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gi|78874                      :                                                  gAAGA---------AA-T-CCAAAAT-AT-CCTTGATCCG-ACATGC-GC--GTT


blockSeqs                     :       AAA   A G AA   TA  TAT  AAAATC       TACATG     TTTAAAATC  A C       T  G          C      A AAG
blockSeqs                     :       AA    . T .    .   A    CTTA         .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      . C  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      . C  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   A    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . T  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . T  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . T  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      . C  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   A    .            .          .          . .       .  .          .      . C  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   A    .            .          .          . .       .  .          .      . A  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      . C  
blockSeqs                     :       .     . . .    .   T    .            .          .          . .       .  .          .      .    
blockSeqs                     :               . .    .   G    .            .          .          . .       .  .          .      .    
blockSeqs                     :                               .            .          .          . .       .  .          .           
blockSeqs                     :                                                       .          . .       .  .          .           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTTTT---TTT-A-A--TTA--GCN--TA------GGTTAAT------TAATA---------AA-T-CCAAAAT-AT-CCTTGATCCG-ACTTGC-GA--GTTA
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Alignments
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lowQualScore                  :       ...   . . ..   ..  ...  ......       ......     .........  . .       .  .          .      . ...    
lowQualScore                  :       000   6 1 11   11  000  444444       333333     777777777  4 4       4  4          4      5 555    
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gi|78873                      :                           --TA------GGGGAAT------CTATT---------AT-T-CCAAAAT-AT-CCTTGATTCA-ACTTGC-GA--GTTA
gi|78874                      :                                                  gAAGA---------AA-T-CCAAAAT-AT-CCTTGATCCG-ACATGC-GC--GTT