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Reference ( gi|58248 )        : CCTG-TGTT--CTG-GAACCTTT-CC-CATAAC-CTT-------TTAAT--T-A-T-G--ATT-TC-AC-TGA-C--G-TT---AAA-CCATCA--CG--CC-A--CGTGA-CGTTG-GAG-CATATG-CATTTGA--AGCATT-T--------TGATGGC--AC--------GA-----C--C----CCT--G---CTGTGC--ATCCATATGT-CG---TCTC---TG--TAAC-A----TTTT-GTCA-T---C-AG--T-CA-----AG-G-TCAGC---A-ATT-GTC-AA--A----TTTC-AAAA-CTC--TC-T-AG-C---AATGT-TTTGA-AAA---TGAAAAGTCTTTTA
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lowQualScore                  :     5    00   5        5  5      4    8  111111111   9    4 4  4   4   00 4  555    4         4      5 77777     4 5      5       5     4 1         77777 666   44444444 00 5 666  111      00       5  5     555555 555 0    0 3333       5  111 5 555 5  77777  1 1     777 5 5  5   5  11 6666    1    1  777   11 5  222   11 5 5 5   5 1 5  5 5 0000  7 11       
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Reference ( family-609 )      : CCTG-TGTT--CTG-GAACCTTT-CC-CATAAC-CTCTCAA---------TTA-CGGT-T-TC-ACT-AAC--G-TT---AAAC-CATCACGCC-ACCTGA-C-----GTTGGNG-CATATC-CATTTGA-AGCATCTCTATGGCACG-----A---CCG--------C--T-C---TG---CTGTAC--ATCCATATGT-CGTCT------C---TNCAAC-A----TTTTGTC-AT---C-AG--T-CA-----AG-G-TCAGC---A-A-TG-GTC-AA--A----TTTC-AAAA-CT---CTG--T-AG---AAA--T-G-T-TTG-A-A-AA-T-T----AA-AG-TCTTTTA
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lowQualScore                  :     5    00   5        5  5      4    8  111111111   9    4 4  4   4   00 4  555    4         4      5 77777     4 5      5       5     4 1         77777 666   44444444 00 5 666  111      00       5  5     555555 555 0    0 3333       5  111 5 555 5  77777  1 1     777 5 5  5   5  11 6666    1    1  777   11 5  222   11 5 5 5   5 1 5  5 5 0000  7 11       
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Reference ( family-609 )      : CCTG-TGTT--CTG-GAACCTTT-CC-CATAAC-CTCTCAA---------TTA-CGGT-T-TC-ACT-AAC--G-TT---AAAC-CATCACGCC-ACCTGA-C-----GTTGGNG-CATATC-CATTTGA-AGCATCTCTATGGCACG-----A---CCG--------C--T-C---TG---CTGTAC--ATCCATATGT-CGTCT------C---TNCAAC-A----TTTTGTC-AT---C-AG--T-CA-----AG-G-TCAGC---A-A-TG-GTC-AA--A----TTTC-AAAA-CT---CTG--T-AG---AAA--T-G-T-TTG-A-A-AA-T-T----AA-AG-TCTTTTA
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blockSeqs                     :     A    AT   A        T  T      A    C  AATTTAATG   A    A A  T   A   TA C  TTA    T         G      A CGTGA     A C      T       C                 AGAGT CCC   AGTGATAA CA T ACT  AGT      CA       T  G     TTTTTG TAA A    T ATTT       A  ACG G GGC G  TTATG  A T     TAA G T  A   A  TG TAAT    A    G  GCG   TT A  CGA   TG G T G   A T G  G G TTTA  G AT
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  T           T    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    TT       .        A  .     C      .   T    T GGTT       .  G   . GAA .  .      A T     .   . .  .   .  .  ACT     A    T  .     .  .  A     .  . . .   . T .  . . A     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    A        .        A  .     .      .   T    . T          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  AT      .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . C 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        A  .     .      .   T    . T          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  A       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . C 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    T  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    T  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    T  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    T  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . A 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        A  .     .      .   T    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         G .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   A    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . A 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   T    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . C 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         T .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        A  .     .      .   T    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . C 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        A  .     .      .   C    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         G .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . C 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        A  .     .      .   T    . .          .  .   . T   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . G   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . G 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    T  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   T    . .          .  .   . C   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . C 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         T .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        A  .     .      .   C    . .          .  .   . T   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     . . 
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         C .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .     .   
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   G    . .          .  .   . A   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .         
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        T  .     .      .   T    . .          .  .   . .   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . . .         
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    A  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         A .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        A  .     .      .   T    . .          .  .   . .   .  .      . .     .   . .  .   .  .  .       .    .  .     .  .  .     .  . . .   . . .  . .           
blockSeqs                     :     .    .    .        .  .      .    C  .           .    . .  .   .   .  .  .      .         .      . .         . .      .       .                 .     .     .        .  . .    .        .        .  .     .      .   T    . .          .  .   . .   .  .                                                                                                   
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gi|58270                      :                                                                                                              TTGGAG-GATATC-CATTTGA-CGCATCTCTAAGGCACG-----A---CCG--------C--T-C---TG---CTGTAC--ATACATATGT-CGTCT------C---TTCAAC-A----TTTTGTC-AT---C-AT--T-CA-----AG-G-TCATC---A-A-TA-GTC-AA--A----TTTC-AAAA-CT---TTG--T-TG---AAA--T-G-T-TTG-A-A-AA-T-T----AA-CG-TCTTTTA
gi|58271                      :                                                                                                                                                 CACG-----A---CTG--------C--T-C---TA---CTGTAC--ATCCATAAGC-CGTCT------T---TTCAATTA----TTTT--T-AA---C-AA--T-TA-----AG-G-TAAGT---A-A-TG-ATC-AA--A----TTTC-AAAA-CT---CCG--T-AG---AAA--T-G-T-TTG-A-A-AA-A-T----AA-AG-TATTTTA
gi|58272                      :                                                                                                                                                                                                              T------T---TTCAAG-A----TTTTGAT-AT---C-AA--A-CA-----CG-G-TCAGT---A-A-TG-GTC-AA--A----TTTC-AAAA-TT---CTG--T-AG---AAA--T-G-T-TTG-A-A-AA-T-T----AA-AC-TCTTTTA