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lowQualScore                  :       1  66   3     2     33   444   2  22 2 444 1  1  0        33   2 1 2                555            1 22 33333 111 2 0     11111    3333333333   1 1 22      2222   1 444444444   1111    3333           2 66   111 1  1     4       
lowQualScore                  :       .  ..   .     .     ..   ...   .  .. . ... .  .  .        ..   . . .                ...            . .. ..... ... . .     .....    ..........   . . ..      ....   . .........   ....    ....           . ..   ... .  .     .       
lowQualScore                  :       8  55   8     2     11   777   1  99 1 333 1  0  4        88   1 0 1                555            1 99 11111 888 1 5     88888    7777777777   1 1 99      2222   1 222222222   1111    3333           1 00   888 8  1     3       
consensus                     :   TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGA--GGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CGATGCC-GTA-GGCAN--A------GGG-C-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCAC-CGNGGG---GCAA-ATATTCCGGTATA
Reference ( gi|104038 )       :   TATA-CA--TATTTTACA-TGACT--TCGA--GGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CGATGCC-GTA-GGCAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTTAC-CGAGGG---GCAA-ATATTATGGTATA
gi|104027                     :   TATA-CA--TATGTTACA-TGACT--TTGG--GGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCA-T-AAGGTGATAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A-------C-CGATGCC-GTA-GGCAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCC----GGGC----GTTCCTGTTAC-CGAGGG---GCAA-ATATTCTGGAATA
gi|104039                     : atTATAACA--TATATTGCA-TGACT--TCTT--GGG-CG--A-CT--A-TA-CCATAATATTTG-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CTCTGCC--TACGGCAT--C------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCAC-CTCGGG---GCAA-ATATTCTGGTAT
gi|104028                     :   TATA-CA--TATATTACAATGACT--TCGA--GG--CG--AAC---A-TA-CTGGAATATTTT-CCT-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-TTCC-A---C---C-TGATGCCAGTA-G-CAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTTAC-CGAGGG---GAAA-ATATTCCGGTATA
gi|104030                     : atTATAACA--TTTATTACA-TGGCT--TCGA--GGGATG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CTT-C-GAGGTGACAGAAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--CAA---T---C-CGATGCT-GTA-GGCAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CA--T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTTAC-CGA-GG---GC-A-ATATTCTGGTATA
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gi|104043                     :   TATA-CAGTTATTT-A-A-TGTCTGGTCA----GT-CA--A-T---A-GA-CCGGAATATTTT-TCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCTCAATGCA-CGTTCTA-T--T-G---C---C-CGA-GGC-GCC-AGCCG--A------GGG-C-A--ATAGAA----CG--T---------GCATTG-AGCT----GTTCCCAATAC-CGAGGG---GGAA-ATATcagtat
gi|104040                     :   TATA-CAGTTATTT-A-A-TGTCT----GATCAGT-CA--A-T---A-GA-CCGGAATATTTT-TCC-C-GGGGTTCTGGGAACAGCT---C------TTATG----C-A---CGTTC-TATTGCC-G-----------------AGG-T-G------------CAT-T-----------G----AGCT----GTTCCCAATAC-CGAGGG---AAAA-ATATTCCGGTcggtcta
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gi|104036                     :     TG-CA--TATAGTACA-TGACT--TCGA--GGG-CA--A-C---A-TA-CCAGATTATTTG-CCC-C-GAGGTGAC
gi|104046                     :             atttTAAA-TGATT--TTGA--GTG-CA--A-C---A-TA-CCAGAATATT-G-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTATTATG-T--C-G---C---C-CGATGCC-ACA-GACA
gi|104047                     :                                 tatag-CA--A-T---A-GA-CCGGAGTATTTT-CCC-CCGAGGTACTGGGAACAGCT---CAATGTGTTCTA-T--T-G---C---C-CGATGCC-CCA--GCCG--A------GGG-C-A--ATAGAATGTGCAT-TTAGCTGTTACCAGATTAGGC----G-----AGTAC-CGAGGG---GAAA-ATGTTCCGGT
gi|104027                     :                                              ---A-TT-CCAGAATATTTG-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCC---GGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CTCTGCC--TACGGCAT---------CGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTATCAC-CTTATG---GCAA-ATATTCTGGTAT
gi|104039                     :             attatacatatgttacatgactttgggggcgac---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CGATGCC-GTA-GGCAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTTAC-CGAGGG---GCAA-ATATTATGGTATAa
gi|104028                     :              tataacatatattgcatgacttcttgggcgac---A-TA-CCGGAATATTTT-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CTCTGCT-ACT-GGCAT--C------AGG-T-GGAACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCAC-CTCGAG---GAAA-ATATTCCAGTAT
gi|104030                     :            attatacatatattacaatgacttcgaggcgaac---A-TA-CCAGAATATT-G-CCCTC-G--GTAACAGGAACGCCT---TGGA-TGTTATG-T--C-A---C---C-CTCTGCC--TACAGCAT--C------GGA-TTG--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTTCTGTCAC-CTCGAA---GCAA-ATATTCTGGTATa
gi|104041                     :           attataacatttattacatggcttcgagggatgac---A-TA-CCAGAATATTTG-CCA-T-AAGGTGATAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C--GATGCC-GTA-GGCAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCC----GGGC----GTTCCTGTTAC-CGAGGG---GCAA-ATATTCTGGAATAa
gi|104032                     :              tataacatatattacacgactttttaggcgac---A-CA-CCAGAATATCTG-CCC-C-ATGATGACAGGAAGGCCC---CGGAGTGTTAGG-T--C-T---T---C-CTCTGCC--TATGGCAT--T------GGG-A-G--ACATAA----CAC-T---------CTG----AGGC----CTTCCTGTCAC-CAAGGG---GCAA-ATATT
gi|104037                     :       attatacatatattacatgactttgagggcgacatactg---A-TA-CCAGAATATTTG-CTT-C-GAGGTGACAGAAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-AA--T---C-CGATGCT-GTA-GGCAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CA--T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTTAC-CGA-GG---GC-A-ATATTCTGGTATA
gi|104029                     :                ttatattatattacatgacttctagggcgc---A-TA-CTGGAATATTTT-CCT-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-TTCC-A---C---C-TGATGCCAGTA-G-CAG--A------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTTAC-CGAGGG---GAAA-ATATTCCGGTATA
gi|104031                     :           attataacatatattactgacttcttggacgacta---A-TA-CCGGAATATTTC-CCT-C-G---TAACAGGAACGCCT---TG-AGTGTTATG-T--C-A---C---CTC--TGC---TACGGCAT--C------GG--T-G--ACA-AA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTT-CTG-TACTCGGGG------AA-A-ATTCCGGTAT
gi|104042                     :              attatacaatattacatgacttcgagggcgac---A-TA-CT-GAATATTTG-CCC-C-TTGGTGACAGGAAGGCCT---CAGAGTGTTATG-T--C-T---C---C-CAATGCC-ATA-GGCAG--A------GGA-A-G--ACCTAA----CAC-T---------CCG----GGGC----CTTCCTGTCAT-CATGGG---GCAG-ATATTCTGGTGT
gi|104045                     :           tataacatatataacataaatttgagggtataaca---A-TA-CCGGAAT-TTT--CCC-C-GAG-T-ACAG-AACGCCT---TGGAGTGTT-TG-T--C-A---C---C--GATGCC-GTA-G-CAG--A------GG--T-G--ACATAA----CAC-T---------C-A----AGGC----GTTCCTGTTA--CGAGGG-----AA-ATATTCCGGTAT
gi|104053                     :                   taaatatattacatgactcttggcgac---A-TA-CCAGAATATTTG-CCT-T-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CGATGCC-
gi|104052                     :                                              ---A-TA-CCGGAATATTTT-CCC-C-GAGGTGACAGCAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CGATGCC-
gi|104054                     :                                             a---A-TA-CCAGAATATT-G-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTATTATG-T--C-G---C---C-CGATGCC-
gi|104055                     :                                              ---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-T---C---C-C
gi|104048                     :                                              ---A-TAGCCGGAATATTTT-TCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCTCAATGCA-CGTTCTA-T--T-G---C---C-CGA-GGC-GT----CAGCCA------GGG-C-A--ATA-GA----CCG-T---------GCATT--GAGCTGTTGTTCCCAATAC-CGAGGGAAAAAAA-ATATTCCGGTCTA
gi|104049                     :                                                    A-CCGGAATATTTT-TCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCTCAATGCA-CGTTCTA-T--T-G---C---C-CGA-GGC-GCC-AGCCG--A------GGG-C-A--ATAGAA----CG--T---------GCATTG-AGCT----GTTCCCAATAC-CGAGGG---AAAA-ATATTCCGGTCTA
gi|104050                     :                                                    A-CCGGAATATTTTTCCC-C-GAGGTATTGGGAACAGTT---CAATGTGTTCTA-T--T-G---C---C-CGA-GGC-GTC-AGCCG--A------GGG-C-A--TTAGAA----CG--T---------GCATTG-AGCT----GTTCCCAGTAC-CGAGGG---AAAA-ATGTTCCGGTCTA
gi|104050                     :                                                    A-CCGGAACATTTT-TCC-C-TCGGTACTGGGAACAGCT---C--AATGC-ACG-T--T---------C-TAATGCC-CTC-GGCTG--ACGCCTCGGG-C-A--ATAGAA----CAC-A---------TTG----AACT----GTTCCCAATAC-CTCGGG---GAAAAATATTCCGGT
gi|104051                     :                                                     -CCGGAATATTTT-CCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCT---C--AATGCCAAGTT--C-ATTGC---C-CGAGGC------GCCAGCCG------GGG-C-A--A-ATAG----AACGT---------GCATTG-AGCCT---GTTCCCAATAC-CGGAGG---GAAA-ATATTCCGGTCTActa
gi|104035                     :                                                                                                                                    A-GGCAT--C------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTGCTGTCAC-CTCGGG---GAAA-ATATTCCGGTAT
gi|104052                     :                                                                                                   attatacatatattacatgacttcgagagcgacA-GGCAT--C------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTGCTGTCAC-CTCGGG---GAAA-ATATTCCGGTATta
gi|104034                     :                                                                                                                                     -GGCAT--C------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCAC-CTCAAG---GCAA-ATATTCTGGTAT
gi|104046                     :                                                                                                    attatacatatattgcatgacttagagggcgac-GGCAT--C------GGG-C-G--ACATAA----TAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCAC-CTCGGG---GC-A-ATATTCTGGTATgtaggc
gi|104053                     :                                                                                                            tatagtaaatgattttgagtgcaac-GGCAT--C------GGG-T-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCAC-CTCAAG---GCAA-ATATTCTGGTATacagaca
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gi|104033                     :                                                                                                                                              ------GGG-A-G--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCAC-CTCGGG---GCAA-ATATTCTGGTAT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|104044 ): TATACAGTTATTTAATGTCTGATCAGTCAATAGACCGGAACATTTTCCCTCCATACTGGGAACAGCTCAATGTGTTCTATTGCCCGAGGCCCAAACCGAGGGCAATATAACGTGCATTGAGCTGTTCCCAGTATGGAGGGAAAATGTTCCGGTCTA






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Reference ( family-637 )      :                                    TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATG-T--C-A---C---C-CGATGCC-GTA-GGCANAGGGCG--ACATAA----CAC-T---------CCA----AGGC----GTTCCTGTCACCGNGGG---GCAAATATTCCGGTATA
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Reference ( family-637 )      :                                    TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACGGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGCG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCC-------GT---TAC-CGAGGG---GNAAATATTCCGGTATA
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Reference ( family-637 )      :                                    TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACGGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGCG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCC-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
gi|104027                     :                                    TATA-CA--TATGTTACA-TGACT--TTGGGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCA-T-AAGGTGATAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----A-C-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCC---GGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTCTGGAATA
gi|104028                     :                                  atTATA-CA--TATATTACAATGACT--TCGAGG--CG--AAC---A-TA-CTGGAATATTTT-CCT-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGTTCC----ACC-TGAT-GCCAGTA-G-CAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
gi|104029                     :                                  atTATAACA--TATATTAC--TGACT--TCTTGGA-CG--A-CTATA-TA-CCGGAATATTTT-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CTCT-GCT-ACT-GGCAT--CAGGTGGAACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---CAC-CTCGAG---GAAAATATTCCAGTAT
gi|104029                     :                                                                           at---A-TA-CTGGAATATTTT-CCT-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGTTCC----ACC-TGAT-GCCAGTA-G-CAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
gi|104030                     : attataacatatattactgacttcttggacgactaTATAACA--TTTATTACA-TGGCT--TCGAGGGATG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CTT-C-GAGGTGACAGAAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--CA---ATC-CGAT-GCT-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CA--TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG-----CAATATTCTGGTATA
gi|104031                     :                                  atTATA-CA---ATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAAT-TTT--CCC-C-GA-GT-AC-AGAACGCCT---TGGAGTGTT-TGT--C----A-C-CGAT-GCC-GTA--GCAG--A-GGTG--ACATAA----CAC-T-CA---AGGC----GTTCCT-------GT---TA--CGAGGG-----AAATATTCCGGTAT
gi|104032                     :                                  atTATA-CA--TATATTACA-TGACT--TTGAGGG-CG--A-C---A-TA-CTG-AATATTTG-CCC-C-TTGGTGACAGGAAGGCCT---CAGAGTGTTATGT--C----TCC-CAAT-GCC-ATA-GGCAG--AGGAAG--ACCTAA----CAC-TCCG---GGGC----CTTCCT-------GT---CAT-CATGGG---GCAGATATTCTGGTGT
gi|104033                     :                                  atTATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----TCC-CGAT-GCT-GTA-AACAA--AG
gi|104034                     :                                  atTATA-CA--TATATTGCA-TGACT--TAGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCT-T-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-GTA-GGC
gi|104035                     :                                  atTATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGAG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTT-CCC-C-GAGGTGACAGCAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-TTA-
gi|104036                     :                                    atTG-CA--TATAGTACA-TGACT--TCGAGGG-CA--A-C---A-TA-CCAGATTATTTG-CCC-C-GAGGTGAC
gi|104037                     :                                                                         attt---A-TA-CCAGAATATTTG-CTT-C-GAGGTGACAGAAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--CA---ATC-CGAT-GCT-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CA--TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG-----CAATATTCTGGTATA
gi|104038                     :      ttatattatattacatgacttctagggcgcTATA-CA--TATTTTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTATGGTATA
gi|104039                     :                                    TATAACA--TATATTGCA-TGACT--TCTTGGG-CG--A-CT--A-TA-CCATAATATTTG-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CTCT-GCC--TACGGCAT--CGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---CAC-CTCGGG---GCAAATATTCTGGTAT
gi|104039                     :                                                                             ---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTATGGTATA
gi|104040                     :    tataacatatattgcatgacttcttgggcgacTATA-CAGTTAT-TTA-A-TGTCTGATCA--GT-CA--A-T---A-GA-CCGGAATATTTT-TCC-C-GGGGTTCTGGGAACAGCT---C------TTATGCA-C----GTT-CTATTGCC-G-----------AGGTG------------CAT-T--G---AGCT----GTTCCC-------AA---TAC-CGAGGG---AAAAATATTCCGGT
gi|104041                     :                                    TATAACA--TATATTACA-CGACT--TTTTAGG-CG--A-CT--A-TT-CCAGAATATTTG-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCC---GGGAGTGTTATGT--C----ACC-CTCT-GCC--TACGGCAT---CGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------AT---CAC-CTTATG---GCAAATATTCTGGTAT
gi|104041                     :                                                                             ---A-TA-CCAGAATATTTG-CCA-T-AAGGTGATAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC--GAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCC---GGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTCTGGAATA
gi|104042                     :    tataacatatattacacgactttttaggcgacTATAACA--TATATAACA-TAAAT--TTGAGGG-TATAA-C---AACA-CCAGAATATCTG-CCC-C-ATGATGACAGGAAGGCCC---CGGAGTGTTAGGT--C----TTC-CTCT-GCC--TATGGCAT--TGGGAG--ACATAA----CAC-TCTG---AGGC----CTTCCT-------GT---CAC-CAAGGG---GCAAATATT-CAGTAT
gi|104043                     :                                    TATA-CAGTTAT-TTA-A-TGTCTGGTCA--GT-CA--A-T---A-GA-CCGGAATATTTT-TCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCTCAATGCA-CGTTCTAT--T----GCC-CGA--GGC-GCC-AGCCG--AGGGCA--ATAGAA----CG--TGCATTGAGCT----GTTCCC-------AA---TAC-CGAGGG---GGAAATAT--CGGTCTA
gi|104044                     :                                    TATA-CAGTTAT-TTA-A-TGTCTGATCA--GT-CA--A-T---A-GA-CCGGAACATTTT-CCCTC-CA--TACTGGGAACAGCT---CAATGTGTTCTAT--T----GCC-CGAG-GCC--CA-AACCG--AGGGCA--ATATAA----CG--TGCATTGAGCT----GTTCCC-------AG---TAT-GGAGGG----AAAATGTTCCGGTCTA
gi|104045                     :                                      TA-AA--TATATTACA-TGACT--CTT--GG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTC-CCT-C----GTAACAGGAACGCCT---T-GAGTGTTATGT--C----ACCTC--T-GC---TACGGCAT---CGGTG--ACA-AA----CAC-TCCA---AGGC----GTT-CT-------G----TACTC--GGG---GAAA--ATTCCGGTAT
gi|104045                     :                                                                             ---A-TA-CCGGAAT-TTT--CCC-C-GAG-T-ACAG-AACGCCT---TGGAGTGTT-TGT--C----A-C-CGAT-GCC-GTA--GCAG--A-GGTG--ACATAA----CAC-T-CA---AGGC----GTTCCT-------GT---TA--CGAGGG-----AAATATTCCGGTAT
gi|104046                     :                taaatatattacatgactcttggcgac--TATAGTAAA-TGATT--TTGAGTG-CA--A-C---A-TA-CCAGAATATT-G-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTATTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-ACA-GACA
gi|104047                     :                                                                     -CA--A-T---A-GA-CCGGAGTATTTT-CCC-CCGAGGTACTGGGAACAGCT---CAATGTGTTCTAT--T----GCC-CGAT-GCC-CCA--GCCG--AGGGCA--ATAGAATGTGCAT-TT-----AGCT----GTTACCAGATTAGGCGAGTAC-CGAGGG---GAAAATGTTCCGGT
gi|104048                     :                                                                             ---A-TAGCCGGAATATTTT-TCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCTCAATGCA-CGTTCTAT--T----GCC-CGA--GGC-GT----CAGCCAGGGCA--ATA-GA----CCG-TGCATT-GAGCTGTTGTTCCC-------AA---TAC-CGAGGGAAAAAAAATATTCCGGTCTA
gi|104049                     :                                                                                   A-CCGGAATATTTT-TCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCTCAATGCA-CGTTCTAT--T----GCC-CGAG-GC--GCC-AGCCG--AGGGCA--ATAGAA----CG--TGCATTGAGCT----GTTCCC-------AA---TAC-CGAGGG---AAAAATATTCCGGTCTA
gi|104050                     :                                                                                   A-CCGGAATATTTTTCCC-C-GAGGTATTGGGAACAGTT---CAATGTGTTCTAT--T----GCC-CGAG-GC--GTC-AGCCG--AGGGCA--TTAGAA----CG--TGCATTGAGCT----GTTCCC-------AG---TAC-CGAGGG---AAAAATGTTCCGGTCTA
gi|104051                     :                                                                                    -CCGGAATATTTT-CCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCT---C--AATGCCAAGT--TCATTGCC-CGAG-GC------GCCAGCCGGGGCA--A-ATAG----AACGTGCATTGAGCCT---GTTCCC-------AA---TAC-CGGAGG---GAAAATATTCCGGTCTA
gi|104052                     :                                                                             ---A-TA-CCGGAATATTTT-CCC-C-GAGGTGACAGCAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-
gi|104053                     :                                                                            a---A-TA-CCAGAATATTTG-CCT-T-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-
gi|104054                     :                                                                             ---A-TA-CCAGAATATT-G-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTATTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-
gi|104055                     :                                                                             ---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----TCC-C


blockSeqs                     :                                        A  GT         A     GA   A   A  TA A TAT A  G           TT   T C        A         CAA             TC CATTG  T    T   AG  CG    CC    T GA      TGTG  CG C  TTG    TGTT     CAGATTAG CGAG   T      AAAAA
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blockSeqs                     :                                        A  GT         .     GA   A   .  .  . T   .  .           T    . .        A         CAA             A  AA     .    .   A   TG    .     T .       .     C  C  TTG    .        T        T      .      GA   
blockSeqs                     :                                        A  .          .     .    A   .  .  . .   .  .           T    . .        A         .               .  A      .    .   G   CG    .     T .       .     C  C  TTG    .        T        T      .      GA   
blockSeqs                     :                                        A  .          .     .    A   .  .  . .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .   G   G     .     T .       .     C  C  TTG    .        T        T      .      GC   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    A   .  .  . .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .   A   G     .     A .       .     C  C  TT     .        T        T      .      GC   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    A   .  .  . .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .   G   G     .     T .       .     C  C  .      .        T        T      .      GC   
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blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    A   .  .  . .   .  .           T    . .        A         .               .  T      .    .   T   G     .     T .       .     C  C  .      .        T        T      .      AA   
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blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    T   .  .  . .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .   G   G     .     T .       .     C  C  .      .        T        T      .      GC   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    T   .  .  . .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .   G   G     .     T .       .     C  C  .      .        C        A      .      GC   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    A   .  .  . .   .  .           G    . .        G         .               .  A      .    .   G   G     .     T .       .     C  G  .      .        T        T      .      GG   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    A   .  .  . .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .   G   G     .     A .       .     C  G  .      .        T        T      .      GA   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    .   .  .  . .   .  .           T    . .        A         .               .  G      .    .   G   G     .     C .       .     C  C  .      .        T        T      .      GA   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    .   .  .  . .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .   G   A     .     C .       .     T  T  .      .        C        A      .      AA   
blockSeqs                     :                                        .  .          .     .    .   .  .  . .   .  .           G    . .        G         .               .  A      .    .   A   A     .     T .       .     G  G  .      .        C        G      .      AA   
blockSeqs                     :                                           .          .     .    .   .  .  . .   .  .           G    . .        G         .               .  T      .    .   C   G     .     T .       .     .  G  .      .        T        T      .      GA   
blockSeqs                     :                                                                     .  .  . .   .  .           T    . .        A         .               .  G      .    .   G   A     .     C .       .     .  G  .      .        T        A      .      A    
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           T    . .        A         .               .  G      .    .   G   A     .     C .       .     .  G  .      .        C        A      .      .    
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           C    . .        A         .               .  A      .    .   G   G     .     C .       .     .  .  .      .        C        G      .      .    
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           G    . .        G         .               .  A      .    .   .   .     .     C .       .     .  .  .      .        C        A      .      .    
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           T    . .        G         .               .  G      .    .   .   .     .     C .       .     .  .  .      .        C        .      .      .    
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           T    . .        G         .               .  G      .    .   .   .     .                                                                       
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           T    . .        G         .               .  G      .    .   .   .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           T    . .        G         .               .  G      .    .   .   .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           T    . .        A         .               .  G      .    .   .                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                             .   .  .           G    . .        A         .               .  A      .    .                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                    .           G    . .        A         .               .  G      .    .                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                    .           .    . .        .         .               .  T      .                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                    .           .    . .                                                                                                                                       


blockSeqCons                  :                                    
originalCons                  :                                    TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACGGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGCG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCC-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
finalCons                     :                                    TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACGGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGCG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCC-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA





Alignments
lowQualScore                  :                                        1                                                                                                                                                          111                                                        
lowQualScore                  :                                        1  88   0     2     88   6   2  22 2 555 1  1           44   1 1        3         666             44 77777  1    1   55  66    44    2 22   0  3333  66 3  666    5555     66666666 4444   1      99999               
lowQualScore                  :                                        .  ..   .     .     ..   .   .  .. . ... .  .           ..   . .        .         ...             .. .....  .    .   ..  ..    ..    . ..   .  ....  .. .  ...    ....     ........ ....   .      .....               
lowQualScore                  :                                        1  77   9     1     77   2   0  88 0 000 3  2           88   2 2        1         666             77 33333  2    3   00  11    44    1 33   1  5555  55 2  999    2222     11111111 0000   7      66666               
consensus                     :                                    TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACGGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGCG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCC-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
Reference ( family-637 )      :                                    TATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACGGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGCG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCC-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
gi|104027                     :                                    TATA-CA--TATGTTACA-TGACT--TTGGGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCA-T-AAGGTGATAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----A-C-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCC---GGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTCTGGAATA
gi|104028                     :                                  atTATA-CA--TATATTACAATGACT--TCGAGG--CG--AAC---A-TA-CTGGAATATTTT-CCT-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGTTCC----ACC-TGAT-GCCAGTA-G-CAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
gi|104029                     :                                  atTATAACA--TATATTAC--TGACT--TCTTGGA-CG--A-CTATA-TA-CCGGAATATTTT-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CTCT-GCT-ACT-GGCAT--CAGGTGGAACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---CAC-CTCGAG---GAAAATATTCCAGTAT
gi|104029                     :                                                                           at---A-TA-CTGGAATATTTT-CCT-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGTTCC----ACC-TGAT-GCCAGTA-G-CAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GAAAATATTCCGGTATA
gi|104030                     : attataacatatattactgacttcttggacgactaTATAACA--TTTATTACA-TGGCT--TCGAGGGATG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CTT-C-GAGGTGACAGAAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--CA---ATC-CGAT-GCT-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CA--TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG-----CAATATTCTGGTATA
gi|104031                     :                                  atTATA-CA---ATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCGGAAT-TTT--CCC-C-GA-GT-AC-AGAACGCCT---TGGAGTGTT-TGT--C----A-C-CGAT-GCC-GTA--GCAG--A-GGTG--ACATAA----CAC-T-CA---AGGC----GTTCCT-------GT---TA--CGAGGG-----AAATATTCCGGTAT
gi|104032                     :                                  atTATA-CA--TATATTACA-TGACT--TTGAGGG-CG--A-C---A-TA-CTG-AATATTTG-CCC-C-TTGGTGACAGGAAGGCCT---CAGAGTGTTATGT--C----TCC-CAAT-GCC-ATA-GGCAG--AGGAAG--ACCTAA----CAC-TCCG---GGGC----CTTCCT-------GT---CAT-CATGGG---GCAGATATTCTGGTGT
gi|104033                     :                                  atTATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----TCC-CGAT-GCT-GTA-AACAA--AG
gi|104034                     :                                  atTATA-CA--TATATTGCA-TGACT--TAGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCT-T-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-GTA-GGC
gi|104035                     :                                  atTATA-CA--TATATTACA-TGACT--TCGAGAG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTT-CCC-C-GAGGTGACAGCAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-TTA-
gi|104036                     :                                    atTG-CA--TATAGTACA-TGACT--TCGAGGG-CA--A-C---A-TA-CCAGATTATTTG-CCC-C-GAGGTGAC
gi|104037                     :                                                                         attt---A-TA-CCAGAATATTTG-CTT-C-GAGGTGACAGAAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--CA---ATC-CGAT-GCT-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CA--TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG-----CAATATTCTGGTATA
gi|104038                     :      ttatattatattacatgacttctagggcgcTATA-CA--TATTTTACA-TGACT--TCGAGGG-CG--A-C---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTATGGTATA
gi|104039                     :                                    TATAACA--TATATTGCA-TGACT--TCTTGGG-CG--A-CT--A-TA-CCATAATATTTG-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CTCT-GCC--TACGGCAT--CGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---CAC-CTCGGG---GCAAATATTCTGGTAT
gi|104039                     :                                                                             ---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC-CGAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTATGGTATA
gi|104040                     :    tataacatatattgcatgacttcttgggcgacTATA-CAGTTAT-TTA-A-TGTCTGATCA--GT-CA--A-T---A-GA-CCGGAATATTTT-TCC-C-GGGGTTCTGGGAACAGCT---C------TTATGCA-C----GTT-CTATTGCC-G-----------AGGTG------------CAT-T--G---AGCT----GTTCCC-------AA---TAC-CGAGGG---AAAAATATTCCGGT
gi|104041                     :                                    TATAACA--TATATTACA-CGACT--TTTTAGG-CG--A-CT--A-TT-CCAGAATATTTG-CCC-C-TCGGTAACAGGAACGCCC---GGGAGTGTTATGT--C----ACC-CTCT-GCC--TACGGCAT---CGGTG--ACATAA----CAC-TCCA---AGGC----GTTCCT-------AT---CAC-CTTATG---GCAAATATTCTGGTAT
gi|104041                     :                                                                             ---A-TA-CCAGAATATTTG-CCA-T-AAGGTGATAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----ACC--GAT-GCC-GTA-GGCAG--AGGGTG--ACATAA----CAC-TCCC---GGGC----GTTCCT-------GT---TAC-CGAGGG---GCAAATATTCTGGAATA
gi|104042                     :    tataacatatattacacgactttttaggcgacTATAACA--TATATAACA-TAAAT--TTGAGGG-TATAA-C---AACA-CCAGAATATCTG-CCC-C-ATGATGACAGGAAGGCCC---CGGAGTGTTAGGT--C----TTC-CTCT-GCC--TATGGCAT--TGGGAG--ACATAA----CAC-TCTG---AGGC----CTTCCT-------GT---CAC-CAAGGG---GCAAATATT-CAGTAT
gi|104043                     :                                    TATA-CAGTTAT-TTA-A-TGTCTGGTCA--GT-CA--A-T---A-GA-CCGGAATATTTT-TCC-C-GAGGTACTGGGAACAGCTCAATGCA-CGTTCTAT--T----GCC-CGA--GGC-GCC-AGCCG--AGGGCA--ATAGAA----CG--TGCATTGAGCT----GTTCCC-------AA---TAC-CGAGGG---GGAAATAT--CGGTCTA
gi|104044                     :                                    TATA-CAGTTAT-TTA-A-TGTCTGATCA--GT-CA--A-T---A-GA-CCGGAACATTTT-CCCTC-CA--TACTGGGAACAGCT---CAATGTGTTCTAT--T----GCC-CGAG-GCC--CA-AACCG--AGGGCA--ATATAA----CG--TGCATTGAGCT----GTTCCC-------AG---TAT-GGAGGG----AAAATGTTCCGGTCTA
gi|104045                     :                                      TA-AA--TATATTACA-TGACT--CTT--GG-CG--A-C---A-TA-CCGGAATATTTC-CCT-C----GTAACAGGAACGCCT---T-GAGTGTTATGT--C----ACCTC--T-GC---TACGGCAT---CGGTG--ACA-AA----CAC-TCCA---AGGC----GTT-CT-------G----TACTC--GGG---GAAA--ATTCCGGTAT
gi|104045                     :                                                                             ---A-TA-CCGGAAT-TTT--CCC-C-GAG-T-ACAG-AACGCCT---TGGAGTGTT-TGT--C----A-C-CGAT-GCC-GTA--GCAG--A-GGTG--ACATAA----CAC-T-CA---AGGC----GTTCCT-------GT---TA--CGAGGG-----AAATATTCCGGTAT
gi|104046                     :                taaatatattacatgactcttggcgac--TATAGTAAA-TGATT--TTGAGTG-CA--A-C---A-TA-CCAGAATATT-G-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTATTATGT--C----GCC-CGAT-GCC-ACA-GACA
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gi|104055                     :                                                                             ---A-TA-CCAGAATATTTG-CCC-C-GAGGTGACAGGAACGCCT---TGGAGTGTTATGT--C----TCC-C