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Reference ( family-628 ) : CAGGGANCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCGGGAANNNTCCANAGGACA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAG--CGGGG---ATCT-G---GTTTA---TAC-----TG-A---T---CN-------CAA-TG-ATA---GAA-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-AT-------G--AAG--AGA-TAC--A--G-AC-C----------G-T--G---AT---CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACC-TCG--CGGA-C--T--CTGCAGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------TT-A--C------CA--TG--GACAG---TGATAANG--ACAG--A----CA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
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consensus : CAGGGATCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCG-GGAAATAC-CCANANGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAG--CGGGG---ATCT-G---GTTTA---TAC-----TG-A---T---CN------CAA-C--G--ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----CG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------N-TG---AT----CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACC-NCGCGG-NGT--C---TGCNGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------T----TA--C------CA--TGGAC-AGTGATGATGANAG--N---CA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
Reference ( family-628 ) : CAGGGATCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCG-GGAAATAC-CCANANGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAG--CGGGG---ATCT-G---GTTTA---TAC-----TG-A---T---CN------CAA-C--G--ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----CG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------N-TG---AT----CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACC-NCGCGG-NNT--C---TGCNGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------T----TA--C------CA--TGGAC-AGTGATGATGACAG--A---CA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
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gi|95124 : AAG-A-A-----TG--GCAAGATAG--A--ACAT----------C-TG---GT----CA----A-A-C--T---ACAGGG-CTGGAG----ACC-A-GAGGCCAT--C---TGTAGTACCTCC---ACAGAT---G-ACTTACTGG-------T----TA--C------CA--TG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|95106 ): CATGGAACCGTCTCTGACACTGTCACCAGTACATGTCCTGAGTACCCTAGTGACATGACAGTGAGCAGACAAGGAGAACTGATTTACAGTGATAGTCTCAATA
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consensus : CAGGGATCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCG-GGAAATAC-CCANANGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAG--CGGGG---ATCT-G---GTTTA---TAC-----TG-A---T---CN------CAA-C--G--ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----CG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------N-TG---AT----CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACCNCGCGG-NGT--C---TGCNGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------T----TA--C------CA--TGGAC--A---GTGATGATGANA--G-NCA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
Reference ( family-628 ) : CAGGGATCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCG-GGAAATAC-CCANANGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAG--CGGGG---ATCT-G---GTTTA---TAC-----TG-A---T---CN------CAA-C--G--ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----CG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------N-TG---AT----CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACCNCGCGG-NGT--C---TGCNGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------T----TA--C------CA--TGGAC--A---GTGATGATGANA--G-NCA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
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gi|95126 : T--C---TGCACTACCGCC---TCTGAT---G-ATATACTGG-------T----TA--C------CA--TGGAG--A---GTGATGTTGAAA--A-ACA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTAtcagg
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blockSeqs : A . A . . C C . T . AT G . . G . . A . A GC . T G . . . . CCCAAATG . . . . T . A . . CGGGA C . ATC . . CC . . . . . TTAT AT . . A T . T . C . . G . GAG G G C GT . . A
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blockSeqs : . . . . A A . T . AG A . . G . . . . T GC . T G . . . . CACAATC . . . . T . G . . TGAAG C . AT . . C . . . . . AAGA TG . . A T . T . C . . T . AAT A T C AA . . .
blockSeqs : . . C T . T . GT G . . G . . . . G AC . A G . . . . TACGATG . . . . T . C . . TGAAG A . CA . . C . . . . . TCTC AG . . A A . C . A . . C . ATC G A A GT . . .
blockSeqs : . T . . A . TA G . . G . . . . C GG . T G . . . . TACTGGG . . . . T . G . . TAAAG C . CA . . A . . . . . AGGG AA . . T G . G . C . . C . TAC C G A GT . . .
blockSeqs : . . . . A . TA T . . A . . . . G GG . G C . . . . GACAGTG . . . . A . C . . CGGAG C . CA . . G . . . . . ACAG TG . . T T . T . A . . T . GTC C A T AA . . .
blockSeqs : T . AA T . . A . . . . G GC . T G . . . . CCTAATG . . . . T . C . . CCAAC G . CA . . C . . . . . AGAC TC . . T A . A . A . . C . CAT G A A GT . . .
blockSeqs : T . AC T . . G . . . . G GT . A T . . . . CCTCACA . . . . T . T . . CGGGA G . CG . . C . . . . . TGTC AC . . T A . G . A . . A . GAT A G A GT . . .
blockSeqs : . . AG G . . A . . . . G GT . T G . . . . TGGTATG . . . . T . C . . CCAGA G . AC . . C . . . . . TTGT AC . . A A . G . A . . C . GTA G T T GC . . .
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blockSeqs : . . G . . . . C C . T G . . . . CCGAAGA . . . . T . A . . TAAAC A . TC . . C . . . . . TTTC TG . . A G . A . T . . T . AAC G G T GG . . .
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blockSeqs : . . G . . . . G G . T T . . . . AGTAAC . . . . A . G . . TAAAC C . CA . . C . . . . . AGAT TG . . N N . T . C . . C . ATC G T G AT . . .
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blockSeqs : . . GGG G . CT . . A . . . . . AGA TG . . T G . T . T . . C .
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finalCons : CAGGGATCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCG-GGAAATAC-CCANANGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAGC--GGGG---ATCT-G---GTTTA---TAC-----TG-A---TCNCGACG--------------ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----CG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------N-TG---AT----CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACCNCGCGG-NGT--C---TGCNGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------T----TA--C------CA--TGGAC--A---GTGATGATGANA--G-NCA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|95106 ): CATGGAACCGTCTCTGACACTGTCACCAGTACATGTCCTGAGTACCCTAGTGACATGACAGTGAGCAGACAAGGAGAACTGATTTACAGTGATAGTCTCAATA
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consensus : CAGGGATCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCG-GGAAATAC-CCANANGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAG--CGGGG---ATCT-G---GTTT-------A---TAC----TG-A---T---CN--CG------A-CG-ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----CG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------N-TG---AT----CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACCNCGCGG-NGT--C---TGCNGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------T----TA--C------CA--TGGAC--A---GTGATGATGANA--G-NCA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
Reference ( family-628 ) : CAGGGATCACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCCG-GGAAATAC-CCANANGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AGACAG--CGGGG---ATCT-G---GTTT-------A---TAC----TG-A---T---CN--CG------A-CG-ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----CG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------N-TG---AT----CA----C-A-C--T---ACAGGG-CTGGAA----ACCNCGCGG-NGT--C---TGCNGTACCNCC---TCTGGT---G-ACNTCCTGG-------T----TA--C------CA--TGGAC--A---GTGATGATGANA--G-NCA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
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gi|95102 : CAGGGGACACTACT--CAAGTCA---AT-CACAACCAAGTCAG-GGAACTAT-CCAACAGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-AAACAG--TGGGG---ATCT-G---GTTT-------A---TAC----TG-A---T---TA--CT------G-GG-ATA---------CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----TG--AAGAGATAC--AG-AC-C----------A-TG---AT----CA----A-A-C--T---ACAGGG-GTGGAG----ACCTTATGG-TGT--C---TGTAGTTCCTCC---TCTGGT---G-ATCTCCTGG-------T----TT--C------CA--TGAAT--A---ATGATGATCCCA--G-TCA-AT-G----CAAAGTTGTGCGTTA
gi|95103 : CAGGGATTACTACT--CAAGTCA---AT-CAGAACAAGATCCG-GGAAATAT-CCAGCAGA-CA--TAGCAGT-G-A--C-ATACAG--CGGGG---ATCT-C---GTTT-------A---TAC----CG-A---T---GA--CA------G-TG-ATA---G-A-A-CTGTGAACATT--G-TGAAG-A-A-----TA--AAGAGATAA--AG-AC-C----------A-TG---AT----CA----G-A-C--T---ACAGAA-CTGGAA----ACCATGCAA-AGT--C---TGCAGAACCTCC---TCCAAC---A-ATCTCCTGA-------T----TA--C------CA--TGATC--A---ATGATAAATACA--G-TCA-AA-G----CAAAGTTGTGCGTTA
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gi|95108 : ggcaacttgtcgactgacactgtctaccagctccatgtcctagtcttgttctctaAAATAC-CCTAATGA-CA--TTACAGT-G-AA-C-AGACA---CGAG----AGCT-G---ATTT-------A---CAG----TG-A---TGGTCC--CA------A-CG-A---------A-CTGTGAACATT--G-TCAGA-C-A-----CG--GGAAGACAG--AG-AC-A----------C-TG---TT----CACGG-C-A-C------GCGGGG-CTGGAA----ACCA-GGGG-ACT--T---TGCTGCACCAGA---TCAGGG---G-ATATCCTGATCAGTTTT----TA--C------TA--T--------------TGATAAAA--G-TC--AT-CG---CAAAATTGTTCGTTAtctagg
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gi|95116 : -CCAAATGA-CA--TAACAGTTA-A--C-AAGTAT--GGTGG---A-CT-T---GTTT-------A---TAC----AA-A---C---TA--CG------A-AG-ATA---G-A-A-CTGTGAACTCT--G-TAAACCA-A-----CA--GCAAAATGA--AA-GC-C----------A-T----AT----CA----A-A-C--T---ACAGGG-ATGGAG----ACCTAGCAA-TGT--C---TGCTGTACCTCC---TGTTGTTATG-GTTTCCTAG-------T----TA--T------CA--TGCAC--A---GTGATGATGGAA--C-ACA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTA
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gi|95119 : GA-CA--TAGCAGT-G-G--C-ACGGAG--CGGAG---ATCT-T---GTTT-------A---TAC----CG-A---C---CC--CA------G-CA-CAA---G-A-A-CTGTAAACATA--G-TGAAA-A-A-----TA--AACAGATAC--AG-AT-CANNNNNNNNNN-NN---NN----NN----N-N-N--N---NNNNNN-NNNNNN----NNNNNNNNN-NNN--N---NNNNNNNNNNNN---TCTGGT---G-ACCTCCTGG-------T----TA--C------AA--TGAAC--A---GTGAAAATGATA----ACATAT-C----CAAAGTTGTGCGTTt
gi|95120 : TTT-------A---CAG----TG-A---T---CTATCG--------CA-ATA---GGA-A-CTGTGAACATT--G-T-AAA-A-A-----GG----GAGACAG--AG-AC-A----------C-TG---AT----CC----C-ACC--C---ACGGGG-CTGCGT----ATCAGATGG-AA---C---TTCTGTAC--CCAGATCTGG----G-ACATCCTGC-------T--------C------CAGTTGAGT--A---CTACTGAT-ACA--G-G-A-AT-CATTTCAAAATTCTCTGTTAtatctgg
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gi|95124 : AAG-A-A-----TG--GCAAGATAG--A--ACAT----------C-TG---GT----CA----A-A-C--T---ACAGGG-CTGGAG----ACCA-GAGGCCAT--C---TGTAGTACCTCC---ACAGAT---G-ACTTACTGG-------T----TA--C------CA--TG
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gi|95126 : T--C---TGCACTACCGCC---TCTGAT---G-ATATACTGG-------T----TA--C------CA--TGGAG--A---GTGATGTTGAAA--A-ACA-AT-C----CAAAGTTGTCCGTTAtcagg
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Unaligned ( gi|95106 ): CATGGAACCGTCTCTGACACTGTCACCAGTACATGTCCTGAGTACCCTAGTGACATGACAGTGAGCAGACAAGGAGAACTGATTTACAGTGATAGTCTCAATA