lowQualScore : 1111 2 11 111 1111111111111 2222222222222222222222 333333333333333333333333333333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 444444444444444444444444444444444 11 1 222 11 11111 7777777777777777777777777777777777 3 11 44444444444444444444444444 333333 1 1111 2
lowQualScore : 0000 6 11 9 222 2 33 2 2222222222222 888 8888888888888888888888 5555 2 444444444444444444444444444444444444 33 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 111 44 88888 888888888888888888888888888888888 55 55 99 88 3 333 3 5 4 4 44 3 11 666 44 44 2 4444 555 66666 999 3 7777777777777777777777777777777777 3 1 3 44 44 44 00 66666666666666666666666666 555 6 44 777777 8 777777 555 3 3 555 1 33 5 66 3 3 5555 4 0
lowQualScore : .... . .. . ... . .. . ............. ... ...................... .... . .................................... .. ........................................................................................ ... ... .. ..... ................................. .. .. .. .. . ... . . . . .. . .. ... .. .. . .... ... ..... ... . .................................. . . . .. .. .. .. .......................... ... . .. ...... . ...... ... . . ... . .. . .. . . .... . .
lowQualScore : 6666 7 33 6 666 9 99 7 5555555555555 333 5555555555555555555555 0000 4 888888888888888888888888888888888888 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 222 66 55555 555555555555555555555555555555555 55 55 55 33 3 333 2 0 2 0 55 6 22 222 66 66 6 3333 888 55555 111 6 6666666666666666666666666666666666 5 8 3 66 66 66 33 33333333333333333333333333 888 7 66 666666 4 555555 888 1 1 444 8 77 0 22 3 6 0000 0 0
consensus : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGATCCA-NGAATTTTTTTAA-AG--AGGG-GGG--G---G-T----CT---ACCAT-T----A-NNT--------TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-GT----GGT-------CCACCCTCAAA--A--NG--------CG--------T--A-------T--------------T----------------A--GCC-AA-A------------T---TTTCTGACGAAAGG-TTGG--GATGGG----GGG----T-----------G-----A-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGT-CGATNAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGAGATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT-GT-A-C--TA-T-TGCCCTC-AAGT----------GTGATGCACTTAGACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAA-AGTCAGGG-----TC-----CATTGACCC---ACTCC-TCAACTG--CCG-TCACGACTTCTTC-G-T-CAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-AT---ATCC-TTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCT-AGGTCAGGCGA
Reference ( gi|37918 ) : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-CCA-CGATTTTTTTTAA-AG--AGGG-GGG--A---G-T----CT---AC--T-T----A-TAT--------TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-GT----GGT-------CCACCCTCAAA--A--AG--------TG--------T--A-------T--------------T----------------A--GTC-AA-A------------T---TTTCTGACGAAAGG-TTGG--GATGGG----AGG----T-----------G-----A-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGT-CGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGAAATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT-GT-ACCGGTACT-TGCCCTC-AAGT---------TATGATGCACTTAGATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAA-AGTAAAAG-----TC-----CATCGACCC---ACTCC-TCAACTG--CCG-CCACGACTTCCTC-GTT-TAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-AT---ATTC-TTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCT-A-GTCAGGCGA
gi|37917 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-CCA-CGATTTTTTTTAA-AG--AGGG-GGG--A---G-T----CT---AC--T-T----A-TAT--------TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-GT----GGT-------CCACCCTCAAA--A--AG--------TG--------T--A-------T--------------T----------------A--GTC-AA-A------------T---TTTCTGACGAAAGG-TTGG--GATGGG----AGG----T-----------G-----A-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGT-CGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGAAATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT-GT-ACCGGTACT-TGCCCTC-AAGT---------TATGATGCACTTAGATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAA-AGTAAAAG-----TC-----CATCGACCC---ACTCC-TCAACTG--CCG-CCACGACTTCCTC-GTT-TAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-AT---ATTC-TTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCT-A-GTCAGGCGA
gi|37916 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-CCA-CGATTTTTTTTAA-AG--AGGG-GGG--A---G-T----CT---AC--T-T----A-TAT--------TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-GT----GGT-------CCACCCTCAAA--A--AG--------TG--------T--A-------T--------------T----------------A--GTC-AA-A------------T---TTTCTGACGAAAGG-TTGG--GATGGG----AGG----T-----------G-----A-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGT-CGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGAAATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT-GT-ACCGGTACT-TGCCCTC-AAGT---------TATGATGCACTTAGATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAA-AGTAAAAG-----TC-----CATCGACCC---ACTCC-TCAACTG--CCG-CCACGACTTCCTC-GTT-TAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-AT---ATTC-TTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCT-A-GTCAGGCGA
gi|37919 : TCATTCATGC-------CAGGGGCGGGTCCA-GGAATTTTTGAAA-AG---------G--A---G-T----TTTA-ACCAT-T----A-ATT--------TGGT----TT-TCAA------AAAAAAAAAGGGG-GC----GGGGAGGAAATCGCCCTCGAA--A--TT--------TA--------T--ACACTTTTT--------------T----------------G--GCA-AA-A------------T---TTTCAGACGAAAGGAGTGG--GAT
gi|37920 : ATTAATATTTATATCCAGAGGCGGATCCA-GGATTGTT------AT--AGGG-GG---------T----CT---ACCAT-T----AATTT--------TGGT----TT-TTAA------A---------AGG-G------GT-------CCACCCTCAAA--A------------TG---------------------------------------------------A--GCA-AA-A------------T---TGTTTGACGAAAGG-T
gi|37921 : TT----CCAGGGGCGGATCCA-GGAATTTTT------G--AAGG-GGG--A-----T----CT---ACCAT-T----A-TAT--------AGGA----TT-TCAA------A---------GGA-GT----GTT-------CCACCCTCAAA--A--TG--------CGT-------T--A-------TTTTTACCTTTTTAAT----------------A--GCA-AA-A------------T---GTTTTGACGAAAAG---GG--GATTGG----GG
gi|37922 : TT----CCAGGGGCGAT-CCA-GAAATTTTCTTGA-AGGAAGGG-GGG--G---G-------T---AC--T-TTAAAA-TAA--------TTGT----TT-T-----------------------------------------GCCCT----------G--------TA--------TTAA-------T--------------T----------------A--G-C-AACA------------T---TTTCTAACGAAAGG---GG-----GGG----GGG----T-----------G-------TC-------CGAC--CTCAGAACCTCCA
gi|37923 : T----TCAGGGACGGATCCA-GAAATTTTTATAG-AG--AGGG-GGG--GGGTG-T----CT---ACCAT-T----A-ATT--------TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-AG----GG---------CACCCTC
gi|37924 : T----TCAGGGACGGATCCA--GAAATTTTTTAAGAG--GGGG-GGG--GGT-G-T----CT---ACCAT-T----A-ATT--------TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-AG----GG---------CACCCTC
gi|37925 : CAGGGGCGGATCCA-AGAATTTT---AG-GG--GGGG-GGGGGA---G-T----CT---AC--CAT----A-AATTC------TGGTTTGGTT-TCAA------A---------AGG-G-----GG---------CACCTTTAAA--A--TG--------CGT-------T--A-------T--------------T----------------CTTGCC-CT-A------------T---TTT-TAGCCAAATG-TTCC--GACAAA----AGG----G-----------G-----A-CC-------C--C--CTATGAA--T
gi|37926 : CAGGGGAGGA-ATC-CGGAATTTTTTAA-GG--AGGG-GGG--G---G-GGACACC---AT--T-A----A-T-T--------CAAT----TT-TCAA------A---------GAG-------GGT-------CCACCTTCAAA--A--TG--------CGT-------T--A-------T--------------TTTCACCTCTTTC----A--GCA-AA-A------------T---TGTCTGACGG-------GG--GAGGGGTTCCAAC----C-----------ACACACA-CC-------C--C--CTCTGGA--TCC
gi|37927 : AGGGGTGGATCCAGCAACTTTTG--AA-AG--GGGACGGG--G---G-T----CT---AT--T-A----A-TTT--------TGGT----TT-TCAA------AAAG------GGG-AG----GGT-------CCA-CCTTATA--A--AG--------CGT-------T--A-------T--------------TTTTACCTTTTTTTAAAA--GTA-AT-A------------T---TTTCTGACTAAAG----GG--GGTAG------GG----TTCCAACCTTCGG-----A-TCT------C--C--CTCTGGA--TC
gi|37928 : GGGGCGTATCCA-TGAATTTTT------G--AAAG-GGG--G---T-T----CTGTAAC--T-T----C-TGTCATTACTTTGGT----TT-TCAA------A---------AGG-GG----GAT-------CCACCCTCAAA--A--TG--------CGT-------T--A-------T--------------T----------------
gi|37929 : TTTTAA-AA--AAGG-GGG--G---G-T----AT---CA--T-T----A-ATT--------TGGT----TT-TCAA------A---------GGGTGTGGGGGGG-------TCAACCTCAAA--A--TG--------CG--------T--T-------T--------------T--------------------TCTTA-C------------C---TTTCTGACGAAAAG--TGA--GATGGG----GAG----TG----------G-----G-TT-------C--CAACCCTAGA--TC
gi|37930 : TTTAAA-AA--AGGA-GGG--A---GGT----CT---ACCAT-T----A-ATT--------TGGT----TT-TCAAAAAAGGA---------GGG-GTGG--GGC-------CCATCCTCAAATTG--AG--------T---------T--A-------T--------------T--------------------TT-AA-GCCTTGTTAGCTTT---TTTCTAACGAAAGG-
gi|37931 : -GGA--A---G-T----TT---------T----A-AAT--------TGGT----TT-TCAA------AAGGG-----GGG-AT----GGT-------CCACGCTCAAA--A--TG--------CG--------T--T-------T--------------T--------------------TT-AA-A------------TCCCTTTTTAGCAAAA---TTTGCTGACAAA----ACGAACCC-----------G-----A-CC-------C--C--CTCTGAAG-TTCATAAATACT
gi|37932 : T--------TGGT----TG-TCAA------AAAAAA----GGG-GG----AG---------CGCCCTCAAA--ATGAG--------T---------T--A-------T--------------T----------------A------AA-A------------T---TTTCTGACGAAAGG---GG--AGTG-------GG----T-----------G-------TCCAA----C--C--TTCGGAA--CCC
gi|37933 : T--------TAGT----TTATCAA------AAAAG-----GGG-GT----GGGAG-----CCACCCTCTAA--A--AGCTTTATTTTGACATATTTT--A-------T--------------C----------------A--G-C-AA-A------------T---TTTCTGATGAACGG---GG--GGGGGG----GGG----T-----------A-----ACTCCACAATAC--C--CTCTGAA--TCC
gi|37934 : TATCAAATTCTACAATATACGAAGACA----AGT-CAATAAG-TAACCAGC-CC-AG-C-TT--AT--TTCCTGTTGCGACCCATC---TCTTCC--TTTTT-GAT-GT-ACTTGTAAT-TACTCTC-TAGT----------GTGATGCCCTTAAACCAACG-GTGTTC-AAATGTCATCAG--TCTTCAG----CCGAAAAAA--GCAGG-G-----TC-----CTTT--CCTTTTACTCC-TCAATTA--TCC-TCACGACTTCTTC-GTC--AGAACAGACATGA---CGTCTACGG-AT---ATCC-TTTTTTCAAATTT-GTGATCA-GAAAGAAGTCGCA-G-GAGCT-AGGTCAGGC
gi|37935 : ATATTCGAGGGCGAGT---CAACCAGC-C--AATC-CC--AT--TTCTGGTTATGATGCACC---TCT--CGCTTTTTA-AT-GT-A-----A-T-TGCCCTC-AAAT----------GTGATGCACTTAACCCAACT-GTGTTC-AAGTGCTATCAG--CC--CAGAG--CTG--AAAA-GGTCAAGGTCCTTTC-----CACAGACCC---ACACC-TCAACTG--CCG-TTACGACTTCTTC-A-T-CAGACCGGAAATGACCCCGTGGACGG-AT---ATCC-TT-TTTTAAATTT-GAGAACA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCT-A-
gi|37936 : TGAGT-C-ATTAAGTAACTAGG-C--TA-T-CC--AT--TTCCGGTTGAGATCAACC---TCT--G--TTT--AG----------------TGC--------------------TGATGCACTTAGACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAA---------G-----TC------AT-GTTCC---TTTCC----ACTGACCCGATCACGATTTCGTC------AGAA-AAAAATGA---CGTCCACGGAAT---AT
gi|37937 : GAGT-CAATAAG-TAACCAGC-C--TA-TATC--AT--TTCCGGT----------C---T-T--C--CTTTTCGAT-GT-A-----A-T-TGTCCTCTAA-----------TGTGATGCACTTAGACCAACG-GTGTTC-AATTGCCATCAG--TC--CAGTA--CTG--AAAA-AGTTAGGGTCCTTTC-----CATTGACCC---ATTCT-TCGACTG--CCG-TCA--A-TTTTTT-G-T-CAGACCGGAAATGA---CGTTAACGG-AT---ATCC-TT-TTAAAAGTTT-GAGATTA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAA-GTCAGGCG
gi|37938 : GAAT-CAATAAG-TAACCAGC-CTTAA---TT--AG--TTCTGGTTGGGATTCATA---TCTT-C--TTTTTCAAT-GTTATT--TA-T-TGCCTTC-TAGT----------GTTATGCACATAGACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--TT--CAGAA--CTGAAAACA---TCATGGTCCTTTC-----CATTGACCC---ACTCC-TCA---------------ACTTCTTA-G-T-CAGACCAGAAATGA---TGTCCATAC-AT---ATCC-TT-TTCCAAGTTT-ACGAATA-GGAAGAAGTTGCTCG-GAGCT-AGGTCAGGGGA
gi|37939 : GAAT-CAATAAG-TAACCAGCGT--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGAGATCCACC---TCT--
gi|37940 : AA-CAAT--GT-T--AA-T-CT--AT--TCC-GGTGAAAATCCACC---TTT--TG-TTTTCCGAT-GT---CA----T-TGTCCCT-ACG-------------GAGGCATTTAGACCAACG-TTG-TC-AAGTTCATTCAAACCC--CAGAA--TTT----AA-AGTCAGAA-----TCTTTTTTATTAAGCC---ACTCCTTCAAGTG--TCG-TC---ACTTCATC-------GGCCGAAGG-GA---AGTTCAAG---------TC---------AATTT-AGGAATA-GGGAAAAGTAGC-----GGCT-A-GTCACGCGA
gi|37941 : AA-GAACAAGT-T--AA-T-CT--ATCTTTCCGGTGAAAGATCACC---TTT--T--GTTTTCG-T-GT---CA----T-TGTCCCT-ACG-------------GATGCATTTAG-CCAACG-GTGT-C-AAGTGTCATCAA--AC--CAGAAGTTT----AAA-AGTCAGAA-----TCTTTTTTATT-AGCC---ACTCTATCAAGTG--TCG-TC---ACTTCATC-------GGCCGAGG--GA----GTTCA----------------GTC---AATTT-AGGAATAGGGGAAAAGTAGCA-G-GGACT-AGGTCACGCGA
gi|37942 : AACCATC-CT-GA-C-AT--AT--TTCCGGTTGAGATACACT---TCTT-C--TTTTCA--T-GT-A-----A-T-TGTCCTC-TAGTGTGATCCACTGTGATTTATTTCGACCAACG-GTGTTC-AAGTGTCATCAT--TC--CAGAA--TAGAAAAAACAG----GG-----TT-----C-TTG---------CCT-TTAACTG--TAG-TCACGACTTCTTC-G-T-CAGACTGGAAATAA---ATTCCAGAG-AT---ATCC-TT-TTTGAAGTTTCGAAAATA-GGAAGAAGTTGC
gi|37943 : --AA-C-TTCGAT--TTTTTGT----ATCCACCACTTCT--T--TTTCTATATAGT-GTC--CACTATGC-------AT---------AGTGATGCACTTATACCAATG-GTGTTC-AAGTGCCATCAT--TC--AAGAA-----AACAAA-A--AAAAT-----T-----------ACCC---ACTTG-TCAACTG--TAG-TTACG--TTGTTCTGTTGCAG-C--AAAACAA---CTTTAAAGA-ATTTAATTTGGTGTTTTAAATTC-G
gi|37944 : GCCGTC-TAGT----------GTGGTGCACTTATACCAACG-GTGTTCCAAGTGTCATCAG--CC--CAGAA--CTG--AAAA-AGTCAGGGTCCTTTC-----CATCGACAC---CTTCC-TCAACAG--CCG-TCAT--CTTC---------AGACCGGAAATGA---CGTCCATGG-AT---ATCC-CT-TTTTAGGTTT-GGGAAGA-GGAAGAAGTCAAT-AGGAGCT-AGGTCAGGAGA
gi|37945 : -AT---ATCC-TTGTTT--AATTT-GGGAACA-GGAAGAATTTGCT-A-GGAGT-AGGTCAGGCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 2222222222222222 2222222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 222 33333333333333333333333333333333333333 11 1 111 11 11111 55555555555555 1111 222222222222222222222222222 1 1 1111
lowQualScore : 9999 55 1 0 66 0 33 2 2 222 33 777 2222222 33 2 2 4444 2 3333333333333333 2 0000000000000000000 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 33 333 22 77777777777777777777777777777777777777 55 55 99 33 0 777 0 1 4 3 11 444 44 44 44444 555 44444 88 555 11111111111111 4 0000 888888 6666 9 3 44 44 44 4 44 0 000000000000000000000000000 555 6 3 6666 0 0 555 0 1 3 7 5 3 3 2222 9
lowQualScore : .... .. . . .. . .. . . ... .. ... ....... .. . . .... . ................ . ................... . .................................................................... ...... .. ... .. ...................................... .. .. .. .. . ... . . . . .. ... .. .. ..... ... ..... .. ... .............. . .... ...... .... . . .. .. .. . .. . ........................... ... . . .... . . ... . . . . . . . .... .
lowQualScore : 4444 44 0 8 77 5 77 7 7 000 77 333 1111111 88 2 2 7777 2 3333333333333333 2 7777777777777777777 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444444 77 000 99 99999999999999999999999999999999999999 55 55 55 88 0 555 8 0 4 6 22 888 66 22 44444 444 44444 99 888 66666666666666 7 4444 888888 5555 2 1 22 22 22 2 99 7 555555555555555555555555555 444 2 1 9999 0 4 888 1 0 1 1 8 3 3 0000 6
consensus : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAATT-T-GGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAATGC--------GT-------T--A--------------T--------------T----------------AGCN-----AAA--TTTTCTGACGAAAGG--TGGGATGGGG-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT---GT--AC---T----A-TTGCCCTCNAG-TG-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
Reference ( family-621 ) : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCANGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTANNT-T-GGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAANGC--------G--------T--A--------------T--------------T----------------AGCC-----AAA--TTTTCTGACGAAAGG-TTGGGATGGGG-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATNAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT---GT--AC---T----A-TTGCCCTCAAG-TG-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
gi|37916 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTATAT-T-GGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAAGT--------G--------T--A--------------T--------------T----------------AGTC-----AAA--TTTTCTGACGAAAGG-TTGGGATGGGA-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT---GT--ACCGGT----ACTTGCCCTCAAGTTA-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37917 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTATAT-T-GGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAAGT--------G--------T--A--------------T--------------T----------------AGTC-----AAA--TTTTCTGACGAAAGG-TTGGGATGGGA-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT---GT--ACCGGT----ACTTGCCCTCAAGTTA-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37918 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTATAT-T-GGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAAGT--------G--------T--A--------------T--------------T----------------AGTC-----AAA--TTTTCTGACGAAAGG-TTGGGATGGGA-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACC---TCT--C--TTTTTAGAT---GT--ACCGGT----ACTTGCCCTCAAGTTA-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTTAAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37919 : TCATTCATGC-------CAGGGGCGGG-TCCAGGAATTTTT-----G--AAAA-GGA-G---TT--TTA--AC------CATTAATT-T-GGT----TT-TCAA------AAAAAAAAAGGGG-G----C----GGGGAGGAAATCGCCCTCGAAATTT--------A--------T--ACACTTTT-------T--------------T----------------GGCA-----AAA--TTTTCAGACGAAAGGAGTGGGAT
gi|37920 : ATTAATATTTATATCCAGAGGCGGA-TCCAGGA---TTGTTATAG--------GG-G---GT--CT---AC------CATTAATT-TTGGT----TT-TTAA------A---------AGG-G----------GT-------CCACCCTCAAAATG--------------------------------------------------------------------AGCA-----AAA--TTGTTTGACGAAAGG-T
gi|37921 : TT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTT-----G--AAGG-GGG-A----T--CT---AC------CATTATAT-A-GGA----TT-TCAA------A---------GGA-G----T----GTT-------CCACCCTCAAAATGC--------GT-------T--A--------------TTTTTACCTTTTTAAT----------------AGCA-----AAA--TGTTTTGACGAAAAG---GGGATTGGG-----------G
gi|37922 : TT----CCAGGGGC-GA-TCCAGAAATTTTCTTGAAGGAAGGG-GGG-G---G----T---AC------------------------TT-TAAA------A---------TAA-T----T----GTT-------TTGCCCT------GT--------A--------TTAA--------------T--------------T----------------AGCA-----ACA--TTTTCTAACGAAAGG---GG---GGGG-----------GGT------------G--TC-------CGAC--CTCAGAACCTCCA
gi|37923 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTATAGAG--AGGG-GGG-GGGTGT--CT---AC------CATTAATT-T-GGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37924 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTTAAGAG--GGGG-GGG-GGT-GT--CT---AC------CATTAATT-T-GGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37925 : CAGGGGCGGA-TCCAAGAA---TTTTAGGG--GGGG-GGG-GGA-GT--CT---AC------CATAAATTCT-GGTTTGGTT-TCAA------A---------AGG-G---------GG---------CACCTTTAAAATGC--------GT-------T--ATTCTTGCCCTATTTT--------------T----------------AGCC-----AAA--TGTTCCGACAAAAGG-
gi|37926 : CAGGGGAGGAATCC-GGAATTT-TTTAAGG--AGGG-GGG-G---GGGAC----AC------CATTAATT-C-AAT----TT-TCAA------A---------GAG-----------GGT-------CCACCTTCAAAATGC--------GT-------T--A--------------T--------------TTTCACCTCTTTC----AGCA-----AAA--TTGTCTGACG--------GGG--GAGG-----------GGTTCCAACCACACACA-CC-------C--C--CTCTGGA--TCCggaccccctatgaat
gi|37927 : AGGGGTGGA-TCCAGCAACTTTTG-AAAG--GGGACGGG-G---GT--CT---AT------TA--ATTT-T-GGT----TT-TCAA------AAAG------GGG-A----G----GGT-------CCA-CCTTATAAAGC--------GT-------T--A--------------T--------------TTTTACCTTTTTTTAAAAGTA-----ATA--TTTTCTGACTAAAG----GGGGTAGGGTTCCAACCTTCG--------------GA-TCT------C--C--CTCTGGA--TC
gi|37928 : GGGGCGTA-TCCATGAATTTTT-----G--AAAG-GGG-G---TT--CTGTAACTTCTGTCATTACTT-T-GGT----TT-TCAA------A---------AGG-G----G----GAT-------CCACCCTCAAAATGC--------GT-------T--A--------------T--------------T----------------
gi|37929 : TTTTAAAA--AAGG-GGG-G---GT-------AT------CATTAATT-T-GGT----TT-TCAA------A---------GGGTG----TGGGGGGG-------TCAACCTCAAAATGC--------G--------T-----------------T--------------T----------------TTCT-----TAC--CTTTCTGACGAAAAG--TGAGATGGGG-----------AGTG-----------GG-TT-------C--CAACCCTAGA--TC
gi|37930 : TTTAAAAA--AGGA-GGGAG---GT--CT---AC------CATTAATT-T-GGT----TT-TCAAAAAAGGA---------GGG-G----TGG--GGC-------CCATCCTCAAATTGA--------GT-------T--A--------------T--------------TTTA-------------AGCCTTGTTAGCTTTTTTCTAACGAAAGG-
gi|37931 : TTAAAT-T-GGT----TT-TCAA------A---------AGG-GGGGAT----GGT-------CCACGCTCAAAATGC--------GTTTTT---T--AAATCCCTTT-----T--------------T----------------AGCA-----AAA--TTTGCTGACAAAA-----CGAAC----------------CC------------GA-CC-------C--C--CTCTGAAG-TTCATAAATACT
gi|37932 : ggaagttT-T-GGT----TG-TCAA------AAAAAA----GGG-G----G----AG---------CGCCCTCAAAATGA--------G--------TT-A--------------T--------------T----------------A--------AAA--TTTTCTGACGAAAG----GGGA--GTG-----------GGT------------G--TCCAA----C--C--TTCGGAA--CCC
gi|37933 : T-T-AGT----TTATCAA------AAAAG-----GGG-G----T----GGGAG-----CCACCCTCTAAAAGCTTTATTTTGACATATTTT--A--------------T--------------C----------------AGC------AAA--TTTTCTGATGAACGG---GGGGGGGGG-----------GGT------------AACTCCACAATAC--C--CTCTGAA--TCC
gi|37934 : TATCAAATTCTACAATATACGAAGACA----AGTCAATAAG-TAACCAGC-CC-AG-C-TT--AT--TTCCTGTTGC--GACCCATC---TCTTCC--TTTTT-GAT---GT--AC---TTGTAA-TTACTCTCTAG-TG-TGATGCCCT------TA----AACCAACG-GTGTTC-AAATGTCATCAG--TCTTCAG----CCGAAAAAAG--CAGGG-----TC-----C-----TTT-------CCTTTTACTCC-TCAATTATCC-TCACGACTTCTTCG-TCAGAACAGACATGA---CGTCTACGG-ATATCCTTTTTTCAAATTT-GTGATCA-GAAAGAAGTCGCA-G-GAGCTAGGTCAGGC
gi|37935 : ATATTCGAG--GGCGAGTCAACCAGC-C--AATC-CC--AT--TTCTGGTTAT--GATGCACC---TCT--CGCTTTTTA-AT---GT--A---------A-TTGCCCTCAAA-TG-TGATGCACT------TA----ACCCAACT-GTGTTC-AAGTGCTATCAG--CC--CAGAG--CTGAAAAG--GTCAAGG-----TC-----C-----TTTCCACAGACCC---ACACC-TCAACTGCCG-TTACGACTTCTTCA-TCAGACCGGAAATGACCCCGTGGACGG-ATATCCTT-TTTTAAATTT-GAGAACA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAG
gi|37936 : TGAGTCATTAAG-TAACTAGG-C--TA-T-CC--AT--TTCCGGTTGA--GATCAACC---TCT--G--TTT----------------------------------AG-TGCTGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTG--AAAAAGTCATGT-----TC-----C-----TTT--------CC---ACT-----GAC--CCGATCACGA---TTTCG-TCAGA-AAAAAATGA---CGTCCACGGAATAT
gi|37937 : GAGTCAATAAG-TAACCAGC-C--TA-TATC--AT--TTCCGGT------------C---T-T--C--CTTTTCGAT---GT--A---------A-TTGTCCTCTAA-TG-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AATTGCCATCAG--TC--CAGTA--CTG--AAAAAGTTAGGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ATTCT-TCGACTGCCG-TCA--A-TTTTTTG-TCAGACCGGAAATGA---CGTTAACGG-ATATCCTT-TTAAAAGTTT-GAGATTA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAAGTCAGGCG
gi|37938 : GAATCAATAAG-TAACCAGC-CTTAA---TT--AG--TTCTGGTTGG--GATTCATA---TCTT-C--TTTTTCAAT---GTT-AT---TT---A-TTGCCTTCTAG-TG-TTATGCACA------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--TT--CAGAA--CTGAAAACA--TCATGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCA-------------ACTTCTTAG-TCAGACCAGAAATGA---TGTCCATAC-ATATCCTT-TTCCAAGTTT-ACGAATA-GGAAGAAGTTGCTCG-GAGCTAGGTCAGGGGA
gi|37939 : GAATCAATAAG-TAACCAGCGT--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACC---TCT--
gi|37940 : --TTCCGGTGAA--AATCCACC---TTT--TG-TTTTCCGAT---GT-------C----A-TTGTCCCTACG-----GAGGCATT------TA----GACCAACG-TTG-TC-AAGTTCATTCAAACCC--CAGAA--TTT----AAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT-----AAGCC---ACTCCTTCAAGTGTCG-TCA------CTTCA-TC-GGCC-GAAGGGA---AGTTCAAG-----TC---------AATTT-AGGAATA-GGGAAAAGTAGC-----GGCTA-GTCACGCGA
gi|37941 : aacaatgttaatctaAACAAGT-T--AA-T-CT--ATCTTTCCGGT-GAAAGATC-ACC---TTT--T--GTTTTCG-T---GT-------C----A-TTGTCCCTACG-----GATGCATT------TA----G-CCAACG-GTGT-C-AAGTGTCATCAA--AC--CAGAAGTTT----AAAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT------AGCC---ACTCTATCAAGTGTCG-TC---ACTTCATCG-GCCGA--GGGA--------GTTCA------GTC---------AATTT-AGGAATAGGGGAAAAGTAGCA-G-GGACTAGGTCACGCGA
gi|37942 : aagAACCATC-CT-GA-C-AT--AT--TTCCGGTTGA--GATACACT---TCTT-C--TTTTCA--T---GT--A---------A-TTGTCCTCTAG-TG-TGATCCACTGTGATTTATTTCGACCAACG-GTGTTC-AAGTGTCATCAT--TC--CAGAA--TAGAAAAAA---CAGGG-----TT-----C------TT-----G---------CCT-TTAACTGTAG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACTGGAAATAA---ATTCCAGAG-ATATCCTT-TTTGAAGTTTCGAAAATA-GGAAGAAGTTGC
gi|37943 : --AA-C-TTCGAT--TTTTTGT------ATCCACCACTTCT--T--TTTCTATATAGTGTCCAC---T----A-T-GC-----AT-AG-TGATGCACT------TA----TACCAATG-GTGTTC-AAGTGCCATCAT--TC--AAGAA--AACAAAAAAA-------------------------ATT------ACCC---ACTTG-TCAACTGTAG-TTACG--TTGTTC
gi|37944 : GCCGTCTAG-TG-TGGTGCACT------TA----TACCAACG-GTGTTCCAAGTGTCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAA--GTCAGGG-----TC-----CTTTCCATC-----GACAC---CTTCC-TCAACAGCCG-TCA-----TCTTC----AGACCGGAAATGA---CGTCCATGG-ATATCCCT-TTTTAGGTTT-GGGAAGA-GGAAGAAGTCAAT-AGGAGCTAGGTCAGGAGAtgttgcagcaaaacaactttaaagaatttaatttggtgttttaaattcg
gi|37945 : -ATATCCTTGTTT--AATTT-GGGAACA-GGAAGAATTTGCT-A-GGAGTAGGTCAGGCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 2222222222222222 111111111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 111111 22222 444444444444444444444444 11 1 111 11 11111 111 5555555555555 1111111 222222222222222222222222222 1 1 1111
lowQualScore : 9999 55 0 66 0 33 2 2 222 33 777 2222222 666 2 4444 2 3333333333333333 999999999999999999999 7777777 0 77777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 111111 33 00000 99 666666666666666666666666 55 55 88 33 0 777 0 0 77 3 11 444 44 44 44444 66666 444 1111111111111 2 3 4444444 888888 6666 9 3 44 44 44 4 44 0 000000000000000000000000000 555 6 3 6666 0 0 555 0 1 3 0 33 3 3 2222 9
lowQualScore : .... .. . .. . .. . . ... .. ... ....... ... . .... . ................ ..................... ....... . ..... . .............................................. ...... .. ..... .. ........................ .. .. .. .. . ... . . .. . .. ... .. .. ..... ..... ... ............. . . ....... ...... .... . . .. .. .. . .. . ........................... ... . . .... . . ... . . . . .. . . .... .
lowQualScore : 4444 44 8 77 5 77 7 7 000 77 333 7777777 111 2 7777 2 3333333333333333 888888888888888888888 8888888 2 00000 5 8888888888888888888888888888888888888888888888 222222 77 22222 66 555555555555555555555555 00 00 66 88 0 555 8 3 00 6 22 888 66 22 44444 11111 111 2222222222222 1 1 9999999 888888 5555 2 1 22 22 22 2 99 7 555555555555555555555555555 444 2 1 9999 0 4 888 1 0 1 0 88 3 3 0000 6
consensus : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAG--G-TGGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT--C--TTTTTCGATGT-AC---T----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
Reference ( family-621 ) : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAG--G-TGGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT--C--TTTTTAGATGT-AC---T----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
gi|37916 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT--C--TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37917 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT--C--TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37918 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT--C--TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37919 : TCATTCATGC-------CAGGGGCGGG-TCCAGGAATTTTT-----G--AAAA-GGA-G---TT--TTA--AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------AAAAAAAAAGGGG-G----C----GGGGAGGAAATCGCCCTCGAAATTTATACACT----TT-T--------------T--------------T----------------GGC-----AAAA--TTTTCAGACGAAAGGAG-TGGGAT
gi|37920 : ATTAATATTTATATCCAGAGGCGGA-TCCAGGA---TTGTTATAG--------GG-G---GT--CT---AC------CATTAATTT-TGGT----TT-TTAA------A---------AGG-----------GGT-------CCACCCTCAAAAT------G--------------------------------------------------------AGC-----AAAA--TTGTTTGACGAAAG--G-T
gi|37921 : TT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTT-----G--AAGG-GGG-A----T--CT---AC------CATTAT-AT-AGGA----TT-TCAA------A---------GGA-G----T----GTT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------TTTTTACCTTTTTAAT----------------AGC-----AAAA--TGTTTTGACGAAAA--G--GGGATTGGGG
gi|37922 : TT----CCAGGGGCG-A-TCCAGAAATTTTCTTGAAGGAAGGG-GGG-G---G----T---AC------------------------TT-TAAA------A---------TAA-T----T----GTT-------TTGCCC------T------GTA----TTAA--------------T--------------T----------------AGC-----AACA--TTTTCTAACGAAAG--G--GG---GGGGGGT------------G--TC-------CGAC--CTCAGAACCTCCA
gi|37923 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTATAGAG--AGGG-GGG-GGGTGT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37924 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTTAAGAG--GGGG-GGG-GGT-GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37925 : CAGGGGCGGA-TCCAAGAA---TTTTAGGG--GGGG-GGG-GGA-GT--CT---AC------CATAAA-TTCTGGTTTGGTT-TCAA------A---------AGG-G---------GG---------CACCTTTAAAAT------GCG----TT-ATTCTTGCCCTATTTT--------------T----------------AGC-----CAAA--TGTTCCGACAAAAG--G--G-----------------------GA-CC-------C--C--CTATGAA--T
gi|37926 : CAGGGGAGGAATCC-GGAATT-TTTTAAGG--AGGG-GGG-G---GGGAC----AC------CATTAA-TT-CAAT----TT-TCAA------A---------GAG-----------GGT-------CCACCTTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------TTTCACCTCTTTC----AGC-----AAAA--TTGTCTGACG---------GGG--GAGGGGTTCCAACCACACACA-CC-------C--C--CTCTGGA--TCC
gi|37927 : AGGGGTGGA-TCCAGCAACTTTTG-AAAG--GGGACGGG-G---GT--CT------------ATTAATTT-TGGT----TT-TCAA------AAAG------GGG-A----G----GGT-------CCACCTTATAAA-------GCG----TT-A--------------T--------------TTTTACCTTTTTTTAAAAGT-----AATA--TTTTCTGACTAAAG--G-GGGTA----GGGTTCCAACCTTCG-GA-TCT------C--C--CTCTGGA--TC
gi|37928 : GGGGCGTA-TCCATGAATTTTT-----G--AAAG-GGG-G---TT--CTGTAACTTCTGTCATTAC-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-G----G----GAT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------
gi|37929 : TTTTAAAA--AAGG-GGG-G---GT-------AT------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGGTG----TGGGGGGG-------TCAACCTCAAAAT------GCG----TT-T--------------T--------------T------------------C-----TTAC--CTTTCTGACGAAAA--G-TGAGATGGGGAGTG-----------GG-TT-------C--CAACCCTAGA--TC
gi|37930 : TTTAAAAA--AGGA-GGGAG---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAAAAAAGGA---------GGG-G----TGG--GGC-------CCATCCTCAAATT------GAG----TT-A--------------T--------------TTTA-------------AGCCTTGTTAGCTTTTTTCTAACGAAAG--G-
gi|37931 : TTAA-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-GGGGAT----GGT-------CCACGCTCAAAAT------GCGTTTTTT-AAATCCCTTT-----T--------------T----------------AGC-----AAAA--TTTGCTGACAAAA------CGAAC-----CC------------GA-CC-------C--C--CTCTGAAG-TTCATAAATACT
gi|37932 : ggaagttT-TGGT----TG-TCAA------AAAAAA----GGG-G----G----AG---------CGCCCTCAAAAT------GAG----TT-A--------------T--------------T----------------A--------AAA--TTTTCTGACGAAAG-----GGGA--GTGGGT------------G--TCCAA----C--C--TTCGGAA--CCC
gi|37933 : T-TAGT----TTATCAA------AAAAG-----GGG-G----T----GGGAG-----CCACCCTCTAAAA------GCT----TT-A--------------T--------------TTTGACATATTTTATC-AGC------AAA--TTTTCTGATGAACG--G--GGGGGGGGGGGT------------AACTCCACAATAC--C--CTCTGAA--TCC
gi|37934 : TATCAAATTCTACAATATACGAAGACA----AGTCAATAAG-TAACCAGC-CC-AG-C-TT--AT--TTCCTGTTGC--GACCCATCTCTTCC--TTTTT-GATGT-AC---TTGTAA-TTACTCTCTA-G-T---G-TGATGCCCT------TA----AACCAACG-GTGTTC-AAATGTCATCAG--TCTTCAG----CCGAAAAAAG--CAGGG-----TC-----C-----TTT-------CCTTTTACTCC-TCAATTATCC-TCACGACTTCTTCG-TCAGAACAGACATGA---CGTCTACGG-ATATCCTT-TTTTCAAATTT-GTGATCA-GAAAGAAGTCGCA-G-GAGCTAGGTCAGGC
gi|37935 : ATATTCGAG--GGCGAGTCAACCAGC-C--AATC-CC--AT--TTCTGGTTAT--GATGCACCTCT--CGCTTTTTA-ATGT-A---------A-TTGCCCTCAA-A-T---G-TGATGCACT------TA----ACCCAACT-GTGTTC-AAGTGCTATCAG--CC--CAGAG--CTGAAAAG--GTCAAGG-----TC-----C-----TTTCCACAGACCC---ACACC-TCAACTGCCG-TTACGACTTCTTCA-TCAGACCGGAAATGACCCCGTGGACGG-ATATCCTT-TTTT-AAATTT-GAGAACA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAG
gi|37936 : TGAGTCATTAAG-TAACTAGG-C--TA-T-CC--AT--TTCCGGTTGA--GATCAACCTCT--G--TTT------------------------------A-G-T---GCTGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTG--AAAAAGTCATGT-----TC-----C-----TTT--------CC---ACT-----GAC--CCGATCACGA---TTTCG-TCAGA-AAAAAATGA---CGTCCACGGAATAT
gi|37937 : GAGTCAATAAG-TAACCAGC-C--TA-TATC--AT--TTCCGGT------------CT-T--C--CTTTTCGATGT-A---------A-TTGTCCTCTA-A-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AATTGCCATCAG--TC--CAGTA--CTG--AAAAAGTTAGGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ATTCT-TCGACTGCCG-TCA--A-TTTTTTG-TCAGACCGGAAATGA---CGTTAACGG-ATATCCTT-TTAA-AAGTTT-GAGATTA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAAGTCAGGCG
gi|37938 : GAATCAATAAG-TAACCAGC-CTTAA---TT--AG--TTCTGGTTGG--GATTCATATCTT-C--TTTTTCAATGTTAT---TT---A-TTGCCTTCTA-G-T---G-TTATGCACA------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--TT--CAGAA--CTGAAAACA--TCATGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCA-------------ACTTCTTAG-TCAGACCAGAAATGA---TGTCCATAC-ATATCCTT-TTCC-AAGTTT-ACGAATA-GGAAGAAGTTGCTCG-GAGCTAGGTCAGGGGA
gi|37939 : GAATCAATAAG-TAACCAGCGT--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT--
gi|37940 : --TTCCGGTGAA--AATCCACCTTT--TG-TTTTCCGATGT------C----A-TTGTCCCTAC-G--------GAGGCATT------TA----GACCAACG-TTG-TC-AAGTTCATTCAAACCC--CAGAA--TTT----AAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT-----AAGCC---ACTCCTTCAAGTGTCG-TCA------CTTCA-TC-GGCC-GAAGGGA---AGTTCAAG-----TC----------AATTT-AGGAATA-GGGAAAAGTAGC-----GGCTA-GTCACGCGA
gi|37941 : aacaatgttaatctaAAG--AACAAGT-T--AA-T-CT--ATCTTTCCGGT-GAAAGATC-ACCTTT--T--GTTTTCG-TGT------C----A-TTGTCCCTAC-G--------GATGCATT------TA----G-CCAACG-GTGT-C-AAGTGTCATCAA--AC--CAGAAGTTT----AAAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT------AGCC---ACTCTATCAAGTGTCG-TC---ACTTCATCG-GCCGA--GGGA--------GTTCA------GTC----------AATTT-AGGAATAGGGGAAAAGTAGCA-G-GGACTAGGTCACGCGA
gi|37942 : AACCATC-CT-GA-C-AT--AT--TTCCGGTTGA--GATACACTTCTT-C--TTTTCA--TGT-A---------A-TTGTCCTCTA-G-T---G-TGATCCACTGTGATTTATTTCGACCAACG-GTGTTC-AAGTGTCATCAT--TC--CAGAA--TAGAAAAAA---CAGGG-----TT-----C------TT-----G---------CCT-TTAACTGTAG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACTGGAAATAA---ATTCCAGAG-ATATCCTT-TTTG-AAGTTTCGAAAATA-GGAAGAAGTTGC
gi|37943 : --AA-C-TTCGAT--TTTTTGT------ATCCACCACTT-C--TTTTTC--TAT-A----T----A-GTGTCCACTATG-CATAG-TGATGCACT------TA----TACCAATG-GTGTTC-AAGTGCCATCAT--TC--AAGAA--AACAAAAAAA-------------------------ATT------ACCC---ACTTG-TCAACTGTAG-TTACG--TTGTTC
gi|37944 : GCCGTCTA-G-T---G-TGGTGCACT------TA----TACCAACG-GTGTTCCAAGTGTCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAA--GTCAGGG-----TC-----CTTTCCATC-----GACAC---CTTCC-TCAACAGCCG-TCA-----TCTTC----AGACCGGAAATGA---CGTCCATGG-ATATCCCT-TTTT-AGGTTT-GGGAAGA-GGAAGAAGTCAAT-AGGAGCTAGGTCAGGAGAtgttgcagcaaaacaactttaaagaatttaatttggtgttttaaattcg
gi|37945 : -ATATCCTT-GTTT-AA-TTT-GGGAACA-GGAAGAATTTGCT-A-GGAGTAGGTCAGGCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 2222222222222222 111111111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 111111 22222 444444444444444444444444 11 1 111 11 111 5555555555555 1111111 222222222222222222222222222 1 1 1111
lowQualScore : 9999 55 0 66 0 33 2 2 222 33 777 2222222 666 2 4444 2 3333333333333333 999999999999999999999 7777777 0 77777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 111111 33 00000 99 666666666666666666666666 55 55 88 33 0 777 0 0 77 3 11 444 44 44 44444 222 44 1111111111111 2 3 4444444 888888 6666 9 3 44 44 44 4 44 0 000000000000000000000000000 555 6 3 6666 0 0 555 0 1 3 0 33 3 3 2222 9
lowQualScore : .... .. . .. . .. . . ... .. ... ....... ... . .... . ................ ..................... ....... . ..... . .............................................. ...... .. ..... .. ........................ .. .. .. .. . ... . . .. . .. ... .. .. ..... ... .. ............. . . ....... ...... .... . . .. .. .. . .. . ........................... ... . . .... . . ... . . . . .. . . .... .
lowQualScore : 4444 44 8 77 5 77 7 7 000 77 333 7777777 111 2 7777 2 3333333333333333 888888888888888888888 8888888 2 00000 5 8888888888888888888888888888888888888888888888 222222 77 22222 66 555555555555555555555555 00 00 66 88 0 555 8 3 00 6 22 888 66 22 44444 000 11 2222222222222 1 1 9999999 888888 5555 2 1 22 22 22 2 99 7 555555555555555555555555555 444 2 1 9999 0 4 888 1 0 1 0 88 3 3 0000 6
consensus : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAG--G-TGGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGT-AC---T----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
Reference ( family-621 ) : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAG--G-TGGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGT-AC---T----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
gi|37916 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37917 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37918 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37919 : TCATTCATGC-------CAGGGGCGGG-TCCAGGAATTTTT-----G--AAAA-GGA-G---TT--TTA--AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------AAAAAAAAAGGGG-G----C----GGGGAGGAAATCGCCCTCGAAATTTATACACT----TT-T--------------T--------------T----------------GGC-----AAAA--TTTTCAGACGAAAGGAG-TGGGAT
gi|37920 : ATTAATATTTATATCCAGAGGCGGA-TCCAGGA---TTGTTATAG--------GG-G---GT--CT---AC------CATTAATTT-TGGT----TT-TTAA------A---------AGG-----------GGT-------CCACCCTCAAAAT------G--------------------------------------------------------AGC-----AAAA--TTGTTTGACGAAAG--G-T
gi|37921 : TT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTT-----G--AAGG-GGG-A----T--CT---AC------CATTAT-AT-AGGA----TT-TCAA------A---------GGA-G----T----GTT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------TTTTTACCTTTTTAAT----------------AGC-----AAAA--TGTTTTGACGAAAA--G--GGGATTGGGG
gi|37922 : TT----CCAGGGGCG-A-TCCAGAAATTTTCTTGAAGGAAGGG-GGG-G---G----T---AC------------------------TT-TAAA------A---------TAA-T----T----GTT-------TTGCCC------T------GTA----TTAA--------------T--------------T----------------AGC-----AACA--TTTTCTAACGAAAG--G--GG---GGGGGGT------------G--TC-------CGAC--CTCAGAACCTCCA
gi|37923 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTATAGAG--AGGG-GGG-GGGTGT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37924 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTTAAGAG--GGGG-GGG-GGT-GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37925 : CAGGGGCGGA-TCCAAGAA---TTTTAGGG--GGGG-GGG-GGA-GT--CT---AC------CATAAA-TTCTGGTTTGGTT-TCAA------A---------AGG-G---------GG---------CACCTTTAAAAT------GCG----TT-ATTCTTGCCCTATTTT--------------T----------------AGC-----CAAA--TGTTCCGACAAAAG--G--G-----------------------GA-CC-------C--C--CTATGAA--T
gi|37926 : CAGGGGAGGAATCC-GGAATT-TTTTAAGG--AGGG-GGG-G---GGGAC----AC------CATTAA-TT-CAAT----TT-TCAA------A---------GAG-----------GGT-------CCACCTTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------TTTCACCTCTTTC----AGC-----AAAA--TTGTCTGACG---------GGG--GAGGGGTTCCAACCACACACA-CC-------C--C--CTCTGGA--TCC
gi|37927 : AGGGGTGGA-TCCAGCAACTTTTG-AAAG--GGGACGGG-G---GT--CT------------ATTAATTT-TGGT----TT-TCAA------AAAG------GGG-A----G----GGT-------CCACCTTATAAA-------GCG----TT-A--------------T--------------TTTTACCTTTTTTTAAAAGT-----AATA--TTTTCTGACTAAAG--G-GGGTA----GGGTTCCAACCTTCG-GA-TCT------C--C--CTCTGGA--TC
gi|37928 : GGGGCGTA-TCCATGAATTTTT-----G--AAAG-GGG-G---TT--CTGTAACTTCTGTCATTAC-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-G----G----GAT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------
gi|37929 : TTTTAAAA--AAGG-GGG-G---GT-------AT------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGGTG----TGGGGGGG-------TCAACCTCAAAAT------GCG----TT-T--------------T--------------T------------------C-----TTAC--CTTTCTGACGAAAA--G-TGAGATGGGGAGTG-----------GG-TT-------C--CAACCCTAGA--TC
gi|37930 : TTTAAAAA--AGGA-GGGAG---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAAAAAAGGA---------GGG-G----TGG--GGC-------CCATCCTCAAATT------GAG----TT-A--------------T--------------TTTA-------------AGCCTTGTTAGCTTTTTTCTAACGAAAG--G-
gi|37931 : TTAA-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-GGGGAT----GGT-------CCACGCTCAAAAT------GCGTTTTTT-AAATCCCTTT-----T--------------T----------------AGC-----AAAA--TTTGCTGACAAAA------CGAAC-----CC------------GA-CC-------C--C--CTCTGAAG-TTCATAAATACT
gi|37932 : ggaagttT-TGGT----TG-TCAA------AAAAAA----GGG-G----G----AG---------CGCCCTCAAAAT------GAG----TT-A--------------T--------------T----------------A--------AAA--TTTTCTGACGAAAG-----GGGA--GTGGGT------------G--TCCAA----C--C--TTCGGAA--CCC
gi|37933 : T-TAGT----TTATCAA------AAAAG-----GGG-G----T----GGGAG-----CCACCCTCTAAAA------GCT----TT-A--------------T--------------TTTGACATATTTTATC-AGC------AAA--TTTTCTGATGAACG--G--GGGGGGGGGGGT------------AACTCCACAATAC--C--CTCTGAA--TCC
gi|37934 : TATCAAATTCTACAATATACGAAGACA----AGTCAATAAG-TAACCAGC-CC-AG-C-TT--AT--TTCCTGTTGC--GACCCATCTCTTC-CTTTTTGATGT-AC---TTGTAA-TTACTCTCTA-G-T---G-TGATGCCCT------TA----AACCAACG-GTGTTC-AAATGTCATCAG--TCTTCAG----CCGAAAAAAG--CAGGG-----TC-----C-----TTT-------CCTTTTACTCC-TCAATTATCC-TCACGACTTCTTCG-TCAGAACAGACATGA---CGTCTACGG-ATATCCTT-TTTTCAAATTT-GTGATCA-GAAAGAAGTCGCA-G-GAGCTAGGTCAGGC
gi|37935 : ATATTCGAG--GGCGAGTCAACCAGC-C--AATC-CC--AT--TTCTGGTTAT--GATGCACCTCT-CGCTTTTTAATGT-A---------A-TTGCCCTCAA-A-T---G-TGATGCACT------TA----ACCCAACT-GTGTTC-AAGTGCTATCAG--CC--CAGAG--CTGAAAAG--GTCAAGG-----TC-----C-----TTTCCACAGACCC---ACACC-TCAACTGCCG-TTACGACTTCTTCA-TCAGACCGGAAATGACCCCGTGGACGG-ATATCCTT-TTTT-AAATTT-GAGAACA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAG
gi|37936 : TGAGTCATTAAG-TAACTAGG-C--TA-T-CC--AT--TTCCGGTTGA--GATCAACCTCT-G-TTT------------------------------A-G-T---GCTGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTG--AAAAAGTCATGT-----TC-----C-----TTT--------CC---ACT-----GAC--CCGATCACGA---TTTCG-TCAGA-AAAAAATGA---CGTCCACGGAATAT
gi|37937 : GAGTCAATAAG-TAACCAGC-C--TA-TATC--AT--TTCCGGT------------CT-T-C-CTTTTCGATGT-A---------A-TTGTCCTCTA-A-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AATTGCCATCAG--TC--CAGTA--CTG--AAAAAGTTAGGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ATTCT-TCGACTGCCG-TCA--A-TTTTTTG-TCAGACCGGAAATGA---CGTTAACGG-ATATCCTT-TTAA-AAGTTT-GAGATTA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAAGTCAGGCG
gi|37938 : GAATCAATAAG-TAACCAGC-CTTAA---TT--AG--TTCTGGTTGG--GATTCATATCTTC-TTTTTCAATGTTAT---TT---A-TTGCCTTCTA-G-T---G-TTATGCACA------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--TT--CAGAA--CTGAAAACA--TCATGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCA-------------ACTTCTTAG-TCAGACCAGAAATGA---TGTCCATAC-ATATCCTT-TTCC-AAGTTT-ACGAATA-GGAAGAAGTTGCTCG-GAGCTAGGTCAGGGGA
gi|37939 : GAATCAATAAG-TAACCAGCGT--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-
gi|37940 : --TTCCGGTGAA--AATCCACCTTT-TGTTTTCCGATGT------C----A-TTGTCCCTAC-G--------GAGGCATT------TA----GACCAACG-TTG-TC-AAGTTCATTCAAACCC--CAGAA--TTT----AAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT-----AAGCC---ACTCCTTCAAGTGTCG-TCA------CTTCA-TC-GGCC-GAAGGGA---AGTTCAAG-----TC----------AATTT-AGGAATA-GGGAAAAGTAGC-----GGCTA-GTCACGCGA
gi|37941 : aacaatgttaatctaAAG--AACAAGT-T--AA-T-CT--ATCTTTCCGGT-GAAAGATC-ACCTTT-T-GTTTTCG-TGT------C----A-TTGTCCCTAC-G--------GATGCATT------TA----G-CCAACG-GTGT-C-AAGTGTCATCAA--AC--CAGAAGTTT----AAAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT------AGCC---ACTCTATCAAGTGTCG-TC---ACTTCATCG-GCCGA--GGGA--------GTTCA------GTC----------AATTT-AGGAATAGGGGAAAAGTAGCA-G-GGACTAGGTCACGCGA
gi|37942 : AACCATC-CT-GA-C-AT--AT--TTCCGGTTGA--GATACACTTCT-T-CTTTTC-ATGT-A---------A-TTGTCCTCTA-G-T---G-TGATCCACTGTGATTTATTTCGACCAACG-GTGTTC-AAGTGTCATCAT--TC--CAGAA--TAGAAAAAA---CAGGG-----TT-----C------TT-----G---------CCT-TTAACTGTAG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACTGGAAATAA---ATTCCAGAG-ATATCCTT-TTTG-AAGTTTCGAAAATA-GGAAGAAGTTGC
gi|37943 : --AA-C-TTCGAT--TTTTTGT------ATCCACCACTTC-TTTTTC--TAT-A----T----A-GTGTCCACTATG-CATAG-TGATGCACT------TA----TACCAATG-GTGTTC-AAGTGCCATCAT--TC--AAGAA--AACAAAAAAA-------------------------ATT------ACCC---ACTTG-TCAACTGTAG-TTACG--TTGTTC
gi|37944 : GCCGTCTA-G-T---G-TGGTGCACT------TA----TACCAACG-GTGTTCCAAGTGTCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAA--GTCAGGG-----TC-----CTTTCCATC-----GACAC---CTTCC-TCAACAGCCG-TCA-----TCTTC----AGACCGGAAATGA---CGTCCATGG-ATATCCCT-TTTT-AGGTTT-GGGAAGA-GGAAGAAGTCAAT-AGGAGCTAGGTCAGGAGAtgttgcagcaaaacaactttaaagaatttaatttggtgttttaaattcg
gi|37945 : -ATATCCTT-GTTT-AA-TTT-GGGAACA-GGAAGAATTTGCT-A-GGAGTAGGTCAGGCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 2222222222222222 111111111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 111111 22222 444444444444444444444444 11 1 111 11 111 5555555555555 1111111 222222222222222222222222222 1 1 1111
lowQualScore : 9999 55 0 66 0 33 2 2 222 33 777 2222222 666 2 4444 2 3333333333333333 999999999999999999999 7777777 0 77777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 111111 33 00000 99 666666666666666666666666 55 55 88 33 0 777 0 0 77 3 11 444 44 44 44444 222 44 1111111111111 2 3 4444444 888888 6666 9 3 44 44 44 4 44 0 000000000000000000000000000 555 6 3 6666 0 0 555 0 1 3 0 33 3 3 2222 9
lowQualScore : .... .. . .. . .. . . ... .. ... ....... ... . .... . ................ ..................... ....... . ..... . .............................................. ...... .. ..... .. ........................ .. .. .. .. . ... . . .. . .. ... .. .. ..... ... .. ............. . . ....... ...... .... . . .. .. .. . .. . ........................... ... . . .... . . ... . . . . .. . . .... .
lowQualScore : 4444 44 8 77 5 77 7 7 000 77 333 7777777 111 2 7777 2 3333333333333333 888888888888888888888 8888888 2 00000 5 8888888888888888888888888888888888888888888888 222222 77 22222 66 555555555555555555555555 00 00 66 88 0 555 8 3 00 6 22 888 66 22 44444 000 11 2222222222222 1 1 9999999 888888 5555 2 1 22 22 22 2 99 7 555555555555555555555555555 444 2 1 9999 0 4 888 1 0 1 0 88 3 3 0000 6
consensus : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAG--G-TGGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGT-AC---T----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
Reference ( family-621 ) : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAG--G-TGGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGT-AC---T----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
gi|37916 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37917 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37918 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG-----T-A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAG--GTTGGGATGGGAGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT----ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAG-----TC-----C-----ATC-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37919 : TCATTCATGC-------CAGGGGCGGG-TCCAGGAATTTTT-----G--AAAA-GGA-G---TT--TTA--AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------AAAAAAAAAGGGG-G----C----GGGGAGGAAATCGCCCTCGAAATTTATACACT----TT-T--------------T--------------T----------------GGC-----AAAA--TTTTCAGACGAAAGGAG-TGGGAT
gi|37920 : ATTAATATTTATATCCAGAGGCGGA-TCCAGGA---TTGTTATAG--------GG-G---GT--CT---AC------CATTAATTT-TGGT----TT-TTAA------A---------AGG-----------GGT-------CCACCCTCAAAAT------G--------------------------------------------------------AGC-----AAAA--TTGTTTGACGAAAG--G-T
gi|37921 : TT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTT-----G--AAGG-GGG-A----T--CT---AC------CATTAT-AT-AGGA----TT-TCAA------A---------GGA-G----T----GTT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------TTTTTACCTTTTTAAT----------------AGC-----AAAA--TGTTTTGACGAAAA--G--GGGATTGGGG
gi|37922 : TT----CCAGGGGCG-A-TCCAGAAATTTTCTTGAAGGAAGGG-GGG-G---G----T---AC------------------------TT-TAAA------A---------TAA-T----T----GTT-------TTGCCC------T------GTA----TTAA--------------T--------------T----------------AGC-----AACA--TTTTCTAACGAAAG--G--GG---GGGGGGT------------G--TC-------CGAC--CTCAGAACCTCCA
gi|37923 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTATAGAG--AGGG-GGG-GGGTGT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37924 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTTAAGAG--GGGG-GGG-GGT-GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37925 : CAGGGGCGGA-TCCAAGAA---TTTTAGGG--GGGG-GGG-GGA-GT--CT---AC------CATAAA-TTCTGGTTTGGTT-TCAA------A---------AGG-G---------GG---------CACCTTTAAAAT------GCG----TT-ATTCTTGCCCTATTTT--------------T----------------AGC-----CAAA--TGTTCCGACAAAAG--G--G-----------------------GA-CC-------C--C--CTATGAA--T
gi|37926 : CAGGGGAGGAATCC-GGAATT-TTTTAAGG--AGGG-GGG-G---GGGAC----AC------CATTAA-TT-CAAT----TT-TCAA------A---------GAG-----------GGT-------CCACCTTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------TTTCACCTCTTTC----AGC-----AAAA--TTGTCTGACG---------GGG--GAGGGGTTCCAACCACACACA-CC-------C--C--CTCTGGA--TCC
gi|37927 : AGGGGTGGA-TCCAGCAACTTTTG-AAAG--GGGACGGG-G---GT--CT------------ATTAATTT-TGGT----TT-TCAA------AAAG------GGG-A----G----GGT-------CCACCTTATAAA-------GCG----TT-A--------------T--------------TTTTACCTTTTTTTAAAAGT-----AATA--TTTTCTGACTAAAG--G-GGGTA----GGGTTCCAACCTTCG-GA-TCT------C--C--CTCTGGA--TC
gi|37928 : GGGGCGTA-TCCATGAATTTTT-----G--AAAG-GGG-G---TT--CTGTAACTTCTGTCATTAC-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-G----G----GAT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------
gi|37929 : TTTTAAAA--AAGG-GGG-G---GT-------AT------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGGTG----TGGGGGGG-------TCAACCTCAAAAT------GCG----TT-T--------------T--------------T------------------C-----TTAC--CTTTCTGACGAAAA--G-TGAGATGGGGAGTG-----------GG-TT-------C--CAACCCTAGA--TC
gi|37930 : TTTAAAAA--AGGA-GGGAG---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAAAAAAGGA---------GGG-G----TGG--GGC-------CCATCCTCAAATT------GAG----TT-A--------------T--------------TTTA-------------AGCCTTGTTAGCTTTTTTCTAACGAAAG--G-
gi|37931 : TTAA-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-GGGGAT----GGT-------CCACGCTCAAAAT------GCGTTTTTT-AAATCCCTTT-----T--------------T----------------AGC-----AAAA--TTTGCTGACAAAA------CGAAC-----CC------------GA-CC-------C--C--CTCTGAAG-TTCATAAATACT
gi|37932 : ggaagttT-TGGT----TG-TCAA------AAAAAA----GGG-G----G----AG---------CGCCCTCAAAAT------GAG----TT-A--------------T--------------T----------------A--------AAA--TTTTCTGACGAAAG-----GGGA--GTGGGT------------G--TCCAA----C--C--TTCGGAA--CCC
gi|37933 : T-TAGT----TTATCAA------AAAAG-----GGG-G----T----GGGAG-----CCACCCTCTAAAA------GCT----TT-A--------------T--------------TTTGACATATTTTATC-AGC------AAA--TTTTCTGATGAACG--G--GGGGGGGGGGGT------------AACTCCACAATAC--C--CTCTGAA--TCC
gi|37934 : TATCAAATTCTACAATATACGAAGACA----AGTCAATAAG-TAACCAGC-CC-AG-C-TT--AT--TTCCTGTTGC--GACCCATCTCTTC-CTTTTTGATGT-AC---TTGTAA-TTACTCTCTA-G-T---G-TGATGCCCT------TA----AACCAACG-GTGTTC-AAATGTCATCAG--TCTTCAG----CCGAAAAAAG--CAGGG-----TC-----C-----TTT-------CCTTTTACTCC-TCAATTATCC-TCACGACTTCTTCG-TCAGAACAGACATGA---CGTCTACGG-ATATCCTT-TTTTCAAATTT-GTGATCA-GAAAGAAGTCGCA-G-GAGCTAGGTCAGGC
gi|37935 : ATATTCGAG--GGCGAGTCAACCAGC-C--AATC-CC--AT--TTCTGGTTAT--GATGCACCTCT-CGCTTTTTAATGT-A---------A-TTGCCCTCAA-A-T---G-TGATGCACT------TA----ACCCAACT-GTGTTC-AAGTGCTATCAG--CC--CAGAG--CTGAAAAG--GTCAAGG-----TC-----C-----TTTCCACAGACCC---ACACC-TCAACTGCCG-TTACGACTTCTTCA-TCAGACCGGAAATGACCCCGTGGACGG-ATATCCTT-TTTT-AAATTT-GAGAACA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAG
gi|37936 : TGAGTCATTAAG-TAACTAGG-C--TA-T-CC--AT--TTCCGGTTGA--GATCAACCTCT-G-TTT------------------------------A-G-T---GCTGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTG--AAAAAGTCATGT-----TC-----C-----TTT--------CC---ACT-----GAC--CCGATCACGA---TTTCG-TCAGA-AAAAAATGA---CGTCCACGGAATAT
gi|37937 : GAGTCAATAAG-TAACCAGC-C--TA-TATC--AT--TTCCGGT------------CT-T-C-CTTTTCGATGT-A---------A-TTGTCCTCTA-A-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AATTGCCATCAG--TC--CAGTA--CTG--AAAAAGTTAGGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ATTCT-TCGACTGCCG-TCA--A-TTTTTTG-TCAGACCGGAAATGA---CGTTAACGG-ATATCCTT-TTAA-AAGTTT-GAGATTA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAAGTCAGGCG
gi|37938 : GAATCAATAAG-TAACCAGC-CTTAA---TT--AG--TTCTGGTTGG--GATTCATATCTTC-TTTTTCAATGTTAT---TT---A-TTGCCTTCTA-G-T---G-TTATGCACA------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--TT--CAGAA--CTGAAAACA--TCATGGTCCTTTC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCA-------------ACTTCTTAG-TCAGACCAGAAATGA---TGTCCATAC-ATATCCTT-TTCC-AAGTTT-ACGAATA-GGAAGAAGTTGCTCG-GAGCTAGGTCAGGGGA
gi|37939 : GAATCAATAAG-TAACCAGCGT--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-
gi|37940 : --TTCCGGTGAA--AATCCACCTTT-TGTTTTCCGATGT------C----A-TTGTCCCTAC-G--------GAGGCATT------TA----GACCAACG-TTG-TC-AAGTTCATTCAAACCC--CAGAA--TTT----AAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT-----AAGCC---ACTCCTTCAAGTGTCG-TCA------CTTCA-TC-GGCC-GAAGGGA---AGTTCAAG-----TC----------AATTT-AGGAATA-GGGAAAAGTAGC-----GGCTA-GTCACGCGA
gi|37941 : aacaatgttaatctaAAG--AACAAGT-T--AA-T-CT--ATCTTTCCGGT-GAAAGATC-ACCTTT-T-GTTTTCG-TGT------C----A-TTGTCCCTAC-G--------GATGCATT------TA----G-CCAACG-GTGT-C-AAGTGTCATCAA--AC--CAGAAGTTT----AAAAGTCAGAA-----TCTTTTTT-----ATT------AGCC---ACTCTATCAAGTGTCG-TC---ACTTCATCG-GCCGA--GGGA--------GTTCA------GTC----------AATTT-AGGAATAGGGGAAAAGTAGCA-G-GGACTAGGTCACGCGA
gi|37942 : AACCATC-CT-GA-C-AT--AT--TTCCGGTTGA--GATACACTTCT-T-CTTTTC-ATGT-A---------A-TTGTCCTCTA-G-T---G-TGATCCACTGTGATTTATTTCGACCAACG-GTGTTC-AAGTGTCATCAT--TC--CAGAA--TAGAAAAAA---CAGGG-----TT-----C------TT-----G---------CCT-TTAACTGTAG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACTGGAAATAA---ATTCCAGAG-ATATCCTT-TTTG-AAGTTTCGAAAATA-GGAAGAAGTTGC
gi|37943 : --AA-C-TTCGAT--TTTTTGT------ATCCACCACTTC-TTTTTC--TAT-A----T----A-GTGTCCACTATG-CATAG-TGATGCACT------TA----TACCAATG-GTGTTC-AAGTGCCATCAT--TC--AAGAA--AACAAAAAAA-------------------------ATT------ACCC---ACTTG-TCAACTGTAG-TTACG--TTGTTC
gi|37944 : GCCGTCTA-G-T---G-TGGTGCACT------TA----TACCAACG-GTGTTCCAAGTGTCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAA--GTCAGGG-----TC-----CTTTCCATC-----GACAC---CTTCC-TCAACAGCCG-TCA-----TCTTC----AGACCGGAAATGA---CGTCCATGG-ATATCCCT-TTTT-AGGTTT-GGGAAGA-GGAAGAAGTCAAT-AGGAGCTAGGTCAGGAGAtgttgcagcaaaacaactttaaagaatttaatttggtgttttaaattcg
gi|37945 : -ATATCCTT-GTTT-AA-TTT-GGGAACA-GGAAGAATTTGCT-A-GGAGTAGGTCAGGCGA
blockSeqs : ATAT AT TT GA C A GGT GA GTA TTCTGTC ATT C TTGG A AAAAAAAAAG GCGGGGAGGAAA TTTATAC TTTTT A TTTTTACCTTTTTTTAAA CTTGTT TT GAGT TG TCCAACCACACACACC GA AA CC AT C CGA TC G TT TC CG CT GAAA TC AG ACCGGTAC A T CATAG GTGATT TTTC A C AC TT GT A AG TCCTTTCCACAG TTT T A CGAC T CCC C A G TC C G TAG G
blockSeqs : . T TT . . . GT . A C ATT . . . AAAAGGA TGTGGGGGGG A T . TTTTGACATATTTTATC C . GTT TG TCCAACCTTCGGATCT . . G . . . C . C TA . . TGA CG AG ACCGGTAC A . TTA . . A . . . . A AG TCCTTTCCATTG . A . CGAC T . C . G T . . TAG G
blockSeqs : . T TT . . . GA . . C TA . . . AAAAAA GGGGATGGT A T . TTTTTACCTTTTTAAT C . GTT TT AACTCCACAATA . . . . . . C . T C . . TGA TC TG ACTTGTAA T . TTA . . . . . . . A AG TCCTTTCCATTG . . . CGAC . . C . . T . . TCG A
blockSeqs : . T TT . . . . . . C TA . . . AAAAG GTGGGGC T T . TTCTTGCCCTATTTTT A . GT TG GTCCAA . . . T . . C . . TGC TG TA TATTTA A . TGC . . . . . . . A AG TCTTTTTTATTA . . . CGAC . . C . . T . . TAG G
blockSeqs : . T AT . . . . . . C AT . . . AAAG GTGGGAG T T . TTTTCACCTCTTTC A . GG GG GGGTT . . . T . . C . . TAT TC CG ATA T . TG . . . . . . . A AG TCCTTTCCATCG . . . CGAC . . C . . A . . TA G
blockSeqs : . T TA . . . . . . C TA . . . A GTGGT T T . AATCCCTTTTT A . GT G GATC . . . T . . T . . TGA C CA AA T . TG . . . . . . . A AG TCTTTTTTATT . . . CGA . . C . . C . . TA G
blockSeqs : . T TT . . . . . . C AT . . . A GTGGT T T . TTTTA A . G G GATC . . . T . . C . . TGG C CG AA A . TG . . . . . . . A G TCCATCG . . . AC . . T . . G . . AG G
blockSeqs : . T TT . . . . . . C AT . . . A GTGTT T T . TT C . G C GACC . . . T . . T . . TGA G CG CA A . TG . . . . . . . A G TCCATCG . . . AC . . A . . T . . AG .
blockSeqs : T TT . . . . . . C AT . . . A TTGTT T T . TT A . G . GACC . . . . . . C . . GAA C C CA T . TG . . . . . . . . A TCCTTT . . . CG . . G . . T . . TA .
blockSeqs : T TA . . . . . . C AT . . . A AGGGT T T . TT A . G . GTC . . . . . C . . TGA T C AA T . TG . . . . . . . . G TCCTTT . . . A . . T . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . CT . . . T GGGAT T T . TT T . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . TTCTTG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AT . . . T AGGG T T . TT A . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AT . . . A AGGG T . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AA . . . A GGAG A . . TT . .
blockSeqs : . . . . A GGT . . . .
blockSeqs : . . . A GGG
blockSeqs : . . . A GGT
blockSeqCons : T* C****** T**** G**** ACA********** TG***** TCCTTTATCG*****************
originalCons : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAG--G-TGGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGT-AC---T----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGG-----TC-----C-----ATT-----GACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
finalCons : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGAT-CCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---ACC------ATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCGT----T-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAGG----GGGATGGGGGGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGTACA----------TTGCCCTCNA-GTG-----TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGGTCCTTTATCG-----------------ACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 2222222222222222 111111111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1 111 11 111 4444444444 1111111 333333333333 1 1 1111
lowQualScore : 9999 55 0 66 0 33 2 2 222 33 777 2222222 666 2 4444 2 3333333333333333 999999999999999999999 7777777 0 5555 44 3333333333333333333333333333333333333333333333 111111 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000 55 55 88 33 0 777 0 0 77 3 11 444 44 44 44444 222 44 8888888888 2 3 4444444 888888 6666 9 3 44 44 44 4 3 0 111111111111 555 6 3 6666 0 0 555 0 1 3 0 33 3 3 2222 9
lowQualScore : .... .. . .. . .. . . ... .. ... ....... ... . .... . ................ ..................... ....... . .... .. .............................................. ...... .. ................................................. .. .. .. .. . ... . . .. . .. ... .. .. ..... ... .. .......... . . ....... ...... .... . . .. .. .. . . . ............ ... . . .... . . ... . . . . .. . . .... .
lowQualScore : 4444 44 8 77 5 77 7 7 000 77 333 7777777 111 2 7777 2 3333333333333333 888888888888888888888 8888888 2 3333 22 8888888888888888888888888888888888888888888888 222222 77 8888888888888888888888888888888888888888888888888 00 00 66 88 0 555 8 3 00 6 22 888 66 22 44444 000 11 9999999999 1 1 9999999 888888 5555 2 1 22 22 22 2 4 7 666666666666 444 2 1 9999 0 4 888 1 0 1 0 88 3 3 0000 6
consensus : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAGG--GGGATGGGG-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGT-AC-----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGGTC--CTTT--ATCGACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
Reference ( family-621 ) : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-G---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------AGC-----NAAA--TTTTCTGACGAAAGG--GGGATGGGG-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATAAG-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-C-TTTTTCGATGT-AC-----A-TTGCCCTCNA-G-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTCAGGGTC--CTTT--ATCGACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACCGGAAATGA---CGTCCACGG-ATATCCTT-TTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTAGGTCAGGCGA
gi|37916 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG----T--A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAGGTTGGGATGGGA-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT-ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAGTC--C-----ATCGACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37917 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG----T--A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAGGTTGGGATGGGA-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT-ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAGTC--C-----ATCGACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37918 : TAGAATTATTAATGCTT----CCAGGGGCGGA--CCACGATTTTTTTTAAAG--AGGG-GGG-A---GT--CT---AC--------TTAT-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGG-G----T----GGT-------CCACCCTCAAAAA------GTG----T--A--------------T--------------T----------------AGT-----CAAA--TTTTCTGACGAAAGGTTGGGATGGGA-----------GGT------------GA-TC-------C--C--CTCTGAA--TCCAAGAATACTTTCAACAATCAATTGTGTGTATGGTATGTGAAGATACCATTAATTATTTCAAGAGAACTAAAATCTTTAATTTTGAAATTGTGAATTGGCTGCCATACCAATGATGAGTTTGTTTTCTCGAAACTAAGCAAGCGAAAAAGGTCTCAACATTGTTGAACACGTCATTAATTCGATCAGTGTTTGAATGTAATTAGTCTGTCTTCATGCTCCCCAATCATACGCAGTTGCTTTAACCTGTCTCGCTGCGTTTCACAAATGACAATACGCTTTACAATATATCGCTTGTTTTAAGTACCGTAACCACATAGGTTAGATCTGCATTTGTTATCGAATTAGGTGACATATATCATCTATCAGACCTTGTGTCAAGATTATGAGCTGGGAATCATGAAGTTAATTATTCTTTATGCATGATTTACTGGCATATCGA--TCTA-AACATA---AAACATTTGAGTCGATTAA-CAACCAGC-C--AA-C-TT--AT--TTCTGGTTGA--AATCCACCTCT-C-TTTTTAGATGT-ACCGGT-ACTTGCCCTCAA-GTT---A-TGATGCACT------TA----GATCAACGAGTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAAAAGTAAAAGTC--C-----ATCGACCC---ACTCC-TCAACTGCCG-CCACGACTTCCTCGTTTAGACCGAAAATGA---CGTTCACGG-ATATTCTTGTTTT-AAGTTT-GGGAATA-GGAAGAAGTCGCT-A-GAGCTA-GTCAGGCGA
gi|37919 : TCATTCATGC-------CAGGGGCGGG-TCCAGGAATTTTT-----G--AAAA-GGA-G---TT--TTA--AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------AAAAAAAAAGGGG-G----C----GGGGAGGAAATCGCCCTCGAAATTTATACACT----TT-T--------------T--------------T----------------GGC-----AAAA--TTTTCAGACGAAAGG--AG--TGGG
gi|37920 : ATTAATATTTATATCCAGAGGCGGA-TCCAGGA---TTGTTATAG--------GG-G---GT--CT---AC------CATTAATTT-TGGT----TT-TTAA------A---------AGG-----------GGT-------CCACCCTCAAAAT------G--------------------------------------------------------AGC-----AAAA--TTGTTTGACGAAAGG--at
gi|37921 : TT----CCAGGGGCGGA-TCCAGGAATTTTT-----G--AAGG-GGG-A----T--CT---AC------CATTAT-AT-AGGA----TT-TCAA------A---------GGA-G----T----GTT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------TTTTTACCTTTTTAAT----------------AGC-----AAAA--TGTTTTGACGAAAAG--GGGATTGGG-----------Gt
gi|37922 : TT----CCAGGGGCG-A-TCCAGAAATTTTCTTGAAGGAAGGG-GGG-G---G----T---AC------------------------TT-TAAA------A---------TAA-T----T----GTT-------TTGCCC------T------GTA----TTAA--------------T--------------T----------------AGC-----AACA--TTTTCTAACGAAAGG--GG---GGGG-----------GGT------------G--TC-------CGAC--CTCAGAACCTCCA
gi|37923 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTATAGAG--AGGG-GGG-GGGTGT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37924 : T----TCAGGGACGGA-TCCAGAAATTTTTTAAGAG--GGGG-GGG-GGT-GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------T---------GGG-A----G----GG---------CACCCTC
gi|37925 : CAGGGGCGGA-TCCAAGAA---TTTTAGGG--GGGG-GGG-GGA-GT--CT---AC------CATAAA-TTCTGGTTTGGTT-TCAA------A---------AGG-G---------GG---------CACCTTTAAAAT------GCG----TT-ATTCTTGCCCTATTTT--------------T----------------AGC-----CAAA--TGTTCCGACAAAAGG--G----------------------------------GA-CC-------C--C--CTATGAA--T
gi|37926 : CAGGGGAGGAATCC-GGAATT-TTTTAAGG--AGGG-GGG-G---GGGAC----AC------CATTAA-TT-CAAT----TT-TCAA------A---------GAG-----------GGT-------CCACCTTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------TTTCACCTCTTTC----AGC-----AAAA--TTGTCTGAC----GG--GGGA---GG-----------GGTTCCAACCACACACA-CC-------C--C--CTCTGGA--TCC
gi|37927 : AGGGGTGGA-TCCAGCAACTTTTG-AAAG--GGGACGGG-G---GT--CT------------ATTAATTT-TGGT----TT-TCAA------AAAG------GGG-A----G----GGT-------CCACCTTATAAA-------GCG----TT-A--------------T--------------TTTTACCTTTTTTTAAAAGT-----AATA--TTTTCTGACTAAAGG--GGG-TAGGGTTCCAACCTTCG--------------GA-TCT------C--C--CTCTGGA--TC
gi|37928 : GGGGCGTA-TCCATGAATTTTT-----G--AAAG-GGG-G---TT--CTGTAACTTCTGTCATTAC-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-G----G----GAT-------CCACCCTCAAAAT------GCG----TT-A--------------T--------------T----------------
gi|37929 : TTTTAAAA--AAGG-GGG-G---GT-------AT------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAA------A---------GGGTG----TGGGGGGG-------TCAACCTCAAAAT------GCG----TT-T--------------T--------------T------------------C-----TTAC--CTTTCTGACGAAAAGT-GAGATGGGG-----------AGTG-----------GG-TT-------C--CAACCCTAGA--TC
gi|37930 : TTTAAAAA--AGGA-GGGAG---GT--CT---AC------CATTAA-TT-TGGT----TT-TCAAAAAAGGA---------GGG-G----TGG--GGC-------CCATCCTCAAATT------GAG----TT-A--------------T--------------TTTA-------------AGCCTTGTTAGCTTTTTTCTAACGAAAGG--
gi|37931 : TTAA-AT-TGGT----TT-TCAA------A---------AGG-GGGGAT----GGT-------CCACGCTCAAAAT------GCGTTTTTT-AAATCCCTTT-----T--------------T----------------AGC-----AAAA--TTTGCTGACAAAA----CGAAC----------------CC------------GA-CC-------C--C--CTCTGAAG-TTCATAAATACT
gi|37932 : ggaagttT-TGGT----TG-TCAA------AAAAAA----GGG-G----G----AG---------CGCCCTCAAAAT------GAG----TT-A--------------T--------------T----------------A--------AAA--TTTTCTGACGAAAGG--GGAGT---G-----------GGT------------G--TCCAA----C--C--TTCGGAA--CCC
gi|37933 : T-TAGT----TTATCAA------AAAAG-----GGG-G----T----GGGAG-----CCACCCTCTAAAA------GCT----TT-A--------------T--------------TTTGACATATTTTATC-AGC------AAA--TTTTCTGATGAACGG--GGGGGGGGG-----------GGT------------AACTCCACAATAC--C--CTCTGAA--TCC
gi|37934 : TATCAAATTCTACAATATACGAAGACA----AGTCAATAAG-TAACCAGC-CC-AG-C-TT--AT--TTCCTGTTGC--GACCCATCTCTTC-CTTTTTGATGT-ACTTGTAA-TTACTCTCTA-G-T---G-TGATGCCCT------TA----AACCAACG-GTGTTC-AAATGTCATCAG--TCTTCAG----CCGAAAAAAG--CAGGGTC--CTTT-------CCTTTTACTCC-TCAATTATCC-TCACGACTTCTTCG-TCAGAACAGACATGA---CGTCTACGG-ATATCCTT-TTTTCAAATTT-GTGATCA-GAAAGAAGTCGCA-G-GAGCTAGGTCAGGC
gi|37935 : ATATTCGAG--GGCGAGTCAACCAGC-C--AATC-CC--AT--TTCTGGTTAT--GATGCACCTCT-CGCTTTTTAATGT-A------A-TTGCCCTCAA-A-T---G-TGATGCACT------TA----ACCCAACT-GTGTTC-AAGTGCTATCAG--CC--CAGAG--CTGAAAAG--GTCAAGGTC--CTTTCCACAGACCC---ACACC-TCAACTGCCG-TTACGACTTCTTCA-TCAGACCGGAAATGACCCCGTGGACGG-ATATCCTT-TTTT-AAATTT-GAGAACA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAG
gi|37936 : TGAGTCATTAAG-TAACTAGG-C--TA-T-CC--AT--TTCCGGTTGA--GATCAACCTCT-G-TTT---------------------------A-G-T---GCTGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--CC--CAGAA--CTG--AAAAAGTCATGTTC--CTTT--------CC---ACT-----GAC--CCGATCACGA---TTTCG-TCAGA-AAAAAATGA---CGTCCACGGAATAT
gi|37937 : GAGTCAATAAG-TAACCAGC-C--TA-TATC--AT--TTCCGGT------------CT-T-C-CTTTTCGATGT-A------A-TTGTCCTCTA-A-T---G-TGATGCACT------TA----GACCAACG-GTGTTC-AATTGCCATCAG--TC--CAGTA--CTG--AAAAAGTTAGGGTC--CTTTCCATTGACCC---ATTCT-TCGACTGCCG-TCA--A-TTTTTTG-TCAGACCGGAAATGA---CGTTAACGG-ATATCCTT-TTAA-AAGTTT-GAGATTA-GGAAGAAGTCGCT-AGGAGCTAAGTCAGGCG
gi|37938 : GAATCAATAAG-TAACCAGC-CTTAA---TT--AG--TTCTGGTTGG--GATTCATATCTTC-TTTTTCAATGTTATTT---A-TTGCCTTCTA-G-T---G-TTATGCACA------TA----GACCAACG-GTGTTC-AAGTGCCATCAG--TT--CAGAA--CTGAAAACA--TCATGGTC--CTTTCCATTGACCC---ACTCC-TCA-------------ACTTCTTAG-TCAGACCAGAAATGA---TGTCCATAC-ATATCCTT-TTCC-AAGTTT-ACGAATA-GGAAGAAGTTGCTCG-GAGCTAGGTCAGGGGA
gi|37939 : GAATCAATAAG-TAACCAGCGT--AA-C-TT--AT--TTCCGGTTGA--GATCCACCTCT-
gi|37940 : --TTCCGGTGAA--AATCCACCTTT-TGTTTTCCGATGT--C-----A-TTGTCCCTAC-G--------GAGGCATT------TA----GACCAACG-TTG-TC-AAGTTCATTCAAACCC--CAGAA--TTT----AAAGTCAGAATCTTTTTT--ATTAAGCC---ACTCCTTCAAGTGTCG-TCA------CTTCA-TC-GGCC-GAAGGGA---AGTTCAAG-----TC----------AATTT-AGGAATA-GGGAAAAGTAGC-----GGCTA-GTCACGCGA
gi|37941 : aacaatgttaatctaAAG--AACAAGT-T--AA-T-CT--ATCTTTCCGGT-GAAAGATC-ACCTTT-T-GTTTTCG-TGT--C-----A-TTGTCCCTAC-G--------GATGCATT------TA----G-CCAACG-GTGT-C-AAGTGTCATCAA--AC--CAGAAGTTT----AAAAGTCAGAATCTTTTTT--ATT-AGCC---ACTCTATCAAGTGTCG-TC---ACTTCATCG-GCCGA--GGGA--------GTTCA------GTC----------AATTT-AGGAATAGGGGAAAAGTAGCA-G-GGACTAGGTCACGCGA
gi|37942 : AACCATC-CT-GA-C-AT--AT--TTCCGGTTGA--GATACACTTCT-T-CTTTTC-ATGT-A------A-TTGTCCTCTA-G-T---G-TGATCCACTGTGATTTATTTCGACCAACG-GTGTTC-AAGTGTCATCAT--TC--CAGAA--TAGAAAAAA---CAGGGTT--CTT------G---------CCT-TTAACTGTAG-TCACGACTTCTTCG-TCAGACTGGAAATAA---ATTCCAGAG-ATATCCTT-TTTG-AAGTTTCGAAAATA-GGAAGAAGTTGC
gi|37943 : --AA-C-TTCGAT--TTTTTGT------ATCCACCACTTC-TTTTTC--TAT-AT-----A-GTGTCCACTATG-CATAG-TGATGCACT------TA----TACCAATG-GTGTTC-AAGTGCCATCAT--TC--AAGAA--AACAAAAAAAATT------------------ACCC---ACTTG-TCAACTGTAG-TTACG--TTGTTC
gi|37944 : GCCGTCTA-G-T---G-TGGTGCACT------TA----TACCAACG-GTGTTCCAAGTGTCATCAG--CC--CAGAA--CTGAAAAA--GTCAGGGTC--CTTTCCATCGACAC---CTTCC-TCAACAGCCG-TCA-----TCTTC----AGACCGGAAATGA---CGTCCATGG-ATATCCCT-TTTT-AGGTTT-GGGAAGA-GGAAGAAGTCAAT-AGGAGCTAGGTCAGGAGAtgttgcagcaaaacaactttaaagaatttaatttggtgttttaaattcg
gi|37945 : -ATATCCTT-GTTT-AA-TTT-GGGAACA-GGAAGAATTTGCT-A-GGAGTAGGTCAGGCGA