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lowQualScore                  :         . .  . .           .     . .   ..   .   . .  . .....   . .  ....   .  . ............ ...... .        ..........  . . .    .   ...    .    .................  .. . .     ..  . .  .  .  .      ...    . ... .... .    . .  . .     . ...  .   ..   . . .  .. .  .   ..   . .   .   .  . .    . .   ..   .  .   . ..      
lowQualScore                  :         9 9  9 9           9     9 0   88   0   0 9  9 88888   8 9  8888   9  9 777777777777 555555 9        3333333333  1 2 1    1   777    0    00000000000000000  33 4 4     99  4 2  1  3  1      777    0 555 2222 9    9 9  9 9     9 333  9   99   1 1 1  99 6  1   99   1 1   1   7  2 2    2 2   11   2  4   4 33      
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Reference ( gi|92617 )        :  TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-CC-A-----TTT-T-CG-C--TAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TC-T-A-GGAA-CGT---TTTT-CCTGT---T---------AT-TT--A-A-AATTC-CCG-T-TA-AA-AC-GCCAAA--CTCGC-T-T-T----C-GCCA-TCCG-C-CACGG-T---GT-TTTT-AGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCG-C--ATGGGT
gi|92618                      :  TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-CC-A-----TTT-T-CG-G--TAT-AA-C------------G------C-TGCATTTT----------TC-T-A-GGAA-CGT---TTTT-CCTGC---T---------AC-TT--A-A-AATTC-CCG-T-TA-AA-AT-GCCAAA--CCCGC-T-T-T----C-GCCA-TCCG-C-CACAG-T---GT-TTTT-AGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-T-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--TTA-AA-CCGCC--ATGGGT
gi|92602                      :  TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-CC-A-----TTT-T-CG-G--TTT-AA-C------------G------C-CACATTTT----------TC-T-A-GGAA-CGT---TTTT-CCTGC---T---------AC-TT--A-A-AATTT-TCG-T-TA-AA-AC-GCCAAA--TTCGC-T-T-T----T-GCCA-TTCG-C-CACGG-T---GT-TTTC-AGT-A-C-AA--ATGT-CTA--TTT-C-ACA-GTACTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC--ATGGGT
gi|92603                      : aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-A-CC-A-----TTT-T-AG-G--TAT-AA-T------------G------C-CGCATTTT----------TC-T-A-GGAA-TGT---TTTT-CCTGC---T---------AC-TT--A-A-AATTC-TCG-C-TA-AA-AC-GCCAAA--TTCGC-T-A-T----C-GCCA-TTCG-C-CACGG-T---GT-TCTC-AGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACG-GTGCTA-A-TGAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC--ATGGGT
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gi|92604                      :  TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-CC-A-----TTTCT-CG-G--TAT-AA-C------------G------C-CGCAATTT----------TC-T-A-GGAA-CGT---TTTTTCCTGC---T---------AC-TT--A-A-AATTC-TCG-T-TA-AG-AC-GCCAAA--TTCGC-T-T-T----C-GCCA-TTCG-C-CACGA-T---GT-ATTC--GT-A-CGAA--AAGT-CC---TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-CTTCG--ATA-AA-CCGCC--ATGGGT
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gi|92608                      :  TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCACAT-CAAATTTC-A-C-G-CC-A-----TTTCT-CG-G--TAT-AA-C------------G------C-CGCA-ATT----------TA-T-A-GGAA-CGT---TTTT-CCTGC---T----------C-TT--A-A-AATTCTTCG-T-TA-AATAC-GCAAAA--TTCGC-T-T-T----C-GCCATTTCGCC-CACGA-T---GTACTTC-GGTAA-C-AA--AA-T-CCA--TTC-A-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATATAC-CCG-CTAATGGGT
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gi|92610                      : aTACAGTT-ACGC-T-TTCGAATTATCTGCCAC-TACGA--TTC-ATCCG-CC-AATTTGCTT-T-CG-G--TAT-AAAC------------G------C-CGAATTTT----------TC-C-T-AGAA-TGTAATTTTT-CTTGT---TCTGCTTCTGATCTT--A-A-AAT-C-TCG-TATA-AA-AC-GC-AAA--TTCGC-T-T-T----C-GCTA-TTTG-C-CACGA-TCTGGT-TTTTCAGT-A-C--A--AAGT-ATGCTTTT-C-ACA-GTGTTATC-CTAC-T-TCG--ATA-GA-CGG-CCAATGGcat
gi|92613                      : aTACAGTT-A-AC-T-CTCTAATTAAC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATT-G-CC-A-----TTT-T-AG-G--TAT-AA-C------------G------C-TGCATTTT----------T
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gi|92621                      : aTACAGTT-A-AC-T-C--AAATTATT-GCCAC-T-AAA--TTC-ATC-A-CC-A-----TTT-T-TG-T--TATAAA-C------------A------C-TGCATTCT----------caggtgactctctataactcgaacttcgatctctcg
gi|92614                      :  TACTGTT-A-AC-T-ATCAAA--ATC-GGCAC-A-TAA--TTC-ATC-G-CC-A-----TAT-T-CA-CAATAT-AT-T------------G------C-AATGTATT----------CC-T---GGGG-CG----TTTT-CCTTC---T---------AT-AT--A-T-A--CC-CCT-T-TA-TA-TT-GCCA-------GC-T-G-TGTACC-ACTA-TTCG-C-CACCC-T---GT-TTTC-AAA-T-C-AAGCACAT-CCG--TAT-C-AGG-ATATCA-A-ATGC-C-TCG--ATT-TA-CCG-C--
gi|92615                      : aTGCAGTT-A-AC-T-ATCTAATGATC-GTCAC-A-CGA--TTC-ATC-A-CC-A-----TCT-T-CA-C--AAT-AG-C------------GAAAGGTT-TGTTTTTTGGTTTTTTTATC-TCA-GGGG-CA----TTTT-CTTGC---T---------A---T--ACA-GATCCACCT-T-TATAATACTGCCAGG--TTTGC-G-TAC----C-ACCA-ATCG-C-CACCC-T---GT-TTTT-Atat
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gi|92612                      :  aACAGGT-A-ATGT-CCCGCATTATT-TTCAC-G-GAA--T-C-ATC-G-TC-A-----TT--------------AA-C------------G------C-TGTATTTG----------TC-G-A-CGAATCGT---TCTC-TTAGTATGT---------AT-TT--A-A-ATATA-TCG-T-AA-AT-AC-GCCCAA--TTCGC-T-C-T----C-CCCA-TTTT-T-CAATG-T---GT-CCTA-AGT-A-T-AA--ATGT-CGG--TTT-C-AAA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATG-AA-CCG-TA-ATGGAT
gi|92622                      :   acAGTT-A-AC-TACTCGAATTATC-GCCAC-T-CAG--TTC-ATC-G-CC-A------TT-T-CG-C--TAT-AT-C------------G------CACGCATTTT----------TCTT-A-GATA-CGT---TTTC-TCTGT---A---------AC-TTA-A-A-AATTC-TCGTT-TA-AA-AC-GCCAAA--CTCGCAT-T-T----C-GCCA-TCCG-C-CACGG-T---G--TTTT-AGT-A-C-AA--ATGT-CTG--GTT-T-ATACATG-TA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC--ATGAGT
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Alignments
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lowQualScore                  :          1 1  1 1           1     1 1   22   1   1 1 22 1 44444   3 44  4444   3  1 111111111111 555555 1        8888888888   4 2   2 2   333   2  44444 4444    4444 2   22 2 2  2   2    555 1   3  1   22       22 1  44 1     1    1 1     44  22 1   2   2 2 2  22 3  2   22   2 2   2      2 2    2 2   22   2  4     4      
lowQualScore                  :          . .  . .           .     . .   ..   .   . . .. . .....   . ..  ....   .  . ............ ...... .        ..........   . .   . .   ...   .  ..... ....    .... .   .. . .  .   .    ... .   .  .   ..       .. .  .. .     .    . .     ..  .. .   .   . . .  .. .  .   ..   . .   .      . .    . .   ..   .  .     .      
lowQualScore                  :          8 8  8 8           8     8 9   66   9   9 8 55 8 55555   6 33  9999   6  8 111111111111 222222 8        0000000000   0 0   0 0   555   0  88888 0000    2222 0   88 1 1  1   1    555 9   8  9   55       55 8  33 8     8    8 8     33  55 8   0   0 0 0  88 0  0   88   0 0   0      1 1    1 1   99   1  2     2      
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Reference ( family-653 )      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ANGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
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gi|92617                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---CTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGTT----A-TTT--A-A-AA-TTC-CCGT---T-AAA-AC-GCC--AAACTCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CACGG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCG-C-ATGGGT
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gi|92621                      :   TACAGTT-A-AC-T-C--AAATTATT-GCCAC-T-AAA--TTC-ATC-A-C--C-A-----TTT-T--TG---TTATAAA-C------------A------C-TGCATTCT----------
gi|92622                      :      AGTT-A-AC-TACTCGAATTATC-GCCAC-T-CAG--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT----CG---CTAT-AT-C------------G------CACGCATTTT----------TCT-T-AGATA-CGT---TTT-CT-----C----TGTA----A-CTT--A-A-AAATTC-TCGT---TTAAA-AC-GCC--AAACTCG--CATT--T-CGCCA-TCCG-C-CACGG--TG--T-TTT-AGT-A-C-AA--ATGT-CTG--GTT-T-ATACATG-TA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGAGT
gi|92623                      :          -A-AT-T-CTCAAATTATT-GCCAC-T-CGA--TTC-ATC-A-CTAT-A-----TTT-T--C-----TAC-AA-A------------G------C-CATGTTTT----------GTC-A-CGA-A-CAT---TTC-TC-----C----T
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Alignments
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lowQualScore                  :          . .  . .           .     . .   ..   .   . . .. . .....   . ..  ....   .  . ............ ...... .        ..........   . .   . .   ...   .  ..... ....    .... .   .. . .  .   .    ... .   .  .   ..       .. .  .. .     .    . .     ..  .. .   .   . . .  .. .  .   ..   . .   .      . .    . .   ..   .  .     .      
lowQualScore                  :          8 8  8 8           8     8 9   66   9   9 8 55 8 55555   6 33  9999   6  8 111111111111 222222 8        0000000000   0 0   0 0   555   0  88888 0000    2222 0   88 1 1  1   1    555 9   8  9   55       55 8  33 8     8    8 8     33  55 8   0   0 0 0  88 0  0   88   0 0   0      1 1    1 1   99   1  2     2      
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Reference ( family-653 )      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ANGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92602                      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTTT-AA-C------------G------C-CACATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTT-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-TGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ATGT-CTA--TTT-C-ACA-GTACTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92603                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-A-C--C-A-----TTT-T--AG---GTAT-AA-T------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-TGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-TCGC---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TA--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TCTCAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACG-GTGCTA-A-TGAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92604                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTTCT--CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCAATTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTTTTC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-TCGT---T-AAG-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TTCG-C-CACGA--TG--T-ATTC-GT-A-CGAA--AAGT-CC---TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-CTTCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92605                      :  aTACAGGT-A-AC-T-CGAGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTTTTAA-C------------G------C-CACATTGT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-ATAA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TTCG-C-CACTG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ATGT-CTA--TTT-C-ACA-GTGCTA-A-ATAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGG
gi|92606                      :  aTGCAGTT-A-AC-T-CTCAAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-T--C-A-----TTT-TC-CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCTCA-AGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCA----A-CTTAAA-A-AA-TTC-TAGT---T-AAACAC-CCC--AAAT-----C-CTAAT-CGCCA-TT-G-C-CGCGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ATGT-CTG--TTTCC-ACA-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AACCCGTC-ATGGGT
gi|92607                      :  aTACAGTTTA-AC-T-CTCGAATTATC-CCAAC-T-CAA--TTCCATC-GGC--CGA-----TTT-T--CG---TT-T-AA-CA-----------G------C-CACATTTT----------CTT-ATGGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA--TC-TCGT---T-AAA-AC-GCCGAAGATTCG--C-TT--TCCGCCA-TTCG-CGCACGG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--ATGT-CTG--TTT-CTACA-GTGCTA-ATTTAT-C-TCGGTATA-AATCCGCC-ATGGGT
gi|92608                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCACAT-CAAATTTC-A-C-G-C--C-A-----TTTCT--CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCA-ATT----------TAT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT------CTT--A-A-AA-TTCTTCGT---T-AAATAC-GCA--AAATTCG--C-TT--T-CGCCATTTCGCC-CACGA--TG--TACTTCGGTAA-C-AA--AA-T-CCA--TTC-A-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATATAC-CCGCTAATGGGT
gi|92609                      :  aTAGAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCTAC-T-AAG--TTC-ATC-G-T--C-A-----TTT-T--C----------A-T------------G------C-CGCATTTT----------TGC-G-GGA-A-CAA---TTT-TT-----C----AGTT----A-CAT--A-A-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GTT--AAATTCG--C-TT--T-AGACA-TTTA-C-CACGG--TG--T-TTTATGT-A-C-AA--ATGT-CAG--TTC-C-GCA-ATGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCACC-AT
gi|92610                      :  aTACAGTT-ACGC-T-TTCGAATTATCTGCCAC-TACGA--TTC-ATCCG-C--C-AATTTGCTT-T--CG---GTAT-AAAC------------G------C-CGAATTTT----------TCC-T-AGA-A-TGTAATTTT-TCTTGTTC----TGCTTCTGATCTT--A-A-AA-T-C-TCGTA--T-AAA-AC-GC---AAATTCG--C-TT--T-CGCTA-TTTG-C-CACGATCTGGTT-TTTCAGT-A-C-AA--A-GT-ATGCTTTT-C-ACA-GTGTTATC-CTAC-T-TCG--ATA-GA-CGGCCAATGG
gi|92611                      :  aTACAATG-A-AC-T-CTTGAATTATT-ACCAC-T-CAA--ATC-ATT-G-C--C-A-----TTT-T--CA---TTAT-AA-TGAATTCTGGAAAG------C-CGCATTTT----------TCT-A-TGA-A-TGC---TTT-TC-----C----TATT----A-CAG--G-T-GA-CTC-TC-----T-ATA-AC-TCG--AACTTCGATC-TC--T-CG
gi|92612                      :   aACAGGT-A-ATGT-CCCGCATTATT-TTCAC-G-GAA--T-C-ATC-G-T--C-A-----TT---------------AA-C------------G------C-TGTATTTG----------TCG-A-CGA-ATCGT---TCT-CT-----TAGTATG-T----A-TTT--A-A-AT-ATA-TCGT---A-AAT-AC-GCC--CAATTCG--C-TC--T-CCCCA-TTTT-T-CAATG--TG--T-CCTAAGT-A-T-AA--ATGT-CGG--TTT-C-AAA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATG-AA-CCGTA-ATGGAT
gi|92613                      : acTACAGTT-A-AC-T-CTCTAATTAAC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATT-G-C--C-A-----TTT-T--AG---GTAT-AA-C------------G------C-TGCATTTT----------T
gi|92614                      :  aTACTGTT-A-AC-T-ATCAAA--ATC-GGCAC-A-TAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TAT-TCACA---ATAT-AT-T------------G------C-AATGTATT----------CCT---GGG-G-CG----TTT-TC-----C----TTCT----A-TAT--A-T-A---CC-CCTT---T-ATA-TT-GCC--AGCTGTG----TA--C-CACTA-TTCG-C-CACCC--TG--T-TTTCAAA-T-C-AAGCACAT-CCG--TAT-C-AGG-ATATCA-A-ATGC-C-TCG--ATT-TA-CCGCT-AT
gi|92615                      :  aTGCAGTT-A-AC-T-ATCTAATGATC-GTCAC-A-CGA--TTC-ATC-A-C--C-A-----TCT-T--CA---CAAT-AG-C------------GAAAGGTT-TGTTTTTTGGTTTTTTTATCTCA-GGG-G-CA----TTT-TC-----T----TGCT----A---T--ACA-GA-TCC-ACCTTTAT-AAT-ACTGCC--AGGTTTG--C-GTA-C-CACCA-ATCG-C-CACCC--TG--T-TTTTA
gi|92616                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-
gi|92617                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---CTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGTT----A-TTT--A-A-AA-TTC-CCGT---T-AAA-AC-GCC--AAACTCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CACGG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCG-C-ATGGGT
gi|92618                      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------G------C-TGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-CCGT---T-AAA-AT-GCC--AAACCCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CACAG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-T-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--TTA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92619                      :   TACAGTT-A-A--T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CA---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-T------C----TGCT----A-CAT--A-A-AA-TCC-CCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CATGG--TG----TTTAAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--TTA-AA-CCGCA-A-GGGT
gi|92620                      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTA------A--T-CAA--TTC-ATC-G-C--A-T-----TTT-T--CGTCTATAT-AG-C------------G------C----ATTTT----------CCC-A-GGA-A-CGT---TTT-TC----------TGTT----A---T--A-T-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAACTCG--C-TT--T-CGCCA-T-CG-C-CATGG--TG--T-TTTTAGT-A-A-AA--ATGT--TG--TTT-T-ACA-TTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92621                      :   TACAGTT-A-AC-T-C--AAATTATT-GCCAC-T-AAA--TTC-ATC-A-C--C-A-----TTT-T--TG---TTATAAA-C------------A------C-TGCATTCT----------
gi|92622                      :      AGTT-A-AC-TACTCGAATTATC-GCCAC-T-CAG--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT----CG---CTAT-AT-C------------G------CACGCATTTT----------TCT-T-AGATA-CGT---TTT-CT-----C----TGTA----A-CTT--A-A-AAATTC-TCGT---TTAAA-AC-GCC--AAACTCG--CATT--T-CGCCA-TCCG-C-CACGG--TG--T-TTT-AGT-A-C-AA--ATGT-CTG--GTT-T-ATACATG-TA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGAGT
gi|92623                      :          -A-AT-T-CTCAAATTATT-GCCAC-T-CGA--TTC-ATC-A-CTAT-A-----TTT-T--C-----TAC-AA-A------------G------C-CATGTTTT----------GTC-A-CGA-A-CAT---TTC-TC-----C----T
gi|92624                      :                                                    -C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------A------C-CAAATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--
gi|92625                      :                                                                                                                                                   C-----C----TG-T----G-CTT--G-A-AA-TTT-TCAT---T-GAA-AT-GCC--ATATTCG--C-TA--T-CGCCA-TTTG-C-CAAAG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--AAGT-CTA--TTT-C-AAA-GTGTTC-A-TTAT-C-TCA--ATA-AA-CTGCC-ATGG
gi|92626                      :                                                                                                                                                                                            ---T-AAA-AC-GCC--AATTTCG--C-TA--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TCTCGGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACG-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92627                      :                                                                                                                                                                                                -AAA-AT-GTC--A--TTTG--C-TA--T-TGCCA-TGTG-C-CA--G--TG--T-TTTTGGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-AGA-GTGTT
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gi|92629                      :                                                                                                                                                                                                                               GCCA-CCCA----ACGGC-TG--T-TTTTAGT-ATC-AT--TTGTGTTG--TTT-T-ACA-TTGTTA-A-TTCTTC-TCG--ATA-AA-CCGCC-AT


blockSeqs                     :          T C  G A           T     A A   AT   C   C G TA G ATTTG   C CA  TCTA   T  A GAATTCTGGAAA AAAGGT A        GGTTTTTTTA   C T   T T   AAT   T  TTGTT AGTA    TCTG T   AA C T  A   T    TTA T   C  T   GA       AT A  AA C     T    C G     TC  GT A   C   A T G  GC A  G   CT   C T   C      T T    T T   GT   T  C     A
blockSeqs                     :          . .  . .           .     . .   .    .   . . .  . .       C C   G      A  . A            .      .        .            C .   . .   .     .  .     .       .    .   .  . .  .   .    A   .   T  .   .        .  .  A  .     .    . .     C   .  .   C   . . .  .  A  .   .    . .   .      . .    . .   .    .  T     A
blockSeqs                     :          . .  . .           .     . .   .    .   . . .  . .       . .   G      .  . .            .      .        .            . .   . .   .     .  .     .       .    .   .  . .  .   .    .   .   .  .   .        .  .  .  .     .    . .     .   .  .   C   . . .  .  T  .   .    . .   .      . .    . .   .    .  .     .
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blockSeqs                     :          . .  . .           .     . .   .    .   . . .  . .       . .   G      .  . .            .      .        .            . .   . .   .     .  .     .       .    .   .  . .  .   .    .   .   .  .   .        .  .  .  .     .    . .     .   .  .   T   . . .  .  T  .   .    . .   .      . .    . .   .    .  .     .
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blockSeqs                     :          . .  . .           .     . .   .    .   . . .  . .       . .   C      .  . .            .      .        .            . .   . .   .     .  .     .       .    .   .  . .  .   .    .   .   .  .   .        .  .  .  .     .    . .     .   .  .   T   . . .  .  A  .   .    . .   .      . .    . .   .    .  .     .
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blockSeqs                     :          . .  . .           .     . .   .    .   . . .  . .       . .   .      .  . .            .      .        .            . .   . .   .     .  .     .       .    .   .                .   .   .  .   .        .  .  .  .     .    . .     .   .  .   T   . . .  .  .  .   .    . .   .                                  
blockSeqs                     :          . .  . .           .     . .   .    .   . . .  . .       . .   .      .  . .            .      .        .                                 .     .                                     .   .  .   .        .  .  .  .     .    . .     .   .  .   .                                                                  
blockSeqs                     :          . .  . .           .     .                . .  . .       . .   .      .  . .            .      .        .                                                                                        .        .  .  .  .     .    . .     .   .  .                                                                      


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originalCons                  :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ANGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
finalCons                     :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ANGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT





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lowQualScore                  :          . .  . .           .     . .   ..   .   . . .. . .....   . ..  ....   .  . ............ ...... .        ..........   . .   . .   ...   .  ..... ....    .... .   .. . .  .   .    ... .   .  .   ..       .. .  .. .     .    . .     ..  .. .   .   . . .  .. .  .   ..   . .   .      . .    . .   ..   .  .     .      
lowQualScore                  :          8 8  8 8           8     8 9   66   9   9 8 55 8 55555   6 33  9999   6  8 111111111111 222222 8        0000000000   0 0   0 0   555   0  88888 0000    2222 0   88 1 1  1   1    555 9   8  9   55       55 8  33 8     8    8 8     33  55 8   0   0 0 0  88 0  0   88   0 0   0      1 1    1 1   99   1  2     2      
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Reference ( family-653 )      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ANGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
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gi|92606                      :  aTGCAGTT-A-AC-T-CTCAAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-T--C-A-----TTT-TC-CG---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCTCA-AGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCA----A-CTTAAA-A-AA-TTC-TAGT---T-AAACAC-CCC--AAAT-----C-CTAAT-CGCCA-TT-G-C-CGCGG--TG--T-TTTCAGT-A-C-AA--ATGT-CTG--TTTCC-ACA-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AACCCGTC-ATGGGT
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gi|92610                      :  aTACAGTT-ACGC-T-TTCGAATTATCTGCCAC-TACGA--TTC-ATCCG-C--C-AATTTGCTT-T--CG---GTAT-AAAC------------G------C-CGAATTTT----------TCC-T-AGA-A-TGTAATTTT-TCTTGTTC----TGCTTCTGATCTT--A-A-AA-T-C-TCGTA--T-AAA-AC-GC---AAATTCG--C-TT--T-CGCTA-TTTG-C-CACGATCTGGTT-TTTCAGT-A-C-AA--A-GT-ATGCTTTT-C-ACA-GTGTTATC-CTAC-T-TCG--ATA-GA-CGGCCAATGG
gi|92611                      :  aTACAATG-A-AC-T-CTTGAATTATT-ACCAC-T-CAA--ATC-ATT-G-C--C-A-----TTT-T--CA---TTAT-AA-TGAATTCTGGAAAG------C-CGCATTTT----------TCT-A-TGA-A-TGC---TTT-TC-----C----TATT----A-CAG--G-T-GA-CTC-TC-----T-ATA-AC-TCG--AACTTCGATC-TC--T-CG
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gi|92613                      : acTACAGTT-A-AC-T-CTCTAATTAAC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATT-G-C--C-A-----TTT-T--AG---GTAT-AA-C------------G------C-TGCATTTT----------T
gi|92614                      :  aTACTGTT-A-AC-T-ATCAAA--ATC-GGCAC-A-TAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TAT-TCACA---ATAT-AT-T------------G------C-AATGTATT----------CCT---GGG-G-CG----TTT-TC-----C----TTCT----A-TAT--A-T-A---CC-CCTT---T-ATA-TT-GCC--AGCTGTG----TA--C-CACTA-TTCG-C-CACCC--TG--T-TTTCAAA-T-C-AAGCACAT-CCG--TAT-C-AGG-ATATCA-A-ATGC-C-TCG--ATT-TA-CCGCT-AT
gi|92615                      :  aTGCAGTT-A-AC-T-ATCTAATGATC-GTCAC-A-CGA--TTC-ATC-A-C--C-A-----TCT-T--CA---CAAT-AG-C------------GAAAGGTT-TGTTTTTTGGTTTTTTTATCTCA-GGG-G-CA----TTT-TC-----T----TGCT----A---T--ACA-GA-TCC-ACCTTTAT-AAT-ACTGCC--AGGTTTG--C-GTA-C-CACCA-ATCG-C-CACCC--TG--T-TTTTA
gi|92616                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-
gi|92617                      :  aTACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---CTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGTT----A-TTT--A-A-AA-TTC-CCGT---T-AAA-AC-GCC--AAACTCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CACGG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCG-C-ATGGGT
gi|92618                      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------G------C-TGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--A-A-AA-TTC-CCGT---T-AAA-AT-GCC--AAACCCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CACAG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-T-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--TTA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92619                      :   TACAGTT-A-A--T-CTCGAATTATC-GCCAC-T-CAA--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT-T--CA---GTAT-AA-C------------G------C-CGCATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-T------C----TGCT----A-CAT--A-A-AA-TCC-CCGT---T-AAA-AC-GCC--AAATTCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CATGG--TG----TTTAAGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACA-GTGTTA-A-TTAT-C-TCG--TTA-AA-CCGCA-A-GGGT
gi|92620                      :   TACAGTT-A-AC-T-CTCGAATTA------A--T-CAA--TTC-ATC-G-C--A-T-----TTT-T--CGTCTATAT-AG-C------------G------C----ATTTT----------CCC-A-GGA-A-CGT---TTT-TC----------TGTT----A---T--A-T-AA-TTC-TCGT---T-AAA-AC-GCC--AAACTCG--C-TT--T-CGCCA-T-CG-C-CATGG--TG--T-TTTTAGT-A-A-AA--ATGT--TG--TTT-T-ACA-TTGTTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92621                      :   TACAGTT-A-AC-T-C--AAATTATT-GCCAC-T-AAA--TTC-ATC-A-C--C-A-----TTT-T--TG---TTATAAA-C------------A------C-TGCATTCT----------
gi|92622                      :      AGTT-A-AC-TACTCGAATTATC-GCCAC-T-CAG--TTC-ATC-G-C--C-A-----TTT----CG---CTAT-AT-C------------G------CACGCATTTT----------TCT-T-AGATA-CGT---TTT-CT-----C----TGTA----A-CTT--A-A-AAATTC-TCGT---TTAAA-AC-GCC--AAACTCG--CATT--T-CGCCA-TCCG-C-CACGG--TG--T-TTT-AGT-A-C-AA--ATGT-CTG--GTT-T-ATACATG-TA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGAGT
gi|92623                      :          -A-AT-T-CTCAAATTATT-GCCAC-T-CGA--TTC-ATC-A-CTAT-A-----TTT-T--C-----TAC-AA-A------------G------C-CATGTTTT----------GTC-A-CGA-A-CAT---TTC-TC-----C----T
gi|92624                      :                                                    -C--C-A-----TTT-T--CG---GTAT-AA-C------------A------C-CAAATTTT----------TCT-A-GGA-A-CGT---TTT-TC-----C----TGCT----A-CTT--
gi|92625                      :                                                                                                                                                   C-----C----TG-T----G-CTT--G-A-AA-TTT-TCAT---T-GAA-AT-GCC--ATATTCG--C-TA--T-CGCCA-TTTG-C-CAAAG--TG--T-TTTTAGT-A-C-AA--AAGT-CTA--TTT-C-AAA-GTGTTC-A-TTAT-C-TCA--ATA-AA-CTGCC-ATGG
gi|92626                      :                                                                                                                                                                                            ---T-AAA-AC-GCC--AATTTCG--C-TA--T-CGCCA-TTCG-C-CACGG--TG--T-TCTCGGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-ACG-GTGCTA-A-TTAT-C-TCG--ATA-AA-CCGCC-ATGGGT
gi|92627                      :                                                                                                                                                                                                -AAA-AT-GTC--A--TTTG--C-TA--T-TGCCA-TGTG-C-CA--G--TG--T-TTTTGGT-A-C-AA--AAGT-CTG--TTT-C-AGA-GTGTT
gi|92628                      :                                                                                                                                                                                                           --AAACTCG--C-TT--T-CGCCA-TCCG-C-CACGG--TG--T-TT
gi|92629                      :                                                                                                                                                                                                                               GCCA-CCCA----ACGGC-TG--T-TTTTAGT-ATC-AT--TTGTGTTG--TTT-T-ACA-TTGTTA-A-TTCTTC-TCG--ATA-AA-CCGCC-AT