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lowQualScore                  :                     7  7 888888  7  4444 6 2222 888888   2222  6666666666  6 6 888 00 222222 6   6 000 6 88  6  22 88 22 6  8  6 6  5  5 00 222  666   0 55  55 4  444 4 44 6 7777 6 3 6  6 3 3  3333 88  44    7777  44 3 3   4 00 4 4 99 8 4 4    
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Reference ( gi|78733 )        :                ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA-T-A---A--T------A-ACC-T---C-A--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AA---T-G--T-A----A-A-G-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78735                      :                ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AAA----TA----------AA-T-A---A--T------A-ACC-T---C-A--TC-TT--G--A--A-AA-AA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AA---C-G--T-A----A-T-G-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
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lowQualScore                  :                   6  2 666666  6  3333 5 7777 555555   9999  3333333333  222 5  77 000000    5 888  77  5  11 77 11 5  6  5 5  5  4 88 000  555   9 44  44 4   4 8888 5 7777 5  2  8 2 2  2222 77  22    7777  22 2 2   3 88 3 3 88 7 3 3    
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Reference ( family-594 )      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78733                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
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gi|78736                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--TGTAGT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GA----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
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gi|78743                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A----T------AGA----TA----------AA---T-AA--TT-----AGCC-T----A--TC-TT--G--A--AGAA-CA-T-CC-CT-TGTT---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----TTA----A-AG-CC-A-G-GC----T--TTT-CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
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gi|78745                      :              ATAAA-TA-ACAAAATAT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AAA--T-AA--T------AACC-T---CA--TC--T--G--A--A-TA-CA-T-CC-CT-C--TTG-AT---AGT-A--TG--T-AAT-G----TCA----A-AG-CC-A-G-GCA---T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-GT-T-A-C--T-T-TCGATT
gi|78746                      :              ATAGA-TA-A------AT-AATGATT-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------TAAC-T---CA--TC-TT--GGTA--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGTCA--TG--T-ATT-G----T-A----ACAGCCC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCAGG--T-ACC--T-T-T-GA
gi|78747                      :              ATAAA-TA-A------ATTAA----T-A----T------AGA----TA----------A----T-AACCT------AAAC-T---CA--TCCTT--G--AGGA-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--C-AAT-G----T-A----A-AG-CC-AGG-GC----T--TT--CAGT----AC--A-TATCA-G--T-A-C--TATAT-GATT
gi|78748                      :              atagA-TA-G------AT-A-----T-A--A-T------AG-----TA----------AA---TTAA--T------AACC-T---CA--TC-TTTGA--A--A-AA-CA-TACC-CT-C--T---GT---AGT-A--TGTCT-AAT-G----T-A----AGAG-CC-A---GC----T--TT--CAGT----ATCGA-T-T-A-G--TAA-C--T-T-T-GATT
gi|78749                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGATT--TA----------AA---T-AAT-T------AACCTT---CA--TC-TG--G--A--A-CATCC-T-CC-TT-G--T---GC---AGTGA--TG--T-AAC-ATTGTT-ATTATA-AG-CC-A-G-GT----TGGTC--CAGT----AC--AGT-TC--GTTT-A-C--T-T-T-
gi|78750                      :              ATAAA-TA-A------AT-GA----T-A----T------AGAA---TT----------AA---T-A---T------AAC--T---CA--T--TT--G--A--A-AA-CA-T-CC--T-C--T---GT---AGT-A--TG----AAT-G----T-A----A-AG--C-A-G-GC-------TT--CAG------C--A-T-TCA----T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78751                      : aaatgacgtataatgAAA-TA-A------AT-AC----T-A--G-T------AAT----TA---------------T-AA--TTCCCTAAACC-TAACCG--TC-TA--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-CG-T---GTCACAGT-AT-TG--T-AAC-GC---T-T----A-AG-CC-A-GCGCT---T--TT--CAGTTATCAC----T-TCA-GT-T-A-CGAT-T-C-GATT
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gi|78753                      :           aatgaaAA-TATA------AT-GA----T-A--A-TT-----AAA----TAT---------AA---T-AA--T------AAAC-TTT-CA--TC-TG--A--A--A-AA-CA-T-CC-CG-CT-T---GT---AGC--------T-GAT-G----T-A----A-AG-C------GC----T--TC----GC----TC--A-T-TAT-G--A-A-C--T-T-T-GATT
gi|78754                      :                AAA-TA-A------AT-AA----T--------------------TA----------AA---T-AA--T------AATT-C---CA--GC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-AAAC--T---GT---AGG-G--TG--T-AAC-G----T-A----A-AA-CC-C-G-GC----G--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--G-A-C--T-T-T-GATT
gi|78755                      :            aatgaaA-TA-A------AT-AC----T-A--T-T------AGACAAATA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CG--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-A----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78756                      :                  A-TA-A------AT-GA----T-A--A-TT-----AAA----TA----------AA---T-AAA-T------AAAC-T---CAAATC-TT--G--A--A-AAACA-T-CC-C--C--T---GT---ATT-G--------AAT-G----T-A----A-AG-C--A-G-GC----T--T---CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78757                      :                                   ----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TA-TT--G--A--A-A--CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-AAGTG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CCCA-G-GC----T--TT--CGGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78758                      :                  A-TA-A------AT-------T-A--A---------GA----TA----------AAACCT-A---T------AAAT-T---C---TG-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---A-T-A--TG--T-AAT-G----T-A----A-AG-CCCA-G-GC----T--T-----G--------------CA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
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Alignments
lowQualScore                  :                   1  3 444444  1  3333 1 3333 777777   6666  8888888888  444 1  66 666666    1 444  33  1  22 33 22 1  4  1 1  1  1 44 777  222   2 33  33 1   1 5555 2 2222 2  1  3 1 1  5555 11  44    2222  44 1 1   1 55 1 1 11 2 1 1    
lowQualScore                  :                   .  . ......  .  .... . .... ......   ....  ..........  ... .  .. ......    . ...  ..  .  .. .. .. .  .  . .  .  . .. ...  ...   . ..  .. .   . .... . .... .  .  . . .  .... ..  ..    ....  .. . .   . .. . . .. . . .    
lowQualScore                  :                   6  2 666666  6  3333 5 7777 555555   9999  3333333333  222 5  77 000000    5 888  77  5  11 77 11 5  6  5 5  5  4 88 000  555   9 44  44 4   4 8888 5 7777 5  2  8 2 2  2222 77  22    7777  22 2 2   3 88 3 3 88 7 3 3    
consensus                     :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
Reference ( family-594 )      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78733                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
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gi|78736                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--TGTAGT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GA----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
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gi|78739                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-CCTCATCAAA----TACCAAAAAAAAAA---A-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78740                      :              ACAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--T-T-T
gi|78741                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AG--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--TAAAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--T-T-T
gi|78742                      :              ATAGA-TATA------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------A----T-A---T------ACCT-C---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CATT-CC-CG-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----T------A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78743                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A----T------AGA----TA----------AA---T-AA--TT-----AGCC-T----A--TC-TT--G--A--AGAA-CA-T-CC-CT-TGTT---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----TTA----A-AG-CC-A-G-GC----T--TTT-CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78744                      :              ATAAA-TA-T------AA-AA----T-A--AAT------AGA----TA----------AA---T-AAA-T------AACC-T---CAA-TC-TT--G--A--A-AATCA-T-CCTCT-C--T---GT---AGT-A--TA--T-AAT-G----T-A----A-AA-CC-A-G-TCAGGAT--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78745                      :              ATAAA-TA-ACAAAATAT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AAA--T-AA--T------AACC-T---CA--TC--T--G--A--A-TA-CA-T-CC-CT-C--TTG-AT---AGT-A--TG--T-AAT-G----TCA----A-AG-CC-A-G-GCA---T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-GT-T-A-C--T-T-TCGATT
gi|78746                      :              ATAGA-TA-A------AT-AATGATT-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------TAAC-T---CA--TC-TT--GGTA--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGTCA--TG--T-ATT-G----T-A----ACAGCCC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCAGG--T-ACC--T-T-T-GA
gi|78747                      :              ATAAA-TA-A------ATTAA----T-A----T------AGA----TA----------A----T-AACCT------AAAC-T---CA--TCCTT--G--AGGA-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--C-AAT-G----T-A----A-AG-CC-AGG-GC----T--TT--CAGT----AC--A-TATCA-G--T-A-C--TATAT-GATT
gi|78748                      :              atagA-TA-G------AT-A-----T-A--A-T------AG-----TA----------AA---TTAA--T------AACC-T---CA--TC-TTTGA--A--A-AA-CA-TACC-CT-C--T---GT---AGT-A--TGTCT-AAT-G----T-A----AGAG-CC-A---GC----T--TT--CAGT----ATCGA-T-T-A-G--TAA-C--T-T-T-GATT
gi|78749                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGATT--TA----------AA---T-AAT-T------AACCTT---CA--TC-TG--G--A--A-CATCC-T-CC-TT-G--T---GC---AGTGA--TG--T-AAC-ATTGTT-ATTATA-AG-CC-A-G-GT----TGGTC--CAGT----AC--AGT-TC--GTTT-A-C--T-T-T-
gi|78750                      :              ATAAA-TA-A------AT-GA----T-A----T------AGAA---TT----------AA---T-A---T------AAC--T---CA--T--TT--G--A--A-AA-CA-T-CC--T-C--T---GT---AGT-A--TG----AAT-G----T-A----A-AG--C-A-G-GC-------TT--CAG------C--A-T-TCA----T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78751                      : aaatgacgtataatgAAA-TA-A------AT-AC----T-A--G-T------AAT----TA---------------T-AA--TTCCCTAAACC-TAACCG--TC-TA--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-CG-T---GTCACAGT-AT-TG--T-AAC-GC---T-T----A-AG-CC-A-GCGCT---T--TT--CAGTTATCAC----T-TCA-GT-T-A-CGAT-T-C-GATT
gi|78752                      :                AAA-TA-A------AT-TA----T--------------------TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--GC-TT--G--A--A-AA-CA-C-CC-CG-C--T---GT---AGT-T--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-C-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78753                      :           aatgaaAA-TATA------AT-GA----T-A--A-TT-----AAA----TAT---------AA---T-AA--T------AAAC-TTT-CA--TC-TG--A--A--A-AA-CA-T-CC-CG-CT-T---GT---AGC--------T-GAT-G----T-A----A-AG-C------GC----T--TC----GC----TC--A-T-TAT-G--A-A-C--T-T-T-GATT
gi|78754                      :                AAA-TA-A------AT-AA----T--------------------TA----------AA---T-AA--T------AATT-C---CA--GC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-AAAC--T---GT---AGG-G--TG--T-AAC-G----T-A----A-AA-CC-C-G-GC----G--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--G-A-C--T-T-T-GATT
gi|78755                      :            aatgaaA-TA-A------AT-AC----T-A--T-T------AGACAAATA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CG--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-A----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78756                      :                  A-TA-A------AT-GA----T-A--A-TT-----AAA----TA----------AA---T-AAA-T------AAAC-T---CAAATC-TT--G--A--A-AAACA-T-CC-C--C--T---GT---ATT-G--------AAT-G----T-A----A-AG-C--A-G-GC----T--T---CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78757                      :                                   ----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TA-TT--G--A--A-A--CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-AAGTG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CCCA-G-GC----T--TT--CGGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78758                      :                  A-TA-A------AT-------T-A--A---------GA----TA----------AAACCT-A---T------AAAT-T---C---TG-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---A-T-A--TG--T-AAT-G----T-A----A-AG-CCCA-G-GC----T--T-----G--------------CA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78759                      :                                                                                                                                -CT-T--T---GT---GAC-A--TG-----AT-GGA--T-G----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GAT
gi|78760                      :                                                                                                                                   -C--T---GT---A-T-A--TGA-T-AAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G--C----T--TT--CAGT----AC--A-T-T-A-GT-T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78761                      :                                                                                                                                                            -AAC-A----T-A----A-AG-CCCG-G-GC----T--TTT-CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GGTT
gi|78762                      :                                                                                                                                                                       -A----A-AG-CC-C-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78763                      :                                                                                                                                                              tgta----T-G----A-AG-CC-A-G-GC----T--T---CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78764                      :                                                                                                                                                                  ----T-G----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT-----C--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT


blockSeqs                     :                   G  T CAAAAT  T  TGAT G TAA  CTCATC   CAAA  CCAAAAAAAA  ACC T  CC TCCCTA    T AAC  AA  C  TG GT GG G  T  T A  T  A GT GTA  CAC   C AG  TC A   G TTGT T TTAT C  C  C G C  AGGA GG  TC    TATC  CG G A   G TT A C GA G A C
blockSeqs                     :                   .  T .       .  .    . AA   T        TT    T           A   .  A  T         . TT   A   .  .  A  .  .  T  . .  .  . G  GTA  .     G T   A  .   . GA   C .    G  .  C . .  A    .   T     .     A  . .   . T  . . .  A . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    T        A     .           .   .  T  .         . .    .   .  .  .  .  .  A  . .  .  . T  TG   .     . .   .  .   . C    . .    .  .  C . .  T    .   T     .     A  . .   . T  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  A  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . T  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
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blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . G    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . T    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . A    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . .    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . .    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . .    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                   .  . .       .  .    . .    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                                   .    . .    .        .     .           .   .  .  .         . .    .   .  .  .  .  .  .  . .  .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                   . .  .    .     . .   .  .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   . .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .   . .  . . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .    . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       . .    .  .  . . .  .    .   .     .     .  . .                    


blockSeqCons                  :              
originalCons                  :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
finalCons                     :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT





Alignments
lowQualScore                  :                   1  3 444444  1  3333 1 3333 777777   6666  8888888888  444 1  66 666666    1 444  33  1  22 33 22 1  4  1 1  1  1 44 777  222   2 33  33 1   1 5555 2 2222 2  1  3 1 1  5555 11  44    2222  44 1 1   1 55 1 1 11 2 1 1    
lowQualScore                  :                   .  . ......  .  .... . .... ......   ....  ..........  ... .  .. ......    . ...  ..  .  .. .. .. .  .  . .  .  . .. ...  ...   . ..  .. .   . .... . .... .  .  . . .  .... ..  ..    ....  .. . .   . .. . . .. . . .    
lowQualScore                  :                   6  2 666666  6  3333 5 7777 555555   9999  3333333333  222 5  77 000000    5 888  77  5  11 77 11 5  6  5 5  5  4 88 000  555   9 44  44 4   4 8888 5 7777 5  2  8 2 2  2222 77  22    7777  22 2 2   3 88 3 3 88 7 3 3    
consensus                     :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
Reference ( family-594 )      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78733                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78734                      :              ATAAAGTA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------A-CC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TTTCCAGT----ACA-A-T-TCA-G--T-A-C--TGT-T-GATT
gi|78735                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-AA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-TG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78736                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--TGTAGT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GA----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78737                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----TGA--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--GA-A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--TGTAGT---AGT-A--TG--T-AACGG----T-A----A-AG-CC-A-G-GA----T--TT--CAGT----ACA-A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78738                      :              ATAGA-TA-A------AT-AA----T-ATAA-T------AGG----TA----------AA---T-AA--T------AAC--T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----C-T----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78739                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-CCTCATCAAA----TACCAAAAAAAAAA---A-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78740                      :              ACAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--T-T-T
gi|78741                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AG--T------AACC-T---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--TAAAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--T-T-T
gi|78742                      :              ATAGA-TATA------AT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------A----T-A---T------ACCT-C---CA--TC-TT--G--A--A-AA-CATT-CC-CG-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----T------A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78743                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A----T------AGA----TA----------AA---T-AA--TT-----AGCC-T----A--TC-TT--G--A--AGAA-CA-T-CC-CT-TGTT---GT---AGT-A--TG--T-AAT-G----TTA----A-AG-CC-A-G-GC----T--TTT-CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78744                      :              ATAAA-TA-T------AA-AA----T-A--AAT------AGA----TA----------AA---T-AAA-T------AACC-T---CAA-TC-TT--G--A--A-AATCA-T-CCTCT-C--T---GT---AGT-A--TA--T-AAT-G----T-A----A-AA-CC-A-G-TCAGGAT--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78745                      :              ATAAA-TA-ACAAAATAT-AA----T-A--A-T------AGA----TA----------AAA--T-AA--T------AACC-T---CA--TC--T--G--A--A-TA-CA-T-CC-CT-C--TTG-AT---AGT-A--TG--T-AAT-G----TCA----A-AG-CC-A-G-GCA---T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-GT-T-A-C--T-T-TCGATT
gi|78746                      :              ATAGA-TA-A------AT-AATGATT-A--A-T------AGA----TA----------AA---T-AA--T------TAAC-T---CA--TC-TT--GGTA--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGTCA--TG--T-ATT-G----T-A----ACAGCCC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCAGG--T-ACC--T-T-T-GA
gi|78747                      :              ATAAA-TA-A------ATTAA----T-A----T------AGA----TA----------A----T-AACCT------AAAC-T---CA--TCCTT--G--AGGA-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--C-AAT-G----T-A----A-AG-CC-AGG-GC----T--TT--CAGT----AC--A-TATCA-G--T-A-C--TATAT-GATT
gi|78748                      :              atagA-TA-G------AT-A-----T-A--A-T------AG-----TA----------AA---TTAA--T------AACC-T---CA--TC-TTTGA--A--A-AA-CA-TACC-CT-C--T---GT---AGT-A--TGTCT-AAT-G----T-A----AGAG-CC-A---GC----T--TT--CAGT----ATCGA-T-T-A-G--TAA-C--T-T-T-GATT
gi|78749                      :              ATAAA-TA-A------AT-AA----T-A--A-T------AGATT--TA----------AA---T-AAT-T------AACCTT---CA--TC-TG--G--A--A-CATCC-T-CC-TT-G--T---GC---AGTGA--TG--T-AAC-ATTGTT-ATTATA-AG-CC-A-G-GT----TGGTC--CAGT----AC--AGT-TC--GTTT-A-C--T-T-T-
gi|78750                      :              ATAAA-TA-A------AT-GA----T-A----T------AGAA---TT----------AA---T-A---T------AAC--T---CA--T--TT--G--A--A-AA-CA-T-CC--T-C--T---GT---AGT-A--TG----AAT-G----T-A----A-AG--C-A-G-GC-------TT--CAG------C--A-T-TCA----T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78751                      : aaatgacgtataatgAAA-TA-A------AT-AC----T-A--G-T------AAT----TA---------------T-AA--TTCCCTAAACC-TAACCG--TC-TA--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-CG-T---GTCACAGT-AT-TG--T-AAC-GC---T-T----A-AG-CC-A-GCGCT---T--TT--CAGTTATCAC----T-TCA-GT-T-A-CGAT-T-C-GATT
gi|78752                      :                AAA-TA-A------AT-TA----T--------------------TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--GC-TT--G--A--A-AA-CA-C-CC-CG-C--T---GT---AGT-T--TG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CC-C-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78753                      :           aatgaaAA-TATA------AT-GA----T-A--A-TT-----AAA----TAT---------AA---T-AA--T------AAAC-TTT-CA--TC-TG--A--A--A-AA-CA-T-CC-CG-CT-T---GT---AGC--------T-GAT-G----T-A----A-AG-C------GC----T--TC----GC----TC--A-T-TAT-G--A-A-C--T-T-T-GATT
gi|78754                      :                AAA-TA-A------AT-AA----T--------------------TA----------AA---T-AA--T------AATT-C---CA--GC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-AAAC--T---GT---AGG-G--TG--T-AAC-G----T-A----A-AA-CC-C-G-GC----G--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--G-A-C--T-T-T-GATT
gi|78755                      :            aatgaaA-TA-A------AT-AC----T-A--T-T------AGACAAATA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CG--TC-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-A--TG--T-AAT-A----T-A----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78756                      :                  A-TA-A------AT-GA----T-A--A-TT-----AAA----TA----------AA---T-AAA-T------AAAC-T---CAAATC-TT--G--A--A-AAACA-T-CC-C--C--T---GT---ATT-G--------AAT-G----T-A----A-AG-C--A-G-GC----T--T---CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78757                      :                                   ----T-A--A-T------AAA----TA----------AA---T-AA--T------AACC-T---CA--TA-TT--G--A--A-A--CA-T-CC-CT-C--T---GT---AGT-AAGTG--T-AAC-G----T-A----A-AG-CCCA-G-GC----T--TT--CGGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78758                      :                  A-TA-A------AT-------T-A--A---------GA----TA----------AAACCT-A---T------AAAT-T---C---TG-TT--G--A--A-AA-CA-T-CC-CT-C--T---GT---A-T-A--TG--T-AAT-G----T-A----A-AG-CCCA-G-GC----T--T-----G--------------CA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78759                      :                                                                                                                                -CT-T--T---GT---GAC-A--TG-----AT-GGA--T-G----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GAT
gi|78760                      :                                                                                                                                   -C--T---GT---A-T-A--TGA-T-AAT-G----T-A----A-AG-CC-A-G--C----T--TT--CAGT----AC--A-T-T-A-GT-T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78761                      :                                                                                                                                                            -AAC-A----T-A----A-AG-CCCG-G-GC----T--TTT-CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GGTT
gi|78762                      :                                                                                                                                                                       -A----A-AG-CC-C-G-GC----T--TT--CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78763                      :                                                                                                                                                              tgta----T-G----A-AG-CC-A-G-GC----T--T---CAGT----AC--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT
gi|78764                      :                                                                                                                                                                  ----T-G----A-AG-CC-A-G-GC----T--TT--CAGT-----C--A-T-TCA-G--T-A-C--T-T-T-GATT