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Alignments
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lowQualScore                  :          .   .  . . .  .   . .     ......... . .     .    .... . ............    . .  ..    .   ..   .....  . ..... .  . . ... .   .. .  ...   ..   .    .   .   .       
lowQualScore                  :          7   6  6 6 5  5   5 5     555555555 5 5     4    9999 4 444444444444    7 3  88    3   88   44444  4 22222 4  8 4 111 4   11 5  666   00   0    5   5   6       
consensus                     :       TTT-TTG-AT-T-T-GC-TAC-T-GACTA-----A---A-C-CGTCA-TTGA----C-G------------CATT-C-AA--AATT-CCG--TTA-----AA-T---G-T-CG-C-T--AG-TTG--T-AT---GGC--AAG-AAAA-ATA-TTA-TGACATT
Reference ( family-601 )      :       TTT-TTG-AT-T-T-GC-TAC-T-GACTA-----A---A-C-CGTCA-TTGA----C-G------------CATT-C-AA--AATT-CCG--TTA-----AA-T---G-T-CG-C-T--AG-TTG--T-AT---GGC--AAG-AAAA-ATA-TTA-TGACATT
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blockSeqs                     :          A   T  A A T  A   C A     TAATAAT   T G     A    TTAA G ACTTAACATATA    A A  GT    G   CT   AAATT  A CCAG  G  T T TAA A   AT A  TAA   TG   A    T   T   G
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     ATAT      . .     .    .    . G               T .  .     .   .    .      . GC    .  G . T   .   TT .  .     .    A    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     ATC       . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . G     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . G     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
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blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . G     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . T   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     T         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . G     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . T   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     T         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :          .   .  . . .  .   . .     T         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . G     .  . . A   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :              .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . T   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :              .  . . .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . G     .  . . T   .   .  .  .     .    .    .   .   .
blockSeqs                     :                     .  .   . .     A         . .     .    .    . .               . .  .     .   .    .      . G     .  . . T   .   .  .  .     .    .    .   .    
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blockSeqs                     :                                                      .    .    . .               . .  .     .   .    .      . A     .  . . .   .                                  
blockSeqs                     :                                                      .    .    . .               . .  .     .   .    .      . T     .  .                                          
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lowQualScore                  :          .   .  . . .  .   . .     ......... . .     .    .... . ............    . .  ..    .   ..   .....  . ..... .  . . ... .   .. .  ...   ..   .    .   .   .       
lowQualScore                  :          7   6  6 6 5  5   5 5     555555555 5 5     4    9999 4 444444444444    7 3  88    3   88   44444  4 22222 4  8 4 111 4   11 5  666   00   0    5   5   6       
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Reference ( family-601 )      :       TTT-TTG-AT-T-T-GC-TAC-T-GACTA-----A---A-C-CGTCA-TTGA----C-G------------CATT-C-AA--AATT-CCG--TTA-----AA-T---G-T-CG-C-T--AG-TTG--T-AT---GGC--AAG-AAAA-ATA-TTA-TGACATT
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