lowQualScore                  :                                                          22222222222222222                  11111111111                                                                1                                                  11      22               11111111                                                                                           11111              1111111                                                             111111111                                                        111111                                            11111111111                 22222222222222222222                                   111111           
lowQualScore                  :      3  1 44  22 1  22 3 7777   3 333 22 555 3 3 1 22    66666666666666666 1 1  22  5555555 11111111111  22 22 77777 3   1 1 1     1 1 3  333   22 44 1 22  333  8  22 7 1   22 1    88    44  66     1 1 22 3 1 777 5    22  22  88    6666666    22222222 4    999999 2 4  44   22   22        1 1   66 1 3 555555  1   6666 8888 44  5555  44   2  99999 333 1  1   1 0000000  1 1 22 9999 1  1   3 55 333   3 3 1   1  3  44  777  44    111111111     3  77777     888888  2 22 22  4444 77777   4  4444 000000 2 777  4 2  2 2 9999 22  777777 333 4444 4 00000000000 2 88888888 22 2 22222222222222222222  555  2  2 2   6 2 666 33 2   99  111111   2       
lowQualScore                  :      .  . ..  .. .  .. . ....   . ... .. ... . . . ..    ................. . .  ..  ....... ...........  .. .. ..... .   . . .     . . .  ...   .. .. . ..  ...  .  .. . .   .. .    ..    ..  ..     . . .. . . ... .    ..  ..  ..    .......    ........ .    ...... . .  ..   ..   ..        . .   .. . . ......  .   .... .... ..  ....  ..   .  ..... ... .  .   . .......  . . .. .... .  .   . .. ...   . . .   .  .  ..  ...  ..    .........     .  .....     ......  . .. ..  .... .....   .  .... ...... . ...  . .  . . .... ..  ...... ... .... . ........... . ........ .. . ....................  ...  .  . .   . . ... .. .   ..  ......   .       
lowQualScore                  :      8  8 33  55 7  44 5 8888   5 000 44 111 5 5 7 44    33333333333333333 7 7  44  7777777 77777777777  44 33 55555 3   7 7 7     7 7 5  999   44 11 7 44  000  1  44 6 7   44 7    33    88  88     8 8 55 6 8 555 5    88  55  66    5555555    44444444 2    666666 1 2  55   66   66        9 9   44 9 8 555555  9   2222 5555 88  8888  88   0  33333 333 9  8   8 3333333  8 8 55 3333 8  9   8 22 333   8 8 9   9  8  55  000  33    666666666     6  00000     999999  0 88 88  5555 44444   2  4444 333333 1 999  2 1  1 1 5555 99  333333 777 5555 2 00000000000 1 55555555 99 2 77777777777777777777  444  2  2 2   7 2 111 11 2   77  111111   4       
consensus                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-AT-G-GGT--A--T-T--TT---ATAAA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTG-TTT--CAT-ATCT-------TATA--TA----G-GATT---A--A-A-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--A--T---T-TA-TTT-T-N-----AA-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-ACT-GC-TT--TT-N-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-NA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C-G----G--AG--AA-C-TA-AT-T-GAC-C-A---T--T-GAA--TT---TC-TTT-TATTTTT
Reference ( gi|112975 )       : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-AT-G-GGT--A--T-T--TT---ATAAA--GAT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTG-CTT--CA--ATCT-------TATA--CA----G-GATT---A--A-A-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--A--T---T-TA-TTT-T-G-----AA-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-ACT-GC-TT--TT-A-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C-G----G--A---AA-C-TA-AT-T-GAC-C-A---T--T-GAA--TT---CT-TTT-TATTTTT
gi|112979                     : TTGTG-AC-G--CCTAA-CG--G-T----T-C-C---A--T-AAG-C-A-A--CCCC--CC------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----TTGAA-A-T-AAATC-A-T-AT-G-GGT--A--T-T--TT---ATAAA--GGT-GTT--T-AGAAA-TTTG--AAAATAAAA-G-G--C-T-AT--G-AGTG-TTT--CAT-ATCT-------TATAG-TA----G-GATT---A--A-A-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----T----A--TCAA--AA--ACC-TC--AATT---T-TA-TTT-T-G-----AA-A-T--G----A-AA-AGG-T--A---ATATC-G-GCT-GC-TT--TT-A-AC--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-C--G------A-CAGAAA-A-TG-A-A----G--AA---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-CAG----A--A---AA-C-TA-AT-T-GACGC-A---T--T-GAA--TT---TC-CTT-TATTTTT
gi|112980                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGCGC---A--T-A-GGC-A-A--CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-AT---GGT--A--T-T--TC----TAAG--GTT-GTT--T-AGAA--TTTGATAA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTGTTTT--CAATATCT-------TATAT-TA----G-GATT---AT-A-A-GAC-CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------ATGTTT----T----A--TC-A--AC--AAC-TCA-A--T---T-TA-TTT-T-G-----AAGA-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-ACT-GC-TT--TT-A-AG--CAG----------TTGGA-TA-----TTTCC--A---AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--------G--C-C----C-G-G----A--G---AA-C-TA-AT-T-GAC-C-A---T--T-GAA--TG---TC-TTT-TATTTTT
gi|112976                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC----------------AT-T-AT--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-AG-G-GGT--A--T-T--TT---ATAAG--G-T-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-ATTG-TTT--CAT-ATCT-------TAAA--TA----G-GATT---A--A-A-AA--CAA--ATG--TCTAGAT-----GT--A-T-A------AT-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--AA-T---T-TA-TTT-T-C-----AA-C-T--G----A-AT-GAG-T--A---ATA-C-G-GCT-GC-TT--TT-T-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTTT--A---AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--A------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C-G----G--AG--AA-G-TA-AT-T-TAC-C-A---T--C-AAA--TT---TC-TTT-TATTTTT
gi|112977                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A----CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----TCGAA-A-T--AATC-A-T-AT-G-GGT--AT-T-T--TT---AT-AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG---A--TACCA-G-G--C-T-A---G-AGTG-TTT--TAT-ATCT-------CATA--TA----G-GATT---A--A-A-GA--C-A--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----T----A--TCAA--AA--ACC-TA--T--T---T-TA-TTT-T-G-----AA-A-T--GA---A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-GTT-GC-TT--TT-A-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG------AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-G--G------A-C---AA-A--G-A-A----G--AC------A---T----T-T-----------C-C--A-----G--C-C----C-C-G----A--G---AA-C-TA-AT-T-GAC-C-A---T--T-GAAT-TT---CTATTT-TATT
gi|112978                     : TTGTGGAC-AATCT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC----------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-ATGG-GGT--A--T-T--TT---AT-AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTG-TTT--CAT-ATC--------TATA--TA----G-GATT------A-A-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----T----A--TC----AA--ACC-TC--A--T---T----TTT-T-G-----AA-A-G--GA---A-AA-GAG-T--A---ATG---G-ACT-GC-TT--TT-A-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG------AA-A--G--C-----A-----TTT-TT-C--G------A-C----A-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--A-G----C-C-G----G--AG--AA-C-TA-TT-A-GAC-C-A------T-GAA--TT---TC-TTT-TATTTTT
gi|112981                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--GGTA---TGC-C---A--T-A-G-C-A-AACCCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-G-A-A-T-AAATA-A---AT-G-GGT--A--T-T--TT---ATAAG--CGT-GTT--T-AGAA--TTTA--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---GTAGT---TT--CAT-ATCT-------TA-A--TA----G-GATTA--A--A-A-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AA-TGT----T----A--TC-A--AA--ACC-TCA-A--T---T-TA-TTT-T-G-----AA-T-T--G----A-AA-GAA-T--A---ATA-TGG-ACT-GC-TT--TT-A-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--G------A-C---AA-ATTG-A-A----GAAAA---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G-G----G--AG--AA-CTTA-AT-T-GACAC-A---T--T-GAA--TT---TC-TTT-TATTTT
gi|112982                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T-----GC-C---A--T-T-G-C-A-A--CCCCT-C-------------AT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-ACT-AAATC-A-T-AT-G-A-T--A--T-T--TT---ATAAG--G-T-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAG-G-G--C-T-A---G-AGTG-TTT--CAT-ATCT-------TATA--TA----G-GATT---A--A-AAGA--CAA--AGG--TTCTGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----TTTTTA--TC-A--AA--ACC-TC--AA-T---T-TA-TTT-T-C-----AA-A-T--G----A-AA-GAG-T--A----TA-C-G-ACTTGC-TT--TTTA-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCGA-A---AA-A--G--CA----AT----TTT-TT-T--G------A-T---AA-A-TGAA-A----G--AC---A-CA---T----T-T-----------T-A--C-----G--C-CT---C-T-G----G--AGAGAA-G-TA-AT-T-GAC-C-A---T--T-GAA--TTTCCTT-TTT-TATTTTT
gi|112983                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--CCCCCACCCCCCCCAT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-AT-T-GGC--A--T-T--TT---AT-AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTC--AA--TAAAA-G-G--C-T-------------TT--CAC-ACTT-------TATA--TA----G-GATT---A--A-G-GA--CAT--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-ATTTTTTTT-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TCG-A--T---T-TA-TTT-T-ATTTTCAA-A-T--G----G-AA-GAG-T--A---ATATC-G-ACT-GCATT--TT-T-AG--CAGT---------TGGGA-TA-----TTT-G--A---AA-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--G------ATC---AA-A-TG-A-A----A--AA---A-CG---T----T-T-----------T-CCAA-----G--C-C----C-T-GGA--G--A---AA-CTTA-AT-T-GAC-C-A---T--T-GAA--TT---TTCTTT-TATTTT
gi|112984                     : TTGTG-AC-G--CA--A-CG----T----TGC-CCATA--T-ATA-C-A-A--CCCC--C-------------AT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-ATATC-A-T-AT-G-GA---A--TAT--TT---ATAAG--G-T-CTT--T-AAAA--TTTC--A---TAAAA-G-G--C-T-A---G-AG-G-TTT--GAT-ATCT--------ATA--TA----G-GATT---C--A-A-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AG-TTT----T----A--TT-A--AA--AAC-TC--A--T---T-TA-TTT-TCA-----AA-A-T--G----A-AA-GAGCT--A---ATA-C-T--CT-GCTTT--TT-A-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTC---A---AA-T--G--CA----A-----TTT-TT-C--GA-----A-CA--AA-A-TG-A-A----G--AC---A-CA---T----T-T-----------T-C--A-----AGCC-C----C-C-G----G--AG--AA-C-TA-AT-T-GAC-G-A---T--G-AAG--TT---C---TT-TATTTTT
gi|112985                     : TTGTG-AC-A--CT--A-CGCGA-T----TGC-C---A--T-A-G-C-ACA--TCCC--CCAT----------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--TCTT-----T-GAA-A-T-AA-TC-A-T-AT-G-G-T--A--T-T--T----ATCATCTGGT-GTT--A-CGAA--TTTG--AA--TAAAAAG-G--C-T-A---GGAGTG-TTT--CAT-ATCT-------TATA--TA----G-GATT---A--CCA-GGTTCAA--AGG--TCTAGATA-A-TGCC-A-TTG------AT-TTT----T----A--TC-A--AA--ACT-CT--A--T---T-TA---T-T-G-----CA-A-T--T----A-AA-GAG-TAAA---ATA-C-G-ACT-GC-TTC-TT-C-AG--CAGT---------TTCGA-TACT---TTTCA--A---AA-A--G--CA----G-----TTTGCT-T--G------A-T---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-CA---T----T-T-----------G-T--A-----A--C-T-------------G--A---AA-T-TA-AC-G-GAC-C-AC--T--T-GAA--TT---TC-TTT-CATTTTT
gi|112986                     : TTGTGCACCG--CT--A-CG--G-T----TGCGC---A--T-A-GGC-A-A--CCCC--T-------------CA-T-TC--AT-------C-----------TTGGT--T-----T-GAA-A-T-AA-TC-A-TTAT-G-GAT--AACT-T--TT---ATAAG--G-T-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAGG-C-G--C-T-A---G-AGTG-TTT--CAT-ATCT-------TATATTCA----G-GA-T---A--C-A-GA--CAA--AGGTTTCTAGATACA-TGTGAA-TAA------AT-TTT----T----A--TC-A--AAC-ACC-TCA-A--T---T-TACTTT-T-C-----AA-A-TTGA----A-AA-GAGTT--AAATATA-C-G-AC--GC-TTAATT-T-AG--CAGT---------TTGGA-TA------TTCG--A---AA-A--GGCCAAGTTA-----CTT-CT-TCAG------A-CT--AA-T-TG-ACA----G--AC---A-GA---CACTAT-C-----------T-C--AC----G--CTC----C-C-GACGAG--A---AAGT-TA-AT-T-GAC-C-AATGC--T-GAA--TT---TC-TTT-TCTTATT
gi|112987                     : TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--C-------------CCAT-TC--AT-------G-----------TT--T--T-----T-GAA-A-TAAAATC---T-AT-G-G----A--T-T--TT---AT--A--GCT-GTT--T-AAAA---TTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A-----AGCG--TT--CG--TACT-------TATA--TT----A-GATT------A-A-GA--CAA--ATG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------TT-TTT----T----A--------------------A--T---T-TA-TTTAA-G-----GA-A-T--G----A-A
gi|112988                     : TTGTG-AA-G--CT--AACG--GGT----TGC-C---A--T---G-C-A-A--CCCC--CCC-----------AT-T-TC--AT-------CT----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAAT--A-TAAT-GAGGT--A--T-CTATT---AT-AA--GGT-GTT--T-AGCA--TTTG--AATCTAAAA-GTG--CGTAA---G-AGTG-TTT--CATGATCT-------TATA--TA----G-GATTTTAA--A-A-GA--CAA--ATG--TC
gi|112989                     : TTGTG-AC-G--CT--T-CG--G-T----TGT-C---A--T-A-A-C-A-A--CCCC--CC------------AT-T-TC--AT-------CCTTACTTCGCCTT--T--TTGTTTT-GAA-T-T-AAATC-A-T-AT-G-GGT--A--T-T--TT---A-AAA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcagtttggatatttcaaaaagc
gi|112990                     :  TGTG-AC-GT-CT--A-CG--G-T----TGC-----A--TGA-G-C-A-A--CCCC--CC------------GT-T-T---AT-------T-----------CT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-AT-G-GGT--A----T--TT---ATTAA--GGTGGTT--T-AAAA--TTTG--AA--T-AAA-G-G--C-T-A---GAAGTG--TT--CA--ATCT-------TATA--T-----G-GATT---AACA-G-GA--CAG--AAG--TCT-GA-A-A-TGC--A-T-A------AT-GTT----T----A--TC-A--AG--ACC-TCA-A--T---T-TA-TTT-T-G------A-A-T--G----A-AA-CAG-T--A---ATA-G-G-A-T-GC-TT--TT-A-GG--CA-T---------TTGGA-TA------TTCGAAA---AA-A--G--C-----A-----TTT-TT-C--G------A-C---AAGA-TG-A-A----G--AC---A-GA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G-GAA--G--A---AC-C-TA-AT-T--AC-C-A---T--T-GAA--TT---TC-TTT-TATTTT
gi|112991                     :  TGTG-AC-G--CT--A-CC--G-T----TGC-C---A--T-A-C-C-A-A--TTCC--C-------------AT-T-TC--AT-------C-----------TG--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-TT-T-CGT--A--T-T--TT---GT-AA--GGT-ATT--T-AGAATTTTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTG-TAT--CA--
gi|112992                     :  TGTG-AC-T--CT--A-CC--G-T----TGC-C---A--T-A-G-CCA-A--TTCC--C-------------AC-T-----AT-------C-----------TG--T--T-----T-GAA-A-T-AAATCAA-T-TT-T-GGT--A--T-T--TT---GT-AA--GGT-ATT--T-AGAAT-TTTG--AA--TAAAA---G--C-T-A---G-AGTG-TAT--CA--tacc
gi|112993                     :  TGTG-AC-G--CT--A-AG--G-T----TGC-C---A--T-T-G-CAA-A--CCCC--C-------------AT-T-TCATAT-------T-----------TT--T--T-----T-TAA-A-T-AAATtacc
gi|112994                     :   GTG-AT-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--CGA-G-C-A-A--CCCC--CC------------AT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-------GAG-A-T-AA-TC-A-T-AT-G-GGT--A--T-T--T----ATAAG--G-T-GTT--T-AGAAATTTTA--AA--TAAAA-G-G--A-C-ATAAG-AGTG-TTT--CA--TACT-------T-TA--CAATAGG-GATT---A--A-G-GA--CAA--ATG--TCTAGATA-A-TGCA-A-T-A------AT-TTTC---T----A--TC-C--AA--AAC-TCCAA--TCTGT-TG-TTT-T-C-----AA-ATT--G----A-AAGGAG-T------ATA-T-GAATT-GC-TT--TG-ATAG--CAATA--------TTGAACTA-----TTTCG--AAC-AA-A--G--CA----A-----TTT-TTGC--G------A-C---AA-A-TG-G-A----G--AC---A-CAGGGT----TGT-----------T-C--GCGTACG--C-CTCAGC-T-G----G--AG--AA-C-TA-AT-TGGAC-C-A---T--T-GAA--TT---TC-TTT-CATTTTT
gi|112995                     :   GTA-AC-G--AT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCA--C----------------T-TC--AT-------A-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-GT-T-TG---A--T-T--TT---A-AAA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTA--AA--TAAAA-G-G--C-C-A---G-AGTG-TAC--CAT-ATTT-------TATA--
gi|112996                     :      -AC-G--CT--T-CG--G-TAA--TGC-C---AGTT-A-G-C-A-A--CCCCG-C-------------AT-TCTC--AT-------C-----------TT--T--TA----T-GAACA-T-AA-TC-ACT-AT-C-GAT--A--T-T--T----ATAA-------GTT--T-TAAA--TTTG--AA--ATAAA-G-G------A---A-GGTA-TAT-------TCT-------TATAA-CA----G--ATT---A--A-AGGA--CAA--A-A--TCTATATA-A-TG-------A------AA-TTT----T----AC-TC-ACGAA--ACC-TC--A--A---T-TA-TTT-T-C-----AA-A-T--GATATA-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-A-T-GC-TT--TT-T-AG---AG----------TTGGA-TG------TTCG--A---AAGA--G--CA----A-----TTT-CT-T---------A-T----A-A-TG-A-AG---G--AC-----AA---C----T-T-----------T-C--A-----G----C----C-T-G----G--A---GA-A-TATAA-T-AAC-C-A---T--T-GCAT-TT---CT-TTT-t
gi|112997                     :        C-G--CT--A-CG--G-TGCAATCC-C---A--T-----C-A-A--TCCCATC-------------AT-T-TC--AT-------CA----------TT--T--TA----T-GAA-A-----ATC---T-AT-G-GAT--A--T-T--TT---ATAAG--G-T-GTTCGT-AGA---TTTGGAAA--TAAA--G-G--CAT-GAT-G-AGTGTCTTTCCAT-ATCT-------TATA--TA----GAGCTC---T--A-A-GA--CAA--TG----CTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----T----ACGTC-A--AA--ACC-TCGAA--T---TCTA-TTT-T-C-----AA-A-T--GA---A-AA-GAG-CTGA---ATA-C-G-AC--GC-TT--TT-T-AGCTCAGTGCGTTCATATTGGA-TA-----TTTCGA-A---AA-A--G--CA----A-----GTTATT-T--GA-----A-T---AATA-TG-A-ATTCGA--AC---AGAA---T----G-T-----------T-C--------G--C-C----C-T-G----G--ATG-AA-G-TA-AA-T-GAC-CTA---T--T-GAATTTT---CT-CTTGTACTTTtt
gi|112998                     :                  -CG--G-T----TTC-C---A--T-G-G-C---------T--T-------------GT-T-TC--GTTAATTAAC-----------AT--C--T-----T-GAA-A---ACGTT-A-T-AT-GAGGCTAA--T-T--TTTCCATAAA--GGT-GTT--TTAGAC--TTTA--AAG-TAACA-G-GGGC-T-A---G-AGTG-TTT--CA--GTATAGATTAGTATA--TG----GTGATT---A--A-A-GA--CAACAGGG--TGTAGATA-AATGC--ACT-A------AT-GTT---------A--TC-G--AATAACCCTC--A--T---T-TA-TTT-T-G-----AA-A-T--G----A-AA-GAA-T--A---ATA-TAG-ACT-GT-TC--TT-A-AGC-CAGTTG-------TTGGACTATACTTTCTCG--ATATAA-ATGG--CA----ATATATTTT-TT-T--GAGCAATA-C---AA-C-TG-A-AGT--G--ACACTA-AA---T----T-CGTTCCTGTTGGT-C--A-----A--C-C----CGC-G----GGAG---AA-C-TA-ATAT-GACGC-A---TAATGGAA--TC---CT-TT
gi|112999                     :                                                                                                             --T-----T-GAA-T-T-AGAAC-A-T-AA-T-GGT--A--A-T--TT---ATAAA--G-T-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-T-A--G-T-A---G-AGTG-TTT--CAT-ATCT-------TATA--TA----G-GATT---A--A-A-GA--TAA--AGG--TCTAAATA-A---C--G-T-G------AT-TT
gi|113000                     :                                                                                                                                                                                                                                                                             A--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----TTTTTA--TC-A--AA--ACC-TC--AAAT---T-CA-TTT-C-C-----AA-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AGT-GC-TT--TT-T-AG--TAGT---------TTGGA-TA-----TTT
gi|113001                     :                                                                                                                                                                                                                                                                             A--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTTTTTTT----A--TC-A--AA--ACC-TC--A--A---A-TT-TTC-T-C-----AA-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AGT-GC-TT--TT-T-AG--TAGT---------TTGGA-TA-----T
gi|113002                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATA-A-TGC--A-T-A------AT-TTT----T----A--TC----AA--ACC-TCA-A--T---T-TA-TTT-T-C-----AA-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-ACT-GC-TT--TT-A-AG--CAAT---------CTGTA-CA-----TTTCG--A---AA-A--G--CA----C-----TTT-TT-C--G------A-C----A-A-TG---A----G--AT---A-CA---T----TGC-----------T-C--A-----G--
gi|113003                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---T-TA-TTT-T-C-----AA-A-T--G----AGAA-GAG-T--A---A-A-C-G-ACT-GC-TT--TT-T-AG--CAGT---------GTG-A-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CT----A-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-TA---T----T-T-----------TAC--A-----G--C-C----C-T-T----G--AG--AA-C-TA-AT-T-GA--C-A---T--T-GAAT-TT---CT-TTT-TATTTTT
gi|113004                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttaaa-TTT-T-C-----AA-A-T--G----A-AA-GAG-C--A---GTA-C-A-ACT-GC-TT--TT-T-AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTTG--A---AA-A--G--CA----G-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---C-CA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-C-T----G--AG--GA-G-TA-AT-T-CAT-C-T---T--T-GAA--TT---TC-TTT-TATTTTT
gi|112988                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCA--A---AA-A--G--C

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                              22222222222222222                                                                                           111                                                                                          111111                                                                                   222222222                                                                             111111111                                    11111                                                                                                           1111                                             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          3  1 44  22 1  22 3 7777   3 222 22 444 3 3 1 22    44444444444444444 1 1  22  5555555 99999999999  22 22 77777 4   1 1 1     1 1 1 1 1 3  1 22 22   555555  22 444   1   22 1    77    44  66     1 1 22 3 1 777 5       333 22 1 1  333  22    5 22  4 2   000000  4  44   22   22        1 1  1 44 3 1 555555 3333 1   6666 4444 44  5555  44   1  222222222 333 1  1    22 22 1 1 22 8888 1  1   3 55 333   3 1 3  1   5  44  22  44    111111111     3  66666     888888  1 22 22   22222   4  222 999999 2 777  4 2  2 2 9999 22  333 55 333 4444 4 99999999999 2 22 77777 22 2 4444 77777777  2   0000    2 2   6 2 555 22    2  333  888          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          .  . ..  .. .  .. . ....   . ... .. ... . . . ..    ................. . .  ..  ....... ...........  .. .. ..... .   . . .     . . . . . .  . .. ..   ......  .. ...   .   .. .    ..    ..  ..     . . .. . . ... .       ... .. . .  ...  ..    . ..  . .   ......  .  ..   ..   ..        . .  . .. . . ...... .... .   .... .... ..  ....  ..   .  ......... ... .  .    .. .. . . .. .... .  .   . .. ...   . . .  .   .  ..  ..  ..    .........     .  .....     ......  . .. ..   .....   .  ... ...... . ...  . .  . . .... ..  ... .. ... .... . ........... . .. ..... .. . .... ........  .   ....    . .   . . ... ..    .  ...  ...          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          6  7 11  44 7  33 3 5555   3 999 33 555 3 3 7 33    33333333333333333 7 7  33  4444444 66666666666  33 22 22222 8   6 6 6     7 7 7 7 7 3  7 33 33   000000  99 000   7   33 7    99    66  55     7 7 44 5 7 222 2       000 44 7 7  000  66    7 66  0 0   666666  0  33   55   55        8 8  8 33 6 8 222222 9999 8   0000 0000 55  1111  55   9  222222222 222 8  7    77 44 7 7 44 9999 7  8   6 00 222   6 8 6  8   5  33  88  11    111111111     5  77777     000000  9 66 66   00000   0  555 888888 0 555  0 0  0 0 0000 88  555 77 555 2222 0 55555555555 0 88 00000 88 1 5555 22222222  1   7777    1 1   3 1 888 99    1  777  777          
consensus                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-T-G-GG-T--A--TTT--T---ATA-AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTGTTT---C--A-T-AT---CT--TATA-T--AG-G-ATT---A--AA-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--A------T---T-TA-TTTT-CA--A-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AC-TGC-TT--TT-NAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-NA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GA-GAA--C-TAAT-T-GAC-C-A---T--TGAA-TT---TC---TTTTATTTTT
Reference ( family-619 )      :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-T-G-GG-T--A--TTT--T---ATA-AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTGTTT---C--A-T-AT---CT--TATA-T--AG-G-ATT---A--AA-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--A------T---T-TA-TTTT-NA--A-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AC-TGC-TT--TT-NAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-NA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GA-GAA--C-TAAT-T-GAC-C-A---T--TGAA-TT---TC---TTTTATTTTT
gi|112975                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-T-G-GG-T--A--TTT--T---ATA-AA--GAT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTGCTT---C--A---AT---CT--TATA-C--AG-G-ATT---A--AA-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--A------T---T-TA-TTTT-GA--A-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AC-TGC-TT--TT-AAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GA--AA--C-TAAT-T-GAC-C-A---T--TGAA-TT---CT---TTTTATTTTT
gi|112976                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC----------------AT-T-AT--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-G-G-GG-T--A--TTT--T---ATA-A---GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-ATTGTTT---C--A-T-AT---CT--TAAA-T--AG-G-ATT---A--AA-AA--CAA--ATG--TCTAGAT-----G-T--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--AA-----T---T-TA-TTTT-CA--A-C-T--G----A-AT-GAG-T--A---ATA-C-G-GC-TGC-TT--TT-TAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTTT--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-T-A------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GA-GAA--G-TAAT-T-TAC-C-A---T--CAAA-TT---TC---TTTTATTTTT
gi|112977                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A----CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----TCGAA-A-T--AATC-A-T-A-T-G-GG-T--A--TTT--T----TATAA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG---A--TACCA-G-G--C-T-A---G-AGTGTTT---T--A-T-AT---CT--CATA-T--AG-G-ATT---A--AA-GA--C-A--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TCAA--AA--ACC-TA--T------T---T-TA-TTTT-GA--A-A-T--GA---A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-GT-TGC-TT--TT-AAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG------AA-A--G--CAA-----TTT-TT-G-G------A-C---AA-A--G-A-A----G--AC------A---T----T-T-----------C-C--A-----G--C-C----C-C------GA-GAA--C-TAAT-T-GAC-C-A---T--TGAA-TT---TCTA-TTTTATT
gi|112978                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTGGAC-AATCT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC----------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-TGG-GG-T--A--TTT--T---AT--AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTGTTT---C--A-T-AT---C---TATA-T--AG-G-ATT------AA-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TC----AA--ACC-TC--A------T---T----TTTT-GA--A-A-G--GA---A-AA-GAG-T--A---ATG---G-AC-TGC-TT--TT-AAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG------AA-A--G--C-A-----TTT-TT-C-G------A-C----A-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--A-G----C-C---G--GA-GAA--C-TATT-A-GAC-C-A------TGAA-TT---TC---TTTTATTTTT
gi|112979                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CCTAA-CG--G-T----T-C-C---A--T-AAG-C-A-A--CCCC--CC------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----TTGAA-A-T-AAATC-A-T-A-T-G-GG-T--A--TTT--T---ATA-AA--GGT-GTT--T-AGAAA-TTTG--AAAATAAAA-G-G--C-T-AT--G-AGTGTTT---C--A-T-AT---CT--TATAGT--AG-G-ATT---A--AA-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TCAA--AA--ACC-TC--AAT----T---T-TA-TTTT-GA--A-A-T--G----A-AA-AGG-T--A---ATATC-G-GC-TGC-TT--TT-AAC--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-CAGAAA-A-TG-A-A----G--AA---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---A--GA-AAA--C-TAAT-T-GACGC-A---T--TGAA-TT---TC---CTTTATTTTT
gi|112980                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGCGC---A--T-A-GGC-A-A--CCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-T---GG-T--A--TTT--C----TA-AG--GTT-GTT--T-AGAA--TTTGATAA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTGTTT---TCAA-T-AT---CT--TATATT--AG-G-ATT---AT-AA-GAC-CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----TGTTT----T----A--TC-A--AC--AAC-TCA-A------T---T-TA-TTTT-GA--AGA-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AC-TGC-TT--TT-AAG--CAG----------TTGGA-TA-----TTTCC--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-AA---T----T-T-----------T-C--G----------C----C-C---G--GA-GAA--C-TAAT-T-GAC-C-A---T--TGAA-TG---TC---TTTTATTTTT
gi|112981                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--GGTA---TGC-C---A--T-A-G-C-A-AACCCCC--C-------------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA---T-AAATA-A---A-T-G-GG-T--A--TTT--T---ATA-AG--CGT-GTT--T-AGAA--TTTA--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---GTAGT--TT---C--A-T-AT---CT--TA-A-T--AG-G-ATT---A--AAAGA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----A-TGT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--AA-----T---T-TA-TTTT-GA--A-T-T--G----A-AA-GAA-T--A---ATA-T-GGAC-TGC-TT--TT-AAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-ATTG-A-A----GAAAA---A-AA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--GA-GAA--CTTAAT-T-GACAC-A---T--TGAA-TT---TC---TTTTATTTT
gi|112982                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T-----GC-C---A--T-T-G-C-A-A--CCCCT-C-------------AT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-ACT-AAATC-A-T-A-T-G-A--T--A--TTT--T---ATA-A---GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAG-G-G--C-T-A---G-AGTGTTT---C--A-T-AT---CT--TATA-T--AG-G-ATTA--A--AA-GA--CAA--AGG--TTCTGATA-A-TG-C--A-T-A------ATTTTT-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TCA-A------T---T-TA-TTTT-CA--A-A-T--G----A-AA-GAG-T------ATA-C-G-ACTTGCTTT--TT-AAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCGA-A---AA-A--G--CAAT----TTT-TT-T-G------A-T---AA-A-TGAA-A----G--AC---A-CA---T----T-T-----------T-A--C-----G--C-C----T-CTGGA--GA-GAA--G-TAAT-T-GAC-C-A---T--TGAA-TT---TCCTTTTTTATTTTT
gi|112983                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--CCCCCACCCCCCCCAT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-T-T-GG-C--A--TTT--T---ATA-A---GGT-GTT--T-AGAA--TTTC--AA--TAAAA-G-G--C-T------------TT---C--A-C-AC---TT--TATA-T--AG-G-ATT---A--AG-GA--CAT--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-ATTTTTTT----T-TTT----T----A--TC-A--AA--ACC-TC--GATTTATT---T-TA-TTTT-CA--A-A-T--G----G-AA-GAG-T--A---ATATC-G-AC-TGCATT--TT-TAG--CAGT---------TGGGA-TA-----TTT-G--A---AA-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------ATC---AA-A-TG-A-A----A--AA---A-CG---T----T-T-----------T-CCAA-----G--C-C----C-T---G--GA-GAAACT-TAAT-T-GAC-C-A---T--TGAATTT---TC---TTTTATTTT
gi|112984                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CA--A-CG----T----TGC-CCATA--T-ATA-C-A-A--CCCC--C-------------AT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-ATATC-A-T-A-T-G-GAAT--A--TTT------ATA-A---GGT-CTT--T-AAAA--TTTC--A---TAAAA-G-G--C-T-A---G-AG-GTTT---G--A-T-AT---CT---ATA-T--AG-G-ATT---C--AA-GA--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----G-TTT----T----A--TT-A--AA--AAC-TC--A------T---T-TA-TTTTCAA--A-A-T--G----A-AA-GAGCT--A---ATA-C-T--C-TGCTTT--TT-AAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTC---A---AA-T--G--CAA-----TTT-TT-C-GA-----A-CA--AA-A-TG-A-A----G--AC---A-CA---T----T-T-----------T-C--A-----AGCC-C----C-C---G--GA-GAA--C-TAAT-T-GAC-G-A------TGAA-GT---TC----TTTATTTTT
gi|112985                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-A--CT--A-CGCGA-T----TGC-C---A--T-A-G-C-ACA--TCCC--CCAT----------GT-T-TC--AT-------C-----------TT--TCTT-----T-GAA-A-T-AA-TC-A-T-A-T-G-G--T--A--TTT------ATC-ATCTGGT-GTT--A-CGAA--TTTG--AA--TAAAAAG-G--C-T-A---GGAGTGTTT---C--A-T-AT---CT--TATA-T--AG-G-ATT---AC-CA-GGTTCAA--AGG--TCTAGATA-A-TGCC--ATT-G------A----T-TTT----T----A--TC-A--AA--ACT-CT--A------T---T-TA---TT-GC--A-A-T--T----A-AA-GAG-TAAA---ATA-C-G-AC-TGC-TTC-TT-CAG--CAGT---------TTCGA-TACT---TTTCA--A---AA-A--G--CAG-----TTTGCT-T-G------A-T---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-CA---T----T-T-----------G-T--A-----A--C-T-------------GA--AA--T-TAAC-G-GAC-C-AC--T--TGAA-TT---TC---TTTCATTTTT
gi|112986                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTGCACCG--CT--A-CG--G-T----TGCGC---A--T-A-GGC-A-A--CCCC--T-------------CA-T-TC--AT-------C-----------TTGGT--T-----T-GAA-A-T-AA-TC-A-TTA-T-G-GA-T--AACTTT--T---ATA-A---GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAGG-C-G--C-T-A---G-AGTGTTT---C--A-T-AT---CT--TATA-TTCAG-G-A-T---A--CA-GA--CAA--AGGTTTCTAGATACA-TG-TGAA-TAA------A----T-TTT----T----A--TC-A--AAC-ACC-TCA-A------T---T-TACTTTT-CA--A-A-TTGA----A-AA-GAGTT--AAATATA-C-G-AC--GC-TTAATT-TAG--CAGT---------TTGGA-TA------TTCG--A---AA-A--GGCCAAGTTACTTC-TT-CAG------A-CT--AA-T-TG-ACA----G--AC---A-GA---CACTAT-C-----------T-C--AC----G--CTC----C-C---GACGA-GAAAGT-TAAT-T-GAC-C-AATGC--TGAA-TT---TC---TTTTCTTATT
gi|112987                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AC-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCC--C-------------CCAT-TC--AT-------G-----------TT--T--T-----T-GAA-A-TAAAATC---T-A-T-G-G-----A--TTT--T---AT---A--GCT-GTT--T-AAAA---TTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A-----AGCG-TT---C--G-T-A----CT--TATA-T--TA-G-ATT------AA-GA--CAA--ATG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------T----T-TTT----T----A--------------------A------T---T-TA--TTT-AAGGA-A-T--G----A-A
gi|112988                     :                                                                                                                                                                                                     TTGTG-AA-G--CT--AACG--GGT----TGC-C---A--T---G-C-A-A--CCCC--CCC-----------AT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-----TTGAA-A-T-AAAT--A-T-AAT-GAGG-T--A--TCTATT---ATA-A---GGT-GTT--T-AGCA--TTTG--AATCTAAAA-GTG--CGTAA---G-AGTGTTT---C--A-TGAT---CT--TATA-T--AG-G-ATTTTAA--AA-GA--CAA--ATG--TC
gi|112988                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTCA--A---AA-A--G--Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcagtttggatatttcaaaaagc
gi|112989                     : ttgtgaagctaacgggttgccatgcaacccccccatttcatcttttttgaaataaatataatgaggtatctattataaggtgtttagcatttgaatctaaaagtgcgtaagagtgtttcatgatcttatataggattttaaaagacaaatgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTGTG-AC-G--CT--T-CG--G-T----TGT-C---A--T-A-A-C-A-A--CCCC--CC------------AT-T-TC--AT-------CCTTACTTCGCCTT--T--TTGTTTT-GAA-T-T-AAATC-A-T-A-T-G-GG-T--A--TTT--T---A-A-AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTG--A
gi|112990                     :                                                                                                                                                                                                      TGTG-AC-GT-CT--A-CG--G-T----TGC-----A--TGA-G-C-A-A--CCCC--CC------------GT-T-T---AT-------T-----------CT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-A-T-G-GG-T--A---TT--T---ATT-AA--GGTGGTT--T-AAAA--TTTG--AA--T-AAA-G-G--C-T-A---GAAGTG-TT---C--A---AT---CT--TATA-T---G-G-ATT---AACAG-GA--CAG--AAG--TCT-GA-A-A-TG-C--A-T-A------A----T-GTT----T----A--TC-A--AG--ACC-TCA-A------T---T-TA-TTTT-G---A-A-T--G----A-AA-CAG-T--A---ATA-G-G-A--TGC-TT--TT-AGG--CA-T---------TTGGA-TA------TTCGAAA---AA-A--G--C-A-----TTT-TT-C-G------A-C---AAGA-TG-A-A----G--AC---A-GA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--AA-GAAC-C-TAAT-T--AC-C-A---T--TGAA-TT---TC---TTTTATTTT
gi|112991                     :                                                                                                                                                                                                      TGTG-AC-G--CT--A-CC--G-T----TGC-C---A--T-A-C-C-A-A--TTCC--C-------------AT-T-TC--AT-------C-----------TG--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-T-T-T-CG-T--A--TTT--T---GT--AA--GGT-ATT--T-AGAATTTTTG--AA--TAAAA-G-G--C-T-A---G-AGTGTAT---C--A-T-AC---C
gi|112992                     :                                                                                                                                                                                                      TGTG-AC-T--CT--A-CC--G-T----TGC-C---A--T-A-G-CCA-A--TTCC--C-------------AC-T-----AT-------C-----------TG--T--T-----T-GAA-A-T-AAATCAA-T-T-T-T-GG-T--A--TTT--T---GT--AA--GGT-ATT--T-AGAAT-TTTG--AA--TAAAA---G--C-T-A---G-AGTGTAT---C--A-T-AC---C
gi|112993                     :                                                                                                                                                                                                      TGTG-AC-G--CT--A-AG--G-T----TGC-C---A--T-T-G-CAA-A--CCCC--C-------------AT-T-TCATAT-------T-----------TT--T--T-----T-TAA-A-T-AAAT
gi|112994                     :                                                                                                                                                                                                       GTG-AT-G--CT--A-CG--G-T----TGC-C---A--CGA-G-C-A-A--CCCC--CC------------AT-T-TC--AT-------C-----------TT--T--T-------GAG-A-T-AA-TC-A-T-A-T-G-GG-T--A--TTT------ATA-A---GGT-GTT--T-AGAAATTTTA--AA--TAAAA-G-G--A-C-ATAAG-AGTGTTT---C--A-T-AC---TT--TACAAT--AG-GGATT---A--AG-GA--CAA--ATG--TCTAGATA-A-TG-CA-A-T-A------A----T-TTTC---T----A--TC-C--AA--AAC-TCCAA------TCTGT-TG-TTTT-CA--A-ATT--G----A-AAGGAG-T------ATA-T-GAAT-TGC-TT--TGATAG--CAATA--------TTGAACTA-----TTTCG--AAC-AA-A--G--CAA-----TTT-TTGC-G------A-C---AA-A-TG-G-A----G--AC---A-CAGGGT----TGT-----------T-C--GCGTACG--C-CTCAGC-T---G--GA-GAA--C-TAAT-TGGAC-C-A---T--TGAA-TT---TC---TTTCATTTTT
gi|112995                     :                                                                                                                                                                                                       GTA-AC-G--AT--A-CG--G-T----TGC-C---A--T-A-G-C-A-A--CCCA--C----------------T-TC--AT-------A-----------TT--T--T-----T-GAA-A-T-AAATC-A-T-G-T-T-TG----A--TTT--T---A-A-AA--GGT-GTT--T-AGAA--TTTA--AA--TAAAA-G-G--C-C-A---G-AGTGTAC---C--A-T-AT---TT--TATA-T--
gi|112996                     :                                                                                                                                                                                                          -AC-G--CT--T-CG--G-TAA--TGC-C---AGTT-A-G-C-A-A--CCCCG-C-------------AT-TCTC--AT-------C-----------TT--T--TA----T-GAACA-T-AA-TC-ACT-A-T-C-GA-T--A--TTT------ATA-A----GT--TT--T-A-AA--TTTG--AA--ATAAA-G-G------A---A-GGTAT--------A-T--T---CT--TATA-A--CA-G-ATT---A--AAGGA--CAA--A-A--TCTATATA-A-TG--------A------A----A-TTT----T----AC-TC-ACGAA--ACC-TC--A------A---T-TA-TTTT-CA--A-A-T--GATATA-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-A--TGC-TT--TT-TAG---AG----------TTGGA-TG------TTCG--A---AAGA--G--CAA-----TTT-CT-T--------A-T----A-A-TG-A-AG---G--AC---A--A---C----T-T-----------T-C--A-----G----C----C-T---G--GA-GAA--TATAA--T-AAC-C-A---T--TGCA-TT---TC---TTTT-TTT
gi|112997                     :                                                                                                                                                                                                            C-G--CT--A-CG--G-TGCAATCC-C---A--T-----C-A-A--TCCCATC-------------AT-T-TC--AT-------CA----------TT--T--TA----T-GAA-A-----ATC---T-A-T-G-GA-T--A--TTT--T---ATA-A---GGT-GTTCGT-AGA---TTTGGAAA--TAAA--G-G--CAT-GAT-G-AGTGTCTTTCC--A-T-AT---CT--TATA-T--AGAG-CTC---T--AA-GA--CAA--TG----CTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----ACGTC-A--AA--ACC-TCGAA------T---TCTA-TTTT-CA--A-A-T--GA---A-AA-GAG-CTGA---ATA-C-G-AC--GC-TT--TT-TAGCTCAGTGCGTTCATATTGGA-TA-----TTTCGA-A---AA-A--G--CAA-----GTTATT-T-GA-----A-T---AATA-TG-A-ATTCGA--AC---AGAA---T----G-T-----------T-C--------G--C-C----C-T---G--GATGAA--G-TAAA-T-GAC-CTA---T--TGAA-TTTTCTC---TTGTACTTT
gi|112998                     :                                                                                                                                                                                                                      -CG--G-T----TTC-C---A--T-G-G-C---------T--T-------------GT-T-TC--GTTAATTAAC-----------AT--C--T-----T-GAA-A---ACGTT-A-T-A-T-GAGG-CTAA--TTT--TTCCATA-AA--GGT-GTT--TTAGAC--TTTA--AAG-TAACA-G-GGGC-T-A---G-AGTGTTT---C--AGT-ATAGATTAGTATA-T--GGTG-ATT---A--AA-GA--CAACAGGG--TGTAGATA-AATG-C--ACT-A------A----T-GTT---------A--TC-G--AATAACCCTC--A------T---T-TA-TTTT-GA--A-A-T--G----A-AA-GAA-T--A---ATA-TAG-AC-TGT-TC--TT-AAGC-CAGTTG-------TTGGACTATACTTTCTCG--ATATAA-ATGG--CAATATATTTT-TT-T-GAGCAATA-C---AA-C-TG-A-AGT--G--ACACTA-AA---T----T-CGTTCCTGTTGGT-C--A-----A--C-C----CGCG--G--GA-GAA--C-TAATAT-GACGC-A---TAATGGA-AT---CC---TTT
gi|112999                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --T-----T-GAA-T-T-AGAAC-A-T-A-A-T-GG-T--A--ATT--T---ATA-AA--G-T-GTT--T-AGAA--TTTG--AA--TAAAA-T-A--G-T-A---G-AGTGTTT---C--A-T-AT---CT--TATA-T--AG-G-ATT---A--AA-GA--TAA--AGG--TCTAAATA-A----C--G-T-G------A----T-TT
gi|113000                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----TTTTTA--TC-A--AA--ACC-TC--AAA----T---T-CA-TTTC-CA--A-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AG-TGC-TT--TT-TAG--TAGT---------TTGGA-TA-----TTT
gi|113001                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A--CAA--AGG--TCTAGATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTTTTTTT----A--TC-A--AA--ACC-TC--A------A---A-TT-TTCT-CA--A-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AG-TGC-TT--TT-TAG--TAGT---------TTGGA-TA-----T
gi|113002                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATA-A-TG-C--A-T-A------A----T-TTT----T----A--TC----AA--ACC-TCA-A------T---T-TA-TTTT-CA--A-A-T--G----A-AA-GAG-T--A---ATA-C-G-AC-TGC-TT--TT-AAG--CAAT---------CTGTA-CA-----TTTCG--A---AA-A--G--CAC-----TTT-TT-C-G------A-C----A-A-TG---A----G--AT---A-CA---T----TGC-----------T-C--A-----G--
gi|113003                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---T-TA-TTTT-CA--A-A-T--G----AGAA-GAG-T--A---A-A-C-G-AC-TGC-TT--TT-TAG--CAGT---------GTG-A-TA-----TTTCG--A---AA-A--G--CTA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---A-TA---T----T-T-----------TAC--A-----G--C-C----C-T---T--GA-GAA--C-TAAT-T-GA--C-A---T--TGAA-TT---TCT--TTTTATTTTT
gi|113004                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttaaa-TTTT-CA--A-A-T--G----A-AA-GAG-C--A---GTA-C-A-AC-TGC-TT--TT-TAG--CAGT---------TTGGA-TA-----TTTTG--A---AA-A--G--CAG-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TG-A-A----G--AC---C-CA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-C---T--GA-GGA--G-TAAT-T-CAT-C-T---T--TGAA-TT---TC---TTTTATTTTT