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lowQualScore                  :        .  ..    . .     ..... ..  ......    ....      ... .  .... ..       ......... .. .. .  . .. .      .  .................... ..  ......  .  .. .  . . . .. .... .. .     .   .   .. .......   ... .  ........  .   ..        .................................................................  . .  .  . .  .... .    .       
lowQualScore                  :        7  00    8 4     99999 55  555555    9999      888 4  6666 33       777777777 22 33 4  4 88 4      4  33333333333333333333 99  000000  3  77 3  3 3 3 55 0000 88 4     4   4   00 4444444   333 4  22222222  4   00        00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  4 4  4  4 4  5555 5    5       
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Reference ( gi|83085 )        : AAACGCA-AA-AGAAAAT-CGTTT-C--GG-TAT------CGTT----GTCTGT---G-TT--T-G--AAAACTTG---C-AC-T--G--C-AT-C--C-GAGAAA-AATA----------T------TA--TG------GA-TT--T-AT-C-A-AG-T----A--T-TGAGC-GAC-AGC--T-------AAC-G-A-TT---GA---AA-TGA--ACTGTTTT--T-GTTG---A-----T--T---T--T--T-----TT----TTT--TA-T-T----ATA-T---TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
gi|83086                      : AAACGCA-AA-AGAAAAT-CGTTT-C--GG-TAT------CGTT----GTCTGT---GTTT--T-G--AAAACTTG---C-AC-T--G--C-AT-C--C--AGAGA-AATA----------T------TA--TG------GA-TT--T-AT-C-A-AG-T----A--C-TGAGC-GAC-AGC--T-------AAC-G-A-TT---GA---AA-TGA--ACTGTTTT--T-GTTG---A-----T--T---T--T--T-----TT----TTT--AA-T-C----ATATT---TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGA-TATAATA
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gi|83110                      :     GCAGAA-AGAAACT-CGTTT-A--CG-TAT------TGTT----CTCAG---------------AAAACTTA---T-GA-T--A--C-AT-C--C-GAGAAA-AA-A------------------A--TG------GA-TT--T-AT-C-A-AA-TTTATA--T-CGAGC-GAC-AGC--C-------AACGG-A-TT----A---AA-TGA--AGTGTTTT--C-GGCG---A---------------------------------------------AAATT---TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TAAAATA
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gi|83112                      :      atgcg-AGAAACT-CGTTT-A--AG-CAT------TGTT----GTCTGT---G-TT--A-G--AAAACTTAT--C-A--T--G--C-AC-C--C--AGAAA-AA-A----------G------CA--TG------GA-TT--T-AT-C-A-AA-T----A--T-CGAGC-GAC-AGC--C-------AAC-G-A-TT----A---AA-TGA--ACCGTTTT--C--------------C--T---T--TAAT-----TT----GTT--AA-TCC----ATAGT---TT-CAAA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
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Reference ( family-598 )      : AAACGCA-AA-AG---AAACTCGTT----T--AGG-T-AT------CG------TT----GTCT-----GT-G-T-TA--GAAAA--CTT--A---TA--N---T-G-C-AC-C--C-GAGAAA-A---AT---A-------TCA----------TGGA-TT--T-AT-CG-A----G-T--A-TC-GAGC-GAC-AGC--T-------AAC-G-ATT--A-----AA-TGA--ACTG---TTTT--CGNCG---A-----TT---TT--T-TT----T--T-NNAT-C-ATAT-T--TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
gi|83085                      : AAACGCA-AA-AG---AAAATCGTT----T--CGG-T-AT------CG------TT----GTCT-----GT-G-T-TT--GAAAA--CTT--G---CA--C---T-G-C-AT-C--C-GAGAAA-A---AT---A-------TTA----------TGGA-TT--T-AT-CA-A----G-T--A-TT-GAGC-GAC-AGC--T-------AAC-G-ATTG-A-----AA-TGA--ACTG---TTTT--TGTTG---A-----TT---TT--T-TT----T--T-TTAT-T-ATA--T--TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
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Reference ( family-598 )      : AAACGCA-AA-AG---AAACTCGTTT--ANG-T---AT------CG------TT----GTCT-----GT-G-T-TA--GAAAA--CTT--A---TA--N---T-G-C-AC-C--C-GAGAAA-A-ATA--C--A----------TG------GA-TT--T-AT--CG-A----A-T--A-TC-GAGC-GAC-AGC--T-------AAC-G-ATT--A-----A-ATGA--ACTG-TTTT--CGTCG----A----TT---T--T-T----TTTT-A--A-----ATC-ATAT-T--TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
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Reference ( family-598 )      : AAACGCA-AA-AG---AAACTCGTTT--ACG-T---AT------CG------TT----GTCT-----GT-G-T-TA--GAAAA--CTT--A---T---A--NT-G-C-AC-C--C-GAGAAA-A-ATA--C--A----------TG------GA-TT--T-AT--CG-A----A-T--A-TC-GAGC-GAC-AGC--T-------AAC-G-ATT--A-----A-ATGA--ACTG-TTTT--CGTCG----A----TT---T--T-T----TTTT-A--A-----ATC-ATAT-T--TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
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Reference ( family-598 )      : AAACGCA-AA-AG---AAACTCGTTT--ACG-T---AT------CG------TT----GTCT-----GT-G-T-TA--GAAAA--CTT--A---T---A--NT-G-C-AC-C--C-GAGAAA-A-ATA--C--A----------TG------GA-TT--T-AT--CG-A----A-T--A-TC-GAGC-GAC-AGC--T-------AAC-G-ATT--A-----A-ATGA--ACTG-TTTT--CGTCG----A----TT---T--T-T----TTTT-A--A-----ATC-ATAT-T--TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
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gi|83107                      :  AACGCA-AA-AG---AAAATCGTTT--AGG-----AT------CG------TT----GTCT-----GT-G-T-TA--GGAAA--CTT--A---A---A--CT-G-C-AT-C--A-AAGAAA-A-ATA--T--AA---------TG------GA-TT--T-AT--TG-A----------------GC-GAA-GGC--T-------AAT-G-ATT--A-----A-ATGA--ATTG-TTTTT-CATTG----AA---TT---T--T-T----TTTT-A--A-----ATC-ATAT-T--TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
gi|83108                      :   ATGCG-AA-GA---AAACGCGTTT--ACG-CC--AT------CG------TTTGTTGTCTTTCTTGT---T-TA--GAAAA--CTT--A---TATAA--TT-G---A-----C-GAGGAA-A-A-A--C--A----------TG------GA-TT--T-GT--CA-A----ATT--A-TC-GAGC-GAC-AGC--G-------GGC----TC--C-----ATACGG--A----TTTT--AGT-G----A----TTAAAT--A-T----T-------------ATCTATAT-TGGTT-C-AA-TT-T-GT----ATTCAG-TATAATA
gi|83109                      :     GCA-AA-AGCACAAATTCGTTA--GAG-TGGGAT------GGAGAGAATT----GTCT-----GTTG-T-TA--GAAAA--ATTGAA---T---A--TG-GGC-ATTC--C-GAGAAA-A--TA--A--A----------TGAAATCTGA-TT--T-ATT-CGCA----G-T--AATCTGAGC-GATTAGC--T-------AACAG-ATT--C-----A-ATGATGACTG-TTTT--CGTTG----A----AT---T--TAT----TTTT-A--A-----ATC-ATAT-T--TT-C-AG-TT-T-GTTGTCA-TCGG-
gi|83110                      :     GCAGAA-AG---AAACTCGTTT--ACG-T---AT------TG------TT----CTC--------------A--GAAAA--CTT--A---T---G--AT-A-C-AT-C--C-GAGAAA-A-A-A-----A----------TG------GA-TT--T-AT--CA-AATTTA-T--A-TC-GAGC-GAC-AGC--C-------AACGG-ATT--A-----A-ATGA--AGTG-TTTT--CGGCG----A------------------------A--A-----------AT-T--TT-C-AA-TT-T-GT----A-TCGG-TAAAATA
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gi|83112                      :           -AG---AAACTCGTTT--AAG-C---AT------TG------TT----GTCT-----GT-G-T-TA--GAAAA--CTT--A---T---C--AT-G-C-AC-C--C--AGAAA-A-AAG--C--A----------TG------GA-TT--T-AT--CA-A----A-T--A-TC-GAGC-GAC-AGC--C-------AAC-G-ATT--A-----A-ATGA--ACCG-TTTT--C--C----------TT---TAAT-T----TGTT-A--A-----TCC-ATAG-T--TT-CAAA-TT-T-GT----A-TCGG-TATAATA
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blockSeqs                     :        .  A  .     C      TA C CT     A       .       .       .      . . .  T      .    .  AC  .   ATA T . . T  .  .      . ATACAATGTATC          .       .  .  .  T  A  AG     .  .  .    .   .   .  GGGCTCC   G C   GAA      .    .     .    T   AC ATTTTTTTTTTTTTTTT                        T    . .   . .  .  . .  A    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     A      T  G CC     .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . C  .  .      . ATACAATGGATC          .       .  .  .  .  A  AT     .  .  .    .   .   .  CGGCTCC   G G   TGA      .    .     .    .   TT AAAAATTTATTCTCTAA                        T    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  C T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . T  .  .      . ATAATTA               .       .  .  .  .  G  AT     .  .  .    .   .   .  A         G .   GA       .    .     .    .   AT ATTTTTAAAGAATAAA                         T    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  T T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . ATATTA                .       .  .  .  .  G  TA     .  .  .    .   .   .  .         G .   AA       .    .     .    .   AC ATTTTTTTTTTTTTT                          T    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     A      .  G T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . C  .  .      . ATATAA                .       .  .  .  .  G  G      .  .  .    .   .   .  .         G .   A        .    .     .    .   TT AAAATTGCTATCTA                           .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     A      .  G T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . T  .  .      . ATATCG                .       .  .  .  .  G  A      .  .  .    .   .   .  .         A .   A        .    .     .    .   TT AATTTTTTTTTAAA                           .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  G  .     A      .  G C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   T   . . . T  .  .      . ATATAA                .       .  .  .  .  A  A      .  .  .    .   .   .  .         G .   A        .    .     .    .   TT AAAACTTGCTATTT                           .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  G C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . T  .  .      . ATCTTA                .       .  .  .  .  G  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   TT AATTTTTTTTTAA                            .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     A      .  G T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . T  .  .      . ATATAA                .       .  .  .  .  G  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   TC AATTTTTTTTTAA                            .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  G  .     A      .  G T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . T  .  .      . AAACA                 .       .  .  .  .  G  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   TT AATTTATTTTTAA                            .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     T      .  C T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . T  .  .      . TATAA                 .       .  .  .  .  A  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   AC TTTAATTTGTTAA                            .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  C T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . T  .  .      . AAGCA                 .       .  .  .  .  A  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   G        .    .     .    .   TC AAAATTGTTATTT                            .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  G  .     T      .  C T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . ACCA                  .       .  .  .  .  A  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   C        .    .     .    .   AC ATTTTTTTTTTA                             .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  C T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . ACAA                  .       .  .  .  .  A  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   T        .    .     .    .   AC ATTTATTTGTGA                             .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  C C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . AACA                  .       .  .  .  .  A  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   TC ATTTTTTTAAA                              .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  G T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . TAAA                  .       .  .  .  .  A  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   TG AATTTTTTTAA                              .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  A  .     C      .  C C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  G  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   T        .    .     .    .   TG AATTTTTTTAA                              .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     C      .  G T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . A  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  A  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   TT AAAATTTGTT                               .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     C      .  C C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . A  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  A  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   C        .    .     .    .   TT AACATCTATT                               .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     A      .  G C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   C   . . . T  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  T  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   GC AAAATTTGTT                               .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     C      .  C C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   T   . . . T  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  A  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   C        .    .     .    .   AC AAAATTTGTT                               .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     T      .  A T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   T   . . . T  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  A  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   C        .    .     .    .   GC ATTAAATATT                               .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     C      .  C T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . AAA                   .       .  .  .  .  A  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   TT ATTTTTTAA                                .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     C      .  C T      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  A  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   T  AATATT                                   .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :        .  .  .     C      .  A C      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  G  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   A        .    .     .    .   C  AAA                                      .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :           .  .     .      .  C A      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . C  .  .      . ACA                   .       .  .  .  .  .  A      .  .  .    .   .   .  .         . .   C        .    .     .    .   T  AAA                                      .    . .   . .  .  . .  .    .    .
blockSeqs                     :                           .  C A      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   A   . . . T  .  .      . AAA                   .       .  .  .  .  .  G      .  .  .    .   .   .  .         . .   .        .    .     .    .   C  AAA                                      .    . .   . .  .  . .  .          
blockSeqs                     :                           .  . .      .       .       .       .      . . .  .      .    .  .   .   .   . . . .  .  .      . .                     .       .  .  .  .  .  .      .  .                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                        .                                                  .  .  .  .  .  .      .  .                                                                                                                                              


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