lowQualScore                  :                                                      1111111111   1111111111111111                                     11111111                                                                 4444444444444444444444444444            22222                  
lowQualScore                  :    2  1     22 1   1 3333  1 1 3 3 1 1 9999999999 33 0000000000 1 1111111111111111 55 2  33 11   1   44 4444 77777 6   00000000 55    11 1 3 1 55555555555 33 1 8888    2222 1 1 1 99  2222 1   0000000000000000000000000000 2  2  2 2  33333   2 2   2        
lowQualScore                  :    .  .     .. .   . ....  . . . . . . .......... .. .......... . ................ .. .  .. ..   .   .. .... ..... .   ........ ..    .. . . . ........... .. . ....    .... . . . ..  .... .   ............................ .  .  . .  .....   . .   .        
lowQualScore                  :    0  8     22 6   6 4444  6 6 2 2 6 6 4444444444 77 6666666666 3 2222222222222222 33 6  00 77   2   22 4444 33333 2   00000000 55    77 2 8 2 99999999999 44 2 5555    7777 3 3 3 55  9999 9   6666666666666666666666666666 0  1  1 2  66666   4 4   4        
consensus                     : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGC----C-G-C-G--AA----GNGCA-----C----TGN---A---G-TAC---A-TT-TA-G-TA---C-AGT-A-CTG-CGATTTTT
Reference ( gi|22532 )        : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGC----C-G-C-G--AA----GAGCA-----A----TAC---A---G-TAG---A-TT-TA-G-TA---G-AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22530                      : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-C--A-----AC-C--A-------T-A----------------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGC----C-G-C-G--AA----GAGCA-----C----TGG---A---G-TA----A-TT-TA-G-TA---C-AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22529                      : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--A--TTG-ACG--C----A-A---T-TTT-A-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGC----C-G-C-G--AA----GAGCA-----C----TGG---A---G-TAC---A--T-TA-G-TA---C-AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22531                      : CAT-TT-TTCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTTAG-C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--C-A---GATGC----C-G-C-G--AA----GAGCAC----A----TG----A---G-TAC---A-TTGTA-G-TA---C-AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22534                      : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-T-G-T-T-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGT----T-G-T-G--AG----GAGCACTGG-ACTACTAT---A---T-TAC---A-TT-TA-A-TA---C-AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22535                      : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-T-T-A--A-----A--C--GAACAGTGT-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACC--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGC----T-G-T-G--AA----GAGCA-----C----TGG---A---A-TAC---A-TT-TA-G-TAT--GTAGT-A-CAG-CGATTTTT
gi|22536                      : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-C--A-----A--C--G-------T-AA-------T-------C--A-AT--T--A-G-CCG--C----A-A---T-TTTTG-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGT----C-G-C-G--AA----GAGCA-----C----TAC---A---G-TAC---A-T
gi|22533                      : CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-ATT-A-C----A---TGT----A-C-G-----------T--C-A----AT------C-G-C-G--AA----GAGCACTGG-A----TAC---A--------------T-TA-G-TA---C-AGT-A-CTGCCGATTTTTcctaactac
gi|22537                      : CAT-TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-T-T-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ATG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGC----T-G-T-G--AA----GAGCC-----C----TG----A---GTTAT---A-TT-TA-G-TA---C-AGC-A-CTG-CGATTTTT
gi|22539                      : CATATT-CCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-C-T-A--T-----A--C--G-------T-A--------T-------A--T-AT--C--ATG-AAT--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--T-A---GATGT----T-G---G--AAAAGGGGGCA-----C----TAA---A---G-TAC---A-TT-TA-G-TG---C-AGC-A-CTG-TAATTT
gi|22538                      : CAT-TTATTCCTCAA-CGA-T----ATAG-A-C-G-T-T-C--ATAATCA--C--G-------T-A--------A-------A--C-ATC-T--ATG-ACG--C------A---T-TTT-A-C----AATTTGT--G-A-CTG-----------T--C-AAAGAATGC----CTG-C-G--AA----GAGC-----------TACTGGA---G-TAC---A-TT-TA-GTTA---C-AGTCA-CTG-CG
gi|22540                      : CGT-TT-TCCCT--A-C-A-T----AT-G-A-C-G-T-TTC--A-----A--C--T-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATT-ACT--C----C-AGCTT-TTT-G-C----A--TTGTTCG-A-A-G-----------T--C-A---GATGC----C-G-C-G--A------AGCATC---A----TAC----------AC---A-TT-TA-A-TATACC-ATT-A-CT--CAATTTT
gi|22542                      : CAT-TT-TCCCC--G-CGA-TGCAAAT-GTA-A-G--------A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-----C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TATGG----C-G-C-G--AA----GTGCA-----
gi|22541                      : CAG-TT-CCCCT--AGCTA-T----AT-G-AGC-G-T-T-C--A-----A--C--G-------TGA--------G-------A--C--T--G--ATGGACG--C----A--------TT-A-C----AA-TTGT----A-C-G-----------T--C-A---GATGC----C-GAC-G---A----GAGCA-----C----TGG---A---G-TAcagaggtgcattgatattcagcactg
gi|22545                      : CAT-TT-TCCC---G-CAA-A----AT-G---------T-C--A-----A--CTGG-------T-AAGAATCCGT-------A--C-GT--C--ATG-ACG--TTA--A-A---C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TATGG----T-G-G-G--AA----GTGCA-----A----
gi|22544                      : CAT-TT-TCCCC--A-CAA-A----AC-A-A-CTA-T-A-C--A-----AAAC----------T-G--------T-------A--T-GT--T--ATG-ACG--C----C-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---cgagtgcat
gi|22546                      :  AT-TT-TCCC---A-CGA-T----AC----------------------A--T--G-------T-A--------T-------GTTC-CT--T--GTG-ACGTGC----A-------TTT-G-C----A--TTGT--A-A-C-G-----------T--C-T---TATGG----T-A-C-G--AA----GTACAC----A----TA----A---G-TAC---A-TT-TATG-TA---C-A---A-CT--CTATTTTTtttggccaggagtgcatttaggtattttattatacagccctgtcaatattt
gi|22547                      :   T-CT-CCCCC--A-CGA-T----AT-G-A-C-GTT-T-C--A-----A--C--AATAGAATT-A--------T-------A--CTAA--T--CTG-ACGC-C----A-C---T-TTT-G-CATTAA--TTGT--A-AGC-G-----------TTAC-A---GATGC----C-G-CTG--AA----GAGCA-----C----TGG---A---GTTAGC--ATTT-TT-G-TA---C-AGT-AGCT--CGATT
gi|22548                      :   T-TT-TCCCA--G-CGA-T----GC-A-A-CTG-TAA-G--A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-G-C-G-----------T--C-A---TATGG----T-G-C-G--CA----GTGC------------AC---AGAGG-TAC---A-TT-TA---TATT-G-AGC-A-CTG-TGAT
gi|22549                      :    -TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-T-T-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--CGAT--T--A-G-ATGG-C----A-C---T-TTT---C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--CAA---GATGC----T-G-T-G--AA----GAGC-------------CTG-A---G-TTT---A-TT-TA-G--A---T-AGC-A-CTG-CGATTTTT
gi|22550                      :    -TT-TCCCT--T-CGA-T----AC-G-A-C-C-A-T-T--G-----T--C--T-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--ATGT--G-A-C-G-----------T--C-ATATGATGT----C-G-
gi|22551                      :      T-TCCCT--A-CGAAT----AT-G-AAC-G-T-TTC--A-----A--C--G-------A-A--------T-------A--C-AT--TCTATG-ACG--C----A-A---T-TTT-GTC----A--TTGT--GAA-C-G-----------T--C-A---GA-GC----T-G-C-agtgtacttacatgtatgtac
gi|22552                      :       -TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------C--C-A---GATGC----T-G-T-A--AA----GAGCA-----A----AGG---G---G-TAC---C-TT-TA-G-TA---C-AGT-G-CTG-CGATTT
gi|22553                      :             --A-TGA-T----AT-T-A-A-G-T-A-C--GGC---A--C--G-------T-A--------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---AATGC----C-A-C-GCCAA----GCGCA-----
gi|22555                      :             --A-TGA-T----AG-T-A-C-G-T-C----------A--C--G-------T-AA-------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AATGC----C-A-C-GCCAA----GCGCA-----
gi|22554                      :             --A-CGA-T----AT-G-A-C-G-T-T-CTAA-----A--CC-G-------T-A--------TTAGCCTTA--T-ATAAT--ACG-AAG--CTGCGACA---T-TTT-GAC----A--TTGT----A-C-GATATTTCTTATT--C-A---GATGCATGCC-G-C-G--AA----GAGCA-----C----TGG---A---G-AAC---A-TT-TA-G-TA---
gi|22556                      :                                             -----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GATGC----T-C-T-G--AC----AAGTA-----C----TGG---G---G-TAC---A-TT-TA-G-TG---C-AAC-G-CTG-CGATCCTTta
gi|22557                      :                                                         -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AATGC----C-A-C-GCCAA----GCGCA-----
gi|22558                      :                                                         -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-T-G-----------T--C-AC--AATGC----C-A-C-GCCAA----GCGCA-----
gi|22559                      :                                                         -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------TCAC-A---AATGC----C-A-C-GCCAA----GCGCA-----
gi|22543                      :                                                         -------T-G--------T-------A--T-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TATGG----T-G-C-A--AA----GTGC------------AC---A---G-AAGAACA-TT-TA-
gi|22560                      :                                            catttcctccgcaatgtacaacagtaaaaatc-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TATGG----T-G-C-G--AA----GTGCACAGAGA----TAC---A---T-TAT---A-TT-C-----------AAC-A-CTG-TGATTGTTtattcaatattgtaat
gi|22561                      :                                                                                         T--C--ATG-ACG--T----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-A-----------C--C-A---TATGG----T-G-C-G--GA----GTGCA-----





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111111   1111111111111111                                                                                                                      111111111                    111                     
lowQualScore                  :                                    1  1     22 1   1 3333  1 1 3 3 1  9999999999 22 1111111111 1 0000000000000000 55 2  22 11   1   44 4444 88888 6   99999999 55    11 1 3 1 55555555555 33 1 6666 222   2222 1 1 1 88  2222 1  1  1  111111111   22   1  3  7777  222 22   1 1   3        
lowQualScore                  :                                    .  .     .. .   . ....  . . . . .  .......... .. .......... . ................ .. .  .. ..   .   .. .... ..... .   ........ ..    .. . . . ........... .. . .... ...   .... . . . ..  .... .  .  .  .........   ..   .  .  ....  ... ..   . .   .        
lowQualScore                  :                                    9  7     11 5   5 3333  5 5 1 1 5  8888888888 00 1111111111 3 2222222222222222 22 5  99 77   2   11 2222 33333 1   11111111 33    77 2 6 2 88888888888 33 2 2222 111   6666 2 2 2 66  7777 4  2  5  222222222   00   5  3  2222  111 33   8 8   6        
consensus                     :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-AC-TG--------GAGT--ACA-TT-TA--G-TA---C--AGC-A-CTG-CGATTTTT
Reference ( family-581 )      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-AC-TG--------NAGT--ACA-TT-TA--G-TA---C--AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22529                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--A--TTG-ACG--C----A-A---T-TTT-A-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-AC-TG--------GAGT--ACA--T-TA--G-TA---C--AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22530                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C----------C-A--------TA------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-AC-TG--------GAGT--A-A-TT-TA--G-TA---C--AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22531                      :                                 CAT-TT-TTCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTTAG-C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACATG---------AGT--ACA-TTGTA--G-TA---C--AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22532                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-AA-TA--------CAGT--AGA-TT-TA--G-TA---G--AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22533                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-ATT-A-C----A---TGT----A-C-G-----------T--C-A----A---T------C-G-C-G--AA----GAGC-AC-TG--------GA-T--ACA--T-TA--G-TA---C--AGT-A-CTGCCGATTTTT
gi|22534                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-T-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----T-G-T-G--AG----GAGC-AC-TGGACTACTATATT--ACA-TT-TA--A-TA---C--AGT-A-CTG-CGATTTTT
gi|22535                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--GAACAGTGT-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACC--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-AC-TG--------GAAT--ACA-TT-TA--G-TATG-T--AGT-A-CAG-CGATTTTT
gi|22536                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-AA-------T-------C--A-AT--T--A-G-CCG--C----A-A---T-TTTTG-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----C-G-C-G--AA----GAGC-AC-TA--------CAGT--ACA-T
gi|22537                      :                                 CAT-TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ATG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-CC-TG--------AGTT--ATA-TT-TA--G-TA---C--AGC-A-CTG-CGATTTTTcctaactac
gi|22538                      :                                 CAT-TTATTCCTCAA-CGA-T----ATAG-A-C-G-TT-C--ATAATCA--C--G-------T-A--------A-------A--C-ATC-T--ATG-ACG--C----A-----T-TTT-A-C----AATTTGT--G-A-CTG-----------T--C-A---AAGAATGC----CTG-C-G--AA----GAGCTAC-TG--------GAGT--ACA-TT-TA--GTTA---C--AGTCA-CTG-CG
gi|22539                      :                                 CATATT-CCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-CT-A--T-----A--C--G-------T-A--------T-------A--T-AT--C--ATG-AAT--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--T-A---GA---TGT----T-G---G--AAAAGGGGGC-AC-TA--------AAGT--ACA-TT-TA--G-TG---C--AGC-A-CTG-TAATTT
gi|22540                      :                                 CGT-TT-TCCCT--A-C-A-T----AT-G-A-C-G-TTTC--A-----A--C--T-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATT-ACT--C----C-AGCTT-TTT-G-C----A--TTGTTCG-A-A-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA------GC-AT-CA--------TA-C--ACA-TT-TA--A-TATACC--ATT-A-CT--CAATTTT
gi|22541                      :                                 CAG-TT-CCCCT--AGCTA-T----AT-G-AGC-G-TT-C--A-----A--C--G-------TGA--------G-------A--C--T--G--ATGGACG--C----A--------TT-A-C----AA-TTGT----A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-GAC-G---A----GAGC-AC-TG--------GAGT--A
gi|22542                      :                                 CAT-TT-TCCCC--G-CGA-TGCAAAT-GTA-A-G-------A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-----C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----C-G-C-G--AA----GTGC-AC-AG--------AGGT--GCA-TT-GA----TATT-C--AGC-A-CTG-
gi|22543                      :                                                                                        -------T-G--------T-------A--T-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-A--AA----GTGC-AC-AG--------AAGA--ACA-TT-TA----TATT-C--AAT-A-TTG-TAAT
gi|22544                      : catttcctccgcaatgtacaacagtaaaaatcCAT-TT-TCCCC--A-CAA-A----AC-A-A-CTA-TA-C--A-----AAAC----------T-G--------T-------A--T-GT--T--ATG-ACG--C----C-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TT---TGG----C-C-A-G--GA----GTGC-AT-TT--------AGGT--AT--TT-TATTA-TA---C--AGC-C-CTGTCAATATTT
gi|22545                      :                                 CAT-TT-TCCC---G-CAA-A----AT-G--------T-C--A-----A--CTGG-------T-AAGAATCCGT-------A--C-GT--C--ATG-ACG--TTA--A-A---C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-G-G--AA----GTGC-AA-CG---------AGT--GCA-T
gi|22546                      :                                  AT-TT-TCCC---A-CGA-T----AC---------------------A--T--G-------T-A--------T-------GTTC-CT--T--GTG-ACGTGC----A-------TTT-G-C----A--TTGT--A-A-C-G-----------T--C-T---TA---TGG----T-A-C-G--AA----GTAC-AC-AT--------AAGT--ACA-TT-TAT-G-TA---C--A---A-CT--CTATTTTT
gi|22547                      :                                   T-CT-CCCCC--A-CGA-T----AT-G-A-C-GTTT-C--A-----A--C--AATAGAATT-A--------T-------A--CTAA--T--CTG-ACGC-C----A-C---T-TTT-G-CATTAA--TTGT--A-AGC-G-----------TTAC-A---GA---TGC----C-G-CTG--AA----GAGC-AC-TG--------GAGTTAGCATTT-TT--G-TA---C--AGT-AGCT--CGATT
gi|22548                      :                                   T-TT-TCCCA--G-CGA-T----GC-A-A-CTG-TA-AG-A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-G-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--CA----GTGC-AC-AG--------AGGT--ACA-TT-TA----TA---TTGAGC-A-CTG-TGAT
gi|22549                      :                                    -TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--CGAT--T--A-G-ATGG-C----A-C---T-TTT---C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--CAA---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC--C-TG---------AGT--TTA-TT-TA--G--A---T--AGC-A-CTG-CGATTTTT
gi|22550                      :                                    -TT-TCCCT--T-CGA-T----AC-G-A-C-C-AT-T--G-----T--C--T-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--ATGT--G-A-C-G-----------T--C-ATATGA---TGT----C-G-------A----GTGT-AC-T------------T--ACA-TG-TAT-G-TA---C--
gi|22551                      :                                      T-TCCCT--A-CGAAT----AT-G-AAC-G-TTTC--A-----A--C--G-------A-A--------T-------A--C-AT--TCTATG-ACG--C----A-A---T-TTT-GTC----A--TTGT--GAA-C-G-----------T--C-A---GA----GC----T-G-C-
gi|22552                      :                                       -TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------C--C-A---GA---TGC----T-G-T-A--AA----GAGC-AA-AG--------GGGT--ACC-TT-TA--G-TA---C--AGT-G-CTG-CGATTT
gi|22553                      :                                             --A-TGA-T----AT-T-A-A-G-TA-C--GGC---A--C--G-------T-A--------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22554                      :                                             --A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-CTAA-----A--CC-G-------T-A--------TTAGCCTTA--T-ATAAT--ACG-AAG--CTGCGACA---T-TTT-GAC----A--TTGT----A-C-GATATTTCTTATT--C-A---GA---TGCATGCC-G-C-G--AA----GAGC-AC-TG--------GAGA--ACA-TT-TA--G-TA---T--A
gi|22555                      :                                             --A-TGA-T----AG-T-A-C-G-TC----------A--C--G-------T-AA-------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22556                      :                                                                            -----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-C-T-G--AC----AAGT-AC-TG--------GGGT--ACA-TT-TA--G-TG---C--AAC-G-CTG-CGATCCTT
gi|22557                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22558                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-T-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22559                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------TCAC-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22560                      :                                                                                                           -------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--AA----GTGC-AC-AG--------AGAT--ACA-TTATA--T-T----C--AAC-A-CTG-TGATTGTT
gi|22561                      :                                                                                                                        T--C--ATG-ACG--T----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-A-----------C--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--GA----GTGC-AC-AG--------AGGT--ACA----CA--A-TATT-C--AAC-A-CTG-TGATTGTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111111   1111111111111111                                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                    1  1     22 1   1 3333  1 1 3 3 1  9999999999 22 1111111111 1 0000000000000000 55 2  22 11   1   44 4444 88888 6   99999999 55    11 1 3 1 55555555555 33 1 6666 222   2222 1 1 1 88  2222 1  2  1  55555555   22   1  3  55 1  77 22  1  1   66        
lowQualScore                  :                                    .  .     .. .   . ....  . . . . .  .......... .. .......... . ................ .. .  .. ..   .   .. .... ..... .   ........ ..    .. . . . ........... .. . .... ...   .... . . . ..  .... .  .  .  ........   ..   .  .  .. .  .. ..  .  .   ..        
lowQualScore                  :                                    9  7     11 5   5 3333  5 5 1 1 5  8888888888 00 1111111111 3 2222222222222222 22 5  99 77   2   11 2222 33333 1   11111111 33    77 2 6 2 88888888888 33 2 2222 111   6666 2 2 2 66  7777 4  5  1  44444444   00   5  3  66 7  22 44  9  9   44        
consensus                     :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT
Reference ( family-581 )      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT
gi|22529                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--A--TTG-ACG--C----A-A---T-TTT-A-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGT--ACA--T-TA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22530                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C----------C-A--------TA------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGT--A-A-TT-TA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22531                      :                                 CAT-TT-TTCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTTAG-C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACATG--------AGT--ACA-TTGTA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22532                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-AATAC--------AGT--AGA-TT-TA--G-TA--G--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22533                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-ATT-A-C----A---TGT----A-C-G-----------T--C-A----A---T------C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------A-T--ACA--T-TA--G-TA--C--AG-TA-CTGC-CGATTTTT
gi|22534                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-T-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----T-G-T-G--AG----GAGC-ACTGGACTACTATATT--ACA-TT-TA--A-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22535                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--GAACAGTGT-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACC--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-ACTGG--------AAT--ACA-TT-TA--G-TATGT--AG-TA-CAG--CGATTTTT
gi|22536                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-AA-------T-------C--A-AT--T--A-G-CCG--C----A-A---T-TTTTG-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTAC--------AGT--ACA-T
gi|22537                      :                                 CAT-TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ATG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-CCTGA--------GTT--ATA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTTcctaactac
gi|22538                      :                                 CAT-TTATTCCTCAA-CGA-T----ATAG-A-C-G-TT-C--ATAATCA--C--G-------T-A--------A-------A--C-ATC-T--ATG-ACG--C----A-----T-TTT-A-C----AATTTGT--G-A-CTG-----------T--C-A---AAGAATGC----CTG-C-G--AA----GAGCTACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--GTTA--C--AGTCA-CTG--CG
gi|22539                      :                                 CATATT-CCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-CT-A--T-----A--C--G-------T-A--------T-------A--T-AT--C--ATG-AAT--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--T-A---GA---TGT----T-G---G--AAAAGGGGGC-ACTAA--------AGT--ACA-TT-TA--G-TG--C--AG-CA-CTG--TAATTT
gi|22540                      :                                 CGT-TT-TCCCT--A-C-A-T----AT-G-A-C-G-TTTC--A-----A--C--T-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATT-ACT--C----C-AGCTT-TTT-G-C----A--TTGTTCG-A-A-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA------GC-ATCAT--------A-C--ACA-TT-TA--A-TA--T--AC-CA-TTACTCAATTTT
gi|22541                      :                                 CAG-TT-CCCCT--AGCTA-T----AT-G-AGC-G-TT-C--A-----A--C--G-------TGA--------G-------A--C--T--G--ATGGACG--C----A--------TT-A-C----AA-TTGT----A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-GAC-G---A----GAGC-ACTGG--------AGT--A
gi|22542                      :                                 CAT-TT-TCCCC--G-CGA-TGCAAAT-GTA-A-G-------A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-----C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----C-G-C-G--AA----GTGC-ACAGA--------GGT--GCA-TT-GA----TATTC--AG-CA-CTG--
gi|22543                      :                                                                                        -------T-G--------T-------A--T-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-A--AA----GTGC-ACAGA--------AGA--ACA-TT-TA--
gi|22544                      : catttcctccgcaatgtacaacagtaaaaatcCAT-TT-TCCCC--A-CAA-A----AC-A-A-CTA-TA-C--A-----AAAC----------T-G--------T-------A--T-GT--T--ATG-ACG--C----C-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TT---TGG----C-C-A-G--GA----GTGC-ATTTA--------GGT--AT--TT-TATTA-TA--C--AG-CC-CTGT-CAATATTTtattcaatattgtaat
gi|22545                      :                                 CAT-TT-TCCC---G-CAA-A----AT-G--------T-C--A-----A--CTGG-------T-AAGAATCCGT-------A--C-GT--C--ATG-ACG--TTA--A-A---C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-G-G--AA----GTGCAAC--G--------AGT--GCA-T
gi|22546                      :                                  AT-TT-TCCC---A-CGA-T----AC---------------------A--T--G-------T-A--------T-------GTTC-CT--T--GTG-ACGTGC----A-------TTT-G-C----A--TTGT--A-A-C-G-----------T--C-T---TA---TGG----T-A-C-G--AA----GTAC-ACATA--------AGT--ACA-TT-TAT-G-TA--C--AA-CT-CT-----ATTTTT
gi|22547                      :                                   T-CT-CCCCC--A-CGA-T----AT-G-A-C-GTTT-C--A-----A--C--AATAGAATT-A--------T-------A--CTAA--T--CTG-ACGC-C----A-C---T-TTT-G-CATTAA--TTGT--A-AGC-G-----------TTAC-A---GA---TGC----C-G-CTG--AA----GAGC-ACTGG--------AGTTAGCATTT-TT--G-TA--C--AG-TAGCT---CGATT
gi|22548                      :                                   T-TT-TCCCA--G-CGA-T----GC-A-A-CTG-TA-AG-A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-G-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--CA----GTGC-ACAGA--------GGT--ACA-TT-TA----TA--TTGAG-CA-CTG--TGAT
gi|22549                      :                                    -TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--CGAT--T--A-G-ATGG-C----A-C---T-TTT---C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--CAA---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC--CT-G--------AGT--TTA-TT-TA--G--A--T--AG-CA-CTG--CGATTTTT
gi|22550                      :                                    -TT-TCCCT--T-CGA-T----AC-G-A-C-C-AT-T--G-----T--C--T-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--ATGT--G-A-C-G-----------T--C-ATATGA---TGT----C-G-------A----GTGT-ACT------------T--ACA-TG-TAT-G-TA--C--
gi|22551                      :                                      T-TCCCT--A-CGAAT----AT-G-AAC-G-TTTC--A-----A--C--G-------A-A--------T-------A--C-AT--TCTATG-ACG--C----A-A---T-TTT-GTC----A--TTGT--GAA-C-G-----------T--C-A---GA----GC----T-G-C-
gi|22552                      :                                       -TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------C--C-A---GA---TGC----T-G-T-A--AA----GAGC-AAAGG--------GGT--ACC-TT-TA--G-TA--C--AG-TG-CTG--CGATTT
gi|22553                      :                                             --A-TGA-T----AT-T-A-A-G-TA-C--GGC---A--C--G-------T-A--------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22554                      :                                             --A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-CTAA-----A--CC-G-------T-A--------TTAGCCTTA--T-ATAAT--ACG-AAG--CTGCGACA---T-TTT-GAC----A--TTGT----A-C-GATATTTCTTATT--C-A---GA---TGCATGCC-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGA--ACA-TT-TA--G-TA--T--A
gi|22555                      :                                             --A-TGA-T----AG-T-A-C-G-TC----------A--C--G-------T-AA-------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22556                      :                                                                            -----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-C-T-G--AC----AAGT-ACTGG--------GGT--ACA-TT-TA--G-TG--C--AA-CG-CTG--CGATCCTT
gi|22557                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22558                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-T-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22559                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------TCAC-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22560                      :                                                                                                           -------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--AA----GTGC-ACAGA--------GAT--ACA-TTATA--T-T---C--AA-CA-CTG--TGATTGTT
gi|22561                      :                                                                                                                        T--C--ATG-ACG--T----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-A-----------C--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--GA----GTGC-ACAGA--------GGT--ACA----CA--A-TATTC--AA-CA-CTG--TGATTGTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111111   1111111111111111                                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                    1  1     22 1   1 3333  1 1 3 3 1  9999999999 22 1111111111 1 0000000000000000 55 2  22 11   1   44 4444 88888 6   99999999 55    11 1 3 1 55555555555 33 1 6666 222   2222 1 1 1 88  2222 1  2  1  55555555   22   1  3  55 1  77 22  1  1   66        
lowQualScore                  :                                    .  .     .. .   . ....  . . . . .  .......... .. .......... . ................ .. .  .. ..   .   .. .... ..... .   ........ ..    .. . . . ........... .. . .... ...   .... . . . ..  .... .  .  .  ........   ..   .  .  .. .  .. ..  .  .   ..        
lowQualScore                  :                                    9  7     11 5   5 3333  5 5 1 1 5  8888888888 00 1111111111 3 2222222222222222 22 5  99 77   2   11 2222 33333 1   11111111 33    77 2 6 2 88888888888 33 2 2222 111   6666 2 2 2 66  7777 4  5  1  44444444   00   5  3  66 7  22 44  9  9   44        
consensus                     :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT
Reference ( family-581 )      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT
gi|22529                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--A--TTG-ACG--C----A-A---T-TTT-A-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGT--ACA--T-TA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22530                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C----------C-A--------TA------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGT--A-A-TT-TA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22531                      :                                 CAT-TT-TTCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTTAG-C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACATG--------AGT--ACA-TTGTA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22532                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-AATAC--------AGT--AGA-TT-TA--G-TA--G--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22533                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-ATT-A-C----A---TGT----A-C-G-----------T--C-A----A---T------C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------A-T--ACA--T-TA--G-TA--C--AG-TA-CTGC-CGATTTTT
gi|22534                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-T-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----T-G-T-G--AG----GAGC-ACTGGACTACTATATT--ACA-TT-TA--A-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22535                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--GAACAGTGT-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACC--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-ACTGG--------AAT--ACA-TT-TA--G-TATGT--AG-TA-CAG--CGATTTTT
gi|22536                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-AA-------T-------C--A-AT--T--A-G-CCG--C----A-A---T-TTTTG-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTAC--------AGT--ACA-T
gi|22537                      :                                 CAT-TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ATG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-CCTGA--------GTT--ATA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTTcctaactac
gi|22538                      :                                 CAT-TTATTCCTCAA-CGA-T----ATAG-A-C-G-TT-C--ATAATCA--C--G-------T-A--------A-------A--C-ATC-T--ATG-ACG--C----A-----T-TTT-A-C----AATTTGT--G-A-CTG-----------T--C-A---AAGAATGC----CTG-C-G--AA----GAGCTACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--GTTA--C--AGTCA-CTG--CG
gi|22539                      :                                 CATATT-CCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-CT-A--T-----A--C--G-------T-A--------T-------A--T-AT--C--ATG-AAT--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--T-A---GA---TGT----T-G---G--AAAAGGGGGC-ACTAA--------AGT--ACA-TT-TA--G-TG--C--AG-CA-CTG--TAATTT
gi|22540                      :                                 CGT-TT-TCCCT--A-C-A-T----AT-G-A-C-G-TTTC--A-----A--C--T-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATT-ACT--C----C-AGCTT-TTT-G-C----A--TTGTTCG-A-A-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA------GC-ATCAT--------A-C--ACA-TT-TA--A-TA--T--AC-CA-TTACTCAATTTT
gi|22541                      :                                 CAG-TT-CCCCT--AGCTA-T----AT-G-AGC-G-TT-C--A-----A--C--G-------TGA--------G-------A--C--T--G--ATGGACG--C----A--------TT-A-C----AA-TTGT----A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-GAC-G---A----GAGC-ACTGG--------AGT--A
gi|22542                      :                                 CAT-TT-TCCCC--G-CGA-TGCAAAT-GTA-A-G-------A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-----C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----C-G-C-G--AA----GTGC-ACAGA--------GGT--GCA-TT-GA----TATTC--AG-CA-CTG--
gi|22543                      :                                                                                        -------T-G--------T-------A--T-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-A--AA----GTGC-ACAGA--------AGA--ACA-TT-TA--
gi|22544                      : catttcctccgcaatgtacaacagtaaaaatcCAT-TT-TCCCC--A-CAA-A----AC-A-A-CTA-TA-C--A-----AAAC----------T-G--------T-------A--T-GT--T--ATG-ACG--C----C-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TT---TGG----C-C-A-G--GA----GTGC-ATTTA--------GGT--AT--TT-TATTA-TA--C--AG-CC-CTGT-CAATATTTtattcaatattgtaat
gi|22545                      :                                 CAT-TT-TCCC---G-CAA-A----AT-G--------T-C--A-----A--CTGG-------T-AAGAATCCGT-------A--C-GT--C--ATG-ACG--TTA--A-A---C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-G-G--AA----GTGCAAC--G--------AGT--GCA-T
gi|22546                      :                                  AT-TT-TCCC---A-CGA-T----AC---------------------A--T--G-------T-A--------T-------GTTC-CT--T--GTG-ACGTGC----A-------TTT-G-C----A--TTGT--A-A-C-G-----------T--C-T---TA---TGG----T-A-C-G--AA----GTAC-ACATA--------AGT--ACA-TT-TAT-G-TA--C--AA-CT-CT-----ATTTTT
gi|22547                      :                                   T-CT-CCCCC--A-CGA-T----AT-G-A-C-GTTT-C--A-----A--C--AATAGAATT-A--------T-------A--CTAA--T--CTG-ACGC-C----A-C---T-TTT-G-CATTAA--TTGT--A-AGC-G-----------TTAC-A---GA---TGC----C-G-CTG--AA----GAGC-ACTGG--------AGTTAGCATTT-TT--G-TA--C--AG-TAGCT---CGATT
gi|22548                      :                                   T-TT-TCCCA--G-CGA-T----GC-A-A-CTG-TA-AG-A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-G-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--CA----GTGC-ACAGA--------GGT--ACA-TT-TA----TA--TTGAG-CA-CTG--TGAT
gi|22549                      :                                    -TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--CGAT--T--A-G-ATGG-C----A-C---T-TTT---C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--CAA---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC--CT-G--------AGT--TTA-TT-TA--G--A--T--AG-CA-CTG--CGATTTTT
gi|22550                      :                                    -TT-TCCCT--T-CGA-T----AC-G-A-C-C-AT-T--G-----T--C--T-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--ATGT--G-A-C-G-----------T--C-ATATGA---TGT----C-G-------A----GTGT-ACT------------T--ACA-TG-TAT-G-TA--C--
gi|22551                      :                                      T-TCCCT--A-CGAAT----AT-G-AAC-G-TTTC--A-----A--C--G-------A-A--------T-------A--C-AT--TCTATG-ACG--C----A-A---T-TTT-GTC----A--TTGT--GAA-C-G-----------T--C-A---GA----GC----T-G-C-
gi|22552                      :                                       -TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------C--C-A---GA---TGC----T-G-T-A--AA----GAGC-AAAGG--------GGT--ACC-TT-TA--G-TA--C--AG-TG-CTG--CGATTT
gi|22553                      :                                             --A-TGA-T----AT-T-A-A-G-TA-C--GGC---A--C--G-------T-A--------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22554                      :                                             --A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-CTAA-----A--CC-G-------T-A--------TTAGCCTTA--T-ATAAT--ACG-AAG--CTGCGACA---T-TTT-GAC----A--TTGT----A-C-GATATTTCTTATT--C-A---GA---TGCATGCC-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGA--ACA-TT-TA--G-TA--T--A
gi|22555                      :                                             --A-TGA-T----AG-T-A-C-G-TC----------A--C--G-------T-AA-------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22556                      :                                                                            -----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-C-T-G--AC----AAGT-ACTGG--------GGT--ACA-TT-TA--G-TG--C--AA-CG-CTG--CGATCCTT
gi|22557                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22558                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-T-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22559                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------TCAC-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22560                      :                                                                                                           -------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--AA----GTGC-ACAGA--------GAT--ACA-TTATA--T-T---C--AA-CA-CTG--TGATTGTT
gi|22561                      :                                                                                                                        T--C--ATG-ACG--T----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-A-----------C--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--GA----GTGC-ACAGA--------GGT--ACA----CA--A-TATTC--AA-CA-CTG--TGATTGTT


blockSeqs                     :                                    A  A     CA G   A GCAA  A T G T T  CATAATC    AA GAACAGTG   G AGAATCCGT        TT T  AA CT   G   TG TGCG AGCT  A   GCATTA   AT    TC A C T ATATTTCTTAT TA A TATG GAA   ATGC T A T CC  AAGG A  T  T  ACTACTAT   TA   T  G  TT T  TG TG  T  G   CT
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . A T .  CGGC       .  AATAGAAT   . TTAGCCTT         AA G  C  .    .   C  TA   CA    A   AGC      A     .  . G . .           CA . CA   .     .    . . . CC  .    A  A  A  .          .    .  A  T  .  TT .   .  .   C 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CTAA       .  TGG        . TA               AA .  .  .    .   G  .    A     A   TGC      A     .  . C . .           .  . CA   .     .    . . . CC  .    A  .  T  .          .    .  .  T  .  TT .   .  .   T 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  TCA        .  CG         . AT               .  .  .  .    .   .  .    A     A   GTC      A     .  . . . .           .  . CA   .     .    . . . CC  .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  AGA        .  G          . AT               .  .  .  .    .   .  .    A     A   GAC      .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . CC  .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  TCA        .  G          . A                .  .  .  .    .   .  .    A     .   GC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   GC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  G          . A                .  .  .  .    .   .  .    C     .   AC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   TC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  A          . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   TC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    G  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  AA         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   TC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  C  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  AA         .  G          . A                .  .  .  .    .   .  .    C     .   AC       .     .  . . . .           .  . A    .     .    . . . .   .    T  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  T          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   TC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    T  .  A  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  AG         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   GC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    T  .  A  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  AT         .  C          . G                .  .  .  .    .   .  .    C     .   AC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    T  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   GC       .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    T  .  A  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  C          . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   CA       .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  A          . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   TC       .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    T  .  A  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  CA         .  T          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   GC       .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    A  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                    .  .     .  .   . .     . . . . .  AG         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   GC       .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    T  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .   .  .   . 
blockSeqs                     :                                       .     .  .   . .     . . . . .  TG         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   CA       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  A  .          .    .  .  .  .  .  .            
blockSeqs                     :                                       .     .  .   . .     . . . . .  AA         .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   TC       .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    C  .  T  .          .    .  .  .  .  .  .            
blockSeqs                     :                                             .  .   . .     . . . . .  A          .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   TC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  T  .          .    .  .  .                     
blockSeqs                     :                                             .  .   . .     . . . . .  .          .  G          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   TC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    C  .  A  .          .    .                           
blockSeqs                     :                                             .  .   . .     . . . . .  .          .  .          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   TC       .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    A  .  A  .          .    .                           
blockSeqs                     :                                                                                  .  .          . T                .  .  .  .    .   .  .    A     .   TC       .     .  . . . .           .  . A    .     .    . . . .   .    C  .  .  .          .                                
blockSeqs                     :                                                                                                . T                .  .  .  .    .   .  .    C     .   C        .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    C  .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                . A                .  .  .  .    .   .  .    A     .   G        .     .  . . . .           .  . G    .     .    . . . .   .    C  .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                . A                .  .  .  .    .   .  .    .     .   G        .     .  . . . .           .  . A    .     .    . . . .   .    T  .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                . A                .  .  .  .    .   .  .    .     .   G        .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    T  .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                   .  .  .  .    .   .  .    .     .   G        .     .  . . . .           .  . T    .     .    . . . .   .    .  .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                         .  .    .   .  .    .     .   G        .     .  . . . .           .  . .    .     .    . . .                                                               


blockSeqCons                  :                                 
originalCons                  :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT
finalCons                     :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111111   1111111111111111                                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                    1  1     22 1   1 3333  1 1 3 3 1  9999999999 22 1111111111 1 0000000000000000 55 2  22 11   1   44 4444 88888 6   99999999 55    11 1 3 1 55555555555 33 1 6666 222   2222 1 1 1 88  2222 1  2  1  55555555   22   1  3  55 1  77 22  1  1   66        
lowQualScore                  :                                    .  .     .. .   . ....  . . . . .  .......... .. .......... . ................ .. .  .. ..   .   .. .... ..... .   ........ ..    .. . . . ........... .. . .... ...   .... . . . ..  .... .  .  .  ........   ..   .  .  .. .  .. ..  .  .   ..        
lowQualScore                  :                                    9  7     11 5   5 3333  5 5 1 1 5  8888888888 00 1111111111 3 2222222222222222 22 5  99 77   2   11 2222 33333 1   11111111 33    77 2 6 2 88888888888 33 2 2222 111   6666 2 2 2 66  7777 4  5  1  44444444   00   5  3  66 7  22 44  9  9   44        
consensus                     :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT
Reference ( family-581 )      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GNGC-ACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTT
gi|22529                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--A--TTG-ACG--C----A-A---T-TTT-A-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGT--ACA--T-TA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22530                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C----------C-A--------TA------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGT--A-A-TT-TA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22531                      :                                 CAT-TT-TTCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTTAG-C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-ACATG--------AGT--ACA-TTGTA--G-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22532                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-G-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA----GAGC-AATAC--------AGT--AGA-TT-TA--G-TA--G--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22533                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-A--------A-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-A---T-ATT-A-C----A---TGT----A-C-G-----------T--C-A----A---T------C-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------A-T--ACA--T-TA--G-TA--C--AG-TA-CTGC-CGATTTTT
gi|22534                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-T-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ACG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----T-G-T-G--AG----GAGC-ACTGGACTACTATATT--ACA-TT-TA--A-TA--C--AG-TA-CTG--CGATTTTT
gi|22535                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--GAACAGTGT-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACC--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-ACTGG--------AAT--ACA-TT-TA--G-TATGT--AG-TA-CAG--CGATTTTT
gi|22536                      :                                 CAT-TT-TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-C--A-----A--C--G-------T-AA-------T-------C--A-AT--T--A-G-CCG--C----A-A---T-TTTTG-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGT----C-G-C-G--AA----GAGC-ACTAC--------AGT--ACA-T
gi|22537                      :                                 CAT-TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--C-AT--T--ATG-ATG--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC-CCTGA--------GTT--ATA-TT-TA--G-TA--C--AG-CA-CTG--CGATTTTTcctaactac
gi|22538                      :                                 CAT-TTATTCCTCAA-CGA-T----ATAG-A-C-G-TT-C--ATAATCA--C--G-------T-A--------A-------A--C-ATC-T--ATG-ACG--C----A-----T-TTT-A-C----AATTTGT--G-A-CTG-----------T--C-A---AAGAATGC----CTG-C-G--AA----GAGCTACTGG--------AGT--ACA-TT-TA--GTTA--C--AGTCA-CTG--CG
gi|22539                      :                                 CATATT-CCCCT--A-CGA-T----AC-G-A-C-G-CT-A--T-----A--C--G-------T-A--------T-------A--T-AT--C--ATG-AAT--C----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--T-A---GA---TGT----T-G---G--AAAAGGGGGC-ACTAA--------AGT--ACA-TT-TA--G-TG--C--AG-CA-CTG--TAATTT
gi|22540                      :                                 CGT-TT-TCCCT--A-C-A-T----AT-G-A-C-G-TTTC--A-----A--C--T-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATT-ACT--C----C-AGCTT-TTT-G-C----A--TTGTTCG-A-A-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-G-C-G--AA------GC-ATCAT--------A-C--ACA-TT-TA--A-TA--T--AC-CA-TTACTCAATTTT
gi|22541                      :                                 CAG-TT-CCCCT--AGCTA-T----AT-G-AGC-G-TT-C--A-----A--C--G-------TGA--------G-------A--C--T--G--ATGGACG--C----A--------TT-A-C----AA-TTGT----A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----C-GAC-G---A----GAGC-ACTGG--------AGT--A
gi|22542                      :                                 CAT-TT-TCCCC--G-CGA-TGCAAAT-GTA-A-G-------A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-----C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----C-G-C-G--AA----GTGC-ACAGA--------GGT--GCA-TT-GA----TATTC--AG-CA-CTG--
gi|22543                      :                                                                                        -------T-G--------T-------A--T-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-A--AA----GTGC-ACAGA--------AGA--ACA-TT-TA--
gi|22544                      : catttcctccgcaatgtacaacagtaaaaatcCAT-TT-TCCCC--A-CAA-A----AC-A-A-CTA-TA-C--A-----AAAC----------T-G--------T-------A--T-GT--T--ATG-ACG--C----C-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TT---TGG----C-C-A-G--GA----GTGC-ATTTA--------GGT--AT--TT-TATTA-TA--C--AG-CC-CTGT-CAATATTTtattcaatattgtaat
gi|22545                      :                                 CAT-TT-TCCC---G-CAA-A----AT-G--------T-C--A-----A--CTGG-------T-AAGAATCCGT-------A--C-GT--C--ATG-ACG--TTA--A-A---C-TTT-G-C----AA-TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-G-G--AA----GTGCAAC--G--------AGT--GCA-T
gi|22546                      :                                  AT-TT-TCCC---A-CGA-T----AC---------------------A--T--G-------T-A--------T-------GTTC-CT--T--GTG-ACGTGC----A-------TTT-G-C----A--TTGT--A-A-C-G-----------T--C-T---TA---TGG----T-A-C-G--AA----GTAC-ACATA--------AGT--ACA-TT-TAT-G-TA--C--AA-CT-CT-----ATTTTT
gi|22547                      :                                   T-CT-CCCCC--A-CGA-T----AT-G-A-C-GTTT-C--A-----A--C--AATAGAATT-A--------T-------A--CTAA--T--CTG-ACGC-C----A-C---T-TTT-G-CATTAA--TTGT--A-AGC-G-----------TTAC-A---GA---TGC----C-G-CTG--AA----GAGC-ACTGG--------AGTTAGCATTT-TT--G-TA--C--AG-TAGCT---CGATT
gi|22548                      :                                   T-TT-TCCCA--G-CGA-T----GC-A-A-CTG-TA-AG-A-----A--C--C-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-C-A----A--TTGT--G-G-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--CA----GTGC-ACAGA--------GGT--ACA-TT-TA----TA--TTGAG-CA-CTG--TGAT
gi|22549                      :                                    -TT-TCCTT--T-TGA-A----AT-G-A-C-G-TT-A--G-----A--C--A-------T-A--------T-------A--CGAT--T--A-G-ATGG-C----A-C---T-TTT---C----A--TTGT--G-ACC-G-----------T--CAA---GA---TGC----T-G-T-G--AA----GAGC--CT-G--------AGT--TTA-TT-TA--G--A--T--AG-CA-CTG--CGATTTTT
gi|22550                      :                                    -TT-TCCCT--T-CGA-T----AC-G-A-C-C-AT-T--G-----T--C--T-------T-G--------T-------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--ATGT--G-A-C-G-----------T--C-ATATGA---TGT----C-G-------A----GTGT-ACT------------T--ACA-TG-TAT-G-TA--C--
gi|22551                      :                                      T-TCCCT--A-CGAAT----AT-G-AAC-G-TTTC--A-----A--C--G-------A-A--------T-------A--C-AT--TCTATG-ACG--C----A-A---T-TTT-GTC----A--TTGT--GAA-C-G-----------T--C-A---GA----GC----T-G-C-
gi|22552                      :                                       -TCCCT--A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-A--A-----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------C--C-A---GA---TGC----T-G-T-A--AA----GAGC-AAAGG--------GGT--ACC-TT-TA--G-TA--C--AG-TG-CTG--CGATTT
gi|22553                      :                                             --A-TGA-T----AT-T-A-A-G-TA-C--GGC---A--C--G-------T-A--------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22554                      :                                             --A-CGA-T----AT-G-A-C-G-TT-CTAA-----A--CC-G-------T-A--------TTAGCCTTA--T-ATAAT--ACG-AAG--CTGCGACA---T-TTT-GAC----A--TTGT----A-C-GATATTTCTTATT--C-A---GA---TGCATGCC-G-C-G--AA----GAGC-ACTGG--------AGA--ACA-TT-TA--G-TA--T--A
gi|22555                      :                                             --A-TGA-T----AG-T-A-C-G-TC----------A--C--G-------T-AA-------T-------AAAC-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22556                      :                                                                            -----A--C--G-------T-A--------T-------A--C-AT--C--ATG-ACG--C----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---GA---TGC----T-C-T-G--AC----AAGT-ACTGG--------GGT--ACA-TT-TA--G-TG--C--AA-CG-CTG--CGATCCTT
gi|22557                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22558                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--C----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-T-G-----------T--C-AC--AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22559                      :                                                                                        -------T-A--------A-------A--C-AC--T--ATG-ACG--T----A-A---TATTT-G------A--TTGT--G-A-C-G-----------TCAC-A---AA---TGC----C-A-C-GCCAA----GCGC-A
gi|22560                      :                                                                                                           -------A--C-GT--C--ATG-ACG--T----A-C---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-G-----------T--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--AA----GTGC-ACAGA--------GAT--ACA-TTATA--T-T---C--AA-CA-CTG--TGATTGTT
gi|22561                      :                                                                                                                        T--C--ATG-ACG--T----A-A---T-TTT-T-C----A--TTGT--G-A-C-A-----------C--C-A---TA---TGG----T-G-C-G--GA----GTGC-ACAGA--------GGT--ACA----CA--A-TATTC--AA-CA-CTG--TGATTGTT