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Reference ( gi|127946 )       :          CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--TT-T-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C-TGATACT----GAA-----CCAT--AA---CTT-C----CG-GT---CA-AGAAAA-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACTAA-TTTTCC-TTACCA
gi|127947                     :          CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--TT-TCTT-GACT-GT-C-GG----AT-CAATCTG---C-TGATACT----GAA-----CCAT--AA---CTT-CG---CGCGT---C--AGAAAA-CG-AAA--GTGAAAA--C--ACTAA-TTTTCC-TTACC
gi|127948                     :          CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--TT-T-CT-GACT-GT-C--G-G--AT-CAATCTG---C-TGATACT----GAA-----CC-T--AA---CTT-C----CGCAT---C--AGAAAA-CG-AAA--GTGAAAA--C--ACTAATTTTTCC-TTACCA
gi|127949                     :          CCGGATAGCG-A---AGA--AA-TT---T-G--A-G-A--AT-T-T--GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C-TTATACT----GAA-----CCAT--AA---CTT-C----TG-GT---CG-A-AAAA-TG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA--TTTCA-TTACCA
gi|127951                     :          CCGGATAGTG-A---GGA--AA-TT---C-A--A-G-A--AT-T-T--GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C-TTATACT----GAA-----CCAT--AA---CTT-C----CA-GT---CG-A-AAAG-CA-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA--TTTCA-TTACCA
gi|127953                     :          CTGAATAACG-A---GGA--AA-CT---C-G--A-T-A--TT-T-TT-TA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C-TTATAATATG-GAA-----CCAT--AA---CTT-T----CG-GT---CA-AG--AA-TG-AAA--GT--AAA--C--ACTTA-TTTTCA-TT
gi|127954                     :          CCGAATATCG-A---GAA--AAATT---C-G--A-G-A--TT-T-TT-GA-A-GT-C-GG-G--AT-CAATCTA---C-------------AA-----------AG---CTT-C----CG-GT---CA-A-AAAG-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA--TTTCA-TTACCA
gi|127952                     :          CCGAATGTCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--CAAT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCCT---C-TTATACA----GAA-----CCATA-AA---CTT-TTCCGCG-GT---AA-AG-AAA-CG-AAA--GCG-A-------ACTAA--TTTCA-TTACC
gi|127958                     :          CCGAA-ATCG-ACCCGAA--AA-TT---C-G--AAG-A--TT-T-TT-GA-A-GT-CAGG-G--AT-CAATCT-------------------A-----CCAA--AG---CTT-C----CG-GT---CA-AAAAAG-CG-AAAGTGTG-AAA--C--ACCAA--TTTCA-TTACCA
gi|127959                     :          CCGAATATTG-A---GAA--AAATT---C-G--A-G-A--TT-T-TT-TA-A-GT-C-CG----AT-CAATCTA----------------GAA-------A---AA---CTT-C----CG-GT---CA-AGAAAG-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACC---CTTTCA-TTACC
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gi|127955                     :          CCGAATATCG-A---GAA--AA-TT---C-G--A-G-AT-TT-T-TT-GA-A-GT-C-GG-G------AATC------------------AAA-----TCAC--AAAGCCTT-C----CG-GT---CA-AAAAAAGCG-AAA--GTG-AAA--C--AC-AA-TTT
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Reference ( family-633 )      :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C--T----ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAA-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA---------T------TTTCATTACCA
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lowQualScore                  :                                                 7 999   11  0  111 9 44 9 4 5555  4  1  666  4 8  4 99  4      444444444444444444444   999999   44  666 5   6666  4  111  5 88  88  5   00   0   00 55     6666666666666666           
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Reference ( family-633 )      :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C--T----ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAA-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA---------T------TTTCATTACCA
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gi|127972                     :                                                        A--AA-CT---C-GGGA-G-A--T-TT-TA-GA-T-GT-C-GG-G--GT-CAATCTG---C--TG---AAATT----GAA-----TCAT--AA---C-TTC----CT-GT---GA-AGACA--CG-AAA--GTG-AAA--C---TTGA---------T------TTTTATTACCA
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gi|127974                     :                                                                                 aT-TT-GA-T-GT-CCAG-G--AG-CAATCTGACTC--T----ATACT----AAA-----CCAT--AG---CTTTC----CG-GT---CA-AAAAAT-CG-AAG--CGG-AAA--CATACCAA---------T------TTTTA


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blockSeqs                     :                                                 . .     .   A  T   A C  C . CA    .  T  CT   . C  . .   .      GCATTATTTCAG            C        A   .   .   G     C  G    . GA  AT  .   .    A   .  A      TTTTCGA         
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . AT    .  A  TC   . .  . .   .      GACTCTATACT             C        .   .   .   .     A  .    . GA  A   .   .    .   .  .      TT              
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blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . A     .  .  T    . .  . .   .      GCTGATACT               C        .   .   .   .     .  .    . GA  G   .   .    .   .  .      T               
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blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . T     .  .  A    . .  . .   .      GCCTGTACT               C        .   .   .   .     .  .    . GA  G   .   .    .   .  .      T               
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . T     .  .  T    . .  . .   .      ACTGATACT               C        .   .   .   .     .  .    . GA  A   .   .    .   .  .      T               
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . A     .  .  A    . .  . .   .      GCTTAAACT               C        .   .   .   .     .  .    . AA  A   .   .    .   .  .      T               
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . A     .  .  A    . .  . .   .      GCTGAAATT               C        .   .   .   .     .  .    . A   C   .   .    .   .  .      T               
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blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . T     .  .  T    . .  . .   .      AC                      T        .   .   .   .     .  .    . A   A   .   .    .   .  .      T               
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . T     .  .  T    . .  . .   .      AC                      T        .   .   .   .     .  .    . G   A   .   .    .   .  .      T               
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . T     .  .  T    . .  . .   .      AC                      T        .   .   .   .     .  .    . G   T   .   .    .   .  .      .               
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . A     .  .  T    . .  . .   .      AC                      C        .   .   .   .     .  .    . A   .   .   .    .   .  .      .               
blockSeqs                     :                                                 . .     .   .  .   . .  . . T     .  .  T    . .  . .   .      A                       .        .   .   .   .     .  .    . A   .   .   .    .   .  .      .               
blockSeqs                     :                                                         .   .  .   . .  . . T     .  .  T    . .  . .   .      G                       .        .   .   .   .     .  .    . G   .   .   .    .   .  .      .               
blockSeqs                     :                                                         .   .  .   . .  . . T     .  .  T    . .  . .   .      .                       .        .   .   .   .     .  .    . G   .   .   .    .   .  .      .               
blockSeqs                     :                                                             .  .   . .  . . .     .  .  T    . .  . .   .      .                       .        .   .   .   .     .  .    . .   .   .   .    .   .  .      .               
blockSeqs                     :                                                                    . .  . . .     .  .  T    . .  . .   .      .                       .        .                                                                          
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finalCons                     :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C--T----ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAA-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA---------T------TTTCATTACCA





Alignments
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lowQualScore                  :                                                 7 999   11  0  111 9 44 9 4 5555  4  1  666  4 8  4 99  4      444444444444444444444   999999   44  666 5   6666  4  111  5 88  88  5   00   0   00 55     6666666666666666           
consensus                     :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C--T----ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAA-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA---------T------TTTCATTACCA
Reference ( family-633 )      :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C--T----ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAA-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA---------T------TTTCATTACCA
gi|127946                     :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C--TG---ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAA-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACTAA---------T------TTTCCTTACCA
gi|127947                     :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TTCTT-GACT-GT-C--G-G--AT-CAATCTG---C--TG---ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTCG---CGCGT---C--AGAAAA-CG-AAA--GTGAAAA--C--ACTAA---------T------TTTCCTTACC
gi|127948                     :                                       CCGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-CT-GACT-GT-C--G-G--AT-CAATCTG---C--TG---ATACT----GAA-----CC-T--AA---C-TTC----CGCAT---C--AGAAAA-CG-AAA--GTGAAAA--C--ACTAAT--------T------TTTCCTTACCA
gi|127949                     :                                       CCGGATAGCG-A---AGA--AA-TT---T-G--A-G-A--A-TT-T--GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---CT-T----ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----TG-GT---CG-A-AAAA-TG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA----------------TTTCATTACCA
gi|127950                     :                                                             -TC---C-G--A-G-A--T-TT-TA-GA-T-GT-C-CG-G--AT-CAATCTG---C--TT---ATACT----GAA-----TCAT--AA---C-TTC----TG-GT---CA-AGAAA--CG-AAA--GTG-AAA--C--ATGAG---------T------TTTCATTACCA
gi|127951                     : ccggatagtgtcagaggaaattcgtgcgtttaaaaactCCGGATAGTG-A---GGA--AA-TT---C-A--A-G-A--A-TT-T--GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---CT-T----ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CA-GT---CG-A-AAAG-CA-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA----------------TTTCATTACCA
gi|127952                     :                                       CCGAATGTCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-G-A--CAAT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCCT---CT-T----ATACA----GAA-----CCATA-AA---C-TTTTCCGCG-GT---AA-AG-AAA-CG-AAA--GCG-A-------ACTAA----------------TTTCATTACC
gi|127953                     :                                       CTGAATAACG-A---GGA--AA-CT---C-G--A-T-A--T-TT-TT-TA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---C--TTATAATATG----GAA-----CCAT--AA---C-TTT----CG-GT---CA-AG--AA-TG-AAA--GT--AAA--C--ACTTA---------T------TTTCATT
gi|127954                     :                                       CCGAATATCG-A---GAA--AAATT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-A-GT-C-GG-G--AT-CAATCTA---C-----------------AA-----------AG---C-TTC----CG-GT---CA-A-AAAG-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA----------------TTTCATTACCA
gi|127955                     :                                       CCGAATATCG-A---GAA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-TTTGA-A-GT-C-GG-G--A----ATC----------------------AAA-----TCAC--AAAGCC-TTC----CG-GT---CA-AAAAAAGCG-AAA--GTG-AAA--C--A-CAA----------------TTTCATTA
gi|127956                     :                                       CCGAATA-CG-A---GAA--AG-TT---C-G--A-G-AA-T-TT-TT-GA-A-GT-C-GG----AT-CAATCTA---C-----------------AA-----------AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGA-------AAG--GTG-AAA--C--ACC-A---------T------CTTCATTAC
gi|127957                     :                                       CCAAATATCG-A---GGA--AA-TC---C-G--A-G-A-----T-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CA--CTG---G--T----CTA------AAA-----CCA-----------TC----CG-G----CA-AGAAAA-CGAAAA--GTG-AAAACC--ACTAA---------T------TCT
gi|127958                     :                                       CCGAA-ATCG-ACCCGAA--AA-TT---C-G--AAG-A--T-TT-TT-GA-A-GT-CAGG-G--AT-CAATCT-----------------------A-----CCAA--AG---C-TTC----CG-GT---CA-AAAAAG-CG-AAAGTGTG-AAA--C--ACCAA----------------TTTCATTACCA
gi|127959                     :                                       CCGAATATTG-A---GAA--AAATT---C-G--A-G-A--T-TT-TT-TA-A-GT-C-CG----AT-CAATCTA--------------------GAA-------A---AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAG-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACC-----------C------TTTCATTACC
gi|127960                     :                                       CCGAATGTCGGA---GGACGAA-TT---CCG--ACG-A--A-AT-TT-GA-T-GT-G-CG-G--AT-CAATCTG---C--A----TTATTTCAGAAA-----CCAT---A---C-TTC-------GT---CA-AG-AAA-CG-ACG--GCG-AA------ACTAA---------T------TTCAGTTAC
gi|127961                     :                                       CCGA-TGTCG-A---GGA--AA-TT---T-C--G-G-A--A-AT-TT-GA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG--------------------------------------------------------CA-AG-AAA-CG-AAA--GCG-AA------ACTAA---------T------TTTCATTACC
gi|127962                     :                                       CCGAATATCC-G---AGC--AA-TT---C-GC-A-G-A--T-TT-TTTGA---GT-C-GG-G--AT--AATCT-----------------------A-----CAAT--TA---C-TTC----CG-TTTTGCA-AGAAA--CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAA---------T------AGTCATTACCA
gi|127963                     :                                       CCGAATGTC--A---GGA--A--TT---C-G--A-G-A----AA-TT-GA-TCGT-C-GGAG--AT-C-ATCTA---C--T----ATACTCA--GAA-----CCATCAAA---A-TAC----CG-GT---CATAGAAAATCG-A------G-AAC--C--CCCAGCCCGACACTC------TTTCATTACC
gi|127964                     :                                       CCGAATATCG-A---G-A--AA-TT---C-A--A-G-A--T-TT-TT-TA-A-GT-C-GG-G--AT-C-ATCTA---C-----------------AA-----------AA---C-TTC-------GTG--CA---------G-AAA--GTG-AAA--CA-ACCAA---------T------TT
gi|127965                     :                                       CCGGATAGCG-A---GGA--AA-TTATTC-G--A-G-A--T-TT-TT-GA-T-GT-A-GG-G--AT-CAATTT-------T----AATCT----GAAGAGTTCCAT--A
gi|127966                     :                                        CGAATATCG-A---GGA--AA-TT---C-G--A-GCATCT-TT-TT-TA-T-GTCC-GG-G--ATCCAATCTG---C--
gi|127967                     :                                         GAATATCG-A---GAA--AA-TT---C-G--A-G-A--T-TT-T--GA-T-GA-C-GG-G--AT-CAATCTG---CC-T----GTACT----GAA-----CTAT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-AGAAAC-TG-AAA--TTG-AAA--C--ACCAA---------T------TTTCATTACCct
gi|127968                     :                                           ATATCG-A---GAA--AA-TT---C-A--A-G-A--T-TT-TT-TA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTA---C--TG---ATACT----GAA-----CCAT--AA---C-TTC----CG-GT---C----AAAA-CA-AAA--GTG-AAA--C--ACTAA---------TTTTCGATTTCATTACC
gi|127969                     :                                            TAGCA-A---GGA--AA-TT---C-G--A-A-A--T-TT-GT-GA-T-GT-C-AA-G--A---AA---G-------------ACC----GAA-----T-AT--AA---C-TTC----CG-GT---CA-A-AAAA-C---------G-AAA--C--ACAAA---------T------TTT-ATTACC
gi|127970                     :                                                 -A---GAA--AA-TTT--C-G--A-A-G--A-TT-TT-GA-TAGT-C-GG-GCAGT-CAATCTA---C----------------GAA-----GCAT----------TC----CGAGT---CA-AGAAAG-CG-AAA--GTG-AAA--C--ACCAT---------A------TTCCATTACC
gi|127971                     :                                                        A--AA-CT---CAG--A-G-A--T-TT-CA-TA-T-GT-C-GG-G--AT-CAATCTG---CT-T----AAACT----GAA-----TCAT--AA---C-TTC----CT-GT---CA-AG-AAA-CG-AAA--ATG-AAA--C--ATCAA---------T------TTTCATTACCA
gi|127972                     :                                                        A--AA-CT---C-GGGA-G-A--T-TT-TA-GA-T-GT-C-GG-G--GT-CAATCTG---C--TG---AAATT----GAA-----TCAT--AA---C-TTC----CT-GT---GA-AGACA--CG-AAA--GTG-AAA--C---TTGA---------T------TTTTATTACCA
gi|127973                     :                                                                    -G--A-A-A--T-CT-TTAGA-T-GT-C-GG-G--AT-CAGTCTG---CATT----ATACT----GAA-----TCAT--AA---C-TTC----TA-AT---CA-AG-AAA-TG-AAA--GCG-AAA--C--ATGAA---------T------TTTTATTAACA
gi|127974                     :                                                                                 aT-TT-GA-T-GT-CCAG-G--AG-CAATCTGACTC--T----ATACT----AAA-----CCAT--AG---CTTTC----CG-GT---CA-AAAAAT-CG-AAG--CGG-AAA--CATACCAA---------T------TTTTA