lowQualScore : 222222222 11111111111 4444444444444444444444444444 2222222 1111 1
lowQualScore : 3 1 222 22 44444 4 1 3 000000000 1 44 44444444444 444 44444 1 44444 2222222222222222222222222222 1 1 1 1 0 1 33 3 222 44 6 3 33 777 1 666 2222222 1 1 1 1 22 1 3333 1 222 1 33 3 222 3
lowQualScore : . . ... .. ..... . . . ......... . .. ........... ... ..... . ..... ............................ . . . . . . .. . ... .. . . .. ... . ... ....... . . . . .. . .... . ... . .. . ... .
lowQualScore : 2 6 888 22 00000 8 6 2 222222222 6 44 44444444444 888 66666 5 99999 9999999999999999999999999999 6 6 6 8 8 5 33 1 777 22 3 1 77 000 5 111 4444444 5 5 5 5 11 5 1111 6 888 6 88 6 888 6
consensus : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTTC-A--------AAC-------AT---CAAA-CATG-G-CGCCCAAAT-AC-G-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---ATA---T---GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCC-T---C-AAAA--ATCGTAAGT---TGC-AGGTTA
Reference ( gi|87715 ) : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGTT-A--------AAT-------AC---CAAA-CATG-G-CGCCCAAAT-AC-G-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---ATA---G---GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCC-T---C-AAAA--ATGGTAAGT---TGC-AGGTTA
gi|87716 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGT--A--------AAT-------AT---CAAA-CATG-G-CGCCCAAAT-AC-G-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---ATA---G---GG-AATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGAAT-A----AAGCC-T---C--AAA--ATGGTAAGT---TGC-AGGTTA
gi|87714 : TAAATGTA-AACGC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----AGT-AGTC----CAGCTTC-A--------AAC-------AT---CATA-CATG-G-CGCCAAAAT-AC-G-A---A--TCGAAAGA--AT--TGC-AGT---ATA---T---GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCC-T---C-AAAA--ATCGTAAGT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87717 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTCC-A--------AAC-------AT---TAAA-CATG-G-TACCCAAAT-AT-G-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---ATA---T---GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAATT-A----AAGCC-T---C-AAAA--ATCGTAATT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87719 : TAAATATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AATC----CAGC-TT-------------------------CAAA-TATG-G-CGCCCAAAT-TC-A-A---A--TCGCGA-A--AT--TAC-AAT---AAA---T---GGAAATTGTT-TAAA-A-CG-GT--AGGAT-A----AAGCC-T---C-AAAA--ATCGAAAGT---TGC-AGATTAgaaatt
gi|87718 : TATATGTATAACAC-TA---CC--T-----TAAT-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACACCA----GGA-AGT-----CATCTTC-A--------AAC-------AT---CAAA-CATG-G-CGGCAAAAT-AT-GAA---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---ATA---T---GGGAATTGTT-TCAATA-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCC-T---C--AAA--ATTGTAAGT---TGT-GAGTTAgaaatt
gi|87720 : AAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---G---ACA----GGA-AATT----CAG---T-AAAAAAAAGAAA-------AA---CAAA-CATG-G-CGGCTGAAT-AC-G-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---ATA---gaaatt
gi|87721 : AATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------A--A--TA-----------T---GACAACC----TGA-AGTC----AAGTTAT-A--------AAC-------AT---CAAA-CATG-G-TGCCCAAAT-AT-G-T---T--TAGAGA-A--AT--TGC-AGT---AAA---T---GAATATTATT-TAAA-A-TG-GT----------------CT-T---C-AAAA--ATAGTAAGT---TGC-ATGCTAtg
gi|87722 : AATGTA-AACTC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GGCCAATATGGGC-A--TA-----------T---GACGACA----AAA-TGTC----CAGC-TT-------------------------CAAA-CATG-G-TGACCAAAT-AT-G-A---A--TCGAGA-A--AT--TGA-AGT---ATA---T---GAAAATTATT-TCTA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCT-T---A-AAAA--CTCGTAAGC---Taaaatt
gi|87723 : AAT-TA-AATAC-TA---TC--T-----TA-T-AT-GG---------GCTA--TA-----------T---GACAACA----GGA-A----------CATT-------------------------CACA-CATG-G-CGCC--AAT-AC-GTA---G--TCGAGA-A--AT--AGC-AGTT--ATA---AC--AGAATTTGTT-TAAA-AATG-AT--CGGATTA----AATCC-T---C-AAAA--TTCGTAAGC---TGC-AGGTagaaatt
gi|87724 : AATGTA-AACA---A---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GCAAATACTTGGGC-ACCCG---CAG-GTTCA--------AATCTAATTCAT---TAAA-CATT-G-CGCCCAAA--AT-G-A---C--ACAAGA-A--AT--TGC-AGA---ATA---T---GGAAATTGTT-TAAT-A-TG-AT--aagaaatt
gi|87728 : ATGTATAACAA-TA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTC-----ATCATTCA--------AAC-------ATT--CAAA-CATG-G-CAGCCAAAT-AT-G-A---AAATCGAGA-AC-AT--GAC-AGT---ATACATG---GGAA-TTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCC-T---C--AAA--ATTGTAAGT---TGTAAGGTTAacaaataggtgaaggtaacatagtgttaaacgataaagctttacaaattgtaagttgcaggccaaaactt
gi|87729 : ATGTA-TATACATA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTC-----ATCTTC-A--------AAC-------ATT--CAAA-CATGTG-CAGCCAAAT-AT-G-A---AAATCGAGA-ATGAC--AGT-AAT---ACA---T---GGGAATTGTTCTAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCC-T---CAAAAA--ATTGTAAGT---TGTAAGGTTgaaatt
gi|87725 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TT-T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAACT--------T---GACAAAC----GGA-AGTT----CAGCTTC-A--------AAC-------AT---CAAA-CATG-G-CGTCC-AAT-AT-G-A---A--TCTAGA-A--AT--ATC-AGTAG-ATAT--C---GGAAATTGTT-T-AA-A-T--------------------CC-T---C-AAAA--ATCGTAAGT---TAC-AGGCTtagagaatt
gi|87730 : ATGTA-AACAC-TA---AC--A-----TA-T-AT-TG---------GT-----------------T--------CA--------AGTT----CAGCTTC-A--------AAC-------AT---TAAA-TAGT-G-TTCCCAGTT--T-G-A---A--TCGAGA-A--AT--TAC-AGC---ATA---T---TAAAACTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAGAA-A----AAGCA-T---A-CAAT--ATTGTAAGT---TGC-AGGCTgcaaatt
gi|87727 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGCTTG-A--------AAT-------Agtaaatt
gi|87726 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----T--T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAAAACTT-----T---GACAA-A----CGG-AGTT----CAGCTTTCA--------AAC-------AT---CAAAACATG-G-CGTCCAA-T-AT-G-A------TCTAGA-A--ATATCAT-AGT---ATC---G---G-AAATTGTT-T-AA-A-T--------------------CC-T---C---AA--ATCGTAAGT---TAC-AGGCTt
gi|87731 : ATGTA-AACAC-TT---CC--T-----TA-T-TT-GG---------GC-A--TATGCAGATAAATT---GACAGCT----GGA-CGTT----CCGCTTT--------------------------AAA-CATG-G-CGCCC-CAT-AT-G-A---A--TCGAGA-----------------------------GAAATTGTT-T--------------GGAT-A----AAAGC-TAAAA-AAAA--ATCGTAAAT---TGC-AGGCTgcaaatt
gi|87733 : ATGTT-CACAC-TA---CC--T-----TC-A-AT-GG----------C-A--TA-----------T---G-CAA--------A-TATCTTCACAAC--C-G--------AAC-------AT---CAAA-CATG-G-CGCAC-AGT-AT-G-A---A--TCGATA-A--AT--TGA-AAT--------------GAA-------TAAA-T-TG-GT--AGAAT-A----GAGTA-T---T-AAAG--ATCGTAAAT---Tgtgaaa
gi|87732 : ATATA-AACAT-TA---TC--T-----TA-A-AT-GG---------AC-A--CA-----------TTCAAATAACT----TGACAATC-----AG--------------AAG-------AT---CAAA-CATG-G-CG-CTGAAT-AT-A-A---A--TCGACA-A--AT--TAC-AGTCGCCTA---------AATTTGTC-TAAA-T-TT-GT--TAGAT-A----A
gi|87734 : TATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAGCA----GGA-AGTC----CATCTTC-A--------AAC-------AT---CAAA-CATG-G-CGGCCAAAT-AT-G-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---ATA---T---GGGAATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCC-T---C-AAAA--ATTGTAAGT---TGT-AGGTT
gi|87735 : TGTA-AATA--TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GATA-------GGA-AGTC----CAG--TT-A--------AAA-------AAAAACAAA-CATG-G-CGCCTGAAT-AC-G-A---A--TCTAGA-A--AT--GAC-AGT---GTA---T---GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCC-T---C-AAAA--ATTGTAAGT---T
gi|87736 : TGTA-AGATC-TAGGCCC--T-----TG-T-AA-GG---------GC-A---A-----------T---GACA-------GGA-AAT-------------A--------AA-------------CAAA-CATG-G-CGCCTGAAT-AC-G-A---A--TCGAGA-A--ATG-CGC-AGT---ATA---T---GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCC-T---C-AACA--ATTGTAAGT---TGT-AGGTTA
gi|87737 : TATA-AACCT-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---CACAAC-----GAA-AGTC----CAGCTTC-A--------AAC-------AT---CAAA-C--------------T-ATTG-A---A--TAGAGA-A--AT--TAC-AAT---ATAT--GCATGGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--AGGAT-A----AAGC------C-AAAAT-ATCGTACGT---TTC-AGGCTAgaaatt
gi|87738 : GTA-AACAC-TA---CTATT-----TA-TCAT-AGTTTATT---GC-A--TA-----------TTT-GACAAAA----GGA-AGTA----CAGCTTA-A--------AAT--------T---CAAA-CATG-GGCGGCTAA-T-A--G-A---A--TCGAGACA--AT--CGCCAGT---ATA---A---GGAAATTGTT-CTAA-A-TG-GTTACGGAT-A----AAGCCTT---C-AAAATCAT--TAAGT---TGC-AGGCTgaaatt
gi|87739 : TA-AATAC-TG---CC--TAGCCTTA-C-AT-GG---------GT-A--TG-----------T---GACAACA----GAA-AATC----CAGCTTT-A--------AAC-------AT---CAAA-CATG-G-CGCCCAAAT-AC-G-A---A--TCAAGA-C--GT--TGC-AGT---ATA---T---GGAAATTGTA-TAAA-G-TG-GT--CAGTC-T----AAGCC-T---C-AAAA--GTTGTAGGT---TGC-AGGTTAtagaaact
gi|87740 : -----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGC-TT---------------------C---TAAC-CAT--------CAG-T-AT-G-G---A--TCGAGA-A--TTCGTGT-A-T---ATA---T---CGAA-TTGTT-TAAA-A-CG-GT--TCGAT-T----AAGCA-T---C-AAAA--ATCGTAAGT---TTC-GGGTgaaat
gi|87741 : GCCCAAATTAC-G-AGGGA--TCGAGG-A--AT--TGC-AGT---GTG---GAT-GGAAATTGTT-TAAA-G-TGAGT--C-GAT-A----AAGCT-T---T-AAAA--TTGTAAAGTAACTGC-AGAT
gi|87742 : gC-ATT---ATA---T---GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--TGTAT-A----AAGCC-T---C-AAAA--ATCGTAAGA---TGC-AGGTTagaaat
gi|87724 : GAT-A----AAGCT-T---T-ACAA--ATTGTAAGT---TGC-AGG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 3 1 222 22 33333 4 1 3 999999999 1 44 33333333333 444 44444 1 6666 333 4444444 4444444 55 1 1 1 1 1 1 22 3 222 44 3 55 444 1 333 22 5555 33 1 1 1 1 1 22 1 2222 222 33 1 1 1 222 3
lowQualScore : . . ... .. ..... . . . ......... . .. ........... ... ..... . .... ... ....... ....... .. . . . . . . .. . ... .. . .. ... . ... .. .... .. . . . . . .. . .... ... .. . . . ... .
lowQualScore : 1 5 777 11 88888 6 5 1 444444444 5 22 99999999999 666 11111 5 7777 111 8888888 8888888 00 5 5 5 4 3 5 88 0 666 11 0 66 444 4 999 00 0000 44 4 5 5 5 5 00 5 6666 777 88 5 5 5 777 5
consensus : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
Reference ( family-632 ) : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87714 : TAAATGTA-AACGC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----AGT-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-ATACATG-G-CGCCAAAAT-A-CG-A---A--TCGAAAGA--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87715 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGT-T-A-------AA-------TAC--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--G-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATGG-T-AAGT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87716 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGT---A-------AA-------TAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A----GGGAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGAAT-A----AAGCCT---C--AAA-ATGG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87717 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTC-C-A-------AA-------CAT--T-AAACATG-G-TACCCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAATT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AATT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87718 : TATATGTATAACAC-TA---CC--T-----TAAT-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACACCA----GGA-AGT-----CATCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGGCAAAAT-A-TGAA---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-GGGAATTGTT-TCAATA-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C--AAA-ATTG-T-AAGT---TGT-GAGTTAgaaatt
gi|87719 : TAAATATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AATC----CAGCTT-C-A-------AA-------TAT----------G-G-CGCCCAAAT-T-CA-A---A--TCGCGA-A--AT--TAC-AAT---A--A----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-CG-GT--AGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-A-AAGT---TGC-AGATTAgaaatt
gi|87720 : AAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---G---ACA----GGA-AATT----CAG--T-A-AAAAAAAGAA-------AAA--C-AAACATG-G-CGGCTGAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-Ggaaatt
gi|87721 : AATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------A--A--TA-----------T---GACAACC----TGA-AGTC----AAGTTA-T-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-TGCCCAAAT-A-TG-T---T--TAGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--A----A--T-GAATATTATT-TAAA-A-TG-GT----------------CTT---C-AAAA-ATAG-T-AAGT---TGC-ATGCTA
gi|87722 : AATGTA-AACTC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GGCCAATATGGGC-A--TA-----------T---GACGACA----AAA-TGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT----------G-G-TGACCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGA-AGT---A--T----A--T-GAAAATTATT-TCTA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCTT---A-AAAA-CTCG-T-AAGC---Taaaatt
gi|87723 : AAT-TA-AATAC-TA---TC--T-----TA-T-AT-GG---------GCTA--TA-----------T---GACAACA----GGA-A-------CA--TT-C-A---------------------C-A--CATG-G-CGCC--AAT-A-CGTA---G--TCGAGA-A--AT--AGC-AGTT--A--T----AA-C-AGAATTTGTT-TAAA-AATG-AT--CGGATTA----AATCCT---C-AAAA-TTCG-T-AAGC---TGC-AGGTagaaatt
gi|87724 : AATGTA-AACA---A---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GCAAATACTTGGGC-ACCCG---CAGGTT-C-A-------AATCTAATTCAT--T-AAACATT-G-CGCCCAAA--A-TG-A---C--ACAAGA-A--AT--TGC-AGA---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAT-A-TG-AT--aagaaatt
gi|87724 : GAT-A----AAGCTT---T-ACAA-ATTG-T-AAGT---TGC-AGGacaaataggtgaaggtaacatagtgttaaacgataaagctttacaaattgtaagttgcaggccaaaactt
gi|87725 : aatgtaaacaaccttatatgggcatatgcaaatacttgggcacccgcaggttcaaatctaattcattaaacattgcgcccaaaatgacacaagaaattgcagaatatggaaattgtttaatatgatacaaataggtgaaggtaacatagtgttaaacATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TT-T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAACT--------T---GACAAAC----GGA-AGTT----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGTCCAA-T-A-TG-A---A--TCTAGA-A--AT--ATC-AGT---AGAT----A--TCGGAAATTGTT-TAAA--------------T---------CCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TAC-AGGCTccaaaactt
gi|87726 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----T--T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAAAACTT-----T---GACAA-A----CGG-AGTT----CAGCTTTC-A-------AA-------CAT--CAAAACATG-G-CGTCC-AAT-A-TG-----A--TCTAGA-AATAT--CAT-AGT---A--T-------C-GGAAATTGTT-T-AA-A-T--------------------CCT---C---AA-ATCG-T-AAGT---TAC-AGGCTgcaaatt
gi|87727 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGCTT-G-A-------AA-------TAT--gcaaatt
gi|87728 : ATGTATAACAA-TA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTCAT--CA--TT-C-A-------AA-------CATT-C-AAACATG-G-CAGCCAAAT-A-TG-A---AAATCGAGA-AC-AT--GAC-AGT---A--T----ACAT-GGGAATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C--AAA-ATTG-T-AAGT---TGTAAGGTTA
gi|87729 : ATGTA-TATACATA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTC-----ATCTT-C-A-------AA-------CATT-C-AAACATGTG-CAGCCAAAT-A-TG-A---AAATCGAGA-ATGAC--AGT-AAT---A--C----A--T-GGGAATTGTTCTAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---CAAAAA-ATTG-T-AAGT---TGTAAGGTTgaaatt
gi|87730 : ATGTA-AACAC-TA---AC--A-----TA-T-AT-TG---------GT-----------------T--------CA--------AGTT----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--T-AAATAGT-G-TTCCCAGTT---TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TAC-AGC---A--T----A--T-TAAAACTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAGAA-A----AAGCAT---A-CAAT-ATTG-T-AAGT---TGC-AGGCTtagagaatt
gi|87731 : ATGTA-AACAC-TT---CC--T-----TA-T-TT-GG---------GC-A--TATGCAGATAAATT---GACAGCT----GGA-CGTT----CCGCT-----------------------T--T-AAACATG-G-CGCCC-CAT-A-TG-A---A--TCGAGA--------------------------------GAAATTGTT-T--------------GGAT-A----AAAGCTAAAA-AAAA-ATCG-T-AAAT---TGC-AGGCTgtaaatt
gi|87732 : ATATA-AACAT-TA---TC--T-----TA-A-AT-GG---------AC-A--CA-----------TTCAAATAACT----TGACAATC-----AG--------------AA-------GAT--C-AAACATG-G-CG-CTGAAT-A-TA-A---A--TCGACA-A--AT--TAC-AGTCGCC--T----A------AATTTGTC-TAAA-T-TT-GT--TAGAT-A----Agtgaaa
gi|87733 : ATGTT-CACAC-TA---CC--T-----TC-A-AT-GG----------C-A--TA-----------T---G-CAA--------A-TATCTTCACAAC---C-G-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCAC-AGT-A-TG-A---A--TCGATA-A--AT--TGA-A-------------A--T-GAA--------TAAA-T-TG-GT--AGAAT-A----GAGTAT---T-AAAG-ATCG-T-AAAT---T
gi|87734 : TATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAGCA----GGA-AGTC----CATCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGGCCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-GGGAATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C-AAAA-ATTG-T-AAGT---TGT-AGGTT
gi|87735 : TGTA-AATA--TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GATA-------GGA-AGTC----CAG-TT-A-A-------AA-------AAAAAC-AAACATG-G-CGCCTGAAT-A-CG-A---A--TCTAGA-A--AT--GAC-AGT---G--T----A--T-GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATTG-T-AAGT---T
gi|87736 : TGTA-AGATC-TAGGCCC--T-----TG-T-AA-GG---------GC-A---A-----------T---GACA-------GGA-AAT--------------A-------AA-------CA------AACATG-G-CGCCTGAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--ATG-CGC-AGT---A--T----A--T-GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AACA-ATTG-T-AAGT---TGT-AGGTTA
gi|87737 : TATA-AACCT-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---CACAAC-----GAA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAAC--------------T-ATTG-A---A--TAGAGA-A--AT--TAC-AAT---A--TATGCA--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--AGGAT-A----AAGC-----C-AAAATATCG-T-ACGT---TTC-AGGCTAgaaatt
gi|87738 : GTA-AACAC-TA---CTATT-----TA-TCAT-AGTTTATT---GC-A--TA-----------TTT-GACAAAA----GGA-AGTA----CAGCTT-A-A-------AA-------T-T--C-AAACATG-GGCGGCTAA-T-A--G-A---A--TCGAGACA--AT--CGCCAGT---A--T----A--A-GGAAATTGTT-CTAA-A-TG-GTTACGGAT-A----AAGCCT---T-CAAA-ATCATT-AAGT---TGC-AGGCTgaaatt
gi|87739 : TA-AATAC-TG---CC--TAGCCTTA-C-AT-GG---------GT-A--TG-----------T---GACAACA----GAA-AATC----CAGCTT-T-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCAAGA-C--GT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTA-TAAA-G-TG-GT--CAGTC-T----AAGCCT---C-AAAA-GTTG-T-AGGT---TGC-AGGTTAtagaaact
gi|87740 : -----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGCTT-CTA-------AC-------CAT--C-AG----------------T-A-TG-G---A--TCGAGA-A--TTCGTGT-A-T---A--T----A--T-CGAA-TTGTT-TAAA-A-CG-GT--TCGAT-T----AAGCAT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TTC-GGGTgaaat
gi|87741 : GCCCAAATTA-CG-AGGGA--TCGAGG-A--AT--TGC-AGT---G--TGG--A--T-GGAAATTGTT-TAAA-G-TGAGT--C-GAT-A----AAGCTT---T--AAA-ATTG-TAAAGTAACTGC-AGAT
gi|87742 : gC-ATT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--TGTAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGA---TGC-AGGTTagaaat
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 3 1 222 22 33333 4 1 3 999999999 1 44 33333333333 444 44444 1 6666 333 4444444 4444444 55 1 1 1 1 1 1 22 3 222 44 3 55 444 1 333 22 5555 33 1 1 1 1 1 22 1 2222 222 33 1 1 1 222 3
lowQualScore : . . ... .. ..... . . . ......... . .. ........... ... ..... . .... ... ....... ....... .. . . . . . . .. . ... .. . .. ... . ... .. .... .. . . . . . .. . .... ... .. . . . ... .
lowQualScore : 1 5 777 11 88888 6 5 1 444444444 5 22 99999999999 666 11111 5 7777 111 8888888 8888888 00 5 5 5 4 3 5 88 0 666 11 0 66 444 4 999 00 0000 44 4 5 5 5 5 00 5 6666 777 88 5 5 5 777 5
consensus : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
Reference ( family-632 ) : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87714 : TAAATGTA-AACGC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----AGT-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-ATACATG-G-CGCCAAAAT-A-CG-A---A--TCGAAAGA--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87715 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGT-T-A-------AA-------TAC--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--G-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATGG-T-AAGT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87716 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGT---A-------AA-------TAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A----GGGAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGAAT-A----AAGCCT---C--AAA-ATGG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87717 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTC-C-A-------AA-------CAT--T-AAACATG-G-TACCCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAATT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AATT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87718 : TATATGTATAACAC-TA---CC--T-----TAAT-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACACCA----GGA-AGT-----CATCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGGCAAAAT-A-TGAA---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-GGGAATTGTT-TCAATA-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C--AAA-ATTG-T-AAGT---TGT-GAGTTAgaaatt
gi|87719 : TAAATATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AATC----CAGCTT-C-A-------AA-------TAT----------G-G-CGCCCAAAT-T-CA-A---A--TCGCGA-A--AT--TAC-AAT---A--A----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-CG-GT--AGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-A-AAGT---TGC-AGATTAgaaatt
gi|87720 : AAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---G---ACA----GGA-AATT----CAG--T-A-AAAAAAAGAA-------AAA--C-AAACATG-G-CGGCTGAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-Ggaaatt
gi|87721 : AATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------A--A--TA-----------T---GACAACC----TGA-AGTC----AAGTTA-T-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-TGCCCAAAT-A-TG-T---T--TAGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--A----A--T-GAATATTATT-TAAA-A-TG-GT----------------CTT---C-AAAA-ATAG-T-AAGT---TGC-ATGCTA
gi|87722 : AATGTA-AACTC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GGCCAATATGGGC-A--TA-----------T---GACGACA----AAA-TGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT----------G-G-TGACCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGA-AGT---A--T----A--T-GAAAATTATT-TCTA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCTT---A-AAAA-CTCG-T-AAGC---Taaaatt
gi|87723 : AAT-TA-AATAC-TA---TC--T-----TA-T-AT-GG---------GCTA--TA-----------T---GACAACA----GGA-A-------CA--TT-C-A---------------------C-A--CATG-G-CGCC--AAT-A-CGTA---G--TCGAGA-A--AT--AGC-AGTT--A--T----AA-C-AGAATTTGTT-TAAA-AATG-AT--CGGATTA----AATCCT---C-AAAA-TTCG-T-AAGC---TGC-AGGTagaaatt
gi|87724 : AATGTA-AACA---A---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GCAAATACTTGGGC-ACCCG---CAGGTT-C-A-------AATCTAATTCAT--T-AAACATT-G-CGCCCAAA--A-TG-A---C--ACAAGA-A--AT--TGC-AGA---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAT-A-TG-AT--aagaaatt
gi|87724 : GAT-A----AAGCTT---T-ACAA-ATTG-T-AAGT---TGC-AGGacaaataggtgaaggtaacatagtgttaaacgataaagctttacaaattgtaagttgcaggccaaaactt
gi|87725 : aatgtaaacaaccttatatgggcatatgcaaatacttgggcacccgcaggttcaaatctaattcattaaacattgcgcccaaaatgacacaagaaattgcagaatatggaaattgtttaatatgatacaaataggtgaaggtaacatagtgttaaacATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TT-T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAACT--------T---GACAAAC----GGA-AGTT----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGTCCAA-T-A-TG-A---A--TCTAGA-A--AT--ATC-AGT---AGAT----A--TCGGAAATTGTT-TAAA--------------T---------CCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TAC-AGGCTccaaaactt
gi|87726 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----T--T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAAAACTT-----T---GACAA-A----CGG-AGTT----CAGCTTTC-A-------AA-------CAT--CAAAACATG-G-CGTCC-AAT-A-TG-----A--TCTAGA-AATAT--CAT-AGT---A--T-------C-GGAAATTGTT-T-AA-A-T--------------------CCT---C---AA-ATCG-T-AAGT---TAC-AGGCTgcaaatt
gi|87727 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGCTT-G-A-------AA-------TAT--gcaaatt
gi|87728 : ATGTATAACAA-TA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTCAT--CA--TT-C-A-------AA-------CATT-C-AAACATG-G-CAGCCAAAT-A-TG-A---AAATCGAGA-AC-AT--GAC-AGT---A--T----ACAT-GGGAATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C--AAA-ATTG-T-AAGT---TGTAAGGTTA
gi|87729 : ATGTA-TATACATA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTC-----ATCTT-C-A-------AA-------CATT-C-AAACATGTG-CAGCCAAAT-A-TG-A---AAATCGAGA-ATGAC--AGT-AAT---A--C----A--T-GGGAATTGTTCTAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---CAAAAA-ATTG-T-AAGT---TGTAAGGTTgaaatt
gi|87730 : ATGTA-AACAC-TA---AC--A-----TA-T-AT-TG---------GT-----------------T--------CA--------AGTT----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--T-AAATAGT-G-TTCCCAGTT---TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TAC-AGC---A--T----A--T-TAAAACTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAGAA-A----AAGCAT---A-CAAT-ATTG-T-AAGT---TGC-AGGCTtagagaatt
gi|87731 : ATGTA-AACAC-TT---CC--T-----TA-T-TT-GG---------GC-A--TATGCAGATAAATT---GACAGCT----GGA-CGTT----CCGCT-----------------------T--T-AAACATG-G-CGCCC-CAT-A-TG-A---A--TCGAGA--------------------------------GAAATTGTT-T--------------GGAT-A----AAAGCTAAAA-AAAA-ATCG-T-AAAT---TGC-AGGCTgtaaatt
gi|87732 : ATATA-AACAT-TA---TC--T-----TA-A-AT-GG---------AC-A--CA-----------TTCAAATAACT----TGACAATC-----AG--------------AA-------GAT--C-AAACATG-G-CG-CTGAAT-A-TA-A---A--TCGACA-A--AT--TAC-AGTCGCC--T----A------AATTTGTC-TAAA-T-TT-GT--TAGAT-A----Agtgaaa
gi|87733 : ATGTT-CACAC-TA---CC--T-----TC-A-AT-GG----------C-A--TA-----------T---G-CAA--------A-TATCTTCACAAC---C-G-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCAC-AGT-A-TG-A---A--TCGATA-A--AT--TGA-A-------------A--T-GAA--------TAAA-T-TG-GT--AGAAT-A----GAGTAT---T-AAAG-ATCG-T-AAAT---T
gi|87734 : TATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAGCA----GGA-AGTC----CATCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGGCCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-GGGAATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C-AAAA-ATTG-T-AAGT---TGT-AGGTT
gi|87735 : TGTA-AATA--TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GATA-------GGA-AGTC----CAG-TT-A-A-------AA-------AAAAAC-AAACATG-G-CGCCTGAAT-A-CG-A---A--TCTAGA-A--AT--GAC-AGT---G--T----A--T-GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATTG-T-AAGT---T
gi|87736 : TGTA-AGATC-TAGGCCC--T-----TG-T-AA-GG---------GC-A---A-----------T---GACA-------GGA-AAT--------------A-------AA-------CA------AACATG-G-CGCCTGAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--ATG-CGC-AGT---A--T----A--T-GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AACA-ATTG-T-AAGT---TGT-AGGTTA
gi|87737 : TATA-AACCT-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---CACAAC-----GAA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAAC--------------T-ATTG-A---A--TAGAGA-A--AT--TAC-AAT---A--TATGCA--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--AGGAT-A----AAGC-----C-AAAATATCG-T-ACGT---TTC-AGGCTAgaaatt
gi|87738 : GTA-AACAC-TA---CTATT-----TA-TCAT-AGTTTATT---GC-A--TA-----------TTT-GACAAAA----GGA-AGTA----CAGCTT-A-A-------AA-------T-T--C-AAACATG-GGCGGCTAA-T-A--G-A---A--TCGAGACA--AT--CGCCAGT---A--T----A--A-GGAAATTGTT-CTAA-A-TG-GTTACGGAT-A----AAGCCT---T-CAAA-ATCATT-AAGT---TGC-AGGCTgaaatt
gi|87739 : TA-AATAC-TG---CC--TAGCCTTA-C-AT-GG---------GT-A--TG-----------T---GACAACA----GAA-AATC----CAGCTT-T-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCAAGA-C--GT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTA-TAAA-G-TG-GT--CAGTC-T----AAGCCT---C-AAAA-GTTG-T-AGGT---TGC-AGGTTAtagaaact
gi|87740 : -----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGCTT-CTA-------AC-------CAT--C-AG----------------T-A-TG-G---A--TCGAGA-A--TTCGTGT-A-T---A--T----A--T-CGAA-TTGTT-TAAA-A-CG-GT--TCGAT-T----AAGCAT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TTC-GGGTgaaat
gi|87741 : GCCCAAATTA-CG-AGGGA--TCGAGG-A--AT--TGC-AGT---G--TGG--A--T-GGAAATTGTT-TAAA-G-TGAGT--C-GAT-A----AAGCTT---T--AAA-ATTG-TAAAGTAACTGC-AGAT
gi|87742 : gC-ATT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--TGTAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGA---TGC-AGGTTagaaat
blockSeqs : T A GGC AT AGCCT A C T CCAATATGG T AG TGCAGATAAAT TCA ACTTG C TTCA TC AAAAAAG TCTAATT AA A T G C A T TT A GGG AA C AT CGT C CGC GA ATGC CA C C T A A TA T AATT AAA AA T T A AAC A
blockSeqs : T . . . . A . T TCAGAT . AG AAACTT TT A . AT CT . . T . . . C A . C T . AA . TG GC . T . GG A . . . . . . . AATT . A . . . . A
blockSeqs : . . . . . A . . TCAGAT . . ACT . A . G T . . T . . . C A . C . . . . C T . . . . . . . . . . . . AATT . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTTATT . . . . A . . C . . . . . . G A . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . AATT . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . C A . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . G G . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . C A . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . A A . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . C A . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . C A . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . . T A . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . T A . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . . . G A . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . G G . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . C A . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . C G . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . C G . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . G A . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . C A . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . C A . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . G . . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . C . . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
finalCons : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 3 1 222 22 33333 4 1 3 999999999 1 44 33333333333 444 44444 1 6666 333 4444444 4444444 55 1 1 1 1 1 1 22 3 222 44 3 55 444 1 333 22 5555 33 1 1 1 1 1 22 1 2222 222 33 1 1 1 222 3
lowQualScore : . . ... .. ..... . . . ......... . .. ........... ... ..... . .... ... ....... ....... .. . . . . . . .. . ... .. . .. ... . ... .. .... .. . . . . . .. . .... ... .. . . . ... .
lowQualScore : 1 5 777 11 88888 6 5 1 444444444 5 22 99999999999 666 11111 5 7777 111 8888888 8888888 00 5 5 5 4 3 5 88 0 666 11 0 66 444 4 999 00 0000 44 4 5 5 5 5 00 5 6666 777 88 5 5 5 777 5
consensus : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
Reference ( family-632 ) : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87714 : TAAATGTA-AACGC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----AGT-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-ATACATG-G-CGCCAAAAT-A-CG-A---A--TCGAAAGA--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87715 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGT-T-A-------AA-------TAC--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--G-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATGG-T-AAGT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87716 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCGT---A-------AA-------TAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TTGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A----GGGAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CGAAT-A----AAGCCT---C--AAA-ATGG-T-AAGT---TGC-AGGTTA
gi|87717 : TAAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AGTC----CAGCTC-C-A-------AA-------CAT--T-AAACATG-G-TACCCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAATT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AATT---TGC-AGGTTAgaaatt
gi|87718 : TATATGTATAACAC-TA---CC--T-----TAAT-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACACCA----GGA-AGT-----CATCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGGCAAAAT-A-TGAA---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-GGGAATTGTT-TCAATA-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C--AAA-ATTG-T-AAGT---TGT-GAGTTAgaaatt
gi|87719 : TAAATATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACA----GGA-AATC----CAGCTT-C-A-------AA-------TAT----------G-G-CGCCCAAAT-T-CA-A---A--TCGCGA-A--AT--TAC-AAT---A--A----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-CG-GT--AGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-A-AAGT---TGC-AGATTAgaaatt
gi|87720 : AAATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---G---ACA----GGA-AATT----CAG--T-A-AAAAAAAGAA-------AAA--C-AAACATG-G-CGGCTGAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-Ggaaatt
gi|87721 : AATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------A--A--TA-----------T---GACAACC----TGA-AGTC----AAGTTA-T-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-TGCCCAAAT-A-TG-T---T--TAGAGA-A--AT--TGC-AGT---A--A----A--T-GAATATTATT-TAAA-A-TG-GT----------------CTT---C-AAAA-ATAG-T-AAGT---TGC-ATGCTA
gi|87722 : AATGTA-AACTC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GGCCAATATGGGC-A--TA-----------T---GACGACA----AAA-TGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT----------G-G-TGACCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TGA-AGT---A--T----A--T-GAAAATTATT-TCTA-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCTT---A-AAAA-CTCG-T-AAGC---Taaaatt
gi|87723 : AAT-TA-AATAC-TA---TC--T-----TA-T-AT-GG---------GCTA--TA-----------T---GACAACA----GGA-A-------CA--TT-C-A---------------------C-A--CATG-G-CGCC--AAT-A-CGTA---G--TCGAGA-A--AT--AGC-AGTT--A--T----AA-C-AGAATTTGTT-TAAA-AATG-AT--CGGATTA----AATCCT---C-AAAA-TTCG-T-AAGC---TGC-AGGTagaaatt
gi|87724 : AATGTA-AACA---A---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GCAAATACTTGGGC-ACCCG---CAGGTT-C-A-------AATCTAATTCAT--T-AAACATT-G-CGCCCAAA--A-TG-A---C--ACAAGA-A--AT--TGC-AGA---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAT-A-TG-AT--aagaaatt
gi|87724 : GAT-A----AAGCTT---T-ACAA-ATTG-T-AAGT---TGC-AGGacaaataggtgaaggtaacatagtgttaaacgataaagctttacaaattgtaagttgcaggccaaaactt
gi|87725 : aatgtaaacaaccttatatgggcatatgcaaatacttgggcacccgcaggttcaaatctaattcattaaacattgcgcccaaaatgacacaagaaattgcagaatatggaaattgtttaatatgatacaaataggtgaaggtaacatagtgttaaacATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TT-T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAACT--------T---GACAAAC----GGA-AGTT----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGTCCAA-T-A-TG-A---A--TCTAGA-A--AT--ATC-AGT---AGAT----A--TCGGAAATTGTT-TAAA--------------T---------CCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TAC-AGGCTccaaaactt
gi|87726 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----T--T-AT-AGTCAGAT---GC-AAGTAAAACTT-----T---GACAA-A----CGG-AGTT----CAGCTTTC-A-------AA-------CAT--CAAAACATG-G-CGTCC-AAT-A-TG-----A--TCTAGA-AATAT--CAT-AGT---A--T-------C-GGAAATTGTT-T-AA-A-T--------------------CCT---C---AA-ATCG-T-AAGT---TAC-AGGCTgcaaatt
gi|87727 : ATGTA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGCTT-G-A-------AA-------TAT--gcaaatt
gi|87728 : ATGTATAACAA-TA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTCAT--CA--TT-C-A-------AA-------CATT-C-AAACATG-G-CAGCCAAAT-A-TG-A---AAATCGAGA-AC-AT--GAC-AGT---A--T----ACAT-GGGAATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C--AAA-ATTG-T-AAGT---TGTAAGGTTA
gi|87729 : ATGTA-TATACATA---CC--T-----TAAT-ATTGG---------GC-A--T------------T---GACAGCA----GGA-AGTC-----ATCTT-C-A-------AA-------CATT-C-AAACATGTG-CAGCCAAAT-A-TG-A---AAATCGAGA-ATGAC--AGT-AAT---A--C----A--T-GGGAATTGTTCTAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---CAAAAA-ATTG-T-AAGT---TGTAAGGTTgaaatt
gi|87730 : ATGTA-AACAC-TA---AC--A-----TA-T-AT-TG---------GT-----------------T--------CA--------AGTT----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--T-AAATAGT-G-TTCCCAGTT---TG-A---A--TCGAGA-A--AT--TAC-AGC---A--T----A--T-TAAAACTGTT-TAAA-A-TG-GT--CAGAA-A----AAGCAT---A-CAAT-ATTG-T-AAGT---TGC-AGGCTtagagaatt
gi|87731 : ATGTA-AACAC-TT---CC--T-----TA-T-TT-GG---------GC-A--TATGCAGATAAATT---GACAGCT----GGA-CGTT----CCGCT-----------------------T--T-AAACATG-G-CGCCC-CAT-A-TG-A---A--TCGAGA--------------------------------GAAATTGTT-T--------------GGAT-A----AAAGCTAAAA-AAAA-ATCG-T-AAAT---TGC-AGGCTgtaaatt
gi|87732 : ATATA-AACAT-TA---TC--T-----TA-A-AT-GG---------AC-A--CA-----------TTCAAATAACT----TGACAATC-----AG--------------AA-------GAT--C-AAACATG-G-CG-CTGAAT-A-TA-A---A--TCGACA-A--AT--TAC-AGTCGCC--T----A------AATTTGTC-TAAA-T-TT-GT--TAGAT-A----Agtgaaa
gi|87733 : ATGTT-CACAC-TA---CC--T-----TC-A-AT-GG----------C-A--TA-----------T---G-CAA--------A-TATCTTCACAAC---C-G-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCAC-AGT-A-TG-A---A--TCGATA-A--AT--TGA-A-------------A--T-GAA--------TAAA-T-TG-GT--AGAAT-A----GAGTAT---T-AAAG-ATCG-T-AAAT---T
gi|87734 : TATA-AACAC-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GACAGCA----GGA-AGTC----CATCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGGCCAAAT-A-TG-A---A--TCGAGA-A--AT--GAC-AGT---A--T----A--T-GGGAATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-AAATTAAGCCT---C-AAAA-ATTG-T-AAGT---TGT-AGGTT
gi|87735 : TGTA-AATA--TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---GATA-------GGA-AGTC----CAG-TT-A-A-------AA-------AAAAAC-AAACATG-G-CGCCTGAAT-A-CG-A---A--TCTAGA-A--AT--GAC-AGT---G--T----A--T-GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATTG-T-AAGT---T
gi|87736 : TGTA-AGATC-TAGGCCC--T-----TG-T-AA-GG---------GC-A---A-----------T---GACA-------GGA-AAT--------------A-------AA-------CA------AACATG-G-CGCCTGAAT-A-CG-A---A--TCGAGA-A--ATG-CGC-AGT---A--T----A--T-GGATATTGTT-TAAT-A-TG-GT--CGGAT-A----AAGCCT---C-AACA-ATTG-T-AAGT---TGT-AGGTTA
gi|87737 : TATA-AACCT-TA---CC--T-----TA-T-AT-GG---------GC-A--TA-----------T---CACAAC-----GAA-AGTC----CAGCTT-C-A-------AA-------CAT--C-AAAC--------------T-ATTG-A---A--TAGAGA-A--AT--TAC-AAT---A--TATGCA--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--AGGAT-A----AAGC-----C-AAAATATCG-T-ACGT---TTC-AGGCTAgaaatt
gi|87738 : GTA-AACAC-TA---CTATT-----TA-TCAT-AGTTTATT---GC-A--TA-----------TTT-GACAAAA----GGA-AGTA----CAGCTT-A-A-------AA-------T-T--C-AAACATG-GGCGGCTAA-T-A--G-A---A--TCGAGACA--AT--CGCCAGT---A--T----A--A-GGAAATTGTT-CTAA-A-TG-GTTACGGAT-A----AAGCCT---T-CAAA-ATCATT-AAGT---TGC-AGGCTgaaatt
gi|87739 : TA-AATAC-TG---CC--TAGCCTTA-C-AT-GG---------GT-A--TG-----------T---GACAACA----GAA-AATC----CAGCTT-T-A-------AA-------CAT--C-AAACATG-G-CGCCCAAAT-A-CG-A---A--TCAAGA-C--GT--TGC-AGT---A--T----A--T-GGAAATTGTA-TAAA-G-TG-GT--CAGTC-T----AAGCCT---C-AAAA-GTTG-T-AGGT---TGC-AGGTTAtagaaact
gi|87740 : -----------T---GACAACC----GGA-AGTT----CAGCTT-CTA-------AC-------CAT--C-AG----------------T-A-TG-G---A--TCGAGA-A--TTCGTGT-A-T---A--T----A--T-CGAA-TTGTT-TAAA-A-CG-GT--TCGAT-T----AAGCAT---C-AAAA-ATCG-T-AAGT---TTC-GGGTgaaat
gi|87741 : GCCCAAATTA-CG-AGGGA--TCGAGG-A--AT--TGC-AGT---G--TGG--A--T-GGAAATTGTT-TAAA-G-TGAGT--C-GAT-A----AAGCTT---T--AAA-ATTG-TAAAGTAACTGC-AGAT
gi|87742 : gC-ATT---A--T----A--T-GGAAATTGTT-TAAA-A-TG-GT--TGTAT-A----AAGCCT---C-AAAA-ATCG-T-AAGA---TGC-AGGTTagaaat