lowQualScore : 111 1111111111
lowQualScore : 2 1 1 1 1 1 111 555 1 1 555 22 33 6666 22 22 22 555 6666666 666666 3 1 22 3 66 1 1 1 33 5555555555 4444 666666 55 3 1 7 1 4 33 222
lowQualScore : . . . . . . ... ... . . ... .. .. .... .. .. .. ... ....... ...... . . .. . .. . . . .. .......... .... ...... .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 0 9 9 9 9 7 999 111 7 6 000 22 55 2222 00 00 00 777 9999999 000000 0 5 00 0 55 5 5 5 55 6666666666 8888 000000 22 1 6 3 6 8 88 666
consensus : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTG--TAA-C-T-TTC-C---A--AAAA--T--T-TT--G--TC--TCT-CTCC-------A---G--A-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACCC-------CA-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TANC-AAC-AT--CC--AAAGCA
Reference ( gi|105991 ) : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTG--AAA-C-T-TTC-C---A--AAAA--T--T-TT--G--TC--TTC-CTCC-------A---A--A-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACCC-------TG-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TATC-AAC-AT--CT--AAAGTA
gi|105992 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TTG--AAA-C-T-TTC-C---A--AAAA--T--G-TT--G--TC--TTC-CTC--------A---A--A-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACCC-------TG-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TATC-AGC-AT--CT--AAAGTA
gi|105993 : TTT-TA-TT-GG-AAATGTT-TTG--AAA-CAT-TTC-C---A--AAAA--A--TATT--G--TC--T-C-CTCC-------A---A--A-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACCC-------TG-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TA-C-AAC-AT--CT--AAAGTA
gi|105994 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTG--AAAAC-A-TTC-C---A--AAAT--A--T-TG--G--TC--TTC-CTCC-------A---A--A-GC-CT--A-AC-CTG-ATT-TT--TTACCC-------TGCC----T------TTTGC-C-ACAAGA-TATC-AAC-AT--CT--AAAGTA
gi|105997 : TTTATA-TT-GG-AAA-ATG-T-----AA-C-T-TTC-C---A--AAAA--T--G-TT--G--TC--TTT-CTCC-------A---A--A-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--GTACCC-------TA-C----T------TGTG--C-ACAAGA-TATC-AAC-AT--CT--GAAGTA
gi|105998 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTT--AAA-C-T-TTC-C---A--AAAA--T--G-TT--G--TC--TAC-CTTT-------A---C--T-GA-CT--A-A--TTG-A-T-TT--TTACCC-------TC-C----T------TTTG--T-ATAAGA-TATC-AAC-AT--CT--AAAGTA
gi|105995 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-T-G--TAA-C-T-TTC-C---A--AAAAA-TG-T-TT--G--TC--TTT-CTCC-------A---A--A-ACACT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACCC-------TA-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TATA-AAC-AT--CT--AAAGTA
gi|105999 : TTT-TA-TT-G--AAA-ATT-TTG--TAA-C-T-TTC-C---A--AACG--T--T-TT--G--TC--TTT-CTCC-------A---A--A-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACCC-------CA-C----T------TTTGCCC-ACAAG
gi|105996 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-TTG--TAA-C-T-TTCGC---A--AAAA--TGTT-TT--G--TC--TTT-CTCC-------A---A--A-AC-AT--A-AT-CTGGA-T-TT--TTACCC-------TA-G----C------TTTG--C-ACAAGA--ATA-AAC-AT--CT--AAAGTA
gi|106000 : TTT-TA-TT-TG-AAA-ATT-TTG--TGA-T-G-TTC-C---A--AAAA--T--G-TT--G--TC--TCT-CTCC-------T---G--A-GC-CT--G-A--CTG-A-C-TA--TTACCC-------CA-C----T------TTTG--C-CCAAGA-TAAC-AAC-AT--CC--AAAG
gi|106004 : TTT-TA-TT-GG-GAA-ATTATTG--TAA-T-T-TTT-C---A--AAAT--T--T-TT--G--TC--TCC-CTCC-------A---G--G-GC-CC--A-T--TTG-A-C-TA--TTACTC-------CA-C----T------TTTG--C-TCAAGA-TAAC-AAC-AT--CT--AAAGCA
gi|106001 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AAC-C-T-CTT-C---A--TAAA--C--T-TTCTG--TC--TCC-CTCTTCTCCGAA---A--G-GC-CT--A-A--CTG-A-T-GT--TTACCC-------TATC----T------TTTG--C-ACAAGA-TATC-AACGAT--CT--AGA
gi|106003 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTG--AA----TGTTC-C---A--AAAA--T--T-TT--A--TC--TCT-CTCC-------A---G--A-GC-TT--A-A--CTG-A-C-TTA-TTACCC-------CA-C----T------TTAC--C-ACAAGA-T----AAC-AT--CC--AAAGCA
gi|106005 : TTT-TA-TT-GG-AAG-ATT-TTG--TAA-T-T-TTC-C---C--AAAA--T--G-TT--G--TC--TCT-CTTC-------A---G--A-GA-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACTC-------CA-C----T------TTTGT-C-A-AAGA-TAAC--AT-GT--CC--AAAGCA
gi|106006 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTG--TAA-T-T-GTC-----A--TAAA--T--T-TT--G--CC--TCT-CTCCCC-----A---G--A-GC-CT--T-A--CTG-A-C-TA--TTATCC-------CA-C----T------TTTG--C-ACAAGA-T----AAC-AT--CC--AAAGCA
gi|106002 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TGG--TAC-T-T-TTC-CCAAA--AAAA--T--T-TT-----TC--T---CTCC-------A---G--GCGT-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTACCC-------CA-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TAAC--AC-TT--CC--AAA
gi|106008 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTG--TGA-T-T-TTC-CTT-ATTAAAA--T--G-TT--G--TC--TCT-TTTC-------A---T--A-GA-CG--A-A--CTG-A-T-GT--TTACTC-------CA-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TAAC--AT-AT--CC--AAAGCA
gi|106009 : TTT-TA-TT-GG-AAT-ATT-GT----AA-C-T-TAA-C---C--AAAT--T--T-CT--G--TC--TTC--TCC-------A---A--A-GC-CT--A-G---TG-A-T-TT--T-ACCC--------A-C----T------TTGC--C-ACAAGA-TATC-AACGAT--CT--AAGATA
gi|106007 : TTT-TA-TTTGGCAAA-AGT-TTG--TAA---T-TTC-C---A--AAAAGATAGT-TT--G--TC--TTT-CTTC-------A---A--AAGC-CT--AGA--CTG-A-T-TT--TTACCCCTGTAACTG-CAACCTA-----TTTG--C-ACAAGATTATC-AACTATTCCA--AAAGTA
gi|106010 : TTT-TAATT-GG-AAC-ATT-TTG--TAA-C-C-ATC-C-------------------------C--TCT-CTCC-------A---G--A-GC-CT--A-A--CTA---------TTGCCC-------CA-C----T------TTTG--C-ACGAGA-TAAC-AAC-AT--CC--AAAGCA
gi|106011 : T-TA-TT-GG-TAA-GTT-TTG--TAA-T-T-TTC-C---A--GAAA--T--T-TT--G--TC--TCT-CTCC-------A---G--A-GC-TT--A-A--CTG-A-C-TA--TTACCC-------CA-C----TTTGCAGTTTG--C-ACAAGA-TAAC-AAC-AT--GC--AAAGCA
gi|106012 : -TT-GG-AAA-ATT-T-G--AAA---T-TTC-T---G--AAAA--C--A-TT--G--TT--TTT-TTTC-------ATCAG--A-GC-CT--A-A--CTG-G-C-TA--TTACTC-------CA-C----T------TTTG--C-ATAAGA-TAAA-AAC-TT--CC--AAAGCA
gi|106014 : TT-TTG--TAA-T-T-TTC-T---A--AAAT--T--T-TT--C--TC--T---CTCC-------C---ATGA-GC-TC--A-ATACTG-A-C-TTAGTTACTC--------A-CG---T------TTTG--CCACAAGA-TAAC-AAC-AT--CC--AAAGCA
gi|106013 : TT-TTGTTAAT-T-T-TTC-T---T--AAAA--A--T-GT--G--TT--TCCTCTCC-------A---G--A-GC-CT--A-AA-CTG---C-TA--TTACCC-------CA-C----T------T--G--CCACAAGA-TAAC-AAC-AT--CC--AAAG
gi|106015 : -T-TCC-C---A--GAAA--T--T-AT--AGATC--TCT-CTTC-------A---G--A-GC-CT--ACA--CTG-A-T-TT--TTACCC-------AC-T----T------TTTG--A-ACAAGA------AAC-ATC-CC--AAAGCA
gi|106016 : tC-C---A--AAAA--T--A-TT--G--TC--TTC-CTCC-------A---A--A-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTA
gi|106017 : AAA--T--T-TT--G--TCCTTTC-TTTT-------AC--A--A-GC-CTTAA-A--CTG-A-TCTT--TTACCC-------TA-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TATCAAAC-AT--CCTAAAAGTA
gi|106018 : A--T--T-TT--T--TT--TTT-TT----------------G-GC-CT--A-A--CTG-A-T-TT--TTGCTC-------CA-C----T------TTTG--C-ACAAGA-TAAC--AC-AT--TC--AAAGCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 22 444 1 666 22 55 6666 22 222 55555555 1 33 4444 2 1 33 44 2 1 1 1 33 3333 3 3 99999999 88 1 4 1 4 1 1 22
lowQualScore : . . . . . . .. ... . ... .. .. .... .. ... ........ . .. .... . . .. .. . . . . .. .... . . ........ .. . . . . . . ..
lowQualScore : 9 8 8 8 8 7 22 777 5 999 11 44 5555 00 555 00000000 4 99 4444 9 4 44 88 9 4 4 4 44 1111 0 0 66666666 00 5 1 5 6 5 5 11
consensus : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
Reference ( family-659 ) : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|105991 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105992 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TTGA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--T-----CCTC----A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AGC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105993 : TTT-TA-TT-GG-AAATGTT-TTGA-AA-CATTTC-C---A--AAAA--A--TATTG--TC---T--C------CTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TA-C-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105994 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGA-AAAC-ATTC-C---A--AAAT--A--T-TGG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--ACCTG-ATT-TT--TTACCCT----GCC-T--------TTTGC-CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105995 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-T-GT-AA-C-TTTC-C---A--AAAAA-TG-T-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-ACACT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATA-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105996 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTCGC---A--AAAA--TGTT-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-AC-AT--A--ATCTGGA-T-TT--TTACCCT----A-G-C--------TTTG--CACAAGA--ATA-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105997 : TTTATA-TT-GG-AAA-AT----GT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--GTACCCT----A-C-T--------TGTG--CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--GAAGTA
gi|105998 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTTA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---TACC-----TTTA-C--T---GA----CT--A--A-TTG-A-T-TT--TTACCCT----C-C-T--------TTTG--TATAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105999 : TTT-TA-TT-G--AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AACG--T--T-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTGCCCACAAG
gi|106000 : TTT-TA-TT-TG-AAA-ATT-TTGT-GA-T-GTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--T---GA-GC-CT--G--A-CTG-A-C-TA--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CCCAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAG
gi|106001 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AACC-TCTT-C---A--TAAACTT--T-CTG--TC---T--CCCTCTTCTC-CGAA---AG-GC-CT--A--A-CTG-A-T-GT--TTACCCT----ATC-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AACGA-T-CT--AGA
gi|106002 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TGGT-AC-T-TTTC-CCAAA--AAAA--T--T-TT--------T--C-----TCTC-C--A---GGCGT-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AC-T-T-CC--AAA
gi|106003 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTG--AA-T-GTTC-C---A--AAAA--T--T-TTA--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-TT--A--A-CTG-A-C-TTA-TTACCCC----A-C-T--------TTAC--CACAAGA-T----AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106004 : TTT-TA-TT-GG-GAA-ATTATTGT-AA-T-TTTT-C---A--AAAT--T--T-TTG--TC---T--C-----CCTC-C--A---GG-GC-CC--A--T-TTG-A-C-TA--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CTCAAGA-TAAC-AAC-A-T-CT--AAAGCA
gi|106005 : TTT-TA-TT-GG-AAG-ATT-TTGT-AA-T-TTTC-C---C--AAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TCTT-C--A---GA-GA-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACTCC----A-C-T--------TTTGT-CA-AAGA-TAAC--AT-G-T-CC--AAAGCA
gi|106006 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-T-TGTC-----A--TAAA--T--T-TTG--CC---T--C-----TCTC-CCCA---GA-GC-CT--T--A-CTG-A-C-TA--TTATCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-T----AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106007 : TTT-TA-TTTGGCAAA-AGT-TTGT-AA---TTTC-C---A--AAAAGATAGT-TTG--TC---T--T-----TCTT-C--A---AAAGC-CT--AG-A-CTG-A-T-TT--TTACCCCTGTAA-C-TGCAACCTATTTG--CACAAGATTATC-AACTATT-CC--AAA
gi|106008 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTGT-GA-T-TTTC-CTT-ATTAAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TTTT-C--A---TA-GA-CG--A--A-CTG-A-T-GT--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AT-A-T-CC--AAAGCAagta
gi|106009 : TTT-TA-TT-GG-AAT-ATT---GT-AA-C-TTAA-C---C--AAAT--T--T-CTG--TC---T--------TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--G--TG-A-T-TT--T-ACCC-----A-C-T--------TTGC--CACAAGA-TATC-AACGA-T-CT--AA
gi|106010 : TTT-TAATT-GG-AAC-ATT-TTGT-AA-C-CATC-C-----------------------C---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTA---------TTGCCCC----A-C-T--------TTTG--CACGAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAGCAgata
gi|106011 : T-TA-TT-GG-TAA-GTT-TTGT-AA-T-TTTC-C---A--GAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-TT--A--A-CTG-A-C-TA--TTACCCC----A-C-TTTGCAG--TTTG--CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-GC--AAAGCA
gi|106012 : -TT-GG-AAA-ATT-T-G--AA-A-TTTC-T---G--AAAA--C--A-TTG--TT---T--T-----TTTT-C--ATCAGA-GC-CT--A--A-CTG-G-C-TA--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CATAAGA-TAAA-AAC-T-T-CC--AAAGCA
gi|106013 : TT-TTGTTAA-T-TTTT-CTT-A--AAAA--T--G-T-G--TT---T--CC----TCTC-C--A---GA-GC-CTA-A--A-CTG---C-TA--TTACCCC----A-C-----------TTGC-CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAG
gi|106014 : TT-TTGT-AA-T-TTTC-T---A--AAAT--T--T-TTC--TC---T--C-----TC-C-C--AT--GA-GC-TC--AATA-CTG-A-C-TTAGTTA-CTC----A-CGT--------TTTGC-CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106015 : -TTCC-C---A--GAAA--T--T-ATAGATC---T--C-----TCTT-C--A---GA-GC-CT--AC-A-CTG-A-T-TT--TTA-CCC----A-CTT--------TTTG--AACAAGA------AAC-A-TCCC--AAAGCA
gi|106016 : tC-C---A--AAAA--T--A-TTG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTA
gi|106017 : AAA--T--T-TTG--TCCTTT--C-----TTTTAC--A----A-GC-CTTAA--A-CTG-A-TCTT--TTACCCT----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATCAAAC-A-T-CCTAAAAGTA
gi|106018 : A--T--T-TTT--TT---T--T-----TTT----------G-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTGCTCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AC-A-T-TC--AAAGCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 22 444 1 666 22 55 6666 22 222 55555555 1 33 4444 2 1 33 44 2 1 1 1 33 3333 3 3 99999999 88 1 4 1 4 1 1 22
lowQualScore : . . . . . . .. ... . ... .. .. .... .. ... ........ . .. .... . . .. .. . . . . .. .... . . ........ .. . . . . . . ..
lowQualScore : 9 8 8 8 8 7 22 777 5 999 11 44 5555 00 555 00000000 4 99 4444 9 4 44 88 9 4 4 4 44 1111 0 0 66666666 00 5 1 5 6 5 5 11
consensus : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
Reference ( family-659 ) : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|105991 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105992 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TTGA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--T-----CCTC----A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AGC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105993 : TTT-TA-TT-GG-AAATGTT-TTGA-AA-CATTTC-C---A--AAAA--A--TATTG--TC---T--C------CTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TA-C-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105994 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGA-AAAC-ATTC-C---A--AAAT--A--T-TGG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--ACCTG-ATT-TT--TTACCCT----GCC-T--------TTTGC-CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105995 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-T-GT-AA-C-TTTC-C---A--AAAAA-TG-T-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-ACACT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATA-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105996 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTCGC---A--AAAA--TGTT-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-AC-AT--A--ATCTGGA-T-TT--TTACCCT----A-G-C--------TTTG--CACAAGA--ATA-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105997 : TTTATA-TT-GG-AAA-AT----GT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--GTACCCT----A-C-T--------TGTG--CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--GAAGTA
gi|105998 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTTA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---TACC-----TTTA-C--T---GA----CT--A--A-TTG-A-T-TT--TTACCCT----C-C-T--------TTTG--TATAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105999 : TTT-TA-TT-G--AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AACG--T--T-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTGCCCACAAG
gi|106000 : TTT-TA-TT-TG-AAA-ATT-TTGT-GA-T-GTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--T---GA-GC-CT--G--A-CTG-A-C-TA--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CCCAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAG
gi|106001 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AACC-TCTT-C---A--TAAACTT--T-CTG--TC---T--CCCTCTTCTC-CGAA---AG-GC-CT--A--A-CTG-A-T-GT--TTACCCT----ATC-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AACGA-T-CT--AGA
gi|106002 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TGGT-AC-T-TTTC-CCAAA--AAAA--T--T-TT--------T--C-----TCTC-C--A---GGCGT-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AC-T-T-CC--AAA
gi|106003 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTG--AA-T-GTTC-C---A--AAAA--T--T-TTA--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-TT--A--A-CTG-A-C-TTA-TTACCCC----A-C-T--------TTAC--CACAAGA-T----AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106004 : TTT-TA-TT-GG-GAA-ATTATTGT-AA-T-TTTT-C---A--AAAT--T--T-TTG--TC---T--C-----CCTC-C--A---GG-GC-CC--A--T-TTG-A-C-TA--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CTCAAGA-TAAC-AAC-A-T-CT--AAAGCA
gi|106005 : TTT-TA-TT-GG-AAG-ATT-TTGT-AA-T-TTTC-C---C--AAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TCTT-C--A---GA-GA-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACTCC----A-C-T--------TTTGT-CA-AAGA-TAAC--AT-G-T-CC--AAAGCA
gi|106006 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-T-TGTC-----A--TAAA--T--T-TTG--CC---T--C-----TCTC-CCCA---GA-GC-CT--T--A-CTG-A-C-TA--TTATCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-T----AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106007 : TTT-TA-TTTGGCAAA-AGT-TTGT-AA---TTTC-C---A--AAAAGATAGT-TTG--TC---T--T-----TCTT-C--A---AAAGC-CT--AG-A-CTG-A-T-TT--TTACCCCTGTAA-C-TGCAACCTATTTG--CACAAGATTATC-AACTATT-CC--AAA
gi|106008 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTGT-GA-T-TTTC-CTT-ATTAAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TTTT-C--A---TA-GA-CG--A--A-CTG-A-T-GT--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AT-A-T-CC--AAAGCAagta
gi|106009 : TTT-TA-TT-GG-AAT-ATT---GT-AA-C-TTAA-C---C--AAAT--T--T-CTG--TC---T--------TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--G--TG-A-T-TT--T-ACCC-----A-C-T--------TTGC--CACAAGA-TATC-AACGA-T-CT--AA
gi|106010 : TTT-TAATT-GG-AAC-ATT-TTGT-AA-C-CATC-C-----------------------C---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTA---------TTGCCCC----A-C-T--------TTTG--CACGAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAGCAgata
gi|106011 : T-TA-TT-GG-TAA-GTT-TTGT-AA-T-TTTC-C---A--GAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-TT--A--A-CTG-A-C-TA--TTACCCC----A-C-TTTGCAG--TTTG--CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-GC--AAAGCA
gi|106012 : -TT-GG-AAA-ATT-T-G--AA-A-TTTC-T---G--AAAA--C--A-TTG--TT---T--T-----TTTT-C--ATCAGA-GC-CT--A--A-CTG-G-C-TA--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CATAAGA-TAAA-AAC-T-T-CC--AAAGCA
gi|106013 : TT-TTGTTAA-T-TTTT-CTT-A--AAAA--T--G-T-G--TT---T--CC----TCTC-C--A---GA-GC-CTA-A--A-CTG---C-TA--TTACCCC----A-C-----------TTGC-CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAG
gi|106014 : TT-TTGT-AA-T-TTTC-T---A--AAAT--T--T-TTC--TC---T--C-----TC-C-C--AT--GA-GC-TC--AATA-CTG-A-C-TTAGTTA-CTC----A-CGT--------TTTGC-CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106015 : -TTCC-C---A--GAAA--T--T-ATAGATC---T--C-----TCTT-C--A---GA-GC-CT--AC-A-CTG-A-T-TT--TTA-CCC----A-CTT--------TTTG--AACAAGA------AAC-A-TCCC--AAAGCA
gi|106016 : tC-C---A--AAAA--T--A-TTG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTA
gi|106017 : AAA--T--T-TTG--TCCTTT--C-----TTTTAC--A----A-GC-CTTAA--A-CTG-A-TCTT--TTACCCT----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATCAAAC-A-T-CCTAAAAGTA
gi|106018 : A--T--T-TTT--TT---T--T-----TTT----------G-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTGCTCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AC-A-T-TC--AAAGCA
blockSeqs : A A T C T A TT CA G CAA TT CT GTT GA CTT CCCTCT A GA TCAG C A TA AT C G T C AG TGTA C G GCAACCTA CC T T A G T C TA
blockSeqs : . . . . . . A AC . TT . GA AGT . . ACC . CC TG A . A G T . . . A . T T TTGCAG C . T . T . . .
blockSeqs : . . . . . . A CC . TT . A TA . . CC . . A . . . C . . . . . . . . . T . T . G . . .
blockSeqs : . . . . . . A C . . . . GT . . T . . A . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T C . . . . G . . C . . A . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T C . . . . T . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T C . . . . G . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A C . . . . G . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T C . . . . T . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . G . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . T . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . T . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . T . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . T . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . G . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . T . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T C . . . . G . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T C . . . . T . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T T . . . . T . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T A . . . . A . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . T T . . . . G . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . T . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
finalCons : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 22 444 1 666 22 55 6666 22 222 55555555 1 33 4444 2 1 33 44 2 1 1 1 33 3333 3 3 99999999 88 1 4 1 4 1 1 22
lowQualScore : . . . . . . .. ... . ... .. .. .... .. ... ........ . .. .... . . .. .. . . . . .. .... . . ........ .. . . . . . . ..
lowQualScore : 9 8 8 8 8 7 22 777 5 999 11 44 5555 00 555 00000000 4 99 4444 9 4 44 88 9 4 4 4 44 1111 0 0 66666666 00 5 1 5 6 5 5 11
consensus : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
Reference ( family-659 ) : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TANC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|105991 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--T-TTG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105992 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TTGA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--T-----CCTC----A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AGC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105993 : TTT-TA-TT-GG-AAATGTT-TTGA-AA-CATTTC-C---A--AAAA--A--TATTG--TC---T--C------CTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----G-C-T--------TTTG--CACAAGA-TA-C-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105994 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGA-AAAC-ATTC-C---A--AAAT--A--T-TGG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--ACCTG-ATT-TT--TTACCCT----GCC-T--------TTTGC-CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105995 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-T-GT-AA-C-TTTC-C---A--AAAAA-TG-T-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-ACACT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCT----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATA-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105996 : TTT-TG-T---G-AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTCGC---A--AAAA--TGTT-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-AC-AT--A--ATCTGGA-T-TT--TTACCCT----A-G-C--------TTTG--CACAAGA--ATA-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105997 : TTTATA-TT-GG-AAA-AT----GT-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--GTACCCT----A-C-T--------TGTG--CACAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--GAAGTA
gi|105998 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTTA-AA-C-TTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---TACC-----TTTA-C--T---GA----CT--A--A-TTG-A-T-TT--TTACCCT----C-C-T--------TTTG--TATAAGA-TATC-AAC-A-T-CT--AAAGTA
gi|105999 : TTT-TA-TT-G--AAA-ATT-TTGT-AA-C-TTTC-C---A--AACG--T--T-TTG--TC---T--T-----TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTGCCCACAAG
gi|106000 : TTT-TA-TT-TG-AAA-ATT-TTGT-GA-T-GTTC-C---A--AAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--T---GA-GC-CT--G--A-CTG-A-C-TA--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CCCAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAG
gi|106001 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AACC-TCTT-C---A--TAAACTT--T-CTG--TC---T--CCCTCTTCTC-CGAA---AG-GC-CT--A--A-CTG-A-T-GT--TTACCCT----ATC-T--------TTTG--CACAAGA-TATC-AACGA-T-CT--AGA
gi|106002 : TTT-TA-TT-GA-AAA-ATT-TGGT-AC-T-TTTC-CCAAA--AAAA--T--T-TT--------T--C-----TCTC-C--A---GGCGT-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AC-T-T-CC--AAA
gi|106003 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTG--AA-T-GTTC-C---A--AAAA--T--T-TTA--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-TT--A--A-CTG-A-C-TTA-TTACCCC----A-C-T--------TTAC--CACAAGA-T----AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106004 : TTT-TA-TT-GG-GAA-ATTATTGT-AA-T-TTTT-C---A--AAAT--T--T-TTG--TC---T--C-----CCTC-C--A---GG-GC-CC--A--T-TTG-A-C-TA--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CTCAAGA-TAAC-AAC-A-T-CT--AAAGCA
gi|106005 : TTT-TA-TT-GG-AAG-ATT-TTGT-AA-T-TTTC-C---C--AAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TCTT-C--A---GA-GA-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTACTCC----A-C-T--------TTTGT-CA-AAGA-TAAC--AT-G-T-CC--AAAGCA
gi|106006 : TTT-TA-TT-GG-AAA-ATT-TTGT-AA-T-TGTC-----A--TAAA--T--T-TTG--CC---T--C-----TCTC-CCCA---GA-GC-CT--T--A-CTG-A-C-TA--TTATCCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-T----AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106007 : TTT-TA-TTTGGCAAA-AGT-TTGT-AA---TTTC-C---A--AAAAGATAGT-TTG--TC---T--T-----TCTT-C--A---AAAGC-CT--AG-A-CTG-A-T-TT--TTACCCCTGTAA-C-TGCAACCTATTTG--CACAAGATTATC-AACTATT-CC--AAA
gi|106008 : TTT-TA-TT-GG-AAA-AAT-TTGT-GA-T-TTTC-CTT-ATTAAAA--T--G-TTG--TC---T--C-----TTTT-C--A---TA-GA-CG--A--A-CTG-A-T-GT--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AT-A-T-CC--AAAGCAagta
gi|106009 : TTT-TA-TT-GG-AAT-ATT---GT-AA-C-TTAA-C---C--AAAT--T--T-CTG--TC---T--------TCTC-C--A---AA-GC-CT--A--G--TG-A-T-TT--T-ACCC-----A-C-T--------TTGC--CACAAGA-TATC-AACGA-T-CT--AA
gi|106010 : TTT-TAATT-GG-AAC-ATT-TTGT-AA-C-CATC-C-----------------------C---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-CT--A--A-CTA---------TTGCCCC----A-C-T--------TTTG--CACGAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAGCAgata
gi|106011 : T-TA-TT-GG-TAA-GTT-TTGT-AA-T-TTTC-C---A--GAAA--T--T-TTG--TC---T--C-----TCTC-C--A---GA-GC-TT--A--A-CTG-A-C-TA--TTACCCC----A-C-TTTGCAG--TTTG--CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-GC--AAAGCA
gi|106012 : -TT-GG-AAA-ATT-T-G--AA-A-TTTC-T---G--AAAA--C--A-TTG--TT---T--T-----TTTT-C--ATCAGA-GC-CT--A--A-CTG-G-C-TA--TTACTCC----A-C-T--------TTTG--CATAAGA-TAAA-AAC-T-T-CC--AAAGCA
gi|106013 : TT-TTGTTAA-T-TTTT-CTT-A--AAAA--T--G-T-G--TT---T--CC----TCTC-C--A---GA-GC-CTA-A--A-CTG---C-TA--TTACCCC----A-C-----------TTGC-CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAG
gi|106014 : TT-TTGT-AA-T-TTTC-T---A--AAAT--T--T-TTC--TC---T--C-----TC-C-C--AT--GA-GC-TC--AATA-CTG-A-C-TTAGTTA-CTC----A-CGT--------TTTGC-CACAAGA-TAAC-AAC-A-T-CC--AAAGCA
gi|106015 : -TTCC-C---A--GAAA--T--T-ATAGATC---T--C-----TCTT-C--A---GA-GC-CT--AC-A-CTG-A-T-TT--TTA-CCC----A-CTT--------TTTG--AACAAGA------AAC-A-TCCC--AAAGCA
gi|106016 : tC-C---A--AAAA--T--A-TTG--TC---T--T-----CCTC-C--A---AA-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTA
gi|106017 : AAA--T--T-TTG--TCCTTT--C-----TTTTAC--A----A-GC-CTTAA--A-CTG-A-TCTT--TTACCCT----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TATCAAAC-A-T-CCTAAAAGTA
gi|106018 : A--T--T-TTT--TT---T--T-----TTT----------G-GC-CT--A--A-CTG-A-T-TT--TTGCTCC----A-C-T--------TTTG--CACAAGA-TAAC--AC-A-T-TC--AAAGCA