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lowQualScore                  :     1 22  55           22 33  55       1 99999   11 1     1 1   11 11 1 4444 1 22222222        88     222222  1        4  222  33 11111 1 1 1  1   1 1 1    33 1    3  3333     
lowQualScore                  :     . ..  ..           .. ..  ..       . .....   .. .     . .   .. .. . .... . ........        ..     ......  .        .  ...  .. ..... . . .  .   . . .    .. .    .  ....     
lowQualScore                  :     7 33  55           22 88  33       6 66666   66 1     1 1   66 66 1 9999 1 11111111        22     999999  4        3  555  44 11111 4 4 4  4   4 4 5    55 5    0  1111     
consensus                     : AACA-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--CC-TCCGGCCC-G----CCCG--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
Reference ( gi|47661 )        : AACA-G--TCC-ATTTTAACAGT--T--CC-TCCGGCCC-G----CCCG--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---G-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47663                      : AACA-G--TCA-ATTTTAACAGT--T--CC-CCCGGCCC-G----CCCG--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------A-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GAGT-AT----AACA
gi|47668                      : AACA-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--AC-TCCTGCCC-G----CCCT--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTT------G-TAAGGAAT-AT---TG--T---T-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47667                      : AACA-G--TGG-ATTTTAACAGT--T--CC-AACGGCCC-G----CCCA--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TATTGGAC--TTTTTTT---TCG-TAAGCAAT-AT---TG--T---A-G-A-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47669                      : AACA-G--TCC-AATTTAACAGT--T--CC--CCGGCCG-GA---CCCG--G-TTCCA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGAC---TTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-GGTA--G-GGAT-AT----AACAA
gi|47666                      : AACA-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--TC-CTAGGACC-G----GACA--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT---TT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47664                      : AACA-C--TCG-ATTTTAACAGT--T--CC-CCCGGTCC-G----GCTG--G-TCCAA-C-AGT--C--C-C----A-A--------TGTTGGAC----TTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AGCAA
gi|47665                      : AACA-G--TCT--TTTTAACAGT--T--GC-CCCGGCCC-G----GCCG--G-TCCAT-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTCTTTCT-------TAAGGAAT-AT---TA--T---A-G-A-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGAT-AT----AACAA
gi|47673                      : AACA-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--TC-TCC----------------------AA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT---TT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47671                      : AACA-G--TCG-ATTTGAAAAGT--T--CC-CCCGGACC-G----GTCG--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGAACTTTTTATCT-------TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTACTA-GGGTAAT----AACAA
gi|47672                      : AACA-G--TCTGATTTTAACAGT--C--TC--CCTGCCC-G----CCCG--G-TCTAA-C-AGT--C--A-T----G-AA-------TGTTGGACTTTTTT-------CG-TAAGGAATCAT---TG--T---A-T-GTATAC-TGT-T-T-AATA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47674                      : AACA-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--CA-TC-GGCCG-G----CC-G--G-TCCAA-C-AGTTTC----T----A-A--------TGTTG-ACTTTTTTT------CG-TAAGGAATGAT---TGGTT---AAG-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47675                      : AACA-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--CC-TCCGGCCC-G----GCCA--G-TCCAA-C--GT--T--C-T----A-A--------TGTTGGAC---TTTTTT---TCG-TTAAGAAT-TA---TG--C---A-G-G-A-ACTTCT-T-T-AGTA----GAGT-AT----AACAA
gi|47678                      : AACA-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--CC-TCCGGCCC-G------CG--G-TCCAA-C-AGT--T--C-T----ACA--------TGTTGGAC--TTTTTTT---TCG-TAAAG-AT-AC---TGT-T---A-A-G-G-AC-TGT-T-T--GTA--G-GTAT-AC----AATA
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gi|47677                      : AACA-G--TCT-TTTTTAATAGT--TGATT-TTTAACAC-T----TCTGTGG-TCCAA-C-AGT--C--A-TATTAA-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------G-TAAGGAAT-AT---TA--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GAGT-AT----AACAA
gi|47670                      : AACA-G--TCG-AGTTTAACAGT--T--AC-TCTGGCCC-GGCGGCCCG--G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGAC---TTTTTT---TCG-TAAGG
gi|47679                      : AACAAG--TCCCGTTTTAACAGT--T--CC-T-CGGCCC-G----CCTG--G-TCC------GT-----A-T----G-A--------TGTTGGA-----TTTTT---TCG---AGGAAT-CC---TG--T---A-ACG-A-AA-TGT-T-T--GTA--G-GGGT-AT----CACAAgtata
gi|47680                      : AACA-G--TCAGATATTAACAGT--T--CC-TCCGGCCC-G----CCT---G-TCCAACC-AGT--C--A-T----G-A----------TTGGCCTTTTTTTT------G-TACAGGAT-AT---TG--TTCAG-A-G-A-AA-TGTCT-T-AG-A--G-GGTT-GTTATAAACAA
gi|47681                      : AACA-GCCTCG-ATTTTA-CAGT--TT-CC-TCCGGCCCGG----CCAG--G-TCCAA-C-ATT--T--C-T------A--------TGTTG-----CTTTTTT---TCG-T-AGGAAT--T---TG--T---A-G-----AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGTC-AT-----ACAA
gi|47682                      : AATA-G--TCA-AGTTTATCAGT--T--CCAT-------------------G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----A-AATTCATAATGTTAGACTTTATTT------CAATAAG-AATGATCAATA--T---A-G-G-T-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47683                      : AACT-G--TCG-ATTTTAACAGT--C--CC-----------------CT--G-ACCAA-A-TGT--C--A-A----A-A--------TGTTGGACCTTTTTCTCATATCA-T-AGGAAT-GA---TA--T---A-C-A-A-GC-TGT-C-C-AGCA--G-AAGT-AC----AACAA
gi|47684                      :  ACA-G--TCA-ATTTTA-CAGT--T--CC-CCTG--CA-G----C--G--GCTCCAA-C-TGT--C--A-T----G-A--------GGTGGGA----TTTTTT---TCG-TGATAAA-------TG--T---A-G-G-A----CGT-T-T-AGC---G-GAGT-AT----
gi|47685                      :    A-G--TCG-ATTTTAACAGT--T--CC-GCCG--CC-A----CCCG--G-TCCAA-C-AGT--C--ATT----G-A--------T-TTGGAC---TTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---T---T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-ATTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47686                      :     -G--TCC----TTAACAGT--T--AC-CGTAGCCC-G------------TCCAA-T-AGT--A--A-T-----------------------------------TTG-TAAGAAGT-AT---TG--T---A-G---A-AC-TGT-TAT-A-TA--G-GAGT-AT----AACAA
gi|47687                      :            -ATTTTAACAGTGAT--CG-TCCGGCCC-G----GCGG--G-TCCAA-CTAGT--TCAA-T---------------TGTTG-ACTTTTTTCT---------AAGGAAG-AT---TG--TC--A-G-G-A-AC-TGT-T-TTAGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47688                      :                                                CG--G-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT----T---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTAG-G-GGGT-AT----AACAA
gi|47676                      :                                                CG--G-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT----T---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA----GGGT-AT----AACGA
gi|47689                      :                  aacacaattttaggctccaacaggacgtcagG--G-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGT-GGACTTTTTT-------CG-TAAGGA-T-AT---TG--T---A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47690                      :                                                 G--G-TCCAA-C-AGT--C--A-TATTAA-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------G-TAAGGAAT-AT---TA--T---A-G-G-A-AC-TTT-T-T-AGTA--GTGAGTAAT----AACAA
gi|47663                      :                                                  --G-TCCAA-C-A-T--C--A-T----G-AC-------TGTTGGAC
gi|47668                      :               aacagtcaattttaacagttcccccggcccgcccg--G-TCCAA-C-A-T--C--A-T----G-AC-------TGTTGGACtttttttataaggaatattgtaggaactgtttagtaggagtataaca
gi|47667                      :               aacagtcgattttaacagttactcctgcccgccct--G-TCCAA-T-A-T--C--A-T----G-AC-------TGTTGGACTttttttttgtaaggaatattgttggaactgtttagtaggggtataacaa
gi|47666                      :                aacagtggattttaacagttccaacggcccgccc--G-TCCAA-C-A-T--C--A-T----G-AC-------TGTTGGACTttttttttcgtaagcaatattgtagaaactgtttagtaggggtataacaa
gi|47672                      :                aacagtcgattttaacagtttcctaggaccggac--G-TCCAA-C-ATT--C--A-T----G-AC-------TGTTAGACtttttttcgtaaggaatattgtaggaactgtttagtaggggtataacaa
gi|47670                      :               aacagtctgattttaacagtctccctgcccgcccg--G-TCCAA-C-A-T--C--A-T----G-AC-------TGTTGGACttttttcgtaaggaatcattgtatgtatactgtttaataggggtataacaa





Alignments
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lowQualScore                  :                              22  3      1      22 1  55    0  1 88888888   1     1 1   11 11 1 5555 1 66666666        5      000000  1        4  222  33 33 1 2 1 1  1   1 1 1    33 1    2  3333     
lowQualScore                  :                              ..  .      .      .. .  ..    .  . ........   .     . .   .. .. . .... . ........        .      ......  .        .  ...  .. .. . . . .  .   . . .    .. .    .  ....     
lowQualScore                  :                              33  3      5      11 5  22    2  5 33333333   4     4 4   99 99 4 9999 4 44444444        8      444444  3        1  444  33 33 4 8 4 4  4   4 4 4    44 4    9  0000     
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Reference ( family-613 )      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
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gi|47674                      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CA-TC-GGCCG-G----CC---GG-TCCAA-C-AGTTTC----T----A-A--------TGTTG-ACTTTTTTT------CG-TAAGGAATGAT---TGGTT--AAG-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47675                      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----GC--CAG-TCCAA-C--GT--T--C-T----A-A--------TGTTGGAC---TTTTTT---TCG-TTAAGAAT-TA---TG--C--A-G-G-A-ACTTCT-T-T-AGTA----GAGT-AT----AACAA
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gi|47677                      :                         AATAG--TT-GATTTTTAACA------CT-TCTG--------------TGG-TCCAA-C-AGT--C--A-TATTAA-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------G-TAAGGAAT-AT---TA--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GAGT-AT----AACAA
gi|47678                      :            aacagtcttttttAACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G--------CGG-TCCAA-C-AGT--T--C-T----ACA--------TGTTGGAC--TTTTTTT---TCG-TAAAG-AT-AC---TGT-T--A-A-G-G-AC-TGT-T-T--GTA--G-GTAT-AC----AATA
gi|47679                      :                                     TTTT-AACAGT--T-CC-TC-GGCCC-G----CC--TGG-TCC------GT-----A-T----G-A--------TGTTGGA-----TTTTT---TCG---AGGAAT-CC---TG--T--A-ACG-A-AA-TGT-T-T--GTA--G-GGGT-AT----CACAA
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gi|47683                      :                         AACTG--TC-GATTTT-AACAGT--C-CC-------------------CTG-ACCAA-A-TGT--C--A-A----A-A--------TGTTGGACCTTTTTCTCATATCA-T-AGGAAT-GA---TA--T--A-C-A-A-GC-TGT-C-C-AGCA--G-AAGT-AC----AACAA
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Alignments
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lowQualScore                  :                              ..  .      .      .. .  ..    .  . ........   .     . .   .. .. . .... . ........        .      ......  .        .  ...  .. .. . . . .  .   . . .    .. .    .  ....     
lowQualScore                  :                              33  3      5      11 5  22    2  5 33333333   4     4 4   99 99 4 9999 4 44444444        8      444444  3        1  444  33 33 4 8 4 4  4   4 4 4    44 4    9  0000     
consensus                     :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
Reference ( family-613 )      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
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gi|47686                      :                                                                                                                               T---TTG-TAAGAAGT-AT---TG--T--A-G---A-AC-TGT-TAT-A-TA--G-GAGT-AT----AACAA
gi|47687                      : gtccttaacagttaccgtagcccgtccaatagtaaATTTT-AACAGTGAT-CG-TCCGGCCC-G----GC--GGG-TCCAA-CTAGT--TCAA-T---------------TGTTG-ACTTTTTTCT---------AAGGAAG-AT---TG--TC-A-G-G-A-AC-TGT-T-TTAGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47688                      :                                                                       --CGG-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT----T---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTAG-G-GGGT-AT----AACAA
gi|47689                      :                                                                          GG-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGT-GGACTTTTTT-------CG-TAAGGA-T-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47690                      :                                                                          GG-TCCAA-C-AGT--C--A-TATTAA-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------G-TAAGGAAT-AT---TA--T--A-G-G-A-AC-TTT-T-T-AGTA--GTGAGTAAT----AACAA


blockSeqs                     :                              CC  T      T      GA T  AT       G GCGGCC     C     C T   TT CA T ATTA C ATTCATAA        T      TCATAT  A        C  CAA  GT TC A C T T  T   C A T    CT T    A  TATA
blockSeqs                     :                              .   A      .      .  .  C        . TCAG       .     . .   .  .  . ATTA . A               T      TTT     .        G  .    T  C  . A . .  .   . . .    G  .    A  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  C        . ACC        .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        G  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  C        . GC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  C        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  C        . GC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  A        . GC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . GA         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  C        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . GT         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  A        . GC         .     . .   .  .  . .    . .               C      TTT     .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      CT      .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      CT      .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TT      .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . CC         .     . .   .  .  . .    . .               T      TT      .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . GC         .     . .   .  .  . .    . .               .      T       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  C        . C          .     . .   .  .  . .    . .               .      T       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  G        . .          .     . .   .  .  . .    . .               .      T       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  T        . .          .     . .   .  .  . .    . .               .      .       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                              .   .      .      .  .  .        . .          .     . .   .  .  . .    . .               .      .       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                                         .      .  .  .        . .          .     . .   .  .  . .    . .               .      .       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                                         .      .  .  .        . .          .     . .   .  .  . .    . .               .      .       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                                                                            .     . .   .  .  . .    . .               .      .       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                                                                            .     . .   .  .  . .    . .               .      .       .        .  .    .  .  . . . .  .   . . .    .  .    .  .   
blockSeqs                     :                                                                            .     . .   .  .  . .    . .               .      .       .        .  .    .  .  . . . .  .   . .                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .                                                           


blockSeqCons                  :                         
originalCons                  :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
finalCons                     :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                              111111                                                                   
lowQualScore                  :                              22  3      1      22 1  55    0  1 88888888   1     1 1   11 11 1 5555 1 66666666        5      000000  1        4  222  33 33 1 2 1 1  1   1 1 1    33 1    2  3333     
lowQualScore                  :                              ..  .      .      .. .  ..    .  . ........   .     . .   .. .. . .... . ........        .      ......  .        .  ...  .. .. . . . .  .   . . .    .. .    .  ....     
lowQualScore                  :                              33  3      5      11 5  22    2  5 33333333   4     4 4   99 99 4 9999 4 44444444        8      444444  3        1  444  33 33 4 8 4 4  4   4 4 4    44 4    9  0000     
consensus                     :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
Reference ( family-613 )      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47661                      :                         AACAG--TC-CATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--G-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47662                      :                         AAAAG--TC-GATTTT-AACATT--T-CC-CCCAGACC-G----GC--CGG-CCCAA-C-AGT--T--A-T----G-A--------TGTTGGAC---GTTTTT---TCG-TAAAGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-
gi|47663                      :                         AACAG--TC-AATTTT-AACAGT--T-CC-CCCGGCCC-G----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------A-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GAGT-AT----AACA
gi|47664                      :                         AACAC--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-CCCGGTCC-G----GC--TGG-TCCAA-C-AGT--C--C-C----A-A--------TGTTGGAC----TTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AGCAA
gi|47665                      :                         AACAG--TC-T-TTTT-AACAGT--T-GC-CCCGGCCC-G----GC--CGG-TCCAT-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTCTTTCT-------TAAGGAAT-AT---TA--T--A-G-A-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGAT-AT----AACAA
gi|47666                      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-TC-CTAGGACC-G----GA--CAG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT---TT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47667                      :                         AACAG--TG-GATTTT-AACAGT--T-CC-AACGGCCC-G----CC--CAG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TATTGGAC--TTTTTTT---TCG-TAAGCAAT-AT---TG--T--A-G-A-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47668                      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-AC-TCCTGCCC-G----CC--CTG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTTTTTT------G-TAAGGAAT-AT---TG--T--T-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47669                      :                         AACAG--TC-CAATTT-AACAGT--T-CC--CCGGCCG-GA---CC--CGG-TTCCA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT---TT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-GGTA--G-GGAT-AT----AACAA
gi|47670                      :                         AACAG--TC-GAGTTT-AACAGT--T-AC-TCTGGCCC-GGCGGCC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGAC---TTTTTT---TCG-TAAGG
gi|47671                      :                         AACAG--TC-GATTTG-AAAAGT--T-CC-CCCGGACC-G----GT--CGG-TCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGAACTTTTTATCT-------TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTACTA-GGGTAAT----AACAAgtata
gi|47672                      :                         AACAG--TCTGATTTT-AACAGT--C-TC--CCTGCCC-G----CC--CGG-TCTAA-C-AGT--C--A-T----G-AA-------TGTTGGACTTTTTT-------CG-TAAGGAATCAT---TG--T--A-T-GTATAC-TGT-T-T-AATA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47673                      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-TC-TCC----------------------AA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT---TT---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47674                      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CA-TC-GGCCG-G----CC---GG-TCCAA-C-AGTTTC----T----A-A--------TGTTG-ACTTTTTTT------CG-TAAGGAATGAT---TGGTT--AAG-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47675                      :                         AACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----GC--CAG-TCCAA-C--GT--T--C-T----A-A--------TGTTGGAC---TTTTTT---TCG-TTAAGAAT-TA---TG--C--A-G-G-A-ACTTCT-T-T-AGTA----GAGT-AT----AACAA
gi|47676                      :                         AACA----C-AATTTT-AG--GC--T-CC-AACAGGAC-G----TCAGCGG-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT----T---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA----GGGT-AT----AACGA
gi|47677                      :                         AATAG--TT-GATTTTTAACA------CT-TCTG--------------TGG-TCCAA-C-AGT--C--A-TATTAA-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------G-TAAGGAAT-AT---TA--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GAGT-AT----AACAA
gi|47678                      :            aacagtcttttttAACAG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G--------CGG-TCCAA-C-AGT--T--C-T----ACA--------TGTTGGAC--TTTTTTT---TCG-TAAAG-AT-AC---TGT-T--A-A-G-G-AC-TGT-T-T--GTA--G-GTAT-AC----AATA
gi|47679                      :                                     TTTT-AACAGT--T-CC-TC-GGCCC-G----CC--TGG-TCC------GT-----A-T----G-A--------TGTTGGA-----TTTTT---TCG---AGGAAT-CC---TG--T--A-ACG-A-AA-TGT-T-T--GTA--G-GGGT-AT----CACAA
gi|47680                      :              aacaagtcccgAACAG--TCAGATATT-AACAGT--T-CC-TCCGGCCC-G----CC--T-G-TCCAACC-AGT--C--A-T----G-A----------TTGGCCTTTTTTTT------G-TACAGGAT-AT---TG--TTCA-GAG-A-AA-TGTCT-T-AG-A--G-GGTT-GTTATAAACAA
gi|47681                      :                         AACAGCCTC-GATTTT-A-CAGT--TTCC-TCCGGCCCGG----CC--AGG-TCCAA-C-ATT--T--C-T------A--------TGTTG-----CTTTTTT---TCG-T-AGGAAT--T---TG--T--A-G-----AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGTC-AT-----ACAA
gi|47682                      :                         AATAG--TC-AAGTTT-ATCAGT--T-CCAT-------------------G-TCCAA-C-AGT--C--A-T----A-AATTCATAATGTTAGACTTTATTT------CAATAAG-AATGATCAATA--T--A-G-G-T-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47683                      :                         AACTG--TC-GATTTT-AACAGT--C-CC-------------------CTG-ACCAA-A-TGT--C--A-A----A-A--------TGTTGGACCTTTTTCTCATATCA-T-AGGAAT-GA---TA--T--A-C-A-A-GC-TGT-C-C-AGCA--G-AAGT-AC----AACAA
gi|47684                      :                          ACAG--TC-AATTTT-A-CAGT--T-CC-CCTG--CA-G----C----GGCTCCAA-C-TGT--C--A-T----G-A--------GGTGGGA----TTTTTT---TCG-TGATAAA-------TG--T--A-G-G-A----CGT-T-T-AGC---G-GAGT-AT----
gi|47685                      :                            AG--TC-GATTTT-AACAGT--T-CC-GCCG--CC-A----CC--CGG-TCCAA-C-AGT--C--ATT----G-A--------T-TTGGAC---TTTTTT---TCG-TAAGGAAT-AT---T---T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-ATTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47686                      :                                                                                                                               T---TTG-TAAGAAGT-AT---TG--T--A-G---A-AC-TGT-TAT-A-TA--G-GAGT-AT----AACAA
gi|47687                      : gtccttaacagttaccgtagcccgtccaatagtaaATTTT-AACAGTGAT-CG-TCCGGCCC-G----GC--GGG-TCCAA-CTAGT--TCAA-T---------------TGTTG-ACTTTTTTCT---------AAGGAAG-AT---TG--TC-A-G-G-A-AC-TGT-T-TTAGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47688                      :                                                                       --CGG-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGTTGGACTTTT----T---TCG-TAAGGAAT-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTAG-G-GGGT-AT----AACAA
gi|47689                      :                                                                          GG-GCCAA-C-AGT--C--A-T----G-A--------TGT-GGACTTTTTT-------CG-TAAGGA-T-AT---TG--T--A-G-G-A-AC-TGT-T-T-AGTA--G-GGGT-AT----AACAA
gi|47690                      :                                                                          GG-TCCAA-C-AGT--C--A-TATTAA-A--------TGTTGGACTTTTTTT-------G-TAAGGAAT-AT---TA--T--A-G-G-A-AC-TTT-T-T-AGTA--GTGAGTAAT----AACAA