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Reference ( gi|84876 )        : ATAGTCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--TAAA-CAAACGT-AGG---AAA-ACCTA----TTGA--AAACCT-AG-------TA----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AAA----C---GGC--G-C-A---A-TTTTGTC-ACGAA-ACGTG----GC-GTTT-T-------C--A-AA--CG------TA-GTGA-AACC-------TA--G--AT---G-C--C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTAGGGCT
gi|84875                      : ATAATCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--TAAA-CAAACGT-AGG---AAA-ACCTA----GTAA--AAACCT-AG-------TA----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AAA----C---GGC--G-C-A---A-ATTTGTC-ACGAA-ACGTG----GC-ATTT-T-------C--A-AA--CG------TA-GTGA-AACC-------TA--G--AC---G-C--C-G---A-AA--AGTG---A-TA--GTGGGA-CTGGG
gi|84878                      : ATAATCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-A--G--AA-A-CG--TAAG-CAAACGT-AGG---AAA-ACCTA----GT-A--AAACCT-AA--------A----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AAA----C---GGC--GGC-A---A-ATTTGTC-ACGAA-ACGTG----GC-GTTT-T-------C--A-AA--CG------TA-GTGA-AACC-------TA--G--AC---G-C--C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
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gi|84894                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAAC-----------G--G-A---T---G-C-C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84895                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAAC--G--------G--G-A---T---G-C-C-G---A-AA--CGTGG--A-CA--GTGGGA-CTGTGACT
gi|84896                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT---------AAA-----A-CG----TAGTAAA----C-------AG--G-A---T---G-C-C-G---A-A---CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGG
gi|84897                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAAC--G--------G--G-A---T---G-C-CCG---A-AA--TGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84898                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----AACG----TAGT-AAAC-----------G--G-AATGC---G-C-C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84899                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAAC--G--------G--G-A---T---G-C---G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84900                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTC-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAAC--T-------T---G-A---T---GGC-C-A---A-AA--CGTG---A-CA--GTTTGA-CTGGGGCT
gi|84901                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAAC--G--------G--G-G---T---G-CTC-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTAGGGC
gi|84902                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----A-CG----TAATAAAAC--G--------G--G-A---T---G-C-CCG---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGTGACT
gi|84903                      :                                                                                                                                                                                                    C-G-TTTT-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAACGGG-------GG--G-A---T---GCC-C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GT--GA-CTGGGGCT
gi|84904                      :                                                                                                                                                                                                         TTT-------T-AAA-----A-CG----TAGTAAAAC-----------G--GTA---T---G-C-C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GT-GGA-CTGTGACT
gi|84905                      :                                                                                                                                                                                                                      AA-----A-CG----TAATGAAAC--C-------TA--G-A---C---G-C-C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84906                      :                                                                                                                                                                                                                     tcA-----A-CG----TAGTGAAAC--C-------TA--G-A---C---A-C-C-G---A-AA--CGTG---A-TA--GTTGGA-CT
gi|84907                      :                                                                                                                                                                                                                                          AAAC--C-------GA--A-A---C---G-C-C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGC


blockSeqs                     :             CGG        AACG  GG T A  T TT  C A  A A TA A        T G  GAA   G         TTAATGAAA     CTTTTCA  TTTT       A       ACG  GGAAAACCTAG A T  G AGAC GAG   CGG     C   C   G     C     TGCA  C T    GTAGTAGCA   CGATC A  TAGA         TTACACAGT   AG T TCCG    G T C CAC G  TT    TGT T  GT      G
blockSeqs                     :             .          AT    G  . .  . .   . .  . . .  .        . .  GG    .         AAA           .        .          .       TT   .           . C  . ATC  .     GG      .   .   .     .     CC    . .    GTTCA       CGTAT .  .            GGGG        .  . ATGC    C . C T   .  .     CA  .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AAA           .        .          .       .    .           . .  . .    .     GG      .   .   .     .     T     . .    GCCA        .     .  .            CT          .  . T       . . C .   .  .     T   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AAA           .        .          .       .    .           . .  . .    .     GC      .   .   .     .     .     . .    CAA         .     .  .            TT          .  . C       . . C .   .  .     G   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AAA           .        .          .       .    .           . .  . .    .     G       .   .   .     .     .     . .    CA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AAA           .        .          .       .    .           . .  . .    .     A       .   .   .     .     .     . .    CA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AAC           .        .          .       .    .           . .  . .    .     G       .   .   .     .     .     . .    CA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AAA           .        .          .       .    .           . .  . .    .     G       .   .   .     .     .     . .    CA          .     .  .            TT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AAA           .        .          .       .    .           . .  . .    .     A       .   .   .     .     .     . .    TA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AA            .        .          .       .    .           . .  . .    .     G       .   .   .     .     .     . .    TA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AA            .        .          .       .    .           . .  . .    .     A       .   .   .     .     .     . .    TA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         AA            .        .          .       .    .           . .  . .    .     G       .   .   .     .     .     . .    TA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         A             .        .          .       .    .           . .  . .    .     C       .   .   .     .     .     . .    TA          .     .  .            TA          .  . T       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :             .          .     .  . .  . .   . .  . . .  .        . .  .     .         .             .        .          .       .    .           . .  . .    .     A       .   .   .     .     .     . .    TA          .     .  .            CT          .  . C       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :                                                                                      .             .        .          .       .    .           . .  . .    .     .       .   .   .     .     .     . .    TA          .     .  .            TT          .  . T       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :                                                                                      .             .        .                                                                                 .     . .    TA          .     .  .            GT          .  . T       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     . .    TA          .     .  .            CA          .  . T       . . . .   .  .     .   .  .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     . .    TA          .     .  .            TT          .  . T       . . . .   .  .     .   .  .       .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                              .           .  . C       . . . .   .  .     .   .  .        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                            TA********
originalCons                  :     ATAATCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-GCAAACGT-A-GG---AAA-ACCTAGTAA------AAACCTAG-------TA----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG----GC-G-TTTT-------C-AAA-----A-CG----TAGTGAAAC--C-------TA--G-A---C---G-C-C-G---A-AA--CGTG---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
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lowQualScore                  :             777        3333  33 7 7  7 77  7 7  7 7 77 7        7 7  333   7         333333333     6666666  0000       5       888  99999999999 5 0  5 7777 444   1111    5   5   5     5     66  0  4   33 000000000  22222 3  5555  3    2  999999999999 77 2 1111111 2 2  444 2  77   2 222 2  77      3        
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Reference ( family-573 )      :     ATAATCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-GCAAACGT-A-GG---AAA-ACCTAGTAA------AAACCTAG-------TA----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG--GC-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84875                      :     ATAATCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-ACAAACGT-A-GG---AAA-ACCTAGTAA------AAACCTAG-------TA----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG--GC-AT-TTT--C---------AA-----A-CG----TA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--AGT-G---A-TA--GTGGGA-CTGGG
gi|84876                      :     ATAGTCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-ACAAACGT-A-GG---AAA-ACCTATTGA------AAACCTAG-------TA----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAT-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG--GC-GT-TTT--C---------AA-----A-CG----TA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---T---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTAGGGCT
gi|84877                      :     ATAATCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-GCAAACGT-A-GG---AAA-ACCTAATAA------A--CCTAG-------TA----AAACGTA-CGGAGAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG--GC-GT-TTT--C---------AA-----A-CG----TA-GTGA-AAC--T-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGTGA-GTGGGGCT
gi|84878                      :     ATAATCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-A--G--AA-A-CG-T-A--A-GCAAACGT-A-GG---AAA-ACCTAGTAA------AA-CCTAA--------A----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG--GC-GT-TTT--C---------AA-----A-CG----TA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84879                      :     ATAATCC----TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-GCAAACGT-A-GG---AAA-ACCTAGTAA------AAA-CTAG-------TA----AAGCGTA-CCAACAA---TT-----------TAA-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG--GC-GT-TTT--C---------AA-----A-CG----T--GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GT-GGA-CTGGGGCT
gi|84880                      :     ATAATCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-ACAAACGT-G-AG-------ACCTAGTAA------AAACCTAG-------T-----AAACGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GG---G-CAAA--TT-GTC-AC-AA-ACGT---GT-GC-TTT--T---C-----AA-----A-CG----TA-GTGA-AA---C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-GT--A-CA--GTGGAC-CTGGGGCT
gi|84881                      :     ATAATCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-GCATACGT-A-GG---AAA-A-----------------CCTAG-------TA----AAACGTA-CGGACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ATGTG--GC-GT-TTT--C---------AA-----A-CG----TA-GTTA-AAC--T-------TA--C-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGTGA-CTGGGGCT
gi|84882                      :     ATAATCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CGAT-A--A-ACAAACGT-A------AAA-AACTCGTGA------AAACCTAG-------TA----AA-CGTA-CCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--GGCAAA-TTTCGTC-ACGAA-ACGTG--GCCGT-TTTGTT---C-----AA-----A-CG----CA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--TTT-G---A-CA--AAGGGA-CTGGGGCT
gi|84883                      :     ATAATCCC---TAGCACTA----CG--T-T-GT-A--AA-A-CG-T-A--A-GCAATGGT-A-GG---AAA-ACCTAGTAA------AA----------------------CGTA-CGAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---G----------------------AA-ACGTG--GC-GT-TTT--C---A-----AA-------CG----TA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGTGA-CTGGGGCT
gi|84884                      :     ATAATCCC---TTGCACTAAACGCGGGT-A-GT-ATTAACA-CG-T-A--A-ACAAACGT-A-GG---AAAGACTCAGTAGTTAATGAAACCTAG-------TG----AAAGGTA-CCAACAA---TT-----------T-ATAA-AAGACC---GGC--G-C-AG-TTT-GTC-ACGAACACGTG--GC-GT-TTT--CA--A-----AA-----A-CG----TA-GTGA-AAC--C-------TAAGA-A---C---G-C-CG---AGAA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84885                      :     ACAATCCC---TAGCGCTA----CT--T-A-GT-A--AA-A-CG-T-ATAA-GCGAACGT-A-GG---AAA-ACCTAGT-A------AAACCTAG-------TA----A
gi|84886                      :                                                                              CCTAGCAC---------CCTAG-------TA----AAACGTA---AGCAAACGTTGGAAAACCTAGT-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-ATC-ACGAA-ACATG--GC-GT-TTT--C---------AA-----A-CA----TA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---C-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--G
gi|84887                      : tattcTAATCCCCGGTAGCAC-A----C---T-A-GT-A--AA-AACG-A-G--A-ACAAACGTTA-GGGAAAAA-ACCTAGTAA------AACCTTAGCTTTTCATATTTTAAACGTAACCAACAATT-TT-----------T-A-AA-A----CGAGGAC--GCCAAA-TTT-GTCGACGAA-ACGTGT-GCAGTATCT--TGCCA-----GA-----G-CGTAGATA-GCAG-AAC--T-------AA--A-A---T---C-C-CGT--A-AATTCGT-GCA-A-CA--GTGGGAGCTGGGG
gi|84888                      :       AATCCC---TAGCGCTA----CG--T-AAGT-A--AA-A-CG-T-A--A-GCAATAGT-A-GG---AAA-ACCTAGTAA------AA-CCTAG-------TA----AAACGTA-CCA-CAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-G-C-ACGAA-ACGTG---C-GT-TTT--C---A-----AA-----A-CG----T--GTGA-A-C--C-------TA--C-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84889                      :           CC---TAGCGCTAAT--CG--TTA-GTTA--AA-A-CG-T-A--AAGCAAACGT-A-GGGG-AAA-ACCT----------------TAG-------TA----AAACGTA--CAACAA---TT-----------T-ACAA-AATC-C---GGCCGG-CAAACTTT-GTC-ACGAA-AC-T---GC-GT-TTTG-T---AGTAGCAA-----A-CGAT--CATGTAATAAC--T-------TA--G-A---TCCGG-C-CGCACA-AC--CGT-GTGTATCA--GTGGGA-CTGGG
gi|84890                      :             ---TAGCACTA----GGG-T-A-GT-T--AA-A-CG-TAA--A-GCAAACGT-AGGG---AAA-ACCTAGTGA------AAACCC-G-------T----------TA-CGAACAA---TT-----------T-A-AAGA----C---GCA--C-CAAA-TTT-GTT-AAG-A-ACGTG--GT-GT-TTT--TC--A-----AA-----G-CG----TA-GCGA-AAC--G-------TA--G-A---T---T-G-CG---A-AA--CAT-G---A-CAGTGTGGGA-CTG
gi|84891                      :                                                                                     A------AAACCTAG-------TA----AAACGTA-CAAACAA---CT-----------T-G-AA-A----T---GGC--A-CAGA-TTT-GTC-CCGAA-ACGTG--GT-GC-TTT--C---A-----AGCGTATA-TA----TA-GTGA-AAC--TTACACAGTA--G-A---T---G-C-CG---A-AA--GGT-G---A-CA--GTGTGA-CTGGGGCT
gi|84892                      :                                                                                                                                                                                       taatCGTGCCAC-GT-TTT--T---A-----AA-----A-TG----TT-GTAA-AA---C-------GG--G-A---T---GCC-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GCGTGA-CTGGGGCT
gi|84893                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CT----TA-GTAA-AA---C-------GG--G-A---T---GCC-CG---A-AA--CGT-G---A-TA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84894                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AAC-----------G--G-A---T---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84895                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AA---C-------GG--G-A---T---G-C-CG---A-AA--CGTGG---A-CA--GTGGGA-CTGTGACT
gi|84896                      :                                                                                                                                                                                                      -TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-A----C-------AG--G-A---T---G-C-CG---A-A---CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGG
gi|84897                      :                                                                                                                                                                                                cgC-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AA---C-------GG--G-A---T---GCC-CG---A-AA--TGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84898                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----AACG----TA-GT-A-AAC-----------G--G-AATGC---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84899                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AAC--G--------G--G-A---T---G-C--G---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84900                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTC--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AAC--T-------T---G-A---TG--G-C-CA---A-AA--CGT-G---A-CA--GTTTGA-CTGGGGCT
gi|84901                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AA---C-------GG--G-G---T---G-CTCG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTAGGGC
gi|84902                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-ATAA-AA---C-------GG--G-A---T---GCC-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGTGACT
gi|84903                      :                                                                                                                                                                                                  C-GT-TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AACGGG-------GG--G-A---T---GCC-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GT--GA-CTGGGGCT
gi|84904                      :                                                                                                                                                                                                      -TTT--T---A-----AA-----A-CG----TA-GTAA-AAC-----------G--GTA---T---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GT-GGA-CTGTGACT
gi|84905                      :                                                                                                                                                                                                                 -----AA-----A-CG----TA-ATGA-AAC--C-------TA--G-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGCT
gi|84906                      :                                                                                                                                                                                                                     tcA-----A-CG----TA-GTGA-AAC--C-------TA--G-A---C---A-C-CG---A-AA--CGT-G---A-TA--GTTGGA-CT
gi|84907                      :                                                                                                                                                                                                                                           A-AAC--C-------GA--A-A---C---G-C-CG---A-AA--CGT-G---A-CA--GTGGGA-CTGGGGC