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Reference ( gi|63497 )        :     CTGC-T---GAGTAAC---CA----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG-T---T-T-------T-A--TAT-TTT--T-T--A--G-T-TTT-A-T-TTTT-A-T-AA---C-T-T-C-G--A---C-T--AT-TT-----C-CTA---A-G-T-T-T---CT---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TTAA-AA---CT--TTC--A-T-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
gi|63498                      :     CTGC-T---GAGTA-C---CA----CAAATT-AA-AA-TT--A--TAG-T---T-T-------T-A--TAT-TTT--T-T--CT-A-T-TTT-A-T-TTTT-A---AA---C-T-T-C-G--A---C-T--AT-TT-------CTA---A-G-T-T-T---CT---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-A-AA---CT--TTC--A-T-G-A--A-----GAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
gi|63499                      :     CTGC-T---GAGT-AC---CA----CAAATT-AA-A--CG--A--TCG-T---T-T-------TAA--TAT-TTT--T-T--A--ATT-TTT-A-T-TTTT-A---AA---C-T-T-C-G--A---CTT--AT-TT-------CTA---A-G-T-T-C---TT---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-A-AA---CT--TTC--A-T-G-A--A-----CAA--AAT-T-TC-G-T-GCTAtg
gi|63500                      :     CTGC-T---GAGTA-C---CA----CAAATT-AA-A--C---A--TAG-T---T-T-------T-A--TAT-TTT--T-TT-A--A-T-TTT-A-T-TTTT-A-T-AAG--C-T-T-C-G--A---C-T--AT----------CTA---A---T-T-T---CT---A-C-A------A----AG----AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TTAA-AC---TT--TTC--A-T-G-A--A-----CAA--AAT-C-TCAG-T-GCTAtg
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gi|63510                      :      TGC-T---GAGTA-C---CA----CCAATT-AA-A--CG--A--TAG-T---T-T-------T-A--TAT-TTT--T-TTGA--A-T-TTTGA-T-TTGT-T-T-CA---C-T-T-C-G--A---C-T--AT-TT-----C--TA---A-G-T-T-T---CT---A-T-A------A----AGG-A-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-A-AA---CT--TTC--A-T-G-A--A-----CAA--AATGC-TC-G-T-GCTA
gi|63512                      :      TGC-C---GAGTA-C---CA----CAGATT-AA-A--CG--A--CAG-T---T-T-------T-A--T---TTT--T-T--G--A-T-TTT-A-T-TTTT-A-C-AA---C-A-T-C-G--A---T-T--GT-TT-----A--TA---A-G-T-T-T---CT---A-C-A------A----AGG---AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-A-AA---CT--TTC--A-T-GCA--C-----CAA--AAT-C-TC-G-T-TCTtg
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gi|63515                      :      TGC-T---GAGTAAC---CATCGCCAAATT-AA-A--CG--A--CAG-T-------------------AT-TTT--T-------G-T-G---A-T-TTTT-A-T-AAA--C-A-T-C-G--A---C-T--AT-TT-----G-CTA---A-G-T-T-T---CTTTTA-C-A------A----AGG---AA-AT-A-TC--GTGA-GT---C-T-GC--TTAA-AC---TT--TTCT-A-T-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTtg
gi|63514                      :      TGC-T---GAGAACC---CA----CAGATT-AA-A---A--A--TAG-T---T-T-------T-A--TAT-TTT--T-T--G--A-TATTT-A-A-TTTT-AGT-AA---CGG-T-C-G--A---C-T--AT-TT--------TA---A-G-A-C-T---CT---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-G-TC--G--A-GT---C---GC--TT-A-GA---CT--TTC--ATT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-GTT-GCTActg
gi|63517                      :      TGC-TT--GAGTACC---TA----CAAATTTAA-A--CG--AA-TAT-T---T-T-------T-A--TA--TTT--C-T--A--A-T-TCT-ATT-TTTT-A-T-AAGCGT-T-T-C-GTTA---C-T--AA-GT-------CTAT--A-G-T-T-T---CT-----C-A------A----TGG-ATAA-TT-A-TC--G--A-TC---T-T-GC--TT-A-AA---CT--TCC--A-TGG-A--A-----CAAT-AAT-C-TC-G-T-GCTAtg
gi|63516                      :      TGC-T---GAGTTCC---CA----CAAATTTAA-A--CG--A--TAGTT---T-T-------T-AGTCAT-TTTGAT-T--C--A-T-CTT-A-T-TTTT-A-TAAA---C-A-T-C-G--A---T-T--ATGGT-----C---------A-T-C-T---CT---G-C-A------A----AAGCG-AA-AT-A-CC--G--A-GTGTGG-T-GC--TTAA-AAACCTT--TTC--A---G-A--T-----CAA--AAT-C-CC-G-T-tg
gi|63518                      :       GC-T---GAGTA-C---CA----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG-T---T-T-------C-A--CAT-T
gi|63520                      :           ---GAGTA-C---TA----CATCTT-AA-A--CGCTA--TAT-T---T-T-------C-C--TAT-CTT-------G--A-T-CAT-A-T-TTTT-A-T-CA---C-A-T-A-A--A---C-T--AT-TT-------TTA---A-G-T-T-T---CA---G-C-A------AACTTAAG-G-AA-AT-A-TC--A--A-GT---C-A-GC---TAA-AA---CT--TCT--A-T-A-T--ATGCTGCAA--AAT-C-TC-A-T-GCTcaaatgaaatatcgagtctgcttaaactttcaagcagcgatatatcgtgctctg
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gi|63507                      :               AGTAAC---CA----CAAATT-AA-ATTCG--A--TAG-T---T-T-------TGA--TAT-TTT--T-T--A--A-T-T---A-T-TTTT-C-A-AA---C-T-TTC-G--A---C-T--AT----------CTATATA-G-T-T-T---CT---A-C-A------AT---AAG-G-AA-AT-A--C--G--A-GT---CTT-GC--T--A-AA---CT--TTC--A-T-G-A--AC----CAA--AAT-C-TC-G-TAGCTttg
gi|63521                      : ctgctgagtgttcaAGTA-C---CA----CAAATT-AA-A--CA--A---AG-C---T-T-------CAA--CAT-TTT--TAA--A--A-T-TTT-A-TGTTTC-A-T-AA---CAA-T-C-G--A---C-T--AT-T--------ATA---A-G-T-T-T---CTA--A-C-A------A----AAG-G-AA-AT----------------------------A-AA---CT--TTCA-A-T-C-A--A-----CAA--AAT-C-TCTG-T-GCTtatg
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Reference ( family-574 )      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
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Reference ( family-574 )      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
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gi|63508                      :                   CTGC-T---GA-T---------AGCC-A----CAA-TT-AA-T--CG--A--TAG---TT-T-------TTA--TA-T-TTTT-T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T--A---C-------------C-T--AT-T--TC-----CTA-AG--TGTATC---T---A---A------A----AAG-A-AC-AT-C-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AAT-A----C-T--TTCAAAT-G-A--A-----CAAAGAGT-C-TCGG-T-GCTAtatg
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gi|63519                      : gctgagtaccacaaattaaacgat---GAGT---------A-CT-A----CATATT-AA-A--CG--C--TAT---TT-T-------C-C--TA-T-CTTGAT-T--A------TAT-AT-TTTT-A-T-CA---C-C-TT-A--ATAAC-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---A---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TCTGG--A-GT---T-A-GC--TT-TA--A----C-TTCTTT--AT-A-T--ATGCTGCAA--AAT-C-TT-G-T-GCTctg
gi|63520                      :                         ---GAGT---------A-CT-A----CATCTT-AA-A--CGCTA--TAT---TT-T-------C-C--TA-T-CTT-------G-A--T-CAT-AT-TTTT-A-T-CA---C-A-TA-A--A---C-T--AT-T--T------TTA-AG--T-T-TC---A---G-C-A------AACTTAAG-G-AA-AT-A-TC--A--A-GT---C-A-GC--TA-AA--A----C-T--TCT--AT-A-T--ATGCTGCAA--AAT-C-TC-A-T-GCTttg
gi|63521                      :                             AGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CA--A---AG---CT-T-------CAA--CA-T-TTT--TAA--A-A--T-TTT-ATGTTTC-A-T-AA---CAA-TC-G--A---C-T--A--T--T------ATA-AG--T-T-TC---TA--A-C-A------A----AAG-G-AA-A---------------------------T-AA--A----C-T--TTCA-AT-C-A--A-----CAA--AAT-C-TCTG-T-GCTttg
gi|63522                      :                                                                  --A--TAG---TA-T-------T-A---A-T-TTT--T----A-A--T-TT--AT-TGT--A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AAGTT-T-TC---T---A-C-A------A------G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-A-TC-G-T-GCTActg
gi|63523                      :                                                                         G---TT-T-------T-A--TG-T-TTT--T-T--A----T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC----A---T-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-T---G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTCA-AT-G-A--A------AA--AAT-C-TC---T-GCtg
gi|63524                      :                                                                                           --TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-ATT-AA---C-T-TC-G--A---CTT--AC-T--T------CTA-AG------TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T--C--TT-----A----C-T--TTC--AT-GAA--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTAatg
gi|63525                      :                                                                                                   TT--T-T--G-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-A-TC-G--A---T-T--AT-T--C------CTA-AG--T-C-TC---T---G-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-CC--G--A-GT---G-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--T-----CAA--AAT-C-CC-G-T-GCtg
gi|63526                      :                                                                                                        -T--A-A--T-TTC-AT-ATTT-G-T-AC---C-A-TC-G--A---C-T--GT-T--TT-----CTA-AG--T-T-TCAACT---A-C-ATGTATTA----AAG-G-AATAT-A-TC--A--A-GT---C---GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-CT-T-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCT
gi|63527                      :                                                                                                                    TT-AT-TTTG-A-C-AA---T-T-TT-A--A---A-TGCAT-T--TGTTTATCTA-AG--T-T-TC------------------A----ACG-G-AA-AT-A-TC--A--A-AT---C-G-GC--TA-AA--T----C-T--TTT--AT-GCA--G-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCT
gi|63528                      :                                                                                                                                                             -T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AG----AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTCA-AT-G-A--A-----CAA--AAT-CTTC-G-T-GCTActg
gi|63529                      :                                                                                                                                                                                                                    A-AT-A-TC--G--A-AT---C-T-GC--TC-AAGGA----C-T--TTC--AT---ACTG-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTtg


blockSeqs                     :                       C TCA    GTTCAAGTA G  T TGCA      T  C AC  CT AT   TGT  A ATCTCAT G GT  T A   ATTAAAG      A   G  G    A G A  ATC AA   G TT TAA T GC  G TC GTTTAT   T  GT G A  AAC TTT G C TGTATT ACTT G AC   T  C C  TG TG T  GTG T G  AC  .  GG AACC T TC   AA  T C CT TGCTG   AG   G T  A T A
blockSeqs                     :                       . TCA    T         A  C TCGC      T  . TT  .  A    T    . .       T A   . .   TTTGAA       .   .  .    T T .  GCG TT   . C  .   T .   . .  C        T  T  . .  .   A   . . TTC    T    G CG   .  T C  G  .  .  .   . .  T   .  G  ATC  . G    CT  G C T  TGCTG   C    . .  G C .
blockSeqs                     :                       . A      .         .  T .         .  . A   .  .    .    . .       A .   . .   GATTCA       .   .  .    . . .  G   TT   . .  .   . .   . .  G        .  .  . .  .   .   . . .      .    G G    .  . C  .  .  .  .   . .  T   .  T  .    . .    A   . C .  C       T    . .  T T .
blockSeqs                     :                       . T      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTCTA        .   .  .    . . .  A   GG   . .  .   . .   . .  T        .  .  . .  .   .   . . .      .    G G    .  . .  .  .  .  .   . .  T   .  .  .    . .    A   . A .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTAAT        .   .  .    . . .  .   AA   . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    A G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    A   . C .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTAAT        .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    A G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    A   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTATA        .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    G G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTTAA        .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    G A    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   GATTA        .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    G A    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TAAAA        .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    G G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTAA         .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    G G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTAA         .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    A A    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTAA         .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    G A    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTAA         .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    A A    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTGA         .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    A G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTGA         .   .  .    . . .  .   A    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    A G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTAA         .   .  .    . . .  .   A    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    A A    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTGA         .   .  .    . . .  .   A    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    C G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTA          .   .  .    . . .  .   A    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    G G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TAA          .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                       . .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TAA          .   .  .    . . .  .   C    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                         .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TAA          .   .  .    . . .  .   A    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                         .      .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TAA          .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                .         .  . .         .  . .   .  .    .    . .       . .   . .   TTA          .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                  .  .    .    . .       . .   . .   GA           .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                          .    . .       . .   . .   TG           .   .  .    . . .  .   A    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                           .   . .   GA           .   .  .    . . .  .   A    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . G    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                  .   .  .    . . .  .   T    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . .    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                      .  .    . . .  .   .    . .  .   . .   . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . .    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                             . .  .        .  .  . .  .   .   . . .      .    . .    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           .  .  . .  .   .   . . .      .    . .    .  . .  .  .  .  .   . .  .   .  .  .    . .    .   . . .  .       .    . .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     .  . .                                                                            


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                  ******
originalCons                  :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
finalCons                     :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                              1                                                                                            
lowQualScore                  :                       1 999    888888888 4  4 6666      3  1 66  22 33   444  1 4444444 4 33  1 1   777777777777 1   1  1    2 2 1  777 888  1 33 222 2 11  1 11 888888   2  33 1 1  222 333 1 1 555555 3333 2 111  1  2 3  33 11 1  222 1 1  55  1  44 4444 1 33   88  2 6 33 77777   44   1 1  3 3 1    
lowQualScore                  :                       . ...    ......... .  . ....      .  . ..  .. ..   ...  . ....... . ..  . .   ............ .   .  .    . . .  ... ...  . .. ... . ..  . .. ......   .  .. . .  ... ... . . ...... .... . ...  .  . .  .. .. .  ... . .  ..  .  .. .... . ..   ..  . . .. .....   ..   . .  . . .    
lowQualScore                  :                       8 222    000000000 8  8 8888      2  6 00  11 77   111  5 8888888 4 44  4 4   555555555555 4   3  3    7 7 3  333 444  3 22 333 7 88  3 88 999999   5  00 2 2  222 444 2 2 888888 9999 2 555  2  4 6  00 77 2  222 2 2  55  2  22 8888 2 00   44  5 2 00 55555   22   2 2  9 9 3    
consensus                     :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
Reference ( family-574 )      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
gi|63497                      :                   CTGC-T---GAGT---------AACC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-G--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--TC-----CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TTAAA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
gi|63498                      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-AA-TT--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--CTA--T-TTT-AT-TTTT-A---AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----GAA--AAT-C-TC-G-T-GCTA
gi|63499                      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TCG---TT-T-------T-AA-TA-T-TTT--T-T--A-AT-T-TTT-AT-TTTT-A---AA---C-T-TC-G--A---CTT--AT-T--T------CTA-AG--T-T-CT---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-T-TC-G-T-GCTAtg
gi|63500                      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--C---A--TAG---TT-T-------T-A--TATT-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AAG--C-T-TC-G--A---C-T--A-----T------CTA-A---T-T-TC---T---A-C-A------A----A---G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----CTT--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TCAG-T-GCTAtg
gi|63501                      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-AACCG--A--TAG---TT-T-------T-A---A-T-TTT--T-T--A-AT-T-TTT-AT-TTTC-A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CGA-AG--T-T-T----T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TCG-G--A-GT---C-TGGC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-A-T--G-T-GCTA
gi|63502                      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--T-G---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T----A--T-TTT-AT-TTTTAA-T-AA---C-T-TCGG--A---C-T--AT-T--T------CTA-AGT-T-T-TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-ACTC--G--A-GT---C-T-GG--CT-AAG-A----C-TG-TTC--AT-G-A--A-----TCA--AAT-C-TC-G-T-GCTAtg
gi|63503                      :                   CTGC-TTCAAAGT---------A-CA-A----CAA-TT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T----A-A--T-TT--AT-TTTT-A-T-AA---C-T-AC-G--A-----T--AT-T--T------TT--AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-A-AA-AT-ACTT--T--A-GT---C-T-GCT-TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTAtg
gi|63504                      :                   CTGC-TTCAAAGT---------A-CA-A----CAA-TT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T----A-A--T-TT--AT-TTTT-A-T-AA---C-T-AC-G--A-----T--AT-T--T------TT--AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-A-AA-AT-ACTT--T--A-GT---C-T-GCT-TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTAtg
gi|63505                      :                   CTGCCT---GAGT---------A-CC-A----CAA-TT-AACA--CG--A--TAG---TTAT-------T-A--TA-TATTT--T-T--ATA--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-AATC-G--A---C-T--GA-T--C------TAA-AG--T-T-TC---T---A-CCA------A----AGA-G-AA-CT-A-TC--G--A-GC---C-T-GCACTT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-GTT-GCTAtg
gi|63506                      :                   CTGC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAGTGTTC-T-------T-A--TA-T-ATT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTCT-A-T-AA---C-T-TC-GC-A---C----AT-C--T------CT--AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG-ACAC-ATCA-TC--G--ATGT---C-T-GCT-TT-AA--AATC-C-T--TTCA-AT-G-A--A-----CAAC-AAT-C-TC-GCT-GCTAtg
gi|63507                      :                   CTGC-T---GAGTGTTCAAGTAA-CC-A----CAAATT-AA-ATTCG--A--TAG---TT-T-------TGA--TA-T-TTT--T-T--A-A-----TT-AT-TTTT-C-A-AA---CTT-TC-G--A---C-T--AT-C--T------ATATAG--T-T-TC---T---A-C-A------AT---AAG-G-AA-AT-A--C--G--A-GT---CTT-GC---T-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--AC----CAA--AAT-C-TC-G-TAGCTtg
gi|63508                      :                   CTGC-T---GA-T---------AGCC-A----CAA-TT-AA-T--CG--A--TAG---TT-T-------TTA--TA-T-TTTT-T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T--A---C-------------C-T--AT-T--TC-----CTA-AG--TGTATC---T---A---A------A----AAG-A-AC-AT-C-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AAT-A----C-T--TTCAAAT-G-A--A-----CAAAGAGT-C-TCGG-T-GCTAtatg
gi|63509                      :                   CTGC-TA--GAGT---------T-CCTA----CAAACT-TA-A--CA--AATTAG---TT-TATCTCATT-A--TG-T-TATA-T-T--A-AAGT-TTT-AT-TTTT-A-T-AAATCT-T-TC-G--A---C-T--TT-T--C------CTA-AG--T-T-TC---T---AGC-A------A----AGG-A-AA-AT-A-Ttg
gi|63510                      :                    TGC-T---GAGT---------A-CC-A----CCAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-TTGA-A--T-TTTGAT-TTGT-T-T-CA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-T-A------A----AGG-A-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AATGC-TC-G-T-GCTA
gi|63511                      :                    TGC-C---GAGT---------A-C--------AAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---CTT-TC-G--A---C-T--AT-TTCT------CTA-GG--T-T-TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-C-Ttg
gi|63512                      :                    TGC-C---GAGT---------A-CC-A----CAGATT-AA-A--CG--A--CAG---TT-T-------T-A--T----TTT--T-T--G-A--T-TTT-AT-TTTT-A-C-AA---C-A-TC-G--A---T-T--GT-T--T------ATA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-GCA--C-----CAA--AAT-C-TC-G-T-TCT
gi|63513                      :                    TGC-C---GAGC---------A-CC-ATGCACAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------C-A--TA-T-TTT-------G-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-A-TC-G--A---C-T--AT-T--T-------TA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AGG---AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GA--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-ACA--A-----C-A--AAT-A-TC-G-T-GCTAgtg
gi|63514                      :                    TGC-T---GAGA---------A-CCCA----CAGATT-AA-A---A--A--TAG---TT-T-------T-A--TA-T-TTT--T-T--G-A--TATTT-AA-TTTT-AGT-AA---C-GGTC-G--A---C-T--AT-T--T-------TA-AG--A-C-TC---T---A-C-A------A----AGG---AA-AT-G-TC--G--A-GT---C---GC--TT-AG--A----C-T--TTC--ATTG-A--A-----CAA--AAT-C-TC-GTT-GCTAtg
gi|63515                      :                    TGC-T---GAGT---------AACC-ATCGCCAAATT-AA-A--CG--A--CAG---T----------------A-T-TTT--T-G----------TG-AT-TTTT-A-T-AAA--C-A-TC-G--A---C-T--AT-T--TG-----CTA-AG--T-T-TC---TTTTA-C-A------A----AGG---AA-AT-A-TC--GTGA-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTTCTAT-G-A--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTtg
gi|63516                      :                    TGC-T---GAGTT--------C-CC-A----CAAATTTAA-A--CG--A--TAGT--TT-T-------T-AGTCA-T-TTTGAT-T--C-A--T-CTT-AT-TTTT-A-TAAA---C-A-TC-G--A---T-T--ATGG--T------C----A--T-C-TC---T---G-C-A------A----AAGCG-AA-AT-A-CC--G--A-GTGTGG-T-GC--TT-AA--AAACCT-T--TTC--A--G-A--T-----CAA--AAT-C-CC-G-T-ctg
gi|63517                      :                    TGC-TT--GAGT---------A-CCTA----CAAATTTAA-A--CG--AA-TAT---TT-T-------T-A--TA-T-TTC--T----A-A--T-TCT-AT-TTTTTA-T-AAGCGT-T-TC-GTTA---C-T--AA-G--T------CTATAG--T-T-TC---T-----C-A------A----TGG-A-TA-ATTA-TC--G--A-TC---T-T-GC--TT-AA--A----C-T--TCC--ATGG-A--A-----CAAT-AAT-C-TC-G-T-GCTA
gi|63518                      :                     GC-T---GAGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CG--A--TAG---TT-T-------C-A--CA-T-Ttg
gi|63518                      :                                                                                                                                                                           -AG--T-T-TC-------A-C-ATTC---A----AAT-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AA-GCA--G-----CGA--TAT-A-TC-G-T-GCTcaaatgaaatatcgagtctgcttaaactttcaagcagcgatatatcgtgctctg
gi|63519                      : gctgagtaccacaaattaaacgat---GAGT---------A-CT-A----CATATT-AA-A--CG--C--TAT---TT-T-------C-C--TA-T-CTTGAT-T--A------TAT-AT-TTTT-A-T-CA---C-C-TT-A--ATAAC-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---A---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TCTGG--A-GT---T-A-GC--TT-TA--A----C-TTCTTT--AT-A-T--ATGCTGCAA--AAT-C-TT-G-T-GCTctg
gi|63520                      :                         ---GAGT---------A-CT-A----CATCTT-AA-A--CGCTA--TAT---TT-T-------C-C--TA-T-CTT-------G-A--T-CAT-AT-TTTT-A-T-CA---C-A-TA-A--A---C-T--AT-T--T------TTA-AG--T-T-TC---A---G-C-A------AACTTAAG-G-AA-AT-A-TC--A--A-GT---C-A-GC--TA-AA--A----C-T--TCT--AT-A-T--ATGCTGCAA--AAT-C-TC-A-T-GCTttg
gi|63521                      :                             AGT---------A-CC-A----CAAATT-AA-A--CA--A---AG---CT-T-------CAA--CA-T-TTT--TAA--A-A--T-TTT-ATGTTTC-A-T-AA---CAA-TC-G--A---C-T--A--T--T------ATA-AG--T-T-TC---TA--A-C-A------A----AAG-G-AA-A---------------------------T-AA--A----C-T--TTCA-AT-C-A--A-----CAA--AAT-C-TCTG-T-GCTttg
gi|63522                      :                                                                  --A--TAG---TA-T-------T-A---A-T-TTT--T----A-A--T-TT--AT-TGT--A-T-AA---C-T-TC-G--A---C-T--AT-T--T------CTA-AAGTT-T-TC---T---A-C-A------A------G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--A-----CAA--AAT-A-TC-G-T-GCTActg
gi|63523                      :                                                                         G---TT-T-------T-A--TG-T-TTT--T-T--A----T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-T-TC----A---T-T--AT-T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-T---G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTCA-AT-G-A--A------AA--AAT-C-TC---T-GCtg
gi|63524                      :                                                                                           --TA-T-TTT--T-T--A-A--T-TTT-AT-TTTT-ATT-AA---C-T-TC-G--A---CTT--AC-T--T------CTA-AG------TC---T---A-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T--C--TT-----A----C-T--TTC--AT-GAA--A-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTAatg
gi|63525                      :                                                                                                   TT--T-T--G-A--T-TTT-AT-TTTT-A-T-AA---C-A-TC-G--A---T-T--AT-T--C------CTA-AG--T-C-TC---T---G-C-A------A----A-G-G-AA-AT-A-CC--G--A-GT---G-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-A--T-----CAA--AAT-C-CC-G-T-GCtg
gi|63526                      :                                                                                                        -T--A-A--T-TTC-AT-ATTT-G-T-AC---C-A-TC-G--A---C-T--GT-T--TT-----CTA-AG--T-T-TCAACT---A-C-ATGTATTA----AAG-G-AATAT-A-TC--A--A-GT---C---GC--TT-AA--A----C-T--TTC--AT-G-CT-T-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCT
gi|63527                      :                                                                                                                    TT-AT-TTTG-A-C-AA---T-T-TT-A--A---A-TGCAT-T--TGTTTATCTA-AG--T-T-TC------------------A----ACG-G-AA-AT-A-TC--A--A-AT---C-G-GC--TA-AA--T----C-T--TTT--AT-GCA--G-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCT
gi|63528                      :                                                                                                                                                             -T--T------CTA-AG--T-T-TC---T---A-C-A------A----AG----AA-AT-A-TC--G--A-GT---C-T-GC--TT-AA--A----C-T--TTCA-AT-G-A--A-----CAA--AAT-CTTC-G-T-GCTActg
gi|63529                      :                                                                                                                                                                                                                    A-AT-A-TC--G--A-AT---C-T-GC--TC-AAGGA----C-T--TTC--AT---ACTG-----CAA--AAT-C-TC-G-T-GCTtg