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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AAGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-GA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
finalCons : AAGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-GA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
Alignments
lowQualScore : 33 22 22 55 2 4 2 3 3 22 1 1 1 1 1 22 555 1 1 5555555 1 44 3 1 3333 1 555 1
lowQualScore : .. .. .. .. . . . . . .. . . . . . .. ... . . ....... . .. . . .... . ... .
lowQualScore : 11 99 99 00 0 0 0 5 5 44 6 5 5 5 5 77 666 5 5 2222222 6 00 3 7 5555 7 222 7
consensus : AAGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-GA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
Reference ( family-657 ) : AAGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-GA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
gi|119467 : AAGATC--AAA--A--AT--ATGTGATT-CA-G-TTA-TCCG-AA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GT---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
gi|119468 : AAGATC--AAA--A--AT--ATGTGATT-CA-G-TTA--CCG-AA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTG-TT---TG-GGAACCCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
gi|119469 : AAGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-T-TTA-TCCG-GA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
gi|119470 : AAGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-GA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGATTT----AA-CG---AGG-CTCCA-TGTA
gi|119471 : AAGATA--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCA-GA--CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GC---AG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TTTATAAA-CG---AGG-CTCCACTGTA
gi|119472 : AAGATC--TAA--A--AT--ATACGATT-CA-G-TTA-TCCG-GA--CGTTTAA-TTTA-T-T-CGG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GAA-TA----AA-CG---GGG-CTTCACTGTA
gi|119473 : AAGAT---AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-G---CGCTTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTT-GCAGGTG-GGAC-CCAA--------------TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CTTCACTGTA
gi|119474 : AAGAT---AAA--A--AT--ATTCGATT-CAAG-TTA-TCCG-GA--CACTTCA--TTA-TAC-CGG-ACGATTTT--C---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GG---T----AA-CG---AGG-CTCCACTGTA
gi|119475 : AATATC--TGA--A--AT--ATGCGATTTCACG-TTA-TCCG-GA--CGCGTCAGTTTA-T-CTCGG-ACAATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-CGTCACTG
gi|119476 : AGGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G--TA-TCCGCGA--CGCTTCA-TTTATT-C-CGG-ACGA-TTT-GC---T--GGAA-CC-A-------AG-TGGTCCC-GGA-TT----AA-CA---TGG-CTCCACTG
gi|119477 : AAGTTC--AAA--A--ATT-ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-GA--CG-TTCA-TTTA-T-C-CGGAACGATTTT-GC---TT-GGAA-GCAA-------AGCTG--TCCGGGA-TT----AATCGCC-AGGTCTCCACT
gi|119478 : AAGATC--TAA--C--AC--ATGTGATT-TA-G-TTA-TCCA-GA--AGCTTCA-GTCA-T-C-CGA-ATGATTTT-CC---TG-GGAG-CCGA-------AG-TG--TCC-AGA-TT----AA-TA---AGG-CTCCACTGTA
gi|119479 : AAGGTCGCAAA--ATGAT--ATGTGGGT-CA-G-TTA-TCTC-TA--CACTTCA-TTTA-T-C-TGG-ATGATATT-GC---TG-TGTA-CCAA-------AG-TG--TCT-GTA-TT----AA-CA---AGG-TTCCACTGTA
gi|119480 : AAGATC--AAA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-T------------------A-TT-A-T-C-CGG-ACGATTTTGGC---TG-G
gi|119481 : AGAGC--ATA--A--ATCAACATAATT-CT-G-ATA-TCCA-CA--TGCTTCA-CTTC-T-G-TAG-ACGATTTG-GC---GC-GAAA-CCAA-------AC-TG--TTC-GGA--A----AA-TG---AGG-TGCCACT
gi|119482 : TC--GAT--A--AT--CTG-GACG-CC-G-TTAATCCA-GA--CGCTTTA-TTTA-T-C-CGG-ACGATTTC-AC---TG-GAAA-CCAG-------AG-TG--TCC-AAA-TT----AA-CGTCTCGG-CTCCACTGTA
gi|119483 : C--AAACTA--AT--ATGCAATT-CA-G-TAA-TCCGAGG--GGGTTCA-TTTA-T-C-TGG-ACAATTTT-TC---TG-GGAA-CCAA-------AG-CA--TCC-AGA-TT----AA-CG---AGG-CTTTACTGTA
gi|119484 : --AAA--A--AA--ATGCGTTT-CA-GGTTA-TCCG-GA--CGGCTCA-TTTA-T-C-CGG-ACGATCTT------TG-TGGA-CCAA-------AG-TGC-TCCGGGA-TT----AA-CG----GG-CTCCACTGTA
gi|119485 : AA--A--AT--ATGCGATT-CA-G-TTA-TCCG-AA--TCCTTTA-TTTA-T-C-CGG-GCGATTTC-GC---TG-GAAA-CAAA-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AGG-TCTCATTGTA
gi|119486 : CA-TTTA-T-C-TAG-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAATTTTTTGTG-TG--TCC-GCA--T----AA-TG---AGA-CTCC-CTG
gi|119487 : aaatatttgtttaattcattactaac-CA-A-TTAATCCG-GAAACGCTTCA-CT-A---C-CGG-ACGATTTT-TC---TG-GGAA-CGGA-------AG-T
gi|119488 : A-TCCG-GA--CGCTTCA-CCT--T-C-CGG-ACGATTTT-TCT--TG-GGAA-C
gi|119489 : A-TCCG-GA--TGCTTCA-TCT--T-C-AGA-ACGATTTT-GC---TG-GGAA-CCAA-------AG-TG--TTT-GGA-TT----AA-CA---AGG-CTCCACTGTAggaa
gi|119490 : A-TCCG-GA--CGCTTCA-CCT--T-C-CGG-ACGATTTT-TCT--TG-GGAA-C
gi|119491 : GCCTCG-TTAA-T-A-TGG-ATGCTACT-GC---TG-GGAA-CCAG-------AG-TG--TTT-GGA-TT----AA-CA---AGG-CTCCACTggaa
gi|119492 : TA-T-T-TGG-ATGATTTT-TC---CA-AGAA-CCAA-------AA-TG--TCC-GGA-TT----AG-CG---AGA-CGTCACT
gi|119493 : C---TGTGGAA-TCAA-------AG-TG--TCT-AGA-TT----AA-CA---AGG-CTCCACTGTA
gi|119494 : A-------AG-TG--TCC-GGA-TT----AA-CG---AAG-CTCCACTGTA