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Reference ( gi|27799 )        :  TTTTTATGTTTTCACTTT---TGTT-A-AACATCTCATTCGCT-AA-TAT---TTTGTATTTCCT------GTA--T----TTAC-AT---ATTTGAAGAG-AAGCCGCTTTT-AATACAT----TT--AA-TCA-TC------TT--C--C--CCA-CTGAC-GG--T-AGT--TC-CACT---C----T--GTCCCAC--C--TCG-GCA--T-TT-----AAAGTTC-C-ACTAAA-CGCA-CCTCCTAC
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Alignments
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lowQualScore                  :                       ..  .. ..  ..           . . ..   ...        ...        .... .   .        .    .           .       ....  ..  .   .  ......  .. .. ..   .     .. ..    ..      ... .... ..       .....    ...  ..  ....        . .      .    .        
lowQualScore                  :                       33  88 77  11           8 5 44   777        777        1111 5   0        5    0           4       9999  99  1   4  000000  99 99 99   4     11 99    99      222 4444 77       33333    444  88  9999        4 4      4    5        
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Reference ( family-579 )      :     TTTTTATGTTTTCACTTT-CGTT-A--AA--CATTTCTTTCGCT-AG-TAT---TTTGTATT---TCCTACAT----T-TAC-ATATTTAA-AGAG-AAGCCGCTTTT-AATACAT----TT--AA-TCA-TC------TT--C--C--CCA-CTGAC-GG--TAGG--TCCACT---C----T--GTCCCAC--C--TCGG---CA--TT----CAAAGTTC-C-ACTAAA-TGCA-CCTCCTAC
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lowQualScore                  :                       33  88 77  11           8 5 44   777        777        1111 5   0        5    0           4       9999  99  1   4  000000  99 99 99   4     11 99    99      222 4444 77       33333    444  88  9999        4 4      4    5        
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gi|27808                      :      TTTTATGTTTTCATTTTACG-A-A--AA--CATGTCTTTTGAA-AG-TAT---TTGACATT---TCCTACAT----T-TGC-ATCTTTAA-ACAG-AAGCTGCGTTT-TATAT-T----TT--CA-TCA-TT------TT--C--C--TTA-CTGAC-TG--TAGG--TACACT---C----G--GCCCTA-------AGG---CA--GT----CCAAGTAG-C-ACTATA-TGCA-CCTCCTA
gi|27809                      :      TTTTATGTTTCCACTGT-AGTTTA--AA--CATTTCTTTCGAT-AGGTAT---TGTGCATT---TCGTACCT----T-TAC-AGATTTAA-ACCG-TAACCG-TTTT-AATACAT----TT--TA-TTG-CC------TT--C--C--TCA-ATG-------TAGG--TCCACTAGTC----TATGTCCCAC--T--AAGA---CA--TT----GATAGTTG-C-ACTAAA-TACA-CCTCCTAC
gi|27810                      :       TTTA-GTTTCCACTTT-GGTA-A--AA--CATTTCTTTTAAA-AG-TAA---TATGTATT---TCCTACAT----T-TAC-ATATTTAA-ACAG-AAGCTGCTTTT-AATACAT----TT---A-TCG-TC------TT--C--C--TCA-TTGAC-TG--TATG--TCCATT---C----T--TTCCCAT--T---------CA--AG----CAAAGTTC-C-ACTAAA-TACA-CCTCCTAC
gi|27811                      :        TTATGTTTCCACATT-TGTA-G--AA--CACTATTTTCGGT-AT-TAT---TTTGTATT---TC-TACAT----T-TAT-ATATTTAA-AGAG-ATGCCGCTTTG-AATACAG----TT--AA-TCA-TC------TT-----C--ACA-TTAAC-CG--CAGG--TATACT---C----T--GTCCGTC--T--TCGG---CA--TT----CAAAGCTC-C-AC
gi|27812                      :        TTATGTTTTTACTTT---TT-A--AAAACGTTTCTTTCGTT-AT-TAT---TTTGTATT---TCCTACATCATGT-TAT-ATAT--AA-AGAG-AAACCGCTTTT-AATACTT----TT--AA-TAA-TC------TC--C--C--CCA-CTGAC-GG--CAGG--TCCACT---C----T--GTC
gi|27813                      :         TATGTTTTCACTTT-CGTA-A--AA--CATTTCTTTTGCT-TG-TAT---TTAGTATT---TC-------------------TTTAA-AAGG-AATCTGATTTT-ATTACAT----TT--AA-TCA-TC------TC--C--C--TCA-CTGAC-GG--TAGG--TCCACT---C----T--GTTCCTA--T--GCAG---CA--TT----TAAAGTAC-C-ATAAAA-TGCA-CCTCCTACta
gi|27814                      :             TTTTTACTTT-CGTT-A--AA--CATTTCTT-CACTGAA-TATGCTCTTGTATTACATAATACAG----TATAC-ATATTTAA-AAAG-AAGCCGCTTTT-AATACAG----TG--CA-TCA-TC------TT--T--C--CCA-CTGAA-TG--AAGG--TCCACT---C--------TCCCAC--T--CCGG---CA--TT----CAGAGTTA-G-ACTAAA-TGCA-TCTCCTAC
gi|27815                      :              TTTTACTTC-TGTA-A--AA--CATTTCT-------------------GTACT---TCCTACAT----T--AT-ATATTGAA-ACAG-AAGC-ACTTTT-AATAGGT----TT--A--TTG-CG------TT--C--A--TCA-GTGAC-TA--TAGA--TCCACT---C----T--GTCCCACGTA--TTGG---CA--TT----CAAAGATA-C-ACAAAA-GGTA-CCTGCTAC
gi|27816                      :                  ACTTT-CAAT-A--AT--CATTTCTGTCGCT-AA-TAT---TCTGTATG---TCCTGCAA----C-TAC-ATATTTAG-AGAG-AAGCCG-TTTT-AATGCAT----TT--AA-TCA-TC------TT--C--A--CCA-CTGAC-GT--AATG--TCCACT---C----T--GTCCCAC--C--TTGG---CT--TT----CAAAGTTC-C-ACTAAT-TACA-CCTCCTAC
gi|27817                      :                          TT-AG-AA--TAGTTCTTTTGAT-GG-TAT---TGTGAATT---TCCTTTAA----T-TAC-ATATTTAACAGAG---GCC-CTTTTAAACACATTTCATT--AA-TTA-TT------T-----------A-CTGAT-TG--TAAG--TCCGCT---C----T--GTCCCAA--C---------------------AAGTTC-C-ACTAAA-TG
gi|27818                      :                            -A--AG--CATTTTTTGGGGT-GG-TAT---TTTGTATT---TTTTGTAT----T-CAC-ATATTTAA-AGAG-AAGTCGCTTTT-TATACAT----TT--AA-TCA-TC------TT--C--C--CCG-CTGAC-TG--TAGG--TCAACC---C----T--GTCCCAC--T--TTGAACCTG--TTAGGCCAAAGTAC-C-ACGCAA-TACA-CCTTCTAC
gi|27819                      :                                                                          ACAT----T-T----CATTCAA-AAAG-AAGCAATTTTT-AACATAT----CT--AA-TCA-TC------TT--C--C--TCA-CTGAC-TG--TAGG--TCGACT---C----T--GTCCCAC--T--TCGG---CA--TT----TTAAGTTC-C-ACCAAA-TGCA-CCTCCTAC
gi|27820                      :                                                                                                       AACCGCTTTT-AATACAT----TT--AA-TCATTC------TTTAC--C--CCA-CCGAC-GG--TTGGAATCCACT---C----T--GTCTCGG--CAATCAG---CACTTC----CAAATTTCGC-TCTAAA-TGCATTCTCCTAC
gi|27821                      :                                                                                                                              T--AA-TTA-TC------TT--C--CTCCCA-CTGAC-TGCTTAGG--TCCACT---C---------------------GG---CA--TT----CAAAGTTT-C-ACTAAA-TACA-
gi|27822                      :                                                                                                                                                                                CACT---C----T--GTCCCAC--C--TCGA---CA--TT----CAAAGTTC-C-ACTAAA-TGCA-CCTTCCAC
gi|27823                      :                                                                                                                                                                         aagtttaCACT---C----T--GTCCCAC--C--TCGG---CA--AT----CAAATTTC-C-ACTAAA-TGCA-CCTCCTAC
gi|27824                      :                                                                                                                                                                                CACT---C----T--GTCCCAC--C--TCGG---CT--AT----CAAATTTC-C-ACTAAA-TGCA-CCTCCTAC
gi|27825                      :                                                                                                                                                                                 ATT---C----T--GTCCCAC--C--TTGG---CA--TT----CAAAGTTT-C-ACAAAA-TGCA-CCTCCTAC


blockSeqs                     :                       AC  TT TT  AA           C G GG   GCT        ACA        CATG A   A        C    C           A       TTCA  TA  T   T  TTCGAA  TA AT TC   A     AG CT    AA      AGT GGAA AT       GTA      ACC  AT  AGGC        G A      G    T
blockSeqs                     :                       C   T  G   .            C . A    .          .          .    .   .        .    C           .       AA    .   T   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   TG   .        CAA      .    CT  .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            A . A    .          .          .    .   .        .    .           .       AA    .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            C . T    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            C . A    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       T   T  .   .            T . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            C . A    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     A  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       T   T  .   .            C . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   A  .   .            C . A    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        A        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            C . A    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            A . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       A   A  .   .            C . A    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            G . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       T   A  .   .            A . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       A   A  .   .            A . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       G   A  .   .            A . T    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       T   A  .   .            G . T    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     C  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   T  .   .            T . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   A  .   .            C . A    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     G  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       T   T  .   .            C . A    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                       C   A  .   .            C . G    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
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blockSeqs                     :                       .   T  .   .            G . .    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        T        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                           .  .   .            . . .    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
blockSeqs                     :                              .   .            . . .    .          .          .    .   .        .    .           .       .     .   .   .  .       .  .  .    .     T  .     .       .   .    .        C        .    .   .           . .      .    .
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gi|27816                      :                  ACTTT-CAAT-A--AT--CATTTCTGTCGCT-AA-TAT---TCTGTATG---TCCTGCAA----C-TAC-ATATTTAG-AGAG-AAGCCG-TTTT-AATGCAT----TT--AA-TCA-TC------TT--C--A--CCA-CTGAC-GT--AATG--TCCACT---C----T--GTCCCAC--C--TTGG---CT--TT----CAAAGTTC-C-ACTAAT-TACA-CCTCCTAC
gi|27817                      :                          TT-AG-AA--TAGTTCTTTTGAT-GG-TAT---TGTGAATT---TCCTTTAA----T-TAC-ATATTTAACAGAG---GCC-CTTTTAAACACATTTCATT--AA-TTA-TT------T-----------A-CTGAT-TG--TAAG--TCCGCT---C----T--GTCCCAA--C---------------------AAGTTC-C-ACTAAA-TG
gi|27818                      :                            -A--AG--CATTTTTTGGGGT-GG-TAT---TTTGTATT---TTTTGTAT----T-CAC-ATATTTAA-AGAG-AAGTCGCTTTT-TATACAT----TT--AA-TCA-TC------TT--C--C--CCG-CTGAC-TG--TAGG--TCAACC---C----T--GTCCCAC--T--TTGAACCTG--TTAGGCCAAAGTAC-C-ACGCAA-TACA-CCTTCTAC
gi|27819                      :                                                                          ACAT----T-T----CATTCAA-AAAG-AAGCAATTTTT-AACATAT----CT--AA-TCA-TC------TT--C--C--TCA-CTGAC-TG--TAGG--TCGACT---C----T--GTCCCAC--T--TCGG---CA--TT----TTAAGTTC-C-ACCAAA-TGCA-CCTCCTAC
gi|27820                      :                                                                                                       AACCGCTTTT-AATACAT----TT--AA-TCATTC------TTTAC--C--CCA-CCGAC-GG--TTGGAATCCACT---C----T--GTCTCGG--CAATCAG---CACTTC----CAAATTTCGC-TCTAAA-TGCATTCTCCTAC
gi|27821                      :                                                                                                                              T--AA-TTA-TC------TT--C--CTCCCA-CTGAC-TGCTTAGG--TCCACT---C---------------------GG---CA--TT----CAAAGTTT-C-ACTAAA-TACA-
gi|27822                      :                                                                                                                                                                                CACT---C----T--GTCCCAC--C--TCGA---CA--TT----CAAAGTTC-C-ACTAAA-TGCA-CCTTCCAC
gi|27823                      :                                                                                                                                                                         aagtttaCACT---C----T--GTCCCAC--C--TCGG---CA--AT----CAAATTTC-C-ACTAAA-TGCA-CCTCCTAC
gi|27824                      :                                                                                                                                                                                CACT---C----T--GTCCCAC--C--TCGG---CT--AT----CAAATTTC-C-ACTAAA-TGCA-CCTCCTAC
gi|27825                      :                                                                                                                                                                                 ATT---C----T--GTCCCAC--C--TTGG---CA--TT----CAAAGTTT-C-ACAAAA-TGCA-CCTCCTAC