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Reference ( family-636 ) : TTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATT--A---A-AA---AAATTA---CC--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAAAA-GTCC--G---AA-GTT---ATTT----AA-G-A--------A-TA---TA-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--AAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T-A--C--A-A-GCAAA
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . A . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ******
originalCons : TTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATT--A---A-AA---AAATTA---CC--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAAAA-GTCC--G---AA-GTT---ATTT----AA-G-A--------A-TA---TA-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--AAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T-A--C--A-A-GCAAA
finalCons : TTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATT--A---A-AA---AAATTA---CC--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAAAA-GTCC--G---AA-GTT---ATTT----AA-G-A--------A-TA---TA-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--AAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T-A--C--A-A-GCAAA
Alignments
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lowQualScore : .. ... . . ... . . ... . .. . . . . . . . . . .............. ...... . ... . ... .. ... ....... . ..... . ... ... . . ...... . ... .... . .......... . ... . . .. . . . .. .... .. . .. ....... .. . .. . ...... . ... .. .. . .
lowQualScore : 11 888 5 5 777 4 5 666 0 00 0 5 0 5 4 4 9 4 4 44444444444444 555555 4 555 5 444 88 555 2222222 4 77777 5 666 666 6 5 555555 5 777 3333 5 8888888888 5 444 0 5 11 5 5 5 11 5555 00 7 33 4444444 33 7 66 8 444444 0 666 88 88 0 0
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Reference ( family-636 ) : TTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATT--A---A-AA---AAATTA---CC--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAAAA-GTCC--G---AA-GTT---ATTT----AA-G-A--------A-TA---TA-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--AAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T-A--C--A-A-GCAAA
gi|49916 : TTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATT--A---A-AG---AA-TTA---CT--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAAAA-GTCC--A---AG-ATT---ATTT----AA-G-A--------A-TA---TG-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--GAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GTTACATGTAA-C-C-A--C--A-A-GCAAA
gi|49917 : ttaTTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATT--TTT-A-AA---AAATTA---TC--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAAAA-GTCC--G---AA-GTT---ATTT----AA-G-A--------A-TATT-TA-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--AAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T-A--C--A-A-GCAAA
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gi|49920 : ttattattTTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-CATA-GGC-GC-C---T-AT-AT--------------AATT--A---C-AA---AAA--A---CC--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAGTA-GTCC--G---AA-GTT---ATTTA---AA-G-A--------A-TA----A-TG-TAAA--ATAC---A-C--AAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T-A--C--A-A-GCAAA
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gi|49923 : ttaTTATT--AT---TATT-A-TG---C-A-CA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATTA-A---A-AA---AAATTA---CC--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAA-------------AA-GTT---ATTT----AA-G------------TA---TA-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--A
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gi|49925 : TGTT--AT---TTTT-A-TG---T-A-CA---TT-C--A-TATA-G-C-GC-C-A-T-AT-AT--------------AATC--A---A-GA---A--TGA---CA--C---TA---A---GGCG-CTTT-----A-C---A---TAAAA-GTCC--T---AA-ATT---ATCT----AG-G-A--------A-TA---TA-TC-TAAAACACAC-A-A-C--AAT----CAGA-G--TAATCAGAG--A-C--AATGATA-GC-------AA-T-T-A--A--A-A-
gi|49926 : ttattaaTTATT--AT---T--T-A-TG---C-A-CA---TTGT--A-TATA-T-C-AC-CTC-T-AT-AT--------------AATA--A---A-AA---AAAT-A---CTG-C---TA---A---GA-G-CTTT-----A-C---A---TGAGA-ATCC--G---AA-GTT---ATCT----AA-ACA--------ATTA---CA-CG-T-AA--ACGT-A-A-C--AAT----C--A-AGTT-------G--A-C--AATGACA-GT------T-A-C-TAA--C--A-A-GCAAtaca
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gi|49936 : tatgTTATT--AT---TATT-A-TT---CTA-TA---TT-T--A-TATA-G-C-GC-C-C-T-AT-AT--------------AATT-------------AGATTA---CC--C---TA---A---AGCG-CTTA-----A-C---ATG-TAAAA---C-------AA-AT---------------G-G--------A-C-------TG-TAAA--ATAA-A-A-C--AA--------A-G----------A--A-C--AA-GACA---------TAA-A---A--C--A-A-GC
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gi|49942 : -A-TA---TTAT--A-TATA---C-GC-C---T-AT-AT--------------AATTT-A---A-GA---AAATTAA--CC--C---TA---AA--GGCG-CTT--------C---A---TAAAA-GTCC--G---AA-GTT---ATTT----AA-G-A--------A-TA---TT-AG-T-AA--ACAC-A-A----AAT----CA-A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T----C--A-A-GCAAA
gi|49943 : C-C-T-T-AT-AA--------------AATTCAA---ACAA---GAATTATGACT--C---TATA-G---GGCG-CTTTGACTTA-C---A---TAAAAAGCCT--G---AAAGCTGCGATTT----AACG-A--------A-TAACTTA-TG-TAAA--ACAC-A-AGC--AAT----C--A-G--T-------G--A-T--AATGACA-
gi|49944 : A-TG-TAAA--ACAC-A-A-C--AAT----C--A-G--T-------G--A-C--AATGACA-GC------TAA-C-T-A--C--A-A-GCAAA