lowQualScore                  :                                     1111111                                                                                                   111111111111                                                                                      
lowQualScore                  :         1 3       1 3  1      555   2222222     1 3  1 6666     44         0 1  1 1   1    1   1 1   3333 3333  1    3   222   1 4 1   444444 777777777777    1     1  3 77777 3 22 1  22   1    66666 55 3     1    1 2   1 22 1  1  1         
lowQualScore                  :         . .       . .  .      ...   .......     . .  . ....     ..         . .  . .   .    .   . .   .... ....  .    .   ...   . . .   ...... ............    .     .  . ..... . .. .  ..   .    ..... .. .     .    . .   . .. .  .  .         
lowQualScore                  :         6 2       6 2  6      222   8888888     7 3  7 1111     00         2 7  7 7   7    7   7 7   7777 7777  7    2   888   5 8 5   333333 111111111111    5     5  1 55555 1 11 5  11   5    33333 88 1     5    5 3   6 22 6  6  6         
consensus                     : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCG----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
Reference ( gi|125057 )       : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AAG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125056                     : GCGGAAGG-T-CGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125059                     : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCAAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125058                     : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TAT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125055                     : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GTGAC-A-GA-CCTATGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AAG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125061                     : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-TTCG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CTA----A----AC-GCTC-GGC---AAC--AG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCG-G--T-GT-CG-CAGCAG
gi|125062                     : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-TT----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-TCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGG------T-------A----A-GT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAtt
gi|125065                     : GCGGAAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGACCA-GAACCTAAGTCGT-TAACACA-GTAG-TGAA-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-T--C-GA--GAT-GACC-T---TA-A-AAAAC-GGAT-
gi|125064                     : GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-ATCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----
gi|125047                     : GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-C-----TCGT-----------AT-TC-A-CAG-CTGC-AAT-G-CCG----A----AT-GCCC-GGT---AAC-AGG-TGT------G-------ATAAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAAC-GGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTG
gi|125048                     : GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCC---AGT-G-----ATGAC-A-GA-C-----TCGT---ATTCAG-----------AG-CTGC-AAT-G-CCC----A----AT-GCCC-GGT---AAC-AGG-TGT------GATCA---A----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAAC-GGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGgaac
gi|125051                     : GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCC----AGT-G-----GTGAT-ATGA-CTCAATTC-------------------A-CAG-CTGC-AAT-G-CCG----A----AT-GCCC-GGT---ATC-AAG--GT------GGTGATCAA----GCGT-CACGG-GT-T--CA-T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAAC-GGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAAGTgaac
gi|125049                     : GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-GG-AATCCC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGC-AAT-G-CAG----A----AT-ACCC-GGT---AAC-AGG-TGT------G-------ATCAAGTGC-CAAGT-GT-C--A--T-T--T-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAAAC-GGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGtggaac
gi|125053                     : GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAC-A-G--CC-----CGG-TA--ACAGGT-G-TG-A-
gi|125052                     : GCAGAAGG-T-TGGTTGTAT-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-CT----CCGT---ATA--------TC-A-CAG-CTGC-AAT-GTCCG----A----AT-ACCC-GGT---AAC-AGGTTGT------G-------A-------T-CAAAGTGT-CAAC----C--G-GA--AAT-GACCATGGAT--A-AGAGC-GGAT-GACCCTG--T-GC-CA-CAGTAGTTGtcaagtgtcacgggtcattggaaattaccatataaccggataacctgtgccacagtagttg
gi|125054                     : GCAGAAGGAT-TGGTTGT-T-CA-AATCCCCAAAGT-G-----GTGAT-G-GA-CTT---TCGTATTCCACAGCC---TG-C-CAA-TGGCGACT-G-CCAGGTAA----ACAGGTC-TCC---GAT---G-TGT------G-------ATCAAGTGTTCACGG-GT-C--A--TAC--G-GA--AATTGACC-A---T--A-TAAAC-GGAT-G-ACT-G--T-GC-CA-gaac
gi|125050                     : GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T--G-AAT-CC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGC-AAT-G-CAG----A----AT-ACCC--GT---AAC-AGG-T-T------GATCA---A----GTGC-CAAGT-GT-T--CATT-T--G-AT--CAT-TACCAT---T--A-TAAAC-GGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAGgtagcgttggaac
gi|125066                     : GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGTGCACTTAGTGAC-A-GA-Ctt
gi|125070                     :  CGGAAGG-TATGTGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GCGAC-A-AA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTTGTTG-ACCAGTTTCC-ACTGG-CCA----ATTTTAC-GCTCTGGC---AAC-AGG-TGT------G-------AT---ATGT-CACAG-GTGC--G--T-C--G-GAGCGAT-GACC-TG--TAAA-AAAAC-GAATCTTCCC-A--T-GT--G-CAGCAGt
gi|125069                     :  CAGAAGG-T-TGGTTGT-TTCACAATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GG------ATCGT-ATTCACAG----------CA--TGCA-ATT-G-CCG----A----AT-GCCC-GGTTAAAAC-A-G-TGTTGGATCA-------A----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--CAT--ACC-A---T--ATACAAC-GGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGtgttg
gi|125071                     :    GAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-CT-C--T-C--G-GA--GAT-GACT-T---T--A-AAAAC-GGAT-GT-CC-G--T-GT-CA-CAGCAAGTGtttggaac
gi|125072                     :    GGAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A--A-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---TAAA-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--TGGT-CG-CAGtggcac
gi|125073                     :     AAGG-TGCGGGTGT-T-CG-AATCCCCT-GGC-C-----GCGAC-A-GA-TA-AAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CC-----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GTGC--C--T-C--GAGT--GAT-GACC-T--------AAAAC-GGAT-GTCCC-GACT-GTGCA-CAG
gi|125067                     :     AAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAT-A-t
gi|125068                     : gcacAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCC
gi|125074                     :  gcacAAG-T-TGG-TGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GC-AC-ATGA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTC----------------------------GGC---AACCAGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT----C--T-CGGG-GA--GAT-GA-C-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGagtagtgataggtgtaattaagtggtgtgggtcattggaaaggatcatatataaacaaatgacctttgcaccgagtt
gi|125076                     :                                                                          GTAG-TG-A-CAG-TTCC-ACT-G-CCA----A----AC-GCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125075                     :                                                                          GTAG-TG-A-C-G-TTCC-ACT-G-C-A----A----AC-GCTCTGGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C-----T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAA-C-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125053                     :                                                                                                               ca-GCCC-GGT---AAC-AGG-TGT------G-------ATCAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-T--G-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAACC-GGAT-AACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTG
gi|125077                     :                                                                                gcagaaggttgggtgttcaaatcccagtagtgacaCTC-GGC---AAC-AGG-TGT------G-------A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T----G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAAC-GGAT-GTCCC-G--T-GT-CGCCAGCAGGTG
gi|125060                     :                                                                                                                             gcC-AAG-T-----------------------GT-CA-GG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--ATATAACGGGAT-GAC------T-GT-TG-CCACAG
gi|125078                     :                                                             gcagacaggttgcgttgttcaagatccaagttagtacagtgcaatgcgatgccgtacaggtggtgat-AAG-TGA------G-------A----AT---CACGG-GT-C--T--TTC--G-GA--TAT-TACC-T---A--T-AAAAC-GGAG-ATCCC-G--T-GT-CA-CAGCAGGTGtgagttggaac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|125063 ): GCAGAAGGTTGAGTGTCAAATCCCATAGTTAACAGCCCGGTAACAGTGTGTAACAGCGTCACGGTCATTGGAAATTACCATAATAGAACGAGGTTACACTGTGCAAGTAGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                        1111111                                                                                                         111111111                                                                                     
lowQualScore                  :                                            1 3       1 3  1      444   1111111     1 3  1  444     33           1  1 1   1       1 1  3 3333      3   222  1 1 1  1 555555555 1 444444 444444444    1     1  3 66666 3 22 1  22   1    55555 55 1         1 1   1 22 1  1  1         
lowQualScore                  :                                            . .       . .  .      ...   .......     . .  .  ...     ..           .  . .   .       . .  . ....      .   ...  . . .  . ......... . ...... .........    .     .  . ..... . .. .  ..   .    ..... .. .         . .   . .. .  .  .         
lowQualScore                  :                                            5 0       5 0  5      888   8888888     6 2  7  333     44           6  6 6   7       7 7  5 5555      1   777  5 5 5  5 999999999 5 333333 555555555    5     5  1 66666 1 11 5  11   5    33333 88 5         5 3   6 22 6  6  6         
consensus                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
Reference ( family-587 )      :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125047                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-C-----TCGT-----------AT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CCGA----ATGCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----ATAAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTG
gi|125048                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCC---AGT-G-----ATGAC-A-GA-C-----TCGT---ATTCAG-----------AG-CTGCAAT-G-CCCA----ATGCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------GATCAA----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGgaac
gi|125049                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-GG-AATCCC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CAGA----ATACCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------GATCAA----GTGC-CAAGT-GT-C--A--T-T--T-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAAACGGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGgaac
gi|125050                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T--G-AAT-CC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CAGA----ATACCC--GT---AA-C-A-GG-T-----------T------GATCAA----GTGC-CAAGT-GT-T--CATT-T--G-AT--CAT-TACCAT---T--A-TAAACGGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAG
gi|125051                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCC----AGT-G-----GTGAT-ATGA-CTCAATTC-------------------A-CAG-CTGCAAT-G-CCGA----ATGCCC-GGT---AT-C-AAGG-T---------GGT------G----ATCAAGCGT-CACGG-GT-T--CA-T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAAGTtt
gi|125052                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGTAT-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-CT----CCGT---ATA--------TC-A-CAG-CTGCAAT-GTCCGA----ATACCC-GGT---AA-C-A-GGTT---------G-T------G----A-------T-CAAAGTGT-CAAC----C--G-GA--AAT-GACCATGGAT--A-AGAGCGGAT-GACCCTG--T-GC-CA-CAGTAGTTGtggaac
gi|125053                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAC-A-G--CC-----CGG-TA--ACAGGT-G-TG-A-gaac
gi|125053                     :                                                                                                                                               GCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----ATCAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-T--G-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAACCGGAT-AACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGtcaagtgtcacgggtcattggaaattaccatataaccggataacctgtgccacagtagttg
gi|125054                     : gcagaaggttgggtgttcaaatcccagtagtgacaGCAGAAGGAT-TGGTTGT-T-CA-AATCCCCAAAGT-G-----GTGAT-G-GA-CTT---TCGTATTCCACAGCC---TG---------CCAAT-G-GCGA----CTGCCA-GGT---AAAC-A-GG-TCTCCGATGTG-T------G----ATCAAGTGTTCACGG-GT-C--A--TAC--G-GA--AATTGACC-A---T--A-TAAACGGAT-G-ACT-G--T-GC-CA-
gi|125055                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GTGAC-A-GA-CCTATGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-AG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTGgtagcgttggaac
gi|125056                     :                                    GCGGAAGG-T-CGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125057                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-AG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125058                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------A-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125059                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCAAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125061                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-TTCG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CTAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A--G-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCG-G--T-GT-CG-CAGCAG
gi|125062                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-TT----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-TCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-G------T----A----A-GT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAtt
gi|125063                     :                                    GCAGAAGG-T-TGAGTG--T-CA-AATCCC---
gi|125064                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-ATCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----atagttaacagcccggtaacagtgtgtaacagcgtcacggtcattggaaattaccataatagaacgaggttacactgtgcaagtagt
gi|125065                     :                                    GCGGAAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGACCA-GAACCTAAGTCGT-TAACACA-GTAG-TGAA-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-T--C-GA--GAT-GACC-T---TA-A-AAAACGGAT-
gi|125066                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGTGCACTTAGTGAC-A-GA-C
gi|125067                     :                                        AAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAT-A-t
gi|125068                     :                                    gcacAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCC
gi|125069                     :                                 gcacCAGAAGG-T-TGGTTGT-TTCACAATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GG------ATCGT-ATTCACAG----------CA--TGCAATT-G-CCGA----ATGCCC-GGTTAAAA-C-A-G--T---------G-TTGGATCA----A----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--CAT--ACC-A---T--ATACAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGagtagtgataggtgtaattaagtggtgtgggtcattggaaaggatcatatataaacaaatgacctttgcaccgagtt
gi|125070                     :                                     CGGAAGG-TATGTGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GCGAC-A-AA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTTGTTG-ACCAGTTTCCACTGG-CCAATTTTACGCTCTGGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----AT---ATGT-CACAG-GTGC--G--T-C--G-GAGCGAT-GACC-TG--TAAA-AAAACGAATCTTCCC-A--T-GT--G-CAGCAGtttggaac
gi|125071                     :                                       GAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-CT-C--T-C--G-GA--GAT-GACT-T---T--A-AAAACGGAT-GT-CC-G--T-GT-CA-CAGCAAGTGtgttg
gi|125072                     :                                       GGAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A--A-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---TAAA-AAAACGGAT-GTCCC-G--TGGT-CG-CAGtggcac
gi|125073                     :                                        AAGG-TGCGGGTGT-T-CG-AATCCCCT-GGC-C-----GCGAC-A-GA-TA-AAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CC-A----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GTGC--C--T-C--GAGT--GAT-GACC-T--------AAAACGGAT-GTCCC-GACT-GTGCA-CAG
gi|125074                     :                                         AAG-T-TGG-TGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GC-AC-ATGA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTC----------------------GGC---AA-CCA-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT----C--T-CGGG-GA--GAT-GA-C-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGt
gi|125075                     :                                                                                                             GTAG-TG-A-C-G-TTCCACT-G-C-AA----ACGCTCTGGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C-----T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAA-CGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125076                     :                                                                                                           caGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125077                     :                                                                                                                                                CTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T----G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CGCCAGCAGGTG
gi|125078                     :                                                                                                                                                            gc-A-AG-T---------G-A------G----A----AT---CACGG-GT-C--T--TTC--G-GA--TAT-TACC-T---A--T-AAAACGGAG-ATCCC-G--T-GT-CA-CAGCAGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|125060 ): GCAGACAGGTTGCGTTGTTCAAGATCCAAGTTAGTACAGTGCAATGCGATGCCGTACAGGTGGTGATCAAGTGTCAGGGTCATCGGAAATGACCATATATAACGGGATGACTGTTGCCACAGTGAGTTGGAAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                        1111111                                                                                                         111111111                                                                                     
lowQualScore                  :                                            1 3       1 3  1      444   1111111     1 3  1  444     33           1  1 1   1       1 1  3 3333      3   222  1 1 1  1 555555555 1 444444 444444444    1     1  3 66666 3 22 1  22   1    55555 55 1         1 1   1 22 1  1  1         
lowQualScore                  :                                            . .       . .  .      ...   .......     . .  .  ...     ..           .  . .   .       . .  . ....      .   ...  . . .  . ......... . ...... .........    .     .  . ..... . .. .  ..   .    ..... .. .         . .   . .. .  .  .         
lowQualScore                  :                                            5 0       5 0  5      888   8888888     6 2  7  333     44           6  6 6   7       7 7  5 5555      1   777  5 5 5  5 999999999 5 333333 555555555    5     5  1 66666 1 11 5  11   5    33333 88 5         5 3   6 22 6  6  6         
consensus                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
Reference ( family-587 )      :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125047                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-C-----TCGT-----------AT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CCGA----ATGCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----ATAAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTG
gi|125048                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCC---AGT-G-----ATGAC-A-GA-C-----TCGT---ATTCAG-----------AG-CTGCAAT-G-CCCA----ATGCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------GATCAA----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGgaac
gi|125049                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-GG-AATCCC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CAGA----ATACCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------GATCAA----GTGC-CAAGT-GT-C--A--T-T--T-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAAACGGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGgaac
gi|125050                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T--G-AAT-CC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CAGA----ATACCC--GT---AA-C-A-GG-T-----------T------GATCAA----GTGC-CAAGT-GT-T--CATT-T--G-AT--CAT-TACCAT---T--A-TAAACGGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAG
gi|125051                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCC----AGT-G-----GTGAT-ATGA-CTCAATTC-------------------A-CAG-CTGCAAT-G-CCGA----ATGCCC-GGT---AT-C-AAGG-T---------GGT------G----ATCAAGCGT-CACGG-GT-T--CA-T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAAGTtt
gi|125052                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGTAT-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-CT----CCGT---ATA--------TC-A-CAG-CTGCAAT-GTCCGA----ATACCC-GGT---AA-C-A-GGTT---------G-T------G----A-------T-CAAAGTGT-CAAC----C--G-GA--AAT-GACCATGGAT--A-AGAGCGGAT-GACCCTG--T-GC-CA-CAGTAGTTGtggaac
gi|125053                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAC-A-G--CC-----CGG-TA--ACAGGT-G-TG-A-gaac
gi|125053                     :                                                                                                                                               GCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----ATCAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-T--G-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAACCGGAT-AACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGtcaagtgtcacgggtcattggaaattaccatataaccggataacctgtgccacagtagttg
gi|125054                     : gcagaaggttgggtgttcaaatcccagtagtgacaGCAGAAGGAT-TGGTTGT-T-CA-AATCCCCAAAGT-G-----GTGAT-G-GA-CTT---TCGTATTCCACAGCC---TG---------CCAAT-G-GCGA----CTGCCA-GGT---AAAC-A-GG-TCTCCGATGTG-T------G----ATCAAGTGTTCACGG-GT-C--A--TAC--G-GA--AATTGACC-A---T--A-TAAACGGAT-G-ACT-G--T-GC-CA-
gi|125055                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GTGAC-A-GA-CCTATGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-AG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTGgtagcgttggaac
gi|125056                     :                                    GCGGAAGG-T-CGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125057                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-AG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125058                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------A-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125059                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCAAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125061                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-TTCG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CTAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A--G-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCG-G--T-GT-CG-CAGCAG
gi|125062                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-TT----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-TCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-G------T----A----A-GT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAtt
gi|125063                     :                                    GCAGAAGG-T-TGAGTG--T-CA-AATCCC---
gi|125064                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-ATCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----atagttaacagcccggtaacagtgtgtaacagcgtcacggtcattggaaattaccataatagaacgaggttacactgtgcaagtagt
gi|125065                     :                                    GCGGAAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGACCA-GAACCTAAGTCGT-TAACACA-GTAG-TGAA-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-T--C-GA--GAT-GACC-T---TA-A-AAAACGGAT-
gi|125066                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGTGCACTTAGTGAC-A-GA-C
gi|125067                     :                                        AAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAT-A-t
gi|125068                     :                                    gcacAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCC
gi|125069                     :                                 gcacCAGAAGG-T-TGGTTGT-TTCACAATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GG------ATCGT-ATTCACAG----------CA--TGCAATT-G-CCGA----ATGCCC-GGTTAAAA-C-A-G--T---------G-TTGGATCA----A----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--CAT--ACC-A---T--ATACAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGagtagtgataggtgtaattaagtggtgtgggtcattggaaaggatcatatataaacaaatgacctttgcaccgagtt
gi|125070                     :                                     CGGAAGG-TATGTGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GCGAC-A-AA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTTGTTG-ACCAGTTTCCACTGG-CCAATTTTACGCTCTGGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----AT---ATGT-CACAG-GTGC--G--T-C--G-GAGCGAT-GACC-TG--TAAA-AAAACGAATCTTCCC-A--T-GT--G-CAGCAGtttggaac
gi|125071                     :                                       GAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-CT-C--T-C--G-GA--GAT-GACT-T---T--A-AAAACGGAT-GT-CC-G--T-GT-CA-CAGCAAGTGtgttg
gi|125072                     :                                       GGAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A--A-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---TAAA-AAAACGGAT-GTCCC-G--TGGT-CG-CAGtggcac
gi|125073                     :                                        AAGG-TGCGGGTGT-T-CG-AATCCCCT-GGC-C-----GCGAC-A-GA-TA-AAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CC-A----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GTGC--C--T-C--GAGT--GAT-GACC-T--------AAAACGGAT-GTCCC-GACT-GTGCA-CAG
gi|125074                     :                                         AAG-T-TGG-TGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GC-AC-ATGA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTC----------------------GGC---AA-CCA-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT----C--T-CGGG-GA--GAT-GA-C-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGt
gi|125075                     :                                                                                                             GTAG-TG-A-C-G-TTCCACT-G-C-AA----ACGCTCTGGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C-----T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAA-CGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125076                     :                                                                                                           caGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125077                     :                                                                                                                                                CTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T----G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CGCCAGCAGGTG
gi|125078                     :                                                                                                                                                            gc-A-AG-T---------G-A------G----A----AT---CACGG-GT-C--T--TTC--G-GA--TAT-TACC-T---A--T-AAAACGGAG-ATCCC-G--T-GT-CA-CAGCAGGTG


blockSeqs                     :                                            A A       A T  C      CAA   GCACTTA     C T  A  CAA     AT           T  A C   T       G T  C TTTT      T   TAA  A C A  T CTCCGATGT G TGGATC ATCAA        T     T  G CAT   A GG A  GC   T    ATGGA AA T         C A   T AC G  G  C
blockSeqs                     :                                            . G       . T  .      CT    TT          . T  .  TAT     T            .  . .   .       . .  G .         T   .    . . .  . .         . .      ATCAA        .     .  G AAC   T .  .  .    .    AT    AA .         . A   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     G           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  G .         .   .    . . .  . .         . .      ATCAA        .     .  . CA    . .  .  .    .    TG    A  .         . A   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     A           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  G .         .   .    . . .  . .         . .      ATCAA        .     .  . TC    . .  .  .    .    A     .  .         . A   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     A           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  G .         .   .    . . .  . .         . .      ATCAA        .     .  . A     . .  .  .    .    A     .  .         . A   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     G           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  G .         .   .    . . .  . .         . .      ATCAA        .     .  . A     . .  .  .    .    A     .  .         . A   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     A           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      AT           .     .  . A     . .  .  .    .    A     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     A           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . A     . .  .  .    .    A     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     G           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  TAA     A            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  TAA     T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . A   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  AA      T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  T       T            .  . .   .       . .  G .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  T       T            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . A     . .  .  .    .    A     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     A           . .  .  T       .            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . G     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     A           . .  .  .       .            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  .       .            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  .       .            .  . .   .       . .  A .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     C           . .  .  .       .            .  . .   .       . .  . .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     .           . .  .                       .  . .   .       . .  . .         .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . C     . .  .  .    .    T     .  .         . T   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .     .           . .                          .  . .                            .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . T     . .  .  .    .    T     .  .         . .   . .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .      .                                                                                .   .    . . .  . .         . .      A            .     .  . .     . .  .  .    .    T     .  .         .                 
blockSeqs                     :                                            . .       . .  .                                                                                                  . .  . .         . .      A                                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                            TAA     T*                                                                                  A********
originalCons                  :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
finalCons                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGTT-AACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------GA--------ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|125060 ): GCAGACAGGTTGCGTTGTTCAAGATCCAAGTTAGTACAGTGCAATGCGATGCCGTACAGGTGGTGATCAAGTGTCAGGGTCATCGGAAATGACCATATATAACGGGATGACTGTTGCCACAGTGAGTTGGAAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                        1111111                                                                                                         111111111                                                                                     
lowQualScore                  :                                            1 3       1 3  1      444   1111111     1 3  1  444     33           1  1 1   1       1 1  3 3333      3   222  1 1 1  1 555555555 1 444444 444444444    1     1  3 66666 3 22 1  22   1    55555 55 1         1 1   1 22 1  1  1         
lowQualScore                  :                                            . .       . .  .      ...   .......     . .  .  ...     ..           .  . .   .       . .  . ....      .   ...  . . .  . ......... . ...... .........    .     .  . ..... . .. .  ..   .    ..... .. .         . .   . .. .  .  .         
lowQualScore                  :                                            5 0       5 0  5      888   8888888     6 2  7  333     44           6  6 6   7       7 7  5 5555      1   777  5 5 5  5 999999999 5 333333 555555555    5     5  1 66666 1 11 5  11   5    33333 88 5         5 3   6 22 6  6  6         
consensus                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
Reference ( family-587 )      :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCGA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125047                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-C-----TCGT-----------AT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CCGA----ATGCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----ATAAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTG
gi|125048                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCCC---AGT-G-----ATGAC-A-GA-C-----TCGT---ATTCAG-----------AG-CTGCAAT-G-CCCA----ATGCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------GATCAA----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGgaac
gi|125049                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-GG-AATCCC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CAGA----ATACCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------GATCAA----GTGC-CAAGT-GT-C--A--T-T--T-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAAACGGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGgaac
gi|125050                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T--G-AAT-CC---AGT-A-----GTGGC-A-GA-CTT----------------GTAT-TC-A-CAG-CTGCAAT-G-CAGA----ATACCC--GT---AA-C-A-GG-T-----------T------GATCAA----GTGC-CAAGT-GT-T--CATT-T--G-AT--CAT-TACCAT---T--A-TAAACGGAT-AACAT-G--T-GC-CA-CAGTAG
gi|125051                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGT-T-CA-AATCC----AGT-G-----GTGAT-ATGA-CTCAATTC-------------------A-CAG-CTGCAAT-G-CCGA----ATGCCC-GGT---AT-C-AAGG-T---------GGT------G----ATCAAGCGT-CACGG-GT-T--CA-T-C--G-GA--AAT-GACC-A---T--A-TAAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAAGTtt
gi|125052                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGTTGTAT-CA-AATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GA-CT----CCGT---ATA--------TC-A-CAG-CTGCAAT-GTCCGA----ATACCC-GGT---AA-C-A-GGTT---------G-T------G----A-------T-CAAAGTGT-CAAC----C--G-GA--AAT-GACCATGGAT--A-AGAGCGGAT-GACCCTG--T-GC-CA-CAGTAGTTGtggaac
gi|125053                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAC-A-G--CC-----CGG-TA--ACAGGT-G-TG-A-gaac
gi|125053                     :                                                                                                                                               GCCC-GGT---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----ATCAAGTGT-CACGG-GT-C--A--T-T--G-GA--AAT-TACC-A---T--A-TAACCGGAT-AACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGTTGtcaagtgtcacgggtcattggaaattaccatataaccggataacctgtgccacagtagttg
gi|125054                     : gcagaaggttgggtgttcaaatcccagtagtgacaGCAGAAGGAT-TGGTTGT-T-CA-AATCCCCAAAGT-G-----GTGAT-G-GA-CTT---TCGTATTCCACAGCC---TG---------CCAAT-G-GCGA----CTGCCA-GGT---AAAC-A-GG-TCTCCGATGTG-T------G----ATCAAGTGTTCACGG-GT-C--A--TAC--G-GA--AATTGACC-A---T--A-TAAACGGAT-G-ACT-G--T-GC-CA-
gi|125055                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GTGAC-A-GA-CCTATGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-AG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTGgtagcgttggaac
gi|125056                     :                                    GCGGAAGG-T-CGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125057                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-AG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125058                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------A-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125059                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCAAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125061                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-TTCG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CTAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A--G-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCG-G--T-GT-CG-CAGCAG
gi|125062                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-TT----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-TCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-G------T----A----A-GT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAtt
gi|125063                     :                                    GCAGAAGG-T-TGAGTG--T-CA-AATCCC---
gi|125064                     :                                    GCGGAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-ATCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----atagttaacagcccggtaacagtgtgtaacagcgtcacggtcattggaaattaccataatagaacgaggttacactgtgcaagtagt
gi|125065                     :                                    GCGGAAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGACCA-GAACCTAAGTCGT-TAACACA-GTAG-TGAA-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-T--C-GA--GAT-GACC-T---TA-A-AAAACGGAT-
gi|125066                     :                                    GCAGAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGTGCACTTAGTGAC-A-GA-C
gi|125067                     :                                        AAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCCC---AGT-A-----GTGAT-A-t
gi|125068                     :                                    gcacAAGG-T-TGGGTGT-T-CA-AATCC
gi|125069                     :                                 gcacCAGAAGG-T-TGGTTGT-TTCACAATCCA---AGT-A-----GTGAC-A-GG------ATCGT-ATTCACAG----------CA--TGCAATT-G-CCGA----ATGCCC-GGTTAAAA-C-A-G--T---------G-TTGGATCA----A----GTGT-CACGG-GT-C--A--T-C--G-GA--CAT--ACC-A---T--ATACAACGGAT-GACCT-G--T-GC-CA-CAGTAGagtagtgataggtgtaattaagtggtgtgggtcattggaaaggatcatatataaacaaatgacctttgcaccgagtt
gi|125070                     :                                     CGGAAGG-TATGTGTGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GCGAC-A-AA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTTGTTG-ACCAGTTTCCACTGG-CCAATTTTACGCTCTGGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----AT---ATGT-CACAG-GTGC--G--T-C--G-GAGCGAT-GACC-TG--TAAA-AAAACGAATCTTCCC-A--T-GT--G-CAGCAGtttggaac
gi|125071                     :                                       GAAGG-T-TGGGTGT-T-CG-AATCC----GGC-C-----GCGAC-A-GA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-CT-C--T-C--G-GA--GAT-GACT-T---T--A-AAAACGGAT-GT-CC-G--T-GT-CA-CAGCAAGTGtgttg
gi|125072                     :                                       GGAGG-T-TG--TGT-T-CG-AATCCC---GGC-C-----GCGAC-A--A-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---TAAA-AAAACGGAT-GTCCC-G--TGGT-CG-CAGtggcac
gi|125073                     :                                        AAGG-TGCGGGTGT-T-CG-AATCCCCT-GGC-C-----GCGAC-A-GA-TA-AAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CC-A----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GTGC--C--T-C--GAGT--GAT-GACC-T--------AAAACGGAT-GTCCC-GACT-GTGCA-CAG
gi|125074                     :                                         AAG-T-TGG-TGT-T-CG-AATCCC---GGC-------GC-AC-ATGA-CCTAAGTCGT-TAACACAGGTAG-TG-A-CAG-TTC----------------------GGC---AA-CCA-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT----C--T-CGGG-GA--GAT-GA-C-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGt
gi|125075                     :                                                                                                             GTAG-TG-A-C-G-TTCCACT-G-C-AA----ACGCTCTGGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C-----T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAA-CGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125076                     :                                                                                                           caGTAG-TG-A-CAG-TTCCACT-G-CCAA----ACGCTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T-C--G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CG-CAGCAGGTG
gi|125077                     :                                                                                                                                                CTC-GGC---AA-C-A-GG-T---------G-T------G----A----ATGT-CACGG-GT-C--C--T----G-GA--GAT-GACC-T---T--A-AAAACGGAT-GTCCC-G--T-GT-CGCCAGCAGGTG
gi|125078                     :                                                                                                                                                            gc-A-AG-T---------G-A------G----A----AT---CACGG-GT-C--T--TTC--G-GA--TAT-TACC-T---A--T-AAAACGGAG-ATCCC-G--T-GT-CA-CAGCAGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|125060 ): GCAGACAGGTTGCGTTGTTCAAGATCCAAGTTAGTACAGTGCAATGCGATGCCGTACAGGTGGTGATCAAGTGTCAGGGTCATCGGAAATGACCATATATAACGGGATGACTGTTGCCACAGTGAGTTGGAAC