108472                     :           T-TT-C-A----TA--T-ATGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TG-A--TGGA-AAT-GGCGATTT-------TTT-T-T------GC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-G---T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---C-CC-T-G---CA-T--AG-CAA-TTT---GTATAA
gi|108473                     : ttttcaTTGTT-TT-T-A----GA----CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--GAA-A---TA-A--CCGA-AAT-TTCG---T-------TTC-T-C------GCCTT-T-C-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-CG-G--A-A--T---C-CC-T-G---CGTT--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108474                     :       TTGTT-GT---A----GA--T-CTGAC--A-A--A-A---GA--GTT-GGCG-AT--G-A-GAGTTG-A--CCGA-AAT-GACGAG-T-------TTC-T-C------GCG-T-T-T-G-C---G--A--T---AAAT-GT--T-T----C--TAT-ATC--G--A-AAAT---C-CC-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATA
gi|108475                     :      tTTGTT-TT-C-ACCAAGA--T-ATGAT--C-A----T---AA---TT-A-C--AT--G---A---TAGA--CCGA-TAT-GTAAT--T-------TTC-T-C------GC----T-T-GTC---GATA--T---A--T-GT--TCT----C--TAT-G-CCGG--A-A--T---C-CC-T-G---CG-TA-AG-CAA--AT---CTATAA
gi|108476                     :      tTTGTT------A----GA--T-CTGAT--C-ATCA-T---AA--ATT-AGC--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AA---ATGA--TATGTACGTCC-T-CG-----GC--T-T-T-GTT---G-----T---A--TAGT--T-T----C--TATAG-C--G--ATA--T---C-CCGT-G---CG-TC-AG-CAG-TTT---
gi|108477                     :        ttTT-TT-C-A----GA--T-CTGAT--C-A--A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GGCGA--T-------TTC-T-C------GC--T-T-T-GTC---A--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---T-CC-T-G---CG-T--AA-CAA-TTT---CTATAA
gi|108478                     :          TT-AT-C-A----AA--T-TTGAT--C-A--A-T---AA--AGT-A-C--AT--G-A-A---TA-A--CTGA-AAT-GGCGA--T-------TTT-T-TTGCTTTGC--T-T-T-GTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T---T-CT-T-G---CG-T--AG-CAA-TTT---CTATAA
gi|108479                     :          TT-TT-T-A----GA--T-CTGAT--C-AC-A-T---AA--ATT-A-C--AT--G-A-A---TA-AAACCGA-AAT-GGCGA--T-------TTC-T-C------GC--G-T-T-GTC---G--A--TATAA--T-GT--T-T----A--TATGG-C--G--A-A--T-----CC-T-G---CG-T--AG-C-A-TTT---CTATAA
gi|108480                     :          TT-TT-C-A----AA--T-TTTAT--C-A--A-T---AA--AGT-A-T--AT--G-A-A---TA-A--CTGA-AAT-GGCGA--T-------TTC-T-C------AT--T-T-C-GTA---G--T--T---A--C-GC--T-T----C--TCA-G-T--G--A-A--T---C-CT-T-G---CC-T--AG-CGA-TTT---CTATAA
gi|108481                     :          TT-TT-C-A----AA--T-TT-AT--C-A--A-TCATAA--GTC-AAT--AT--G-A-A----A-A--CTGA-A-T-GGCGA--T-------TTC-T-C------AT--T-T-C-GTA---G--T--T---A--C-GC--T-T----C--TCA-G-T--G--A-A--T---CACT-T-G---CC-T--AG-CGA-TTT---CTAT
gi|108482                     :                 -A----GA--TATTGAT--T-A--A-T---AA--ATTTA-CT-AT--G-A-A---TA-A--C-GA-AAT-GACGA--T-------TTC-TTC------GC--T-G-T-GTT---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--TA--C-CC-T-G---CG-T--AG-CAATTTT---CCATAA
gi|108483                     :                              TGAT--CGA--A-T---AATAACT-A-C--A---G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GA-GA----------GTC-T-C------GA--T-TCT-GTC---G--A--T---A----GC--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--
gi|108484                     :                             tgGAT--C-A--A-T---AA--TTT-A-C--AC--G-A-A---TA-A--CCGA-AAT-GACGA--G-------TTC-T-C-------C--T-T-G-CTC---G--A--T---A--T--T--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--T-----CC-T-G---CG-TTAAG-CAA-TTT---CTATA
gi|108485                     :                                                                                                     acTC-T-T------GC--T-T-T-GTCACCG--A--T---A--C-GT--T-T----C--TAA-G-T--G--A-A--T---C-CT-T-G---CG-T--GG-CA
gi|108486                     :                                                                                                         -T-C------GC--T-T-TAGTC---G--A--T---A--T-GT--T-T----C--TAT-G-C--G--A-A--TTAAT-CC-T-AC--CG-T--AG---A-TTT---CTA