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Reference ( family-576 ) : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGCGT-CTCNGCACACAGACCC----CTAC-CGTT-----TG---ACG-CACAAC-TTN------TC--CCAATTT-----GG--GA-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TACA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
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gi|80931 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-T-CTGCCT-CTCCGCACACAGACCC----CTAC-CATT-----TG---ACG-CATAAC-TTA------TC--TCCATTT-----AG--GA-TA-ACCCA--TA-T----CCG-CA--A-TT-----ACAGCA----C-GG---C-CT-A-AT--TACA-----T-A-G-C--A--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA---TTT--A-A-AAATGA-ATTAATG--T--TGC--A-A--TG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-CA
gi|80932 : CTACC-CA-T---A-A-AG-C-T-CTGCAT-TTCCGCACACAGACCC----CTAC-CGTT-----TG---ACG-CACAAC-TTA------TC--CCCATTT-----GG--GA-TA-ATCCA--CA-T----CTG-CG--A-TT-----ACAGCACAGCC-GG---C-CT-A-ATTATACA-----T-A-G-C--A--CAA-TA--T--GTGC--A-CATAGAT----TT--AT----AA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TTAATCAATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--CA-T--G--CATAT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80933 : CTACCGCA-T---A-A-TG-C-TGCTGTGTTCTTAGCACACAGACCC----TTAC-CGTT-----TGTG-ACG-CACAAC-TTC------TC--CCAATT------GG--GA-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACTGTG----C-GA---G-CT-A-AT--TACA-----T-A-GGC--GG-CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----TA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-T-------A--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGCAAA-A--CG-T--A--T--GT---TTACAAGTA-TAT
gi|80934 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCC----CTAC-CGTT-----TG---ACG-CACAAC-TTA------TT--CCCATTT-----GG--GA-TA-TTCCA--CA-T----CCA-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CG-A-AT--TACA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----ATNNNNNN--NN----NN-NN-----N-NNNN-N-NNNNN-NN----NNNN-N----N-N-N-------N--N-N---N---N--N-NA-T-TTC--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--T-T--TG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80935 : CTACC-CA-T---C-A-GG-C-T-ATGTGT-CTCTGTTCACGGACCC----CTAC-CGTT-----TG---ACG-CACAAC-TTA------TC--CCAACTT-----GG--GG-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCA----C-GG---C-CT-A-AT--TACA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----GA-AC-----C-GAGA-T-TTCA--TC----AATA-A----A-A-A-------T--C-T---C---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--TG-T--GCAC--GC--ATTA-AAGTT-TAT
gi|80936 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCC----CTAC-CGTT-----TG---ACG-CACAAC-TTA------TC--CCCATTT-----GG--GA-TA-TTCCA--CA-T----CTG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TACA-----T-A-C-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-T
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gi|80938 : CTACC-CA-TCATA-A-TT-C-T-CTGCAT-CTCTGCACACAGACCC-----TAC-CGTT-----TG---ACG-CACAAC-TCA------TA--CCCATTT-----GG--GA-TA-CTCCA--CG-T----CTT-CG--A-TT-----ACAACG----C-GG---C-CT-A-AT--TACA-----T-AGG-C--G--CAA-TAT-A--GTGT--A-C----A-----TT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TTA---AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAATG-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--
gi|80939 : CTACC-CA-T---A-A-TT-C-T-CTGCAT-CTCTGCACACAGACCC----CTAC-CGTN-----TA---A
gi|80939 : G---T-NT-A-AT--TACA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGT--A-C----AC----TT--AT----AA-TC-----A-GGGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---T--G-TA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--A-ATTCA-T--GCAC--GTACATTATAAttacatagcgcaataagtgtacacttataatcagggatttcatttaataaaaagcattgtatttcataaatgaattaattttgtaattcatgcacgtacattataacttaaataaaacacttttnttagtgtacaattataatcaggaatttcatttaataaaaagcattgcatgaatttcataaatgaattaattttgtaacgtacattataa
gi|80939 : ctacccataattctctgcatctctgcacacagacccctacc--A--GTGT--A-C----AA----TT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAT-G-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--A-A--CG-T--A--C------ATTATAActtaaataaaacacttttnttagtgtacaattataatcaggaatttcatttaataaaaagcattgcatgaatttcataaatgaattaattttgtaacgtacattataa
gi|80940 : ctacccataattctctgcatctctgcacacagacccctaccgtntaattacatagcgcaataagtgtacacttataatcagggatttcatttaataaaaagcattgtatttcataaatgaattaattttgtaattcatgcacgtacattataacttaaataaaacacttttnttCTACC-CA-T---G-A-TG-C-T-CTGTGT-CT--GCACAAAGACCC----CTAC-TGTT-----TG---ATG-TGCAAC-TAA------TC--CCCATTT-----GG--GA-TA-TTCCA--CG-T----CCA-TG--T-TT-----AAAGGG----C-AG---G-CT-A-AT--TACA-----T-A-G-------------------TAC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-AATA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-C-T-------G--C-A---T---A--G-TA-T-TTT--A-A-AAGTGA-GTTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--TTCAAAAGTT-TA
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gi|80942 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-T-CTGCGT-CTCCGCACACAG--CC----CTAC-CGTT-----TG---ACG-CACAACCTTT------TC--CCATTTT-----AG--GA-TA-ATGAA--CA-TGTATCCG-CG--A-TT-----ACAATA----C-GG---C-CT-A-AT--TACA-----T-A-G-C--A--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AC----TT--AT----CA-TC-----A-GATA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G----A---T---A--G-AA-T-TT
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gi|80945 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-A-CTGCGT-CT--------------------AC--GTT-----TG---ACG-CATAAT-TTA------TC--TCCATTT-----GG--GA-TA-TTCCA--CA-T----TCG-CA--A-TT-----ACAGAG----C-AG---T-TT-A-AT--TACA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--
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gi|80952 : ACATACCC----TTAC-CGTT-----TGTT-ACG-CACAA---TA------TT--CCCATTT-----GG--GAATAATTCCA--CA-T----CCG-----A-T------ACAGCC----C-GG---T-CT-A-AT--TAGA-----T-A---C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT---T----TA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-CA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATA--T--TCC--A-A--CG-T--A--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80953 : ccataaatggctggttcattagcgC-TA-T---A-A-AG-CTC-CGGCAT-CTCTGCACACACACCC----CTAC--GTT------G---ACG-CACAAC-CTA------TA--CCCATTT-----GG--GA-TA-CTCCA--CG-T----CTT-CGA-A-TT-----ACAACG----C-GG---C-CT-ATAA--TACA-----TAA-G-C-----CAA-T---A--GTGT--A-C----AC----TT--AT----AATTC--------AGA-T-TTCA--TT----AATA-A----A-A-A-------AGCC-A---T---T--G-GA-T-CTT--C-ATAAATGATATTAATT--T--TGT--A-ATTCA-T--G--C------ACTACA
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gi|80955 : -TG-C-T-CTGCGT-CTCCGCACACAGACCC----CTAC-CGTT-----TG---ACG-CACAAC-TTT------TA--CCCATTT-----GG--GA-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TACA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----AT--AT----CA-TC-----A-AATA-T-TATAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTTATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--T--GT--ATTACAAACA-TAT
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gi|80957 : CACAGAGAATA----CTAC-CGTT-----TGTACGCG-CATAAC-TTA------TC--CCAATTT-----GG--GA-TA-T--CATTCG-T----CCG-CGCGA-GT-----GCAATG----C-GA---C-CT-A-AT--AACT-----T-T-G-TTAA--CAA-TT--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TA-----A-GAAA-T-TCCAC-CT----AATA-A----AGA-A-------A--C--------------AA-TATTT--ATA-TAATGA-ATTGATT--T--CGC--A-A--CG-T--A--C--GT--AATCCAAGTA-CA
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gi|80959 : CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TTT-AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCA--TT----AAT--A----A-A-A-------G--C-AT--T---A--G-AT-T-TTTA-A-A-AAATGG-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTGCAAGTA-TAT
gi|80960 : A--A--CTGC--A-T----AT----TT--CC----CA-CC-----A-AAGA-T-TTCAT-TT----CATATA----A-A-A-------A--C-A---T---A--T-AT-T-TTT--A-T-AAATAA-ATTAATT--T--TGA--A-A--AG-T-----T--GT--GTTACAAGGA-TAT
gi|80961 : -C----AC----CT--AT----CA-TC-----A-GG---T-TTCAT-GT----AATA-A----A-A-T-------G--C-A---T---A--G----T-TTC--A-T-AAATGA-ATTGAAT--T--TGC--A-A--TA-T--A--C--G
Alignments
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lowQualScore : . . ... . . . ... . .. .... . ..... ... . . ... . . . ..... .. . . .. . .... . .. . ..... .... . ... . . . .. .. ..... . . . .. .. . .. .. .. . .... ..... .. .... . ..... . . . . .... . .... . . ....... .. . ... ... .. . . . .. ... . .. .. .. . .. . ..... .. .. .
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Reference ( family-576 ) : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGCGT-CTCNGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80929 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---CTA-C-CATTT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACGGCG----C-GG---G-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------A--C-A---T---A--G-AT-T-TTT--A-A-AAATGG-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80930 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---CTA-C-CATTT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CAAT----CCG-CG--A-TT-----ACGGCG----C-GG---G-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--GG-CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AT-T-TTA--A-A-AAATGG-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGT
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gi|80933 : CTACCGCA-T---A-A-TG-C-TGCTGTGTTCTTAGCACACAGACCCT----TAC-CGTT-----TGTG-A-CG-CACAACTT---CTC-C-CAATT-------GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACTGTG----C-GA---G-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-GGC--GG-CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----TA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-T-------A--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGCAAA-A--CG-T--A--T--GT---TTACAAGTA-TAT
gi|80934 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATT-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCA-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CG-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----ATNNNNNN--NN----NN-NN-----N-NNNN-N-NNNNN-NN----NNNN-N----N-N-N-------N--N-N---N---N--N-NA-T-TTC--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--T-T--TG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80935 : CTACC-CA-T---C-A-GG-C-T-ATGTGT-CTCTGTTCACGGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CAACT-T-----GGG--G-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCA----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----GA-AC-----C-GAGA-T-TTCA--TC----AATA-A----A-A-A-------T--C-T---C---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--TG-T--GCAC--GC--ATTA-AAGTT-TAT
gi|80936 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CTG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-C-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-T
gi|80937 : CTACC-CA-T---A-A-TT-C-T-CTGCAT-CTCTGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---AACG-CACAACTC---ATA-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-CTCCA--CG-T----CTT-CG--A-TT-----ACAACG----C-GG---C-CTAA-AT--TA--CA-----T-A-G-C--GC-CAA-TATTA--GTGT--A-C----A-----AT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAT-G-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAA-T--T--TGT--A-A--CG-T--A--C------ATTATAA
gi|80938 : CTACC-CA-TCATA-A-TT-C-T-CTGCAT-CTCTGCACACAGACCC-----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTC---ATA-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-CTCCA--CG-T----CTT-CG--A-TT-----ACAACG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-AGG-C--G--CAA-TAT-A--GTGT--A-C----A-----TT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TTA---AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAATG-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--
gi|80939 : CTACC-CA-T---A-A-TT-C-T-CTGCAT-CTCTGCACACAGACCCC----TAC-CGTN-----TA---A-
gi|80939 : G---T-NT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGT--A-C----AC----TT--AT----AA-TC-----A-GGGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---T--G-TA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--A-ATTCA-T--GCAC--GTACATTATAAttacatagcgcaataagtgtacacttataatcagggatttcatttaataaaaagcattgtatttcataaatgaattaattttgtaattcatgcacgtacattataacttaaataaaacacttttnttagtgtacaattataatcaggaatttcatttaataaaaagcattgcatgaatttcataaatgaattaattttgtaacgtacattataa
gi|80939 : ctacccataattctctgcatctctgcacacagacccctacc--A--GTGT--A-C----AA----TT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAT-G-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--A-A--CG-T--A--C------ATTATAActtaaataaaacacttttnttagtgtacaattataatcaggaatttcatttaataaaaagcattgcatgaatttcataaatgaattaattttgtaacgtacattataa
gi|80940 : ctacccataattctctgcatctctgcacacagacccctaccgtntaattacatagcgcaataagtgtacacttataatcagggatttcatttaataaaaagcattgtatttcataaatgaattaattttgtaattcatgcacgtacattataacttaaataaaacacttttnttCTACC-CA-T---G-A-TG-C-T-CTGTGT-CT--GCACAAAGACCCC----TAC-TGTT-----TG---A-TG-TGCAACTA---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CG-T----CCA-TG--T-TT-----AAAGGG----C-AG---G-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-------------------TAC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-AATA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-C-T-------G--C-A---T---A--G-TA-T-TTT--A-A-AAGTGA-GTTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--TTCAAAAGTT-TA
gi|80941 : CTACCACA-T---A-AATG-C-C-CT-TGT-CTTAGAACACAGACCCC----TACGCGTT-----TGG--A-CGGCACAACTT---CTC-C-CAATT-TT----GGG--A-GA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GGCACC-CT-A-AT--TA---A-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TTGAATG---AA-TC-----A-GATATT-TTCAT-T------ATA-A----A-A-A----------C-AAAGT---A--G-AATT-TTT--A-G-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A---G-TTCA--C--GC--ATTACATATA-TAT
gi|80942 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-T-CTGCGT-CTCCGCACACAG--CCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACCT---TTT-C-CCATT-TT----AGG--A-TA-ATGAA--CA-TGTATCCG-CG--A-TT-----ACAATA----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--A--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AC----TT--AT----CA-TC-----A-GATA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G----A---T---A--G-AA-T-TT
gi|80943 : CTACC--A-----A-A-TGGC-C-CTTAGT-CT-AACAC-CAGACCCC----TAC-CGAT-----TG---A-CG-CACAAACT---ATC-TACCATTCT-----GGG--A-TAGTTCCA--CA-TA---CCG-CG----TT-----ACTGCG----C-GG---GGCT-A-AT--TA--CACT---T-A-G-C--G---AA-TA--ACTGTGC--A-C----AT----TT--AT----C--CC-----ATGAGA-T-TCTAT-T-----AATA-A----A-A-A-------A--C-T---T---A--GGAA-T-TTTTGA-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--G-A--CG-T--T--C--GT--ATTACAAATA-TAT
gi|80944 : CTACC-TA-T---A-A-TT-C-T-CTACGT-CTTCGCACACAGAGCCA----TAT-CATT-----TG---A-CT-CCTAACTT---ATC-C-CGATT-T-----GGG--A-TA-ATGGA--CA-T----ACG-CG--A-TTCGATTACAACG----T-TG---C-AT-A-AT--TC--CA-----C-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-G----AC----TT--AT----CA-TA-----A-GATA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--A-G---T---A--G-CA-T-TTT--G-T-AATTGA-ATTAAAT--T--TAC--A-A--CA-C--A--C--GT--AATACAAGTACTAT
gi|80945 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-A-CTGCGT-CT--------------------AC--GTT-----TG---A-CG-CATAATTT---ATC-T-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----TCG-CA--A-TT-----ACAGAG----C-AG---T-TT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--
gi|80946 : CTACC-AA-T---A-A-TT-A-T-CTGCGT-CTCCGCACACAGAGCCC----TAC-CGTC-----TG---A-TT-CATAACTT---ATC-C-CAATT-T-----GGG--A--------A--AA-T----C----------T-----ACA-------C-GG---C-CT-T-AT--AA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AC----TT--AT----CA-T
gi|80947 : CTACC-CAAT---A-A-TA-A-A-ATGCGT-CTCCGCACACAGAGTCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CATAACTT---ATC-T-CCATT-T-----AGG--A-TA-AATCA--CA-T----CCG-CA--A-TA-----GCAG
gi|80948 : CTACC--A-T---ATG-TG-CAT-CTGTGT-CT-TGCACCAAAACTAC----AAC-GATA-----TA---A-C---ACAACTTTCAATCAT-CCATT-TCAATAGAA--A-TAATTCCA--CA-T----CCGGCG--A-TT-----ACAAGA----G-GG---C-CT-A--T--TA--AAAAAACT-A-G-C--GAACAAATA--A--AAGCTGA-C----AA----TT--ATTAATCA-TCCCCCCA-AAGA-TCTTCATGTT----AATA-AGAACA-A-A-------C--CTA---A---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTGATTGATTGTGC--A-A--CGTT--A--C--GT--ACTTCATGT
gi|80949 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGATCCC----TAC-CGTTAGCTATG---A-CGTCATAGCCT---A
gi|80950 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACA
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gi|80952 : ACATACCCT----TAC-CGTT-----TGTT-A-CG-CACAA--T---ATT-C-CCATT-T-----GGG--AATAATTCCA--CA-T----CCG-----A-T------ACAGCC----C-GG---T-CT-A-AT--TA--GA-----T-A---C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT---T----TA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-CA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATA--T--TCC--A-A--CG-T--A--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80953 : ccataaatggctggttcattagcgC-TA-T---A-A-AG-CTC-CGGCAT-CTCTGCACACACACCCC----TAC--GTT------G---A-CG-CACAACCT---ATA-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-CTCCA--CG-T----CTT-CGA-A-TT-----ACAACG----C-GG---C-CT-ATAA--TA--CA-----TAA-G-C-----CAA-T---A--GTGT--A-C----AC----TT--AT----AATTC--------AGA-T-TTCA--TT----AATA-A----A-A-A-------AGCC-A---T---T--G-GA-T-CTT--C-ATAAATGATATTAATT--T--TGT--A-ATTCA-T--G--C------ACTACA
gi|80954 : -CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TTC-CATT-----TG---A-TG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-AG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AC----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-T----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-GTTAATT--T--TGC--A-A--AG-C--G--C--AT--ATTACAAGTA-
gi|80955 : -TG-C-T-CTGCGT-CTCCGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---TTA-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----AT--AT----CA-TC-----A-AATA-T-TATAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTTATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--T--GT--ATTACAAACA-TAT
gi|80956 : -CTGTTT-CTTCGCACACATACTTAGGAATAC-CG--------G---A--G-AACAAAT----ATA-C-CAATT-T-----GGATAA-TA-TGGTT--CG-T----CCG-CG--A-TT-----GCAACA----C-TG---A-CT-C-AT--TATACA-----T-A-G-C--A--CAA-TA--A--GTAC--A-C----AC----TT--AT----CA-CC-----A-AAG--T-TTCAT-GT----GATA-A----A-ATACACATGTG--C-A---T---A--G----T-TAC--A-C-AAATAA-ATTTAAT--T--TAC--A-A--GG-T--
gi|80957 : CACAGAGAATAC----TAC-CGTT-----TGTACG-CG-CATAACTT---ATC-C-CAATT-T-----GGG--A-TA-T--CATTCG-T----CCG-CGCGA-GT-----GCAATG----C-GA---C-CT-A-AT--AA--CT-----T-T-G-TTAA--CAA-TT--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TA-----A-GAAA-T-TCCAC-CT----AATA-A----AGA-A-------A--C--------------AA-TATTT--ATA-TAATGA-ATTGATT--T--CGC--A-A--CG-T--A--C--GT--AATCCAAGTA-CA
gi|80958 : G---T-NT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGT--A-C----AC----TT--AT----AA-TC-----A-GGGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---T--G-TA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--A-ATTCA-T--GCAC--GTACATTATAA
gi|80959 : --CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TTT-AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCA--TT----AAT--A----A-A-A-------G--C-AT--T---A--G-AT-T-TTTA-A-A-AAATGG-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTGCAAGTA-TAT
gi|80960 : A--A--CTGC--A-T----AT----TT--CC----CA-CC-----A-AAGA-T-TTCAT-TT----CATATA----A-A-A-------A--C-A---T---A--T-AT-T-TTT--A-T-AAATAA-ATTAATT--T--TGA--A-A--AG-T-----T--GT--GTTACAAGGA-TAT
gi|80961 : -C----AC----CT--AT----CA-TC-----A-GG---T-TTCAT-GT----AATA-A----A-A-T-------G--C-A---T---A--G----T-TTC--A-T-AAATGA-ATTGAAT--T--TGC--A-A--TA-T--A--C--G
Alignments
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lowQualScore : . . ... . . . ... . .. .... . ..... ... . . ... . . . ..... .. . . .. . .... . .. . ..... .... . ... . . . .. .. ..... . . . .. .. . .. .. .. . .... ..... .. .... . ..... . . . . .... . .... . . ....... .. . ... ... .. . . . .. ... . .. .. .. . .. . ..... .. .. .
lowQualScore : 2 6 888 6 1 5 111 5 00 0000 4 66666 999 4 0 666 5 5 5 99999 11 5 6 11 5 8888 5 77 5 88888 4444 6 666 5 5 5 00 00 55555 4 4 4 00 22 4 22 99 99 3 8888 33333 22 2222 3 44444 4 4 4 4 5555 4 0000 4 4 6666666 00 4 999 555 88 4 4 4 55 111 5 00 00 11 5 33 5 11111 88 66 4
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Reference ( family-576 ) : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGCGT-CTCNGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80929 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---CTA-C-CATTT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACGGCG----C-GG---G-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------A--C-A---T---A--G-AT-T-TTT--A-A-AAATGG-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80930 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---CTA-C-CATTT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CAAT----CCG-CG--A-TT-----ACGGCG----C-GG---G-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--GG-CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AT-T-TTA--A-A-AAATGG-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGT
gi|80931 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-T-CTGCCT-CTCCGCACACAGACCCC----TAC-CATT-----TG---A-CG-CATAACTT---ATC-T-CCATT-T-----AGG--A-TA-ACCCA--TA-T----CCG-CA--A-TT-----ACAGCA----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--A--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA---TTT--A-A-AAATGA-ATTAATG--T--TGC--A-A--TG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-CA
gi|80932 : CTACC-CA-T---A-A-AG-C-T-CTGCAT-TTCCGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-ATCCA--CA-T----CTG-CG--A-TT-----ACAGCACAGCC-GG---C-CT-A-ATTATA--CA-----T-A-G-C--A--CAA-TA--T--GTGC--A-CATAGAT----TT--AT----AA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TTAATCAATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--CA-T--G--CATAT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80933 : CTACCGCA-T---A-A-TG-C-TGCTGTGTTCTTAGCACACAGACCCT----TAC-CGTT-----TGTG-A-CG-CACAACTT---CTC-C-CAATT-------GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACTGTG----C-GA---G-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-GGC--GG-CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----TA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-T-------A--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGCAAA-A--CG-T--A--T--GT---TTACAAGTA-TAT
gi|80934 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATT-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCA-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CG-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----ATNNNNNN--NN----NN-NN-----N-NNNN-N-NNNNN-NN----NNNN-N----N-N-N-------N--N-N---N---N--N-NA-T-TTC--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--T-T--TG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
gi|80935 : CTACC-CA-T---C-A-GG-C-T-ATGTGT-CTCTGTTCACGGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CAACT-T-----GGG--G-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCA----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----GA-AC-----C-GAGA-T-TTCA--TC----AATA-A----A-A-A-------T--C-T---C---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--TG-T--GCAC--GC--ATTA-AAGTT-TAT
gi|80936 : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGTGT-CTTAGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CTG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-C-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-T
gi|80937 : CTACC-CA-T---A-A-TT-C-T-CTGCAT-CTCTGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---AACG-CACAACTC---ATA-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-CTCCA--CG-T----CTT-CG--A-TT-----ACAACG----C-GG---C-CTAA-AT--TA--CA-----T-A-G-C--GC-CAA-TATTA--GTGT--A-C----A-----AT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAT-G-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAA-T--T--TGT--A-A--CG-T--A--C------ATTATAA
gi|80938 : CTACC-CA-TCATA-A-TT-C-T-CTGCAT-CTCTGCACACAGACCC-----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTC---ATA-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-CTCCA--CG-T----CTT-CG--A-TT-----ACAACG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-AGG-C--G--CAA-TAT-A--GTGT--A-C----A-----TT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TTA---AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAATG-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--
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gi|80939 : ctacccataattctctgcatctctgcacacagacccctacc--A--GTGT--A-C----AA----TT--AT----AA-TC-----A-GGAA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---TTGCAT-G-AA-T-TTC--A-T-AAATGA-ATTAATT--T--TGT--A-A--CG-T--A--C------ATTATAActtaaataaaacacttttnttagtgtacaattataatcaggaatttcatttaataaaaagcattgcatgaatttcataaatgaattaattttgtaacgtacattataa
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gi|80955 : -TG-C-T-CTGCGT-CTCCGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---TTA-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----AT--AT----CA-TC-----A-AATA-T-TATAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTTATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--T--GT--ATTACAAACA-TAT
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consensus : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGCGT-CTCNGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
Reference ( family-576 ) : CTACC-CA-T---A-A-TG-C-C-CTGCGT-CTCNGCACACAGACCCC----TAC-CGTT-----TG---A-CG-CACAACTT---ATC-C-CCATT-T-----GGG--A-TA-TTCCA--CA-T----CCG-CG--A-TT-----ACAGCG----C-GG---C-CT-A-AT--TA--CA-----T-A-G-C--G--CAA-TA--A--GTGC--A-C----AT----TT--AT----CA-TC-----A-GAGA-T-TTCAT-TT----AATA-A----A-A-A-------G--C-A---T---A--G-AA-T-TTT--A-A-AAATGA-ATTAATT--T--TGC--A-A--CG-T--G--C--GT--ATTACAAGTA-TAT
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