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Reference ( gi|72240 )        :         AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGA-G------T---AT-GAAAA-T-TT-T-A---GT-C-G------A-T-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
gi|72241                      :         AACATCTTTATAAT--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGA-G------T---AT-G-AAA-T-TT-T-A---GT-C-G------A-T-GATCGG--TGCG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
gi|72242                      :         AACATCTTTATAAT--C--T--A--CTAGAAAAA-A--GG--CTAGTGT-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-TGCGA-G------T---AT-GAAAA-T-TT-T-A---GT-C-G------ATT-GATCGG--TACG--A--CG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
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gi|72243                      :         AAC-TCTTTAAAAT--T--T--A--CT-GAAAAA-A--G---CTA---T-TTTAA------AC---GA-G-TA--C-T--GA-G------TG--AT-GACAA-T-TT-T-A---GT-C-G------A----ATCGGA-CGCG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-TGAGTACGAG-TACTCG
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lowQualScore                  :                                       222 66 00 66  8      4444  22   000 4   4 555555  555  4 4  99 4 5   3333333 222  4     888  4 8 444  4 4 000000  8      77    00 5   5 0  666   5 0 5 22222    5      
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Reference ( family-626 )      :                          AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAN------T---AT-GAAAA-N-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
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gi|72264                      :                                                 ttacttAAAAA-A--GG----A---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--T-T-TGAT------T---AC-GAAAA-A-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--T
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Alignments
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lowQualScore                  :                                       ... .. .. ..  .      ....  ..   ... .   . ......  ...  . .  .. . .   ....... ...  .     ...  . . ...  . . ......  .      ..    .. .   . .  ...   . . . .....    .      
lowQualScore                  :                                       222 66 00 66  8      4444  22   000 4   4 555555  555  4 4  99 4 5   3333333 222  4     888  4 8 444  4 4 000000  8      77    00 5   5 0  666   5 0 5 22222    5      
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Reference ( family-626 )      :                          AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAN------T---AT-GAAAA-N-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
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gi|72264                      :                                                 ttacttAAAAA-A--GG----A---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--T-T-TGAT------T---AC-GAAAA-A-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--T
gi|72265                      :                                                     gaAAAAA-A--GG--CTGAT-T-TTTTA------AC---GAAG-TA--C-T-CCAG------T---ATTGAAAA-T-TT-TGA---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-A-----TGAA-TACTCG
gi|72266                      :                                                                           -TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAC------A---AT-AAAAA-T-TT-T-A---GT-C-A------AT-GATCGG--TTTG--A-CCG-A-GC---AAT-A-G-T-----CGAG-TATTTG
gi|72267                      :                                                                           -TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAC------A---AT-AAAAATT-TT-T-A---GT-C-A------ATAGATCGG--T-TG--AGCCG-A-GC---AAT-A-G-TG----CGAG-TATT
gi|72268                      :                                                                                             A-G-TA--TAT-TGAC------T---AT-GAAAA-AATT-T-A---GT-T-G------AT-GATCAG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-GTT-----CAAG-TACTTG
gi|72269                      :                                                                                                                                               -G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TGCTCG


blockSeqs                     :                                       AAT AT TT TT  A      AAA   AG   GTG A     CATGTA  AAC  A G  AA A G   AGTTTTT GCA  T     TT   A T TAC  A C ATGATC  T      TT    AA G   A G  GAT   A T T GAGTA    C
blockSeqs                     :                                       T   .  TT .   T      TA    .    AT  .     CC      .    . .  .  . G   AG      G    .     AA   . G .    . . .       A      A     .  .   . C  .     . C . G        .
blockSeqs                     :                                       T   .  TT .   .      A     .    .   .     T       .    . .  .  . G   G       T    .     T    . . .    . . .       .      A     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       T   .  TA .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . T   G       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  TT .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  C  .   .      G     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  .  .   .      C     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   T       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       T   .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   T       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       T   .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       A   .  .  .   .      G     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                       T   .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                           .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                           .  .  .   .      G     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                           .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                           .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                           .  .  .   .      A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                                            A     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                                            .     .    .   .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                                            .     .    .   .     .       .    . .  .  . .   A       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                                            .     .    .   .     .       .    . .  .  . .   T       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                                                           .     .       .    . .  .  . .   G       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .        .
blockSeqs                     :                                                                           .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     A    . . .    . . .       .      .     .  .   . .  .     . . . .         
blockSeqs                     :                                                                           .     .       .    . .  .  . .   C       .    .     T    . . .    . . .       .      .     .                                 
blockSeqs                     :                                                                                              . .  .  . .   C       .    .     T    . . .      . .       .      .                                       


blockSeqCons                  :                          
originalCons                  :                          AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAN------T---AT-GAAAA-N-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
finalCons                     :                          AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAN------T---AT-GAAAA-N-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG





Alignments
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lowQualScore                  :                                       222 66 00 66  8      4444  22   000 4   4 555555  555  4 4  99 4 5   3333333 222  4     888  4 8 444  4 4 000000  8      77    00 5   5 0  666   5 0 5 22222    5      
consensus                     :                          AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAN------T---AT-GAAAA-N-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
Reference ( family-626 )      :                          AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAN------T---AT-GAAAA-N-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
gi|72240                      :                          AACATCTTTATAAA--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAG------T---AT-GAAAA-T-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TACG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
gi|72241                      :                          AACATCTTTATAAT--C--T--A--CT-GAAAAA-A--GG--CTA---T-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-T-CGAG------T---AT-G-AAA-T-TT-T-A---GT-C-G------AT-GATCGG--TGCG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
gi|72242                      :                          AACATCTTTATAAT--C--T--A--CTAGAAAAA-A--GG--CTAGTGT-TTTTA------AC---GA-G-TA--C-TGCGAG------T---AT-GAAAA-T-TT-T-A---GT-C-G------ATTGATCGG--TACG--A-C-G-A-GC---GAT-A-G-T-----CGAG-TACTCG
gi|72243                      :                          AAC-TCTTTAAAAT--T--T--A--CT-GAAAAA-A--G---CTA---T-TTTAA------AC---GA-G-TA--C-T--GAG------TG--AT-GACAA-T-TT-T-A---GT-C-G------A---ATCGGA-CGCG--A-CCG-A-GC---GAT-A-G-TGAGTACGAG-TACTCG
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