lowQualScore : 1 3333 1 1 0 6 22 1 777 22 1 1 1 1 33 1 1 1 33 33 7777 1 555 77 333 3 66 444444 55 1 1 1 1 1 44 1 22
lowQualScore : . .... . . . . .. . ... .. . . . . .. . . . .. .. .... . ... .. ... . .. ...... .. . . . . . .. . ..
lowQualScore : 5 1111 5 5 3 0 00 4 333 00 4 4 4 4 99 4 4 4 11 44 6666 4 777 22 999 0 11 333333 00 5 5 5 5 7 33 8 55
consensus : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G---AC-TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
Reference ( gi|106021 ) : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G---AT-TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106020 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G---AC-TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGT-AATG--G-C--ATGATT
gi|106022 : ACAT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--G-A-TA-G-TT--C-TA-G-A-AA--TA----CC-G---AC-TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--CTGATT
gi|106019 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-T---AC-TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-G-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106026 : ACAT-ATAA----T-GTAAAACTGT--A-TCT-------A-A-TAAG-TT--C-AA-G-A-A---TA----TT-G---AC-TG---TG-TCCCA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTG
gi|106023 : ACAT-ATCA----T-G-AAAGATCT--A-TCTT---A--A-T-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G---AT-TA---TG-TC--A------C--AT-C-A--T-TTTGC-AATG--C-C--ATGATT
gi|106027 : ACAT-ATAA----T-G-AACACTAT--AATCTTT--A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AAA-TAA---TT-G---AC-TGG--TG-TC--A------C--AT-A-TT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106028 : ACAT-ATAA----T-G-AAGACT----A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-GAA-AA--TA----TT-GGA-AC-TG---TG--C--A------CA-AT-T-A--T-TTTGC-AATG--T-T--GTGA
gi|106031 : ACATTATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--AGA-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TACATGTA-G---GA-TG---CG-TC--A------CA-AT-TAAT-TGTTTGC-AATG--T-C--GT
gi|106024 : ACGT-ATAA----T-G-AAAGTTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--T-AA-G-A-TA--TA----TT-T---AC-TA---TG-CC--AATTTGGCAAAT-T-AT-T-TTTGC-TATG--TCC--GTGATT
gi|106030 : ACAA-ATAA----T-G-AAAACTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G---AA-TA---TG-TC--A------T--AT-T-
gi|106032 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGGTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-T---AC-TG---T
gi|106025 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTTAA-A--A-A-TA-G-TTCCC-AA-G-A-TG--TA----TTGG---AC-TA---TGCCC--A------C--AT-T-A--T-TTTGC-AAT---T-CTAGTGATT
gi|106029 : ACAT-ATGA----TTG-AAAGCTTT--A-TCTT---AATA-A-TA-G-TT--C-AACG-ATAA--TA----TG-G---AC-TA---TGCTCAAA------C--AT-T--T-T-TGCGC-AATG--T-C--GT
gi|106034 : ACAA-ACAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTA---A--A-AATA-G-TT--C-AG-G-A-AC--TA----TT-G---AA-TA---TG-TC--A------C--------T-T-TTT
gi|106033 : ACAT-ACAAAATAT-G-AAAGCTCC--A-TCTT---G--A-A-TA-C-TT--T-AG-G-A-TA--TA----TT-G---AT-T
gi|106037 : CAT-ATAA----T-G-AA--CTGT--A-TCT-------A-A-TA-GCTT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G---AT-TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--GTGATTacacca
gi|106035 : CAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-G-TA--TA----TT-G---CA-TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106036 : CAT-ATAA----G-G-AAATCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-GA--TA----TC-G---AC-TG---TG-TC--A------C--GC-T-AT-T-TATGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106038 : CAT-ATTA----T-A-AAA--TGA--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-G-TA--TA----TT-G---AC-TAATTTG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTAC-AATT--T-C--ATGATT
gi|106039 : AT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--T-A-TA-G-TT--CCAA-G-A-AA--AAA---TT-G---AC-TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--A-C--GTGATT
gi|106040 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTA--A--A-A-TA-G-TTACT-AA-G-A-AA--TAAT--TT-G---AC-TG---TG-TCAGA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATGCAT-T--GTGA
gi|106041 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTTAAA--A-A-TA-G-TT--A-AA-A-A-AAAATA----TT-GG--AC-TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AAT
gi|106042 : -ATAA------G-AAATTTAT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-CT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G---AC-TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--ATGATT
gi|106043 : -ATAA----T-G-AA-GCTCTGAA-TCTC---A--A-A-TA-G-TT--A-AA-G-A-CT--TA----TT-G---ACCTG---TG-TC--A------C--ATCT-AT-T-TTTGT-AATG--T-C--GTGATT
gi|106045 : -ATGA----T-T-AAAGCTCC--A-TCGT---A--A-A-TA-G-TT--G-AA-G-A-AA--TA----TT-A---AC-TC---TG-TC--A------C--AT-T--T-T-TTTGA-AA
gi|106044 : -ATAA----T-G-AA-GCTCT--A-TCAT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-T-A-TA--TA----TT-GACAAT-TG---C-------------C--AC-T-ATAT-TTTGA-AATG--T-C--ATGATT
gi|106046 : A----T-A-AAACCTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-A-AA--TA----TT-G---AA-TA---TG-CC--A------T--AT-T--T-T-TT
gi|106047 : T--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----GT-G---AC-TA---TG-TC--A------C--AA-T-AT-T-TTTACAAATGT-T-C--GTGATT
gi|106048 : A----TT-G---AC-TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTT-T-AATG--T-C--GTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 3333 1 1 4 11 1 777 11 1 1 1 1 33 1 1 1 22 33 7777 1 33 33 333 2 55 444444 44 1 1 1 1 1 44 1 22
lowQualScore : . .... . . . .. . ... .. . . . . .. . . . .. .. .... . .. .. ... . .. ...... .. . . . . . .. . ..
lowQualScore : 5 0000 4 4 0 99 4 111 99 4 4 4 4 88 4 4 4 77 33 3333 3 22 22 888 9 99 111111 88 4 4 5 5 6 11 7 44
consensus : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTNT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
Reference ( family-623 ) : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106019 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-T--AC--TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-G-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106020 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGT-AATG--G-C--ATGATT
gi|106021 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AT--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106022 : ACAT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--G-A-TA-G-TT--C-TA-G-A-AA--TA----CC-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--CTGATT
gi|106023 : ACAT-ATCA----T-G-AAAGATCT--A-TCTT---A--A-T-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G--AT--TA---TG-TC--A------C--AT-C-A--T-TTTGC-AATG--C-C--ATGATT
gi|106024 : ACGT-ATAA----T-G-AAAGTTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--T-AA-G-A-TA--TA----TT-T--AC--TA---TG-CC--AATTTGGCAAAT-T-AT-T-TTTGC-TATG--TCC--GTGATT
gi|106025 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTTAA-A--A-A-TA-G-TTCCC-AA-G-A-TG--TA----TTGG--AC--TA---TGCCC--A------C--AT-T-A--T-TTTGC-AAT---T-CTAGTGATT
gi|106026 : ACAT-ATAA----T-GTAAAACTGT--A-TCT-------A-A-TAAG-TT--C-AA-G-A-A---TA----TT-G--AC--TG---TG-TCCCA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTG
gi|106027 : ACAT-ATAA----T-G-AACACTAT--AATCTTT--A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AAA-TAA---TT-G--AC--TGG--TG-TC--A------C--AT-A-TT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106028 : ACAT-ATAA----T-G-AAGACT----A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-GAA-AA--TA----TT-GGAAC--TG---TG--C--A------CA-AT-T-A--T-TTTGC-AATG--T-T--GTGA
gi|106029 : ACAT-ATGA----TTG-AAAGCTTT--A-TCTT---AATA-A-TA-G-TT--C-AACG-ATAA--TA----TG-G--AC--TA---TGCTCAAA------C--AT-T--T-T-TGCGC-AATG--T-C--GT
gi|106030 : ACAA-ATAA----T-G-AAAACTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AA--TA---TG-TC--A------T--AT-T-
gi|106031 : ACATTATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--AGA-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TACATGTA-G--GA--TG---CG-TC--A------CA-AT-TAAT-TGTTTGC-AATG--T-C--GT
gi|106032 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGGTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-T--AC--TG---T
gi|106033 : ACAT-ACAAAATAT-G-AAAGCTCC--A-TCTT---G--A-A-TA-C-TT--T-AG-G-A-TA--TA----TT-G--AT--T
gi|106034 : ACAA-ACAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTA---A--A-AATA-G-TT--C-AG-G-A-AC--TA----TT-G--AA--TA---TG-TC--A------C--------T-T-TTTacacca
gi|106035 : CAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-G-TA--TA----TT-G--CA--TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106036 : CAT-ATAA----G-G-AAATCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-GA--TA----TC-G--AC--TG---TG-TC--A------C--GC-T-AT-T-TATGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106037 : CAT-ATAA----T-G-AA--CTGT--A-TCT-------A-A-TA-GCTT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AT--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--GTGATT
gi|106038 : CAT-ATTA----T-A-AAA--TGA--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-G-TA--TA----TT-G--AC--TAATTTG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTAC-AATT--T-C--ATGATT
gi|106039 : AT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--T-A-TA-G-TT--CCAA-G-A-AA--AAA---TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--A-C--GTGATT
gi|106040 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTA--A--A-A-TA-G-TTACT-AA-G-A-AA--TAAT--TT-G--AC--TG---TG-TCAGA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATGCAT-T--GTGA
gi|106041 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTTAAA--A-A-TA-G-TT--A-AA-A-A-AAAATA----TT-GG-AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AAT
gi|106042 : -ATAA------G-AAATTTAT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-CT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--ATGATT
gi|106043 : -ATAA----T-G-AA-GCTCTGAA-TCTC---A--A-A-TA-G-TT--A-AA-G-A-CT--TA----TT-G--ACC-TG---TG-TC--A------C--ATCT-AT-T-TTTGT-AATG--T-C--GTGATT
gi|106044 : -ATAA----T-G-AA-GCTCT--A-TCAT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-T-A-TA--TA----TT-G--ACAAT----TG-CC--A------C-----T-ATAT-TTTGA-AATG--T-C--ATGATT
gi|106045 : -ATGA----T-T-AAAGCTCC--A-TCGT---A--A-A-TA-G-TT--G-AA-G-A-AA--TA----TT-A--AC--TC---TG-TC--A------C--AT-T--T-T-TTTGA-AA
gi|106046 : A----T-A-AAACCTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-A-AA--TA----TT-G--AA--TA---TG-CC--A------T--AT-T--T-T-TT
gi|106047 : T--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----GT-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AA-T-AT-T-TTTACAAATGT-T-C--GTGATT
gi|106048 : A----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTT-T-AATG--T-C--GTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 3333 1 1 2 11 1 777 11 1 1 1 1 33 1 1 1 22 33 7777 1 33 33 333 2 55 444444 44 1 1 1 1 1 44 1 22
lowQualScore : . .... . . . .. . ... .. . . . . .. . . . .. .. .... . .. .. ... . .. ...... .. . . . . . .. . ..
lowQualScore : 5 0000 4 4 4 99 4 111 99 4 4 4 4 88 4 4 4 77 33 3333 3 22 22 888 9 99 111111 88 4 4 5 5 6 11 7 44
consensus : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTNT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
Reference ( family-623 ) : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTNT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106019 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-T--AC--TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-G-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106020 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGT-AATG--G-C--ATGATT
gi|106021 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AT--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106022 : ACAT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--G-A-TA-G-TT--C-TA-G-A-AA--TA----CC-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--CTGATT
gi|106023 : ACAT-ATCA----T-G-AAAGATCT--A-TCTT---A--A-T-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G--AT--TA---TG-TC--A------C--AT-C-A--T-TTTGC-AATG--C-C--ATGATT
gi|106024 : ACGT-ATAA----T-G-AAAGTTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--T-AA-G-A-TA--TA----TT-T--AC--TA---TG-CC--AATTTGGCAAAT-T-AT-T-TTTGC-TATG--TCC--GTGATT
gi|106025 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTTAA-A--A-A-TA-G-TTCCC-AA-G-A-TG--TA----TTGG--AC--TA---TGCCC--A------C--AT-T-A--T-TTTGC-AAT---T-CTAGTGATT
gi|106026 : ACAT-ATAA----T-GTAAAACTGT--A-TCT-------A-A-TAAG-TT--C-AA-G-A-A---TA----TT-G--AC--TG---TG-TCCCA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTG
gi|106027 : ACAT-ATAA----T-G-AACACTAT--AATCTTT--A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AAA-TAA---TT-G--AC--TGG--TG-TC--A------C--AT-A-TT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106028 : ACAT-ATAA----T-G-AAGACT----A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-GAA-AA--TA----TT-GGAAC--TG---TG--C--A------CA-AT-T-A--T-TTTGC-AATG--T-T--GTGA
gi|106029 : ACAT-ATGA----TTG-AAAGCTTT--A-TCTT---AATA-A-TA-G-TT--C-AACG-ATAA--TA----TG-G--AC--TA---TGCTCAAA------C--AT-T--T-T-TGCGC-AATG--T-C--GT
gi|106030 : ACAA-ATAA----T-G-AAAACTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AA--TA---TG-TC--A------T--AT-T-
gi|106031 : ACATTATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--AGA-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TACATGTA-G--GA--TG---CG-TC--A------CA-AT-TAAT-TGTTTGC-AATG--T-C--GT
gi|106032 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGGTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-T--AC--TG---T
gi|106033 : ACAT-ACAAAATAT-G-AAAGCTCC--A-TCTT---G--A-A-TA-C-TT--T-AG-G-A-TA--TA----TT-G--AT--T
gi|106034 : ACAA-ACAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTA---A--A-AATA-G-TT--C-AG-G-A-AC--TA----TT-G--AA--TA---TG-TC--A------C--------T-T-TTTacacca
gi|106035 : CAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-G-TA--TA----TT-G--CA--TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106036 : CAT-ATAA----G-G-AAATCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-GA--TA----TC-G--AC--TG---TG-TC--A------C--GC-T-AT-T-TATGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106037 : CAT-ATAA----T-G-AA--CTGT--A-TCT-------A-A-TA-GCTT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AT--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--GTGATT
gi|106038 : CAT-ATTA----T-A-AAA--TGA--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-G-TA--TA----TT-G--AC--TAATTTG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTAC-AATT--T-C--ATGATT
gi|106039 : AT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--T-A-TA-G-TT--CCAA-G-A-AA--AAA---TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--A-C--GTGATT
gi|106040 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTA--A--A-A-TA-G-TTACT-AA-G-A-AA--TAAT--TT-G--AC--TG---TG-TCAGA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATGCAT-T--GTGA
gi|106041 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTTAAA--A-A-TA-G-TT--A-AA-A-A-AAAATA----TT-GG-AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AAT
gi|106042 : -ATAA------G-AAATTTAT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-CT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--ATGATT
gi|106043 : -ATAA----T-G-AA-GCTCTGAA-TCTC---A--A-A-TA-G-TT--A-AA-G-A-CT--TA----TT-G--ACC-TG---TG-TC--A------C--ATCT-AT-T-TTTGT-AATG--T-C--GTGATT
gi|106044 : -ATAA----T-G-AA-GCTCT--A-TCAT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-T-A-TA--TA----TT-G--ACAAT----TG-CC--A------C-----T-ATAT-TTTGA-AATG--T-C--ATGATT
gi|106045 : -ATGA----T-T-AAAGCTCC--A-TCGT---A--A-A-TA-G-TT--G-AA-G-A-AA--TA----TT-A--AC--TC---TG-TC--A------C--AT-T--T-T-TTTGA-AA
gi|106046 : A----T-A-AAACCTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-A-AA--TA----TT-G--AA--TA---TG-CC--A------T--AT-T--T-T-TT
gi|106047 : T--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----GT-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AA-T-AT-T-TTTACAAATGT-T-C--GTGATT
gi|106048 : A----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTT-T-AATG--T-C--GTGATT
blockSeqs : T AATA T T C GA A TAA AT G A A C CC C C A TA AA CATG G GA AA ATT C CC ATTTGG AA C A A G A CA C TA
blockSeqs : . . . . G . . AA . . . . . AC . . . T A AT . G C G C AA . A . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . G . . T . . . . . . . . . A . A . . . . . AG . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . A . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTNT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
finalCons : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTNT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 3333 1 1 2 11 1 777 11 1 1 1 1 33 1 1 1 22 33 7777 1 33 33 333 2 55 444444 44 1 1 1 1 1 44 1 22
lowQualScore : . .... . . . .. . ... .. . . . . .. . . . .. .. .... . .. .. ... . .. ...... .. . . . . . .. . ..
lowQualScore : 5 0000 4 4 4 99 4 111 99 4 4 4 4 88 4 4 4 77 33 3333 3 22 22 888 9 99 111111 88 4 4 5 5 6 11 7 44
consensus : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTNT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
Reference ( family-623 ) : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTNT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106019 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-T--AC--TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-G-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106020 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGT-AATG--G-C--ATGATT
gi|106021 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AT--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106022 : ACAT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--G-A-TA-G-TT--C-TA-G-A-AA--TA----CC-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--CTGATT
gi|106023 : ACAT-ATCA----T-G-AAAGATCT--A-TCTT---A--A-T-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----TT-G--AT--TA---TG-TC--A------C--AT-C-A--T-TTTGC-AATG--C-C--ATGATT
gi|106024 : ACGT-ATAA----T-G-AAAGTTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--T-AA-G-A-TA--TA----TT-T--AC--TA---TG-CC--AATTTGGCAAAT-T-AT-T-TTTGC-TATG--TCC--GTGATT
gi|106025 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTTAA-A--A-A-TA-G-TTCCC-AA-G-A-TG--TA----TTGG--AC--TA---TGCCC--A------C--AT-T-A--T-TTTGC-AAT---T-CTAGTGATT
gi|106026 : ACAT-ATAA----T-GTAAAACTGT--A-TCT-------A-A-TAAG-TT--C-AA-G-A-A---TA----TT-G--AC--TG---TG-TCCCA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTG
gi|106027 : ACAT-ATAA----T-G-AACACTAT--AATCTTT--A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AAA-TAA---TT-G--AC--TGG--TG-TC--A------C--AT-A-TT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106028 : ACAT-ATAA----T-G-AAGACT----A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-GAA-AA--TA----TT-GGAAC--TG---TG--C--A------CA-AT-T-A--T-TTTGC-AATG--T-T--GTGA
gi|106029 : ACAT-ATGA----TTG-AAAGCTTT--A-TCTT---AATA-A-TA-G-TT--C-AACG-ATAA--TA----TG-G--AC--TA---TGCTCAAA------C--AT-T--T-T-TGCGC-AATG--T-C--GT
gi|106030 : ACAA-ATAA----T-G-AAAACTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AA--TA---TG-TC--A------T--AT-T-
gi|106031 : ACATTATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTT---A--AGA-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TACATGTA-G--GA--TG---CG-TC--A------CA-AT-TAAT-TGTTTGC-AATG--T-C--GT
gi|106032 : ACAT-ATAA----T-G-AAAGGTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-T--AC--TG---T
gi|106033 : ACAT-ACAAAATAT-G-AAAGCTCC--A-TCTT---G--A-A-TA-C-TT--T-AG-G-A-TA--TA----TT-G--AT--T
gi|106034 : ACAA-ACAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTA---A--A-AATA-G-TT--C-AG-G-A-AC--TA----TT-G--AA--TA---TG-TC--A------C--------T-T-TTTacacca
gi|106035 : CAT-ATAA----T-G-AAAGCTCT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-G-TA--TA----TT-G--CA--TA---TG-CC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106036 : CAT-ATAA----G-G-AAATCTGT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-GA--TA----TC-G--AC--TG---TG-TC--A------C--GC-T-AT-T-TATGC-AATG--T-C--GTGATT
gi|106037 : CAT-ATAA----T-G-AA--CTGT--A-TCT-------A-A-TA-GCTT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AT--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--GTGATT
gi|106038 : CAT-ATTA----T-A-AAA--TGA--A-TCTT---A--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-G-TA--TA----TT-G--AC--TAATTTG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTAC-AATT--T-C--ATGATT
gi|106039 : AT-ATAA----T-G-AAAGCTGT--A-TCTT---A--T-A-TA-G-TT--CCAA-G-A-AA--AAA---TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--A-C--GTGATT
gi|106040 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTA--A--A-A-TA-G-TTACT-AA-G-A-AA--TAAT--TT-G--AC--TG---TG-TCAGA------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATGCAT-T--GTGA
gi|106041 : AT-ATAA----T-G-AAAACTGT--A-TCTTTAAA--A-A-TA-G-TT--A-AA-A-A-AAAATA----TT-GG-AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AAT
gi|106042 : -ATAA------G-AAATTTAT--A-TCTT---A--A-A-TA-G-CT--C-AA-G-A-AA--TA----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTTGC-AATG--T-T--ATGATT
gi|106043 : -ATAA----T-G-AA-GCTCTGAA-TCTC---A--A-A-TA-G-TT--A-AA-G-A-CT--TA----TT-G--ACC-TG---TG-TC--A------C--ATCT-AT-T-TTTGT-AATG--T-C--GTGATT
gi|106044 : -ATAA----T-G-AA-GCTCT--A-TCAT---A--A-A-TA-G-TT--C-AA-T-A-TA--TA----TT-G--ACAAT----TG-CC--A------C-----T-ATAT-TTTGA-AATG--T-C--ATGATT
gi|106045 : -ATGA----T-T-AAAGCTCC--A-TCGT---A--A-A-TA-G-TT--G-AA-G-A-AA--TA----TT-A--AC--TC---TG-TC--A------C--AT-T--T-T-TTTGA-AA
gi|106046 : A----T-A-AAACCTCT--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AG-G-A-AA--TA----TT-G--AA--TA---TG-CC--A------T--AT-T--T-T-TT
gi|106047 : T--A-TCTT---G--A-A-TA-G-TT--C-AA-G-A-TA--TA----GT-G--AC--TA---TG-TC--A------C--AA-T-AT-T-TTTACAAATGT-T-C--GTGATT
gi|106048 : A----TT-G--AC--TG---TG-TC--A------C--AT-T-AT-T-TTT-T-AATG--T-C--GTGATT