lowQualScore : 333333333333333 1 1
lowQualScore : 2 555555555555555 3333 5555 7 1 222 1 2 1 666666 1 22 22 22 1 5555555 3 1 6 1 1 1 1 1 6 6
lowQualScore : . ............... .... .... . . ... . . . ...... . .. .. .. . ....... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 2 000000000000000 3333 7777 0 5 666 4 9 4 111111 4 00 00 00 4 0000000 6 6 4 7 7 7 7 7 9 1
consensus : CATA-TAA--TC---A-------ATCAATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
Reference ( gi|100228 ) : CATA-TAA--CA---A-------ATCAATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTGAC-A-T-C-AA-TA-G-ATAAGCAAA
gi|100224 : CATA-TAA--TC---A-------ATCAATC----AA----AGTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--ATTTCCAGAG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100230 : CATA-TA---CATGTA-------ATCAATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-CA--GTTTCCATGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100227 : CATA-TAAT-CA---ATCGATCGATCAATC----AA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AC-TA-G-AAAAACAAA
gi|100225 : CATA-TAA--TC---A-------ATCAATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTACCAGGG--A--TA-TATG-------ATTTGT-ATT-C-AA-TA-GAAAAAACAAA
gi|100234 : CATA-TAA----------------TCAATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------AA-AG--GTTTTCAGGG-----TG-TATG-------ATTAAC-A-T-C-GA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100231 : CATA-TAA----------------TTAATC----AA----ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-GAAAACAAA
gi|100233 : CATAATAA--TC---A-------ATGAATC----AA----ATTGTC-TGCTT---CT-ATC-CA-T------CA-AA--G-TTCAAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-TA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100229 : CATA-TAA--TC---A-------ATCAATC----AA----GTTCTC-TTCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCTAGGT--A--TA-TATG-------ATTCATAA-T-C-AC-TA-G-AAAAACCAA
gi|100235 : CATA-TTA--TC---A-------ATCAATC----AA----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTCACAGGA--ACTTC-TATG-------ATATAC-A-T-C-AA-TA-G-A
gi|100238 : CATA-TAG----------------TCAATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-AT------------CA-AG--GTTTCCAAGG--A--TG-TGTG-------ATTCAC-A-T-C-AA-AA-G-AAAAACCAAa
gi|100236 : CATA-TAA----------------TCAATC----TA----GTTCCC-TGCTT---CT-ACC------------A-AA--GTTTCAAGGG--A--TG-TACG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAGACAAA
gi|100239 : CATA-TAA--TC---A-------ATCAATC----AA-----TTATC-TGCTT---TT-ATC-TA-T------CA-AA---TTTCCAGGG--A--TA-TAT
gi|100232 : CATA-TAA----------------TTAATC----AA----ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA--------------A-T-C-AA-TAGG-AAAAACAAA
gi|100237 : CATA-TAATTCA---A--------TCAATC----AATAA-GTTATC-TACTT---TT-ATC-TT-A------CA-AA--GTT--CGGGG--A--TA-TATG-------ATTCAC-ATT-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100226 : CATA-TAAT-CA------------TCAATC----AA----GTTCTCTTGCTT---CT-ATCATACT------CA-AA--GTTAC--GGG--A--T--TATG-------ATTTGT-ATT-C-AATTA-G-AAAAACAAA
gi|100240 : ATA-CAA--TC---A-------ATAAACC----AA----GATCTC-TGTTTTATCT-ATC-TA-T------AA-AA--GTGTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAAACAAA
gi|100241 : TA-TAA--TC---A-------ATCAATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------CA-AA--GTTTCCATGG--A--TG-TTTT-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAGCAAA
gi|100243 : -TAAT-CA---A-------GTCAATC----AATAATGTTATC-TGCTT---CTAATCTTA-T------CA-AAATGTTTTCTAGG--A--TA-TCTG-------ACTCAC-A-TAA-AA-TA-G-AGAA-CAAA
gi|100246 : ---A-------ATCAATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TG-T------TA-AA--GTTTCCAGGGAAA--TA-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100244 : atc---A-------ATAAATT----AA----ACTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTTCAGGT--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAA
gi|100247 : aatc---A-------ATCAATC----GA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-CC-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTTAC-A-T-A-AA-a
gi|100245 : ---A-------ATCAATC----AA----GTTATT-TTCTC---TT-GTC-TA-T------GA-AA--GTTTCCACGG--A--TG-TATG-------Agaaaaa
gi|100242 : aatc---A-------ATCAATC----AA----GCAAT-----TT---CT---C-TG-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TA-TATG-------ATTCCC-C-T-T-AA-TA-G-Aattca
gi|100248 : at---A-------ATCAATT----CA----GTTCAC-AGCTT---CT-GTT-CA-TAAATTTTA-AA--GTTTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-
gi|100249 : -------ATCAATCTTGAAA----GTCCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-TAT----CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TACGATGTATAATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-Aaaacaaaaa
gi|100250 : -------ATCA-TC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-AGC-TA-T------AAGAA--GTT--CAGGG--A--TATTATG-------ATTGAC-AGT-C-AA-TA-G-TAAAACAAAaa
gi|100251 : ----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTC--GGG--A--TG-TAT
gi|100252 : T-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------TTTCAT-A-T-CGAA-TA-G-AAAAGCAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 3 1 55555555 3333 5555 1 1 222 1 2 1 555555 1 11 11 11 1 6666666 1 6 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . . . ........ .... .... . . ... . . . ...... . .. .. .. . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 0 7 5 5 44444444 1111 5555 2 4 555 4 8 4 999999 4 99 99 99 4 3333333 5 2 5 5 5 5 5
consensus : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
Reference ( family-639 ) : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100224 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----AGTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--ATTTCCAGAG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100225 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTACCAGGG--A--TA-TATG-------ATTTGT-ATT-C-AA-TA-GAAAAAACAAA
gi|100226 : CATA-TA-AT-CA--TC--------AATC----AA----GTTCTCTTGCTT---CT-ATCATACT------CA-AA--GTTAC--GGG--A--T--TATG-------ATTTGT-ATT-C-AATTA-G-AAAAACAAA
gi|100227 : CATA-TA-AT-CAA-TCGATCGATCAATC----AA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AC-TA-G-AAAAACAAA
gi|100228 : CATA-TA-AC-AAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTGAC-A-T-C-AA-TA-G-ATAAGCAAA
gi|100229 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TTCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCTAGGT--A--TA-TATG-------ATTCATAA-T-C-AC-TA-G-AAAAACCAA
gi|100230 : CATA-TACATGTAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-CA--GTTTCCATGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100231 : CATA-TA-AT-TAA-TC--------AA------------ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-GAAAACAAA
gi|100232 : CATA-TA-AT-TAA-TC--------AA------------ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA--------------A-T-C-AA-TAGG-AAAAACAAA
gi|100233 : CATAATA-AT-CAA-TG--------AATC----AA----ATTGTC-TGCTT---CT-ATC-CA-T------CA-AA--G-TTCAAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-TA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100234 : CATA-TA-AT-C-------------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------AA-AG--GTTTTCAGGG-----TG-TATG-------ATTAAC-A-T-C-GA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100235 : CATA-TT-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTCACAGGA--ACTTC-TATG-------ATATAC-A-T-C-AA-TA-G-AA
gi|100236 : CATA-TA-AT-CAA-TC----------T------A----GTTCCC-TGCTT---CT-ACC------------A-AA--GTTTCAAGGG--A--TG-TACG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAGACAAA
gi|100237 : CATA-TA-ATTCAA-TC--------AATC----AATAA-GTTATC-TACTT---TT-ATC-TT-A------CA-AA--GTT--CGGGG--A--TA-TATG-------ATTCAC-ATT-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100238 : CATA-TA-GT-CAA-TC--------AA------------GTTATC-TGCTT---CT-ATC------------A-AG--GTTTCCAAGG--A--TG-TGTG-------ATTCAC-A-T-C-AA-AA-G-AAAAACCAA
gi|100239 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA-----TTATC-TGCTT---TT-ATC-TA-T------CA-AA---TTTCCAGGG--A--TA-TAT
gi|100240 : ATA-CA-AT-CAA-TA--------AACC----AA----GATCTC-TGTTTTATCT-ATC-TA-T------AA-AA--GTGTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAAACAAA
gi|100241 : TA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------CA-AA--GTTTCCATGG--A--TG-TTTT-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAGCAAA
gi|100242 : A-TA-AT-CAA-TC--------AAGC----AA----TTTCTC-TG----------------T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TA-TATG-------ATTCCC-C-T-T-AA-TA-G-
gi|100243 : -TA-AT-CAAGTC--------AATC----AATAATGTTATC-TGCTT---CTAATCTTA-T------CA-AAATGTTTTCTAGG--A--TA-TCTG-------ACTCAC-A-TAA-AA-TA-G--AGAACAAA
gi|100244 : A-AT-CAA-TA--------AATT----AA----ACTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTTCAGGT--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAA
gi|100245 : A-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTATT-TTCTC---TT-GTC-TA-T------GA-AA--GTTTCCACGG--A--TG-TATGA------ATTCA
gi|100246 : -AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TG-T------TA-AA--GTTTCCAGGGAAA--TA-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100247 : AA-TC--------AATC----GA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-CC-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTTAC-A-T---AA--A-G-AAAAA
gi|100248 : AA-TC--------AATT----CA----GTTCAC-AGCTT---CT-GTT-CA-TAAATTTTA-AA--GTTTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A---A-AA-CA-A-AAA
gi|100249 : A-TC--------AATCTTGAAA----GTCCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-TAT----CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TACGATGTATAATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAA
gi|100250 : A-TC--------A-TC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-AGC-TA-T------AAGAA--GTT--CAGGG--A--TATTATG-------ATTGAC-AGT-C-AA-TA-G-TAAAACAAA
gi|100251 : ----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTC--GGG--A--TG-TAT
gi|100252 : T-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------TTTCAT-A-T-CGAA-TA-G-AAAAGCAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 3 1 55555555 3333 5555 1 1 222 1 2 1 555555 1 11 11 11 1 6666666 1 6 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . . . ........ .... .... . . ... . . . ...... . .. .. .. . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 0 7 5 5 44444444 1111 5555 2 4 555 4 8 4 999999 4 99 99 99 4 3333333 5 2 5 5 5 5 5
consensus : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
Reference ( family-639 ) : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100224 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----AGTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--ATTTCCAGAG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100225 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTACCAGGG--A--TA-TATG-------ATTTGT-ATT-C-AA-TA-GAAAAAACAAA
gi|100226 : CATA-TA-AT-CA--TC--------AATC----AA----GTTCTCTTGCTT---CT-ATCATACT------CA-AA--GTTAC--GGG--A--T--TATG-------ATTTGT-ATT-C-AATTA-G-AAAAACAAA
gi|100227 : CATA-TA-AT-CAA-TCGATCGATCAATC----AA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AC-TA-G-AAAAACAAA
gi|100228 : CATA-TA-AC-AAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTGAC-A-T-C-AA-TA-G-ATAAGCAAA
gi|100229 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TTCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCTAGGT--A--TA-TATG-------ATTCATAA-T-C-AC-TA-G-AAAAACCAA
gi|100230 : CATA-TACATGTAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-CA--GTTTCCATGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100231 : CATA-TA-AT-TAA-TC--------AA------------ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-GAAAACAAA
gi|100232 : CATA-TA-AT-TAA-TC--------AA------------ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA--------------A-T-C-AA-TAGG-AAAAACAAA
gi|100233 : CATAATA-AT-CAA-TG--------AATC----AA----ATTGTC-TGCTT---CT-ATC-CA-T------CA-AA--G-TTCAAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-TA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100234 : CATA-TA-AT-C-------------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------AA-AG--GTTTTCAGGG-----TG-TATG-------ATTAAC-A-T-C-GA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100235 : CATA-TT-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTCACAGGA--ACTTC-TATG-------ATATAC-A-T-C-AA-TA-G-AA
gi|100236 : CATA-TA-AT-CAA-TC----------T------A----GTTCCC-TGCTT---CT-ACC------------A-AA--GTTTCAAGGG--A--TG-TACG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAGACAAA
gi|100237 : CATA-TA-ATTCAA-TC--------AATC----AATAA-GTTATC-TACTT---TT-ATC-TT-A------CA-AA--GTT--CGGGG--A--TA-TATG-------ATTCAC-ATT-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100238 : CATA-TA-GT-CAA-TC--------AA------------GTTATC-TGCTT---CT-ATC------------A-AG--GTTTCCAAGG--A--TG-TGTG-------ATTCAC-A-T-C-AA-AA-G-AAAAACCAA
gi|100239 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA-----TTATC-TGCTT---TT-ATC-TA-T------CA-AA---TTTCCAGGG--A--TA-TAT
gi|100240 : ATA-CA-AT-CAA-TA--------AACC----AA----GATCTC-TGTTTTATCT-ATC-TA-T------AA-AA--GTGTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAAACAAA
gi|100241 : TA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------CA-AA--GTTTCCATGG--A--TG-TTTT-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAGCAAA
gi|100242 : A-TA-AT-CAA-TC--------AAGC----AA----TTTCTC-TG----------------T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TA-TATG-------ATTCCC-C-T-T-AA-TA-G-
gi|100243 : -TA-AT-CAAGTC--------AATC----AATAATGTTATC-TGCTT---CTAATCTTA-T------CA-AAATGTTTTCTAGG--A--TA-TCTG-------ACTCAC-A-TAA-AA-TA-G--AGAACAAA
gi|100244 : A-AT-CAA-TA--------AATT----AA----ACTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTTCAGGT--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAA
gi|100245 : A-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTATT-TTCTC---TT-GTC-TA-T------GA-AA--GTTTCCACGG--A--TG-TATGA------ATTCA
gi|100246 : -AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TG-T------TA-AA--GTTTCCAGGGAAA--TA-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100247 : AA-TC--------AATC----GA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-CC-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTTAC-A-T---AA--A-G-AAAAA
gi|100248 : AA-TC--------AATT----CA----GTTCAC-AGCTT---CT-GTT-CA-TAAATTTTA-AA--GTTTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A---A-AA-CA-A-AAA
gi|100249 : A-TC--------AATCTTGAAA----GTCCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-TAT----CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TACGATGTATAATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAA
gi|100250 : A-TC--------A-TC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-AGC-TA-T------AAGAA--GTT--CAGGG--A--TATTATG-------ATTGAC-AGT-C-AA-TA-G-TAAAACAAA
gi|100251 : ----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTC--GGG--A--TG-TAT
gi|100252 : T-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------TTTCAT-A-T-CGAA-TA-G-AAAAGCAAA
blockSeqs : A C G G GATCGATC TTGA TAAT C T TAT A A C AAATTT G AT AA CT T ATGTATA A T A G T G A
blockSeqs : . . T . . . TAA C . . . T . AT . . . . . A . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
finalCons : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 3 1 55555555 3333 5555 1 1 222 1 2 1 555555 1 11 11 11 1 6666666 1 6 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . . . ........ .... .... . . ... . . . ...... . .. .. .. . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 0 7 5 5 44444444 1111 5555 2 4 555 4 8 4 999999 4 99 99 99 4 3333333 5 2 5 5 5 5 5
consensus : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
Reference ( family-639 ) : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100224 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----AGTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--ATTTCCAGAG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100225 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTACCAGGG--A--TA-TATG-------ATTTGT-ATT-C-AA-TA-GAAAAAACAAA
gi|100226 : CATA-TA-AT-CA--TC--------AATC----AA----GTTCTCTTGCTT---CT-ATCATACT------CA-AA--GTTAC--GGG--A--T--TATG-------ATTTGT-ATT-C-AATTA-G-AAAAACAAA
gi|100227 : CATA-TA-AT-CAA-TCGATCGATCAATC----AA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AC-TA-G-AAAAACAAA
gi|100228 : CATA-TA-AC-AAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTGAC-A-T-C-AA-TA-G-ATAAGCAAA
gi|100229 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TTCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCTAGGT--A--TA-TATG-------ATTCATAA-T-C-AC-TA-G-AAAAACCAA
gi|100230 : CATA-TACATGTAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-CA--GTTTCCATGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100231 : CATA-TA-AT-TAA-TC--------AA------------ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-GAAAACAAA
gi|100232 : CATA-TA-AT-TAA-TC--------AA------------ATTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GATTCCAGGG--A--TA-TGTA--------------A-T-C-AA-TAGG-AAAAACAAA
gi|100233 : CATAATA-AT-CAA-TG--------AATC----AA----ATTGTC-TGCTT---CT-ATC-CA-T------CA-AA--G-TTCAAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-TA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100234 : CATA-TA-AT-C-------------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------AA-AG--GTTTTCAGGG-----TG-TATG-------ATTAAC-A-T-C-GA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100235 : CATA-TT-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTCACAGGA--ACTTC-TATG-------ATATAC-A-T-C-AA-TA-G-AA
gi|100236 : CATA-TA-AT-CAA-TC----------T------A----GTTCCC-TGCTT---CT-ACC------------A-AA--GTTTCAAGGG--A--TG-TACG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAGACAAA
gi|100237 : CATA-TA-ATTCAA-TC--------AATC----AATAA-GTTATC-TACTT---TT-ATC-TT-A------CA-AA--GTT--CGGGG--A--TA-TATG-------ATTCAC-ATT-C-AA-TA-T-AAAAACAAA
gi|100238 : CATA-TA-GT-CAA-TC--------AA------------GTTATC-TGCTT---CT-ATC------------A-AG--GTTTCCAAGG--A--TG-TGTG-------ATTCAC-A-T-C-AA-AA-G-AAAAACCAA
gi|100239 : CATA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA-----TTATC-TGCTT---TT-ATC-TA-T------CA-AA---TTTCCAGGG--A--TA-TAT
gi|100240 : ATA-CA-AT-CAA-TA--------AACC----AA----GATCTC-TGTTTTATCT-ATC-TA-T------AA-AA--GTGTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-CA-G-AAAAACAAA
gi|100241 : TA-TA-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTCTC-TGCTT---CT-GTC-TA-T------CA-AA--GTTTCCATGG--A--TG-TTTT-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAGCAAA
gi|100242 : A-TA-AT-CAA-TC--------AAGC----AA----TTTCTC-TG----------------T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TA-TATG-------ATTCCC-C-T-T-AA-TA-G-
gi|100243 : -TA-AT-CAAGTC--------AATC----AATAATGTTATC-TGCTT---CTAATCTTA-T------CA-AAATGTTTTCTAGG--A--TA-TCTG-------ACTCAC-A-TAA-AA-TA-G--AGAACAAA
gi|100244 : A-AT-CAA-TA--------AATT----AA----ACTCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTTCAGGT--A--TG-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAA
gi|100245 : A-AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTATT-TTCTC---TT-GTC-TA-T------GA-AA--GTTTCCACGG--A--TG-TATGA------ATTCA
gi|100246 : -AT-CAA-TC--------AATC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-ATC-TG-T------TA-AA--GTTTCCAGGGAAA--TA-TATG-------ATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAAAACAAA
gi|100247 : AA-TC--------AATC----GA----GTTCTC-TGATT---CT-ATC-CC-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------ATTTAC-A-T---AA--A-G-AAAAA
gi|100248 : AA-TC--------AATT----CA----GTTCAC-AGCTT---CT-GTT-CA-TAAATTTTA-AA--GTTTTCAGGG--A--TG-TATG-------ATTCAC-A---A-AA-CA-A-AAA
gi|100249 : A-TC--------AATCTTGAAA----GTCCTC-TGCTT---CT-ATC-TA-TAT----CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TACGATGTATAATTCAC-A-T-C-AA-TA-G-AAA
gi|100250 : A-TC--------A-TC----AA----GTTATC-TGCTT---CT-AGC-TA-T------AAGAA--GTT--CAGGG--A--TATTATG-------ATTGAC-AGT-C-AA-TA-G-TAAAACAAA
gi|100251 : ----GTTTTC-TGCTT---CT-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTC--GGG--A--TG-TAT
gi|100252 : T-ATC-TA-T------CA-AA--GTTTCCAGGG--A--TG-TATG-------TTTCAT-A-T-CGAA-TA-G-AAAAGCAAA