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lowQualScore                  :      .  .   ....  .   . .     .  .. ... .  .. ..     . .   .  . .  .. ... .        . .   . .  . .    ...... . .......  .  ...... .. .....   ...  .... .        .. . ..........   .     . .   . .    ..   .  .... .  . .  .  .  .....  .     . . .. .... .                .       
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consensus                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAACGAAA--T---G-CCTAT--TTTACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--T-----ATG-C-AA----T-GGCGATCT--CCG-TAAA---AACAT-TCACC-G-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ACGG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTTTCTCCCT-ATTTCTA
Reference ( gi|108378 )       : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAACGGAA--T---G-CCTATATTTTACTG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--T-----ATG-T-AA----T-GGCGATCT--CTG-GAAATTTAACAT-TCACC-G-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ATGG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTTTCTCTCT-ATTTCTA
gi|108375                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAACGAAA--T---G-CCTAT--TTTACAA-GTA-CG-A-AT--T---A-TTCCCCTT-T-CTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--T-----GTG-C-AA----T-GGCAATCT--CTG-TAAA-----CAT-TCACC-G-TGC-C-TTTA--TTT-TC----A-GT-ATGG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-GTCCCCTTTTCTTCCT-ATTTCCA
gi|108377                     : AATGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAACGAAA--T---G-CCCAT--TTTACCG-GGA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------A-A-------CA-CA------A--T-----ATG-C-AA----T-GGCGATCT--CCA-------TAATAT-TCACC-G-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ACTG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-TTCCCCCTTTCTCCCT-AATTCTAttaaaagtaa
gi|108380                     : AACGA-AT-CTA----CC-GTT-G-TAACAAAA--T---G-CCTAT--TATACCG-GTA-TT-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CG------A--T-----ATG-C-AA----T-GGCGGTCC--CTG-TAAA-----CAT-TCGCC-A-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ACGG-TA-CA-----AA-TATGC-T-C--A----T-GTATCCCTTTCTCTCT-ATTTCTAttaaaaggaa
gi|108383                     : AACGA-AT-CTGTCTGCC-GTT-G-TAACGAAA--T---G-CCT-T-TTTTACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-TA-T-C---------------------------------T-----ATG-C-AA----T-GGCGATAT--CTG-CAAA-----CAT-TCACC-G-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ATGG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--G----T-GTCCCCCTTTCTCTCT-ATTTCT
gi|108381                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAACGAAA--T---G-CCTATGTT--ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TACCCCTT---ATT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--T-----ATG-C-AA----T-GGCAATAT--CTA--------AACAT-TCACA-G-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ACGG-TA-CA-----AA-TACAT-T-C--ACTTGT-GTCCCCGTTTCTCCCT-ATGTCTA
gi|108379                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-C-TAACGAAA--TAATG-CCTGT--TTTACAG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CATCGATATCA-G-------CA-CA------A--T-----ATG-C-AA----T-GGTGATCT--CCG-TAAA-----CAT-TCACC-A-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-TT-ACGG-AA-CA-----AA-TAAAC-T-C--A----T-GTCCCCCTTTCTCCCC-ATTTCTAttaaaagt
gi|108384                     : AACGA-AT-TTG----CC-GTT-G-TAACGAAA--T---G-CCTAT--TTTACCG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTTCCCGT-G-GTT-T-AA-T-CATC------G-G-------CA-CA------G--T-----ATG-T-AA----T-GGCGATCT--CTG-TA-----AACAT-TCACC-G-TGC-G-TTTA--TAT-TC----A-G--------------------TACAC-T-C--A----T-GTCTCCCTTTCTCTCT-ATTTCTAttaaaagtaa
gi|108382                     : AACGA-AT-CTC----CA-GTT-G-TAACAAAA--T---G-CC-A-ATTTTACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-GA-T-CATC------A-AGTATGATCAACA------AACT-----ATG-C-AACATTT-GGTGATCT--CCG-TAAA-----CAT-TCACC-A-TGC-G-TATA--TTT-TC----A-GT-ACGG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-GTTCCCCTTTCTCCCT-ATTCCTA
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gi|108376                     : AACGA-AT-CTG----CT-GT--G-TAACAAAA--T---G-CCT-CATTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-TTGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------T--CA---------T-----ATAAC-AA----T-GGCGATCT--CCG-TAAA-----CAT-TCACC-G-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-TT--CAG-TA-CATAC--AA-TA-AC-TCC--A----T-GTCCCTC-TTCTCTCCAATTTCTctgttaaaagtaa
gi|108386                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-T-TAACAAAA--T---G-CCCAT-TTTTACCG-ATA-CG-A-AT--T---A-TTCTCTTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--C-----ATG-C-AA----T-GGTGATCT--CCG-TA-----AACAG-TCACC-G-TGC-T-GCTA--TTT-TC----A-GT-ACGG-TG-NA-----Agttaaaagtaa
gi|108387                     : AACGA-AT-CTG----CT-GTT-G-TAACAAAAA-T---G-CCTCT--TTTACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T--A-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--T-----AAA-C-AA----C-AGCGATCT--CCG-TA-----AACAT-TCACC-G-TGC-G-TTTA--CTT-TC----A-AT-
gi|108388                     : AACGA-AT-CTA----C--GTT-G-TAATGAAA--T---A-CCTAT----TACCGCGTAACG-AAGT--TTA-A-TTCCCCTT-T-GATAT-AAAT-CATC------AAG-------CA-CA------A--T-----ATG-C-AG----T-GCTTATTT--CTG-CTA---CAACAT-TCAAC-GCTGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ACGGTTA-CG-----AA-TACACAT-C-------T-ATCTCCC-TTCTCTTT-ATgc
gi|108390                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAATGAAA--T---G-CTTAT--TTTACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCTCCTT-T-GTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CA------A--T-----actaaatcctaaaaagtga
gi|108389                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAACGAAA--T---G-CCTAT--TTTACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCTCTT-T-GTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-TG------A--TTG---ATG-C-Atagtgca
gi|108391                     : AATGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAACAAAA--T---G-TCTAG--TTTACTG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTCCCCAT-T-GTT-T-AA-T-TATA------A-G-------CA-CA------A--tcgataaaccctgtcattgctttccgtaaacataca
gi|108392                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAACGATT--T---G-CC--TATTTAACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCA-T-T-GTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CA------A--T-----ctagtgca
gi|108393                     : AACGATGT-CT------C-GTT-GGTAACGATA--T---G-CCGAT--TTTACCG-GTA-TG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--T-----tagtgca
gi|108394                     : AAGGA-AT-GTG----CT-GTT-G-TAACA-AA--T-----TCTGCTCTTTAC-A-GTA-CA-A-CG--T---A-T-CCCCTT-T-GTT-T-AA-C-CA--------A-G-------CA-CA------A--TAAACAATT-T-AA----C--GCGATCT--CCA-TAAAC---ACTT-TCA-C-G-AGC-GTTTTAACTTT-TC----A----ATG-----CA-----AC-T-----T-C--A----T-GTCCCTCtagtgca
gi|108395                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-AAACGAAA--T---G-TC--TATTTTACCG-ACA-C
gi|108396                     :  ACAA-AT-CT-----CC-GTT-G-TAACGAAA--T---G-CCTAT--TTTACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCGTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------T-G-------CA-CA------A--T-----ATG-C-AA----T-GGCGATCT--CCG-TAA----AACAT-TCACC-G-T-C-G-TTT---TTT-TC----A-G---TCG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-GTTTCCCTTTTTCTCT-A-TTCTA
gi|108397                     :  ACGA-AT-CTG----CC-GTTTG-TAACGAAA--T---A-CC-ATATTTTACCG-GTT-CG-A-GT--TT--A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------A-GC------CA-CA------A--T-----ATG-C-AAT---T-GGCGATCT--CCG-TAAAC----CAT-TCACC-G-TGC-G--TTA--TTT-TC----A-GT-ATGG-TATCA-----AA-TACACAT-CATA----T-GTTTCCCGTTCTCTCT-ATTT
gi|108398                     :  ACGATATGCTG----CC-GTT-G-TAA--AAA--T---GGCCTAT--TTAACCG-AT--CG-A-GTGTT---AATTCCCTTT-T-GTT-TTGA-T-CATC------A-G-------AA-CA------A--T-----ATG-C-AA------GGCGATCT--CCA-TAAG----ACAG-TCCCC-T-GGT-G-TTTA--TTT-TCCGAAA-GT-ACGG-TA-CA-----CA-TACAC-TTC--A----T-GCCCCCCTTTCTCCCC-AATTCTAtcctaaaa
gi|108399                     :   CGA-AT-CTG----CC-GTT-A-TAACGAAA--T---G-CCTAT--TTTACCG-GTA-CA-A-GT--TTATA-TCCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CA------A--T-----ATG-C-AA----T-GGCAATCT--TTG-TAAA-----CAT-GCACC-G-TGC-G-TTTA--TTT-TC----A-GT-ACGG-TA-AA-----AA-TACAC-T-C--A----A-GTCCCTCTTTCTCTCT-ATTTCTAtctaaaagtaa
gi|108400                     :   CGA-AT-CTA----CC-ATT-G-TAACGAAAA-T---G-CCTAT--TTTCCCA-GTA-CG-A-AT--TTG-A-TTCTCCTTGT-GTT-T-AA-T---TC------A-G-------CA-CA------A--TT----ATG-C-AA----TTGGCGATCT--TCG-GTAA----ACATGTTACC-G-TGC-A-TT-A--TTT-TC----A-GT-ACGG-TA-CA-----AAATACAC-T-C--A----T-GTCTCCTTTTCTCTCT-ATTTCTA
gi|108401                     :                   -GTT-G-TAAC---ACTT---G-CCTCT--TTTAC-A-TTA-CG-A-GT--T-----TTCCC--T-T-GTT-T-AA-T-CAAC------A-G-------CA-C----------------ATA-A-AA----T-AGCG-TCT--CCA-GA---TAAACAA-TTA-C-G-TGCGG-TTTA--CTTATC------------------------AA-TACAC-T-CA-A----T-GTCCC
gi|108402                     :                     TT-G-TAA---AA--T---G-GCCATATTTTACTG-GCA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-TAAA-T-CATC------A-G-------CA-CA------ATTT-----ATG-T-AT----T-GCCAATCTC-CCC-GA-----AACAA-TCA-A-G-CAC-A-TTTA--TTT-AC----AGGTAACGG-TA-CATAATTAA-T-CAC-C-C--AG---T-ATTACCCTTTCTCTCT-ATTTCTA
gi|108404                     :                       -G-TAACAAGA--T---G-CCTCT--TTTACCA-GTA-CG-A-GT--T---A---CCCCTT-T-GTT-T-AA-TTCATC------A-G-------TA-CA------A--T-----AAA-C-AA----T-GGCGATCT--CCG-TAAA-----CAT-TCACC-A-T-C-G-TTTA--TTT-TC----A-TT-ACGG-TA-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-TTCCCTCTTCCTCCCA-ATTTCTata
gi|108403                     :                                                TTTTACCA-GTA-CGGA-GT--T---A-TTCCCCTT-T-GTT-T-AA-T-CA-C------A-G-------TA-CAAGGTATA--C-----ATG-T-A-------GACTATCTTCCTA-TA-----AACAT-TTACC-A-T-C-G-TTTAT-TTT-TC----A-TT-ACGG-AT-CA-----AA-TACAC-T-C--A----T-TTCCTCgttaaaagtaa
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gi|108406                     :                                                                                                                                                                                                                                -----AA-TACAC-T-C--G----T-GTCCTCTTTCCACCCT-ATTTCTA





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lowQualScore                  :      .  .   ....  .   . .    ...    . ... . .. .   ..   .    .   .  . .  .. ... .      .  .    . .  . .    ...... . .......  .   .. .. . . .. . . .... . .... .         . ........   .   .   .   . .    ..   . . .... .  .    .  . . .....       . . .. .... .         .              
lowQualScore                  :      1  5   3333  5   3 3    333    7 333 7 88 7   88   3    3   3  4 4  99 666 4      4  4    4 8  4 3    888888 3 7777777  3   88 77 3 3 88 3 3 0000 6 4444 6         6 22222222   6   6   6   6 6    22   6 6 4444 6  6    7  7 7 88888       3 3 00 2222 7         9              
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Reference ( family-582 )      : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCTATTTCTA
gi|108375                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACAA-GTA-CG-A-AT--T---A-TTCCCC-TT-TCTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--G-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATCTCTG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-C-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCTTT-TCTTCCTATTTCCA
gi|108376                     : AACGA-AT-CTG----CT-GT--G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TCA--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTTT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------T--C-A--T--A-TAA--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT--CAG-TA-C-ATAC--AATA-AC-TCC--A----T-GTCCCTCTTCTCTCCA-ATTTCTttaaaagtaa
gi|108377                     : AATGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-CAT--TTT-ACCG-GGA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-A-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCA-T------AATAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACTG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-TTCCCCCTT-TCTCCCTAATTCTAgttaaaagtaa
gi|108378                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GGAA-T---G-C--C-TATATTTT-ACTG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--T-A-A----T-G----G-CGATCTCTG-GAAATTTAACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCTCTATTTCTAttaaaaggaa
gi|108379                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-C-TAAC---GAAA-TAATG-C--C-TGT--TTT-ACAG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATCGATATCA-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-TGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-AA-C-A-----AATAAAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCCATTTCTA
gi|108380                     : AACGA-AT-CTA----CC-GTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TAT--TAT-ACCG-GTA-TT-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CGA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGGTCCCTG-T--A---AACAT-TCG-CCA-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATATGC-T-C--A----T-GTATCCCTT-TCTCTCTATTTCTAttaaaagtaa
gi|108381                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--GTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TACCCC--T-TATT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATATCT-----A---AACAT-TCA-CAG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAT-T-C--ACTTGT-GTCCCCGTT-TCTCCCTATGTCTA
gi|108382                     : AACGA-AT-CTC----CA-GTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-AAT--TTT-ACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-GA-T-CATC------A-AGTATGATCAACAAACT--A-T-G--C-A-ACATTT-G----G-TGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-TGC-G-TATA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTTCCCCTT-TCTCCCTATTCCTAttaaaagt
gi|108383                     : AACGA-AT-CTGTCTGCC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TTT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-TA-T-C---------------------------T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATATCTG-CAAA-----CAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--G----T-GTCCCCCTT-TCTCTCTATTTCTttaaaagtaa
gi|108384                     : AACGA-AT-TTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTTCCC-GT-GGTT-T-AA-T-CATC------G-G-------CA-CAG--T--A-T-G--T-A-A----T-G----G-CGATCTCTG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TAT-T-C----A-G--------------------TACAC-T-C--A----T-GTCTCCCTT-TCTCTCTATTTCTA
gi|108385                     : AACGA-AT-CTG----CTAGTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TCT--TTT-ACCA--TA-CG-A-GT--T---A-TTCTCC-TT-TGTT---AA-T-CATC--------G-------TA-CAA--T--A-A-A--CCA-A----T-G----G-CGATCTCCG-T-GA---AACAT-TCACCCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-AA-C-A-----AATACAC-T-C--A----TGGTCCCTCTT-CCTCCCAATT
gi|108386                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-T-TAAC---AAAA-T---G-C--C-CAT--TTTTACCG-ATA-CG-A-AT--T---A-TTCTCT-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--C--A-T-G--C-A-A----T-G----G-TGATCTCCG-T--A---AACAG-TCA-CCG-TGC-T-GCTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TG-N-A-----Actgttaaaagtaa
gi|108387                     : AACGA-AT-CTG----CT-GTT-G-TAAC---AAAAAT---G-C--C-TCT--TTT-ACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T--A-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----C-A----G-CGATCTCCG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--CTT-T-C----A-AT-GC
gi|108388                     : AACGA-AT-CTA----C--GTT-G-TAAT---GAAA-T---A-C--C-TAT--T---ACCGCGTAACG-AAGT--TTA-A-TTCCCC-TT-TGATAT-AAAT-CATC------AAG-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-G----T-G----C-TTATTTCTG-CTAC---AACAT-TCA-ACGCTGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGGTTA-C-G-----AATACACAT-C-------T-ATCTCCC-T-TCTCTTTAT
gi|108389                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCTC-TT-TGTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-TGA--TTGA-T-G--C-A-actaaatcctaaaaagtga
gi|108390                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAT---GAAA-T---G-C--T-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCTCC-TT-TGTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-tcgataaaccctgtcattgctttccgtaaacataca
gi|108391                     : AATGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---AAAA-T---G-T--C-TAG--TTT-ACTG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTCCCC-AT-TGTT-T-AA-T-TATA------A-G-------CA-CAAC-T--AGT-G--C-A-
gi|108392                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---GATT-T---G-C--C-TAT--TTA-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCA--T-TGTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-
gi|108393                     : AACGATGT-CT------C-GTT-GGTAAC---GATA-T---G-C--C-GAT--TTT-ACCG-GTA-TG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-
gi|108394                     : AAGGA-AT-GTG----CT-GTT-G-TAAC----AAA-T---T-CTGC-T-C--TTT-AC-A-GTA-CA-A-CG--T---A-T-CCCC-TT-TGTT-T-AA-C-CA--------A-G-------CA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----T-TTAACG-CGATCTCCA-TAAA---CACTT-TCA--CG-AGC-GTTTTAACTTT-T-C----A-------A-TG-C-A-----ACT-----T-C--A----T-GTCCCTC
gi|108395                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-AAAC---GAAA-T---G-T--C-TAT--TTT-ACCG-ACA-C
gi|108396                     :  ACAA-AT-CT-----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCG-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------T-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-T-AA---AACAT-TCA-CCG-T-C-G-TTT---TTT-T-C----A-GT--C-G-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTTTCCCTT-TTTCTCTA-TTCTA
gi|108397                     :  ACGA-AT-CTG----CC-GTTTG-TAAC---GAAA-T---A-C--CATAT--TTT-ACCG-GTT-CG-A-GT--TT--A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-GC------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-AT---T-G----G-CGATCTCCG-T-AA---ACCAT-TCA-CCG-TGC-G--TTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TATC-A-----AATACACAT-CATA----T-GTTTCCCGT-TCTCTCTATTT
gi|108398                     :  ACGATATGCTG----CC-GTT-G-TAA-----AAA-T---GGC--C-TAT--TTA-ACCG-AT--CG-A-GTGTT---AATTCCCT-TT-TGTT-TTGA-T-CATC------A-G-------AA-CAA--T--A-T-G--C-A-A------G----G-CGATCTCCA-TAAG---A-CAG-TCC-CCT-GGT-G-TTTA--TTT-T-CCGAAA-GT-ACGG-TA-C-A-----CATACAC-TTC--A----T-GCCCCCCTT-TCTCCCCAATTCTAtcctaaaa
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Alignments
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Reference ( family-582 )      : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCTATTTCTA
gi|108375                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACAA-GTA-CG-A-AT--T---A-TTCCCC-TT-TCTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--G-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATCTCTG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-C-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCTTT-TCTTCCTATTTCCA
gi|108376                     : AACGA-AT-CTG----CT-GT--G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TCA--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTTT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------T--C-A--T--A-TAA--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT--CAG-TA-C-ATAC--AATA-AC-TCC--A----T-GTCCCTCTTCTCTCCA-ATTTCTttaaaagtaa
gi|108377                     : AATGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-CAT--TTT-ACCG-GGA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-A-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCA-T------AATAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACTG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-TTCCCCCTT-TCTCCCTAATTCTAgttaaaagtaa
gi|108378                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GGAA-T---G-C--C-TATATTTT-ACTG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--T-A-A----T-G----G-CGATCTCTG-GAAATTTAACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCTCTATTTCTAttaaaaggaa
gi|108379                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-C-TAAC---GAAA-TAATG-C--C-TGT--TTT-ACAG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATCGATATCA-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-TGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-AA-C-A-----AATAAAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCCATTTCTA
gi|108380                     : AACGA-AT-CTA----CC-GTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TAT--TAT-ACCG-GTA-TT-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CGA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGGTCCCTG-T--A---AACAT-TCG-CCA-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATATGC-T-C--A----T-GTATCCCTT-TCTCTCTATTTCTAttaaaagtaa
gi|108381                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--GTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TACCCC--T-TATT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATATCT-----A---AACAT-TCA-CAG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAT-T-C--ACTTGT-GTCCCCGTT-TCTCCCTATGTCTA
gi|108382                     : AACGA-AT-CTC----CA-GTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-AAT--TTT-ACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-GA-T-CATC------A-AGTATGATCAACAAACT--A-T-G--C-A-ACATTT-G----G-TGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-TGC-G-TATA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTTCCCCTT-TCTCCCTATTCCTAttaaaagt
gi|108383                     : AACGA-AT-CTGTCTGCC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TTT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-TA-T-C---------------------------T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATATCTG-CAAA-----CAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--G----T-GTCCCCCTT-TCTCTCTATTTCTttaaaagtaa
gi|108384                     : AACGA-AT-TTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTTCCC-GT-GGTT-T-AA-T-CATC------G-G-------CA-CAG--T--A-T-G--T-A-A----T-G----G-CGATCTCTG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TAT-T-C----A-G--------------------TACAC-T-C--A----T-GTCTCCCTT-TCTCTCTATTTCTA
gi|108385                     : AACGA-AT-CTG----CTAGTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TCT--TTT-ACCA--TA-CG-A-GT--T---A-TTCTCC-TT-TGTT---AA-T-CATC--------G-------TA-CAA--T--A-A-A--CCA-A----T-G----G-CGATCTCCG-T-GA---AACAT-TCACCCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-AA-C-A-----AATACAC-T-C--A----TGGTCCCTCTT-CCTCCCAATT
gi|108386                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-T-TAAC---AAAA-T---G-C--C-CAT--TTTTACCG-ATA-CG-A-AT--T---A-TTCTCT-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--C--A-T-G--C-A-A----T-G----G-TGATCTCCG-T--A---AACAG-TCA-CCG-TGC-T-GCTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TG-N-A-----Actgttaaaagtaa
gi|108387                     : AACGA-AT-CTG----CT-GTT-G-TAAC---AAAAAT---G-C--C-TCT--TTT-ACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T--A-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----C-A----G-CGATCTCCG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--CTT-T-C----A-AT-GC
gi|108388                     : AACGA-AT-CTA----C--GTT-G-TAAT---GAAA-T---A-C--C-TAT--T---ACCGCGTAACG-AAGT--TTA-A-TTCCCC-TT-TGATAT-AAAT-CATC------AAG-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-G----T-G----C-TTATTTCTG-CTAC---AACAT-TCA-ACGCTGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGGTTA-C-G-----AATACACAT-C-------T-ATCTCCC-T-TCTCTTTAT
gi|108389                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCTC-TT-TGTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-TGA--TTGA-T-G--C-A-actaaatcctaaaaagtga
gi|108390                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAT---GAAA-T---G-C--T-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCTCC-TT-TGTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-tcgataaaccctgtcattgctttccgtaaacataca
gi|108391                     : AATGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---AAAA-T---G-T--C-TAG--TTT-ACTG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTCCCC-AT-TGTT-T-AA-T-TATA------A-G-------CA-CAAC-T--AGT-G--C-A-
gi|108392                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---GATT-T---G-C--C-TAT--TTA-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCA--T-TGTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-
gi|108393                     : AACGATGT-CT------C-GTT-GGTAAC---GATA-T---G-C--C-GAT--TTT-ACCG-GTA-TG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-
gi|108394                     : AAGGA-AT-GTG----CT-GTT-G-TAAC----AAA-T---T-CTGC-T-C--TTT-AC-A-GTA-CA-A-CG--T---A-T-CCCC-TT-TGTT-T-AA-C-CA--------A-G-------CA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----T-TTAACG-CGATCTCCA-TAAA---CACTT-TCA--CG-AGC-GTTTTAACTTT-T-C----A-------A-TG-C-A-----ACT-----T-C--A----T-GTCCCTC
gi|108395                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-AAAC---GAAA-T---G-T--C-TAT--TTT-ACCG-ACA-C
gi|108396                     :  ACAA-AT-CT-----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCG-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------T-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-T-AA---AACAT-TCA-CCG-T-C-G-TTT---TTT-T-C----A-GT--C-G-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTTTCCCTT-TTTCTCTA-TTCTA
gi|108397                     :  ACGA-AT-CTG----CC-GTTTG-TAAC---GAAA-T---A-C--CATAT--TTT-ACCG-GTT-CG-A-GT--TT--A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-GC------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-AT---T-G----G-CGATCTCCG-T-AA---ACCAT-TCA-CCG-TGC-G--TTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TATC-A-----AATACACAT-CATA----T-GTTTCCCGT-TCTCTCTATTT
gi|108398                     :  ACGATATGCTG----CC-GTT-G-TAA-----AAA-T---GGC--C-TAT--TTA-ACCG-AT--CG-A-GTGTT---AATTCCCT-TT-TGTT-TTGA-T-CATC------A-G-------AA-CAA--T--A-T-G--C-A-A------G----G-CGATCTCCA-TAAG---A-CAG-TCC-CCT-GGT-G-TTTA--TTT-T-CCGAAA-GT-ACGG-TA-C-A-----CATACAC-TTC--A----T-GCCCCCCTT-TCTCCCCAATTCTAtcctaaaa
gi|108399                     :   CGA-AT-CTG----CC-GTT-A-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CA-A-GT--TTATA-TCCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATCTTTG-TAAA-----CAT-GCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-A-A-----AATACAC-T-C--A----A-GTCCCTCTT-TCTCTCTATTTCTAtctaaaagtaa
gi|108400                     :   CGA-AT-CTA----CC-ATT-G-TAAC---GAAAAT---G-C--C-TAT--TTT-CCCA-GTA-CG-A-AT--TTG-A-TTCTCC-TTGTGTT-T-AA-T---TC------A-G-------CA-CAA--TT-A-T-G--C-A-A----TTG----G-CGATCTTCGGTAAA-----CATGTTA-CCG-TGC-A-TT-A--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-CAA-----AATACAC-T-C--A----T-GTCTCCTTT-TCTCTCTATTTCTA
gi|108401                     :                   -GTT-G-TAAC----ACT-T---G-C--C-TCT--TTT-AC-A-TTA-CG-A-GT--T-----TTCCC---T-TGTT-T-AA-T-CAAC------A-G-------CA-C-------A-T-A--A-A-A----T-A----G-CG-TCTCCA-GATA---AACAA-TTA--CG-TGCGG-TTTA--CTTAT-C-------------------------AATACAC-T-CA-A----T-GTCCC
gi|108402                     :                     TT-G-TAA------AA-T---GGC--CATAT--TTT-ACTG-GCA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-TAAA-T-CATC------A-G-------CA-CAATTT--A-T-G--T-A-T----T-G----C-CAATCTCC--CCGA---AACAA-TCA--AG-CAC-A-TTTA--TTT-A-C----AGGTAACGG-TA-C-ATAATTAAT-CAC-C-C--AG---T-ATTACCCTT-TCTCTCTATTTCTA
gi|108403                     :                      T-G-TAACATAGACG-T---G-T--C-C-T--TTT-ACCA-GTA-CGGA-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CA-C------A-G-------TA-CAAGGT--A-T-A--C-ATG----T-A----GACTATCTTCC-TATA---AACAT-TTA-CCA-T-C-G-TTTA--TTT-TTC----A-TT-ACGG-AT-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-TTCCTC----TCCCCCAATCTata
gi|108404                     :                       -G-TAAC---AAGA-T---G-C--C-TCT--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A---CCCC-TT-TGTT-T-AA-TTCATC------A-G-------TA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-T-C-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-TTCCCTCTT-CCTCCCAATTTCTtgttaaaagt
gi|108405                     :                                                                                                       -CATA------A-G-------CG-CAG--T--A-A-GAAN-N-N----N-N----N-NNNNNNNNN-NNNN---NNNNN-NCA-CTG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AAGACAC-T-C--A----T-GTCTCCCgttaaaagtaa
gi|108406                     :                                                                                                                                                                                                                                      -----AATACAC-T-C--G----T-GTCCTCTTT-CCACCCTATTTCTA


blockSeqs                     :      T  G   TCTG  A   T G    ATA    A AAT G TG A   AT   T    C   A  G A  GT TAT A      T  G    A T  A T    GATATC A GTATGAT  A   AC TG G A AA C T CATT T TAAC A         G AAATTTAA   G   C   C   G T    AC   A T CGAA G  A    T  T A TAATT       A C AT CTTG G         C
blockSeqs                     :      T  .   .     .   . .    .      A .   G .  A   .    .    .   .  . .  .  TA  .      .  .    . A  . .    .      . C        .   TT TA . . .  . . T    . .    .         . TACAA      .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . TAC         A T A  G    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  TG  .      .  .    . .  . .    .      . .        .   GG TA . . .  . . .    . .    .         . AAACA      .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  T   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   C  TA . . .  . . .    . .    .         . ATAAA      .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  T  . . .  . . .    . .    .         . CGAAA      .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . ATAAA      .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . NNNNN      .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . GAAA       .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAAA       .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAAC       .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAGA       .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .         .
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .          
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .          
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AAA        .   .   .   . .    .    . . .    .  .    .  . . .           . . .  .    .          
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . . .    . .    .         . AA         .   .   .   . .    .    . . .    .  .           .                                  
blockSeqs                     :      .  .   .     .   . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .  . .  .  .   .      .  .    . .  . .    .      . .        .   .  .  . . .  . .                                                                                                                       
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blockSeqs                     :                       . .    .      . .   . .  .   .    .    .   .                                    .    .      . .        .   .  .  . . .  . .                                                                                                                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCTATTTCTA
finalCons                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCTATTTCTA





Alignments
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lowQualScore                  :      3  1   3333  1   1 1    222    2 222 2 11 2   11   1    1   1  1 1  11 777 1      1  1    1 2  1 1    333333 1 5555555  1   66 88 1 1 11 1 1 5555 1 3333 1         1 77777777   1   1   1   1 1    22   1 1 3333 1  1    1  1 1 66666       3 3 44 5555 1         1              
lowQualScore                  :      .  .   ....  .   . .    ...    . ... . .. .   ..   .    .   .  . .  .. ... .      .  .    . .  . .    ...... . .......  .   .. .. . . .. . . .... . .... .         . ........   .   .   .   . .    ..   . . .... .  .    .  . . .....       . . .. .... .         .              
lowQualScore                  :      1  5   3333  5   3 3    333    7 333 7 88 7   88   3    3   3  4 4  99 666 4      4  4    4 8  4 3    888888 3 7777777  3   88 77 3 3 88 3 3 0000 6 4444 6         6 22222222   6   6   6   6 6    22   6 6 4444 6  6    7  7 7 88888       3 3 00 2222 7         9              
consensus                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCTATTTCTA
Reference ( family-582 )      : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCTATTTCTA
gi|108375                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACAA-GTA-CG-A-AT--T---A-TTCCCC-TT-TCTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--G-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATCTCTG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-C-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCTTT-TCTTCCTATTTCCA
gi|108376                     : AACGA-AT-CTG----CT-GT--G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TCA--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCCTTT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------T--C-A--T--A-TAA--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT--CAG-TA-C-ATAC--AATA-AC-TCC--A----T-GTCCCTCTTCTCTCCA-ATTTCTttaaaagtaa
gi|108377                     : AATGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-CAT--TTT-ACCG-GGA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-A-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCA-T------AATAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACTG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-TTCCCCCTT-TCTCCCTAATTCTAgttaaaagtaa
gi|108378                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GGAA-T---G-C--C-TATATTTT-ACTG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--T-A-A----T-G----G-CGATCTCTG-GAAATTTAACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCTCTATTTCTAttaaaaggaa
gi|108379                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-C-TAAC---GAAA-TAATG-C--C-TGT--TTT-ACAG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATCGATATCA-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-TGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-AA-C-A-----AATAAAC-T-C--A----T-GTCCCCCTT-TCTCCCCATTTCTA
gi|108380                     : AACGA-AT-CTA----CC-GTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TAT--TAT-ACCG-GTA-TT-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CGA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGGTCCCTG-T--A---AACAT-TCG-CCA-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATATGC-T-C--A----T-GTATCCCTT-TCTCTCTATTTCTAttaaaagtaa
gi|108381                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--GTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TACCCC--T-TATT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATATCT-----A---AACAT-TCA-CAG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAT-T-C--ACTTGT-GTCCCCGTT-TCTCCCTATGTCTA
gi|108382                     : AACGA-AT-CTC----CA-GTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-AAT--TTT-ACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-GA-T-CATC------A-AGTATGATCAACAAACT--A-T-G--C-A-ACATTT-G----G-TGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-TGC-G-TATA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTTCCCCTT-TCTCCCTATTCCTAttaaaagt
gi|108383                     : AACGA-AT-CTGTCTGCC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TTT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-TA-T-C---------------------------T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATATCTG-CAAA-----CAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--G----T-GTCCCCCTT-TCTCTCTATTTCTttaaaagtaa
gi|108384                     : AACGA-AT-TTG----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTTCCC-GT-GGTT-T-AA-T-CATC------G-G-------CA-CAG--T--A-T-G--T-A-A----T-G----G-CGATCTCTG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--TAT-T-C----A-G--------------------TACAC-T-C--A----T-GTCTCCCTT-TCTCTCTATTTCTA
gi|108385                     : AACGA-AT-CTG----CTAGTT-G-TAAC---AAAA-T---G-C--C-TCT--TTT-ACCA--TA-CG-A-GT--T---A-TTCTCC-TT-TGTT---AA-T-CATC--------G-------TA-CAA--T--A-A-A--CCA-A----T-G----G-CGATCTCCG-T-GA---AACAT-TCACCCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-AA-C-A-----AATACAC-T-C--A----TGGTCCCTCTT-CCTCCCAATT
gi|108386                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-T-TAAC---AAAA-T---G-C--C-CAT--TTTTACCG-ATA-CG-A-AT--T---A-TTCTCT-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--C--A-T-G--C-A-A----T-G----G-TGATCTCCG-T--A---AACAG-TCA-CCG-TGC-T-GCTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TG-N-A-----Actgttaaaagtaa
gi|108387                     : AACGA-AT-CTG----CT-GTT-G-TAAC---AAAAAT---G-C--C-TCT--TTT-ACCA-GTA-CA-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T--A-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----C-A----G-CGATCTCCG-T--A---AACAT-TCA-CCG-TGC-G-TTTA--CTT-T-C----A-AT-GC
gi|108388                     : AACGA-AT-CTA----C--GTT-G-TAAT---GAAA-T---A-C--C-TAT--T---ACCGCGTAACG-AAGT--TTA-A-TTCCCC-TT-TGATAT-AAAT-CATC------AAG-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-G----T-G----C-TTATTTCTG-CTAC---AACAT-TCA-ACGCTGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGGTTA-C-G-----AATACACAT-C-------T-ATCTCCC-T-TCTCTTTAT
gi|108389                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCTC-TT-TGTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-TGA--TTGA-T-G--C-A-actaaatcctaaaaagtga
gi|108390                     : AACAA-AT-CTG----CC-GTT-G-TAAT---GAAA-T---G-C--T-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCTCC-TT-TGTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-tcgataaaccctgtcattgctttccgtaaacataca
gi|108391                     : AATGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---AAAA-T---G-T--C-TAG--TTT-ACTG-GTA-CG-A-GC--T---A-TTCCCC-AT-TGTT-T-AA-T-TATA------A-G-------CA-CAAC-T--AGT-G--C-A-
gi|108392                     : AACGA-AT-CTG----CC-ATT-G-TAAC---GATT-T---G-C--C-TAT--TTA-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCA--T-TGTT-T-AT-T-TATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-
gi|108393                     : AACGATGT-CT------C-GTT-GGTAAC---GATA-T---G-C--C-GAT--TTT-ACCG-GTA-TG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AT-T-CATC------A-G-------CA-CAA--TTAG-T-G--C-A-
gi|108394                     : AAGGA-AT-GTG----CT-GTT-G-TAAC----AAA-T---T-CTGC-T-C--TTT-AC-A-GTA-CA-A-CG--T---A-T-CCCC-TT-TGTT-T-AA-C-CA--------A-G-------CA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----T-TTAACG-CGATCTCCA-TAAA---CACTT-TCA--CG-AGC-GTTTTAACTTT-T-C----A-------A-TG-C-A-----ACT-----T-C--A----T-GTCCCTC
gi|108395                     : AACGA-AT-CTG----CC-GTT-G-AAAC---GAAA-T---G-T--C-TAT--TTT-ACCG-ACA-C
gi|108396                     :  ACAA-AT-CT-----CC-GTT-G-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CG-A-GT--T---A-TTCCCG-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------T-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-T-AA---AACAT-TCA-CCG-T-C-G-TTT---TTT-T-C----A-GT--C-G-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-GTTTCCCTT-TTTCTCTA-TTCTA
gi|108397                     :  ACGA-AT-CTG----CC-GTTTG-TAAC---GAAA-T---A-C--CATAT--TTT-ACCG-GTT-CG-A-GT--TT--A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-GC------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-AT---T-G----G-CGATCTCCG-T-AA---ACCAT-TCA-CCG-TGC-G--TTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TATC-A-----AATACACAT-CATA----T-GTTTCCCGT-TCTCTCTATTT
gi|108398                     :  ACGATATGCTG----CC-GTT-G-TAA-----AAA-T---GGC--C-TAT--TTA-ACCG-AT--CG-A-GTGTT---AATTCCCT-TT-TGTT-TTGA-T-CATC------A-G-------AA-CAA--T--A-T-G--C-A-A------G----G-CGATCTCCA-TAAG---A-CAG-TCC-CCT-GGT-G-TTTA--TTT-T-CCGAAA-GT-ACGG-TA-C-A-----CATACAC-TTC--A----T-GCCCCCCTT-TCTCCCCAATTCTAtcctaaaa
gi|108399                     :   CGA-AT-CTG----CC-GTT-A-TAAC---GAAA-T---G-C--C-TAT--TTT-ACCG-GTA-CA-A-GT--TTATA-TCCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CATC------A-G-------CA-CAA--T--A-T-G--C-A-A----T-G----G-CAATCTTTG-TAAA-----CAT-GCA-CCG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-A-A-----AATACAC-T-C--A----A-GTCCCTCTT-TCTCTCTATTTCTAtctaaaagtaa
gi|108400                     :   CGA-AT-CTA----CC-ATT-G-TAAC---GAAAAT---G-C--C-TAT--TTT-CCCA-GTA-CG-A-AT--TTG-A-TTCTCC-TTGTGTT-T-AA-T---TC------A-G-------CA-CAA--TT-A-T-G--C-A-A----TTG----G-CGATCTTCGGTAAA-----CATGTTA-CCG-TGC-A-TT-A--TTT-T-C----A-GT-ACGG-TA-CAA-----AATACAC-T-C--A----T-GTCTCCTTT-TCTCTCTATTTCTA
gi|108401                     :                   -GTT-G-TAAC----ACT-T---G-C--C-TCT--TTT-AC-A-TTA-CG-A-GT--T-----TTCCC---T-TGTT-T-AA-T-CAAC------A-G-------CA-C-------A-T-A--A-A-A----T-A----G-CG-TCTCCA-GATA---AACAA-TTA--CG-TGCGG-TTTA--CTTAT-C-------------------------AATACAC-T-CA-A----T-GTCCC
gi|108402                     :                     TT-G-TAA------AA-T---GGC--CATAT--TTT-ACTG-GCA-CG-A-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-TAAA-T-CATC------A-G-------CA-CAATTT--A-T-G--T-A-T----T-G----C-CAATCTCC--CCGA---AACAA-TCA--AG-CAC-A-TTTA--TTT-A-C----AGGTAACGG-TA-C-ATAATTAAT-CAC-C-C--AG---T-ATTACCCTT-TCTCTCTATTTCTA
gi|108403                     :                      T-G-TAACATAGACG-T---G-T--C-C-T--TTT-ACCA-GTA-CGGA-GT--T---A-TTCCCC-TT-TGTT-T-AA-T-CA-C------A-G-------TA-CAAGGT--A-T-A--C-ATG----T-A----GACTATCTTCC-TATA---AACAT-TTA-CCA-T-C-G-TTTA--TTT-TTC----A-TT-ACGG-AT-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-TTCCTC----TCCCCCAATCTata
gi|108404                     :                       -G-TAAC---AAGA-T---G-C--C-TCT--TTT-ACCA-GTA-CG-A-GT--T---A---CCCC-TT-TGTT-T-AA-TTCATC------A-G-------TA-CAA--T--A-A-A--C-A-A----T-G----G-CGATCTCCG-TAAA-----CAT-TCA-CCA-T-C-G-TTTA--TTT-T-C----A-TT-ACGG-TA-C-A-----AATACAC-T-C--A----T-TTCCCTCTT-CCTCCCAATTTCTtgttaaaagt
gi|108405                     :                                                                                                       -CATA------A-G-------CG-CAG--T--A-A-GAAN-N-N----N-N----N-NNNNNNNNN-NNNN---NNNNN-NCA-CTG-TGC-G-TTTA--TTT-T-C----A-GT-ATGG-TA-C-A-----AAGACAC-T-C--A----T-GTCTCCCgttaaaagtaa
gi|108406                     :                                                                                                                                                                                                                                      -----AATACAC-T-C--G----T-GTCCTCTTT-CCACCCTATTTCTA