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Reference ( gi|85902 )        :  AAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TTAA-A-T-G-T-C-TC--A-A-AT--AAA--AA-TCCAA-TGGA-T-TA--CTT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-CAT-A--GGAT-A--TT---AA-A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G-TT-A-T-----TA-GT----GAG---CA-TATATT
gi|85883                      :  AAAT-TA-A-T---T-A---GA-A-TTAA-A-T-G-T-C-TT--A-A-AT--CAA--AA-TCCAA-TGGA-T-TA--CTT--ATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-CAT-A--GGAT-A--TT---AA-A--T-C-CA--ATT----A-ATTA-TT-G-TT-A-T-----TA-GT----GAG---GACTATATT
gi|85884                      : aAAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TTAA-A-T-G-T-C-TC--A-A-AT--AAA--AA-TCCAA-TGGA-T-TA--C-T-TATC--C-C-A---TTT-AG-T--A-G-GC-AA-CAT-A--GGAT-A--TT---AA-A--T-C-CA--ATC----A-GTTA-TT-G-TT-A-T-----T--GT----AAG---GACTATATT
gi|85885                      : aAAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TTAA-A-T-G-T-C-TC--A-A-AT---AA--AA-TCC-A-TGGA---TA--C-T-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-ACAAA-CAT-A--GGAT-A--TT---AA-A--T-C-CA--AC-------ATTA-TT-G-TT-A-T-----TA-GT----GAG---AC-TATATT
gi|85888                      : aAAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TTAA-AAT-G-T-C-TC--A-A-AT--AAA--AAATCCAA-TGGA-T-TA--CTT--ATC--C-C--TT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-CAT-A--GGAT-A--TT---AA-A----A-CA--ATC----A-ATTA-TTGG-TTAA-T-----TATGG----GGG---C--TATATT
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gi|85887                      : aAAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TTAA-A-T-G-T-C-CC--A-T-AT--AAA--AA-CCCAA-AGGA-T-AA--ATT--ATC--C-C-ATT-TT--AG-T--A-G-AC-AA-CGT-A--GAAT-A--TT---GA-A--T-C-CA--ATT----A-CTTA-TT-G-TT-A-T-----TA-GT----GGG---GACTATATT
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gi|85896                      : aAGAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TTAACA-T-G-T-C-TC----A-AT--AAA--AA-TCCAA-TGGA---TA--C---TATC--CGC-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-CAT-A--G
gi|85898                      : aAAAT-GA-A-TAATT-A----A-A-TTAA-A-T-GGT-C-CC--A-A-AT--AAA--TA-TCAAAACGAA-T-AA--ATT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-CAT-A--GGAT-A--TT---AA-A--T-
gi|85897                      : aAAAT-GA-A-T---T-T---GA-A-TTAA---T-G---C-TC--G----T--AAATGAA-TCCTT-TGGA-T-AA--CTG-TATC--C-C-AAT-TT--AG-CTGA-G-AC-AA-AGT-A--GGAT-A--TT---AA-A--T-C-CA--ATC----A-ATTATTT-G-TT---T-----T--GT----GAG---ataa
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gi|85886                      :  aAAT-GAGA-T---T-A---GA-A-TTAA---T-G-T-C-TC--A-A-AT--AAA--AA-TCCAA-TGGA-T-TA--C-T-TATC--C-C-ATT-TTTAAG-T--A-G-AC-AA-CAT-A--GGTA-A--TT---AA-A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G-TT-A-T-----TA-GT----GAG---GACTATAatcatcaggagttatt
gi|85905                      : agAAT-GA-AAT---T-A---GT-A-TTAA-A-C-G-T-C-CC--A-A-AT--A-A--AA-TCC----------TA--TT-------------TT-TTT-AG-T--A-G-AC-AT-CAT-ATCGGGG-A--TT---AA-A--T-CGCA--AACCTAAA-ATTA-TT-G-CT-A-TTGATATA-GT----GAG---GACTATATT
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gi|85901                      :             ---T-A---GAGA-TTAA-A-T-G-TTC-CC--AGA-AT--AAA--AA-TCCAA-AGAA-T-AA--ATTATA------C-ATT-TTT-AA-T--A-GGAC-AA-CAT-A--GGAT-G---T---AA-A--gactattatt
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Alignments
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lowQualScore                  :             .  . . ... . ...  . .  .  .  . . . ..  . . .  ..     .     ..    .. . .....   .. . .   .   .  . .. . .  .  . .  . ..    . ..    ... .. . .  ..   .... .    .  . ..  . .  ..... .........   ... ..    . .. . .   
lowQualScore                  :             9  9 6 888 5 222  5 5  5  5  4 3 4 00  4 4 3  22     3     77    88 3 55555   77 2 2   2   5  2 77 8 2  8  2 2  2 44    3 11    555 55 3 4  33   3333 4    4  4 77  8 8  44444 555555555   444 44    5 00 6 5   
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Reference ( family-583 )      :         AAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--CC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAN-GGAT--A-ACTT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--A-T-ATT
gi|85883                      :         AAAT-TA-A-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--TT-A-A-AT--CAAAA-TCCAAT-GGAT--T-ACTT--ATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATT----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--A-T-ATT
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gi|85890                      :        aAAATTGA-A-T---T-A------A-TT-AA-ATTG-T-C--TC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--C-ACTT--ATC--C-C--TT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GATC-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-C--TT-A--T-----A---------GTG---A---GAC-T--A-T-ATT
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gi|85892                      :        aAAAT-GA-ACT---T-AC--GA-A-T--AA-AT-G-T-C--CTTA-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--A-AA-T-TATC--C-CAATTATTT-AG-T--A-G-AC-AA---AT-A--GAGT-A--GTTA---A--T-C-AA--ATT----A-A-TA-TT-G--TT-A-CT-----A---------GTG---A---GAC-T--A-T-ATT
gi|85893                      :        aAAAT----A-T---T-AACTGA-A-TC-AA-AA-A-T-A--C----A-AT--AAAAA-TC-AAT-GG-T--A-AACT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TT-A---A--T-C-C---ATC----A-ATTA-TT-G--GT-A-TT-----A---------GTG---A--GGAC-TTAA-T-ATT
gi|85894                      :        aAAAT-TA-A-T---T-A----A-C-TT-AA-AT-G-T-C--CC-A-A--T--AAAAA-TCCAAA-GGAT--A-AACT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-A--G-G-TC-AACC-AT-A---GAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA--T-G--TT-ATTT-----A---------TTG---A--GAAC-T--A-T-ATT
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gi|85897                      :        aAAAT-GA-A-T---T-T---GA-A-TT-AA--T-GCT-C--GT-A-A-AT--GAA---TCCTTT-GGAT--A-ACTG-TATC--C-C-AAT-TT--AG-CTGA-G-AC-AA-A-GT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTATTT-G--TT---TT---------------GTG---A--GGAC-A--A-T-
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gi|85899                      :        aAAAT-GA---T---T-A---GA-CCTT-AA-AT-G---C--TC-A-C-AT--AAAAA-TC-AAA-GCAT--A-ACTT--ATC--C-C-ATT-TTT--G-A--A-G-AC--A-C-ATCA--AGGT-A--TTAAT--A--T-C-----ATG----A-ATTA-TT-T--TT-A-AT-----C---------ATC---A--GGAG-T----T-ATTataa
gi|85900                      :                 a-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--CT-A-G-ATCAGAAAA-TCCAAA-GGAC--A-AGAT-TCTC--C-C-ATA-TTT-AACT--A-G-AC-AA-C-AA-AAGAGATAA--TTAA---A--T-C-CC--ATT----G-AATA-TT-G--C----TT-----A---------GTG---G--CGAC-T--ATT-ATT
gi|85901                      :           aaaatggtt---T-A---GAGA-TT-AA-AT-G-TTC--CC-AGA-AT--AAAAA-TCCAAA-GAAT--A-AATTATA------C-ATT-TTT-AA-T--AGG-AC-AA-C-AT-A--GGAT-G---TAA---A--
gi|85902                      : aaaactaaAAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--TC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--T-ACTT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GCA--T--A-T-ATT
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gi|85904                      :         AAAT-GA-A-T---T-A---GA-T-TT-AA-CT-G-T-CTTCA-A-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--A---CT-TATC--C---ATT-TTT-AG-T--A-G-ACAAA-C-AT----GGAT-A--TTAA---A--T-C-C---ATCG---A-ATTA-TT-G--CT-A--T-----A---------GTGCACG--AGAT-T--A-T-ATT
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gi|85913                      :                                                               AAG-TCCCAT-GGATTAG-ACTT--ATCGCC-C-ATT-TTTTAG-T--AAG-AC-AA-CTAT----GGAT-A--TTAA------T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---ATGGGAC-T--A-T-
gi|85914                      :                                                                                      -TGTC--C-C-ATT-TTT-AA-C--A-G-AC-AA-C-AT-A--AGAT-T--CTAA---AATT-C-C---ATC----A-A-TA-TT-G--TT-G-TT-----A---------GTG---A--GGA-----A-T-ATT





Alignments
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lowQualScore                  :             9  9 6 888 5 222  5 5  5  5  4 3 4 00  4 4 3  22     3     77    88 3 55555   77 2 2   2   5  2 77 8 2  8  2 2  2 44    3 11    555 55 3 4  33   3333 4    4  4 77  8 8  44444 555555555   444 44    5 00 6 5   
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Reference ( family-583 )      :         AAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--CC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAN-GGAT--A-ACTT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--A-T-ATT
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gi|85897                      :        aAAAT-GA-A-T---T-T---GA-A-TT-AA--T-GCT-C--GT-A-A-AT--GAA---TCCTTT-GGAT--A-ACTG-TATC--C-C-AAT-TT--AG-CTGA-G-AC-AA-A-GT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTATTT-G--TT---TT---------------GTG---A--GGAC-A--A-T-
gi|85898                      :        aAAAT-GA-A-TAATT-A----A-A-TT-AA-AT-GGT-C--CC-A-A-AT--AAATA-TCAAAACGAAT--A-AATT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-
gi|85899                      :        aAAAT-GA---T---T-A---GA-CCTT-AA-AT-G---C--TC-A-C-AT--AAAAA-TC-AAA-GCAT--A-ACTT--ATC--C-C-ATT-TTT--G-A--A-G-AC--A-C-ATCA--AGGT-A--TTAAT--A--T-C-----ATG----A-ATTA-TT-T--TT-A-AT-----C---------ATC---A--GGAG-T----T-ATTataa
gi|85900                      :                 a-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--CT-A-G-ATCAGAAAA-TCCAAA-GGAC--A-AGAT-TCTC--C-C-ATA-TTT-AACT--A-G-AC-AA-C-AA-AAGAGATAA--TTAA---A--T-C-CC--ATT----G-AATA-TT-G--C----TT-----A---------GTG---G--CGAC-T--ATT-ATT
gi|85901                      :           aaaatggtt---T-A---GAGA-TT-AA-AT-G-TTC--CC-AGA-AT--AAAAA-TCCAAA-GAAT--A-AATTATA------C-ATT-TTT-AA-T--AGG-AC-AA-C-AT-A--GGAT-G---TAA---A--
gi|85902                      : aaaactaaAAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--TC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--T-ACTT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GCA--T--A-T-ATT
gi|85903                      :         AAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TT-AA--T-G-T-C--TC-A-ATAT--AAAAAGTCCATG-GAGT--T-ACTT--ATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--AAG-AC-AA-C-AT-A--GGAT-AG-TTAAGAAA--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-GT-----A---------GTG---A--GGAC-T--A-T-TTT
gi|85904                      :         AAAT-GA-A-T---T-A---GA-T-TT-AA-CT-G-T-CTTCA-A-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--A---CT-TATC--C---ATT-TTT-AG-T--A-G-ACAAA-C-AT----GGAT-A--TTAA---A--T-C-C---ATCG---A-ATTA-TT-G--CT-A--T-----A---------GTGCACG--AGAT-T--A-T-ATT
gi|85905                      :          AAT-GA-AAT---T-A---GT-A-TT-AA-AC-G-T-C--CC-A-A-AT--AAAA--TCC-----------------TATT-------TT-TTT-AG-T--A-G-AC-AT-C-AT-ATCGGGG-A--TTAA---A--T-CGCA--AACCTAAA-ATTA-TT-G--CT-A-TTGATATA---------GTG---A--GGAC-T--A-T-ATT
gi|85906                      :                    ---T-A---GA-A-TT-TA-AT-G-T-C--CC-C-A-AT--AAGAA-TCCAAA-GGAT--A-ACTT--ATC--C-T-ATT-CTT-AG-T--T-G-AC-AT-T-AT-A--GGGT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TA-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--ATT-ATT
gi|85907                      :                    ---T-A---GA-A-TT-TA-AT-G-T-C--CC-C-A-AT--AAGAA-TCCAAA-GGAT--A-AC-T-TATC--C-T-ATT-CTT-AG-T--T-G-AC-AT-T-AT-A--GG-T-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TA-G--TT-ATTT-----A---------GTG---A--GGAC-T--ATT-ATT
gi|85908                      :                        -A---GA-A-TT-AA--T-G-T-C--CC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAA-GGAT--A-ACTTGTATC--C-C-ATC-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-TA--ATT----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GGA
gi|85909                      :                                                    -A-G-AT--AAAAA-TCCAAA-TGAT--ATA--T-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-----------------------------------C----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--A-T-AT
gi|85910                      :                             aataagagatata-G-T-C--TC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--A-ACTT--ATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGGT-A--TTAA-------------------------TA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---
gi|85911                      :                                          -G-T-C--CC-A-G-AT--AAAAA-TCCAAA-GGAT--A-A--------------AT------AA-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--TCC-CATTATT----A-ATTT-TT-A--TTAA-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--
gi|85912                      :                                                        -AT--AAAAA-TCCAAA-GGAT--A-AATT--ATC--C---ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--AGAT-A--TTAA---AATT-T-CAT-ATC----ACATTA-TT-GT-TT-A-TT-----A---------GTG---A--AGAC-T--A-T-ATT
gi|85913                      :                                                               AAG-TCCCAT-GGATTAG-ACTT--ATCGCC-C-ATT-TTTTAG-T--AAG-AC-AA-CTAT----GGAT-A--TTAA------T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---ATGGGAC-T--A-T-
gi|85914                      :                                                                                      -TGTC--C-C-ATT-TTT-AA-C--A-G-AC-AA-C-AT-A--AGAT-T--CTAA---AATT-C-C---ATC----A-A-TA-TT-G--TT-G-TT-----A---------GTG---A--GGA-----A-T-ATT


blockSeqs                     :             T  G C AAT T ACT  G C  A  C  T A T TT  T G T  CA     G     AC    TA T ATTAT   GC G A   A   A  C TG G T  A  C T  C AG    A TT    GAA AT C G  TT   CTAA C    T  G TT  A T  GATAT AGATGAGGT   CAC TG    A TA T G
blockSeqs                     :             .  . A .   . C    . .  .  .  . C . .   . . .  A      .     T     .  . CTTGT   .  . .   .   T  . .  A .  A  . .  . TC    . G     T   AT . .  T    G    .    .  . C   A T  .     .           .   G     . .  T .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . G . .   . . .  .      .     T     .  . ACTT    .  . .   .   .  . .  A .  A  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . T   . .  .     .           .   .     . .  T .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . ACTT    .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . CTGT    .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . ATTT    .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . GATT    .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . CTTT    .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . ATT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . ATT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :             .  . . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     G     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :                  . .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     T     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :                    .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :                    .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . ATT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :                    .   . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . CTT     .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :                        . .    . .  .  .  . . . .   . . .  .      .     A     .  . AT      .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .  . .
blockSeqs                     :                                          . . . .   . . .  .      .     T     .  . CT      .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .     . .     
blockSeqs                     :                                          . . . .   . . .  .      .     A     .  . CT      .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .   .             
blockSeqs                     :                                                    . . .  .      .     A     .  . TT      .  . .   .   .  . .  . .  .  . .  . .     . .     .   .  . .  .    .    .    .  . .   . .  .     .           .                 
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lowQualScore                  :             .  . . ... . ...  . .  .  .  . . . ..  . . .  ..     .     ..    .. . .....   .. . .   .   .  . .. . .  .  . .  . ..    . ..    ... .. . .  ..   .... .    .  . ..  . .  ..... .........   ... ..    . .. . .   
lowQualScore                  :             9  9 6 888 5 222  5 5  5  5  4 3 4 00  4 4 3  22     3     77    88 3 55555   77 2 2   2   5  2 77 8 2  8  2 2  2 44    3 11    555 55 3 4  33   3333 4    4  4 77  8 8  44444 555555555   444 44    5 00 6 5   
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Reference ( family-583 )      :         AAAT-GA-A-T---T-A---GA-A-TT-AA-AT-G-T-C--CC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAN-GGAT--A-ACTT-TATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--A-T-ATT
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gi|85910                      :                             aataagagatata-G-T-C--TC-A-A-AT--AAAAA-TCCAAT-GGAT--A-ACTT--ATC--C-C-ATT-TTT-AG-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGGT-A--TTAA-------------------------TA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---
gi|85911                      :                                          -G-T-C--CC-A-G-AT--AAAAA-TCCAAA-GGAT--A-A--------------AT------AA-T--A-G-AC-AA-C-AT-A--GGAT-A--TTAA---A--TCC-CATTATT----A-ATTT-TT-A--TTAA-TT-----A---------GTG---A--GGAC-T--
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gi|85913                      :                                                               AAG-TCCCAT-GGATTAG-ACTT--ATCGCC-C-ATT-TTTTAG-T--AAG-AC-AA-CTAT----GGAT-A--TTAA------T-C-CA--ATC----A-ATTA-TT-G--TT-A-TT-----A---------GTG---ATGGGAC-T--A-T-
gi|85914                      :                                                                                      -TGTC--C-C-ATT-TTT-AA-C--A-G-AC-AA-C-AT-A--AGAT-T--CTAA---AATT-C-C---ATC----A-A-TA-TT-G--TT-G-TT-----A---------GTG---A--GGA-----A-T-ATT