lowQualScore : 3 5555555555555 111 111111111 11111111111 11111111 111111111 111111111 11 1111111 333333333333333333333333 44
lowQualScore : 3 2 33 2 33 5555 2 2 2 2 666 2 33 6666666666666 2 2 2 2 33 999 2 33 33 5 55 2 2 5 33 000 2 1 222222222 5 1 333 1 22 333 2 2 333 6 4444 22 0 00000000000 00000000 22 55 1 222 333 1 3 0 22 3333 1 888 999999 55555 5 222 1 33 22 888888888 1 1 22 777777777 1 44 333 1 33333 77 33 1 4444444 33 1 44 1 66666666 1 666666666666666666666666 3333 1 1 1 22 1 22 1 1
lowQualScore : . . .. . .. .... . . . . ... . .. ............. . . . . .. ... . .. .. . .. . . . .. ... . . ......... . . ... . .. ... . . ... . .... .. . ........... ........ .. .. . ... ... . . . .. .... . ... ...... ..... . ... . .. .. ......... . . .. ......... . .. ... . ..... .. .. . ....... .. . .. . ........ . ........................ .... . . . .. . .. . .
lowQualScore : 1 5 44 5 44 3333 5 5 5 5 777 5 44 7777777777777 5 5 5 5 44 888 5 44 44 0 99 5 5 0 11 333 1 9 111111111 7 9 333 9 66 555 0 0 555 0 2222 66 5 55555555555 22222222 33 66 7 999 888 7 3 2 33 5555 7 555 888888 88888 0 999 6 88 22 222222222 6 6 22 666666666 4 11 111 4 66666 88 44 4 3333333 44 4 88 5 77777777 5 333333333333333333333333 3333 5 5 6 22 6 55 7 9
consensus : TTTT-TTAAAACTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT-T--TACAAGAATTGATCCCAATA-AA--ATT-TAGTT-C-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-ATGAAAAAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC-AA----ACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--AATT--T-CA---TC--C-GAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AAAAC------AC-----AAG-A---GC-T--T--G---------T-G-A--GGAN--------AAA-GC--GGA--T-T-----TC-AATG--AA-A---T---AT--A-T--A-GT-A------A-AAA----AN----------TG------TTT----T-G-T-G--AC-TTTTAA-ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
Reference ( gi|4665 ) : TTTTATTAAAACTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT-T--TACAAGAATTGATCCCAATATAA--ATT-TAGTT-C-A-CT--GATAAG-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GCTGG-ATGAAAAAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC-AA----ACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--AATT--T-CA---TC--C-GAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AAAAC------AC-----AAG-A---GC-T--T--G---------T-G-A--GGAT--------AAA-GC--GGA--T-T-----TC-GATG--AA-A---T---AT--A-T--A-GT-A------A-AAA----AG----------AG------TTT----T-G-T-G--AC-TTTTAACATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4666 : TTTT-CTAAAACTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT-T--TACAAGAATTGATCCCAAT-TA-----T-TAATT-C-A-CT--GATAAA-TT-G--A--T-CAAA---TTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGA-GTGAAAAAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-A--GAAAC---TGC-AA----ACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--AATT--T-CT---TT--C-GAATCTGTC--CAA----G-AAT-A-AAAAC------AC-----AAG-A---GC-T--T--G---------T-G-A--GGAA--------AAA-GC--GGA--T-T-----TC-AATG--AA-A---T---AT--A-T--A-GT-A------A-AAA----AA----------TG------TTT----T-G-T-G--AC-TTTTA--ATTTGGC--CGCAAGT-GTA
gi|4667 : TTTT-TTAAAACTCCT-TTT--C-T---------A-T-A-T--ATTCT-T--TACAAGAATTGA---------------------T-C-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-AAGAAACAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-GA-GAAAC---TGC-AA----ACCTT--ATT-G-A---A---TCT------GAATGTAAA--AATT--T-CA---CC--C-GAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AAAAC------AC-----AAG-A---GC-T--T--G---------T-G-A--GGAT--------AAA-AC--AGA--T-T-----TC-AATA--AA-A---T---AT--A-T--A-TT-T------A-AAA----AG----------TG------TTT----T-G-T-G--AC-TTTTA--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4668 : TTTTGT-AAAATTCTT-TTC--C-T--C----T-A-T-A-T----TCT-T--TACAAGAATTGAACATAATAC-----TT-TAGTT-C-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAG--ATTG-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-AGAAAAAGT-T----T----GA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAA---TGC-AA----ACATT--ACT-G-C---T---TCT------A-ATGTTAA--AATT--T-CA---CC--T-AAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AAAAC------AT-------G-A---GT-T--C--GCA-------T-G-A--GGAT--------AAA-GT--GGA--T-T-----TA-TATT--AA-A---T---AT--A-T--T-GT-T------A-AAA----AG----------TG------TTC----T-A-C-G--AC-TTTTA--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4669 : TTTT-TTAAAAGTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T----CCT-T--TGCAAGAATTGAACATGATA-----ATT-TAGTT-C-A-CTCAGATATA-TT-C--A--T-CAAAATAGTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-AT-----------------------------C--AA---TGG-AA-GAAAC---CGC-AA----ACCTT--ATT-G-A---T---TCT------A-ATGGTAG--AATT--T-CA---TC--C-GAATCTGTC--CAG----A-AAT-A-AAA--------GC-----AAG-A---GCATA-T--G---------T-G-A--GGAT--------AAA-GC--AAA--T-T-----TC-ATTG--AA-A---T---AT--A-T--A-GT-A------T-AAA----AGTATTTTCA--AA------TTT----T-G-T-G--AC-TTTTG--ATTTTGC-ATGCAAG
gi|4670 : TTTTA--AAAACTCCC-TTTTCC-T--C----T-A-TTA-T--ATCCT-T---ACAAGAAATG----TAACATAATAAAT-TAATT-C-AACT--G-TAAA-TT-TCAA--T-CAAAAA-GTTA-A-TAA-C-ACT--G-GTTGG-ATGGAAAAT-T----T----AA-A-AAAAT-C--AA---TGG-AA--AAAC---CGC-AA----ACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGG-AA--AATT--T-CA---TC--C-AAATCAGTC--CAG-------ATGA-AAAAC------AC-----AAG-A---GC-T--T--G---------T-G-A---GAT--------AAA-GG--TGAAGT-T-----TC-AATGAAAA-A---T---AA--A-TGAA-GT-A------A-A
gi|4671 : ttTTTT-TTAAAAC--CTATTT--C-T--C----TCA-T-A-G--ATCGTAT--TACGAGAATTGA--ACGGTA-----ATTATGGTT-C---TT--TATATA-TT-C--A--T-CAAAG--GTTA-AATTATC-ACT--G-GATTG-ATAAAAAAT-T----T----TA-A-A---A-C--AAATCTGG-AA-GACAC---TGC-AA----AC--T--ACT-----------TCT------A-ATTGTAA--AATT--T-CA---TC--CGGAATCTGTC--CAG----GAAAT-A-AAAAC------ACA----AAA-A---GC-T--G--G---------T-GCC--GGAT--------AAA-GC--GGA--TCT-----TCAAATG--AA-ATTTT---AT--A-T--A-GT-A------A-AAA----TT----------TG------TTT----G-T-T-G--AC-TTTTA--ATTTGGCAACGCAAGT-
gi|4672 : TTTT-TTAAAACTC-T-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT-T--TACAAAAA-TGATCCCA----AA--ATT-TAGTT-C-A-CT--GATAAATTT-C--A--T-CAAAA--ATTA-A-TA--C-ACTCCGTGTTGA-ATACAAAAT-T----T----AACACA---T-C--AA---TAG-GA-G-AAC---TGA-AA----ACC-T--A---G-A---TTTGTCTC-----G-ATGGTAAACAACT--T-AT---TCTTC-GAATC-GTCAGCA-----G-AAT---AAAAC------AC-----AAG-A---GC-T--T--G---------T-G-A--GGA---------AAA-GC---AA--T-T-----TC-AAT---AG-A---T---AT--A-T--A-GT-A------ACAGA----AGT---------TG------TTT----T---T-G---C-CTTTAA---TTGGC-A-GCAAG
gi|4673 : TTTT-TTGAAATTCTA-TTT--C-T--C----T-A-A-AAT--ATCCT-T--TACAAGAATTGA-ACGAATA-----ACT-TAGCT-C-A-CT--GATATT-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-CAATC-ACT--G-GTTGG-ATAAAAAA--T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AG-GAAAC---TGC-AA----ACCTT--ACT-C-A---G---TC-------A-AC--CAC--AACTGAT-CA---T-----GATTTTGT----------G-AGG-A-AAAA-------------------------T--T--------------------------------AA-GC--GGA--T-T-----TC-AATA--AA-A---T---G---G-T-----T-A------A-ACA----AT----------TGT-----TTT----T-T-T-G--AC--TTTAATA--TGAC-ACACAAAT-
gi|4674 : TTTT-TTAAAACTCAA-TTT--C-G--C----T-A-T-A-T----CCT-AAATACAAGAATTGACCCTAA
gi|4676 : TTT-TTAAAAGTCCT-TTT--C-C--C----T-A-T-A-T--ATCCT-T--TACAAGAATTGATCCAAATA-----ATT-TAGTT-C-A-CT--GATAAA-AT-C--A--T-TAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-ATGAAAAAT-T----T----AA-A-A---TTC--AA---TGA-AA-GAAAC---TAC-AA----ACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--CATT--T-CA---GC--C-GAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AAAAC------AC-----AAA-A---GC-T--T--G---------T-G-A--GGAA--------AAA-GC--GGA--T-T-----TC-AATG--AA-A---T---AT--A-T--A-GT-A------A-AAA----CA----------TG------TTT----T-G-T-G--AC-TTTTA--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTAgatatatccaccaaaattaaaatgaatgaaagaaactgcaattaaaccttagtaattctaatgtcatccaaatctgtccaggaataaacacacgagagcttaaatgaggataaagcggatttcactgaaaatatatcagtaaaaagttttg
gi|4677 : TTT-TTGAAACTCTT-TTT--C-G--T----T-A-T-A-T--ATCAT-T--TACAAGAATTGA-----ACATAAT-AAT-TAGTT-C-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAATC-AAT-----TT-----------T-T----T----TA-A-A---T-C--AA---AGG-AA-GAAAC---TGC-AA----ACCCT--ACT-G-A---T---TCT------A-ATGTTAA--AAAT--T-CA---TC--T-GAATCTGTC--CAG----G-AAT---AAAAC------AC-----GAG-A---GC-T--C--G---------T-A-A--GGAT--------AAA-GC--GGA--T-T-----TC-AATG--AA-A---T---ATTCA-T--T-TT-A------A-AAC----AG----------CG------TTT----T-G-T-G--AT-TTTTA--ATTTGGC-ACACAAGT-GTA
gi|4678 : TTT-TTAAAACTTCC-TTT--C-T--CGTATT-A-T-A-T---TCCT-T--TACAAGAATTTTACCCAATA-----ATT-TAGTT-C-A-CT--GA-AAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G--TTGA-ATGAAAATT-T----C----AA-A-A---T-C--AG----GG-GA-GAAAC---TTC-AA----ACCTT--ACT-T-C---A---TCT------G-ATGG-AA--TATT--T-CA---TT--T-AAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AAAAC------AC-----AAG-A---GC-------GA--------T-G-A--GGAA--------AAA-GT---GA--T-T-----T--AATG--AA---------AT--A-T--A-GT-A------A-AAA----AG----------TG------TTT----T-G---G--AC-TTTTA--ATTTGGC-A--CAAGT-
gi|4682 : TTAAAACTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC---T--TACAAGAAT-GATCCCAATA-----ATT-TAGT--C-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAAT-T----T----TTTA-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCAAA----ACCTT--ATT-T-----T---TCG------G-ATGGTAA--AATTC-T-CA---TT--T-GGATCTGTC--CAG----G-AATCA-AAAACA-----AC-----AAGAA---GC-T--T--G---------T-G-A--GAAA--------AAG-GCG-GGA--T-T-----TC-AATG--AA-A---TTACAT--A-T--A-GT--------A-AAA----AG----------TGTT----TTT----T-G-T-G--AC-TTTCA--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4681 : TTAAAACTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC---T--TACAAGAAT-GATCCCAATA-----ATT-TAGT--C-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAAT-T----T----TTTA-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCAAA----ACCTT--ATT-T-----T---TCG------G-ATGGTAA--AATTC-T-CA---TT--T-GGATCTGTC--CAG----G-AATCA-AAAACA-----AC-----AAGAA---GC-T--T--G---------T-G-A--GAAA--------AAG-GCG-GGA--T-T-----TC-AATG--AA-A---TTACAT--A-T--A-GT--------A-AAA----AG----------TGTT----TTT----T-G-T-G--AC-TTTCA--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4679 : TTAAAACTCCT-TTT--C-TTCC----T-A-T-A-TGTATCCT-T--TACAAGAATCGAT--CA----AA--ATG-TAGTTCC-A-CT--GATTAA-TTGC--A--T-CAAAA--GTTAGA-TAATC-ACC--A-GTTGA-ATAAAGAAT-T----T----AA-A-A---T-C---G---TGG-AA-AATAT---GGCAAA----ACCTTTAACT-A---------TCT------GAATGGAAA--AATT--TCCA---TT--T-GAATCTGGT--CAG----G-AAT----AAAC------AC-----AAGAA---GC-T--T--G---------T-G-ACGGAAA--------AAA-GC---GC--T-T-----TC-AATG--AACA---A---AT----T--A-GT-A------A-AAA----------------AG------TTT--------T-G--AC-TTTTA--ATTTGCC-ACGC-CGT-GTA
gi|4680 : ttTTAAAACTCCT-TTT--CCT--C----T-AAT-A-T--ATCCT-T--TACAAG----------------A--ATT-TAGTT-CAA-CT--GATAAA-TT-C--ATTT-CAAAA--GTTT-A--AAAC-ACT--G-GTTGGAATGAAAATT-T----T----AA-A-A---T-C--
gi|4675 : tTATAA---TT-GAACT-C-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CA-------------------CT--G-ATTTT-ATATAAAAT-T----T----AA-A-----C-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC-AA----ATCTT--ACC-G-A---T---TCT------A-ATGGTA----------------------------GTC-----------AAT------AC------AC-----ATG-A---TG-T--T--G---------T-G-A--GGAT--------AAA-GT--GTA--T-T-----TC-AATG--AA-A---T---AC--A-T--
gi|4684 : ttttttaaaactctacttctc--G-GTTGA-ATGAAAAAT-TGTTTC----CA-A-A---T-T--A----TGGTAA---------TG---A----ACCTC--ATTTA-A---T---TCTTCATTTA-GTAGTAA--ATTT--T-CA---TT--C-ATATCAGAC--CAC----G-TAT-G-ATCTT------GG-----AAG-A----C-T--C--GCA-------T-G-A--AGAA--------AAAAGCATGGT--T-T-----TC-AATG--AA-A-------AC--A-T--G-GTGA------A-AAA----AT----------TG------TGG----T-G-T-G--AC-CTTTAA--TTTGGC-ACGTA
gi|4685 : --G-GTTGA-ATAAAAAAT-TGTTTC----AA-A-A---T-T--AT---TGT-AATGAAGC---C-C-AT----TCATT--TCT-TCA---T---T-T------A-GTGGTCA--ATTT--T-CA---TT--C-ATATC--------A----G-AAC-A-AATAT---------------G-A---TC-T--T--GAGTCTCATTT-G-A--AAA---------AAA-ACATGGT--T-T-----TC-ATTG--AA-A---A---AC--A-T--A-GT-G------A-AAA----TT-----------G------CTG----T-G-T-G--AC-CTTTAA--TTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4686 : TGA-ATGAAGAAT-TGCT-TCCAAAA-A-A---T-CGTAA---TG------AAACCCATTC-AA----TTCTT---C----A---T---T-T------A-CTGGTAA--GTTT--T-CA---TT--C-ATATC----------------------AAA-------AC-----AAG-A---CC-T--T--GGGCTCGTT-T-G-A--AAAA--------AAT-GT--GGT--T-T-----TC-AATG--AA-A---A---ACC-A-T--A-GT-G------A-AAA----AT----------TA------TTG----T-G-T-G--AC-TTTTA--ATTT--------AAGT-GTA
gi|4674 : tAAAAT-T---------AA-A-A---T-G--AA---TGA-AA-GAAAC---TGC-AATTAAACCTT--AGT-A-A---T---TCT------A-ATG------------T-CA---TC--C-AAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AACAC------AC-----GAG-A---GC-T--TAAA---------T-G-A--GGAT--------AAA-GC--GGA--T-T-----TC-ACTGA-AA-A---T---AT--A-TC-A-GT-A------A-AA-----------------AG------TTT----T-G-
gi|4683 : ttttttaaaactcaatttcgctatatcctaaatacaagaattgaccctaagatatatccaccAATAT----T----AA-A-A---T-T--AT---TGG-AA-GAAAC---TGC-AA----ACATT--G-T-G-AAAGC---TATATA---G-ATG--AG--AATT--T-CAATGCG--C-GAATCTG-C--CAGTAAAG-AAT-AGAAAAT------AT-----GAG-A---GT-T--T--G---------T-G-A--GAATA-------AAA-GC--GGA--T-TTCCGATC-AATG--AA-A---TA--AT--ACT--A-AT-ATTACGTA-AAT----AT----------AGTTAATTTTT----T-GTT-G--AC-CTT-----TTTAG---CGCAAGC-GT
gi|4687 : gttaaaacccttttgatacCTT--CTT-C-A---T---TTT------G--TGGTAA--ATTT--T-CA---TT--T-ATATC--------G----G-AAC-A-AATATGATCTTAG-----AAG-A----C-TCAT--T---------T-G-A--AAA---------AAC-AT--GGT--T-T-----TC-AATG--AA-A---A---AC--A-T--A-GT-G------A-AAA----A-------------------TTG----T-G-T-G--AC-CTTTAA--TTTGGC-ACGTAAGT-AT
gi|4688 : -G-A---T---TAT------G-ATGGTAA--CATT--T-CA---CC--C-GAATCTGTC--CAG----G-AAT-A-AACAC------AC-----AAG-A---GC-T--C--G---------T-G-A--GGAA--------AAA-GC--GAA--T-T-----TC-AATG--TA-A---T---AT--A-T--A-GT-A------A-AAA----CG----------TG------TTT----T-G-T-G--AC-TTT
gi|4689 : ---TTT------G-GGGGTAA--ATTT--T-CA---TT--C-AAA---G----CAG--------------AAC------AA-----ATG-A---CC-T--T--G---------GAG-A--GGACCATTTTAAAAA-ACA-GGT--T-T-----TC-AATG--AA-A-------A---A-T--A-GT-A------G-GAA----AA----------AT------TTT----T-G-T-GTGACCTTTTAA-ATTTGGC-ATGTAAGTAGTA
gi|4690 : TGGTAT--ATTT--T-CA---TT--C---AT-TATC---AG----A-AAC-A-AATATT-----ATCTTGGAAG-ACTCGA-T--T--T---------T-G-A--AAA---------AAA-ACATGGT--T-T-----TC-AATG--AA-A---A---AT--A-T--A-GT-G------A-AAATTTTGGTTTGTGACTTAA------TTTGGCAT-G-T-G--AC-CTTTA--ATTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4692 : -T--T--T---------T-G-A--AAAA--------AAC-AT--GGT--T-T-----TC-AATG--AA-A-------AT--A-TT-A-GT-G------A-AAA----AT----------TG------TTT----TTG-TTG--AC-CTTTAA--TTTGGC-ACGTAAGT-
gi|4694 : GAA--------AAA-ACATGGT--T-T-----TA-AATA--AA-A---A---AT--A-C--A-GT-G------A-AAA----AT----------TG------TTG----T-G-T-G--AA-CTTTAA--TTTGGC-ACGTAAGT-GT
gi|4691 : --------AAA-GT--GGT--T-T-----TC-AATG--AA-A---A---AC--A-T--A-GT-G------A-AAA----AT----------TG------CTG----T-G-T-G--AC-CTTTAA--TTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4693 : cttggaaa--------AAA-ACATGGT--T-T-----TC-AATG--AA-A-------AT--T-T--AAGT-G------A-AAA----AT----------TG------TTG----T-G-T-G--AC-CTTTAA--TTTGGC-ACGTAAGT-GTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333 1111 111111111 1111 2
lowQualScore : 2 2 2 33 2 33 4444 2 2 2 2 33 55 2 444444444444 2 2 4 33 1 2 2 33 77 55 2 22 4 22 33 1 0 1 0000 3333 5 1 333 1 22 333 1 1 333 9999 22 8888888 222 999999 1 22 1 55 1 222 333 1 2 5555 1 777 4 44444 4 444 1 1 22 666666666 1 33 55555555 9999999999 4 99 22 1 33333 1 33 1 2222 333 1 44 6666 55555555 888888888 55555555 77 3 1 1 6 1 1 1
lowQualScore : . . . .. . .. .... . . . . .. .. . ............ . . . .. . . . .. .. .. . .. . .. .. . . . .... .... . . ... . .. ... . . ... .... .. ....... ... ...... . .. . .. . ... ... . . .... . ... . ..... . ... . . .. ......... . .. ........ .......... . .. .. . ..... . .. . .... ... . .. .... ........ ......... ........ .. . . . . . . .
lowQualScore : 2 2 2 11 2 11 7777 2 2 2 2 22 66 4 111111111111 2 2 4 11 1 2 2 11 55 00 1 99 2 66 44 8 8 8 9999 9999 5 8 222 8 55 333 9 9 333 8888 55 9999999 999 444444 7 22 6 44 6 888 222 6 8 6666 6 888 8 00000 8 444 5 5 00 222222222 4 44 00000000 2222222222 1 88 22 4 44444 4 33 4 1111 333 4 77 0000 22222222 111111111 44444444 00 0 5 5 2 6 6 9
consensus : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA-A--TT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--AT--CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-ATGAAAAAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--AA-TT--T-CA---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA-A--------AAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-AT---AT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTTTG-TG-A-CTTTT-A-ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
Reference ( family-616 ) : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA-AAATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--AT--CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-ATGAAAAAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--AA-TT--T-CA---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA-N--------AAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-AT---AT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTTTG-TG-A-CTTTTAA-ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4665 : TTTTATTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATATAAATT-TAGTTC-A-CT--GATAAG-TT-C--AT--CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GCTGG-ATGAAAAAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--AA-TT--T-CA---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA-T--------AAA-GC--GGA-T-T-----TCGA-TG--AA-AT---AT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------AGA--------G--TTTTG-TG-A-CTTTTAACATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4666 : TTTT-CTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATT-A---T-TAATTC-A-CT--GATAAA-TT-G--AT--CAAA---TTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGA-GTGAAAAAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-A--GAAAC---TGC----AAACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--AA-TT--T-CT---TT--CG-AATCTGTCCAA----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA-A--------AAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-AT---AT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------AAT--------G--TTTTG-TG-A-CTTTT-A-ATTTGGC--CGCAAGT-GTA
gi|4667 : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T---------A-T-A-T--ATTCT--TTACAAGAATTG-ATC--------------------A-CT--GATAAA-TT-C--AT--CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-AAGAAACAT-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-GA-GAAAC---TGC----AAACCTT--ATT-G-A---A---TCT------G-AATGTAA--AAATT--T-CA---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA-T--------AAA-AC--AGA-T-T-----TCAA-TA--AA-AT---AT--A-T--ATT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTTTG-TG-A-CTTTT-A-ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4668 : TTTT-GTAAAA-TTCTT-TTC--C-T--C----T-A-T-A-T----TCT--TTACAAGAATTG-AACATAATA-C--TT-TAGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--AT--CAAAG--ATTG-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-AGAAAAAGT-T----T----GA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAA---TGC----AAACATT--ACT-G-C---T---TCT------A-ATGTTAA--AA-TT--T-CA---CC--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AT-------G-A---GT-T-C--GCA-------T-GA--G--------GA-T--------AAA-GT--GGA-T-T-----TATA-TT--AA-AT---AT--A-T--TGT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTCTA-CG-A-CTTTT-A-ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4669 : TTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T----CCT--TTGCAAGAATTG-AACATGATA-A--TT-TAGTTC-A-CTCAGATATA-TT-C--AT--CAAAATAGTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-AT-----------------------------C--AA---TGG-AA-GAAAC---CGC----AAACCTT--ATT-G-A---T---TCT------A-ATGGTAG--AA-TT--T-CA---TC--CG-AATCTGTCCAG----AAA-T-A-AAA---GC-----AAG-A---GCATAT--G---------T-GA--G--------GA-T--------AAA-GC--AAA-T-T-----TCAT-TG--AA-AT---AT--A-T--AGT-A--T--------AAA-------AGTATTTTCAAA--TTTTG-TG-A-CTTTT-G-ATTTTGC-ATGCAAG
gi|4670 : TTTT-TTAAAAACTCCC-TTTTCC-T--C----T-A-TTA-T--ATCCT--T-ACAAGAAATGTAACATAATA-AA--T-TAATTC-AACT--G-TAAA-TT-TCAAT--CAAAAA-GTTA-A-TAA-C-ACT--G-GTTGG-ATGGAAAAT-T----T----AA-A-AAAAT-C--AA---TGG-AA--AAAC---CGC----AAACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGG-AA--AA-TT--T-CA---TC--CA-AATCAGTCCAG------A-TGA-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AT-A--------AAG-GT--GAAGT-T-----TCAA-TGAAAA-AT---AA--A-TGAAGT-A--A--------A
gi|4671 : TTTT-TTAAAA-C--CTATTT--C-T--C----TCA-T-A-G--ATCGTA-TTACGAGAATTG-A--ACGGTA-A--TTATGGTTC---TT--TATATA-TT-C--AT--CAAAG--GTTA-AATTATC-ACT--G-GATTG-ATAAAAAAT-T----T----TA-A-A---A-C--AAATCTGG-AA-GACAC---TGC----AAAC--T--ACT-----------TCT------A-ATTGTAA--AA-TT--T-CA---TC--CGGAATCTGTCCAG----GAAAT-A-AAAAC-AC-----AAA-AA--GC-T-G--G---------T-GCC-G--------GA-T--------AAA-GC--GGA-TCT-----TCAAATG--AA-ATTTTAT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------TTT--------G--TTTGT-TG-A-CTTTT-A-ATTTGGCAACGCAAGT-
gi|4672 : TTTT-TTAAAA-CTC-T-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAAAA-TG-ATCCC---A-AAATT-TAGTTC-A-CT--GATAAATTT-C--AT--CAAAA--ATTA-A-TA--C-ACTCCGTGTTGA-ATACAAAAT-T----T----AACACA---T-C--AA---TAG-GA-G-AAC---TGA----AAACC-T--A---G-A---TTTGTCTC-----G-ATGGTAAACAA-CT--T-AT---TCTTCG-AATC-GT-CAGCA--GAA-T---AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA----------AAA-GC---AA-T-T-----TCAA-T---AG-AT---AT--A-T--AGT-AACA--------GAA-------GTT--------G--TTTT--TG---CCTTTAA---TTGGC-A-GCAAG
gi|4673 : TTTT-TTGAAA-TTCTA-TTT--C-T--C----T-A-A-AAT--ATCCT--TTACAAGAATTG-A-ACGAATA-A--CT-TAGCTC-A-CT--GATATT-TT-C--AT--CAAAA--GTTA-A-CAATC-ACT--G-GTTGG-ATAAAAAA--T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AG-GAAAC---TGC----AAACCTT--ACT-C-A---G---TC-------A-AC--CAC--AA-CTGAT-CA---T----G-ATTTTGT--------GAG-G-A-AAAA--------------------T-T----------------------------------------AA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TA--AA-AT---G---G-T----T-A--A--------ACA-------ATT--------GT-TTTTT-TG-A-CTTT--A-ATATGAC-ACACAAAT-
gi|4674 : TTTT-TTAAAA-CTCAA-TTT--C-G--C--------T-A-T--ATCCTAAATACAAGAATTG-ACCCTAA----------------------GATATA-TC-C--AC--CAAAA---TTA-A------------------A-ATGA-------------------------------A---TGA-AA-GAAAC---TGCAATTAAACCTT--AGT-A-A---T---TCT------A-ATG-------------T-CA---TC--CA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----GAG-A---GC-T-TAAA---------T-GA--G--------GA-T--------AAA-GC--GGA-T-T-----TCAC-TGA-AA-AT---AT--A-TC-AGT-A--A--------AAA------------------G--TTTTG-
gi|4675 : TTTT-TTAAAA-CTCTA-CTT--C-T--C----T-A-T-A-
gi|4675 : TA-TAATT-GAACTC-A-CT--GATATA-TT-C--AT--CA-------------------CT--G-ATTTT-ATATAAAAT-T----T----AA-A-----C-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAATCTT--ACC-G-A---T---TCT------A-ATGGTA-----------------------------GTC--------AA-T------AC-AC-----ATG-A---TG-T-T--G---------T-GA--G--------GA-T--------AAA-GT--GTA-T-T-----TCAA-TG--AA-AT---AC--A-T--attgaactcactgatatattcatcactgattttatataaaatttaaaccaatggaagaaactgcaaatcttaccgattctaatggtagtcaatacacatgatgttgtgaggataaagtgtatttcaatgaaatacat
gi|4676 : ttttttaaaactctacttctcTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-C--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCAAATA-A--TT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-AT-C--AT--TAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G-GTTGG-ATGAAAAAT-T----T----AA-A-A---TTC--AA---TGA-AA-GAAAC---TAC----AAACCTT--ACT-G-A---T---TCT------G-ATGGTAA--CA-TT--T-CA---GC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAA-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA-A--------AAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-AT---AT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------CAT--------G--TTTTG-TG-A-CTTTT-A-ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4677 : TTT-TTGAAA-CTCTT-TTT--C-G--T----T-A-T-A-T--ATCAT--TTACAAGAATTG-AACATAATA-A---T-TAGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--AT--CAAAA--GTTA-A-TAATC-AAT-----TT-----------T-T----T----TA-A-A---T-C--AA---AGG-AA-GAAAC---TGC----AAACCCT--ACT-G-A---T---TCT------A-ATGTTAA--AA-AT--T-CA---TC--TG-AATCTGTCCAG----GAA-T---AAAAC-AC-----GAG-A---GC-T-C--G---------T-AA--G--------GA-T--------AAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-AT---ATTCA-T--TTT-A--A--------AAC-------AGC--------G--TTTTG-TG-A-TTTTT-A-ATTTGGC-ACACAAGT-GTA
gi|4678 : TTT-TTAAAA-CTTCC-TTT--C-T--CGTATT-A-T-A-T---TCCT--TTACAAGAATTT-TACCCAATA-A--TT-TAGTTC-A-CT--GA-AAA-TT-C--AT--CAAAA--GTTA-A-TAATC-ACT--G--TTGA-ATGAAAATT-T----C----AA-A-A---T-C--AG----GG-GA-GAAAC---TTC----AAACCTT--ACT-T-C---A---TCT------G-ATGG-AA--TA-TT--T-CA---TT--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC------GA--------T-GA--G--------GA-A--------AAA-GT---GA-T-T-----T-AA-TG--AA------AT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------AGT--------G--TTTTG--G-A-CTTTT-A-ATTTGGC-A--CAAGT-
gi|4679 : TT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-TTCC----T-A-T-A-TGTATCCT--TTACAAGAATCG-ATC-----A-AAATG-TAGTTCCA-CT--GATTAA-TTGC--AT--CAAAA--GTTAGA-TAATC-ACC--A-GTTGA-ATAAAGAAT-T----T----AA-A-A---T-C---G---TGG-AA-AATAT---GGCA---AAACCTTTAACT-A---------TCT------GAATGGAAA--AA-TT--TCCA---TT--TG-AATCTGGTCAG----GAA-T----AAAC-AC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GACGG--------AA-A--------AAA-GC---GC-T-T-----TCAA-TG--AACAA---AT----T--AGT-A--A--------AAA-------A----------G--TTT---TG-A-CTTTT-A-ATTTGCC-ACGC-CGT-GTA
gi|4680 : T-TTAAAA-CTCCT-TTT--CCT--C----T-AAT-A-T--ATCCT--TTACAAGAATT------------------TAGTTC-AACT--GATAAA-TT-C--ATTTCAAAA--GTTT-A--AAAC-ACT--G-GTTGGAATGAAAATT-T----T----AA-A-A---T-C--
gi|4681 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA-A--TT-TAGT-C-A-CT--GGTAAA-TT-C--CTG-CAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAAT-T----T----TTTA-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAACCTT--ATT-T-----T---TCG------G-ATGGTAA--AA-TTC-T-CA---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA-A--------AAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-ATTACAT--A-T--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTTTG-TG-A-CTTTC-A-ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4682 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA-A--TT-TAGT-C-A-CT--GGTAAA-TT-C--CTG-CAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAAT-T----T----TTTA-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAACCTT--ATT-T-----T---TCG------G-ATGGTAA--AA-TTC-T-CA---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA-A--------AAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-ATTACAT--A-T--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTTTG-TG-A-CTTTC-A-ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4683 : --GTTA-A--AACC--CT-----TTTG-AT--ACAATAT----T----AA-A-A---T-T--AT---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAACATT--G-T-G-AAAGC---TATATA---G-ATG--AG--AA-TT--T-CAATGCG--CG-AATCTG-CCAGTAAAGAA-T-AGAAAAT-AT-----GAG-A---GT-T-T--G---------T-GA--G--------AATA--------AAA-GC--GGA-T-TTCCGATCAA-TG--AA-AT---A---A-T--ACT-A--ATATTACGTAAATATAGTTAAT--------T--TTTTGTTG-A-CCTT-----TTTAG---CGCAAGC-GT
gi|4684 : --G-GTTGA-ATGAAAAAT-TGTTTC----CA-A-A---T-T--A----TGGTAA---------TG------AACCTC--ATTTA-A---T---TCTTCATTTA-GTAGTAA--AT-TT--T-CA---TT--CA-TATCAGACCAC----GTA-T-G-ATCTT-GG-----AAG-A----C-T-C--GCA-------T-GA--A--------GA-A--------AAAAGCATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A----AC--A-T--GGTGA--A--------AAA-------ATT--------G--TGGTG-TG-A-CCTTT-A-ATTTGGC-ACGTA
gi|4685 : --G-GTTGA-ATAAAAAAT-TGTTTC----AA-A-A---T-T--AT---TGT-AATGAAGC---C-C----ATTCATT--TCT-TCA---T---T-T------A-GTGGTCA--AT-TT--T-CA---TT--CA-TATC------A----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--GAGTCTCATTT-GA--A--------AA-A--------AAACAT--GGT-T-T-----TCAT-TG--AA-AA---AC--A-T--AGT-G--A--------AAA--------TT--------G--CTGTG-TG-A-CCTTTAA--TTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4686 : TTGA-ATGAAGAAT-TGCT-TCCAAAA-A-A---T-CGTAA---TG------AAACCCATTC----AATTCTT---C----A---T---T-T------A-CTGGTAA--GT-TT--T-CA---TT--CA-TATC--------------------AAA--AC-----AAG-A---CC-T-T--GGGCTCGTT-T-GA--A--------AA-A--------AAT-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-AA---ACC-A-T--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------A--TTGTG-TG-A-CTTTT-A-ATTT--------AAGT-GTA
gi|4687 : CTT--CTT-C-A---T---TTT------G--TGGTAA--AT-TT--T-CA---TT--TA-TATC------G----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--A---------G-AA--GACTCATTTGA-A--------AAA-ACATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-AA---AC--A-T--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--T---G-TG-A-CCTTTAA--TTTGGC-ACGTAAGT-AT
gi|4688 : -G-A---T---TAT------G-ATGGTAA--CA-TT--T-CA---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----AAG-A---GC-T-C--G---------T-GA--G--------GA-A--------AAA-GC--GAA-T-T-----TCAA-TG--TA-AT---AT--A-T--AGT-A--A--------AAA-------CGT--------G--TTTTG-TG-A-CTTT
gi|4689 : ---TTT------G-GGGGTAA--AT-TT--T-CA---TT--CA-AA---G--CAG--------------AAC-AA-----ATG-A---CC-T-T--G---------GAGA--G--------GA-CCATTTTAAAAA-ACA-GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A----A---A-T--AGT-AGGA--------AAA-------ATT--------T--TTGTG-TG-ACCTTTTAA-ATTTGGC-ATGTAAGTAGTA
gi|4690 : TGGTAT--AT-TT--T-CA---TT--C---AT-TATC-AG----AAA-C-A-AATATTATCTTGGAAG-ACTCGA-T-T--T---------T-GA--A--------AA-A--------AAACAT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-AA---AT--A-T--AGT-G--A--------AAAT------TTT--------G--GTTTG-TG-A-CTT---A-ATTTGGC-ATG
gi|4691 : C-T-T--G---------------G--------AA-A--------AAA-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-AA---AC--A-T--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--CTGTG-TG-A-CCTTT-A-ATTTGGC-ACATAAGT-GTAtgacctttaatttggcacataagtgta
gi|4692 : -T-T--T---------T-GA--A--------AA-A--------AAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A----AT--ATT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------GT-TTTTGTTG-A-CCTTT-A-ATTTGGC-ACGTAAGT-
gi|4693 : ---------T-GA--A--------AA-A--------AAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A----AT--T-TA-AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTGTG-TG-A-CCTTT-A-ATTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4694 : --------GA-A--------AAA-ACATGGT-T-T-----TAAA-TA--AA-AA---AT--A-C--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTGTG-TGAA-CTTT--A-ATTTGGC-ACGTAAGT-GT
Alignments
lowQualScore : 1111 111111111 11111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 33 4444 2 2 2 2 33 55 2 5 66 1 333 22 0 4 2 33 1 2 2 33 33 4 55 2 22 4 22 33 1 0 3 1 0000 3333 1 1 333 1 22 333 1 1 333 7777 1 22 8888888 222 999999 1 22 1 55 1 222 333 1 2 5555 1 777 4 44444 4 444 1 1 22 666666666 1 33 55555555 66666666 4 99 22 1 33333 1 33 1 11111 333 44 6666 55555555 888888888888888888 55 9999999999999999 1 1 1 22 22 1 1
lowQualScore : . . . .. . .. .... . . . . .. .. . . .. . ... .. . . . .. . . . .. .. . .. . .. . .. .. . . . . .... .... . . ... . .. ... . . ... .... . .. ....... ... ...... . .. . .. . ... ... . . .... . ... . ..... . ... . . .. ......... . .. ........ ........ . .. .. . ..... . .. . ..... ... .. .... ........ .................. .. ................ . . . .. .. . .
lowQualScore : 2 2 2 11 2 11 7777 2 2 2 2 22 66 4 8 22 8 999 77 8 4 2 11 1 2 2 11 11 4 00 1 99 2 66 44 8 8 6 8 9999 9999 8 8 222 8 55 333 9 9 333 9999 9 55 9999999 999 444444 6 22 6 44 6 888 222 6 8 6666 6 888 8 00000 8 444 5 5 00 222222222 4 44 00000000 44444444 1 88 22 4 44444 4 33 4 88888 333 77 0000 22222222 444444444444444444 66 8888888888888888 5 5 5 22 22 6 8
consensus : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
Reference ( family-616 ) : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4665 : TTTTATTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATATAAATT-TAGTTC-A-CT--GATAAG-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GCTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCGA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AGA--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--AACATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4666 : TTTT-CTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATT---ATT--AATTC-A-CT--GATAAA-TT-G--A--T-CAAA---TTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGA-GTGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-A--GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-T---TT--CG-AATCTGTCCAA----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AAT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC--CGCAAGT-GTA
gi|4667 : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T---------A-T-A-T--ATTCT--TTACAAGAATTG-ATC--------------------A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AAGAAACA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-GA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ATT-G-A---A---TCT------GA-ATGTAA--AAATT--TC-A---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-AC--AGA-T-T-----TCAA-TA--AA-A-T---AT--AT--ATT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4668 : TTTT-GTAAAA-TTCTT-TTC--C-T--C----T-A-T-A-T----TCT--TTACAAGAATTG-AACATAATA---CTT-TAGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAG--ATTG-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AGAAAAAG-T-T----T----GA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAA---TGC----AAA-CATT--ACT-G-C---T---TCT------AA-TGTTAA--AA-TT--TC-A---CC--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AT-------G-A---GT-T-C--GCA-------T-GA--G--------GA--------TAAA-GT--GGA-T-T-----TATA-TT--AA-A-T---AT--AT--TGT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTC----------------T-A-C-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4669 : TTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T----CCT--TTGCAAGAATTG-AACATGATA---ATT-TAGTTC-A-CTCAGATATA-TT-C--A--T-CAAAATAGTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AT------------------------------C--AA---TGG-AA-GAAAC---CGC----AAA-CCTT--ATT-G-A---T---TCT------AA-TGGTAG--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----AAA-T-A-AAA---GC-----AAG-A---GCATAT--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--AAA-T-T-----TCAT-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--T--------AAA-------AGTATTTTCAAA--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--G--ATTTTGC-ATGCAAG
gi|4670 : TTTT-TTAAAAACTCCC-TTTTCC-T--C----T-A-TTA-T--ATCCT--T-ACAAGAAATGTAACATAATA---AAT-TAATTC-AACT--G-TAAA-TT-TCAA--T-CAAAAA-GTTA-A-TAA--CACT--G-GTTGG-ATGGAAAA-T-T----T----AA-A-AAAAT-C--AA---TGG-AA--AAAC---CGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGG-AA--AA-TT--TC-A---TC--CA-AATCAGTCCAG------A-TGA-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AT--------AAAG-GT--GAAGT-T-----TCAA-TGAAAA-A-T---AA--ATGAAGT-A--A--------A
gi|4671 : TTTT-TTAAAA-C--CTATTT--C-T--C----TCA-T-A-G--ATCGTA-TTACGAGAATTG-A--ACGGTA---ATTATGGTTC---TT--TATATA-TT-C--A--T-CAAAG--GTTA-AATTAT-CACT--G-GATTG-ATAAAAAA-T-T----T----TA-A-A---A-C--AAATCTGG-AA-GACAC---TGC----AAA-C--T--ACT-----------TCT------AA-TTGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CGGAATCTGTCCAG----GAAAT-A-AAAAC-AC-----AAA-AA--GC-T-G--G---------T-GCC-G--------GA--------TAAA-GC--GGA-TCT-----TCAAATG--AA-A-TTTTAT--AT--AGT-A--A--------AAA-------TTT--------G--TTT----------------G-T-T-GACTTTT--A--ATTTGGCAACGCAAGT-
gi|4672 : TTTT-TTAAAA-CTC-T-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAAAA-TG-ATCCCAA-A---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAATTT-C--A--T-CAAAA--ATTA-A-TA---CACTCCGTGTTGA-ATACAAAA-T-T----T----AACACA---T-C--AA---TAG-GA-G-AAC---TGA----AAA-CC-T--A---G-A---TTTGTCTC-----GA-TGGTAAACAA-CT--TA-T---TCTTCG-AATC-GT-CAGCA--GAA-T---AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------G---------AAAA-GC---AA-T-T-----TCAA-T---AG-A-T---AT--AT--AGT-AACA--------GAA-------GTT--------G--TTT----------------T---T-G-CCTTT--A--A-TTGGC-A-GCAAG
gi|4673 : TTTT-TTGAAA-TTCTA-TTT--C-T--C----T-A-A-AAT--ATCCT--TTACAAGAATTG-A-ACGAATA---ACT-TAGCTC-A-CT--GATATT-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-CAAT-CACT--G-GTTGG-ATAAAAAA---T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AG-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-C-A---G---TC-------AA-C--CAC--AA-CTGATC-A---T----G-ATTTTGT--------GAG-G-A-AAAA--------------------T-T---------------------------------------AA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TA--AA-A-T---G---GT----T-A--A--------ACA-------ATT--------GT-TTT----------------T-T-T-GAC-TTT--A--ATATGAC-ACACAAAT-
gi|4674 : TTTT-TTAAAA-CTCAA-TTT--C-G--C--------T-A-T--ATCCTAAATACAAGAATTG-ACCCTAA----------------------GATATA-TC-C--A--C-CAAAA---TTA-A------------------A-ATGA--------------------------------A---TGA-AA-GAAAC---TGCAATTAAA-CCTT--AGT-A-A---T---TCT------AA-TG-------------TC-A---TC--CA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----GAG-A---GC-T-TAAA---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCAC-TGA-AA-A-T---AT--ATC-AGT-A--A--------AAA------------------G--TTT----------------T-G-
gi|4675 : TTTT-TTAAAA-CTCTA-CTT--C-T--C----T-A-T-A-
gi|4675 : TCTCTATA---ATT-GAACTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CA-------------------CT--G-ATTTT-ATATAAAA-T-T----T----AA-A-----C-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-TCTT--ACC-G-A---T---TCT------AA-TGGTA-----------------------------GTC--------AA-T------AC-AC-----ATG-A---TG-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GT--GTA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AC--AT--attgaactcactgatatattcatcactgattttatataaaatttaaaccaatggaagaaactgcaaatcttaccgattctaatggtagtcaatacacatgatgttgtgaggataaagtgtatttcaatgaaatacat
gi|4676 : ttttttaaaactctactTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-C--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCAAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-AT-C--A--T-TAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---TTC--AA---TGA-AA-GAAAC---TAC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--CA-TT--TC-A---GC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAA-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------CAT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4677 : TTT-TTGAAA-CTCTT-TTT--C-G--T----T-A-T-A-T--ATCAT--TTACAAGAATTG-AACATAATA---ATT--AGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CAAT-----TT------------T-T----T----TA-A-A---T-C--AA---AGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCCT--ACT-G-A---T---TCT------AA-TGTTAA--AA-AT--TC-A---TC--TG-AATCTGTCCAG----GAA-T---AAAAC-AC-----GAG-A---GC-T-C--G---------T-AA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---ATTCAT--TTT-A--A--------AAC-------AGC--------G--TTT----------------T-G-T-GATTTTT--A--ATTTGGC-ACACAAGT-GTA
gi|4678 : TTT-TTAAAA-CTTCC-TTT--C-T--CGTATT-A-T-A-T---TCCT--TTACAAGAATTT-TACCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GA-AAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G--TTGA-ATGAAAAT-T-T----C----AA-A-A---T-C--AG----GG-GA-GAAAC---TTC----AAA-CCTT--ACT-T-C---A---TCT------GA-TGG-AA--TA-TT--TC-A---TT--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC------GA--------T-GA--G--------GA--------AAAA-GT---GA-T-T-----T-AA-TG--AA-------AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AGT--------G--TTT----------------T-G---GACTTTT--A--ATTTGGC-A--CAAGT-
gi|4679 : TT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-TTCC----T-A-T-A-TGTATCCT--TTACAAGAATCG-ATC--AA-A---ATG-TAGTTCCA-CT--GATTAA-TTGC--A--T-CAAAA--GTTAGA-TAAT-CACC--A-GTTGA-ATAAAGAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--G----TGG-AA-AATAT---GGC----AAAACCTTTAACT-A---------TCT------GAATGGAAA--AA-TT--TCCA---TT--TG-AATCTGGTCAG----GAA-T----AAAC-AC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GACGG--------AA--------AAAA-GC---GC-T-T-----TCAA-TG--AACA-A---AT---T--AGT-A--A--------AAA-------A----------G--TTT--------------------T-GACTTTT--A--ATTTGCC-ACGC-CGT-GTA
gi|4680 : T-TTAAAA-CTCCT-TTT--CCT--C----T-AAT-A-T--ATCCT--TTACAAG--------------A---ATT-TAGTTCAA-CT--GATAAA-TT-C--ATTT-CAAAA--GTTT-A--AAA-CACT--G-GTTGGAATGAAAAT-T-T----T----AA-A-A---T-C--
gi|4681 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA---ATT-TAG-TC-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAATT-T----T----TT-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAA-CCTT--ATT-T-----T---TCG------GA-TGGTAA--AA-TTC-TC-A---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA--------AAAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-TTACAT--AT--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTT----------------T-G-T-GACTTTC--A--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4682 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA---ATT-TAG-TC-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAATT-T----T----TT-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAA-CCTT--ATT-T-----T---TCG------GA-TGGTAA--AA-TTC-TC-A---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA--------AAAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-TTACAT--AT--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTT----------------T-G-T-GACTTTC--A--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4683 : --GTTA-A--AAC-C-CT-----TTTG-AT--ACAA-TAT----T----AA-A-A---T-T--AT---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CATT--G-T-G-AAAGC---TATATA---GA-TG--AG--AA-TT--TC-AATGCG--CG-AATCTG-CCAGTAAAGAA-T-AGAAAAT-AT-----GAG-A---GT-T-T--G---------T-GA--G--------AAT-------AAAA-GC--GGA-T-TTCCGATCAA-TG--AA-A-T---A---AT--ACT-A--ATATTACGTAAATATAGTTAAT--------T--TTT----------------T-GTT-GACCTT-------TTTAG---CGCAAGC-GT
gi|4684 : --G-GTTGA-ATGAAAAA-T-TGTTTC----CA-A-A---T-T--A----TGGTAA---------TG------AA-CCTC--ATTTA-A---T---TCTTCATTTAG-TAGTAA--AT-TT--TC-A---TT--CA-TATCAGACCAC----GTA-T-G-ATCTT-GG-----AAG-A----C-T-C--GCA-------T-GA--A--------GA--------AAAAAGCATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----AC--AT--GGTGA--A--------AAA-------ATT--------G--TGG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTA
gi|4685 : --G-GTTGA-ATAAAAAA-T-TGTTTC----AA-A-A---T-T--AT---TGT-AATGAAGC---C-C----ATT-CATT--TCT-TCA---T---T-T------AG-TGGTCA--AT-TT--TC-A---TT--CA-TATC------A----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--GAGTCTCATTT-GA--A--------AA--------AAAACAT--GGT-T-T-----TCAT-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA--------TT--------G--CTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4686 : TTGA-ATGAAGAA-T-TGCT-TCCAAAA-A-A---T-CGTAA---TG------AAACCCATTC----AAT-TCTT---C----A---T---T-T------AC-TGGTAA--GT-TT--TC-A---TT--CA-TATC--------------------AAA--AC-----AAG-A---CC-T-T--GGGCTCGTT-T-GA--A--------AA--------AAAT-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---ACC-AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------A--TTG----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTT--------AAGT-GTA
gi|4687 : CTT--CTT-C-A---T---TTT------G--TGGTAA--AT-TT--TC-A---TT--TA-TATC------G----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--A---------G-AA--GACTCATTTGA--------AAAA-ACATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G---------------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-AT
gi|4688 : -G-A---T---TAT------GA-TGGTAA--CA-TT--TC-A---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----AAG-A---GC-T-C--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GAA-T-T-----TCAA-TG--TA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------CGT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTT
gi|4689 : ---TTT------GG-GGGTAA--AT-TT--TC-A---TT--CA-AA---G--CAG--------------AAC-AA-----ATG-A---CC-T-T--G---------GAGA--G--------GACCATTTTAAAAA-ACA-GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----A---AT--AGT-AGGA--------AAA-------ATT--------T--TTG----------------T-G-T-GACCTTTTAA--ATTTGGC-ATGTAAGTAGTA
gi|4690 : -TGGTAT--AT-TT--TC-A---TT--C---AT-TATC-AG----AAA-C-A-AATATTATCTTGGAAG-ACTCGA-T-T--T---------T-GA--A--------AA--------AAAACAT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AT--AT--AGT-G--A--------AAA-------TTTTG------G--TTTGTGACTTAATTTGGCAT-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4691 : C-T-T--G---------------G--------AA--------AAAA-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--CTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4692 : -T-T--T---------T-GA--A--------AA--------AAAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-AAT---AT---T--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTT----------------TTG-TTGACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-
gi|4693 : ---------T-GA--A--------AA--------AAAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----AT--TTA-AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4694 : --------GA--------AAAA-ACATGGT-T-T-----TAAA-TA--AA-A-A---AT--AC--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTG----------------T-G-T-GAACTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GT
Alignments
lowQualScore : 1111 111111111 11111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 33 4444 2 2 2 2 33 55 2 5 66 1 333 22 0 4 2 33 1 2 2 33 33 4 55 2 22 4 22 33 1 0 3 1 0000 3333 1 1 333 1 22 333 1 1 333 7777 1 22 8888888 222 999999 1 22 1 55 1 222 333 1 2 5555 1 777 4 44444 4 444 1 1 22 666666666 1 33 55555555 66666666 4 99 22 1 33333 1 33 1 11111 333 44 6666 55555555 888888888888888888 55 9999999999999999 1 1 1 22 22 1 1
lowQualScore : . . . .. . .. .... . . . . .. .. . . .. . ... .. . . . .. . . . .. .. . .. . .. . .. .. . . . . .... .... . . ... . .. ... . . ... .... . .. ....... ... ...... . .. . .. . ... ... . . .... . ... . ..... . ... . . .. ......... . .. ........ ........ . .. .. . ..... . .. . ..... ... .. .... ........ .................. .. ................ . . . .. .. . .
lowQualScore : 2 2 2 11 2 11 7777 2 2 2 2 22 66 4 8 22 8 999 77 8 4 2 11 1 2 2 11 11 4 00 1 99 2 66 44 8 8 6 8 9999 9999 8 8 222 8 55 333 9 9 333 9999 9 55 9999999 999 444444 6 22 6 44 6 888 222 6 8 6666 6 888 8 00000 8 444 5 5 00 222222222 4 44 00000000 44444444 1 88 22 4 44444 4 33 4 88888 333 77 0000 22222222 444444444444444444 66 8888888888888888 5 5 5 22 22 6 8
consensus : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
Reference ( family-616 ) : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4665 : TTTTATTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATATAAATT-TAGTTC-A-CT--GATAAG-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GCTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCGA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AGA--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--AACATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4666 : TTTT-CTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATT---ATT--AATTC-A-CT--GATAAA-TT-G--A--T-CAAA---TTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGA-GTGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-A--GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-T---TT--CG-AATCTGTCCAA----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AAT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC--CGCAAGT-GTA
gi|4667 : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T---------A-T-A-T--ATTCT--TTACAAGAATTG-ATC--------------------A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AAGAAACA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-GA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ATT-G-A---A---TCT------GA-ATGTAA--AAATT--TC-A---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-AC--AGA-T-T-----TCAA-TA--AA-A-T---AT--AT--ATT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4668 : TTTT-GTAAAA-TTCTT-TTC--C-T--C----T-A-T-A-T----TCT--TTACAAGAATTG-AACATAATA---CTT-TAGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAG--ATTG-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AGAAAAAG-T-T----T----GA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAA---TGC----AAA-CATT--ACT-G-C---T---TCT------AA-TGTTAA--AA-TT--TC-A---CC--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AT-------G-A---GT-T-C--GCA-------T-GA--G--------GA--------TAAA-GT--GGA-T-T-----TATA-TT--AA-A-T---AT--AT--TGT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTC----------------T-A-C-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4669 : TTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T----CCT--TTGCAAGAATTG-AACATGATA---ATT-TAGTTC-A-CTCAGATATA-TT-C--A--T-CAAAATAGTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AT------------------------------C--AA---TGG-AA-GAAAC---CGC----AAA-CCTT--ATT-G-A---T---TCT------AA-TGGTAG--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----AAA-T-A-AAA---GC-----AAG-A---GCATAT--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--AAA-T-T-----TCAT-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--T--------AAA-------AGTATTTTCAAA--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--G--ATTTTGC-ATGCAAG
gi|4670 : TTTT-TTAAAAACTCCC-TTTTCC-T--C----T-A-TTA-T--ATCCT--T-ACAAGAAATGTAACATAATA---AAT-TAATTC-AACT--G-TAAA-TT-TCAA--T-CAAAAA-GTTA-A-TAA--CACT--G-GTTGG-ATGGAAAA-T-T----T----AA-A-AAAAT-C--AA---TGG-AA--AAAC---CGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGG-AA--AA-TT--TC-A---TC--CA-AATCAGTCCAG------A-TGA-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AT--------AAAG-GT--GAAGT-T-----TCAA-TGAAAA-A-T---AA--ATGAAGT-A--A--------A
gi|4671 : TTTT-TTAAAA-C--CTATTT--C-T--C----TCA-T-A-G--ATCGTA-TTACGAGAATTG-A--ACGGTA---ATTATGGTTC---TT--TATATA-TT-C--A--T-CAAAG--GTTA-AATTAT-CACT--G-GATTG-ATAAAAAA-T-T----T----TA-A-A---A-C--AAATCTGG-AA-GACAC---TGC----AAA-C--T--ACT-----------TCT------AA-TTGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CGGAATCTGTCCAG----GAAAT-A-AAAAC-AC-----AAA-AA--GC-T-G--G---------T-GCC-G--------GA--------TAAA-GC--GGA-TCT-----TCAAATG--AA-A-TTTTAT--AT--AGT-A--A--------AAA-------TTT--------G--TTT----------------G-T-T-GACTTTT--A--ATTTGGCAACGCAAGT-
gi|4672 : TTTT-TTAAAA-CTC-T-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAAAA-TG-ATCCCAA-A---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAATTT-C--A--T-CAAAA--ATTA-A-TA---CACTCCGTGTTGA-ATACAAAA-T-T----T----AACACA---T-C--AA---TAG-GA-G-AAC---TGA----AAA-CC-T--A---G-A---TTTGTCTC-----GA-TGGTAAACAA-CT--TA-T---TCTTCG-AATC-GT-CAGCA--GAA-T---AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------G---------AAAA-GC---AA-T-T-----TCAA-T---AG-A-T---AT--AT--AGT-AACA--------GAA-------GTT--------G--TTT----------------T---T-G-CCTTT--A--A-TTGGC-A-GCAAG
gi|4673 : TTTT-TTGAAA-TTCTA-TTT--C-T--C----T-A-A-AAT--ATCCT--TTACAAGAATTG-A-ACGAATA---ACT-TAGCTC-A-CT--GATATT-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-CAAT-CACT--G-GTTGG-ATAAAAAA---T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AG-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-C-A---G---TC-------AA-C--CAC--AA-CTGATC-A---T----G-ATTTTGT--------GAG-G-A-AAAA--------------------T-T---------------------------------------AA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TA--AA-A-T---G---GT----T-A--A--------ACA-------ATT--------GT-TTT----------------T-T-T-GA-CTTT--A--ATATGAC-ACACAAAT-
gi|4674 : TTTT-TTAAAA-CTCAA-TTT--C-G--C--------T-A-T--ATCCTAAATACAAGAATTG-ACCCTAA----------------------GATATA-TC-C--A--C-CAAAA---TTA-A------------------A-ATGA--------------------------------A---TGA-AA-GAAAC---TGCAATTAAA-CCTT--AGT-A-A---T---TCT------AA-TG-------------TC-A---TC--CA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----GAG-A---GC-T-TAAA---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCAC-TGA-AA-A-T---AT--ATC-AGT-A--A--------AAA------------------G--TTT----------------T-G-
gi|4675 : TTTT-TTAAAA-CTCTA-CTT--C-T--C----T-A-T-A-
gi|4675 : TCTCTATA---ATT-GAACTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CA-------------------CT--G-ATTTT-ATATAAAA-T-T----T----AA-A-----C-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-TCTT--ACC-G-A---T---TCT------AA-TGGTA-----------------------------GTC--------AA-T------AC-AC-----ATG-A---TG-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GT--GTA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AC--AT--attgaactcactgatatattcatcactgattttatataaaatttaaaccaatggaagaaactgcaaatcttaccgattctaatggtagtcaatacacatgatgttgtgaggataaagtgtatttcaatgaaatacat
gi|4676 : ttttttaaaactctactTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-C--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCAAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-AT-C--A--T-TAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---TTC--AA---TGA-AA-GAAAC---TAC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--CA-TT--TC-A---GC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAA-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------CAT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4677 : TTT-TTGAAA-CTCTT-TTT--C-G--T----T-A-T-A-T--ATCAT--TTACAAGAATTG-AACATAATA---ATT--AGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CAAT-----TT------------T-T----T----TA-A-A---T-C--AA---AGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCCT--ACT-G-A---T---TCT------AA-TGTTAA--AA-AT--TC-A---TC--TG-AATCTGTCCAG----GAA-T---AAAAC-AC-----GAG-A---GC-T-C--G---------T-AA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---ATTCAT--TTT-A--A--------AAC-------AGC--------G--TTT----------------T-G-T-GATTTTT--A--ATTTGGC-ACACAAGT-GTA
gi|4678 : TTT-TTAAAA-CTTCC-TTT--C-T--CGTATT-A-T-A-T---TCCT--TTACAAGAATTT-TACCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GA-AAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G--TTGA-ATGAAAAT-T-T----C----AA-A-A---T-C--AG----GG-GA-GAAAC---TTC----AAA-CCTT--ACT-T-C---A---TCT------GA-TGG-AA--TA-TT--TC-A---TT--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC------GA--------T-GA--G--------GA--------AAAA-GT---GA-T-T-----T-AA-TG--AA-------AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AGT--------G--TTT----------------T-G---GACTTTT--A--ATTTGGC-A--CAAGT-
gi|4679 : TT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-TTCC----T-A-T-A-TGTATCCT--TTACAAGAATCG-ATC--AA-A---ATG-TAGTTCCA-CT--GATTAA-TTGC--A--T-CAAAA--GTTAGA-TAAT-CACC--A-GTTGA-ATAAAGAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--G----TGG-AA-AATAT---GGC----AAAACCTTTAACT-A---------TCT------GAATGGAAA--AA-TT--TCCA---TT--TG-AATCTGGTCAG----GAA-T----AAAC-AC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GACGG--------AA--------AAAA-GC---GC-T-T-----TCAA-TG--AACA-A---AT---T--AGT-A--A--------AAA-------A----------G--TTT--------------------T-GACTTTT--A--ATTTGCC-ACGC-CGT-GTA
gi|4680 : T-TTAAAA-CTCCT-TTT--CCT--C----T-AAT-A-T--ATCCT--TTACAAG--------------A---ATT-TAGTTCAA-CT--GATAAA-TT-C--ATTT-CAAAA--GTTT-A--AAA-CACT--G-GTTGGAATGAAAAT-T-T----T----AA-A-A---T-C--
gi|4681 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA---ATT-TAG-TC-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAATT-T----T----TT-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAA-CCTT--ATT-T-----T---TCG------GA-TGGTAA--AA-TTC-TC-A---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA--------AAAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-TTACAT--AT--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTT----------------T-G-T-GACTTTC--A--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4682 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA---ATT-TAG-TC-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAATT-T----T----TT-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAA-CCTT--ATT-T-----T---TCG------GA-TGGTAA--AA-TTC-TC-A---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA--------AAAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-TTACAT--AT--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTT----------------T-G-T-GACTTTC--A--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4683 : --GTTA-A--AAC-C-CT-----TTTG-AT--ACAA-TAT----T----AA-A-A---T-T--AT---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CATT--G-T-G-AAAGC---TATATA---GA-TG--AG--AA-TT--TC-AATGCG--CG-AATCTG-CCAGTAAAGAA-T-AGAAAAT-AT-----GAG-A---GT-T-T--G---------T-GA--G--------AAT-------AAAA-GC--GGA-T-TTCCGATCAA-TG--AA-A-T---A---AT--ACT-A--ATATTACGTAAATATAGTTAAT--------T--TTT----------------T-GTT-GACCTT-------TTTAG---CGCAAGC-GT
gi|4684 : --G-GTTGA-ATGAAAAA-T-TGTTTC----CA-A-A---T-T--A----TGGTAA---------TG------AA-CCTC--ATTTA-A---T---TCTTCATTTAG-TAGTAA--AT-TT--TC-A---TT--CA-TATCAGACCAC----GTA-T-G-ATCTT-GG-----AAG-A----C-T-C--GCA-------T-GA--A--------GA--------AAAAAGCATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----AC--AT--GGTGA--A--------AAA-------ATT--------G--TGG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTA
gi|4685 : --G-GTTGA-ATAAAAAA-T-TGTTTC----AA-A-A---T-T--AT---TGT-AATGAAGC---C-C----ATT-CATT--TCT-TCA---T---T-T------AG-TGGTCA--AT-TT--TC-A---TT--CA-TATC------A----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--GAGTCTCATTT-GA--A--------AA--------AAAACAT--GGT-T-T-----TCAT-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA--------TT--------G--CTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4686 : TTGA-ATGAAGAA-T-TGCT-TCCAAAA-A-A---T-CGTAA---TG------AAACCCATTC----AAT-TCTT---C----A---T---T-T------AC-TGGTAA--GT-TT--TC-A---TT--CA-TATC--------------------AAA--AC-----AAG-A---CC-T-T--GGGCTCGTT-T-GA--A--------AA--------AAAT-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---ACC-AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------A--TTG----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTT--------AAGT-GTA
gi|4687 : CTT--CTT-C-A---T---TTT------G--TGGTAA--AT-TT--TC-A---TT--TA-TATC------G----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--A---------G-AA--GACTCATTTGA--------AAAA-ACATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G---------------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-AT
gi|4688 : -G-A---T---TAT------GA-TGGTAA--CA-TT--TC-A---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----AAG-A---GC-T-C--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GAA-T-T-----TCAA-TG--TA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------CGT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTT
gi|4689 : ---TTT------GG-GGGTAA--AT-TT--TC-A---TT--CA-AA---G--CAG--------------AAC-AA-----ATG-A---CC-T-T--G---------GAGA--G--------GACCATTTTAAAAA-ACA-GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----A---AT--AGT-AGGA--------AAA-------ATT--------T--TTG----------------T-G-T-GACCTTTTAA--ATTTGGC-ATGTAAGTAGTA
gi|4690 : -TGGTAT--AT-TT--TC-A---TT--C---AT-TATC-AG----AAA-C-A-AATATTATCTTGGAAG-ACTCGA-T-T--T---------T-GA--A--------AA--------AAAACAT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AT--AT--AGT-G--A--------AAA-------TTTTG------G--TTTGTGACTTAATTTGGCAT-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4691 : C-T-T--G---------------G--------AA--------AAAA-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--CTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4692 : -T-T--T---------T-GA--A--------AA--------AAAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-AAT---AT---T--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTT----------------TTG-TTGACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-
gi|4693 : ---------T-GA--A--------AA--------AAAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----AT--TTA-AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4694 : --------GA--------AAAA-ACATGGT-T-T-----TAAA-TA--AA-A-A---AT--AC--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTG----------------T-G-T-GAACTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GT
blockSeqs : . A A TC C TC GTAT C A T A GT AA T T CC T . AT C A CA A T G CA TT G TA G AT C CC TG A T A GTTT CCAA C C AAA T GT ATC T T CCA AATT A TA GAAAG TTG TCATTT A AC A GA C ATG CTT G T TAAA A GA A CTTGG A CTC A A AA AGTCTCATT A CG ACTCATTT CCATTTTA A AT AG C TCCGA A AA C TTTT TTC GA AAC TATTACGT AGTATTTTCAA TT GTGACTTAATTTGGCA T T T TA . A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . T AT T . T A . . A . . . . G A . T C . G . T . GTTT . . . . . . . . . . A . . TAA . ATA . . . C . . T . T CA . CA A . A A . . . GGCTCGTT . C . T C AT A . . . A . TTAC CC C AGG . TATAGTTAAT TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A AT T . T . . . T . . . . . . . T . . G . . . GCT . . . . . . . . . . A . . TCA . C . . . C . . C . T . . CA T . A . . . . CA . . . . C AT A . . . . . TTAC T A GA . TTTTG T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A AT T . T . . . T . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . C . T . . AG . . . . . . . CA . . . . . G A . . . . . AT T . A . AAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A AC T . T . . . A . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . C . A . . A . . . . . . . A . . . . . G A . . . . . T T . T . AGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T CC T . T . . . T . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . T T . T . AGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C CG T . G . . . A . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T A . A . TTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T CT T . T . . . T . . . . . . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . A . GTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T TC T . T . . . T . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . A . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A CA T . T . . . T . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . A . CAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A AT T . T . . . A . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T C . A . AGC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T CC T . T . . . T . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . A . AGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T CC . . T . . . A . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . A . AGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T CC . . . . . . A . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . T . T . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T T . A . AGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . G . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . A . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . T . A . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A T . A . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T C . G . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A C . G . CGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A C . G . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A T . A . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T T . G . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A C . G . ATT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A T . G . ATT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A T . G . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . T . G . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . .
blockSeqCons : *** **
originalCons : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
finalCons : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111111 11111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 33 4444 2 2 2 2 33 55 2 5 66 1 333 22 0 4 2 33 1 2 2 33 33 4 55 2 22 4 22 33 1 0 3 1 0000 3333 1 1 333 1 22 333 1 1 333 7777 1 22 8888888 222 999999 1 22 1 55 1 222 333 1 2 5555 1 777 4 44444 4 444 1 1 22 666666666 1 33 55555555 66666666 4 99 22 1 33333 1 33 1 11111 333 44 6666 55555555 888888888888888888 55 9999999999999999 1 1 1 22 22 1 1
lowQualScore : . . . .. . .. .... . . . . .. .. . . .. . ... .. . . . .. . . . .. .. . .. . .. . .. .. . . . . .... .... . . ... . .. ... . . ... .... . .. ....... ... ...... . .. . .. . ... ... . . .... . ... . ..... . ... . . .. ......... . .. ........ ........ . .. .. . ..... . .. . ..... ... .. .... ........ .................. .. ................ . . . .. .. . .
lowQualScore : 2 2 2 11 2 11 7777 2 2 2 2 22 66 4 8 22 8 999 77 8 4 2 11 1 2 2 11 11 4 00 1 99 2 66 44 8 8 6 8 9999 9999 8 8 222 8 55 333 9 9 333 9999 9 55 9999999 999 444444 6 22 6 44 6 888 222 6 8 6666 6 888 8 00000 8 444 5 5 00 222222222 4 44 00000000 44444444 1 88 22 4 44444 4 33 4 88888 333 77 0000 22222222 444444444444444444 66 8888888888888888 5 5 5 22 22 6 8
consensus : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
Reference ( family-616 ) : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------ANT--------G--TTT----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4665 : TTTTATTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATATAAATT-TAGTTC-A-CT--GATAAG-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GCTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCGA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AGA--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--AACATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4666 : TTTT-CTAAAA-CTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCCAATT---ATT--AATTC-A-CT--GATAAA-TT-G--A--T-CAAA---TTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGA-GTGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-A--GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--AA-TT--TC-T---TT--CG-AATCTGTCCAA----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AAT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC--CGCAAGT-GTA
gi|4667 : TTTT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-T---------A-T-A-T--ATTCT--TTACAAGAATTG-ATC--------------------A-CT--GATAAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AAGAAACA-T-T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-GA-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ATT-G-A---A---TCT------GA-ATGTAA--AAATT--TC-A---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-AC--AGA-T-T-----TCAA-TA--AA-A-T---AT--AT--ATT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4668 : TTTT-GTAAAA-TTCTT-TTC--C-T--C----T-A-T-A-T----TCT--TTACAAGAATTG-AACATAATA---CTT-TAGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAG--ATTG-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AGAAAAAG-T-T----T----GA-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAA---TGC----AAA-CATT--ACT-G-C---T---TCT------AA-TGTTAA--AA-TT--TC-A---CC--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AT-------G-A---GT-T-C--GCA-------T-GA--G--------GA--------TAAA-GT--GGA-T-T-----TATA-TT--AA-A-T---AT--AT--TGT-T--A--------AAA-------AGT--------G--TTC----------------T-A-C-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4669 : TTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T----CCT--TTGCAAGAATTG-AACATGATA---ATT-TAGTTC-A-CTCAGATATA-TT-C--A--T-CAAAATAGTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-AT------------------------------C--AA---TGG-AA-GAAAC---CGC----AAA-CCTT--ATT-G-A---T---TCT------AA-TGGTAG--AA-TT--TC-A---TC--CG-AATCTGTCCAG----AAA-T-A-AAA---GC-----AAG-A---GCATAT--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--AAA-T-T-----TCAT-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--T--------AAA-------AGTATTTTCAAA--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--G--ATTTTGC-ATGCAAG
gi|4670 : TTTT-TTAAAAACTCCC-TTTTCC-T--C----T-A-TTA-T--ATCCT--T-ACAAGAAATGTAACATAATA---AAT-TAATTC-AACT--G-TAAA-TT-TCAA--T-CAAAAA-GTTA-A-TAA--CACT--G-GTTGG-ATGGAAAA-T-T----T----AA-A-AAAAT-C--AA---TGG-AA--AAAC---CGC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGG-AA--AA-TT--TC-A---TC--CA-AATCAGTCCAG------A-TGA-AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AT--------AAAG-GT--GAAGT-T-----TCAA-TGAAAA-A-T---AA--ATGAAGT-A--A--------A
gi|4671 : TTTT-TTAAAA-C--CTATTT--C-T--C----TCA-T-A-G--ATCGTA-TTACGAGAATTG-A--ACGGTA---ATTATGGTTC---TT--TATATA-TT-C--A--T-CAAAG--GTTA-AATTAT-CACT--G-GATTG-ATAAAAAA-T-T----T----TA-A-A---A-C--AAATCTGG-AA-GACAC---TGC----AAA-C--T--ACT-----------TCT------AA-TTGTAA--AA-TT--TC-A---TC--CGGAATCTGTCCAG----GAAAT-A-AAAAC-AC-----AAA-AA--GC-T-G--G---------T-GCC-G--------GA--------TAAA-GC--GGA-TCT-----TCAAATG--AA-A-TTTTAT--AT--AGT-A--A--------AAA-------TTT--------G--TTT----------------G-T-T-GACTTTT--A--ATTTGGCAACGCAAGT-
gi|4672 : TTTT-TTAAAA-CTC-T-TTT--C-T--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAAAA-TG-ATCCCAA-A---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAATTT-C--A--T-CAAAA--ATTA-A-TA---CACTCCGTGTTGA-ATACAAAA-T-T----T----AACACA---T-C--AA---TAG-GA-G-AAC---TGA----AAA-CC-T--A---G-A---TTTGTCTC-----GA-TGGTAAACAA-CT--TA-T---TCTTCG-AATC-GT-CAGCA--GAA-T---AAAAC-AC-----AAG-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------G---------AAAA-GC---AA-T-T-----TCAA-T---AG-A-T---AT--AT--AGT-AACA--------GAA-------GTT--------G--TTT----------------T---T-G-CCTTT--A--A-TTGGC-A-GCAAG
gi|4673 : TTTT-TTGAAA-TTCTA-TTT--C-T--C----T-A-A-AAT--ATCCT--TTACAAGAATTG-A-ACGAATA---ACT-TAGCTC-A-CT--GATATT-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-CAAT-CACT--G-GTTGG-ATAAAAAA---T----T----AA-A-A---T-C--AA---TGG-AG-GAAAC---TGC----AAA-CCTT--ACT-C-A---G---TC-------AA-C--CAC--AA-CTGATC-A---T----G-ATTTTGT--------GAG-G-A-AAAA--------------------T-T---------------------------------------AA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TA--AA-A-T---G---GT----T-A--A--------ACA-------ATT--------GT-TTT----------------T-T-T-GA-CTTT--A--ATATGAC-ACACAAAT-
gi|4674 : TTTT-TTAAAA-CTCAA-TTT--C-G--C--------T-A-T--ATCCTAAATACAAGAATTG-ACCCTAA----------------------GATATA-TC-C--A--C-CAAAA---TTA-A------------------A-ATGA--------------------------------A---TGA-AA-GAAAC---TGCAATTAAA-CCTT--AGT-A-A---T---TCT------AA-TG-------------TC-A---TC--CA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----GAG-A---GC-T-TAAA---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCAC-TGA-AA-A-T---AT--ATC-AGT-A--A--------AAA------------------G--TTT----------------T-G-
gi|4675 : TTTT-TTAAAA-CTCTA-CTT--C-T--C----T-A-T-A-
gi|4675 : TCTCTATA---ATT-GAACTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CA-------------------CT--G-ATTTT-ATATAAAA-T-T----T----AA-A-----C-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-TCTT--ACC-G-A---T---TCT------AA-TGGTA-----------------------------GTC--------AA-T------AC-AC-----ATG-A---TG-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------TAAA-GT--GTA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AC--AT--attgaactcactgatatattcatcactgattttatataaaatttaaaccaatggaagaaactgcaaatcttaccgattctaatggtagtcaatacacatgatgttgtgaggataaagtgtatttcaatgaaatacat
gi|4676 : ttttttaaaactctactTTT-TTAAAA-GTCCT-TTT--C-C--C----T-A-T-A-T--ATCCT--TTACAAGAATTG-ATCCAAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GATAAA-AT-C--A--T-TAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G-GTTGG-ATGAAAAA-T-T----T----AA-A-A---TTC--AA---TGA-AA-GAAAC---TAC----AAA-CCTT--ACT-G-A---T---TCT------GA-TGGTAA--CA-TT--TC-A---GC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAA-A---GC-T-T--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------CAT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTTGGC-ACGCAAGT-GTA
gi|4677 : TTT-TTGAAA-CTCTT-TTT--C-G--T----T-A-T-A-T--ATCAT--TTACAAGAATTG-AACATAATA---ATT--AGTTC-A-CT--GATATA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CAAT-----TT------------T-T----T----TA-A-A---T-C--AA---AGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CCCT--ACT-G-A---T---TCT------AA-TGTTAA--AA-AT--TC-A---TC--TG-AATCTGTCCAG----GAA-T---AAAAC-AC-----GAG-A---GC-T-C--G---------T-AA--G--------GA--------TAAA-GC--GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-T---ATTCAT--TTT-A--A--------AAC-------AGC--------G--TTT----------------T-G-T-GATTTTT--A--ATTTGGC-ACACAAGT-GTA
gi|4678 : TTT-TTAAAA-CTTCC-TTT--C-T--CGTATT-A-T-A-T---TCCT--TTACAAGAATTT-TACCCAATA---ATT-TAGTTC-A-CT--GA-AAA-TT-C--A--T-CAAAA--GTTA-A-TAAT-CACT--G--TTGA-ATGAAAAT-T-T----C----AA-A-A---T-C--AG----GG-GA-GAAAC---TTC----AAA-CCTT--ACT-T-C---A---TCT------GA-TGG-AA--TA-TT--TC-A---TT--TA-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AAAAC-AC-----AAG-A---GC------GA--------T-GA--G--------GA--------AAAA-GT---GA-T-T-----T-AA-TG--AA-------AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------AGT--------G--TTT----------------T-G---GACTTTT--A--ATTTGGC-A--CAAGT-
gi|4679 : TT-TTAAAA-CTCCT-TTT--C-TTCC----T-A-T-A-TGTATCCT--TTACAAGAATCG-ATC--AA-A---ATG-TAGTTCCA-CT--GATTAA-TTGC--A--T-CAAAA--GTTAGA-TAAT-CACC--A-GTTGA-ATAAAGAA-T-T----T----AA-A-A---T-C--G----TGG-AA-AATAT---GGC----AAAACCTTTAACT-A---------TCT------GAATGGAAA--AA-TT--TCCA---TT--TG-AATCTGGTCAG----GAA-T----AAAC-AC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GACGG--------AA--------AAAA-GC---GC-T-T-----TCAA-TG--AACA-A---AT---T--AGT-A--A--------AAA-------A----------G--TTT--------------------T-GACTTTT--A--ATTTGCC-ACGC-CGT-GTA
gi|4680 : T-TTAAAA-CTCCT-TTT--CCT--C----T-AAT-A-T--ATCCT--TTACAAG--------------A---ATT-TAGTTCAA-CT--GATAAA-TT-C--ATTT-CAAAA--GTTT-A--AAA-CACT--G-GTTGGAATGAAAAT-T-T----T----AA-A-A---T-C--
gi|4681 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA---ATT-TAG-TC-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAATT-T----T----TT-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAA-CCTT--ATT-T-----T---TCG------GA-TGGTAA--AA-TTC-TC-A---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA--------AAAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-TTACAT--AT--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTT----------------T-G-T-GACTTTC--A--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4682 : -TTAAAA-CTCCT-TTT----T--C----T-A-T-A-T--ATC----TTACAAGAAT-G-ATCCCAATA---ATT-TAG-TC-A-CT--GGTAAA-TT-C--C--TGCAAAG--TTTA-A-TAATCCACT--G---TGG-ATGAAAAATT-T----T----TT-A-A---T-C--AA---TGG-AA-GAAAC---TGCA---AAA-CCTT--ATT-T-----T---TCG------GA-TGGTAA--AA-TTC-TC-A---TT--TG-GATCTGTCCAG----GAA-TCA-AAAACAAC-----AAGAA---GC-T-T--G---------T-GA--G--------AA--------AAAG-GCG-GGA-T-T-----TCAA-TG--AA-A-TTACAT--AT--AGT----A--------AAA-------AGT--------GTTTTT----------------T-G-T-GACTTTC--A--ATTTGGC-ACGCAAG--GTA
gi|4683 : --GTTA-A--AAC-C-CT-----TTTG-AT--ACAA-TAT----T----AA-A-A---T-T--AT---TGG-AA-GAAAC---TGC----AAA-CATT--G-T-G-AAAGC---TATATA---GA-TG--AG--AA-TT--TC-AATGCG--CG-AATCTG-CCAGTAAAGAA-T-AGAAAAT-AT-----GAG-A---GT-T-T--G---------T-GA--G--------AAT-------AAAA-GC--GGA-T-TTCCGATCAA-TG--AA-A-T---A---AT--ACT-A--ATATTACGTAAATATAGTTAAT--------T--TTT----------------T-GTT-GACCTT-------TTTAG---CGCAAGC-GT
gi|4684 : --G-GTTGA-ATGAAAAA-T-TGTTTC----CA-A-A---T-T--A----TGGTAA---------TG------AA-CCTC--ATTTA-A---T---TCTTCATTTAG-TAGTAA--AT-TT--TC-A---TT--CA-TATCAGACCAC----GTA-T-G-ATCTT-GG-----AAG-A----C-T-C--GCA-------T-GA--A--------GA--------AAAAAGCATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----AC--AT--GGTGA--A--------AAA-------ATT--------G--TGG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTA
gi|4685 : --G-GTTGA-ATAAAAAA-T-TGTTTC----AA-A-A---T-T--AT---TGT-AATGAAGC---C-C----ATT-CATT--TCT-TCA---T---T-T------AG-TGGTCA--AT-TT--TC-A---TT--CA-TATC------A----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--GAGTCTCATTT-GA--A--------AA--------AAAACAT--GGT-T-T-----TCAT-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA--------TT--------G--CTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4686 : TTGA-ATGAAGAA-T-TGCT-TCCAAAA-A-A---T-CGTAA---TG------AAACCCATTC----AAT-TCTT---C----A---T---T-T------AC-TGGTAA--GT-TT--TC-A---TT--CA-TATC--------------------AAA--AC-----AAG-A---CC-T-T--GGGCTCGTT-T-GA--A--------AA--------AAAT-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---ACC-AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------A--TTG----------------T-G-T-GACTTTT--A--ATTT--------AAGT-GTA
gi|4687 : CTT--CTT-C-A---T---TTT------G--TGGTAA--AT-TT--TC-A---TT--TA-TATC------G----GAA-C-A-AATAT----------G-A---TC-T-T--A---------G-AA--GACTCATTTGA--------AAAA-ACATGGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G---------------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-AT
gi|4688 : -G-A---T---TAT------GA-TGGTAA--CA-TT--TC-A---CC--CG-AATCTGTCCAG----GAA-T-A-AACAC-AC-----AAG-A---GC-T-C--G---------T-GA--G--------GA--------AAAA-GC--GAA-T-T-----TCAA-TG--TA-A-T---AT--AT--AGT-A--A--------AAA-------CGT--------G--TTT----------------T-G-T-GACTTT
gi|4689 : ---TTT------GG-GGGTAA--AT-TT--TC-A---TT--CA-AA---G--CAG--------------AAC-AA-----ATG-A---CC-T-T--G---------GAGA--G--------GACCATTTTAAAAA-ACA-GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----A---AT--AGT-AGGA--------AAA-------ATT--------T--TTG----------------T-G-T-GACCTTTTAA--ATTTGGC-ATGTAAGTAGTA
gi|4690 : -TGGTAT--AT-TT--TC-A---TT--C---AT-TATC-AG----AAA-C-A-AATATTATCTTGGAAG-ACTCGA-T-T--T---------T-GA--A--------AA--------AAAACAT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AT--AT--AGT-G--A--------AAA-------TTTTG------G--TTTGTGACTTAATTTGGCAT-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4691 : C-T-T--G---------------G--------AA--------AAAA-GT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-A---AC--AT--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--CTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACATAAGT-GTA
gi|4692 : -T-T--T---------T-GA--A--------AA--------AAAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-AAT---AT---T--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTT----------------TTG-TTGACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-
gi|4693 : ---------T-GA--A--------AA--------AAAC-AT--GGT-T-T-----TCAA-TG--AA-A-----AT--TTA-AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTG----------------T-G-T-GACCTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GTA
gi|4694 : --------GA--------AAAA-ACATGGT-T-T-----TAAA-TA--AA-A-A---AT--AC--AGT-G--A--------AAA-------ATT--------G--TTG----------------T-G-T-GAACTTT--A--ATTTGGC-ACGTAAGT-GT