lowQualScore : 2 1 1111
lowQualScore : 5 22 1 33 1 1 1 1 1 1 222 6 444444 1 5555555 555 22 1 3333 333 333 22 888888 1 3 9999 33
lowQualScore : . .. . .. . . . . . . ... . ...... . ....... ... .. . .... ... ... .. ...... . . .... ..
lowQualScore : 9 33 7 77 5 5 5 7 5 5 777 7 444444 5 0000000 222 33 7 7777 000 000 44 555555 9 6 9999 99
consensus : AGGTTTGTT-CA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATA-TTGCCTT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTTT-----AAATGAA-TCATTACAG--A-CTATA--AACTA
Reference ( gi|92570 ) : AGGTTTGTTTCA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATA-TTGCCTT---CAGTGTCAAC------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTTT-----AAATGAA-TCATTGTAG--T-CTATA--AACTA
gi|92571 : AGGTTTGTT-CA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATA-TTGCCTT---CAGTGTCA-C------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTTT-----AAATGAA-TCATTGTAG--T-CTATA--AACTA
gi|92574 : AGGTTTGGTTCG--A---CCT--TTT-TGT-G-TTTT-CCATACAA-AATA-TTGCCTT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--ACTG--CTTG-TAATA----T---A---AG--TTTTC-----AAATAAA-TCAATACAG--A-CTATA--AACTA
gi|92572 : AGGTTTGTT-CA--AGT-CCT--TTT-TGT-GCTTTT-CTATAATA-TATA-TTGCCGT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTTT-------ATGAA-TCGTTACAG--A-TTATT--AACTA
gi|92575 : AGGATTGTT-CA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCTTTTTCCATATTA-AATA-TTGCCTT---CAGAGTCAAC------T-GA----------AATG--CTTT-TGATA----C---AAGTAG--TTTTT-----TAATGAA-TCGTTGT
gi|92573 : AGGTTTGTT-AA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCCTTT-CCATATTA-GATA-TCGCCTT---CATAGTCAAC------C-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTT-------AATAAA-TCATTACAG--A-TAATA--AAGTA
gi|92576 : AAGCTTGTT--A--AATTCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATA-TTGCTTT---CAGAGTCAAC------T-GATATATATT--AATG--CTTT-TGATA----A---A---AG--TTTTT------CATGAA-TCAT
gi|92579 : AGGTTTGTTG-A--AAT-TCTATTCT-TGT-GCTTTT-CCGTACAA-AATG-TTGCTGTAGATAG----GAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-CGATA----C---A---TT--TCTTT-----ATATGAA-TCATTTTAG--A-CTATA--AACTAgcattacacagattataaaata
gi|92577 : AGTTTTGTT-CA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCTTTT-TCACA--------------TT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--GTTT-GGATA----C---A---AG--TTTTT------AATGAT-TCATTACAG--A-TTATAAGAACTA
gi|92580 : AGGTTAGTT-CA--AAT-CCT--TTA-TGT-GCTTTT-TCATACAA-AATA-TCGCCTT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--
gi|92582 : AGGTTTGTT-CA--AAG-CTT--TTA-TGT-AATTTT-ACATACAG-ACTA-TTGCCTT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CCTT-TGA
gi|92581 : AGGTTT-CTTCA--AAT-TCT--TTT-TGTTGCTTTC-CAATATAATGAT--TTGCCTT---CAGAGTCAAC------TAGA-------T--GATGACTTTT-TGAAA----C---A---AC--TTGTT-------ATGAATTCA-TACAGA-T-CATTA--AACTAatcattataaactattcagctatag
gi|92583 : AGGTTTGTT-CA--AAT-CCT--TTA-TAT-GCTCTC-CTATACAA-A--A-TTGCCTT---CAGAGTTAAC-----------------T--GATA--CTTTGTAATGCCTTC---A---AG--TT
gi|92586 : AGGTTTGTT-CA--AAT-CCTG-TTT-TGT-GCTTTT-----------------GCGTT---CAGT--CAAC------T-GT-------T--ATTG--CTTT-TGATA----C---G---AG--TTTTTGTTTAAAATGAT-AAATTGTA
gi|92585 : AGATTT-CTTCA--AAT-CCT--TTT-TAT-GCTCTT-CCATATTA-AATA-TTGCCTT---CAGa
gi|92578 : AGTTTTGTTCAA--AAT-CCT--TTT-----GCTTTT-C---ACA------------TT---CAGAGTCAAC------T-TA-------T--AATG----TT-GGATA----C---A---AG--TATTT-----AAATGag
gi|92588 : AGATTTGTT-CATTAAT-CCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATA-TTGCttcatacaaattataa
gi|92587 : AGGTTTGTT-CA--AG--CCT--TTC-TGT-GCTTTT-CCATAC-A-CATA-TTGCCtacaagattttattaatcattagagattataacta
gi|92589 : GGTTTGTT-CA--AAT-ACT--TTT-TGC-GCTTTT-CCATACAA-TAT
gi|92590 : GTTTGAT-CA--AAT-CCT--TTTCTGT-GCTTTT-CCATACAA-AATA-TCACCTT---CAGATTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTTTT-----AAAAGAT-AAATTGTA
gi|92591 : GTTTGTTCAA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCTCTT-CCATTCAA-AATATTTGCCTT---CAGAGTCAAC------A-GA-------T--AATG--C-TT-TGAT-----------------TT---------GATACA-TCATTATAG--A-CTATA--AGCTAa
gi|92592 : TTTGTT-CA--AAT-CCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATA-TTGCCTT---CAGAGCCAGC------T-GA-------T--TATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTTT-----AAATGAA-TCATTAT
gi|92593 : TTTGTT-CA--AAT-CCT--TTT-TGT-GTTTTT-CTATATTG-AATA-TTG-CTA---CAG-ATTTAT------T-AA-------T--GAT
gi|92594 : TTCA--AAC-C------T-TGT-GCTTTT-CTGTACAA-AATA-TTGTCTT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----CTGTA---AG--TTTTT-----AAATGAA-TCATTACAGACT-CTAcatcattaagattataaacta
gi|92595 : tgTTCA--AAT-CGT--ATT-TGT-ATCTTT-CAATATAA-AATA-TTGCATT---CAAAGTCAAC------T-TA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTTG-----AAATAAA-TCATTATAG--C-CTATC--AACT
gi|92596 : T--TTT-TGT-GCTTTT-CCATGCAA-AATA-TTGCCTT---CAGAGTCAAC------T-GA-------T--GATA--CTTT-TGATA----C---A---A---TTTTT-----AAATGAA-TCAT
gi|92597 : T--TTT-TGT-GCTTT--CCGTACAA-AATA-TTGCCTT---TAGAGTCAAC------T-GA-------T--cat
gi|92598 : -AGTA-ATGCCTT---CAGAGTTAACGTAACTT-AG-------T--AATG--CTTT-TGATA--------A---AG---TTTT-----AAATAAA-T-ATCACAG--GACTATG--AATTAattg
gi|92599 : A-TTGCCTT---CAGAGTCAAT------T-GA-------TTTAATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTT------AGATGAA-TCATTACAG--A-TTATA--AACTA
gi|92584 : CTT---CAGGGTCAAC------T-GA-------G--AATA--TTTT-TGATA----C---A---AG--TTTAT-----AAATAAA-TCATTATAG--A-CTACA--AGC
gi|92600 : aggtttatccaaacgccttttgtg------T-GA-------T--AATG--CTTT-TAATA----C---A---AG--TTTTT-----AAATGAA-TCATGATGG--A-CTATA--AACTA
gi|92601 : ATG--CTTT-TGATA----C---A---AG--TTTTT-----GAATGAA-TCGTTTTAA--A-ATATA--AACTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 3 33 1 1 1 1 1 1 444444 1 4444444 22 22 1 3333 222 222 7777777 22 1 444444 0 1 1 22
lowQualScore : . . .. . .. . . . . . . ...... . ....... .. .. . .... ... ... ....... .. . ...... . . . ..
lowQualScore : 5 5 11 1 44 4 4 4 8 4 4 333333 5 8888888 00 00 5 1111 666 666 2222222 22 7 888888 4 9 9 88
consensus : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
Reference ( family-595 ) : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
gi|92570 : AGGTTTG-TTTCA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGTGTCAAC------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TGTA-GTCTA-TA--AACTA
gi|92571 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGTGTC-AC------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TGTA-GTCTA-TA--AACTA
gi|92572 : AGGTTTG-TT-CA--AG-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CTATAATA-TATATT-GCCGTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-------ATGA--A-TCGT------TACA-GATTA-TT--AACTA
gi|92573 : AGGTTTG-TT-AA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCCTTT-CCATATTA-GATATC-GCCTTCATAGTCAAC------C-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTT-------AATAA--A-TCAT------TACA-GATAA-TA--AAGTA
gi|92574 : AGGTTTGGTT-CG--A---CCT--TTT-TGT-G-TTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--ACTG--CTTG-TAATA----T---A---AGTTTTC-----AAATAA--A-TCAA------TACA-GACTA-TA--AACTA
gi|92575 : AGGATTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTTTCCATATTA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA----------AATG--CTTT-TGATA----C---AAGTAGTTTTT-----TAATGA--A-TCGT------T
gi|92576 : AAGCTTG-TT-AA--AT-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATATT-GCTTTCAGAGTCAAC------T-GATATATATT--AATG--CTTT-TGATA----A---A---AGTTTTT------CATGA--A-TCATGCATTACACA-GATTA-TA--AAATAgt
gi|92577 : AGTTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-TCACA--------------TTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--GTTT-GGATA----C---A---AGTTTTT------AATGA--T-TCAT------TACA-GATTA-TAAGAACTA
gi|92578 : AGTTTTG-TT-CA--AAATCCT--TTT-----GCTTTT-C---ACA------------TTCAGAGTCAAC------T-TA-------T--AATG----TT-GGATA----C---A---AGTATTT-----AAATG---T-TCA-------TACA-AATTA-TA--
gi|92579 : AGGTTTG-TT-GA--AA-TTCTATTCT-TGT-GCTTTT-CCGTACAA-AATGTT-GCTGT-AGATAGGAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-CGATA----C---A---TTTCTTT-----ATATGA--A-TCAT------TTTA-GACTA-TA--AACTA
gi|92580 : AGGTTAG-TT-CA--AA-TCCT--TTA-TGT-GCTTTT-TCATACAA-AATATC-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--
gi|92581 : AGGTTTC-TT-CA--AA-TTCT--TTT-TGTTGCTTTC-CAATATAATGAT-TT-GCCTTCAGAGTCAAC------TAGA-------T--GATGACTTTT-TGAAA----C---A---ACTTGTT-------ATGA--ATTCA-------TACA-GATCATTA--AACTA
gi|92582 : AGGTTTG-TT-CA--AA-GCTT--TTA-TGT-AATTTT-ACATACAG-ACTATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CCTT---------------------------------TGA--A-TCAT------TATA-AACTA-T
gi|92583 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTA-TAT-GCTCTC-CTATACAA-A--ATT-GCCTTCAGAGTTAAC------T-GA-------T--A-----CTTTGTAATGCCTTC---A---AGTTtcagctatag
gi|92584 : AGGTTTA-TC-CA--AA-CGCC--TTT-TGT-GCTT------------------------CAGGGTCAAC------T-GA-------G--AATA--TTTT-TGATA----C---A---AGTTTAT-----AAATAA--A-TCAT------TATA-GACTA-CA--AGC
gi|92585 : AGATTTC-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TAT-GCTCTT-CCATATTA-AATATT-GCCTTCAGAG
gi|92586 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCTG-TTT-TGT-GCTTTT-----------------GCGTTCAG--TCAAC------T-GT-------T--ATTG--CTTT-TGATA----C---G---AGTTTTTGTTTAAAATGA--
gi|92587 : AGGTTTG-TT-CA--AG--CCT--TTC-TGT-GCTTTT-CCATAC-A-CATATT-GCCtaaattgtaa
gi|92588 : AGATTTG-TT-CATTAA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATATT-GC
gi|92588 : TA----C---A---AGATTTT-----A--TTA--A-TCAT------TAGA-GATTA-T---AACTAtacaagattttattaatcattagagattataacta
gi|92589 : agatttgttcattaatcctttttgtgcttttccatattagatattgcGGTTTG-TT-CA--AA-TACT--TTT-TGC-GCTTTT-CCATACAA-TAT
gi|92590 : GTTTG-AT-CA--AA-TCCT--TTTCTGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATC-ACCTTCAGATTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----
gi|92591 : GTTTG-TT-CA--AAATCCT--TTT-TGT-GCTCTT-CCATTCAA-AATATTTGCCTTCAGAGTCAAC------A-GA-------T--AATG--CTTT--GAT------------------TT-----GA-TAC--A-TCAT------TATA-GACTA-TA--AGCTAttaaaagataaattgtaa
gi|92592 : TTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGCCAGC------T-GA-------T--TATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TA
gi|92593 : TTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GTTTTT-CTATATTG-AATATT-G-CTACAGA----------------------------------TT-TA--------------------TT-----A-ATGATCA-TCAT------TA-A-GATTA-TA--AACTAt
gi|92594 : TG-TT-CA--AA-CC------T-TGT-GCTTTT-CTGTACAA-AATATT-GTCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----CTGTA---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTC-TA--
gi|92595 : -TT-CA--AA-TCGT--ATT-TGT-ATCTTT-CAATATAA-AATATT-GCATTCAAAGTCAAC------T-TA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTG-----AAATAA--A-TCAT------TATA-GCCTA-TC--AACT
gi|92596 : T--TTT-TGT-GCTTTT-CCATGCAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--GATA--CTTT-TGATA----C---A---A-TTTTT-----AAATGA--A-TCAT------CA
gi|92597 : T--TTT-TGT-GCTTT--CCGTACAA-AATATT-GCCTTTAGAGTCAAC------T-GA-------T--ATTG--t
gi|92598 : -AGTAAT-GCCTTCAGAGTTAACGTAACTT-AG-------T--AATG--CTTT-TGATA--------A---AG-TTTT-----AAATAA--A-T-AT------CACAGGACTA-TG--AATTA
gi|92599 : ATT-GCCTTCAGAGTCAAT------T-GA-------TTTAATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTT------AGATGA--A-TCAT------TACA-GATTA-TA--AACTA
gi|92600 : ------T-GA-------T--AATG--CTTT-TAATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------GATG-GACTA-TA--AACTA
gi|92601 : ATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----GAATGA--A-TCGT------TTTA-AAATA-TA--AACTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 3 33 1 1 1 1 1 1 444444 1 4444444 22 22 1 3333 222 222 7777777 22 1 444444 0 1 1 22
lowQualScore : . . .. . .. . . . . . . ...... . ....... .. .. . .... ... ... ....... .. . ...... . . . ..
lowQualScore : 5 5 11 1 44 4 4 4 8 4 4 333333 5 8888888 00 00 5 1111 666 666 2222222 22 7 888888 4 9 9 88
consensus : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
Reference ( family-595 ) : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
gi|92570 : AGGTTTG-TTTCA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGTGTCAAC------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TGTA-GTCTA-TA--AACTA
gi|92571 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGTGTC-AC------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TGTA-GTCTA-TA--AACTA
gi|92572 : AGGTTTG-TT-CA--AG-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CTATAATA-TATATT-GCCGTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-------ATGA--A-TCGT------TACA-GATTA-TT--AACTA
gi|92573 : AGGTTTG-TT-AA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCCTTT-CCATATTA-GATATC-GCCTTCATAGTCAAC------C-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTT-------AATAA--A-TCAT------TACA-GATAA-TA--AAGTA
gi|92574 : AGGTTTGGTT-CG--A---CCT--TTT-TGT-G-TTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--ACTG--CTTG-TAATA----T---A---AGTTTTC-----AAATAA--A-TCAA------TACA-GACTA-TA--AACTA
gi|92575 : AGGATTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTTTCCATATTA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA----------AATG--CTTT-TGATA----C---AAGTAGTTTTT-----TAATGA--A-TCGT------T
gi|92576 : AAGCTTG-TT-AA--AT-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATATT-GCTTTCAGAGTCAAC------T-GATATATATT--AATG--CTTT-TGATA----A---A---AGTTTTT------CATGA--A-TCATGCATTACACA-GATTA-TA--AAATAgt
gi|92577 : AGTTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-TCACA--------------TTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--GTTT-GGATA----C---A---AGTTTTT------AATGA--T-TCAT------TACA-GATTA-TAAGAACTA
gi|92578 : AGTTTTG-TT-CA--AAATCCT--TTT-----GCTTTT-C---ACA------------TTCAGAGTCAAC------T-TA-------T--AATG----TT-GGATA----C---A---AGTATTT-----AAATG---T-TCA-------TACA-AATTA-TA--
gi|92579 : AGGTTTG-TT-GA--AA-TTCTATTCT-TGT-GCTTTT-CCGTACAA-AATGTT-GCTGT-AGATAGGAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-CGATA----C---A---TTTCTTT-----ATATGA--A-TCAT------TTTA-GACTA-TA--AACTA
gi|92580 : AGGTTAG-TT-CA--AA-TCCT--TTA-TGT-GCTTTT-TCATACAA-AATATC-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--
gi|92581 : AGGTTTC-TT-CA--AA-TTCT--TTT-TGTTGCTTTC-CAATATAATGAT-TT-GCCTTCAGAGTCAAC------TAGA-------T--GATGACTTTT-TGAAA----C---A---ACTTGTT-------ATGA--ATTCA-------TACA-GATCATTA--AACTA
gi|92582 : AGGTTTG-TT-CA--AA-GCTT--TTA-TGT-AATTTT-ACATACAG-ACTATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CCTT---------------------------------TGA--A-TCAT------TATA-AACTA-T
gi|92583 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTA-TAT-GCTCTC-CTATACAA-A--ATT-GCCTTCAGAGTTAAC------T-GA-------T--A-----CTTTGTAATGCCTTC---A---AGTTtcagctatag
gi|92584 : AGGTTTA-TC-CA--AA-CGCC--TTT-TGT-GCTT------------------------CAGGGTCAAC------T-GA-------G--AATA--TTTT-TGATA----C---A---AGTTTAT-----AAATAA--A-TCAT------TATA-GACTA-CA--AGC
gi|92585 : AGATTTC-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TAT-GCTCTT-CCATATTA-AATATT-GCCTTCAGAG
gi|92586 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCTG-TTT-TGT-GCTTTT-----------------GCGTTCAG--TCAAC------T-GT-------T--ATTG--CTTT-TGATA----C---G---AGTTTTTGTTTAAAATGA--
gi|92587 : AGGTTTG-TT-CA--AG--CCT--TTC-TGT-GCTTTT-CCATAC-A-CATATT-GCCtaaattgtaa
gi|92588 : AGATTTG-TT-CATTAA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATATT-GC
gi|92588 : TA----C---A---AGATTTT-----A--TTA--A-TCAT------TAGA-GATTA-T---AACTAtacaagattttattaatcattagagattataacta
gi|92589 : agatttgttcattaatcctttttgtgcttttccatattagatattgcGGTTTG-TT-CA--AA-TACT--TTT-TGC-GCTTTT-CCATACAA-TAT
gi|92590 : GTTTG-AT-CA--AA-TCCT--TTTCTGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATC-ACCTTCAGATTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----
gi|92591 : GTTTG-TT-CA--AAATCCT--TTT-TGT-GCTCTT-CCATTCAA-AATATTTGCCTTCAGAGTCAAC------A-GA-------T--AATG--CTTT--GAT------------------TT-----GA-TAC--A-TCAT------TATA-GACTA-TA--AGCTAttaaaagataaattgtaa
gi|92592 : TTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGCCAGC------T-GA-------T--TATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TA
gi|92593 : TTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GTTTTT-CTATATTG-AATATT-G-CTACAGA----------------------------------TT-TA--------------------TT-----A-ATGATCA-TCAT------TA-A-GATTA-TA--AACTAt
gi|92594 : TG-TT-CA--AA-CC------T-TGT-GCTTTT-CTGTACAA-AATATT-GTCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----CTGTA---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTC-TA--
gi|92595 : -TT-CA--AA-TCGT--ATT-TGT-ATCTTT-CAATATAA-AATATT-GCATTCAAAGTCAAC------T-TA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTG-----AAATAA--A-TCAT------TATA-GCCTA-TC--AACT
gi|92596 : T--TTT-TGT-GCTTTT-CCATGCAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--GATA--CTTT-TGATA----C---A---A-TTTTT-----AAATGA--A-TCAT------CA
gi|92597 : T--TTT-TGT-GCTTT--CCGTACAA-AATATT-GCCTTTAGAGTCAAC------T-GA-------T--ATTG--t
gi|92598 : -AGTAAT-GCCTTCAGAGTTAACGTAACTT-AG-------T--AATG--CTTT-TGATA--------A---AG-TTTT-----AAATAA--A-T-AT------CACAGGACTA-TG--AATTA
gi|92599 : ATT-GCCTTCAGAGTCAAT------T-GA-------TTTAATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTT------AGATGA--A-TCAT------TACA-GATTA-TA--AACTA
gi|92600 : ------T-GA-------T--AATG--CTTT-TAATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------GATG-GACTA-TA--AACTA
gi|92601 : ATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----GAATGA--A-TCGT------TTTA-AAATA-TA--AACTA
blockSeqs : G . TT A AT C T T A T T GTAACT A TATATAT TT AC G CCTT TGT AGT GTTTAAA TC T GCATTA G T AG
blockSeqs : . . . A G . . . T . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . TA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
finalCons : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 3 33 1 1 1 1 1 1 444444 1 4444444 22 22 1 3333 222 222 7777777 22 1 444444 0 1 1 22
lowQualScore : . . .. . .. . . . . . . ...... . ....... .. .. . .... ... ... ....... .. . ...... . . . ..
lowQualScore : 5 5 11 1 44 4 4 4 8 4 4 333333 5 8888888 00 00 5 1111 666 666 2222222 22 7 888888 4 9 9 88
consensus : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
Reference ( family-595 ) : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTA-TA--AACTA
gi|92570 : AGGTTTG-TTTCA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGTGTCAAC------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TGTA-GTCTA-TA--AACTA
gi|92571 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGTGTC-AC------T-GA-------T--GATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TGTA-GTCTA-TA--AACTA
gi|92572 : AGGTTTG-TT-CA--AG-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CTATAATA-TATATT-GCCGTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-------ATGA--A-TCGT------TACA-GATTA-TT--AACTA
gi|92573 : AGGTTTG-TT-AA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCCTTT-CCATATTA-GATATC-GCCTTCATAGTCAAC------C-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTT-------AATAA--A-TCAT------TACA-GATAA-TA--AAGTA
gi|92574 : AGGTTTGGTT-CG--A---CCT--TTT-TGT-G-TTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--ACTG--CTTG-TAATA----T---A---AGTTTTC-----AAATAA--A-TCAA------TACA-GACTA-TA--AACTA
gi|92575 : AGGATTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTTTCCATATTA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA----------AATG--CTTT-TGATA----C---AAGTAGTTTTT-----TAATGA--A-TCGT------T
gi|92576 : AAGCTTG-TT-AA--AT-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATATT-GCTTTCAGAGTCAAC------T-GATATATATT--AATG--CTTT-TGATA----A---A---AGTTTTT------CATGA--A-TCATGCATTACACA-GATTA-TA--AAATAgt
gi|92577 : AGTTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-TCACA--------------TTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--GTTT-GGATA----C---A---AGTTTTT------AATGA--T-TCAT------TACA-GATTA-TAAGAACTA
gi|92578 : AGTTTTG-TT-CA--AAATCCT--TTT-----GCTTTT-C---ACA------------TTCAGAGTCAAC------T-TA-------T--AATG----TT-GGATA----C---A---AGTATTT-----AAATG---T-TCA-------TACA-AATTA-TA--
gi|92579 : AGGTTTG-TT-GA--AA-TTCTATTCT-TGT-GCTTTT-CCGTACAA-AATGTT-GCTGT-AGATAGGAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-CGATA----C---A---TTTCTTT-----ATATGA--A-TCAT------TTTA-GACTA-TA--AACTA
gi|92580 : AGGTTAG-TT-CA--AA-TCCT--TTA-TGT-GCTTTT-TCATACAA-AATATC-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--
gi|92581 : AGGTTTC-TT-CA--AA-TTCT--TTT-TGTTGCTTTC-CAATATAATGAT-TT-GCCTTCAGAGTCAAC------TAGA-------T--GATGACTTTT-TGAAA----C---A---ACTTGTT-------ATGA--ATTCA-------TACA-GATCATTA--AACTA
gi|92582 : AGGTTTG-TT-CA--AA-GCTT--TTA-TGT-AATTTT-ACATACAG-ACTATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CCTT---------------------------------TGA--A-TCAT------TATA-AACTA-T
gi|92583 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTA-TAT-GCTCTC-CTATACAA-A--ATT-GCCTTCAGAGTTAAC------T-GA-------T--A-----CTTTGTAATGCCTTC---A---AGTTtcagctatag
gi|92584 : AGGTTTA-TC-CA--AA-CGCC--TTT-TGT-GCTT------------------------CAGGGTCAAC------T-GA-------G--AATA--TTTT-TGATA----C---A---AGTTTAT-----AAATAA--A-TCAT------TATA-GACTA-CA--AGC
gi|92585 : AGATTTC-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TAT-GCTCTT-CCATATTA-AATATT-GCCTTCAGAG
gi|92586 : AGGTTTG-TT-CA--AA-TCCTG-TTT-TGT-GCTTTT-----------------GCGTTCAG--TCAAC------T-GT-------T--ATTG--CTTT-TGATA----C---G---AGTTTTTGTTTAAAATGA--
gi|92587 : AGGTTTG-TT-CA--AG--CCT--TTC-TGT-GCTTTT-CCATAC-A-CATATT-GCCtaaattgtaa
gi|92588 : AGATTTG-TT-CATTAA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATATTA-GATATT-GC
gi|92588 : TA----C---A---AGATTTT-----A--TTA--A-TCAT------TAGA-GATTA-T---AACTAtacaagattttattaatcattagagattataacta
gi|92589 : agatttgttcattaatcctttttgtgcttttccatattagatattgcGGTTTG-TT-CA--AA-TACT--TTT-TGC-GCTTTT-CCATACAA-TAT
gi|92590 : GTTTG-AT-CA--AA-TCCT--TTTCTGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATC-ACCTTCAGATTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----
gi|92591 : GTTTG-TT-CA--AAATCCT--TTT-TGT-GCTCTT-CCATTCAA-AATATTTGCCTTCAGAGTCAAC------A-GA-------T--AATG--CTTT--GAT------------------TT-----GA-TAC--A-TCAT------TATA-GACTA-TA--AGCTAttaaaagataaattgtaa
gi|92592 : TTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GCTTTT-CCATACAA-AATATT-GCCTTCAGAGCCAGC------T-GA-------T--TATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TA
gi|92593 : TTTG-TT-CA--AA-TCCT--TTT-TGT-GTTTTT-CTATATTG-AATATT-G-CTACAGA----------------------------------TT-TA--------------------TT-----A-ATGATCA-TCAT------TA-A-GATTA-TA--AACTAt
gi|92594 : TG-TT-CA--AA-CC------T-TGT-GCTTTT-CTGTACAA-AATATT-GTCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--AATG--CTTT-TGATA----CTGTA---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------TACA-GACTC-TA--
gi|92595 : -TT-CA--AA-TCGT--ATT-TGT-ATCTTT-CAATATAA-AATATT-GCATTCAAAGTCAAC------T-TA-------T--AATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTG-----AAATAA--A-TCAT------TATA-GCCTA-TC--AACT
gi|92596 : T--TTT-TGT-GCTTTT-CCATGCAA-AATATT-GCCTTCAGAGTCAAC------T-GA-------T--GATA--CTTT-TGATA----C---A---A-TTTTT-----AAATGA--A-TCAT------CA
gi|92597 : T--TTT-TGT-GCTTT--CCGTACAA-AATATT-GCCTTTAGAGTCAAC------T-GA-------T--ATTG--t
gi|92598 : -AGTAAT-GCCTTCAGAGTTAACGTAACTT-AG-------T--AATG--CTTT-TGATA--------A---AG-TTTT-----AAATAA--A-T-AT------CACAGGACTA-TG--AATTA
gi|92599 : ATT-GCCTTCAGAGTCAAT------T-GA-------TTTAATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTT------AGATGA--A-TCAT------TACA-GATTA-TA--AACTA
gi|92600 : ------T-GA-------T--AATG--CTTT-TAATA----C---A---AGTTTTT-----AAATGA--A-TCAT------GATG-GACTA-TA--AACTA
gi|92601 : ATG--CTTT-TGATA----C---A---AGTTTTT-----GAATGA--A-TCGT------TTTA-AAATA-TA--AACTA