lowQualScore                  :                                                      111  222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                      222222222222222222                                         55555555555555555                                                                                                                  1111                                         1111             222222222222222222                       1111                    1111111111      1111                                                                                                     
lowQualScore                  :     3 3   1 1  3 3   5555 1  22 1  3   5555 3 5 1 22 000  999999999999999999999999999999999999999999999999  1  66   7777 3 666666  1 1 1  66666666 1  44 3 222 44 222   44 1 1  222222222222222222    1  1  1 333 1  1 88888 1 22 5 55 1   00000000000000000 1     22 3 88888888 222  333333 1 55 4 22 33 555 1 1 1 33   888888 3333 9999 3     444 777   3    4   1     55   1111  44 1      555 444  1 1 1 1   1 77 1  4 4444   222 22 3  000000000000000000  1 44 3 1 22 1  444 2 4444  1 1  1 3 1   22 3 1111111111 1  1 6666 1 44   1    3  22  1 1    1 3 1 22 3    55   1   22   1 1 555555 1 44 3 1  333 1 333 1 3  1         
lowQualScore                  :     . .   . .  . .   .... .  .. .  .   .... . . . .. ...  ................................................  .  ..   .... . ......  . . .  ........ .  .. . ... .. ...   .. . .  ..................    .  .  . ... .  . ..... . .. . .. .   ................. .     .. . ........ ...  ...... . .. . .. .. ... . . . ..   ...... .... .... .     ... ...   .    .   .     ..   ....  .. .      ... ...  . . . .   . .. .  . ....   ... .. .  ..................  . .. . . .. .  ... . ....  . .  . . .   .. . .......... .  . .... . ..   .    .  ..  . .    . . . .. .    ..   .   ..   . . ...... . .. . .  ... . ... . .  .         
lowQualScore                  :     8 6   8 8  5 5   4444 7  44 7  5   4444 5 2 7 44 222  000000000000000000000000000000000000000000000000  7  99   5555 3 555555  7 7 7  00000000 7  00 3 999 66 999   00 7 7  777777777777777777    7  7  7 000 7  7 77777 8 55 5 00 8   33333333333333333 7     44 5 77777777 999  888888 5 22 6 11 77 888 5 5 5 77   111111 3333 3333 0     111 000   0    8   6     66   9999  00 7      222 666  7 7 7 7   7 33 7  9 2222   888 22 3  222222222222222222  7 00 3 7 33 7  666 8 3333  7 7  7 3 7   44 5 1111111111 7  7 3333 8 33   8    5  44  7 7    7 5 7 44 5    88   7   44   7 7 222222 8 33 6 8  222 8 222 8 6  8         
consensus                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T---AAA-----T-------T-AC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-C---A--T---TTT--T-T-TTT-----------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--TT-A-A--C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T----T-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---CTTT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C-TTTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
Reference ( gi|112627 )       : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T---AA------T-------T-AC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-C---A--T---TTT--T-T-TTT-----------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--TT-A-A--C-C--A-CGT---------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T----T-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---CTTT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-T--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C-TTTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112626                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T--T--T-GT-GAA----T-A-A-T--TA--AA------T-------T-AC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-C---A--T---TTT--T-T-TTT-----------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--TT---A--C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G---TG------T----T----T-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CG-A---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C--TTTC-TTT-CAC--ACT-T-C------T-T--A-T-GC---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112630                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T---AAA-----T-------T-AC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC----------AA--T-C---A--T---TTT--T-T-TT------------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--T--A-A--C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-AATC--A---C-G-G-G--CCG------T----TCAGTT-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT----A-CGAG----GAC---A--T-TG-T-----A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---CTG----GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C-TTTTC-TTT-CAC--ACA-TGC------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAA
gi|112629                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----TTA-A-T--T---AAA-----T-------T-AC----AA-A--A-------------------GT-ATTGCTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--TTC---A--T---TTT--T-T-TTT-----------------AA-C-GG-AA-T---A-TT-C--TTTA-A--C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--AT--C-G-G-G--C-G------T----T----T-GCCCG---T---GCT-AAAAATCA-ACAAA--GTGG---AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT----A-CGAA----GAC---A--T-TG-------A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---CTT----AC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-G-----TTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112628                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----TTA-A-T--T---AAA-----T-------T-AC----AA-A--A-------------------GT-ATTGCTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--TTC---A--T---TTT--T-T-TTT-----------------AA-C-GG-AA-T---A-TT-C--TTTA-A--C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--AT--C-G-G-G--C-G------T----T----T-GCCCG---T---GCT-AAAAATCA-ACAAA--GTGG---AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT----A-CGAA----GAC---A--T-TG-------A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---CTT----AC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCCCTC--AA-G-GCAA-A-T-G-----TTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112633                     : TTTG-A-TAA-C-TT-AACAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T---AAG-----T-------T-AC-----A-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-C---A--T---TTT--T-T-TTT-----------------AATC-GG--A-T---A-TT-C--TT-A-A--C-C--G-TAT---------T-------A-AGCAT--A-T------A-T----C----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCGTTTAAAT----T----T-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----A---C-AGCACG---T---TT-T-T-G--TT-T--A-CG-A---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-G--T-C--A-A--TAT--CCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C-TTTTC-TTT-CAC--ACA-T-
gi|112632                     : TTGG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--TA--AA------T-------T-AC-----A-A--A-------------------GT-AC--TCT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-C---A------TTT--T-T-TTT-----------------AATC--G-AA-T---A-TT-C--TT-A-A--C-C--A-CGTA--------TA------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--A--A---C---G-G--CCG------T----T----T-GCACG---C---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-GTTTT-T--A-CG-G---AGAC---A----TG-T-----A---TA-----TA-G--ATC-T--G-CG---C-TT---GC-C-AC-T-T--AT--A--------------GT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-A-G--C-TTTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-TA-A-T-GA---------G-G-AA-TAAAAAAAA
gi|112631                     : TTTG-A-TAA-C-TT-ATCAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T---AA------A-------T-AC----AA-A--AA------------------GT-AT--CTT----GGA------AA-C-A-GC--------C-AAA-T-C---A--T---TTT--T-T-TT------------------AATC-G--AA-T---A-TT-C--TTTA-A--C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC------T-G--T-A--C--A---T-C-G-C--CCG------T----T----T-GCACGACGT---GCT-AAA--TCA-AACAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA---A-AC---A--T-TG-TA----A---TA-----TA-G--A-C-T--G-CG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-TC-A-A--TTT-CCCT-AA--AA-G-GCAA-A-T-G--CTTTTTC-TTT-CAC--ACA-T-G------T-T--A-T-GA---G-T---G-AGAA-TAAAAAAA
gi|112635                     : TTTGTA-TAAAC-TT-A-CAA----T-AT--T--T-GAA----T-A-AAT--T---AAA-----T-------T-AC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA----C---A--T---TTT--T-T-TT-------------------ATC-GG-AA-T---A-TT-CC-TT-A-A--C-C--A-CGTATTAAA---T-------A-AG-AT--A-T------ACT---GC----A-T----T-A--C--A---C-G-G----CCG------T----TCAGTT-GCACG---TT--GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTGG---AT--C-AGCACG---T---TT-T---G-TTT-T--A-CGAA---A--C---A--TGTA-T-----A---TA-----TA-G--C-C-C--G-CG-----TT---AC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-AA-TAT-CCCC-TC--AA-G--CAA-A-T-G--C-TTTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GAGTCG-T---G-A-AA-TAAACAAAA
gi|112634                     : TTTGCA-TAA-CGTT-A-CA-----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--A---AA------T-------T-AC----AA-A----------------------GT--T--CTT----G-A------AC-C-A-GC--------C-AAGTC-C---A--T---TTT--T-T-TT-------------------ATC-GG-AA-T---A-TT-C--TT-A-A--CAC--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC----AGT-G--TTA--C--A---C-G-G----CCG------T----TG---T-GCACG---TAGTGCT-AAAA-T-A-ACAAGAGGGG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-TGTA-CGAA----GAC---A--T-TG-T-----A----A-----TA-GTAA-CAT--G-CG---CTT----GC-C-AC-C-T-GAT--A-G----------TTGT-T-TC-A-A--TAT-CCC--TC--AA-G--CAA-A-T-G--C-TTTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---GAA-AA-TAAAAAA
gi|112636                     : TTTG-AATAA-C-TT-A-CAA----T-AC--T-GTTGAA----T-A-A-T--T---AAA-----T-------T-AC----AATA--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-AAGC--------C-AA--T-C---A--T---TTT--T-T-TTTTTT--------------AATC-GG-AA-T---AATT-C--TT-A----C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--AGT------A-T---GC----A---G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T----TTGCAGG---T----CT-AAAA-TCA-AAAAAT-GTG----AT--C-AGCACG---C---TT-T-T-G-TTT-TT-A-CGAA----GAC---AATT-TG-------A---TA-----TA-G--A-C-T--GGCG---CTT----GC-C-AC-T-T-GAT--A-GC---------T-GT-T-TC-A-A--TAT----------------CAA-A-T-G--CTTTTTC-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--AGT-GT---G-T---G-A-AA-TCAA
gi|112637                     : TTTG-AATAA-C-TTTA-CAA----CGAC--T-GT-GGA----G-A-A-TAAT---AA------T-------T-ACTATGAG-AGTA-------------------GT-AT--CTTTTTTGCA------AA-CTA-GCATCACACTC-GA--T-C---T--T---CTT--T-TATTT-----------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--TT-A-A--CGCTAA-CGTATA------T-------A-AG-ATTCA-T------A-T---GC----A-T-G--TCA--CCAA---C-G-G-GA-CAG------T----T----T-G-AGG---TA--ACT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----A---G-AGCACGCTAT---TA-T-T-G-TTT-TA-A-CGAA---GAGC---A----TG-T-----AAC-T------TA-G--A------G-CG----TTT---GC-CTAC-T-T-GAT--ACGT---------T-GA-T-TCAA-A--TAT----A-TC--AA-ATGTGATA-T----T-TCTTC-TTT--AC--ATA-T-C------T-T--A---AA---A-T---G-A-AG-
gi|112638                     :  TTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-G--GAAATTCT-ATA-T--T---AAACATACT-------T-AC----AC-A--ATATAG--------------AT-AT--CG-----G-A------AA-A-A-TC--------CCAA--T-C---T--T---TCTA-T-T-TTT-----------------AATTTAG-GA-T---G----------------------CGG-----------------A-A--AT--A-T------T-T---GC-----------T-A-----A---C-GCA-G--CGA------T----A----T-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-AC--A--GTG----AT--C-AGCACG---TATATT-T-G-A-GGT-T--A-CGAA---GGACGGTG--T-TG-T-----A---TA-----TA-G--T-C-T--G--G---CTTG---AG-T-AC-A-T-G-T--A-G----------T-GT-T-
gi|112639                     :   TG-A-AAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T---AA------T-------TTAC----AA-A--T-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-C---A--T---TTTTTT-T-TTT-----------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--AT-A-A--C-C--A-CGTA--------T-------A-AGCAT--A-T------A-T---GC------T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T----T-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CG-A---AGAC---G--T-TG-T-----A---TAT----TA-G--ACC-T--G-CG---CTTT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-T--T-TTATT-TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAACAA
gi|112640                     :   TG-A-AAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A--------------------------T---------------------------------GT-AT--CTA----G-A------AA-C-A-GC--------C-CA--T-C---A--T---TTT--T-T-TTTTA---------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--AT-A-A--C-C--G-CGT-------------------ATTAT--A-A------G-T---AT----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T------ACACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAACACAAGT---G--T-TG-----------TA-----TA-GC-A-C-T--G-CG---CTTT----C-C-AC-TAT-GAT--A-G----------T-GGAT-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-T-GCAA-A-T-G--C-TTTT--TTT-CAC--GCA-T-C------T-T--A-T------G-C---G-A-GA-TAAAAAAA
gi|112641                     :   TG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T----------------------------A-A--A-------------------TT-AC-----------A------AA-------------------------------------------TTT-----------------AAT------G-T---A-TC-T--TG-A-A--A-C--A--GC---------C-------A-CGCAT--A-T----------------------G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T----T-GCACG---T---GCT-AAA--TGA-ACAAA--ATGTCAGAT--C-AACACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-TGAA----GAC---A--G-TG-TT----G---TG-----TA-G--A-C-T--G-CG---CTA----GC-C-AC-T-C-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C-TTTT--TTT-CAC--ATA-T-C-------------T-GA---G-T---G-G-GA-TAA
gi|112642                     :   TG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GTTGAA----T-ATA-T--TTAAAA------T-------T--C----AA-A--T-------------------GT-ATATCTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-C---ATTT---TTT--T-T-TTT-----------------TATC-G---A-T---A-TT-TCATT-A-A--C-CCGA-TAT---------A-------A-GGCAT--ATT------A-T----C----A-TGG--T-A--C--A---T-G-G-G--CCG------T----T----T-GCACT---T---GAT-A
gi|112643                     :   TG-A-TA--C-TT-A-CAA----T-AT----GT-AAA----T-A-A-T--T---AA------A-------T-A----------------------------------AT--CAT----G-A------AA-C-A-GT--------C-AA--T-C---AAAT---TTT--T-T-TTG-----------------GATC-GG-AA-T---A-TT-C--AT-C-A--C-C--A-TGTA--------TGCCCTTAA-AGCAT--A-C------A-T---AC----A--------------A---G-G-A-A--CC------------T----T-GCACA---T---GCT-AAAA-TCA-ACAA
gi|112644                     :    G-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--TG--AA------T-------T-AC----AA-AT-G-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-GA--T-CTCTC--T---TTT--T-T-TTTTTTTTTTGGTTTTTTTGAATC-GG-AA-T---A-TT-C--AT-A-A--C-C--A-CGTAATA-----T-------A-AGCAT--A-T------------GC----A-T-G--C-A--C--A---C-G-G-G--ACC------T----T----T-GCATG---T---GCTTAAAA-TCA-ACAAA--GT-----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CG-A---AGAT---G--T-TG-T-----A---TA-----TATG--C-T-T--G-CG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--T-G----------T-GC-TGC--A-A--TAT-CCCC-TC---A-G-CCAA-ATT-G--C-TTTTT-TTT-C-C--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---A-G---G-A-AA-TAAAAAAAgaaaa
gi|112645                     :    G-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--TTGT-GAA----T-A-A-C--T---GA------TCAAAAGTT-AC----AA-A--T-------------------GTTAT--CTT----G-ATTCAGCAATC-A-GC--------C-AA--T-C---C--A---ATT--T-T-GTA-----------------AATC-GG-A--T---A-TT-C--AT-A-A--C-C--A-CGCAAAA-----T-------A-AGCAC--A-T------G-TAAGGG----A-T-TACT-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T------GCACG---T---GCTTAAAACTCA-ACAAA--GTG----ATTTC-AGCACGGG-T---TT-T-T-G-TTT-T--A-ACAA---AAAC---A--T-TG-TTGTG-A---T------TA-G--A-C-T--G-CG---CTTT------C-AC-T-T-GA
gi|112646                     :     -A-TAA-C-TT-A-CAAA---T-ATCTT-GT-GAA----T-A-A-T--T---AAA-----T-------T-AC----AA-A--T-------------------GT-CT---TT----G-A------AA-C-A-GA--------C-A---T-C---A--T---TTC--TCT-TTT-----------------AATC-GG-AAAT---A-TTGCA-TG-A-A--C-C--AACGTA--------T-------AGAGCA---A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---CCG-G-G--CCG------T----T----T-GCACGG--T---GCC-GAAA-ACACGCAAA--GTG----AT--C-AGCACG---TA--TTGT-T-G-TTTGT--AAC--A---AGAC---G--T-TGAT-----A---TAA----TA-G--A-C-------G---CCTG---GC-C-AC-TGT-GAT--A-G------------GT-T-CC-A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C--TTTC-TTT-CAC--A-A-T-C------T------T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112647                     :     -A-TAA-C-TTTA-CAA----T-AA--T-GT-TAA----T-A-A-T--TTA-AA------TC------T-AC----CA-A--AC------------------GT-AT--CTTTG--A-A------AA-C-A-GC--------A-AA--T-C---A--T---TTT--T------------------------ACG-GA-AA-T---A-TT-CA-TT-ACA--C-T--A-CAT-----------------A-AGCAT--A-T------------GC----A-T-G--TTA--CC-A---C-G-GCG--CCG------T----TC---T-GCACG---TT--GCT-AAAA-TCA-ACAAA---TGC---AT--CCAGCACA---T---TT-T-T-A-TTT-TT-A-CGGA----GAC---A--C-TG-T-----TCTTTA-----T--G--A-C-T--G-TG---CTT----GC-C-ACGT-T-GAT--T-G----------T-GT-C----A-A--TAT-CCCC-TTCAAA-G-GCAA-A-TAG--C-TTTTC-TTC-CAC--ACA-T-C------TGTCAA-A-GA---G-T---G-ACGA-GAAAAAAAA
gi|112648                     :       -TAA-C-TC-A-CAAATAAT-AT--T-GA-GAAA---T-ACA-T--T---AAAA----T-------T-AA----AA-T--ACT-----------------GT-TT--CTTA---G-AT-----AA-C-C-GC----------AA--T-C---A--TGGATTT--T-T-TTT-----------------AATC-GGGAA-TGAAA-TC-C--AT-A-AGTCAT--A-CGTGATTAATCAT-------A-AGTAT--A-CTATATCA-T---GCTCTAA-T-GC-T-A--C--AATTT-G-G-GTTCCAAA----T----T----T-GGA---------GCT-ACTA-TTC-TTAAA---TG----A-----AACACG---T---TT-T-TTG-TTT-T--A-TGAA---GG-C---A--TGTG-T-----T---TGAGTGCTT-G--A-C-T--G-CGTTTCTTTACAGC-C-AA-T-TCGACTCACG----------T-GT-T-C--A-AAATAT-CCCT-CT--AA-G-GCAA-G-T----C-TCTT--TTT-CACTTACA-T-C------T-C--GTT-AA---G-TTGGG-A-TA-TAAAACAAA
gi|112649                     :                -A-CAA----T-AT--T-GT-GAA----T-A-A-T--T---AAA-----T-------T-AC----AA-A--ATACATGTATCTATGTACATGT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-GA--T-C---A--T---TTT--T-T-TT
gi|112650                     :                                                      ---AG------T-------C-AC----AA-A--T-------------------GT-AT--CAT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-T---A--T---TTT--T-T-TTTAA---------------AATC-GG-AA-T---A-TT-C--a
gi|112651                     :                                                                                                                                                                                                                                                     a-------A-AGCAT--A-T----------------------G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG------T----T----T-GCAC-------------AAT-TCA-ATAA-----------T--C-AACACG---T---TT-T-T-G-TTT-G--A-TGAC----GCC---A--T-TG-------A---TGAG---TA-G--A-C-T--G-CG---CTA----GC-C-AT-T-C-GAT--A-G----------T-CT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-A-T-G--C-TTT---TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-G-GA-TAAAACAAA
gi|112652                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---GC----A-T-G--T-A-----A---C-A-G-G--CCG------CCGCGT----T-G-ACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAAC-GTAT---ATC-C-AGCACG---T---TT-TGT-T-TTT-T--A-CGAA---AGAC---A--T-TG-TTAATCA---TAAT---CA-G--A-C-TAAG-CGA--CTTT---GCAC-AC-T-T-GAT--A-GGCTTTGTGATT-GT-C-C--A-A---ATCCCCC-TC--AAGG-GCAA-A-T-GCTC-TTTTCTTTT-CAC--ACT-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AATTAATAAAAA
gi|112655                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                      C----A-T-GG-T-A--C--A---T-G-G-G--CCG------T----T----T-GCACT---T---GAT-A
gi|112653                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                              -G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCGG-----T----C----TAGCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--GTA----AT--C-AGCATG---A---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA----GAC---A--T-TG-TTGT--A---TG-----TA-G--G-C-T--G-CG---CTT----GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--A-A--TAT-CCCC-TT--AA-G-GCAA-A-T-G--C-TTTTT-TTTCCAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAAgtgttcacatatcccctcaaggcaaattgctttttctcacacattctgatcgagctgaaataaaaaaaa
gi|112654                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     g----T-GCACG---T---GCT-AAAA-TCA-ACAAA--ATG----AT--C-AGCAGG---G---TT-T-T-G-TTT-T--A-CG-A---AGAC---A--
gi|112655                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C---A--T-GG-T-----A---CA-----TG-G--G-C-C--G-------TTT---GC---AC-T-T-GAT--A-G----------T-GT-T-C--ACA--TAT-CCCC-TC--AA-G-GCAA-ATT-G--C-TTTT--TCT-CAC--ACATT-C------T-G--A-TCGA---GCT---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112656                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              C-TC--AA-T-GCAA-A-T-G--C-TTTT--TTT-CAC--GCA-T-CGTATTGT-T--A-T-TA---G-T---G-A-GA-TAGAAAAAA

lowQualScore                  :                                                                                  2222222222222222222222                                                  1111111111                11111111111                   11                                     1111111                                                                                                                                                                 111111             111111111111111111                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :     3 3   1 1  3 3   5555 1  22 1  3 222  5555 3 5 1  888888   55555 1   3333  1 9999999999999999999999  1  66   7777 3 666666  1 1 1  55555555 1  33 3  1111111111 222   444 1 1  66666666666      1  1 444   1 00  1 1 66666 5 22 1  777777777777 333 2222222 1 1    22 3 44444444 222  333333 1 33 4 22 33 555 1 1 1 33   55 6666 66666666666     444 777  1 4    1   1     55  3 8888  22 3      555 444  1 1 1 3   1 55 1  000000   222 22 3  666666666666666666 1 1 33 1 3 33   444 999999  1 1  1 3 1   22 3 9999999999 44 3 1 3 5 1 22   3    1  22   1 1   1 3 1  3 22   3   3   22   1 1 555555 1 44 3 1  333 1 333 1 3  1         
lowQualScore                  :     . .   . .  . .   .... .  .. .  . ...  .... . . .  ......   ..... .   ....  . ......................  .  ..   .... . ......  . . .  ........ .  .. .  .......... ...   ... . .  ...........      .  . ...   . ..  . . ..... . .. .  ............ ... ....... . .    .. . ........ ...  ...... . .. . .. .. ... . . . ..   .. .... ...........     ... ...  . .    .   .     ..  . ....  .. .      ... ...  . . . .   . .. .  ......   ... .. .  .................. . . .. . . ..   ... ......  . .  . . .   .. . .......... .. . . . . . ..   .    .  ..   . .   . . .  . ..   .   .   ..   . . ...... . .. . .  ... . ... . .  .         
lowQualScore                  :     6 5   7 7  3 3   2222 7  33 7  3 999  2222 3 0 7  444444   66666 6   4444  6 2222222222222222222222  6  66   2222 2 222222  6 6 6  88888888 6  88 2  4444444444 888   444 6 6  44444444444      7  7 666   7 66  7 7 77777 2 44 7  555555555555 000 9999999 7 7    33 3 99999999 888  888888 5 77 6 11 77 888 5 5 5 77   22 5555 55555555555     111 000  5 4    5   5     44  2 2222  22 2      000 444  6 6 6 2   6 44 6  777777   777 11 2  333333333333333333 6 6 88 6 2 88   444 888888  6 6  6 2 6   33 3 0000000000 00 3 7 3 2 7 44   5    7  33   7 7   7 3 7  3 33   5   3   33   7 7 000000 7 11 5 7  000 7 000 7 5  7         
consensus                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CA----------T---TTT---T-T-TTT----------AATCGG-AA-T---ATT-C--TT-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---CTTT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
Reference ( family-608 )      : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CA----------T---TTT---T-T-TTT----------AATCGG-AA-T---ATT-C--TT-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---CTTT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112626                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T--T--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CA----------T---TTT---T-T-TTT----------AATCGG-AA-T---ATT-C--TT---A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G---TG--T----T----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CG-A---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC----TTTCTTT-CAC--ACT-T-C------T-T--A-T-GC---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112627                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AA------T-TAC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CA----------T---TTT---T-T-TTT----------AATCGG-AA-T---ATT-C--TT-A-A-----C-C--A-CG---T------------T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA---AGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---CTTT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-T-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112628                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----TTA-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--A-------------------GT-ATTGCTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--TTCA----------T---TTT---T-T-TTT----------AA-CGG-AA-T---ATT-CT-TT-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--AT--C-G-G-G---CG--T----T----T------GCCCG---T---GC-TAAAAA-TCA-ACAAA--GTGG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G--TT-T--A-CG-A---AGAC---A--T-TG-------A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---C-TT---AC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TATCCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-G-----TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112629                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----TTA-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--A-------------------GT-ATTGCTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--TTCA----------T---TTT---T-T-TTT----------AA-CGG-AA-T---ATT-CT-TT-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--AT--C-G-G-G---CG--T----T----T------GCCCG---T---GC-TAAAAA-TCA-ACAAA--GTGG----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G--TT-T--A-CG-A---AGAC---A--T-TG-------A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---C-TT---AC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TATCCCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-G-----TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112630                     : TTTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-G---------C-AA--T-CA--------------TTT---T-T-TTT----------AATCGG-AA-T---ATT-C---T-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-AATC--A---C-G-G-G--CCG--TTCAGT----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G--TT-T--A-CG-A---GGAC---A--T-TG-T-----A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---C-TG---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-TGC------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAA
gi|112631                     : TTTG-A-TAA-C-TT-ATCAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T--AC----AA-A--AA------------------GT-AT--CTT----GGA------AA-C-A-GC--------C-AAA-T-CA----------T---TTT---T-T-TT-----------AATCG--AA-T---ATT-C--TTTA-A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC------T-G--T-A--C--A---T-C-G-C--CCG--T----T----T------GCACGACGT---GC-T-AAA--TCA-AACAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA---A-AC---A--T-TG-TA----A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--GTT-T-C-A-A--TTT-CCCT-AA--AAG-G-CAA-A-T-GCTT--TTTCTTT-CAC--ACA-T-G------T-T--A-T-GA---G-T---G-AGAA-TAAAAAAA
gi|112632                     : TTGG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A----------------------GT-AC--TCT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CA----------T---TTT---T-T-TT-----------AATCG--AA-T---ATT-C--TT-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---TA------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--A--A---C---G-G--CCG--T----T----T------GCACG---C---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-GTTTT-T--A-CG-G---AGAC---A----TG-T-----A---TA-----T-A-G--ATC-T--GCG---C-TT---GC-C-AC-T-T--AT--A---------------G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-A-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-TA-A-T-GA---------G-G-AA-TAAAAAAAA
gi|112633                     : TTTG-A-TAA-C-TT-AACAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAG-----T-TAC----AA-A----------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CA----------T---TTT---T-T-TTT----------AATCGG-A--T---ATT-C--TT-A-A-----C-C-----G---T--------A---TT------A-A-GCAT--A-T------A-T----C----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T----TAAATTTGCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----A---C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT----A-CGAA----GAC---A--T-TG-T-----A---TA-----T-A-G--A-C-T--GCG---CTT----GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T---C-A-A--TAT-CCC--TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-
gi|112634                     : TTTGCA-TAA-CGTT-A-CA-----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-T-------AAA-----T-TAC----AA-A----------------------GT--T--CTT----G-A------AC-C-A-GC--------C-AAGTC-CA----------T---TTT---T-T-TT------------ATCGG-AA-T---ATT-C--TT-A-A-----CAC--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC----AGT-G--TTA--C--A---C-G-G----CCG--T----TG---T------GCACG---TAGTGC-T-AAAA-T-A-ACAAGAGGG-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-TGTA-CGAA----GAC---A--T-TG-T-----A----A-----T-A-GTAA-CAT--GCG---CTT----GC-C-AC-C-T-GAT--A-G----------TT-G-T-TTC-A-A--TAT-CCC--TC--AAG---CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---GAA-AA-TAAAAAA
gi|112635                     : TTTGTA-TAAAC-TT-A-CAA----T-AT--T--T-G---AA----T-A-AATT------AAA-----T-TAC----AA-A--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA----CA----------T---TTT---T-T-TT------------ATCGG-AA-T---ATT-CC-TT-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---TTAAAT--A-A-G-AT--A-T------ACT---GC----A-T----T-A--C--A---C-G-G----CCG--T----TCAGTT------GCACG---TT--GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-GG---AT--C-AGCACG---T---TT-T---G-TTT-T--A-CGAA---A--C---A--TGTA-T-----A---TA-----T-A-G--C-C-C--GCG-----TT---AC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-CAA-A--TAT-CCCC-TC--AA--G-CAA-A-T-GC-T--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GAGTCG-T---G-A-AA-TAAACAAAA
gi|112636                     : TTTG-AATAA-C-TT-A-CAA----T-AC--T-GTTG---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AATA--A-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-AAGC--------C-AA--T-CA----------T---TTTTTTT-T-TTT----------AATCGG-AA-TA--ATT-C--TT---A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--AGT------A-T---GC----A---G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCGT-T----T----T------GCAGG---T----C-T-AAAA-TCA-AAAAAT-GT-G----AT--C-AGCACG---C---TT-T-T-GTTTT-T--A-CG-A---AGAC---AATT-TG-------A---TA-----T-A-G--A-C-TG-GCG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-GC---------T--GTT-T-C-A-A--TAT----------------CAA-A-T-GCTT--TTTCTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--AGT-GT---G-T---G-A-AA-TCAA
gi|112637                     : TTTG-AATAA-C-TTTA-CAA----CGAC--T-GT-GGAGAA----T-A-A-T--------AA-----T-TACTATGAG-AGTA-------------------GT-AT--CTTTTTTGCA------AA-CTA-GCATCACACTC-GA--T-CT----------T---CTT---T-TATTT----------AATCGG-AA-T---ATT-C--TT-A-A-----CGCTAA-CGTA-T--------A---T-------A-A-G-ATTCA-T------A-T---GC----A-T-G--TCA--CCAA---C-G-G-GA-CAG--T----T----T------G-AGG---TA--AC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----A---G-AGCACGCTAT---TA-T-T-G-TTT-TA-A-CGAA---GAGC---A----TG-T-----A----ACT---T-A-G--A------GCG----TTT---GC-CTAC-T-T-GAT--ACG----------TTGA-T-T-CAA-A--TAT----A-TC--AAATG-TGATA-T--T-T--CTTCTTT--AC--ATA-T-C------T-T--A---AA---A-T---G-A-AG-
gi|112638                     :  TTG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-G--G---AAATTCT-ATA-TT------AAACATACT-TAC----AC-A--ATATAG--------------AT-AT--CG-----G-A------AA-A-A-TC--------CCAA--T-CT----------T---TCTA--T-T-TTT----------AAT------------------TT-A-G-----G----A-TG---C--------G---G-------A-A---AT--A-T------T-T---GC-----------T-A-----A---C-GCA-G--CGA--T----A----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-AC--A--GT-G----AT--C-AGCACG---TATATT-T-G-A-GGT-T--A-CGAA---GGACGGTG--T-TG-T-----A---TA-----T-A-G--T-C-T--G-G---CTTG---AG-T-AC-A-T-G-T--A-G----------T--G-T-T-
gi|112639                     :   TG-A-AAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAT-----T-TAC----AA-A--T-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CA----------T---TTT---T-T-TTTTT--------AATCGG-AA-T---ATT-C--AT-A-A-----C-C--A-CG---T--------A---T-------A-A-GCAT--A-T------A-T---GC------T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA----GAC---G--T-TG-T-----A---TA-----TTA-G--A-CCT--GCG---CTTT---GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-TT-T--TATTTTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAACAA
gi|112640                     :   TG-A-AAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A---------------------T--------------------------------GT-AT--CTA----G-A------AA-C-A-GC--------C-CA--T-CA----------T---TTT---T-T-TTTTA--------AATCGG-AA-T---ATT-C--AT-A-A-----C-C--G-CG---T--------A---T------------TAT--A-A------G-T---AT----A-T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T-----------ACACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAACACAAGT---G--T-TG-----------TA-----T-A-GC-A-C-T--GCG---CTTT----C-C-AC-TAT-GAT--A-G----------T--G-GAT-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAT-G-CAA-A-T-GC-T--TTT-TTT-CAC--GCA-T-C------T-T--A-T------G-C---G-A-GA-TAAAAAAA
gi|112641                     :   TG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G-----------A-A-T--------AA-----T-T-------A-A--A-------------------TT-AC-----------A------AA-------------------------------------------------TTT----------AAT-----G-T---AT--C--TT-G-AAACAGC-C--A-CG---C--------A---T-------A--------------------------------T-G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T----T------GCACG---T---GC-T-AAA--TGA-ACAAA--AT-GTCAGAT--C-AACACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-TGAA----GAC---A--G-TG-TT----G---TG-----T-A-G--A-C-T--GCG---CTA----GC-C-AC-T-C-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTT-TTT-CAC--ATA-T-C-------------T-GA---G-T---G-G-GA-TAA
gi|112642                     :   TG-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GTTG---AA----T-ATA-TTTA----AAA-----T-T-C----AA-A--T-------------------GT-ATATCTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-CATT--------T---TTT---T-T-TTT----------TATCG---A-T---ATT-TCATT-A-A-----C-C----CGA--T--------A---T-------A-AGGCAT--ATT------A-T----C----A-TGG--T-A--C--A---T-G-G-G--CCG--T----T----T------GCACT---T---GA-T-A
gi|112643                     :   TG-A-TA--C-TT-A-CAA----T-AT----GT-A---AA----T-A-A-TT------AAA-----T--------------A----------------------AT--CAT----G-A------AA-C-A-GT--------C-AA--T-CAAA--------T---TTT---T-T-TTG----------GATCGG-AA-T---ATT-C--AT-C-A-----C-C--A-TG---T--------A---TGCCCTTAA-A-GCAT--A-C------A-T---AC----A--------------A---G-G-A-A--CC--------T----T------GCACA---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAA
gi|112644                     :    G-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------GAA-----T-TAC----AA-AT-G-------------------GT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-GA--T-CTCTCTTTTTTTT---TTT---T-T-TTTGGTTTTTTTGAATCGG-AA-T---ATT-C--AT-A-A-----C-C--A-CGTAAT--------A---T-------A-A-GC----A-T------A-T---GC----A-T-G--C-A--C--A---C-G-G-G--ACC--T----T----T------GCATG---T---GCTT-AAAA-TCA-ACAAA--GT------AT--C-AGCACG---T---TT-T-T-G-TTT-T--A-CG-A---AGAT---G--T-TG-T-----A---TA-----T-ATG--C-T-T--GCG---C-TT---GC-C-AC-T-T-GAT--T-G----------T--G-C-TGC-A-A--TAT-CCCC-TC---AG-C-CAA-ATT-GC-T--TTTTTTT-C-C--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---A-G---G-A-AA-TAAAAAAAgaaaa
gi|112645                     :    G-A-TAA-C-TT-A-CAA----T-AT--TTGT-G---AA----T-A-A-CTGATCAAAAG-----T-TAC----AA-A--T-------------------GTTAT--CTT----G-ATTCAGCAATC-A-GC--------C-AA--T-CC----------A---ATT---T-T-GTA----------AATCGG-A--T---ATT-C--AT-A-A-----C-C--A-CG---C--------AAAAT-------A-A-GCAC--A-T------G-TAAGGG----A-T-TACT-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T-----------GCACG---T---GC-TTAAAACTCA-ACAAA--GT-G----ATTTC-AGCACGGG-T---TT-T-T-G-TTT-T--A-ACAA---AAAC---A--T-TG-TTGTG-A---T------T-A-G--A-C-T--GCG---CTTT------C-AC-T-T-GA
gi|112646                     :     -A-TAA-C-TT-A-CAAA---T-ATCTT-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--T-------------------GT-CT---TT----G-A------AA-C-A-GA--------C-A---T-CA----------T---TTC---TCT-TTT----------AATCGG-AAAT---ATTGCA-TG-A-A-----C-C--AACG---T--------A---T-------AGA-GCA---A-T------A-T---GC----A-T-G--T-A--C--A---CCG-G-G--CCG--T----T----T------GCACGG--T---GC-C-GAAA-ACACGCAAA--GT-G----AT--C-AGCACG---TA--TTGT-T-G-TTTGT--AAC--A---AGAC---G--T-TGAT-----A---TAA----T-A-G--A-C------G---CCTG---GC-C-AC-TGT-GAT--A-G-------------G-T-T-CCA-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC----TTTCTTT-CAC--A-A-T-C------T------T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112647                     :     -A-TAA-C-TTTA-CAA----T-AA--T-GT-T---AA----T-A-A-TTT-----AAA-----TCTAC----CA-A--AC------------------GT-AT--CTTTG--A-A------AA-C-A-GC--------A-AA--T-CA----------T---TTT---T-----------------ACGGA-AA-T---ATT-CA-TT-ACA-----C-T--A-C-------------A---T-------A-A-GCAT--A-T------------GC----A-T-G--TTA--CC-A---C-G-GCG--CCG--T----TC---T------GCACG---TT--GC-T-AAAA-TCA-ACAAA---T-GC---AT--CCAGCACA---T---TT-T-T-A-TTT-TT-A-CGGA----GAC---A--C-TG-T-----TCTTTA-----T---G--A-C-T--GTG---CTT----GC-C-ACGT-T-GAT--T-G----------T--G-T---C-A-A--TAT-CCCC-TTCAAAG-G-CAA-A-TAGC-T--TTTCTTC-CAC--ACA-T-C------TGTCAA-A-GA---G-T---G-ACGA-GAAAAAAAA
gi|112648                     :       -TAA-C-TC-A-CAAATAAT-AT--T-GA-G---AAA---T-ACA-TT------AAAA----T-TAA----AA-T--ACT-----------------GT-TT--CTTA---G-AT-----AA-C-C-GC----------AA--T-CA----------TGGATTT---T-T-TTT----------AATCGGGAA-TGAAATC-C--AT-A-AGT---CAT--A-CG---TGATTAATCA---T-------A-A-GTAT--A-CTATATCA-T---GCTCTAA-T-GC-T-A--C--AATTT-G-G-GTTCCAAAT----T----T------GGA---------GC-T-ACTA-TTC-TTAAA---T-G----A-----AACACG---T---TT-T-TTG-TTT-T--A-TGAA---GG-C---A--TGTG-T-----T---TGAGTGCT-T-G--A-C-T--GCGTTTCTTTACAGC-C-AA-T-TCGACTCACG----------T--G-T-T-C-A-AAATAT-CCCT-CT--AAG-G-CAA-G-T--C-T--CTT-TTT-CACTTACA-T-C------T-C--GTT-AA---G-TTGGG-A-TA-TAAAACAAA
gi|112649                     :                -A-CAA----T-AT--T-GT-G---AA----T-A-A-TT------AAA-----T-TAC----AA-A--ATACATGTATCTATGTACATGT-AT--CTT----G-A------AA-C-A-GC--------C-GA--T-CA----------T---TTT---T-T-TT
gi|112650                     :                                                       ------AAG-----T-CAC----AA-A--T-------------------GT-AT--CAT----G-A------AA-C-A-GC--------C-AA--T-TA----------T---TTT---T-T-TTTAA--------AATCGG-AA-T---ATT-C--a
gi|112651                     :                                                                                                                                                                                                                                                         -------A-A-GCAT--A-T----------------------G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCG--T----T----T------GCAC--------------AAT-TCA-ATAA------------T--C-AACACG---T---TT-T-T-G-TTT-G--A-TGAC----GCC---A--T-TG-------A---TGAG---T-A-G--A-C-T--GCG---CTA----GC-C-AT-T-C-GAT--A-G----------T--C-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TT--TTT-CAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-G-GA-TAAAACAAA
gi|112652                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---GC----A-T-G--T-A-----A---C-A-G-G--CCG--CCGCGT----T------G-ACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAAC-GT-AT---AT--CCAGCACG---T---TT-TGT-T-TTT-T--A-CGAA---AGAC---A--T-TG-TTAATCA---TAAT---C-A-G--A-C-TAAGCGA--CTTT---GCAC-AC-T-T-GAT--A-GGCTTTGTGATT--G-T-C-C-A-A---AT-CCCCCTC--AAG-GGCAA-A-T-GC-TCTTTTCTTTTCAC--ACT-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AATTAATAAAAA
gi|112653                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -G--T-A--C--A---C-G-G-G--CCGG-T----C----TA-----GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--GT-A----AT--C-AGCATG---A---TT-T-T-G-TTT-T--A-CGAA----GAC---A--T-TG-TTGT--A---TG-----T-A-G--G-C-T--GCG---CTT----GC-C-AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-A-A--TAT-CCCC-TT--AAG-G-CAA-A-T-GC-T--TTTTTTTCCAC--ACA-T-C------T-T--A-T-GA---G-T---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112654                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     g----T------GCACG---T---GC-T-AAAA-TCA-ACAAA--AT-G----AT--C-AGCAGG---G---TT-T-T-G-TTT-T--A-CG-A---AGAC---A--
gi|112655                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         C---A--T-GG-T-----A---CA-----T-G-G--G-C-C--G------TTT---GC---AC-T-T-GAT--A-G----------T--G-T-T-C-ACA--TAT-CCCC-TC--AAG-G-CAA-ATT-GC-T--TTT-TCT-CAC--ACATT-C------T-G--A-TCGA---GCT---G-A-AA-TAAAAAAAA
gi|112656                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C-TC--AAT-G-CAA-A-T-GC-T--TTT-TTT-CAC--GCA-T-CGTATTGT-T--A-T-TA---G-T---G-A-GA-TAGAAAAAA