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lowQualScore                  :         ..     . ..  .  .           .      .   . . ....       .        
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Reference ( gi|6322 )         : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGTCTCAG-T----CCCCTCACCACACCCT
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Alignments
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lowQualScore                  :         ..     . ..  .  .           .      .   .   ....                
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consensus                     : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT
Reference ( family-658 )      : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT
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Alignments
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lowQualScore                  :         ..     . ..  .  .           .      .   .   ....                
lowQualScore                  :         66     0 00  9  4           4      2   4   3333                
consensus                     : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT
Reference ( family-658 )      : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT
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blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                . .   .  .           .          .   .   
blockSeqs                     :                  .   .  .           .          .   .   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT
finalCons                     : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT





Alignments
lowQualScore                  :         44     3 22  2  1           1      0   1   7777                
lowQualScore                  :         ..     . ..  .  .           .      .   .   ....                
lowQualScore                  :         66     0 00  9  4           4      2   4   3333                
consensus                     : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT
Reference ( family-658 )      : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACACCCT
gi|6322                       : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGTCTC-AGT----CCCCTCACCACACCCT
gi|6323                       : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AGAATATTGTAGACTGTGTCTC-AGT----CCCCTCACCACACCCT
gi|6324                       : ACTGCTGC--TAAAC-T--AG-TT-AG-ATA-TCTA-ACTGTGTCTC-AGTTCAACCCCTCACCACACCCT
gi|6325                       : ACTGCTGC--TAAAC-TGTAG-TT-AGAATATG-TA-ACTGTG-TTCAGGT----CCCCTCACCACACC
gi|6326                       :  CTGCTGC--TAAAC-T--AGTTT-AGAA-ATTGTA-ACTGTGTC-C-AG------CCCTCACCA-ACC
gi|6327                       :   TGCTAC--TAAAC-T--AG-TT-AGAACATTCTA-ACTGTGTCTC-AGTC---CCCCTCACCACACCCT
gi|6328                       :   TGCTGC--TAAA---------------TATTCTA-ACTGTGTCTC-AGT----CCCCTCACCACACCCT
gi|6329                       :   TGCTAC--TAAAC-T--AGTTT-AGAATATT-----CTGTGTCTC-AGTC---CCCCTCACGGCACCCT
gi|6330                       :    GCTGCGTCGAACAT--AG-CT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACAACC
gi|6331                       :        C--TAAAT-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CTTCTCATCACA
gi|6332                       :         --TAAACGT--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGATTT-GGT----CCCCTCATCACA
gi|6333                       :         --TAAGG-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGTC---CCCCTCATCACA
gi|6334                       :            AAAC-T--AG-TT-AGAATATTCGA-ACTGTGACTC-GAT----CCCCTCATCACA
gi|6335                       :            AACC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGATTC-GGT----CCCCTCATCACA
gi|6336                       :             AAG-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACT--GGT----CCCCTCATCACA
gi|6337                       :              AC-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACA
gi|6338                       :              AT-T--AG-TT-AGAATGTTCTA-ACTGTGACTC-AGT----CCCCTCATCACA
gi|6339                       :               C-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACA
gi|6340                       :               C-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACA
gi|6341                       :               C-T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACATC
gi|6342                       :               C-T--AG-TT-AGAACATTCT-----GTGTCTC-AGT----CCCCTCACCACA
gi|6343                       :               C-T--AG-TTTAGAAGATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACA
gi|6344                       :                -T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACA
gi|6345                       :                -T--AG-TT-AGAATGTTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCAC
gi|6346                       :                -T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCACTCATCACA
gi|6347                       :                -T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCA
gi|6348                       :                -T--AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-AGT-----CCCTCATCA
gi|6349                       :                  --AG-TT-AGAATATTCTA-ACTGTGACTC-GGT----CCCCTCATCACAC