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lowQualScore                  :       .           .   . ..       ..............................................  ............   .     ...... . .     ...        .....   ... .    .     .... ...    .... . .... ...   ........  . .        .   .       
lowQualScore                  :       5           4   1 44       2222222222222222222222222222222222222222222222  444444444444   1     111111 4 9     666        77777   111 4    4     0000 555    0000 4 1111 555   22222222  4 4        5   6       
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Reference ( gi|15232 )        : CATTGT-GGGATTGGAAA-TTT-C--GCGAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-A-CGCCA---GCCGACGTC----AACT--G-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
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lowQualScore                  :       .                .       ..............................................  ............   .     ...... . .     ...        ..... ..  . .    .     .... ...    .... . .... ...   ........  . .        .   .       
lowQualScore                  :       4                2       7777777777777777777777777777777777777777777777  000000000000   7     000000 4 8     555        33333 99  3 4    4     9999 444    9999 4 5555 444   00000000  4 4        4   5       
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Reference ( family-617 )      : CATTGT-GGGATTGGAAATTTCC-GCGAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-A-CGCCA---GCCGACGTC----A--ACNG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
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gi|15247                      :                   TTTCA-GTGAAC---------------G--------------T----------------GT------------GAG--ATAT------C-A-CACAA---ATTAATGTC----A--ACAT-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-TA---T---TCA--------TC-G-TCATTGTT-T
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blockSeqs                     :       .                .       AATAATTACATTTGAT                                AT             G     .      . A     .          C     .   T .    .     .    .      .    . GTCA .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       ACTTTACATTTGACAT                                .              G     .      . .     .          C     .   T .    .     .    .      .    . G    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       CTTAACATTTTTAAAC                                .              G     .      . .     .          C     .   C .    .     .    .      .    . G    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       GCTTTTTCAATTAAC                                 .              G     .      . .     .          C     .   C .    .     .    .      .    . G    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       ACTTTACATTTAAC                                  .              G     .      . .     .          C     .   C .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       ACTTTACATTTAAC                                  .              G     .      . .     .          C     .   T .    .     .    .      .    . G    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       ACTTCAAATTTAAC                                  .              G     .      . .     .          C     .   T .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       ACTTTACATTTAAC                                  .              A     .      . .     .          C     .   T .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       AAC                                             .              C     .      . .     .          C     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       AC                                              .              A     .      . .     .          C     .   T .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       AC                                              .              G     .      . .     .          C     .   T .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       AC                                              .              G     .      . .     .          C     .   C .    .     .    .      .    . G    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       AC                                              .              G     .      . .     .          C     .   A .    .     .    .      .    . G    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       AC                                              .              G     .      . .     .          C     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :       .                .       GT                                              .              G     .      . .     .          G     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                        .       AC                                              .              A     .      . .     .          C     .   T .    .     .    .      .    . T    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                AT                                              .              A     .      . .     .          A     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                AC                                              .              A     .      . .     .          C     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                AC                                              .              A     .      . .     .          A     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                AT                                              .              A     .      . .     .          A     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                AC                                              .              G     .      . .     .          A     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                AT                                              .              .     .      . .     .          A     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                C                                               .              .     .      . .     .          C     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                                                                .              .     .      . .     .          G     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                                                                                     .      . .     .          A     .   A .    .     .    .      .    . A    .     .         . .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                     .      . .     .          .     .   A .    .     .    .      .    . C    .     .         . .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                     .      . .                .     .   . .    .     .    .      .    . A    .     .         . .             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CATTGT-GGGATTGGAAATTTCC-GCGAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-A-CGCCA---GCCGACGTC----A--ACNG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
finalCons                     : CATTGT-GGGATTGGAAATTTCC-GCGAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-A-CGCCA---GCCGACGTC----A--ACNG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA





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lowQualScore                  :       4                2       7777777777777777777777777777777777777777777777  000000000000   7     000000 4 8     555        33333 99  3 4    4     9999 444    9999 4 5555 444   00000000  4 4        4   5       
consensus                     : CATTGT-GGGATTGGAAATTTCC-GCGAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-A-CGCCA---GCCGACGTC----A--ACNG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
Reference ( family-617 )      : CATTGT-GGGATTGGAAATTTCC-GCGAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-A-CGCCA---GCCGACGTC----A--ACNG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15230                      : CATTGT-GGGATTGGAAATTTCC-GCGAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGAAATAC------A-A-CGCCA---GCCGACGTC----A--ACTG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATG-T-TTC-TTTCAAA
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gi|15237                      : CATTGT-GGGATTGGAAATTTCC-GCGAATTA-------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-G-CGCTAAAGGCCGACGTC----A--ACCGTTGCAGTTGTG----A---CGTC----ATCG---T---TTA--------GCGG-TCGATGTTCTTC-TTTCAA
gi|15238                      : CATTGT-GGGATTGGAAATTTC--GCAAACT--------------AATAATTACATTTGAT----------------AC------------AAAGAATAC------A-A-CACCA---GCCGACGTC----A--ACTG-TGCA-TTGTG----A---TGTC----A-CA---T---TTA--------GC-G-TCGCTGTT-TTC-TTTCAAA
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gi|15240                      : CATTGG-TGGATTAGAAAATTCC-GCGACCTGCTTTTTCAATTA-A--------------C----------------GC------------GAGAAATAT------A-G-CGCCA---GCCAACGTC----A--ACTG-TGTA-TTTTG----A---CGTC----A-GA---T---TTACCTTGTGTGC-T-TTGATTTT-TTT-TT
gi|15241                      : CATTTT-GGGATTGGGAATTTC------A----------------A--------------C----------------GC-------------AGCACTAC-------------CA---GCTT---TC----A--ACAA-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CA---T---TTA--------GT-T-TGGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15242                      :  ATTGT-GGGACTGGAAATTTTC-ACGATCTCTTAACATTTTTAAA--------------C----------------GC------------GAGAAAT-C------A-A-CGACA---ACTGACTTC----A--AATG-TGCA-TTGTG----A---CGCC----A-TA---T---TTA--------GC-G-TAGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15243                      :  ATTGT-GGGATTGGAAATT-CC-GCGAACT--------------A--------------CTTCAAATTTAAC----GT------------GAGGAATAC------A-A-CGC
gi|15244                      :    TGTAGGGATTGGAAATTTCC-GCAAACT--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATAC------A-A-CTCCA---GCCGACGTC----A--ACTG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CG---T---TTA--------GC-G-TCGATG-T-TTC-TTTCAAA
gi|15245                      :    TGT-GGGATTGGAAATTTCCTGCGAACT--------------A--------------CTTTACATTTAAC----GC------------GAG-AATAC------A-AATGCCA---GCCAACATC----A---CCG-TGCA-TTGTG----A---TGTC----A-CG---TCATTTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15246                      :       -GGGATTGGGAATTTCC-GCGAACT--------------A--------------C----------------GTTACATTTAACGTGAGGAATAC------T-A-CGCCA---CCCAATGTG----A--ACAG-TGCA-TTGTG----A---CTTC----A-CA---T---TTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15247                      :                   TTTCA-GTGAAC---------------G--------------T----------------GT------------GAG--ATAT------C-A-CACAA---ATTAATGTC----A--ACAT-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-TA---T---TCA--------TC-G-TCATTGTT-T
gi|15248                      :                             ACA--------------A--------------C----------------GC------------GAGGAATACTAGTTTA-A-AGCCA---GCCGGAGTA----A--ACAG-TGCA-CTGTGACATA---CGTC----A-TT---T---TTA--------GC-G--CGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15249                      :                                --------------A--------------T----------------GC------------AAGGAATAC------A-A-CGCCA---GCAGACGTC----A--ATTG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-TA---T---TTA--------GC-G-TAAATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15250                      :                                --------------A--------------C----------------GC------------GGTAAATAT------A-A-CGTCA---GCTGGCGTA----A--ACAG-TGCA-TTGTG----A---CGTT----A-CA---T---CTA--------AC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15251                      :                                --------------A--------------C----------------AT------------GGGAAAGAT------A-A-CGTCA---ACTGGCGTA----A--ACAG-TGCA-TTGTG----A---CGTT----A-CA---T---CTA--------AC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15252                      :                                --------------A--------------T----------------GC------------GGGAAATAT------A-A-CGTCA---GCTGGC-TA----A--ACAG-TGC--TTGTG----A---CGTT----C-CA---T---CTA--------AC-G-TCGA
gi|15253                      :                                --------------A--------------C----------------GT------------GGAAGATAT------A-A-CGTCT---ACTGGCGTA----A--ACAG-TGCA-TTGTG----A---CGTT----A-CA---T---CTA--------AC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15254                      :                                --------------A--------------T----------------GC------------GGGAAATAT------T-A-CGCAA---ATTAATGTC----A--ACAG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CA---T---TCA--------TC-G-TCATTGTT-T
gi|15255                      :                                                              ----------------GT------------GGAGAATAT------T-A-TGCTA---GCCAGCATG----A--ACAG-TGCA-TTGTG----A---CGTC----A-CA---T---TTA--------GC-T-TTGATATT-TACTTTTCAA
gi|15256                      :                                                                                                AATAT------A-A-CGTCA---GCTGGCGT-----A--ACAG-TGTC-TTG-G----A---GGTT----A-CA---T---CTA--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAA
gi|15257                      :                                                                                                AATAT------ACA-CGTCA---GC-GGCGT-----A--ACAG-TGC--TTG-G----A---GGGT----A-CA---T---T-A--------GC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA
gi|15258                      :                                                                                                   AT------A-A-CGCCA---GCC-ACGTCGTTAA--ACAG-TGCA-TTGTG----A---CGTCGATAA-TC---T---ATA--------AC-GTTCGATGTG-TTC-TTT
gi|15259                      :                                                                                                                          GGCGTA----A--ATAG-TGCA-TTGTG----A---CGTT----A-CA---T---CTA--------AC-G-TCGATGTT-TTC-TTTCAAA